Jmol-Application/C4/3D-Models-of-Enzymes/Tamil

Time	Narration
00:01	Jmolலில், enzymeகளின் 3D Modelகள் குறித்த இந்த டுடோரியலுக்கு நல்வரவு.
00:08	இந்த டுடோரியலில், நாம் கற்கப்போவது: Jmol panelலில், Human Pancreatic Hexokinaseன் structure ஐ load செய்வது
00:16	Secondary structureன் displayஐ மாற்றுவது
00:20	Active siteல், amino acid residueக்களை முன்னிலைப்படுத்துவது
00:25	Enzymeன், substrate மற்றும் cofactorகளை முன்னிலைப்படுத்துவது
00:30	மற்றும், proteinக்கான Ramachandran plotஐ பார்ப்பது.
00:35	இந்த டுடோரியலை பின்பற்ற, அடிப்படை உயிர்வேதியியல் உங்களுக்கு தெரிந்து இருக்க வேண்டும்.
00:41	மற்றும், Jmol Application windowவின் அடிப்படைoperationகள், பரீட்சயமாக இருக்க வேண்டும்.
00:46	Jmol Application தொடரில் இருக்கின்ற, Proteins and Macromolecules டுடோரியலை பார்க்கவும்.
00:53	அது பின்வரும் இணைப்பில் உள்ளது.
00:57	இந்த டுடோரியலை பதிவு செய்வதற்கு, நான்: * Ubuntu Operating System பதிப்பு12.04
01:05	Jmol பதிப்பு 12.2.2.
01:08	Java பதிப்பு 7 மற்றும் * Mozilla Firefox browser 22.0ஐ பயன்படுத்துகிறேன்.
01:16	Jmol windowஐ திறந்து, hexokinase enzymeன் structureஐ load செய்யவும்.
01:22	நான் internet ஐ இணைத்திருக்கிறேன். அதனால், PDB websiteல் இருந்து, structureஐ நேரடியாக நான் load செய்வேன்.
01:28	அதைச் செய்ய, File menuஐ திறக்கவும். Scroll down செய்து, Get PDB optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.
01:37	திரையில், ஒரு Input dialogue-box தோன்றுகிறது. Hexokinaseக்கான, நான்கு எழுத்து PDB code, அதாவது, 3IDHஐ text-box ல் டைப் செய்யவும்.
01:50	இந்த code, Protein Data Bank வலைதளத்தில் இருந்து பெறப்பட்டது.
01:55	உங்களுக்கு இணைய இணைப்பு இல்லையெனில்: tool barல் இருக்கின்ற, Open a file iconஐ பயன்படுத்தி, existing pdb file ஐ திறக்கவும்.
02:06	Ok பட்டனை க்ளிக் செய்யவும்.
02:09	Glucokinase எனவும் அழைக்கப்படுகின்ற, hexokinaseன் , 3D structure, திரையில் திறக்கிறது.
02:16	File menuஐ பயன்படுத்தி, Console windowஐ திறக்கவும்.
02:21	Consoleலில் காட்டப்பட்டுள்ளபடி, panelலில் இருக்கின்ற structure, substrate Glucoseஉடன் கூடிய, Human Pancreatic Glucokinaseக்கானது.
02:31	Consoleஐ மூடவும்.
02:34	Panelலில், hexokinaseன் ball and stick modelஐ நாம் கொண்டிருக்கிறோம்.
02:40	Panelலில், protein modelலில் இருந்து, water moleculeகளை நீக்கவும்.
02:44	Jmol டுடோரியல், Proteins and macromoleculesல், இந்த செயல்முறை விரிவாக விளக்கப்பட்டுள்ளது.
02:53	Hexokinase Enzymeஐ பற்றி-
02:56	Hexokinase, 465 amino acidகளைக் கொண்ட, ஒரு monomeric protein ஆகும்.
03:02	அது இரண்டு domainகளை கொண்டிருக்கிறது. ஒரு பெரிய domain, மற்றும் ஒரு சிறியdomain .
03:07	இந்த enzymeக்கான active-site, இரண்டு doaminகளுக்கு இடையே உள்ள cleftல் உள்ளது.
03:14	Hexokinaseக்கான active-site, 3 amino acid residueக்களை கொண்டிருக்கிறது: 204ல் Aspergine, 231 இடத்தில்Aspergine, மற்றும் 256ல் Glutamic acid.
03:30	Alpha-D-Glucose, இந்த enzyme க்கான substrate ஆகும்.
03:34	இப்போது, Jmol panel க்கு திரும்பச் செல்வோம்.
03:38	Enzymeகளின் component களான, Substrate, Cofactors அல்லது Amino acid residueக்களை, active siteல், நாம் தேர்ந்தெடுத்து முன்னிலைப்படுத்த முடியும்.
03:49	ஒரு குறிப்பிட்ட componentஐ தேர்ந்தெடுக்க, ரைட்-க்ளிக்கை பயன்படுத்தி, pop-up menuஐ திறக்கவும்.
03:55	Select optionக்கு scroll down செய்யவும்.
03:57	Proteins sub-menuவில் இருந்து, By Residue nameஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.
04:04	இங்கு தனிப்பட்ட, amino acid residueக்கள் பட்டியலிடப்பட்டிருக்கும்.
04:10	Amino acidஐ தேர்ந்தெடுக்க, அதன் பெயரை க்ளிக் செய்யவும்.
04:14	மேலும், amino acidக்கள், பின்வரும் தலைப்புகளின் கீழ், ஒரு குழுவாக்கப்பட்டிருக்கின்றன: Polar, Non-polar, Basic, Acidic, Uncharged போன்ற சில.
04:26	Hetero menuவில், metal ion potassium மற்றும் substrate glucose, பட்டியலிடப்பட்டுள்ளன.
04:34	Substrate binding siteஐ எளிதாக கண்டுபிடிக்க, enzymeன் displayஐ நாம் மாற்றலாம்.
04:41	Proteinனின், atomகளின், display மற்றும் நிறத்தை நாம் மாற்றுவோம்.
04:46	Pop-up menuஐ திறக்கவும். Selectக்கு சென்று, Protein optionக்கு scroll down செய்யவும். Allஐ க்ளிக் செய்யவும்.
04:55	மீண்டும், Pop-up menuஐ திறக்கவும். முதலில், Style, பின், Schemeக்கு scroll down செய்யவும். பின், Sticks optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.
05:05	இப்போது, panelலில், proteinஐ , sticks displayவில் கொண்டிருக்கிறோம்.
05:11	இப்போது, நிறத்தை மாற்ற, மீண்டும், Pop-up menuஐ திறக்கவும். Color >> Atomsக்கு சென்று, Blue optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.
05:23	திரையில், hexokinaseன் modelஐ , நீல நிறத்திலும், sticks displayவிலும் நாம் கொண்டிருக்கிறோம்.
05:30	Cleftல், ball and stick displayல், substrate Alfa-D-Glucoseஐ உற்று நோக்கவும்.
05:38	Substrateஐ முன்னிலைப்படுத்த- Pop-up menuஐ திறக்கவும். முதலில், Select, பின், Heteroக்கு செல்லவும். பின், GLC-ALFA-D-GLUCOSEஐ க்ளிக் செய்யவும்.
05:52	மீண்டும், Pop-up menuஐ திறக்கவும். Style >> Schemeக்கு scroll down செய்யவும். பின், Sticks optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.
06:00	நிறத்தை மாற்ற- மீண்டும், Pop-up menuஐ திறக்கவும். Color >> Atomsக்கு செல்லவும். பின், White optionஐ க்ளிக் செய்யவும்.
06:12	Substrateன் இடம் தெளிவாக முன்னிலைப்படுத்தப்பட்ட, hexokinaseன் model, panelலில் இருக்கிறது.
06:20	Amino acidகளை முன்னிலைப்படுத்த, active siteல், அவற்றின் நிறத்தை நாம் மாற்றலாம்.
06:26	அதற்கு, Console windowவில், நாம் commandகளை டைப் செய்ய வேண்டும்.
06:32	முன்பு கூறியது போல், active-siteல் உள்ள amino acidகள்: இடம் 204ல் Aspergine, இடம் 231ல் Aspergine, மற்றும், இடம் 256ல் Glutamic acid.
06:50	File menuஐ பயன்படுத்தி, console windowஐ திறக்கவும். Consoleஐ க்ளிக் செய்யவும்.
06:57	Console windowஐ பெரிதுபடுத்த, நான் Kmag Screen magnifierஐ பயன்படுத்துகிறேன்.
07:03	$ (dollar) promptல், டைப் செய்க: "select", சதுர அடைப்புக்குறிகளினுள், aspergineக்கு "Asn", அடைப்புக்குறியை மூடவும், "204", அதாவது, இடம், semicolon "color atoms orange".
07:25	Enterஐ அழுத்தவும்.
07:27	Aspargine residueன் atomகள், இப்போது, செம்மஞ்சள் நிறத்தில் இருப்பதை கவனிக்கவும்.
07:33	Key boardல், up-arrow பட்டனை அழுத்தி, commandஐ edit செய்யவும்.
07:39	Amino acidன் இடத்தை, 231க்கு edit செய்து, atomகளின் நிறத்தை, சிவப்பிற்கு மாற்றவும்.
07:48	Enterஐ அழுத்தவும்.
07:51	மீண்டும், up-arrow key ஐ அழுத்தி, amino acidன் பெயரை, GLUக்கு, அதாவது, glutamic acidக்கும், மற்றும், இடத்தை, 256க்கும்,
08:06	மற்றும், atomகளின் நிறத்தை, பச்சைக்கும் மாற்றி, பின், Enterஐ அழுத்தவும்.
08:13	Substrateஉடன் கூடிய, hexokinaseன், 3D model, மற்றும், active site, panelலில் முன்னிலைப்படுத்தப்பட்டுள்ளது.
08:23	Modelலில் , potassium atom, ஊதா நிறத்தில் இங்கு, முன்னிலைப்படுத்தி காட்டப்பட்டுள்ளது.
08:30	Jmolலில், ஒரு குறிப்பிட்ட proteinக்கு, ramachandran plotகளையும் நாம் காட்டலாம்.
08:36	Consoleலில், dollar($) prompt ல் டைப் செய்க: plot ramachandran
08:45	Enterஐ அழுத்தவும்.
08:47	திரையில், hexokinaseக்கான, ஒரு ramachandran plotஐ நாம் கொண்டிருக்கிறோம்.
08:54	Databaseல் இருந்து, pdb fileகளை பயன்படுத்தி, வெவ்வேறு enzymeகளை load செய்ய முயற்சிக்கவும்.
09:00	Secondary structureன் displayஐ மாற்றவும்.
09:04	சுருங்கச் சொல்ல. இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்றது: PDB codeஐ பயன்படுத்தி, Human Pancreatic Hexokinaseன் structure ஐ load செய்வது.
09:14	Secondary structureன் displayஐ மாற்றவது.
09:17	Active siteல், amino acid residueக்களை முன்னிலைப்படுத்துவது.
09:21	Enzymeன், substrate மற்றும் cofactorகளை முன்னிலைப்படுத்துவது.
09:25	மற்றும், proteinகளுக்கான ramachandran plotஐ பார்ப்பது.
09:30	பயிற்சியாக: Jmol panelலில், enzyme Lysozymeன், dot pdb file ஐ செய்யவும்.
09:38	Enzyme க்கு கட்டுண்ட substrateஐ முன்னிலைப்படுத்தவும்.
09:42	Active siteல் இருக்கின்ற, amino acidகளை, முன்னிலைப்படுத்தவும்.
09:46	சிறு குறிப்பு: Lysozymeன் pdb fileஐ , PDB databaseல் இருந்து பெறவும்.
09:52	இந்த URLலில் இருக்கும் வீடியோவை காணவும்.
09:56	அது, Spoken Tutorial திட்டத்தை சுருங்க சொல்கிறது.
10:00	உங்கள் இணைய இணைப்பு வேகமாக இல்லையெனில்,அதை தரவிறக்கி காணவும்.
10:04	ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டக்குழு
10:07	செய்முறை வகுப்புகள் நடத்தி, சான்றிதழ்கள் தருகிறது.
10:10	மேலும் விவரங்களுக்கு எங்களுக்கு மின்னஞ்சல் செய்யவும்.
10:14	Spoken tutorial திட்டம், Talk to a Teacher திட்டத்தின் ஒரு பகுதியாகும்.
10:19	இதற்கு ஆதரவு, இந்திய அரசாங்கத்தின்,National Mission on Education through ICT, MHRD, மூலம் கிடைக்கிறது.
10:25	மேலும் விவரங்களுக்கு, கீழ்கண்ட இணைப்பை பார்க்கவும்.
10:30	இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ.

Contributors and Content Editors

Jayashree, PoojaMoolya, Priyacst