Difference between revisions of "Biopython/C2/Manipulating-Sequences/Malayalam"
From Script | Spoken-Tutorial
| Line 72: | Line 72: | ||
|- | |- | ||
| − | | 01: 26 | + | | 01:26 |
| പ്രോംപ്റ്റില്, "ipython" എന്ന് ടൈപ് ചെയ്ത് '' 'Enter' '' അമര്ത്തുക. | | പ്രോംപ്റ്റില്, "ipython" എന്ന് ടൈപ് ചെയ്ത് '' 'Enter' '' അമര്ത്തുക. | ||
| Line 88: | Line 88: | ||
|- | |- | ||
| − | | 01: 50 | + | | 01:50 |
|പ്രോംപ്റ്റില്, ടൈപ്പ് ചെയ്യുക: "import random", '''Enter'''അമര്ത്തുക. | |പ്രോംപ്റ്റില്, ടൈപ്പ് ചെയ്യുക: "import random", '''Enter'''അമര്ത്തുക. | ||
Revision as of 12:58, 18 January 2018
| Time | Narration |
| 00:01 | Manipulating Sequences.എന്നതിലെ ഈ ട്യൂട്ടോറിയലിലേക്ക് സ്വാഗതം.' |
| 00:06 | ഈ റ്റുറ്റൊരിയലില് നമ്മള് Biopythonടൂള് ഉപയോഗിക്കും: റാൻഡം DNA സെക്യുഎൻസ് സൃഷ്ടിക്കുന്നതിന് |
| 00:13 | നിർദ്ദിഷ്ട സ്ഥാനങ്ങളിൽ ഒരുDNA സെക്യുഎൻസ് സ്ലൈസ് ചെയ്യുക |
| 00:17 | ഒന്നിച്ചുചേർത്ത ഒരു പുതിയ ശ്രേണിയെ സൃഷ്ടിക്കാൻ രണ്ട് സീക്വൻസ് കളോടൊപ്പം ചേരുക |
| 00:22 | സീക്വൻസ്ന്റെ നീളം കണ്ടെത്തുക |
| 00:26 | individual baseഅല്ലെങ്കിൽ string'ന്റെ ഭാഗം |
| 00:31 | സ്ട്രിംഗിന്റെ ഒരു പ്രത്യേക ഭാഗമോ ഭാഗമോ കണ്ടെത്തുക. |
| 00:35 | ഒരു sequence objectഒരു മ്യൂടേബിൾ സീക്വന്സ് ഒബ്ജക്റ്റിനു മാറ്റുക. |
| 00:40 | ഈ ട്യൂട്ടോറിയൽ പിന്തുടരുന്നതിന്, നിങ്ങൾ അണ്ടർഗ്രഡ്യൂട്ട് ബയോകെമിസ്ട്രി അല്ലെങ്കിൽ ബയോ ഇൻഫർമാറ്റിക്സ് പരിചയത്തിലായിരിക്കണം |
| 00:47 | അടിസ്ഥാന പൈഥൺ പ്രോഗ്രാമിങ്. |
| 00:51 | ഇല്ലെങ്കിൽ, തന്നിരിക്കുന്ന ലിങ്കിൽ 'പൈത്തൺ ട്യൂട്ടോറിയലുകൾ റഫർ ചെയ്യുക. |
| 00:56 | ഈ ട്യൂട്ടോറിയൽ രേഖപ്പെടുത്താൻ ഞാൻ ഉപയോഗിക്കുന്നു: * 'ഉബുണ്ടു ഓസ്' 'പതിപ്പ് 14.10 |
| 01:03 | Python version 2.7.8 |
| 01:07 | Ipython interpreter version 2.3.0 |
| 01:12 | Biopython version 1.64. |
| 01:16 | 'ടെർമിനൽ തുറന്ന്' ipython interpreter 'ആരംഭിക്കാം. |
| 01:21 | 'Ctrl, Alt' , 't' കീകൾ ഒരേ സമയം അമർത്തുക . |
| 01:26 | പ്രോംപ്റ്റില്, "ipython" എന്ന് ടൈപ് ചെയ്ത് 'Enter' അമര്ത്തുക. |
| 01:31 | Ipython പ്രോംപ്റ്റ് സ്ക്രീനിൽ ദൃശ്യമാകുന്നു. |
| 01:35 | ബയോപിൺഥോൻ ഉപയോഗിച്ചു്, ഒരു നിശ്ചിത ദൈർഘ്യത്തിന്റെ റാൻഡം ഡിഎൻഎ സീക്വൻസ് നായി നമുക്ക് ഒരു sequence object സൃഷ്ടിക്കാം. |
| 01:44 | 20 അടിസ്ഥാന ബസ്സ് ഡിഎൻഎ സീക്വൻസ് നമുക്ക് ഇപ്പോൾ ഒരു ശ്രേണിയെക്കുറിച്ച് ചിന്തിക്കാം. |
| 01:50 | പ്രോംപ്റ്റില്, ടൈപ്പ് ചെയ്യുക: "import random", Enterഅമര്ത്തുക. |
| 01:56 | അടുത്തതായി,'Bio പാക്കേജിൽ നിന്നുള്ളSeq മൊഡ്യൂൾ ഇംപോർട്ട് ചെയ്യുക. |
| 02:01 | പലപ്പോഴും Seq seek എന്ന് പ്രൊനൗൺസ്‌ ചെയുന്നു . |
| 02:06 | പ്രോംപ്റ്റിൽ, ടൈപ്പ് ചെയ്യുക: From Bio dot Seq import Seq. എന്റർ അമർത്തുക. |
| 02:15 | ഡിഎൻഎ സീക്വൻസ് ആല്ഫബെറ്റുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിന് ഞങ്ങൾ Bio.Alphabet മൊഡ്യൂൾ ഉപയോഗിക്കും. |
| 02:22 | ടൈപ്പ്: from Bio dot Alphabet import generic underscore dna. 'Enter' അമർത്തുക. |
| 02:32 | റാൻഡം ഡിഎൻഎ സീക്വൻസ്നായി ഒരു സീക്വൻസ് ഒബ്ജക്റ്റ് സൃഷ്ടിക്കാൻ ഇനിപ്പറയുന്ന 'കമാൻഡ്' ടൈപ്പ് ചെയ്യുക. |
| 02:38 | ഒരു വേരിയബിളില് 'dna1' സീക്വൻസ്ല് സൂക്ഷിക്കുക. |
| 02:42 | ദയവായി ശ്രദ്ധിക്കുക: ഈ കമാൻഡില് ഇരട്ട ഉദ്ധരണികള്ക്ക് പകരം രണ്ട് സിംഗിള് ഉദ്ധരണികള് ഉപയോഗിക്കുക. എന്റർ അമർത്തുക. |
| 02:50 | ഔട്ട്പുട്ടിനായി, type: 'dna1' . എന്റർ അമർത്തുക. |
| 02:55 | ഔട്ട്പുട്ട് ആക്ടീവ് ഡി.എൻ.എ. സീക്വൻസിനായിsequence object കാണിക്കുന്നു. |
| 03:00 | നിങ്ങൾക്ക് ഒരു പുതിയ ശ്രേണി വേണമെങ്കിൽ, മുകളിലുള്ള അതേ ആജ്ഞ ലഭിക്കുന്നതിന് അപ്പ്-ആരോ കീ അമർത്തുക. എന്റർ അമർത്തുക. |
| 03:11 | ഔട്ട്പുട്ടിനായി വേരിയബിൾ പേര് 'dna1 ടൈപ്പ് ചെയ്യുക.' പ്രസ് 'എന്റർ' . |
| 03:17 | ആദ്യത്തേതിൽ നിന്നു വ്യത്യസ്തമായ ഒരു പുതിയ ഡിഎൻഎ സീക്വൻസ് ഔട്ട്പുട്ട് കാണിക്കുന്നു. |
| 03:23 | Sequence Objects: നെ കുറിച്ച |
| 03:25 | Sequence Objects: സാധാരണ Python string |
| 03:30 | അതിനാൽ, പൈത്തൺ സ്ട്രിംഗിനായി ചെയ്യുന്നതുപോലെ സാധാരണ കൺവെൻഷനുകൾ പിന്തുടരുക. |
| 03:35 | പൈത്തണിൽ, നമ്മൾ 1 എന്നതിനു പകരം 0 ൽ നിന്ന് ആരംഭിക്കുന്ന സ്ട്രിംഗിലെ കാരക്ടേഴ്‌സ് കണക്കാക്കുന്നു. |
| 03:41 | സീനിൽ ആദ്യ ക്കരക്റ്റർ പൂജ്യം സ്ഥാനമാണ്. |
| 03:45 | തിരികെ ടെർമിനലിലേക്ക്. |
| 03:47 | പലപ്പോഴും നിങ്ങൾ ഒരു ഭാഗത്തിന്റെ ഒരു ഭാഗം മാത്രമേ പ്രവർത്തിക്കാവൂ. |
| 03:52 | ഇപ്പോൾ സ്ട്രിംഗിന്റെ ഭാഗങ്ങൾ എക്സ്ട്രാക്റ്റ് ചെയ്ത് അവ സീക്വൻസ് ഒബ്ജക്റ്റ്കളായി സൂക്ഷിക്കുന്നതെങ്ങനെയെന്ന് നോക്കാം. |
| 03:58 | ഉദാഹരണത്തിന്, നമ്മൾ രണ്ട് സ്ഥാനങ്ങളിൽDNA സെക്യുഎൻസ് slice ചെയ്യും |
| 04:04 | ആദ്യം, അടിത്തറ 6 മുതൽ 7 വരെ. |
| 04:08 | ഇത് ഒരു സീക്വൻസിൻറെ തുടക്കം മുതൽ ആറാം അടിവരയിട്ട് ഒരു ഭാഗത്തെ എക്സ്ട്രാക്റ്റുചെയ്യും. |
| 04:15 | രണ്ടാമത്തെ സ്ലൈസ് 11 നും 12 നും ഇടയിലുള്ളതാണ്. |
| 04:20 | രണ്ടാമത്തെ ഫ്രാഗ്മെന്റ് പന്ത്രണ്ടാം മുതൽ ഈ ശ്രേണിയുടെ അവസാനം വരെ ആയിരിക്കും. |
| 04:26 | ആദ്യത്തെ കഷണം എക്സ്ട്രാക്റ്റ് ചെയ്യുന്നതിന് പ്രോംപ്റ്റിൽ, ഈ കമാൻഡ് ടൈപ്പ് ചെയ്യുക. |
| 04:31 | String1 equal to dna1 within brackets 0 colon 6. |
| 04:39 | 'സ്ട്രിംഗ് 1' ആദ്യത്തെ ഫരാഗമെന്റ് സംഭരിക്കാനുള്ള വേരിയബിള് ആണ്. |
| 04:43 | ബാക്കി കമാന്ഡ് സാധാരണ പൈത്തണിനു താഴെ കൊടുക്കുന്നു. |
| 04:47 | ഈ ബ്രാക്കറ്റുകളിൽ സൂക്ഷിച്ചിരിക്കുന്ന സ്റ്റാർട്ട് സ്റ്റോപ്പ് സ്ഥാനങ്ങൾ ഒരു കോളൺ ഉപയോഗിച്ച് വേർതിരിച്ചിരിക്കുന്നു. |
| 04:53 | സ്ഥാനങ്ങൾ തുടക്കത്തിൽ ഉൾക്കൊള്ളുന്നു, എന്നാൽ സ്റ്റോപ്പ് സ്ഥാനത്തെ മാത്രം അവയിൽ നിന്ന് ഒഴിവാക്കുന്നു. എന്റർ അമർത്തുക. |
| 05:01 | ഔട്ട്പുട്ട് കാണുന്നതിന്, ടൈപ്പ് ചെയ്യുക: "string1", അമർത്തുക 'Enter' . |
| 05:04 | ഔട്ട്പുട്ട് ആദ്യത്തെ ഫ്രാഗ്മെന്റ് കാണിക്കുന്നു. |
| 05:10 | ക്രമം മുതൽ രണ്ടാമത്തെ സ്ട്രിംഗ് എക്സ്ട്രാക്റ്റുചെയ്യുന്നതിന്, അപ്പ്-ആരോ കീയും താഴെ പറയുന്ന കമാൻഡും 'എഡിറ്റ്' ചെയുക : |
| 05:17 | വേരിയബിളിന്റെ പേര് string2 ഉം ' '11' , '20' എന്നീ സ്ഥാനങ്ങളിലേക്ക് മാറ്റുക. |
| 05:24 | ഔട്ട്പുട്ടിനായി, "string2" എന്ന് ടൈപ്പ് ചെയ്യുക. എന്റർ അമർത്തുക. |
| 05:30 | ഇപ്പോൾ നമ്മൾ രണ്ടാംഫ്രാഗ്മെന്റ് സീക്വൻസ് ഒബ്ജക്റ്റ് പോലെയാണ് |
| 05:34 | നമുക്ക് സങ്കലനം ചെയ്യാം, അതിനൊപ്പം രണ്ട് സ്ട്രിംഗുകളും ഒരു പുതിയ വിഭജനം കൂട്ടിച്ചേർത്ത് കൂട്ടിച്ചേർക്കുക. |
| 05:42 | വേരിയബിൾ 'dna2' ലെ പുതിയ ശ്രേണി ശേഖരിക്കുക. |
| 05:46 | ടൈപ്പ്: dna2 equal to string1 plus string2. എന്റർ അമർത്തുക. |
| 05:53 | ദയവായി ശ്രദ്ധിക്കുക: പൊരുത്തമില്ലാത്ത ആല്ഫബെറ്സ് ഉപയോഗിച്ച് ഞങ്ങൾക്ക് സീക്വൻസുകളെ ചേർക്കാൻ കഴിയില്ല. |
| 05:59 | അതായതു, ഒരു ഡിഎൻഎ സീക്വ ൻസ് ഉം പ്രോട്ടീൻ സീക്വ ൻസ് ഉം ഒരു പുതിയ സീക്വൻസ് |
| 06:07 | രണ്ട് ശ്രേണികൾ ഒരേ ആല്ഫബെറ് ആറ്റരിബട്ട് ഉണ്ടായിരിക്കണം. |
| 06:12 | ഔട്ട്പുട്ട് കാണുന്നതിനായി, "dna2" എന്ന് ടൈപ്പ് ചെയ്യുക. എന്റർ അമർത്തുക. |
| 06:17 | ഔട്ട്പുട്ട് ഒരു പുതിയ ശ്രേണി കാണിക്കുന്നു, അത് സ്ട്രിംഗ് 1 ', സ്ട്രിംഗ് 2 എന്നിവയുടെ സംയോജനമാണ്.' |
| 06:23 | പുതിയ ശ്രേണിയുടെ ദൈർഘ്യം കണ്ടെത്താൻ, ഞങ്ങൾ len ഫങ്ഷൻ ഉപയോഗിക്കും. |
| 06:29 | ടൈപ്പ്: പരാന്തേസിസ്റൽ "len" "dna2". എന്റർ അമർത്തുക. |
| 06:34 | ഔട്ട്പുട്ട് 15 അടിത്തറയായി കാണിക്കുന്നു. |
| 06:39 | നമുക്ക് സീക്വൻസിലുള്ള നിലവിലെ ബേസിന്റെ എണ്ണം കണക്കാക്കാം. |
| 06:44 | അത് ചെയ്യുന്നതിന് നമുക്ക് 'count ()' 'ഫങ്ഷൻ ഉപയോഗിക്കും. |
| 06:47 | ഉദാഹരണത്തിന്, സീക്വൻസില് നിലവിലുള്ള അലനുകളുടെ എണ്ണം കണക്കു ചെയ്യാന് താഴെ പറയുന്ന കമാന്ഡ് ടൈപ്പ് ചെയ്യുക: 'dna2 dot count' ഇരട്ട ഉദ്ധരണിക്കുള്ള അക്ഷരങ്ങളില് A. |
| 07:02 | അമർത്തുക 'Enter' . |
| 07:04 | 'Dna2' അനുപാതത്തിലുണ്ടായിരുന്ന alanines ന്റെ എണ്ണം കാണിക്കുന്നു. |
| 07:10 | സ്ട്രിംഗിന്റെ ഒരു പ്രത്യേക ഭാഗമോ ഭാഗമോ കണ്ടെത്താൻ 'find ()' 'ഫങ്ഷൻ ഉപയോഗിക്കും. |
| 07:16 | ടൈപ്പ്: 'dna2 dot find' ഡയബിൾ കൊട്സ് നുള്ളിൽ ൽ "GC" ഉള്ളിൽ. എന്റർ അമർത്തുക'. |
| 07:26 | സ്ട്രിങിലുള്ള ജിസി 'പ്രത്യക്ഷപ്പെടുന്നതിന്റെ ആദ്യദശയുടെ സ്ഥാനം സൂചകം സൂചിപ്പിക്കുന്നു. |
| 07:32 | സാധാരണയായി ഒരുസീക്വൻസ് ഒബ്ജക്റ്റ് എഡിറ്റ് ചെയ്യാൻ കഴിയില്ല. |
| 07:35 | ഒരു ക്രമം ചിട്ടപ്പെടുത്താൻ, അതിനെ mutable sequence object ആയി കന്വേര്റ്റ് ചെയ്യുക. |
| 07:41 | അത് ചെയ്യുന്നതിന് ടൈപ്പ് ചെയുക dna3 equal to dna2 dot to mutable പാരാന്തേസിസ് ഓപ്പൺ ചെയുക ക്ലോസെ ചെയുക സമം തുല്യമാണ്. എന്റർ അമർത്തുക . |
| 07:52 | ഔട്ട്പുട്ടിനായി, ഇവിടെ: 'dna3' ടൈപ്പ് ചെയുക . എന്റർ അമർത്തുക. |
| 07:55 | ഇപ്പോൾ സീക്വൻസ് ഒബ്ജക്റ്റ് എഡിറ്റുചെയ്യാം. |
| 07:59 | നമുക്ക് ഈ ശ്രേണിയിൽ നിന്ന് ഒരുbase പകരമായി മാറ്റാം. |
| 08:01 | ഉദാഹരണമായി, അഞ്ചാമത് സ്ഥാനത്ത് ഒരു അലൈൻ അലേറിനാക്കി മാറ്റുന്നതിന് ടൈപ്പ് ചെയ്യുക:: dna3 within brackets 5 equal to within double quotes alphabet A. Enter അമർത്തുക . |
| 08:19 | ഔട്ട്പുട്ടിനായി ടൈപ്പ് ചെയ്യുക: 'dna3' . എന്റർ അമർത്തുക. |
| 08:24 | ഔട്ട്പുട്ട് നിരീക്ഷിക്കുക. cytosine സ്ഥാനത്ത് അഞ്ചാം സ്ഥാനത്ത്alanine. ആണ്. |
| 08:31 | 'സ്ട്രിംഗ്' ഭാഗത്തിന്റെ ഒരു ഭാഗം മാറ്റി പകരം ഈ കമാൻഡ് ടൈപ്പ് ചെയ്യുക. |
| 08:35 | Dna3 within brackets 6 colon 10 equal to within double quotes ATGC. അമർത്തുക 'Enter' . |
| 08:45 | ഔട്ട്പുട്ടിനായി ടൈപ്പ് ചെയ്യുക: 'dna3' . എന്റർ അമർത്തുക. |
| 08:52 | ഔട്ട്പുട്ട് 6 മുതൽ 9 വരെയുള്ള 4 ബേസ് പുതിയATGC.ബെയ്സ് ഉപയോഗിച്ച് മാറ്റുന്നു. |
| 09:01 | നിങ്ങളുടെ ക്രമം ഒബ്ജക്റ്റ് എഡിറ്റുചെയ്തുകഴിഞ്ഞാൽ, അത് “read only” ഫോമിലേക്ക് പരിവർത്തനം ചെയ്യുക. |
| 09:07 | Seq തുറന്ന് അടയ്ക്കുന്ന പരസ്പരബന്ധത്തിലെ 'dna4 dna3 dot' എന്ന് ടൈപ്പ് ചെയ്യുക. എന്റർ അമർത്തുക. |
| 09:19 | ഔട്ട്പുട്ടിനായി, ഇവിടെ: 'dna4.' പ്രസ് എന്റർ . |
| 09:25 | സംഗ്രഹിക്കാം. |
| 09:27 | ഈ ട്യൂട്ടോറിയലില് നമ്മള് പഠിച്ചു കഴിഞ്ഞു: * ക്രമരഹിതമായ ഡിഎന്എ അനുപാതം ജനറേറ്റു ചെയ്യുക |
| 09:32 | നിർദ്ദിഷ്ട സ്ഥാനങ്ങളിൽ ഒരു ഡിഎൻഎ അനുപാതത്തെ സ്ലൈസ് ചെയ്യുക |
| 09:36 | ഒരു പുതിയ ശ്രേണി രൂപീകരിക്കുന്നതിന് രണ്ട് സങ്കലനങ്ങൾ ഒന്നിച്ചു ചേരുക, അതായത്, സങ്കലനം ചെയ്യുക. |
| 09:43 | എങ്ങനെ എന്ന് ഞങ്ങൾ മനസിലാക്കി: len, count findഫങ്ക്ഷന്സ് കണ്ടെത്തുക |
| 09:49 | ഒരു ശ്രേണിയിലെ ഒക്യുൻസ് ഒബ്ജക്റ്റിലേക്ക് സീക്വൻസ് ഒബ്ജക്റ്റിനെ മാറ്റി സ്ട്രിംഗിന്റെ അടിസ്ഥാനമോ ഭാഗമോ പകരം വയ്ക്കുക. |
| 09:57 | അസൈൻമെന്റിനായി, 30 അടിസ്ഥാനങ്ങളടങ്ങിയ ഡിഎൻഎ ശ്രേണി സൃഷ്ടിക്കുന്നു. |
| 10:02 | ബയോപിൺതോൺ ഉപകരണങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച്, GC പെർസെന്റജ് സീക്വൻസിൻറെ മോളിക്യൂലർ വെഇഘ്ട് കണക്കുകൂട്ടൽ. |
| 10:09 | നിങ്ങളുടെ പൂർത്തിയായ അസൈൻമെന്റ് താഴെ പറയും. |
| 10:13 | GCഉള്ളടക്കത്തെ ശതമാനത്തിൽ കാണിക്കുന്നു. |
| 10:18 | DNA സെക്യുഎൻസ് ന്റെ മോളിക്യൂലർ വെയിറ്റ് കാണിക്കുന്നു. |
| 10:23 | ഈ വീഡിയോ സ്പോകെൻ ട്യൂട്ടോറിയൽ പ്രൊജക്റ്റിനെ സംഗ്രഹിക്കുന്നു. |
| 10:26 | നിങ്ങൾക്ക് നല്ല ബാൻഡ് വിഡ്ത്ത് ഇല്ലെങ്കിൽ, ഡൌൺലോഡ് ചെയ്ത് കാണാവുന്നതാണ്. |
| 10:30 | ഞങ്ങൾ വർക്ക്ഷോപ്പുകൾ നടത്തുകയും സർട്ടിഫിക്കറ്റുകൾ നൽകുകയും ചെയ്യുന്നു. |
| 10:32 | ഞങ്ങളെ ബന്ധപ്പെടുക. |
| 10:35 | സ്പോകെൻ ട്യൂട്ടോറിയൽ പ്രൊജക്റ്റ്, നാഷണൽ മിഷൻ ഓൺ എഡ്യൂക്കേഷൻ ത്രൂ ഐസിടി, എംഎച്ച്ആർഡി, ഗവർമെന്റ് ഓഫ് ഇന്ത്യ. |
| 10:43 | ഇത് 'ഐഐടി ബോംബെ'യിൽ നിന്ന് വിജി നായർ ആണ്. പങ്കുചേർന്നതിന് നന്ദി. |
