Biopython/C2/Introduction-to-Biopython/Malayalam
From Script | Spoken-Tutorial
Revision as of 12:37, 1 February 2018 by Pratik kamble (Talk | contribs)
Time | Narration |
00:01 | Introduction to Biopython.ഈ ട്യൂട്ടോറിയലിലേക്ക് സ്വാഗതം. |
00:05 | ഈ ട്യൂട്ടോറിയലില് നമ്മള് പഠിക്കും: Biopythonപ്രധന സവിശേഷതകൾ |
00:10 | ലിനക്സ് ഓപ്പറേറ്റിങ് സിസ്റ്റത്തിൽ ഡൌൺലോഡ് ചെയ്യുന്നതിനും ഇൻസ്റ്റാൾ ചെയ്യുന്നതിനുമുള്ള വിവരങ്ങൾ |
00:15 | Biopython ടൂൾസ് ഉപയോഗിച്ച് ഒരു DNA സെക്യുഎൻസ് പേറ്റൻ സെക്യുഎൻസ് ആയി ട്രാന്സലേഷൻ ചെയുന്നു |
00:22 | ഈ ട്യൂട്ടോറിയൽ പിന്തുടരുന്നതിന്, നിങ്ങൾക്ക് പരിചയമുണ്ടായിരിക്കണം- |
00:25 | ബിരുദാനന്തര ബയോകെമിസ്ട്രി അല്ലെങ്കിൽ ബയോ ഇൻഫർമാറ്റിക്സ് |
00:29 | ബേസിക് Python പ്രോഗ്രാമിങ്. |
00:31 | Python ട്യൂട്ടോറിയലുകൾ തന്നിരിക്കുന്ന ലിങ്ക് കാണുക. |
00:35 | ഈ ട്യൂട്ടോറിയൽ രേഖപ്പെടുത്തുന്നതിന് ഞാൻ ഉപയോഗിക്കുന്നു: * 'ഉബുണ്ടു ഓസ്' 'പതിപ്പ് 12.04 |
00:41 | 'പൈത്തൺ' പതിപ്പ് 2.7.3 |
00:44 | IPython പതിപ്പ് 0.12.1 ഉം |
00:48 | Biopython പതിപ്പ് 1.58. |
00:51 | Biopython കമ്പ്യൂട്ടേഷണൽ ബയോളജി മൊഡ്യൂളുകൾ ശേഖരമാണ്. |
00:57 | ബയോഇൻഫൊർഫോറ്റിക്സിന് ആവശ്യമായ വിപുലമായ ടാസ്ക്കുകളിൽ ഇത് വളരെ പ്രാധാന്യമുള്ളതാണ്. |
01:03 | Biopython ഉപകരണങ്ങൾ ഇതിനായി ഉപയോഗിക്കുന്നു: |
01:05 | FASTA, Genbankതുടങ്ങിയ വിവിധ ഫയൽ ഫോർമാറ്റുകളിലുള്ള വിവരങ്ങൾ ലഭ്യമാക്കു ന്നതാണ് Parsing, |
01:14 | ഡാറ്റാബേസ് വെബ്സൈറ്റുകളിൽ നിന്നുള്ള വിവരങ്ങൾNCBI, ExPASY തുടങ്ങിയവ. |
01:22 | BLAST. പോലെയുള്ള 'Bioinformatic algorithm റൺ ചെയുക |
01:26 | സീക്വൻസുകളിൽ സാധാരണ പ്രവർത്തനങ്ങൾ നടത്തുന്നതിനുള്ള ഉപകരണങ്ങളുണ്ട്. |
01:31 | ഉദാഹരണത്തിന്-complements, transcription, translation തുടങ്ങിയവ ലഭ്യമാകും. |
01:38 | അലൈൻമെന്റ് കൈകാര്യം ചെയ്യുന്നതിനുള്ള കോഡ് |
01:40 | പ്രത്യേക പ്രക്രിയകളിലേക്ക് ടാസ്കുകൾ വിഭജിക്കുന്നതിനുള്ള കോഡ്. |
01:46 | ഡൗൺലോഡ് സംബന്ധിച്ചുള്ള വിവരങ്ങൾ: |
01:48 | Biopython പാക്കേജ്Pythonവിതരണത്തിന്റെ ഭാഗമല്ല. ഇത് സ്വതന്ത്രമായി ഡൗൺലോഡ് ചെയ്യേണ്ടതുണ്ട്. |
01:54 | കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾക്ക്, ഇനിപ്പറയുന്ന ലിങ്ക് കാണുക. |
01:59 | Linuxസിസ്റ്റത്തിലെ ഇന്സ്റ്റലേഷന്: |
02:02 | സിനാപ്റ്റിക് പാക്കേജ് മാനേജർ ഉപയോഗിച്ച്Python, Ipython' and Biopythonപാക്കേജുകൾ ഇൻസ്റ്റാൾ ചെയ്യുക. |
02:08 | മുൻവ്യവസ്ഥ സോഫ്റ്റ്വെയർ ഓട്ടോമാറ്റിക് ആയി ഇൻസ്റ്റാൾ ചെയ്യപ്പെടും. |
02:13 | graphic outputs plots. കളും വേണ്ടി കൂടുതൽ പാക്കേജുകൾ ഇൻസ്റ്റോൾ ചെയ്തിരിക്കണം. |
02:18 | Ctrl, Alt and T'എന്നീ കീകളും ഒരേസമയം അമർത്തി ടെർമിനൽ തുറക്കുക. |
02:24 | എന്റെ സിസ്റ്റത്തിൽ Python, Ipython Biopython എന്നിവയെ ഞാൻ ഇതിനകം ഇൻസ്റ്റാൾ ചെയ്തിട്ടുണ്ട്. |
02:30 | Ipython "എന്നു ടൈപ്പുചെയ്യുന്നതിനായി ഇപിത്തോൺ ഇന്റർപ്രെട്ടർ ചെയ്ത് 'Enter' അമർത്തുക. |
02:35 | 'IPython' പ്രോംപ്റ്റ് സ്ക്രീനിൽ ദൃശ്യമാകുന്നു. |
02:38 | Biopython ന്റെ ഇൻസ്റ്റാളേഷൻ പരിശോധിക്കുന്നതിനായി - "import Bio",എന്ന് ടൈപ്പ് ചെയ്ത്, 'Enter' അമർത്തുക. |
02:48 | എന്തെങ്കിലും പിശക് സന്ദേശം ലഭിച്ചില്ലെങ്കിൽ, അത് Biopython ആണ്. |
02:54 | ഇവിടെ, എന്നെ ഓർമ്മിപ്പിക്കട്ടെ,Python ലാംഗ്വേജ് കേസ് സെൻസിറ്റീവ് ആണ്. |
02:59 | കീവേഡുകൾ ടൈപ്പ് ചെയ്യുമ്പോൾ മുൻകരുതൽ എടുക്കുക, വേരിയബിളുകൾ അല്ലെങ്കിൽ 'ഫംഗ്ഷൻ' s. |
03:04 | ഉദാഹരണത്തിന്, മുകളിലുള്ള വരിയിൽ import ലെ 'i' ലോർ കേസ് ആണ് , Bio.'ഉപ്പേർക്ക് ആണ് |
03:12 | ഈ ട്യൂട്ടോറിയലിൽ, DNA sequence. വിവർത്തനം ചെയ്യാൻ Biopython ഘടകങ്ങൾ ഉപയോഗിക്കും. |
03:19 | ഇത് ഇനിപ്പറയുന്ന ഘട്ടങ്ങളിലാണ് ഉൾപ്പെടുന്നത്. |
03:22 | ആദ്യം, DNA strand.കോഡിങിനായിsequence objectഉണ്ടാക്കുക. |
03:27 | കോൻഡിങ്DNA സ്ട്രാൻഡ് എന്നത്തിന്റെ transcription' mRNA യുവുമായി |
03:32 | അവസാനമായി, 'mRNA' protein സെക്യുഎൻസ് ആയി , translation |
03:37 | ഈ സ്ലൈഡിൽ കാണിക്കുന്ന കോഡിംഗ് ഡിഎൻഎ സ്ട്രാൻഡ് ഞങ്ങൾ ഉദാഹരണമായി കാണിക്കും |
03:42 | ഒരു ചെറിയ protein സീക്വൻസിനു വേണ്ടിയുള്ള കോഡുകൾ. |
03:46 | മുകളിലുള്ള കോഡിങ് DNAസ്ട്ഡ്ഡന്റിനായി sequence object'സൃഷ്ടിക്കുന്നതാണ് ആദ്യപടി. |
03:52 | നമുക്ക് 'ടെർമിനൽ' തിരികെ പോകാം. |
03:55 | ഒരു ശ്രേണി വസ്തു സൃഷ്ടിക്കുന്നതിന്, 'bio' പാക്കേജിൽ നിന്നും 'Seq' മൊഡ്യൂൾ ഇറക്കുമതി ചെയ്യുക. |
04:02 | Seq മൊഡ്യൂൾ സീക്വൻ ഒബ്ജക്ട്സ് സ്റ്റോർ ചെയ്യുന്നതിനും പ്രോസസ്സ് ചെയ്യുന്നതിനുമുള്ള രീതികൾ നൽകുന്നു. |
04:08 | പ്രോംപ്റ്റിൽ, ടൈപ്പ് ചെയ്യുകfrom Bio dot Seq import Seq പ്രസ് 'എന്റർ' ' |
04:17 | അടുത്തതായി, നിങ്ങളുടെ sequence object. സൃഷ്ടിക്കുമ്പോൾ, സ്ട്രോങ്ങിലുള്ള അക്ഷരങ്ങളെ വ്യക്തമായി വ്യക്തമാക്കുക. |
04:24 | nucleotides' അല്ലെങ്കിൽ amino acids. എന്നതിന് വേണ്ടി ആല്ഫബെറ്റുകളുടെ കോഡിന്റെ ക്രമം വ്യക്തമാക്കുക എന്നതാണ്. |
04:32 | ഇത് ചെയ്യുന്നതിന്, Alphabet പാക്കേജ് ലുള്ള ള 'IUPAC' മൊഡ്യൂൾ ഞങ്ങൾ ഉപയോഗിക്കും. |
04:38 | പ്രോംപ്റ്റില്, ടൈപ്പ് ചെയ്യുകfrom Bio dot Alphabet import IUPAC. എന്റർ അമർത്തുക. |
04:48 | "Seq" and "IUPAC" മോഡ്ലെസ് load' ചെയ്യാൻ import from സ്റ്റെമെന്റ്റ് ൾ ഉപയോഗിച്ച് |
04:56 | 'Cdna' 'എന്നറിയപ്പെടുന്ന ഒരു വേരിയബിളില് സീക്വന്സ് ഒബ്ജക്റ്റ് സ്റ്റോർ ചെയ്യുക. |
05:01 | പ്രോംപ്റ്റിൽ, ടൈപ്പ് ചെയ്യുക:cdna equal to Seq as in normal strings |
05:08 | ഡബിൾ കൊട് നും പാരന്തസിസിനുമിടയിലുള്ള സീക്വൻസ് അടയ്ക്കുക. |
05:13 | നമ്മുടെ സെക്യുഎൻസ് DNA ഫ്രാഗ്മെന്റ് ആണെന്ന് നമുക്കറിയാം. അതിനാൽ, argument. ആയി ടൈപ്പുചെയ്യുക: ആർഗുമെൻറ്' ആയി unambiguous DNA ആല്ഫബെറ് ഒബ്ജക്റ്റ് |
05:21 | ഔട്ട്പുട്ടിനായി, ഇവിടെ: 'cdna' . എന്റർ അമർത്തുക. |
05:26 | ഡിഎൻഎ ശ്രേണി DNA sequenceഔട്ട്പുട്ട് കാണിക്കുന്നത്. |
05:30 | നമുക്ക് mRNA യിലേക്ക് കോഡിംഗ് ഡിഎൻഎ സ്ട്ഡ് കൈമാറ്റം ചെയ്യാം. |
05:35 | 'Seq' മൊഡ്യൂളുകളുടെ ബിൽറ്റ്-ഇൻ“transcribe” മേത്തോട് ഉപയോഗിക്കും. |
05:39 | താഴെ പറയുന്ന കോഡ് ടൈപ്പ് ചെയ്യുക: |
05:41 | ഔട്ട്പുട്ട് വേരിയബിള് mrna. ആയി സൂക്ഷിക്കുക. |
05:45 | പ്രോംപ്റ്റിൽ, ടൈപ്പ് ചെയ്യുക: mrna equal to cdna dot transcribe open and close parentheses 'Enter' അമർത്തുക. |
05:55 | ഔട്ട്പുട്ടിനായി ടൈപ്പ് ചെയ്യുക: mrna. പ്രസ് 'enter' . |
06:01 | 'ഔട്ട്പുട്ട് നിരീക്ഷിക്കുക transcribe' മെത്തേഡ് DNA സെക്യുഎൻസ് ലെ Thiamin'Uracil ആയി മാറ്റുന്നു |
06:09 | ശേഷം, 'ഈ' mRNA 'അനുബന്ധമായി' പ്രോട്ടീൻ 'ക്രമം വരെ വിവർത്തനം ചെയ്യുക,' തർജ്ജമ രീതി ഉപയോഗിക്കുക. |
06:16 | താഴെ പറയുന്ന കോഡ് ടൈപ്പ് ചെയ്യുക: 'mrna dot ന് തുല്യമായ പ്രോട്ടീൻ തുറന്നതും അടുത്തുള്ള പരാൻതീസിസും വിവർത്തനം ചെയ്യുക. എന്റർ അമർത്തുക'. |
06:27 | സ്റ്റാൻഡേർഡ് ജനറ്റിക് കോഡ് അൺസ്പെസിഫൈഡ് ആണെങ്കിൽ translate' മേത്തോട് RNA അല്ലെങ്കിൽ DNA ട്രാൻസ്ലേറ്റ് ചെയുന്നു |
06:36 | ഔട്ട്പുട്ട് ഒരു അമിനോ ആസിഡ് സ്ക്യുഎൻസ് കാണിക്കുന്നു. |
06:40 | ഔട്ട്പുട്ട് stop codonsവിവർത്തനത്തിലെ സാന്നിദ്ധ്യം സംബന്ധിച്ച വിവരങ്ങൾ കാണിക്കുന്നു. |
06:47 | പ്രോട്ടീൻ സിക്നസ് ന്റെ അവസാനം ആസ്റ്ററിക് നിരീക്ഷിക്കുക. ഇത് 'stop codon' സൂചിപ്പിക്കുന്നു. |
06:53 | മുകളിലുള്ള കോഡിൽ, transcription.എന്നതിനുള്ള ഒരു കോഡിംഗ് ഡിഎൻഎ സ്ട്രിംഗ് ഉപയോഗിച്ചു. |
06:59 | ബയോപീത്തണിൽ transcribe രീതി ഡിഎൻഎ സ്ട്രോക്ക് കോഡുകളിൽ മാത്രമേ പ്രവർത്തിക്കൂ. |
07:04 | എന്നാൽ, യഥാർത്ഥബിയോളോജിക്കൽ സിസ്റ്റത്തിൽ , 'ട്രാൻസ്ക്രിപ്ഷൻ' എന്ന പ്രക്രിയ template strand.എന്ന പേരിൽ ആരംഭിക്കുന്നു. |
07:11 | ടെംപ്ലേറ്റിൽ കാണിച്ചിരിക്കുന്ന പോലെ ഒരു 'ടെംപ്ലേറ്റ് സ്ടാൻറ്' തുടങ്ങുകയാണെങ്കിൽ, 'reverse രീതി ഉപയോഗിച്ച് കോഡുചെയ്ത സ്ട്രിംഗിലേക്ക് അതിനെ പരിവർത്തനം ചെയ്യുക. |
07:20 | മുകളിൽ കാണിച്ചിരിക്കുന്ന കോഡ് ബാക്കിയുള്ള കോഡിംഗ് സ്ടാൻഡിനായി പിന്തുടരുക. |
07:24 | Biopython മെതേഡ്സ് ൽ ഉപയോഗിക്കുന്നത് ഒരു 'പ്രോട്ടീൻ' 'സിക്നസ് ലേക്ക് ഒരു' ഡിഎൻഎ എന്ന ക്രമം വിവർത്തനം ചെയ്തു. |
07:31 | ഡിഎൻഎ 'ഏത് വലുപ്പത്തിലുള്ള നിരക്കും ഈ കോഡ് ഉപയോഗിച്ച് പ്രോട്ടീൻ സീക്വൻസിലേക്ക് ട്രാൻസ്ലറെ ചെയ്യാവുന്നതാണ്. |
07:37 | നമുക്ക് ചുരുക്കിക്കാം.ഈ ട്യൂട്ടോറിയലിൽ നമ്മൾ പഠിച്ചിട്ടുണ്ട്: |
07:41 | 'ബയോപിത്തോൺ' 'ൻറെ പ്രധാന സവിശേഷതകൾ |
07:43 | ലിനക്സ് ഒഎസ് ഡൌൺലോഡ് ചെയ്ത് ഇൻസ്റ്റാളുചെയ്യുന്നതിനെക്കുറിച്ചുള്ള വിവരങ്ങൾ |
07:48 | 'ഡിഎൻഎ സ്ട്രാൻഡ് ന് വേണ്ടി ഒരു സിക്നസ് ഒബ്ജക്റ്റ് സൃഷ്ടിക്കുക. |
07:52 | 'MRNA' എന്നതിലേക്കുള്ള ഡിഎൻഎ സീക്വൻസ് ട്രാൻസ്ക്രിപ്ഷൻ |
07:56 | mRNA പ്രോട്ടീൻസീക്വൻസ് ആക്കി Translation |
08:00 | ഇപ്പോൾ, അസൈൻമെന്റ്- |
08:02 | 'പ്രോട്ടീൻ' സീക്വൻസിലേക്ക് 'ഡിഎൻഎ' സീക്വൻസ് വിന്യസിക്കുക. |
08:06 | ഔട്ട്പുട്ട് നിരീക്ഷിക്കുക. |
08:08 | പ്രോട്ടീൻ ശ്രേണിക്ക് ഒരു ആന്തരികstop codon.ഉണ്ട്. |
08:11 | പ്രകൃതിയിൽ സംഭവിക്കുന്നതുപോലെDNAആദ്യത്തെ in-frame stop codon.വർത്തനം ചെയ്യുക. |
08:17 | നിങ്ങളുടെ പൂർത്തിയാക്കിയ ചുമതലയിൽ ഇനിപ്പറയുന്ന കോഡ് ഉണ്ടായിരിക്കണം. |
08:20 | translate()' ൾ to underscore stop ആർഗ്യുമെന്റി ഉപയോഗിച്ചിട്ടുണ്ടെന്ന് ശ്രദ്ധിക്കുക. ഔട്ട്പുട്ട് നോക്കുക. |
08:27 | stop codon സ്വയം ട്രാൻസ്ലറ്റ് ചെയ്യപ്പെട്ടിട്ടില്ല. |
08:31 | നിങ്ങളുടെ 'പ്രോട്ടീൻ' സീക്വൻസ് ന്റെ അവസാനം സ്റ്റോപ്പ് ചിഹ്നം ഉൾപ്പെടുത്തിയിട്ടില്ല. |
08:36 | ഈ വീഡിയോ സ്പോകെൻ ട്യൂട്ടോറിയൽ പ്രൊജക്റ്റിനെ സംഗ്രഹിക്കുന്നു. |
08:39 | നിങ്ങൾക്ക് നല്ല ബാൻഡ് വിഡ്ത്ത് ഇല്ലെങ്കിൽ, ഡൌൺലോഡ് ചെയ്ത് കാണാവുന്നതാണ്. |
08: 43 | സ്പോക്കൺ ട്യൂട്ടോറിയൽ പ്രോജക്ട് ടീം വർക്ക്ഷോപ്പുകൾ നടത്തുന്നു. ഓൺലൈൻ ടെസ്റ്റ് പാസാകുന്നവർക്ക് സർട്ടിഫിക്കറ്റുകൾ നൽകും. |
08:50 | കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾക്ക്, ദയവായി ഞങ്ങൾക്ക് എഴുതുക. |
08:53 | സ്പോക്കൺ ട്യൂട്ടോറിയൽ പ്രോജക്ട് എൻഎംഇചികിൽ, എം എച്ച് ആർ ഡി, ഭാരത സർക്കാർ ഓഫ് ഇന്ത്യ ആകുന്നു. |
08:59 | ഈ മിഷനെ കുറിച്ചുള്ള കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾ ഈ ലിങ്കിലുണ്ട്. |
09:03 | ഇത് ഐഇറ്റി ബോംബേയിൽ നിന്ന് വിജി നായർ ആണ്. പങ്കുചേർന്നതിന് നന്ദി. |