Difference between revisions of "Biopython/C2/Writing-Sequence-Files/Sanskrit"
From Script | Spoken-Tutorial
(Created page with " {|Border=1 |'''Time''' |'''Narration''' |- | 00:01 | सर्वेभ्यः नमस्काराः । ''''Writing Sequence Files''' इति अनुशिक...") |
NaveenBhat (Talk | contribs) |
||
| Line 21: | Line 21: | ||
|- | |- | ||
| 00:19 | | 00:19 | ||
| − | | तथा, एकस्मिन् | + | | तथा, एकस्मिन् फैल्-मध्ये तेषां दैर्घ्यानुसारं विभजनं (sort), एतेषां विषये ज्ञानं प्राप्नुमः । |
|- | |- | ||
| 00:23 | | 00:23 | ||
| Line 48: | Line 48: | ||
|- | |- | ||
| 00:48 | | 00:48 | ||
| − | | '''Ipython interpreter''' (ऐ पैथन् इन्टर्प्रिटर्) 2.3.0 तम-आवृत्तिः, '''Biopython''' 1.64 तम-आवृत्तिः इत्येतेषाम् उपयोगं | + | | '''Ipython interpreter''' (ऐ पैथन् इन्टर्प्रिटर्) 2.3.0 तम-आवृत्तिः, '''Biopython''' 1.64 तम-आवृत्तिः इत्येतेषाम् उपयोगं करोमि । |
|- | |- | ||
| 00:55 | | 00:55 | ||
| − | | एकस्याः | + | | एकस्याः सञ्चिकायाः पठनार्थं वयं, '''parse''' तथा '''read''' फङ्क्षन् एतावता पठितवन्तः । |
|- | |- | ||
| Line 126: | Line 126: | ||
|- | |- | ||
| 02:45 | | 02:45 | ||
| − | | टेक्स्ट्-सञ्चिकातः, सीक्वेन्स्, id (ऐडि) तथा '''description''' | + | | टेक्स्ट्-सञ्चिकातः, सीक्वेन्स्, id (ऐडि) तथा '''description''' कोपि कृत्वा तान् टर्मिनल्-मध्ये प्रतिवाक्यं पेस्ट् कुर्वन्तु । |
|- | |- | ||
| Line 262: | Line 262: | ||
|- | |- | ||
| 06:02 | | 06:02 | ||
| − | | उदाहरणार्थं : वयं 'GenBank सञ्चिकां FASTA सञ्चिकाम् इव परिवर्तयितुं | + | | उदाहरणार्थं : वयं 'GenBank सञ्चिकां FASTA सञ्चिकाम् इव परिवर्तयितुं शक्नुमः, किन्तु, अस्य व्यतिरिक्तरूपेण (रिवर्स्) कर्तुं न शक्नुमः । |
|- | |- | ||
Revision as of 11:20, 15 August 2019
| Time | Narration |
| 00:01 | सर्वेभ्यः नमस्काराः । 'Writing Sequence Files इति अनुशिक्षणं प्रति भवतां स्वागतम् । |
| 00:07 | अस्मिन् अनुशिक्षणे वयं : 'सीक्वेन्स् रेकार्ड् आब्जेक्ट्’ निर्माणम्, |
| 00:13 | सिक्वेन्स् फ़ैल् लेखनम् |
| 00:15 | ’फैल् फार्म्याट्स्' परिवर्तनम् |
| 00:19 | तथा, एकस्मिन् फैल्-मध्ये तेषां दैर्घ्यानुसारं विभजनं (sort), एतेषां विषये ज्ञानं प्राप्नुमः । |
| 00:23 | एतत् अनुशिक्षम् अनुसर्तुं भवतां, |
| 00:27 | पदवीपूर्व-जीवरसायनशास्त्रम् अथवा बयोइन्फर्म्याटिक्स् |
| 00:31 | तथा प्राथमिक Python (पैथन्) प्रोग्रामिङ्ग् ज्ञानमावश्यकम् । |
| 00:34 | दत्तायां पर्चन्यां पैथन् अनुशिक्षणं पश्यन्तु । |
| 00:38 | एतत् अनुशिक्षणं रेकार्ड् कर्तुं, अहं Ubuntu OS 14.10 तम-आवृत्तिः, |
| 00:45 | Python 2.7.8 तम-आवृत्तिः, |
| 00:48 | Ipython interpreter (ऐ पैथन् इन्टर्प्रिटर्) 2.3.0 तम-आवृत्तिः, Biopython 1.64 तम-आवृत्तिः इत्येतेषाम् उपयोगं करोमि । |
| 00:55 | एकस्याः सञ्चिकायाः पठनार्थं वयं, parse तथा read फङ्क्षन् एतावता पठितवन्तः । |
| 01:03 | अस्मिन् अनुशिक्षणे एकस्यां सञ्चिकायां सीक्वेन्स् लेखितुं write 'फङ्क्षन्' कथम् उपयुज्यते, |
| 01:09 | तथा Convert फङ्क्षन् उपयुज्य अनेकानि 'फैल् फार्म्याट्स् ' एकस्मात् अन्यं प्रति परिवर्तयितुं वयं पठामः । |
| 01:16 | write फङ्क्षन् कथम् उपयोक्तव्यमिति अहमिदानीम् पाठयामि । |
| 01:20 | प्रोटीन् सीक्वेन्स् इत्यनेन सह अत्र एका टेक्स्ट्-सञ्चिका वर्तते । |
| 01:24 | 'इन्सुलिन् प्रोटीन्’ सीक्वेन्स् अत्र दर्शितम् । |
| 01:28 | सञ्चिका, GI अक्सेषन् सङ्ख्या (GI accession number) तथा description निर्देशयुक्ता अपि अस्ति । |
| 01:36 | वयमिदानीम् एतत् सीक्वेन्स् निमित्तं FASTA फार्म्याट्-मध्ये एकां सञ्चिकां रचयामः । |
| 01:41 | अत्र, 'सीक्वेन्स् रेकार्ड् आब्जेक्ट्’ निर्माणं प्रथमस्तरीयम् । |
| 01:45 | 'सीक्वेन्स् रेकार्ड् आब्जेक्ट्स्’ अधिकृत्य अधिकं विवरणम् : |
| 01:49 | एतत् 'सीक्वेन्स् इन्पुट्/औट्पुट् इण्टर्-फेस्’-निमित्तं बेसिक् डेटा टैप् अस्ति । |
| 01:55 | 'सीक्वेन्स् रेकार्ड् आब्जेक्ट्’ मध्ये, सीक्वेन्स्, identifier तथा description इत्यादयः अधिकवैशिष्ट्यसम्बद्धविषयाः सन्ति । |
| 02:04 | Ctrl, Alt तथा t इत्येतेषाम् एकस्मिन् काले नोदनद्वारा टर्मिनल् उद्घाटयन्तु । |
| 02:10 | प्राम्प्ट् मध्ये, एवं टण्कयित्वा : ipython , Enter नुदन्तु । |
| 02:15 | प्राम्प्ट् मध्ये, अधोनिर्दिष्टानि वाक्यानि टण्कयन्तु । |
| 02:18 | from Bio dot Seq माड्यूल्, import Seq क्लास् |
| 02:24 | from Bio dot SeqRecord माड्यूल्, import Sequence Record क्लास् |
| 02:31 | तदनन्तरं , from Bio dot Alphabet माड्यूल्,, import generic protein क्लास्
|
| 02:38 | तदनन्तरम् अहं सीक्वेन्स् रेकार्ड् आब्जेक्ट् record1 इति वेरियेबल् मध्ये सेव् करोमि । |
| 02:45 | टेक्स्ट्-सञ्चिकातः, सीक्वेन्स्, id (ऐडि) तथा description कोपि कृत्वा तान् टर्मिनल्-मध्ये प्रतिवाक्यं पेस्ट् कुर्वन्तु । |
| 02:56 | Enter नुदन्तु । |
| 02:58 | औट्पुट् दर्शयितुं record1 इति टण्कयन्तु । |
| 03:02 | Enter नुदन्तु ।. |
| 03:04 | औट्पुट्, 'इन्सुलिन् प्रोटीन्' सीक्वेन्स्, सीक्वेन्स् रेकार्ड् आब्जेक्ट् इति दर्शयति । |
| 03:10 | एतत् सीक्वेन्स् इत्येतत् id तथा description सहितं दर्शयति । |
| 03:13 | उपरि सीक्वेन्स् रेकार्ड् आब्जेक्ट्, FASTA फैल् इव परिवर्तयितुं वयं write फङ्क्षन् उपयोगं कुर्मः । |
| 03:21 | Bio package तः SeqIO module इम्पोर्ट् कुर्वन्तु । |
| 03:26 | अनन्तरं, सीक्वेन्स् आब्जेक्ट् FASTA फैल्-रूपेण परिवर्तयितुं 'कमाण्ड् लैन्' इत्येतत् write फङ्क्षन्-सह टण्कयन्तु । |
| 03:40 | write फङ्क्षन्, 3 'आर्ग्युमेण्ट्स्' स्वीकरोति । |
| 03:44 | आदौ, सीक्वेन्स् रेकार्ड् आब्जेक्ट्- स्टोर् करण-वेरियबल् अस्ति । |
| 03:49 | द्वितीयं, FASTA सञ्चिकायाः लेखनीयं सञ्चिकायाः नाम अस्ति । |
| 03:54 | तृतीयं, लेखननिमित्तम् आवश्यकं फैल् फार्म्याट् भवति । Enter नुदन्तु । |
| 03:58 | औट्पुट् एकम् इति दर्शयति । तन्नाम, अस्माभिः एकं सीक्वेन्स् रेकार्ड् आब्जेक्ट् - FASTA फैल्-रूपेण परिवर्तितम् । |
| 04:07 | FASTA फ़ार्म्याट्-मध्ये वर्तमानं फ़ैल् home फ़ोल्डर् मध्ये "example.fasta" इति सेव् कृतम् अस्ति । |
| 04:13 | अत्र भवद्भिः जागरूकतया भाव्यम् । यदि औट्पुट् समाननाम्ना अस्ति चेत् एतत् तस्य उपरि एव लिखति । |
| 04:18 | फ़ैल् द्रष्टुं home फोल्डर् – मध्ये फ़ैल् प्रति नेविगेट् कुर्वन्तु । |
| 04:24 | एतां सञ्चिकां टेक्स्ट्-एडिटर् मध्ये उद्घाटयन्तु । |
| 04:27 | प्रोटीन् सीक्वेन्स् इदानीं, FASTA फार्म्याट्-मध्ये वर्तते । |
| 04:31 | टेक्स्ट्-एडिटर् पिदधतु । |
| 04:33 | बहूनि ‘बयोइन्फर्म्याटिक्स्’ साधनानि, अनेकानि इन्पुट् फैल् फार्म्याट्स् स्वीकरोति । |
| 04:38 | अतः, कदाचित् सीक्वेन्स् फैल् फार्म्याट्स् मध्ये परस्परपरिवर्तनम् अवश्यकम् । |
| 04:44 | SeqIO माड्यूल्-मध्ये convert फङ्क्षन्स् उपयुज्य फैल् परिवर्तनं अस्माभिः कर्तुं शक्यते । |
| 04:50 | दर्शयितुम्, अहं काञ्चित् GenBank सञ्चिकां 'FASTA' सञ्चिकारूपेण परिवर्तयामि । |
| 04:55 | मम home फोल्डर् मध्ये, किञ्चन GenBank सञ्चिका वर्तते । |
| 04:59 | अहं एतत् किञ्चन टेक्स्ट्-एडिटर्-द्वारा उद्घाटयामि । |
| 05:02 | सञ्चिका, GenBank (जेन् ब्याङ्क्) फार्म्याट् मध्ये, HIV genome (एच्ऐवि जीनोम्)युक्तम् अस्ति । |
| 05:07 | एषा 'जेन् ब्याङ्क्’ सञ्चिका , 'जीनोम्' मध्ये वर्तमानानां सर्वेषां जीन् सम्बद्धविवरणानि, सञ्चिकायाः प्रथमभागे वहति । |
| 05:14 | अनन्तरम्, एतत् पूर्णं ‘जीनोम्’ सीक्वेन्स्-युक्तमस्ति । |
| 05:18 | टेक्स्ट्-एडिटर् पिदधतु । टर्मिनल्-मध्ये अधोनिर्दिष्टानि वाक्यानि टण्कयन्तु । |
| 05:23 | अत्र, convert फङ्क्षन्, 'जेन् ब्याङ्क्' सञ्चिकायां विद्यमानं सम्पूर्णं 'जिनोम्’ सीक्वेन्स् 'FASTA' फैल् रूपेण परिवर्तयति ।Enter नुदन्तु । |
| 05:33 | 'FASTA' फार्म्याट्-मध्ये वर्तमान-नूतनसञ्चिका, इदानीं home फोल्डर्-मध्ये, 'HIV.fasta' इति सेव् कृता वर्तते । |
| 05:39 | नेविगेट् कृत्वा एतां सञ्चिकां प्रति गत्वा टेक्स्ट्-एडिटर् मध्ये उद्घाटयन्तु । |
| 05:46 | टेक्स्ट्-एडिटर् पिदधतु । |
| 05:49 | वयं convert फङ्क्षन् उपयुज्य सरलतया फैल् फार्म्याट् परिवर्तनं कर्तुं शक्नुमः । परन्तु तत् परिमितं भवति । |
| 05:56 | कानिचन फार्म्याट्स् लेखितुं, अन्य-फार्म्याट्-मध्ये अविद्यमानविषयाः आवश्यकाः । |
| 06:02 | उदाहरणार्थं : वयं 'GenBank सञ्चिकां FASTA सञ्चिकाम् इव परिवर्तयितुं शक्नुमः, किन्तु, अस्य व्यतिरिक्तरूपेण (रिवर्स्) कर्तुं न शक्नुमः । |
| 06:09 | तथैव, वयमेकां 'FASTQ' सञ्चिकां, 'FASTA' सञ्चिकारूपेण परिवर्तयितुं शक्नुमः । परन्तु, व्यतिरिक्ततया कर्तुं न शक्यते ।
|
| 06:15 | convert फङ्क्षन् अधिकृत्य अधिकविवरणार्थं, help कमाण्ड् टण्कयन्तु । |
| 06:21 | Enter नुदन्तु । |
| 06:24 | प्राम्प्ट् प्रति गन्तुं , की बोर्ड् मध्ये 'q' नुदन्तु । |
| 06:28 | GenBank फार्म्याट्-मध्ये 'एच्ऐवि जीनोम्’ तः, पृथक् जीन्स् वयं बहिः निःसारयितुं शक्नुमः । |
| 06:35 | एतानि प्रत्येकं जीन्स् 'FASTA' अथवा अन्य-फार्म्याट्-मध्ये सेव् कर्तुं शक्यते । |
| 06:41 | एतदर्थं प्राम्प्ट्-मध्ये अधोनिर्दिष्टं कोड् टण्कयन्तु । |
| 06:47 | एतत् कोड्, सर्वं प्रत्येकं CDS (सिडिएस्) जीन्स् सीक्वेन्स् , तेषां id तथा जीन् नाम अपि कस्याञ्चित् सञ्चिकायां लिखति । |
| 06:56 | एषा सञ्चिका, भवतां home फोल्डर्-मध्ये, "HIV_geneseq.fasta" इति सेव् कृता वर्तते । Enter नुदन्तु । |
| 07:07 | भवतां 'बयोपैथन्' टूल् उपयुज्य, सञ्चिकायां रेकार्ड्स्, तेषां दैर्घ्यानुसारं विभक्तुं शक्यते । |
| 07:12 | अत्र, अहं “hemoglobin.fasta” इति FASTA सञ्चिकाम् उद्घाटयामि । एतत् षट्-रेकार्ड्-युक्तम् अस्ति । |
| 07:19 | प्रत्येकं रेकार्ड् दैर्घ्यं विभिन्नम् अस्ति । |
| 07:23 | अत्यन्तं दीर्घं रेकार्ड् आदौ स्थापयितुम् अधोनिर्दिष्टानि वाक्यानि टण्कयन्तु । |
| 07:27 | विभक्त (sorted ) सीक्वेन्स्-युक्ता नूतनसञ्चिका "sorted_hemoglobin.fasta" इति, भवतां home फोल्डर् मध्ये सेव् कृतं भवति । |
| 07:38 | लघुरेकार्ड्स् आदौ स्थापयितुं, records.sort कमाण्ड् लैन्-मध्ये, आर्ग्यूमेंट्स् व्यतिरेकेण (रिवर्स्-रूपेण) स्थापयन्तु । |
| 07:45 | सङ्क्षेपेण, अस्मिन् अनुशिक्षणे वयं सीक्वेन्स् रेकार्ड् आब्जेक्ट् निर्मातुं, |
| 07:51 | 'सीक्वेन्स् इन्पुट्/औट्पुट्' माड्यूल् write फङ्क्षन् उपयुज्य, सीक्वेन्स् सञ्चिकां लेखितुं, |
| 07:58 | convert फङ्क्षन् उपयुज्य , सीक्वेन्स् फैल् फार्म्याट् परिवर्तयितुं, |
| 08:03 | तथा,फैल्- मध्ये रेकार्ड्स् तेषां दैर्घ्यानुसारं विभक्तुं च पठितवन्तः । |
| 08:07 | गृहकार्यनिमित्तम् - |
| 08:09 | HIV 'जेनोमिक्' सीक्वेन्स् तः, 4587 तः 5165 स्थानेषु, जीन् "HIV1gp3" (एच्ऐवि 1 जिपि 3) एक्स्ट्राक्ट् कुर्वन्तु । |
| 08:21 | अस्य अनुशिक्षणस्य कोड् सञ्चिकायां, "HIV.gb" सञ्चिका योजिता अस्ति । |
| 08:28 | भवतां समाप्तं गृहकार्यम् अधोनिर्दिष्ट-कोड्-युक्तं भवति । |
| 08:43 | अस्यां पर्चन्यां वर्तमानं वीडियो स्पोकन् ट्युटोरियल् योजनां विवृणोति । |
| 08:48 | कृपया एतत् डौन्लोड् कृत्वा पश्यतु । स्पोकन् ट्युटोरियल् प्राजेक्ट् गणः कार्यशालाः सञ्चालयति तथा आन्लैन् परीक्षाः अपि चालयति । उत्तीर्णेभ्यः प्रमाणपत्रं च यच्छति । |
| 08:57 | अधिकविवरणार्थम् अस्माकं सम्पर्कं कुर्वन्तु ।
|
| 09:00 | स्पोकन् ट्युटोरियल् योजना राष्ट्रियसाक्षरतामिषन् ICT, MHRD द्वारा भारतसर्वकारस्य सहयोगं प्राप्तवती अस्ति । |
| 09:06 | अस्याः योजनायाः विषये अधिकं विवरणम् अत्र पर्चन्याम् उपलभ्यते । |
| 09:10 | अस्य अनुशिक्षणस्य अनुवादकः डा. उदयन हेगडे, प्रवाचकः श्री नवीन भट्, उप्पिनपट्टनम् । धन्यवादाः । |
