Biopython/C2/Introduction-to-Biopython/Malayalam

Time	Narration
00:01	Introduction to Biopython.ഈ ട്യൂട്ടോറിയലിലേക്ക് സ്വാഗതം.
00:05	ഈ ട്യൂട്ടോറിയലില് നമ്മള് പഠിക്കും: Biopythonപ്രധന സവിശേഷതകൾ
00:10	ലിനക്സ് ഓപ്പറേറ്റിങ് സിസ്റ്റത്തിൽ ഡൌൺലോഡ് ചെയ്യുന്നതിനും ഇൻസ്റ്റാൾ ചെയ്യുന്നതിനുമുള്ള വിവരങ്ങൾ
00:15	Biopython ടൂൾസ് ഉപയോഗിച്ച് ഒരു DNA സെക്യുഎൻസ് പേറ്റൻ സെക്യുഎൻസ് ആയി ട്രാന്സലേഷൻ ചെയുന്നു
00:22	ഈ ട്യൂട്ടോറിയൽ പിന്തുടരുന്നതിന്, നിങ്ങൾക്ക് പരിചയമുണ്ടായിരിക്കണം-
00:25	ബിരുദാനന്തര ബയോകെമിസ്ട്രി അല്ലെങ്കിൽ ബയോ ഇൻഫർമാറ്റിക്സ്
00:29	ബേസിക് Python പ്രോഗ്രാമിങ്.
00:31	Python ട്യൂട്ടോറിയലുകൾ തന്നിരിക്കുന്ന ലിങ്ക് കാണുക.
00:35	ഈ ട്യൂട്ടോറിയൽ രേഖപ്പെടുത്തുന്നതിന് ഞാൻ ഉപയോഗിക്കുന്നു: * 'ഉബുണ്ടു ഓസ്' 'പതിപ്പ് 12.04
00:41	'പൈത്തൺ' പതിപ്പ് 2.7.3
00:44	IPython പതിപ്പ് 0.12.1 ഉം
00:48	Biopython പതിപ്പ് 1.58.
00:51	Biopython കമ്പ്യൂട്ടേഷണൽ ബയോളജി മൊഡ്യൂളുകൾ ശേഖരമാണ്.
00:57	ബയോഇൻഫൊർഫോറ്റിക്സിന് ആവശ്യമായ വിപുലമായ ടാസ്ക്കുകളിൽ ഇത് വളരെ പ്രാധാന്യമുള്ളതാണ്.
01:03	Biopython ഉപകരണങ്ങൾ ഇതിനായി ഉപയോഗിക്കുന്നു:
01:05	FASTA, Genbankതുടങ്ങിയ വിവിധ ഫയൽ ഫോർമാറ്റുകളിലുള്ള വിവരങ്ങൾ ലഭ്യമാക്കു ന്നതാണ് Parsing,
01:14	ഡാറ്റാബേസ് വെബ്സൈറ്റുകളിൽ നിന്നുള്ള വിവരങ്ങൾNCBI, ExPASY തുടങ്ങിയവ.
01:22	BLAST. പോലെയുള്ള 'Bioinformatic algorithm റൺ ചെയുക
01:26	സീക്വൻസുകളിൽ സാധാരണ പ്രവർത്തനങ്ങൾ നടത്തുന്നതിനുള്ള ഉപകരണങ്ങളുണ്ട്.
01:31	ഉദാഹരണത്തിന്-complements, transcription, translation തുടങ്ങിയവ ലഭ്യമാകും.
01:38	അലൈൻമെന്റ് കൈകാര്യം ചെയ്യുന്നതിനുള്ള കോഡ്
01:40	പ്രത്യേക പ്രക്രിയകളിലേക്ക് ടാസ്കുകൾ വിഭജിക്കുന്നതിനുള്ള കോഡ്.
01:46	ഡൗൺലോഡ് സംബന്ധിച്ചുള്ള വിവരങ്ങൾ:
01:48	Biopython പാക്കേജ്Pythonവിതരണത്തിന്റെ ഭാഗമല്ല. ഇത് സ്വതന്ത്രമായി ഡൗൺലോഡ് ചെയ്യേണ്ടതുണ്ട്.
01:54	കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾക്ക്, ഇനിപ്പറയുന്ന ലിങ്ക് കാണുക.
01:59	Linuxസിസ്റ്റത്തിലെ ഇന്സ്റ്റലേഷന്:
02:02	സിനാപ്റ്റിക് പാക്കേജ് മാനേജർ ഉപയോഗിച്ച്Python, Ipython' and Biopythonപാക്കേജുകൾ ഇൻസ്റ്റാൾ ചെയ്യുക.
02:08	മുൻവ്യവസ്ഥ സോഫ്റ്റ്വെയർ ഓട്ടോമാറ്റിക് ആയി ഇൻസ്റ്റാൾ ചെയ്യപ്പെടും.
02:13	graphic outputs plots. കളും വേണ്ടി കൂടുതൽ പാക്കേജുകൾ ഇൻസ്റ്റോൾ ചെയ്തിരിക്കണം.
02:18	Ctrl, Alt and T'എന്നീ കീകളും ഒരേസമയം അമർത്തി ടെർമിനൽ തുറക്കുക.
02:24	എന്റെ സിസ്റ്റത്തിൽ Python, Ipython Biopython എന്നിവയെ ഞാൻ ഇതിനകം ഇൻസ്റ്റാൾ ചെയ്തിട്ടുണ്ട്.
02:30	Ipython "എന്നു ടൈപ്പുചെയ്യുന്നതിനായി ഇപിത്തോൺ ഇന്റർപ്രെട്ടർ ചെയ്ത് 'Enter' അമർത്തുക.
02:35	'IPython' പ്രോംപ്റ്റ് സ്ക്രീനിൽ ദൃശ്യമാകുന്നു.
02:38	Biopython ന്റെ ഇൻസ്റ്റാളേഷൻ പരിശോധിക്കുന്നതിനായി - "import Bio",എന്ന് ടൈപ്പ് ചെയ്ത്, 'Enter' അമർത്തുക.
02:48	എന്തെങ്കിലും പിശക് സന്ദേശം ലഭിച്ചില്ലെങ്കിൽ, അത് Biopython ആണ്.
02:54	ഇവിടെ, എന്നെ ഓർമ്മിപ്പിക്കട്ടെ,Python ലാംഗ്വേജ് കേസ് സെൻസിറ്റീവ് ആണ്.
02:59	കീവേഡുകൾ ടൈപ്പ് ചെയ്യുമ്പോൾ മുൻകരുതൽ എടുക്കുക, വേരിയബിളുകൾ അല്ലെങ്കിൽ 'ഫംഗ്ഷൻ' s.
03:04	ഉദാഹരണത്തിന്, മുകളിലുള്ള വരിയിൽ import ലെ 'i' ലോർ കേസ് ആണ് , Bio.'ഉപ്പേർക്ക് ആണ്
03:12	ഈ ട്യൂട്ടോറിയലിൽ, DNA sequence. വിവർത്തനം ചെയ്യാൻ Biopython ഘടകങ്ങൾ ഉപയോഗിക്കും.
03:19	ഇത് ഇനിപ്പറയുന്ന ഘട്ടങ്ങളിലാണ് ഉൾപ്പെടുന്നത്.
03:22	ആദ്യം, DNA strand.കോഡിങിനായിsequence objectഉണ്ടാക്കുക.
03:27	കോൻഡിങ്DNA സ്ട്രാൻഡ് എന്നത്തിന്റെ transcription' mRNA യുവുമായി
03:32	അവസാനമായി, 'mRNA' protein സെക്യുഎൻസ് ആയി , translation
03:37	ഈ സ്ലൈഡിൽ കാണിക്കുന്ന കോഡിംഗ് ഡിഎൻഎ സ്ട്രാൻഡ് ഞങ്ങൾ ഉദാഹരണമായി കാണിക്കും
03:42	ഒരു ചെറിയ protein സീക്വൻസിനു വേണ്ടിയുള്ള കോഡുകൾ.
03:46	മുകളിലുള്ള കോഡിങ് DNAസ്ട്ഡ്ഡന്റിനായി sequence object'സൃഷ്ടിക്കുന്നതാണ് ആദ്യപടി.
03:52	നമുക്ക് 'ടെർമിനൽ' തിരികെ പോകാം.
03:55	ഒരു ശ്രേണി വസ്തു സൃഷ്ടിക്കുന്നതിന്, 'bio' പാക്കേജിൽ നിന്നും 'Seq' മൊഡ്യൂൾ ഇറക്കുമതി ചെയ്യുക.
04:02	Seq മൊഡ്യൂൾ സീക്വൻ ഒബ്ജക്ട്സ് സ്റ്റോർ ചെയ്യുന്നതിനും പ്രോസസ്സ് ചെയ്യുന്നതിനുമുള്ള രീതികൾ നൽകുന്നു.
04:08	പ്രോംപ്റ്റിൽ, ടൈപ്പ് ചെയ്യുകfrom Bio dot Seq import Seq പ്രസ് 'എന്റർ' '
04:17	അടുത്തതായി, നിങ്ങളുടെ sequence object. സൃഷ്ടിക്കുമ്പോൾ, സ്ട്രോങ്ങിലുള്ള അക്ഷരങ്ങളെ വ്യക്തമായി വ്യക്തമാക്കുക.
04:24	nucleotides' അല്ലെങ്കിൽ amino acids. എന്നതിന് വേണ്ടി ആല്ഫബെറ്റുകളുടെ കോഡിന്റെ ക്രമം വ്യക്തമാക്കുക എന്നതാണ്.
04:32	ഇത് ചെയ്യുന്നതിന്, Alphabet പാക്കേജ് ലുള്ള ള 'IUPAC' മൊഡ്യൂൾ ഞങ്ങൾ ഉപയോഗിക്കും.
04:38	പ്രോംപ്റ്റില്, ടൈപ്പ് ചെയ്യുകfrom Bio dot Alphabet import IUPAC. എന്റർ അമർത്തുക.
04:48	"Seq" and "IUPAC" മോഡ്‌ലെസ് load' ചെയ്യാൻ import from സ്റ്റെമെന്റ്റ് ൾ ഉപയോഗിച്ച്
04:56	'Cdna' 'എന്നറിയപ്പെടുന്ന ഒരു വേരിയബിളില് സീക്വന്സ് ഒബ്ജക്റ്റ് സ്റ്റോർ ചെയ്യുക.
05:01	പ്രോംപ്റ്റിൽ, ടൈപ്പ് ചെയ്യുക:cdna equal to Seq as in normal strings
05:08	ഡബിൾ കൊട് നും പാരന്തസിസിനുമിടയിലുള്ള സീക്വൻസ് അടയ്ക്കുക.
05:13	നമ്മുടെ സെക്യുഎൻസ് DNA ഫ്രാഗ്മെന്റ് ആണെന്ന് നമുക്കറിയാം. അതിനാൽ, argument. ആയി ടൈപ്പുചെയ്യുക: ആർഗുമെൻറ്' ആയി unambiguous DNA ആല്ഫബെറ് ഒബ്ജക്റ്റ്
05:21	ഔട്ട്പുട്ടിനായി, ഇവിടെ: 'cdna' . എന്റർ അമർത്തുക.
05:26	ഡിഎൻഎ ശ്രേണി DNA sequenceഔട്ട്പുട്ട് കാണിക്കുന്നത്.
05:30	നമുക്ക് mRNA യിലേക്ക് കോഡിംഗ് ഡിഎൻഎ സ്ട്ഡ് കൈമാറ്റം ചെയ്യാം.
05:35	'Seq' മൊഡ്യൂളുകളുടെ ബിൽറ്റ്-ഇൻ“transcribe” മേത്തോട് ഉപയോഗിക്കും.
05:39	താഴെ പറയുന്ന കോഡ് ടൈപ്പ് ചെയ്യുക:
05:41	ഔട്ട്പുട്ട് വേരിയബിള് mrna. ആയി സൂക്ഷിക്കുക.
05:45	പ്രോംപ്റ്റിൽ, ടൈപ്പ് ചെയ്യുക: mrna equal to cdna dot transcribe open and close parentheses 'Enter' അമർത്തുക.
05:55	ഔട്ട്പുട്ടിനായി ടൈപ്പ് ചെയ്യുക: mrna. പ്രസ് 'enter' .
06:01	'ഔട്ട്പുട്ട് നിരീക്ഷിക്കുക transcribe' മെത്തേഡ് DNA സെക്യുഎൻസ് ലെ Thiamin'Uracil ആയി മാറ്റുന്നു
06:09	ശേഷം, 'ഈ' mRNA 'അനുബന്ധമായി' പ്രോട്ടീൻ 'ക്രമം വരെ വിവർത്തനം ചെയ്യുക,' തർജ്ജമ രീതി ഉപയോഗിക്കുക.
06:16	താഴെ പറയുന്ന കോഡ് ടൈപ്പ് ചെയ്യുക: 'mrna dot ന് തുല്യമായ പ്രോട്ടീൻ തുറന്നതും അടുത്തുള്ള പരാൻതീസിസും വിവർത്തനം ചെയ്യുക. എന്റർ അമർത്തുക'.
06:27	സ്റ്റാൻഡേർഡ് ജനറ്റിക് കോഡ് അൺസ്പെസിഫൈഡ്‌ ആണെങ്കിൽ translate' മേത്തോട് RNA അല്ലെങ്കിൽ DNA ട്രാൻസ്ലേറ്റ് ചെയുന്നു
06:36	ഔട്ട്പുട്ട് ഒരു അമിനോ ആസിഡ് സ്ക്യുഎൻസ് കാണിക്കുന്നു.
06:40	ഔട്ട്പുട്ട് stop codonsവിവർത്തനത്തിലെ സാന്നിദ്ധ്യം സംബന്ധിച്ച വിവരങ്ങൾ കാണിക്കുന്നു.
06:47	പ്രോട്ടീൻ സിക്‌നസ് ന്റെ അവസാനം ആസ്റ്ററിക് നിരീക്ഷിക്കുക. ഇത് 'stop codon' സൂചിപ്പിക്കുന്നു.
06:53	മുകളിലുള്ള കോഡിൽ, transcription.എന്നതിനുള്ള ഒരു കോഡിംഗ് ഡിഎൻഎ സ്ട്രിംഗ് ഉപയോഗിച്ചു.
06:59	ബയോപീത്തണിൽ transcribe രീതി ഡിഎൻഎ സ്ട്രോക്ക് കോഡുകളിൽ മാത്രമേ പ്രവർത്തിക്കൂ.
07:04	എന്നാൽ, യഥാർത്ഥബിയോളോജിക്കൽ സിസ്റ്റത്തിൽ , 'ട്രാൻസ്ക്രിപ്ഷൻ' എന്ന പ്രക്രിയ template strand.എന്ന പേരിൽ ആരംഭിക്കുന്നു.
07:11	ടെംപ്ലേറ്റിൽ കാണിച്ചിരിക്കുന്ന പോലെ ഒരു 'ടെംപ്ലേറ്റ് സ്ടാൻറ്' തുടങ്ങുകയാണെങ്കിൽ, 'reverse രീതി ഉപയോഗിച്ച് കോഡുചെയ്ത സ്ട്രിംഗിലേക്ക് അതിനെ പരിവർത്തനം ചെയ്യുക.
07:20	മുകളിൽ കാണിച്ചിരിക്കുന്ന കോഡ് ബാക്കിയുള്ള കോഡിംഗ് സ്ടാൻഡിനായി പിന്തുടരുക.
07:24	Biopython മെതേഡ്സ് ൽ ഉപയോഗിക്കുന്നത് ഒരു 'പ്രോട്ടീൻ' 'സിക്‌നസ് ലേക്ക് ഒരു' ഡിഎൻഎ എന്ന ക്രമം വിവർത്തനം ചെയ്തു.
07:31	ഡിഎൻഎ 'ഏത് വലുപ്പത്തിലുള്ള നിരക്കും ഈ കോഡ് ഉപയോഗിച്ച് പ്രോട്ടീൻ സീക്വൻസിലേക്ക് ട്രാൻസ്ലറെ ചെയ്യാവുന്നതാണ്.
07:37	നമുക്ക് ചുരുക്കിക്കാം.ഈ ട്യൂട്ടോറിയലിൽ നമ്മൾ പഠിച്ചിട്ടുണ്ട്:
07:41	'ബയോപിത്തോൺ' 'ൻറെ പ്രധാന സവിശേഷതകൾ
07:43	ലിനക്സ് ഒഎസ് ഡൌൺലോഡ് ചെയ്ത് ഇൻസ്റ്റാളുചെയ്യുന്നതിനെക്കുറിച്ചുള്ള വിവരങ്ങൾ
07:48	'ഡിഎൻഎ സ്ട്രാൻഡ് ന് വേണ്ടി ഒരു സിക്‌നസ് ഒബ്ജക്റ്റ് സൃഷ്ടിക്കുക.
07:52	'MRNA' എന്നതിലേക്കുള്ള ഡിഎൻഎ സീക്വൻസ് ട്രാൻസ്ക്രിപ്ഷൻ
07:56	mRNA പ്രോട്ടീൻസീക്വൻസ് ആക്കി Translation
08:00	ഇപ്പോൾ, അസൈൻമെന്റ്-
08:02	'പ്രോട്ടീൻ' സീക്വൻസിലേക്ക് 'ഡിഎൻഎ' സീക്വൻസ് വിന്യസിക്കുക.
08:06	ഔട്ട്പുട്ട് നിരീക്ഷിക്കുക.
08:08	പ്രോട്ടീൻ ശ്രേണിക്ക് ഒരു ആന്തരികstop codon.ഉണ്ട്.
08:11	പ്രകൃതിയിൽ സംഭവിക്കുന്നതുപോലെDNAആദ്യത്തെ in-frame stop codon.വർത്തനം ചെയ്യുക.
08:17	നിങ്ങളുടെ പൂർത്തിയാക്കിയ ചുമതലയിൽ ഇനിപ്പറയുന്ന കോഡ് ഉണ്ടായിരിക്കണം.
08:20	translate()' ൾ to underscore stop ആർഗ്യുമെന്റി ഉപയോഗിച്ചിട്ടുണ്ടെന്ന് ശ്രദ്ധിക്കുക. ഔട്ട്പുട്ട് നോക്കുക.
08:27	stop codon സ്വയം ട്രാൻസ്ലറ്റ് ചെയ്യപ്പെട്ടിട്ടില്ല.
08:31	നിങ്ങളുടെ 'പ്രോട്ടീൻ' സീക്വൻസ് ന്റെ അവസാനം സ്റ്റോപ്പ് ചിഹ്നം ഉൾപ്പെടുത്തിയിട്ടില്ല.
08:36	ഈ വീഡിയോ സ്പോകെൻ ട്യൂട്ടോറിയൽ പ്രൊജക്റ്റിനെ സംഗ്രഹിക്കുന്നു.
08:39	നിങ്ങൾക്ക് നല്ല ബാൻഡ് വിഡ്ത്ത് ഇല്ലെങ്കിൽ, ഡൌൺലോഡ് ചെയ്ത് കാണാവുന്നതാണ്.
08:43	സ്പോക്കൺ ട്യൂട്ടോറിയൽ പ്രോജക്ട് ടീം വർക്ക്ഷോപ്പുകൾ നടത്തുന്നു. ഓൺലൈൻ ടെസ്റ്റ് പാസാകുന്നവർക്ക് സർട്ടിഫിക്കറ്റുകൾ നൽകും.
08:50	കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾക്ക്, ദയവായി ഞങ്ങൾക്ക് എഴുതുക.
08:53	സ്പോക്കൺ ട്യൂട്ടോറിയൽ പ്രോജക്ട് എൻഎംഇചികിൽ, എം എച്ച് ആർ ഡി, ഭാരത സർക്കാർ ഓഫ് ഇന്ത്യ ആകുന്നു.
08:59	ഈ മിഷനെ കുറിച്ചുള്ള കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾ ഈ ലിങ്കിലുണ്ട്.
09:03	ഇത് ഐഇറ്റി ബോംബേയിൽ നിന്ന് വിജി നായർ ആണ്. പങ്കുചേർന്നതിന് നന്ദി.

Contributors and Content Editors

PoojaMoolya, Pratik kamble, Prena