Biopython/C2/Manipulating-Sequences/Malayalam

Time	Narration
00:01	Manipulating Sequences.എന്നതിലെ ഈ ട്യൂട്ടോറിയലിലേക്ക് സ്വാഗതം.'
00:06	ഈ റ്റുറ്റൊരിയലില് നമ്മള് Biopythonടൂള് ഉപയോഗിക്കും: റാൻഡം DNA സെക്യുഎൻസ് സൃഷ്ടിക്കുന്നതിന്
00:13	നിർദ്ദിഷ്ട സ്ഥാനങ്ങളിൽ ഒരുDNA സീക്യുഎൻസ് സ്ലൈസ് ചെയ്യുക
00:17	ഒന്നിച്ചുചേർത്ത ഒരു പുതിയ സീക്വൻസിനെ സൃഷ്ടിക്കാൻ രണ്ട് സീക്വൻസ് കളോടൊപ്പം ചേരുക
00:22	സീക്വൻസ്ന്റെ നീളം കണ്ടെത്തുക
00:26	individual baseഅല്ലെങ്കിൽ string'ന്റെ ഭാഗം കാണുക
00:31	സ്ട്രിംഗിന്റെ ഒരു പ്രത്യേക ബേസ് ഭാഗമോ കണ്ടെത്തുക.
00:35	ഒരു sequence objectഒരു മ്യൂടേബിൾ സീക്വന്സ് ഒബ്ജക്റ്റിനു മാറ്റുക.
00:40	ഈ ട്യൂട്ടോറിയൽ പിന്തുടരുന്നതിന്, നിങ്ങൾ അണ്ടർഗ്രഡ്യൂട്ട് ബയോകെമിസ്ട്രി അല്ലെങ്കിൽ ബയോ ഇൻഫർമാറ്റിക്സ് പരിചയത്തിലായിരിക്കണം
00:47	അടിസ്ഥാന പൈഥൺ പ്രോഗ്രാമിങ്.
00:51	ഇല്ലെങ്കിൽ, തന്നിരിക്കുന്ന ലിങ്കിൽ 'പൈത്തൺ ട്യൂട്ടോറിയലുകൾ റഫർ ചെയ്യുക.
00:56	ഈ ട്യൂട്ടോറിയൽ രേഖപ്പെടുത്താൻ ഞാൻ ഉപയോഗിക്കുന്നു: Ubuntu OS പതിപ്പ് 14.10
01:03	Python version 2.7.8
01:07	Ipython interpreter version 2.3.0
01:12	Biopython version 1.64.
01:16	'ടെർമിനൽ തുറന്ന്' ipython interpreter 'ആരംഭിക്കാം.
01:21	'Ctrl, Alt' , 't' കീകൾ ഒരേ സമയം അമർത്തുക .
01:26	പ്രോംപ്റ്റില്, "ipython" എന്ന് ടൈപ് ചെയ്ത് 'Enter' അമര്ത്തുക.
01:31	Ipython പ്രോംപ്റ്റ് സ്ക്രീനിൽ ദൃശ്യമാകുന്നു.
01:35	ബയോപിൺഥോൻ ഉപയോഗിച്ചു്, ഒരു നിശ്ചിത ദൈർഘ്യത്തിന്റെ റാൻഡം ഡിഎൻഎ സീക്വൻസ് നായി നമുക്ക് ഒരു sequence object സൃഷ്ടിക്കാം.
01:44	20 അടിസ്ഥാന ബസ്സ് ഡിഎൻഎ സീക്വൻസ് നമുക്ക് ഇപ്പോൾ ഒരു ശ്രേണിയെക്കുറിച്ച് ചിന്തിക്കാം.
01:50	പ്രോംപ്റ്റില്, ടൈപ്പ് ചെയ്യുക: "import random", Enterഅമര്ത്തുക.
01:56	അടുത്തതായി,'Bio പാക്കേജിൽ നിന്നുള്ളSeq മൊഡ്യൂൾ ഇംപോർട്ട് ചെയ്യുക.
02:01	പലപ്പോഴും Seq seek എന്ന് പ്രൊനൗൺസ്‌ ചെയുന്നു .
02:06	പ്രോംപ്റ്റിൽ, ടൈപ്പ് ചെയ്യുക: From Bio dot Seq import Seq. എന്റർ അമർത്തുക.
02:15	ഡിഎൻഎ സീക്വൻസ് ആല്ഫബെറ്റുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിന് ഞങ്ങൾ Bio.Alphabet മൊഡ്യൂൾ ഉപയോഗിക്കും.
02:22	ടൈപ്പ്: from Bio dot Alphabet import generic underscore dna. 'Enter' അമർത്തുക.
02:32	റാൻഡം ഡിഎൻഎ സീക്വൻസ്നായി ഒരു സീക്വൻസ് ഒബ്ജക്റ്റ് സൃഷ്ടിക്കാൻ ഇനിപ്പറയുന്ന 'കമാൻഡ്' ടൈപ്പ് ചെയ്യുക.
02:38	ഒരു വേരിയബിളില് 'dna1' സീക്വൻസ്ല് സൂക്ഷിക്കുക.
02:42	ദയവായി ശ്രദ്ധിക്കുക: ഈ കമാൻഡില് ഇരട്ട ഉദ്ധരണികള്ക്ക് പകരം രണ്ട് സിംഗിള് ഉദ്ധരണികള് ഉപയോഗിക്കുക. എന്റർ അമർത്തുക.
02:50	ഔട്ട്പുട്ടിനായി, type: 'dna1' . എന്റർ അമർത്തുക.
02:55	ഔട്ട്പുട്ട് ആക്ടീവ് ഡി.എൻ.എ. സീക്വൻസിനായിsequence object കാണിക്കുന്നു.
03:00	നിങ്ങൾക്ക് ഒരു പുതിയ ശ്രേണി വേണമെങ്കിൽ, മുകളിലുള്ള അതേ ആജ്ഞ ലഭിക്കുന്നതിന് അപ്പ്-ആരോ കീ അമർത്തുക. എന്റർ അമർത്തുക.
03:11	ഔട്ട്പുട്ടിനായി വേരിയബിൾ പേര് 'dna1 ടൈപ്പ് ചെയ്യുക. പ്രസ് എന്റർ' .
03:17	ആദ്യത്തേതിൽ നിന്നു വ്യത്യസ്തമായ ഒരു പുതിയ ഡിഎൻഎ സീക്വൻസ് ഔട്ട്പുട്ട് കാണിക്കുന്നു.
03:23	Sequence Objects: നെ കുറിച്ച
03:25	Sequence Objects: സാധാരണ Python string
03:30	അതിനാൽ, പൈത്തൺ സ്ട്രിംഗിനായി ചെയ്യുന്നതുപോലെ സാധാരണ കൺവെൻഷനുകൾ പിന്തുടരുക.
03:35	പൈത്തണിൽ, നമ്മൾ 1 എന്നതിനു പകരം 0 ൽ നിന്ന് ആരംഭിക്കുന്ന സ്ട്രിംഗിലെ കാരക്ടേഴ്‌സ് കണക്കാക്കുന്നു.
03:41	സീനിൽ ആദ്യ ക്കരക്റ്റർ പൂജ്യം സ്ഥാനമാണ്.
03:45	തിരികെ ടെർമിനലിലേക്ക്.
03:47	പലപ്പോഴും നിങ്ങൾ ഒരു ഭാഗത്തിന്റെ ഒരു ഭാഗം മാത്രമേ പ്രവർത്തിക്കാവൂ.
03:52	ഇപ്പോൾ സ്ട്രിംഗിന്റെ ഭാഗങ്ങൾ എക്സ്ട്രാക്റ്റ് ചെയ്ത് അവ സീക്വൻസ് ഒബ്ജക്റ്റ്കളായി സൂക്ഷിക്കുന്നതെങ്ങനെയെന്ന് നോക്കാം.
03:58	ഉദാഹരണത്തിന്, നമ്മൾ രണ്ട് സ്ഥാനങ്ങളിൽDNA സെക്യുഎൻസ് slice ചെയ്യും
04:04	ആദ്യം, അടിത്തറ 6 മുതൽ 7 വരെ.
04:08	ഇത് ഒരു സീക്വൻസിൻറെ തുടക്കം മുതൽ ആറാം ബേസ് വരെ ഒരു ഭാഗത്തെ എക്സ്ട്രാക്റ്റുചെയ്യും.
04:15	രണ്ടാമത്തെ സ്ലൈസ് 11 നും 12 നും ഇടയിലുള്ളതാണ്.
04:20	രണ്ടാമത്തെ ഫ്രാഗ്മെന്റ് പന്ത്രണ്ടാം മുതൽ ഈ ശ്രേണിയുടെ അവസാനം വരെ ആയിരിക്കും.
04:26	ആദ്യത്തെ കഷണം എക്സ്ട്രാക്റ്റ് ചെയ്യുന്നതിന് പ്രോംപ്റ്റിൽ, ഈ കമാൻഡ് ടൈപ്പ് ചെയ്യുക.
04:31	String1 equal to dna1 within brackets 0 colon 6.
04:39	'സ്ട്രിംഗ് 1' ആദ്യത്തെ ഫരാഗമെന്റ് സംഭരിക്കാനുള്ള വേരിയബിള് ആണ്.
04:43	ബാക്കി കമാന്ഡ് സാധാരണ പൈത്തണിനു താഴെ കൊടുക്കുന്നു.
04:47	ഈ ബ്രാക്കറ്റുകളിൽ സൂക്ഷിച്ചിരിക്കുന്ന സ്റ്റാർട്ട് സ്റ്റോപ്പ് സ്ഥാനങ്ങൾ ഒരു കോളൺ ഉപയോഗിച്ച് വേർതിരിച്ചിരിക്കുന്നു.
04:53	സ്ഥാനങ്ങൾ തുടക്കത്തിൽ ഉൾക്കൊള്ളുന്നു, എന്നാൽ സ്റ്റോപ്പ് സ്ഥാനത്തെ മാത്രം അവയിൽ നിന്ന് ഒഴിവാക്കുന്നു. എന്റർ അമർത്തുക.
05:01	ഔട്ട്പുട്ട് കാണുന്നതിന്, ടൈപ്പ് ചെയ്യുക: "string1", അമർത്തുക 'Enter' .
05:04	ഔട്ട്പുട്ട് ആദ്യത്തെ ഫ്രാഗ്മെന്റ് കാണിക്കുന്നു.
05:10	ക്രമം മുതൽ രണ്ടാമത്തെ സ്ട്രിംഗ് എക്സ്ട്രാക്റ്റുചെയ്യുന്നതിന്, അപ്പ്-ആരോ കീയും താഴെ പറയുന്ന കമാൻഡും 'എഡിറ്റ്' ചെയുക :
05:17	വേരിയബിളിന്റെ പേര് string2 ഉം ' '11' , '20' എന്നീ സ്ഥാനങ്ങളിലേക്ക് മാറ്റുക.
05:24	ഔട്ട്പുട്ടിനായി, "string2" എന്ന് ടൈപ്പ് ചെയ്യുക. എന്റർ അമർത്തുക.
05:30	ഇപ്പോൾ നമ്മൾ രണ്ടാംഫ്രാഗ്മെന്റ് സീക്വൻസ് ഒബ്ജക്റ്റ് പോലെയാണ്
05:34	നമുക്ക് സങ്കലനം ചെയ്യാം, അതിനൊപ്പം രണ്ട് സ്ട്രിംഗുകളും ഒരു പുതിയ വിഭജനം കൂട്ടിച്ചേർത്ത് കൂട്ടിച്ചേർക്കുക.
05:42	വേരിയബിൾ 'dna2' ലെ പുതിയ ശ്രേണി ശേഖരിക്കുക.
05:46	ടൈപ്പ്: dna2 equal to string1 plus string2. എന്റർ അമർത്തുക.
05:53	ദയവായി ശ്രദ്ധിക്കുക: പൊരുത്തമില്ലാത്ത ആല്ഫബെറ്സ് ഉപയോഗിച്ച് ഞങ്ങൾക്ക് സീക്വൻസുകളെ ചേർക്കാൻ കഴിയില്ല.
05:59	അതായതു, ഒരു ഡിഎൻഎ സീക്വ ൻസ് ഉം പ്രോട്ടീൻ സീക്വ ൻസ് ഉം ഒരു പുതിയ സീക്വൻസ്
06:07	രണ്ട് ശ്രേണികൾ ഒരേ ആല്ഫബെറ് ആറ്റരിബട്ട് ഉണ്ടായിരിക്കണം.
06:12	ഔട്ട്പുട്ട് കാണുന്നതിനായി, "dna2" എന്ന് ടൈപ്പ് ചെയ്യുക. എന്റർ അമർത്തുക.
06:17	ഔട്ട്പുട്ട് ഒരു പുതിയ ശ്രേണി കാണിക്കുന്നു, അത് സ്ട്രിംഗ് 1 ', സ്ട്രിംഗ് 2 എന്നിവയുടെ സംയോജനമാണ്.'
06:23	പുതിയ ശ്രേണിയുടെ ദൈർഘ്യം കണ്ടെത്താൻ, ഞങ്ങൾ len ഫങ്ഷൻ ഉപയോഗിക്കും.
06:29	ടൈപ്പ്: പരാന്തേസിസ്റൽ "len" "dna2". എന്റർ അമർത്തുക.
06:34	ഔട്ട്പുട്ട് 15 അടിത്തറയായി കാണിക്കുന്നു.
06:39	നമുക്ക് സീക്വൻസിലുള്ള നിലവിലെ ബേസിന്റെ എണ്ണം കണക്കാക്കാം.
06:44	അത് ചെയ്യുന്നതിന് നമുക്ക് 'count ()' 'ഫങ്ഷൻ ഉപയോഗിക്കും.
06:47	ഉദാഹരണത്തിന്, സീക്വൻസില് നിലവിലുള്ള അലനുകളുടെ എണ്ണം കണക്കു ചെയ്യാന് താഴെ പറയുന്ന കമാന്ഡ് ടൈപ്പ് ചെയ്യുക:പരാന്തേസിസ് നു ല്ലി൯ൽ dna2 dot കൌണ്ട് ആല്ഫബെറ് A ഡബിൾ കോടസ് നുള്ളിൽ .
07:02	അമർത്തുക 'Enter' .
07:04	'Dna2' അനുപാതത്തിലുണ്ടായിരുന്ന alanines ന്റെ എണ്ണം കാണിക്കുന്നു.
07:10	സ്ട്രിംഗിന്റെ ഒരു പ്രത്യേക ഭാഗമോ ഭാഗമോ കണ്ടെത്താൻ 'find ()' 'ഫങ്ഷൻ ഉപയോഗിക്കും.
07:16	ടൈപ്പ്: 'dna2 dot find' ഡയബിൾ കൊട്സ് നുള്ളിൽ ൽ "GC" ഉള്ളിൽ. എന്റർ അമർത്തുക'.
07:26	സ്ട്രിങിലുള്ള ജിസി 'പ്രത്യക്ഷപ്പെടുന്നതിന്റെ ആദ്യദശയുടെ സ്ഥാനം സൂചകം സൂചിപ്പിക്കുന്നു.
07:32	സാധാരണയായി ഒരുസീക്വൻസ് ഒബ്ജക്റ്റ് എഡിറ്റ് ചെയ്യാൻ കഴിയില്ല.
07:35	ഒരു ക്രമം ചിട്ടപ്പെടുത്താൻ, അതിനെ mutable sequence object ആയി കന്വേര്റ്റ് ചെയ്യുക.
07:41	അത് ചെയ്യുന്നതിന് ടൈപ്പ് ചെയുക dna3 equal to dna2 dot to mutable പാരാന്തേസിസ് ഓപ്പൺ ചെയുക ക്ലോസെ ചെയുക സമം തുല്യമാണ്. എന്റർ അമർത്തുക .
07:52	ഔട്ട്പുട്ടിനായി, ഇവിടെ: 'dna3' ടൈപ്പ് ചെയുക . എന്റർ അമർത്തുക.
07:55	ഇപ്പോൾ സീക്വൻസ് ഒബ്ജക്റ്റ് എഡിറ്റുചെയ്യാം.
07:59	നമുക്ക് ഈ ശ്രേണിയിൽ നിന്ന് ഒരുbase പകരമായി മാറ്റാം.
08:01	ഉദാഹരണമായി, അഞ്ചാമത് സ്ഥാനത്ത് ഒരു അലൈൻ അലേറിനാക്കി മാറ്റുന്നതിന് ടൈപ്പ് ചെയ്യുക:: dna3 within brackets 5 equal to within double quotes alphabet A. Enter അമർത്തുക .
08:19	ഔട്ട്പുട്ടിനായി ടൈപ്പ് ചെയ്യുക: 'dna3' . എന്റർ അമർത്തുക.
08:24	ഔട്ട്പുട്ട് നിരീക്ഷിക്കുക. cytosine സ്ഥാനത്ത് അഞ്ചാം സ്ഥാനത്ത്alanine. ആണ്.
08:31	'സ്ട്രിംഗ്' ഭാഗത്തിന്റെ ഒരു ഭാഗം മാറ്റി പകരം ഈ കമാൻഡ് ടൈപ്പ് ചെയ്യുക.
08:35	Dna3 within brackets 6 colon 10 equal to within double quotes ATGC. അമർത്തുക 'Enter' .
08:45	ഔട്ട്പുട്ടിനായി ടൈപ്പ് ചെയ്യുക: 'dna3' . എന്റർ അമർത്തുക.
08:52	ഔട്ട്പുട്ട് 6 മുതൽ 9 വരെയുള്ള 4 ബേസ് പുതിയATGC.ബെയ്സ് ഉപയോഗിച്ച് മാറ്റുന്നു.
09:01	നിങ്ങളുടെ ക്രമം ഒബ്ജക്റ്റ് എഡിറ്റുചെയ്തുകഴിഞ്ഞാൽ, അത് “read only” ഫോമിലേക്ക് പരിവർത്തനം ചെയ്യുക.
09:07	Seq തുറന്ന് അടയ്ക്കുന്ന പരസ്പരബന്ധത്തിലെ 'dna4 dna3 dot' എന്ന് ടൈപ്പ് ചെയ്യുക. എന്റർ അമർത്തുക.
09:19	ഔട്ട്പുട്ടിനായി, ഇവിടെ: 'dna4.' പ്രസ് എന്റർ .
09:25	സംഗ്രഹിക്കാം.
09:27	ഈ ട്യൂട്ടോറിയലില് നമ്മള് പഠിച്ചു കഴിഞ്ഞു: * ക്രമരഹിതമായ ഡിഎന്എ അനുപാതം ജനറേറ്റു ചെയ്യുക
09:32	നിർദ്ദിഷ്ട സ്ഥാനങ്ങളിൽ ഒരു ഡിഎൻഎ അനുപാതത്തെ സ്ലൈസ് ചെയ്യുക
09:36	ഒരു പുതിയ ശ്രേണി രൂപീകരിക്കുന്നതിന് രണ്ട് സങ്കലനങ്ങൾ ഒന്നിച്ചു ചേരുക, അതായത്, സങ്കലനം ചെയ്യുക.
09:43	എങ്ങനെ എന്ന് ഞങ്ങൾ മനസിലാക്കി: len, count findഫങ്ക്ഷന്സ് കണ്ടെത്തുക
09:49	ഒരു ശ്രേണിയിലെ ഒക്യുൻസ് ഒബ്ജക്റ്റിലേക്ക് സീക്വൻസ് ഒബ്ജക്റ്റിനെ മാറ്റി സ്ട്രിംഗിന്റെ അടിസ്ഥാനമോ ഭാഗമോ പകരം വയ്ക്കുക.
09:57	അസൈൻമെന്റിനായി, 30 അടിസ്ഥാനങ്ങളടങ്ങിയ ഡിഎൻഎ ശ്രേണി സൃഷ്ടിക്കുന്നു.
10:02	ബയോപിൺതോൺ ഉപകരണങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച്, GC പെർസെന്റജ് സീക്വൻസിൻറെ മോളിക്യൂലർ വെഇഘ്ട് കണക്കുകൂട്ടൽ.
10:09	നിങ്ങളുടെ പൂർത്തിയായ അസൈൻമെന്റ് താഴെ പറയും.
10:13	GCഉള്ളടക്കത്തെ ശതമാനത്തിൽ കാണിക്കുന്നു.
10:18	DNA സെക്യുഎൻസ് ന്റെ മോളിക്യൂലർ വെയിറ്റ് കാണിക്കുന്നു.
10:23	ഈ വീഡിയോ സ്പോകെൻ ട്യൂട്ടോറിയൽ പ്രൊജക്റ്റിനെ സംഗ്രഹിക്കുന്നു.
10:26	നിങ്ങൾക്ക് നല്ല ബാൻഡ് വിഡ്ത്ത് ഇല്ലെങ്കിൽ, ഡൌൺലോഡ് ചെയ്ത് കാണാവുന്നതാണ്.
10:30	ഞങ്ങൾ വർക്ക്ഷോപ്പുകൾ നടത്തുകയും സർട്ടിഫിക്കറ്റുകൾ നൽകുകയും ചെയ്യുന്നു.
10:32	ഞങ്ങളെ ബന്ധപ്പെടുക.
10:35	സ്പോകെൻ ട്യൂട്ടോറിയൽ പ്രൊജക്റ്റ്, നാഷണൽ മിഷൻ ഓൺ എഡ്യൂക്കേഷൻ ത്രൂ ഐസിടി, എംഎച്ച്ആർഡി, ഗവർമെന്റ് ഓഫ് ഇന്ത്യ.
10:43	ഇത് 'ഐഐടി ബോംബെ'യിൽ നിന്ന് വിജി നായർ ആണ്. പങ്കുചേർന്നതിന് നന്ദി.

Contributors and Content Editors

Prena, Vijinair