Difference between revisions of "Biopython/C2/Introduction-to-Biopython/Gujarati"

From Script | Spoken-Tutorial
Jump to: navigation, search
(Created page with " {| Border=1 ! <center>Time</center> ! <center>Narration</center> |- | 00:01 | '''Introduction to Biopython''' પરના સ્પોકન ટ્યુટોરીય...")
 
 
Line 14: Line 14:
 
|-
 
|-
 
| 00:10
 
| 00:10
−
|* લીન્કસ ઓપરેટિંગ સિસ્ટમ પર ડાઉનલોડ અને ઈન્સ્ટોલેશન કરવાની માહિતી.
+
|લીન્કસ ઓપરેટિંગ સિસ્ટમ પર ડાઉનલોડ અને ઈન્સ્ટોલેશન કરવાની માહિતી.
  
 
|-
 
|-
 
| 00:15
 
| 00:15
−
|* અને  '''Biopython''' ટૂલ્સ વાપરીને પ્રોટીન સિકવેન્સમાં  DNA સિકવેન્સના  '''translation'''.
+
|અને  '''Biopython''' ટૂલ્સ વાપરીને પ્રોટીન સિકવેન્સમાં  DNA સિકવેન્સના  '''translation'''.
  
 
|-  
 
|-  
Line 26: Line 26:
 
|-
 
|-
 
| 00:25
 
| 00:25
−
|* Undergraduate Biochemistry અથવા  Bioinformatics and સામાન્ય  '''Python''' પ્રોગ્રામની માહિતી હોવી જોઈએ.
+
|Undergraduate Biochemistry અથવા  Bioinformatics and સામાન્ય  '''Python''' પ્રોગ્રામની માહિતી હોવી જોઈએ.
  
 
|-  
 
|-  
Line 38: Line 38:
 
|-
 
|-
 
| 00:41
 
| 00:41
−
|* આપેલ લિંક પર'''Python''' version 2.7.3  
+
|આપેલ લિંક પર'''Python''' version 2.7.3  
  
 
|-
 
|-
 
| 00:44
 
| 00:44
−
|* '''Ipython''' version 0.12.1 અને  
+
|'''Ipython''' version 0.12.1 અને  
  
 
|-
 
|-
 
| 00:48
 
| 00:48
−
|* '''Biopython''' version 1.58.
+
| '''Biopython''' version 1.58.
  
 
|-
 
|-
Line 62: Line 62:
 
|-
 
|-
 
|  01:05
 
|  01:05
−
|* '''Parsing'''  તરીકે વિવિધ ફાઈલ ફોર્મેટસમાં માહિતી એક્સટ્રેક્ટ કેવું જેમકે '''FASTA''', '''Genbank'''  વગેરે.
+
| '''Parsing'''  તરીકે વિવિધ ફાઈલ ફોર્મેટસમાં માહિતી એક્સટ્રેક્ટ કેવું જેમકે '''FASTA''', '''Genbank'''  વગેરે.
  
 
|-
 
|-
 
|  01:14
 
|  01:14
−
|* ડેટાબેસ વેબસાઈટમાંથી ડેટા ડાઉનલોડ કરવું જેમ કે '''NCBI''', '''ExPASY''' વગેરે.
+
| ડેટાબેસ વેબસાઈટમાંથી ડેટા ડાઉનલોડ કરવું જેમ કે '''NCBI''', '''ExPASY''' વગેરે.
  
 
|-
 
|-
 
|  01:22
 
|  01:22
−
|*  '''Bioinformatic algorithms''' રન કરવું જેમ કે  '''BLAST'''.
+
| '''Bioinformatic algorithms''' રન કરવું જેમ કે  '''BLAST'''.
  
 
|-
 
|-
Line 340: Line 340:
 
|-
 
|-
 
| 07:41
 
| 07:41
−
|* '''Biopython''' ના મહત્વના ફીચરો.
+
|  '''Biopython''' ના મહત્વના ફીચરો.
  
  
 
|-
 
|-
 
| 07:43
 
| 07:43
−
|* લીન્કસ ઓપરેટિંગ સિસ્ટમ પર ડાઉનલોડ અને ઇન્સ્ટોલ કરવા વિશેની માહિતી.
+
| લીન્કસ ઓપરેટિંગ સિસ્ટમ પર ડાઉનલોડ અને ઇન્સ્ટોલ કરવા વિશેની માહિતી.
  
 
|-
 
|-
 
| 07:48
 
| 07:48
−
|* આપેલ  '''DNA''' સ્ટ્રેન્ડ માટે એક સિ૯કવેન્સ ઓબ્જેક્ટ બનાવતા.
+
| આપેલ  '''DNA''' સ્ટ્રેન્ડ માટે એક સિ૯કવેન્સ ઓબ્જેક્ટ બનાવતા.
  
 
|-
 
|-
 
| 07:52
 
| 07:52
−
|* '''mRNA''' માં  DNA સિકવેન્સના '''Transcription''' કરતા.
+
|'''mRNA''' માં  DNA સિકવેન્સના '''Transcription''' કરતા.
  
 
|-
 
|-
 
| 07:56
 
| 07:56
−
|* પ્રોટીન સિકવેન્સમાં '''mRNA'''  નું ટ્રાન્સલેશન કરતા.
+
| પ્રોટીન સિકવેન્સમાં '''mRNA'''  નું ટ્રાન્સલેશન કરતા.
  
 
|-
 
|-

Latest revision as of 16:49, 23 March 2017

Time
Narration
00:01 Introduction to Biopython પરના સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ માં તમારું સ્વાગત છે.
00:05 આ ટ્યુટોરિયલમાં આપણે શીખીશું * Biopython ના મહત્વ ફીચર.
00:10 લીન્કસ ઓપરેટિંગ સિસ્ટમ પર ડાઉનલોડ અને ઈન્સ્ટોલેશન કરવાની માહિતી.
00:15 અને Biopython ટૂલ્સ વાપરીને પ્રોટીન સિકવેન્સમાં DNA સિકવેન્સના translation.
00:22 આ ટ્યુટોરીયલના અનુસરણ માટે તમે.
00:25 Undergraduate Biochemistry અથવા Bioinformatics and સામાન્ય Python પ્રોગ્રામની માહિતી હોવી જોઈએ.
00:31 આપેલ લિંક પર Python ટ્યૂટોરિયલ્સ જુઓ.
00:35 આ ટ્યુટોરીયલ રિકોર્ડ કરવા માટે હું ઉપયોગ કરી રહું છું : * Ubuntu OS version 12.04
00:41 આપેલ લિંક પરPython version 2.7.3
00:44 Ipython version 0.12.1 અને
00:48 Biopython version 1.58.
00:51 Biopython આ કમ્પ્યુટેશનલ બાઈયોલોજી માટે મોડ્યુલનો એક સંગ્રહ છે.
00:57 આ bioinformatics.સાથે જરૂરી સૌથી સામાન્ય એડવાન્સડ કાર્ય કરી શકીએ છીએ.
01:03 Biopython ટૂલ્સ આપેલ કાર્ય માટે ઉપયોગ કરી શકીએ છીએ:
01:05 Parsing તરીકે વિવિધ ફાઈલ ફોર્મેટસમાં માહિતી એક્સટ્રેક્ટ કેવું જેમકે FASTA, Genbank વગેરે.
01:14 ડેટાબેસ વેબસાઈટમાંથી ડેટા ડાઉનલોડ કરવું જેમ કે NCBI, ExPASY વગેરે.
01:22 Bioinformatic algorithms રન કરવું જેમ કે BLAST.
01:26 તેના પાસે સિકવેન્સ પર સામાન્ય ઓપરેશનસ કાર્ય કરવા માટે ટૂલ્સ છે.
01:31 ઉદાહરણ તરીકે મેળવવા માટે - complements, transcription, translation વગેરે.
01:38 અલાઇન્મેન્ટસથી ડીલ કરવા માટે કોડ.
01:40 અને અન્ય પધ્ધતીમાં કાર્ય વિભાજીત કરવા માટે કોડ.
01:46 ડાઉનલોડ સંબધિત માહિતી:
01:48 Biopython પેકેજ એ Python વિતરણનું ભાગ નથી ; તે મુક્તપણે ડાઉનલોડ કરું જરૂરી છે.
01:54 વિગતો માટે આપેલ લિંક જુઓ.
01:59 Linux સિસ્ટમ પર ઈન્સ્ટોલેશન :
02:02 સીનેપટીક પેકેજ મેનજરનો ઉપયોગ કરીને Python, Ipython અને Biopython પેકેજીસ ઇન્સ્ટોલ કરો .
02:08 પૂર્વપેક્ષિત સોફ્ટવેર પોતેથી ઇન્સ્ટોલ થશે.
02:13 graphic outputs અને plots માટે અતિરિક્ત પેકેજીસ ઇન્સ્ટોલ કરવું જરૂરી છે.
02:18 ટર્મિનલ ખોલવા માટે એક સાથે Ctrl, Alt અને T દબાવો.
02:24 મેં પહેલાથી જ Python, Ipython અને Biopython મારા સિસ્ટમ પર ઇન્સ્ટોલ કર્યું છે.
02:30 "ipython" ટાઈપ કરીને હું Ipython ઇન્ટરપ્રીટર શરુ કરીને એન્ટર દબાવો.
02:35 સ્ક્રીન પર IPython પ્રોમ્પ્ટ દ્રશ્યમાન છે.
02:38 Biopython નું ઈન્ટોલેશન તપાસવા માટે પ્રોમ્પ્ટ પર ટાઈપ કરો : "import Bio", એન્ટર દબાવો.
02:48 જો તમને કોઈ પણ એરર મેસેજ મળે છે તો તેનો અર્થ છે Biopython ઇન્સ્ટોલ થયેલું છે.
02:54 અહીં હું તમને યાદ અપાવવા ઇચ્છુ કે Python ભાષા એ કેસ સેન્સિટિવ છે.
02:59 કીવર્ડ્સ વેરિયેબલ અથવા ફંકશનસ ટાઈપ કરતી વખતે કાળજી લો.
03:04 ઉદાહરણ તરીકે ઉપરની લાઈનમાં import માં “i” લોવરકેસ અને Bio માં “B” અપરકેસમાં છે.
03:12 આ ટ્યુટોરીયલમાં આપણે DNA sequence ટ્રાન્સલેટ કરવા માટે Biopython મોડ્યુલ્સનો ઉપયોગ કરીશું.
03:19 તેમાં આપેલ સ્ટેપ્સ નું સમાવેશ છે.
03:22 પ્રથમ કોડિંગ DNA strand માટે sequence object બનાવો.
03:27 આગળ DNA સ્ટ્રેન્ડને mRNA જેવું transcription કરવું.
03:32 છેલ્લેmRNA ને protein સિકવેન્સ જેવું ટ્રાન્સલેશન કરવું.
03:37 ઉદાહરણ તરીકે આ સ્લાઈડ પર દર્શાવેલ કોડિંગ DNA strand નો ઉપયોગ કરીશું.


03:42 આ એક નાના protein સિકવેન્સન કોડ કરે છે.
03:46 પ્રથમ સ્ટેપ ,આપેલ કોડિંગ DNA સ્ટ્રેન્ડ માટે sequence object બનાવવાનું છે.
03:52 ચાલો ટર્મિનલ પર પાછાં જઈએ.
03:55 સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટ બનાવવા માટે Bio પેકેજમાંથી Seq મોડ્યૂલ ઈમ્પોર્ટ કરો.
04:02 Seq મોડ્યૂલ સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટને સંગ્રહિત અને પ્રક્રિયા કરવાની પધ્ધતી ઉપલબ્ધ કરીને આપે છે.
04:08 પ્રોમ્પ્ટ પર ટાઈપ કરો : from Bio dot Seq import Seq એન્ટર દબાવો.
04:17 આગળ તમારું સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટ બનાવવા માટે સ્પષ્ટપણે સ્ટ્રેન્ડમાં નિશ્ચિત અક્ષરને સ્પષ્ટ કરો.
04:24 nucleotides અથવા amino acids માટે અક્ષરોના કોડનું સિકવેન્સ છે કે નહિ તે સ્પષ્ટ કરે છે.
04:32 તે કરવા માટે આપણે Alphabet પેકેજ પરથી IUPAC મોડ્યૂલ વાપરીશું.
04:38 પ્રોમ્પ્ટ પર ટાઈપ કરો : from Bio dot Alphabet import IUPAC. Enter દબાવો.
04:48 નોંધ લો કે આપણે "Seq" અને "IUPAC" મોડ્યુલસ લોડ કરવા માટે import અને from સ્ટેટમેન્ટસ વાપરીશું.
04:56 cdna નામક વેરિયેબલમાં સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટને સંગ્રહ કરો.
05:01 પ્રોમ્પ્ટ પર સામાન્ય સ્ટ્રીંગસ માં ટાઈપ કરો : cdna equal to Seq


05:08 સિકવેન્સને double quotes અને parentheses સંલગ્ન કરો.
05:13 આપણને ખબર છે કે સિકવેન્સ એ DNA ફ્રેગમેન્ટ છે. તો આરયુમેન્ટ તરીકે આલ્ફાબેટ ઓબ્જેક્ટ ટાઈપ કરો : unambiguous DNA
05:21 આઉટપુટ માટે ટાઈપ કરો : cdna. એન્ટર દબાવો.
05:26 આઉટપુટ સિકવેન્સ ઓબ્જેક્ટ તરીકે DNA sequence દેખાડે છે.
05:30 સંબધીત mRNA. માં કોડિંગ DNA સ્ટ્રેન્ડને ટ્રાન્સ્ક્રાઇબ કરીએ.
05:35 “transcribe”' મેથડ માં બિલ્ટ ઈન Seq મોડ્યૂલસ નો ઉપયોગ કરીએ.
05:39 આપેલ કોડ ટાઈપ કરો.
05:41 વેરિયેબલ mrna માં આઉટપુટ સંગ્રહ કરો.
05:45 પ્રોમ્પ્ટ પર ટાઈપ કરો : mrna equal to cdna dot transcribe ખુલ્લું અને બંધ કૌંસ, એન્ટર દબાવો.
05:55 આઉટપુટ માટે ટાઈપ કરો : mrna. એન્ટર દબાવો.
06:01 આઉટપુટ જુઓ.
06:02 transcribe' મેથડ DNA સિકવેન્સમાં Thiamin ને Uracil માં બદલે છે.
06:09 આગળ mRNA સંબધીત protein સિકવેન્સમાં ટ્રાન્સલેટ કરવા માટે translate મેથડ વાપરો.
06:16 આપેલ કોડ ટાઈપ કરો : protein equal to mrna dot translate open and close parentheses. એન્ટર દબાવો.
06:27 જો RNA અથવા DNA સિકવેન્સ સ્ટ્રેન્ડેર્ડ જેનેટિક કોડ નો ઉપયોગ કરીને અનિર્દિષ્ટ હોય તો translate મેથડ ટ્રાન્સલેટ કરે છે.
06:36 આઉટપુટ અમીનો એસિડ સિકવેન્સ દેખાડે છે.
06:40 આઉટપુટ ટ્રાન્સલેટ કરેલ સિકવેન્સમાં stop codons ની હાજરી સંબધિત માહિતી પણ દર્શાવે છે.
06:47 પ્રોટીન સિકવેન્સનું છેલ્લું એસ્ટ્રિક ની નોંધ લો તે stop codon દર્શાવે છે.
06:53 ઉપરના કોડમાં આપણે transcription. માટે કોડિંગ DNA સ્ટ્રેન્ડનો ઉપયોગ કર્યો છે.
06:59 Biopython માં transcribe મેથડ ફક્ત કોડિંગ DNA સ્ટ્રેન્ડ પર કાર્ય કરે છે.
07:04 જો કે, વાસ્તવમાં બાઈલોજીકલ સિસ્ટમમાં template strand સાથે transcription ની પ્રક્રિયા શરુ થાય છે.
07:11 જો તમે template strand સાથે શરૂઆત કરી રહ્યા હોય તો ટર્મિનલ પર આપેલ પ્રમાણે reverse complement મેથડ વાપરીને તને કોડિંગ સ્ટ્રેન્ડમાં રૂપાંતરિત કરો.
07:20 કોડિંગ સ્ટ્રેન્ડ માટે ઉપરના પ્રમાણે બચેલા કોડનું અનુસરણ કરો.
07:24 Biopython માં મેથડ નો ઉપયોગ કરીને આપણે DNA સિકવેન્સને protein સિકવેન્સમા ટ્રાન્સલેટ કર્યું છે.
07:31 આ કોડ વાપરીને કોઈપણ આકારનું DNA સિકવેન્સ પ્રોટીન સિકવેન્સમાં ટ્રાન્સલેટ કરી શકાય છે.
07:37 ચાલો સારાંશ લઈએ.
07:38 આ ટ્યુટોરીયલ માં આપણે શીખ્યા:
07:41 Biopython ના મહત્વના ફીચરો.


07:43 લીન્કસ ઓપરેટિંગ સિસ્ટમ પર ડાઉનલોડ અને ઇન્સ્ટોલ કરવા વિશેની માહિતી.
07:48 આપેલ DNA સ્ટ્રેન્ડ માટે એક સિ૯કવેન્સ ઓબ્જેક્ટ બનાવતા.
07:52 mRNA માં DNA સિકવેન્સના Transcription કરતા.
07:56 પ્રોટીન સિકવેન્સમાં mRNA નું ટ્રાન્સલેશન કરતા.
08:00 હવે અસાઈન્મેન્ટ તરીકે-
08:02 protein સિકવેન્સ માં આપેલ DNA સિકવેન્સને ટ્રાન્સલેટ કરો.
08:06 આઉટપુટની નોંધ લો.
08:08 પ્રોટીન સિકવેન્સના અંતર્ગત stop codon છે.
08:11 જેમ કુદરતી હોય છે તેમ DNA ને પ્રથમ ફ્રેમ stop codon સુધી ટ્રાન્સલેટ કરો.
08:17 તમારા પૂર્ણ અસાઈન્મેન્ટમાં આપેલ કોડ હોવા જોઈએ.
08:20 નોંધ લો કે આપણે translate() મેથડમાં to underscore stop વાપર્યું છે . આઉટપુટ જુઓ.
08:27 stop codon પોતે ટ્રાન્સલેટેડ કરેલું નથી.
08:31 તમારા પ્રોટીન સિકવેન્સના છેલ્લા સ્ટોપ સિમ્બોલનો સમાવેશ કર્યો નથી.
08:36 આપેલ લીંક પર ઉપલબ્ધ વિડીયો નિહાળો. તે સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ પ્રોજેક્ટનો સારાંશ આપે છે.
08:39 જો તમારી પાસે સારી બેન્ડવિથ ના હોય તો તમે વિડિઓ ડાઉનલોડ કરીને જોઈ શકો છો.
08:43 અમે વર્કશો આયોજિત કરીએ છીએ અને જેઓ ઓનલાઇન પરીક્ષા પાસ કરે છે તેમને સ્ટ્રિફિકેટ આપીએ છીએ.
08:50 વધુ જાણકારી માટે અમને સંપર્ક કરો.
08:53 સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ પ્રોજેક્ટને આઈસીટી, એમએચઆરડી, ભારત સરકાર મારફતે શિક્ષણ પર નેશનલ મિશન દ્વારા ફાળો અપાયેલ છે. આ મિશન પર વધુ માહિતી આપેલ લીંક પર ઉપલબ્ધ છે


08:59 આ વિષે વધુ જાણકારી આપેલ લિંક પર ઉપલબ્ધ છે.
09:03 IIT Bombay તરફથી હું, જ્યોતિ સોલંકી વિદાય લઉં છું. જોડાવાબદ્દલ આભાર.

Contributors and Content Editors

Jyotisolanki

Retrieved from "https://script.spoken-tutorial.org/index.php?title=Biopython/C2/Introduction-to-Biopython/Gujarati&oldid=33743"