Difference between revisions of "UCSF-Chimera/C3/Superimposing-and-Morphing/Bengali"

From Script | Spoken-Tutorial
Jump to: navigation, search
(Created page with "{| border=1 ! <center>Time</center> ! <center>Narration</center> |- | 00:01 |Superimposing and Morphing এর এই টিউটোরিয়ালে আপনাদে...")
 
 
Line 1: Line 1:
 +
 
{| border=1
 
{| border=1
−
! <center>Time</center>
+
||''' Time '''
−
! <center>Narration</center>
+
||'''Narration'''
  
 
|-
 
|-
−
| 00:01
+
|00:01
−
|Superimposing and Morphing এর এই টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত।
+
| Superimposing এবং Morphing এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত।
  
 
|-
 
|-
 
| 00:06
 
| 00:06
−
|এখানে আমরা শিখব ডিসপ্লেকে পরমাণুতে বদলাতে কমান্ড লেখা।
+
| এখানে আমরা শিখব: একই প্রোটিনের ভিন্ন ভিন্ন কাঠামো তুলনা এবং সুপারইম্পোজ করা।
  
 
|-
 
|-
−
| 00:12
+
| 00:13
−
|   ribbons দেখা এবং লুকোনো।
+
| conformations মর্ফ করা এবং ট্রাজেক্টরী বানানো।
  
 
|-
 
|-
−
| 00:14
+
| 00:17
−
| amino acid residues এর রঙ বদলানো।
+
|টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে Chimera ইন্টারফেস সম্পর্কে জানতে হবে।
  
 
|-
 
|-
−
| 00:18
+
| 00:22
−
| এক এক residues লেবেল করা।
+
|না হলে, প্রাসঙ্গিক টিউটোরিয়ালের জন্য, আমাদের ওয়েবসাইটে যান।
  
 
|-
 
|-
−
| 00:21
+
| 00:27
−
| solvent অণু সরানো এবং ইমেজ বিভিন্ন ফাইল ফরম্যাটে সংরক্ষণ করা।
+
| এখানে ব্যবহার করছি: Ubuntu OS সংস্করণ 14.04, Chimera সংস্করণ 1.10.2, Mozilla Firefox ব্রাউজার 42.0 এবং একটি কার্যকর ইন্টারনেট সংযোগ।
  
 
|-
 
|-
−
| 00:28
+
| 00:43
−
|টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে স্নাতক স্তরের Biochemistry সম্পর্কে জানতে হবে।
+
| এখানে, আমি একটি Chimera উইন্ডো খুলেছি।
  
 
|-
 
|-
−
| 00:34
+
| 00:46
−
| Structural Biology এবং Chimera interface এর সাথে পরিচিত হতে হবে।
+
| graphic access ইন্টারফেস থেকে, 3w7f ফাইলে ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 00:40
+
| 00:53
−
| প্রাসঙ্গিক টিউটোরিয়ালের জন্য আমাদের ওয়েবসাইটে যান।
+
| স্ক্রিনে Squalin Synthase স্ট্রাকচার খোলে।
  
 
|-
 
|-
−
| 00:44
+
| 00:57
−
|টিউটোরিয়ালটি রেকর্ড করতে ব্যবহার করছি উবুন্টু OS সংস্করণ 14.04 chimera সংস্করণ 1.10.2.
+
|এখন, superimposing এর জন্য এই স্ট্রাকচার বানাই।
  
 
|-
 
|-
−
| 00:53
+
| 01:01
−
| Mozilla Firefox ব্রাউজার 42.0 এবং একটি কার্যকর ইন্টারনেট সংযোগ।
+
| এটি একই প্রোটিনের দুটি কপি রাখে।
  
 
|-
 
|-
−
| 01:00
+
| 01:05
−
| Chimera উইন্ডো খুলতে Chimera আইকনে ডাবল ক্লিক করুন।
+
|কমান্ড লাইন দ্বারা তাদের একটি চেন মুছে দিন।
  
 
|-
 
|-
−
| 01:06
+
| 01:09
−
|graphics window খুলতে lightning bolt আইকনে ক্লিক করুন।
+
| আমি কমান্ড হিস্ট্রিতে ক্লিক করে কমান্ডটি আবার কল করব।
  
 
|-
 
|-
−
| 01:10
+
| 01:14
−
|এখানে আমি দেখাবো যে কাঠামোতে পরিবর্তন আনতে commands কিভাবে প্রয়োগ করে।
+
| কমান্ড হিস্ট্রি ডায়লগ বাক্স থেকে delete:.a কমান্ড চয়ন করুন।
  
−
|-
 
−
| 01:16
 
−
| Favorites মেনু ব্যবহার করে Command Line খুলুন।
 
 
|-
 
|-
 
| 01:20
 
| 01:20
−
|Chimera উইন্ডোর নীচের অংশে একটি command text box দেখায়।
+
|এন্টার টিপুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 01:25
+
| 01:22
−
|menus ব্যবহার করে কাজগুলি commands দ্বারা সম্পন্ন করা যায়।
+
| এরপর স্ট্রাকচার থেকে solvent অণু সরাতে, আমি কমান্ড লিখব del solvent, এন্টার টিপুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 01:31
+
| 01:32
−
|Chimera Commands সম্পর্কে।
+
| এই স্ট্রাকচার সাবস্ট্রেট এনালগ Farnesyl thiopyrophosphate, সংক্ষেপে FPS এ আবদ্ধ।
  
 
|-
 
|-
−
| 01:34
+
| 01:40
−
|Chimera commands, Command line এ প্রবিষ্ট করা হয়।
+
|আমরা দুটি অনুরূপ প্রোটিনকে তাদের সেকেন্ডারি স্ট্রাকচারের সাথে তুলনা করতে সুপারইম্পোজ করব।
  
 
|-
 
|-
−
| 01:38
+
| 01:46
−
|semicolon সেপারেটর দ্বারা একাধিক commands একই লাইনে মিলিত হতে পারে।
+
|এর জন্য, আমরা সাবস্ট্রট ছাড়া একই এনজাইমের স্ট্রাকচার খুঁজবো।
  
 
|-
 
|-
−
| 01:43
+
| 01:52 
−
|command নিষ্পাদিত করতে Enter কী টিপুন।
+
| কমান্ড লাইনে লিখুন open 2zco, এন্টার টিপুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 01:47
+
| 02:02
−
|পূর্ববর্তী commands এ command History থেকে অ্যাক্সেস করা যায়।
+
|নতুন স্ট্রাকচার নীল রঙে রয়েছে।
  
 
|-
 
|-
−
| 01:51
+
| 02:05
−
|commands সম্পর্কে আরো তথ্য প্রদত্ত লিঙ্কে দেওয়া হয়েছে।
+
|এখন, এই দুটি স্ট্রাকচার সুপারইম্পোজ হতে প্রস্তুত।
  
 
|-
 
|-
−
| 01:56
+
| 02:10
−
|Chimera উইন্ডোতে ফিরে আসুন। একটি কমান্ড লিখে leucine zipper এর একটি মডেল খুলি।
+
|Superimposition বা Structural alignment দুই বা অধিক প্রোটিন স্ট্রাকচার তুলনা করার একটি টুল।
  
 
|-
 
|-
−
| 02:03
+
| 02:18
−
|command একটি command শব্দ দিয়ে শুরু হয়।
+
|অ্যালাইনমেন্ট তাদের আকৃতি এবং ত্রিমাত্রিক conformation ভিত্তিক।
  
 
|-
 
|-
−
| 02:06
+
| 02:24
−
|command line টেক্সট বাক্সে open space 1zik লিখুন।
+
|superimposing শুরু করার আগে, আমরা টুলবারে কিছু আইকন রাখি।
  
 
|-
 
|-
−
| 02:13
+
| 02:30
−
|আপনার একটি কার্যকর ইন্টারনেট সংযোগ প্রয়োজন।
+
| Favorites মেনুতে ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 02:17
+
| 02:32
−
|command নিষ্পাদিত করতে Enter টিপুন।
+
|Add to favorites/Tool bar বিকল্পে স্ক্রোল করুন।
 +
|-
 +
|02:37 
 +
|Preferences ডায়লগ বাক্স খোলে।
  
 
|-
 
|-
−
| 02:20
+
| 02:40
−
|কাঠামো পর্দায় দেখায়।
+
| Category ড্রপ ডাউন থেকে, Tools চয়ন করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 02:23
+
| 02:44
−
|ribbons ডিসপ্লেকে atoms এ বদলাতে command line text box এ লিখুন: The command word display এবং এন্টার টিপুন।
+
| Settings শিরোনামে, On Tool bar কলামে বাক্স চেক করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 02:34
+
| 02:53
−
|এখন atoms display তে protein এর কাঠামো রয়েছে।
+
| নিম্নের জন্য বাক্স চেক করুন Command line , Model Panel, Side View
  
 
|-
 
|-
−
| 02:38
+
| 02:59
−
|এই কাঠামো আংশিকভাবে ribbons হিসাবে দেখায়।
+
| নীচে স্ক্রোল করুন এবং MatchMaker এবং Match-Align এ ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 02:42
+
| 03:05
−
|ribbons লুকোতে লিখুন wave symbol যা tilda নামেও পরিচিত, তারপর command শব্দ ribbon লিখুন।
+
|আপনি আপনার নিজস্ব টুলবার কাস্টমাইজ করতে পারেন।
  
 
|-
 
|-
−
| 02:51
+
| 03:08
−
|tilda সহ কমান্ড রিভার্স ফাংশন নির্দেশ করে।
+
|আপনার প্রয়োজন অনুসারে টুল চয়ন করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 02:55
+
| 03:12
−
|এখানে, এরপর ribbon keyword দ্বারা tilda চিহ্ন ribbons লুকোয়। এন্টার টিপুন।
+
| প্যানেলটি দেখুন।
  
 
|-
 
|-
−
|03:03
+
| 03:14
−
| আমরা atoms, bonds, surfaces ইত্যাদি রঙ্গিন করতে color command ব্যবহার করতে পারি।
+
|প্যানেলের উপরে Tool bar আইকন জুড়ে গেছে।
  
 
|-
 
|-
−
| 03:10
+
| 03:19
−
|উদাহরণস্বরূপ, সকল leucines এর রঙ বদলাতে লিখুন:
+
|Tool bar এর স্থিতি বদলাতে, Toolbar placement বোতামে ক্লিক করুন।
  
−
Color space yellow space colon এবং তারপর amino acid এর জন্য তিনটি অক্ষরের ছোট রূপ।
+
|-
 +
| 03:25
 +
| ড্রপ ডাউন মেনু থেকে বিকল্প চয়ন করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 03:24
+
|03:29
−
| leucine এর জন্য, আমি লিখব leu.
+
| টুল বারে সকল আইকন জুড়ে নিলে, Save বোতামে ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 03:28
+
| 03:35
−
|এখানে color yellow argument সহ command word রয়েছে এবং লক্ষ্য হল কাঠামোর সকল leucines.
+
|ডায়ালগ বক্স বন্ধ করতে Close এ ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 03:37
+
| 03:39
−
|আপনি লক্ষ্য নির্দিষ্ট না করলে সম্পূর্ণ কাঠামো হলুদ রঙের হবে। এন্টার টিপুন।
+
| কাঠামো এখন বিভিন্ন স্থিতিতে রয়েছে।
  
 
|-
 
|-
−
| 03:45
+
| 03:43 
−
|panel টি দেখুন। সকল leucines এখন হলুদ রঙে রয়েছে।
+
| এখন, MatchMaker ফাংশন ব্যবহার করে স্ট্রাকচার সুপারইম্পোজ করি।
  
 
|-
 
|-
−
| 03:51
+
| 03:48
−
| আমরা একটি বিশেষ স্থানের amino acid কে বিশেষ রঙ দ্বারা রঙ করতে পারি।
+
| Tool bar এ MatchMaker টুলে ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 03:56
+
| 03:53
−
|উদাহরণস্বরূপ histidine এর রঙ বদলাতে, যা chain B তে স্থান 18 এ উপস্থিত, লিখুন color space red space colon18.B এবং এন্টার টিপুন।
+
|MatchMaker ডায়ালগ বাক্স খোলে।
  
 
|-
 
|-
−
| 04:13
+
|03:56
−
|প্যানেলটি দেখুন। histidine এখন লাল হয়ে গেছে।
+
| Reference structure হিসাবে 3w7f এ ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 04:19
+
|04:01
−
| সম্পূর্ণ কাঠামোর ডিসপ্লে CPK spacefill এ বদলাতে, rep লিখুন।
+
|এখন, ডিফল্ট সেটিংস রেখেই এগোই । OK বোতামে টিপুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 04:26
+
| 04:07
−
|rep কীওয়ার্ড represent এর সংক্ষিপ্ত রূপ। rep space sphere; এন্টার টিপুন।
+
| প্যানেলটি দেখুন।
 +
|-
 +
| 04:09
 +
|দুটি কাঠামো একে অপরের উপর সুপারইম্পোজ হয়।
  
 
|-
 
|-
−
| 04:37
+
|04:13
−
|প্যানেলটি দেখুন।
+
| দুটি কাঠামো একে অপরের উপর প্রায় পুরোপুরি সুপারইম্পোজ।
  
 
|-
 
|-
−
| 04:39
+
|04:19
−
|কাঠামো stick ডিসপ্লেতে ফিরিয়ে আনতে, আবার লিখুন rep space stick এবং এন্টার টিপুন।
+
|একটি ছোট অংশ বাদ দিয়ে যা অপ্রাসঙ্গিক।
  
 
|-
 
|-
−
| 04:50
+
|04:23
−
|solvent অণুর কাঠামো লুকোতে লিখুন del (মুছে ফেলতে), space solvent. এন্টার টিপুন।
+
| এই নন-সুপারইম্পোজেবল অংশে জড়িত ফ্রাগমেন্ট অ্যামিনো অ্যাসিড সংখ্যা 53 থেকে শুরু হয়ে অ্যামিনো অ্যাসিড সংখ্যা 57 পর্যন্ত হয়।
  
 
|-
 
|-
−
| 05:02
+
|04:34
−
|চয়নের জন্য residues সক্রিয় করতে, select command শব্দ চয়ন করুন।
+
| MatchMaker, রেসিডিউয়ের ধরন এবং সেকেন্ডারি স্ট্রাকচার দ্বারা সিকোয়েন্স এলাইনমেন্ট করে।
  
 
|-
 
|-
−
| 05:08
+
|04:40
−
|command line টেক্সট বাক্সে লিখুন, select space colon তারপর রেসিডিউ এর সংখ্যা এবং chain.
+
|তারপর সিকোয়েন্স এলাইনড রেসিডিউ 3D তে ফিট করে।
  
 
|-
 
|-
−
| 05:18
+
|04:44 
−
| উদাহরণস্বরূপ chain B এর স্থানে 28 এ উপস্থিত  lysine সক্রিয় করতে লিখুন select space colon তারপর 28 dot B. এন্টার টিপুন।
+
|এখন Match-Align টুল যাচাই করি।
  
 
|-
 
|-
−
| 05:34
+
|04:48 
−
|এখন চয়নিত residue এর label দেখাতে লিখুন rlabel space sel. এন্টার টিপুন।
+
| টুলবার থেকে Match-Align টুলে ক্লিক করুন। একটি ডায়লগ বাক্স খোলে।
  
 
|-
 
|-
−
| 05:44
+
|04:55 
−
|প্যানেলটি দেখুন। চয়নিত residue এর residue label প্রদর্শিত হয়।
+
| চেন চয়ন করতে, তাদের pdb Ids এ ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 05:51
+
|04:59
−
|পূর্বে চয়নিত residue অচয়নিত করতে, select command পেতে আপ অ্যারো কী টিপুন।
+
|OK বোতামে ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 05:59
+
|05:03
−
|command এর প্রারম্ভে tilda চিহ্ন লিখুন। এন্টার টিপুন।
+
| sequence alignment ডায়লগ বাক্স খোলে।
  
 
|-
 
|-
−
| 06:05
+
|05:05
−
|Help menu তে keywords এবং command index এর একটি তালিকা উপলব্ধ।
+
| এই বাক্সে, অন্তিম ফিটে ব্যবহৃত অ্যামিনো অ্যাসিড জোড়া হালকা কমলা বাক্স সমেত দেখায়।
  
 
|-
 
|-
−
| 06:09
+
|05:13
−
|Help menu তে ক্লিক করুন, স্নীচে ক্রোল করুন এবং  Commands index এ ক্লিক করুন।
+
| রেসিডিউ 52-54 এ লুপ বাদে স্ট্রাকচার প্রায়ই একই রকম।
  
 
|-
 
|-
−
| 06:16
+
|05:21
−
| commands লিখতে keywords এর সূচী সহ একটি web-page খোলে।
+
|কার্সার সংশ্লিষ্ট এক অক্ষর কোডের উপর রাখুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 06:22
+
|05:25 
−
|Chimera উইন্ডোতে ফিরে আসুন।
+
| 52 থেকে 54 পর্যন্ত রেসিডিউ, সিকোয়েয়েন্সের অন্তরালের কারণে স্থানান্তরিত হয়।
  
 
|-
 
|-
−
| 06:25
+
|05:33
−
|আপনি ব্যাকগ্রাউন্ডের রঙ কালো থেকে নীলে বদলাতে চাইলে লিখুন: background space solid space blue. এন্টার টিপুন।
+
| কার্সার ব্যবহার করে এই অংশটি চয়ন করুন।
 +
 
 
|-
 
|-
−
| 06:38
+
|05:38
−
|প্যানেল এখন নীল রঙে রয়েছে।
+
| প্যানেল পর্যবেক্ষণ করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 06:41
+
| 05:41
−
|Command এর হিস্ট্রি দেখতে, Command line এর ডান পাশে স্থিত কালো ত্রিভুজে ক্লিক করুন।
+
|সিকোয়েন্সের সেই চয়নিত অংশ লক্ষণীয় হয়।
  
 
|-
 
|-
−
| 06:48
+
|05:45
−
|Command history পূর্বে ব্যবহৃত কমান্ড তালিকাভুক্ত করে।
+
| এটি কাঠামোর নন-সুপারইম্পোজেবল অংশের সাথে সামঞ্জস্যপূর্ণ।
  
 
|-
 
|-
−
| 06:53
+
|05:50
−
|Commands, Command এ ক্লিক করে আবার নিষ্পাদিত করা যায়।
+
| আপনি Actions মেনু দ্বারা এই নন-সুপারইম্পোজেবল অংশের রঙ বদলাতে পারেন।
  
 
|-
 
|-
−
| 06:57
+
| 05:55
−
|Command line লুকোতে, ড্রপ ডাউন মেনুতে Hide command line বিকল্পে ক্লিক করুন।
+
| Actions মেনুতে ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 07:03
+
|05:57 
−
|আপনার নির্মিত কাঠামো save করার অনেক বিকল্প রয়েছে। File menu খুলুন।
+
|Color এ স্ক্রোল করুন, orange-red বিকল্পে ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 07:09
+
|06:02
−
|আপনি এটি করতে পারেন: Restore a Session, Save a Session
+
|এখন এই অংশটি লক্ষণীয় হয়েছে।
  
 
|-
 
|-
−
| 07:14
+
|06:05
−
|ইমেজ JPEG বা PNG ফরম্যাটে সংরক্ষণ করুন।
+
| চয়ন মুছে দিন এবং ডায়লগ বাক্স বন্ধ করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 07:19
+
| 06:10
−
|ইমেজ PDB বা Mol2 ফাইল হিসাবে সংরক্ষণ করুন, দৃশ্য Export করুন ইত্যাদি।
+
| এখন, দেখি যে conformations কিভাবে মর্ফ করে এবং ট্রাজেক্টরী বানায়।
  
 
|-
 
|-
−
| 07:27
+
|06:15
−
|প্রদর্শন করতে, ইমেজে JPEG ফরম্যাটে সংরক্ষণ করি।
+
| Morphing, মূল ইনপুট স্ট্রাকচারের মাঝে মধ্যবর্তী স্ট্রাকচারের শৃঙ্খলা গনণা করতে জড়িত।
  
 
|-
 
|-
−
|07:33
+
|06:23
−
|Save image বিকল্পে ক্লিক করুন। একটি Save image ডায়লগ বাক্স খোলে।
+
| নির্মিত অন্তর্বর্তী স্ট্রাকচারের শৃঙ্খলা Molecular Dynamics Movie শর্টে MD Movie এর মত সংরক্ষণ করা যেতে পারে।
  
 
|-
 
|-
−
| 07:40
+
| 06:32
−
|ফাইলের স্থান হিসাবে ডেস্কটপ চয়ন করুন।
+
| প্যানেলে ফিরে যান।
  
 
|-
 
|-
−
| 07:44
+
| 06:34
−
| File name কে 1zik লিখুন। File name কে JPEG হিসাবে লিখুন।
+
| Tools মেনু থেকে morphing টুল শুরু করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 07:52
+
|06:37
−
|আপনার প্রয়োজন অনুযায়ী ইমেজের আকার নিশ্চিত করুন।
+
| Tools মেনুতে ক্লিক করুন, Structure Comparison এ স্ক্রোল করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 07:56
+
|06:42 
−
|প্রদর্শন করতে, আমি প্রস্থ হিসাবে 800 এবং উচ্চতা হিসাবে 600 লিখব।
+
| Morph conformations বিকল্পে ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 08:05
+
| 06:46
−
|Save বোতামে ক্লিক করুন। ইমেজ ডেস্কটপে 1zik.jpg হিসাবে সংরক্ষণ হয়।
+
|Morph conformations ডায়লগ বাক্স খোলে।
  
 
|-
 
|-
−
| 08:15
+
| 06:50
−
|সংক্ষিপ্তকরণ করি যে এখানে আমরা শিখেছি।
+
| Add এ ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
−
|08:17
+
|06:52 
−
|এখানে আমরা কমান্ড লিখেছি, display কে atoms এ বদলানো।
+
| Models ডায়লগ বাক্সের ফলিত তালিকাতে confirmations এ জুড়তে মডেল সংখ্যা জিরো অর্থাৎ, 3w7f এ ডাবল ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 08:22
+
|07:03
−
| ribbons দেখানো এবং লুকোনো।
+
|পরের মডেল সংখ্যা 1 অর্থাৎ 2zco তে ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 08:25
+
| 07:10
−
| amino acid residues এর রঙ বদলানো।
+
|তারপর 3w7f অর্থাৎ মডেল সংখ্যা জিরোতে আবার ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 08:28
+
|07:16 
−
|আলাদা আলাদা residues লেবেল করা.
+
|এই সিকোয়েন্স লিগ্যান্ড এর মর্ফ ট্রাজেক্টরী সম্পর্কিত, যা স্ট্রাকচার থেকে খালি স্ট্রাকচার পর্যন্ত এবং আবার ফিরতে আবদ্ধ।
  
 
|-
 
|-
−
| 08:31
+
| 07:26
−
|solvent molecules মুছে ফেলা। ইমেজ ভিন্ন ভিন্ন ফাইল ফরম্যাটে সংরক্ষণ করা।
+
|model list ডায়ালগ বন্ধ করুন।
 +
 
 
|-
 
|-
−
|08:38
+
|07:29
−
|অনুশীলনী হিসাবে Human oxy-hemoglobin (PDB code: 2dn1) এর কাঠামো লোড করতে কম্যান্ড লিখুন।
+
| Morph conformations ডায়লগ বাক্সে Create এ ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 08:48
+
|07:34
−
| ডিসপ্লে atoms এ বদলান এবং ribbons লুকোন।
+
|কয়েক সেকেন্ড পর, একটি MD Movie তৈরী হয়।
  
 
|-
 
|-
−
| 08:52
+
|07:39
−
| সকল histidine residues কে সবুজ রঙ করুন।
+
| স্ক্রিনে ডায়লগ বাক্স দেখায়।
  
 
|-
 
|-
−
| 08:56
+
|07:42
−
|solvent molecules সরান এবং ইমেজ JPEG ফরম্যাটে সংরক্ষণ করুন।
+
| ডায়লগ বাক্সে মুভি চালাতে প্লে বা পজ বোতাম রয়েছে।
  
 
|-
 
|-
−
| 09:03
+
|07:46
−
|আপনার সম্পন্ন কাজ নিম্নরূপ হওয়া উচিত।
+
| প্লে করতে অ্যারো বোতামে ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 09:12
+
|07:50 
−
|নিম্ন লিঙ্কে উপলব্ধ ভিডিওটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে দেখায়।
+
| প্যানেলটি দেখুন।
  
−
এটি ডাউনলোড করে দেখুন।
 
 
|-
 
|-
−
| 09:19
+
|07:52 
−
|স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল কর্মশালার আয়োজন করে এবং অনলাইন পরীক্ষা পাস করলে প্রশংসাপত্র দেয়।
+
|কনফার্মেশনের মর্ফিং একটি মুভি হিসাবে প্লে করা হচ্ছে।
  
−
অধিক জানতে আমাদের লিখুন।
+
|-
 +
|07:57
 +
| মুভি থামান এবং MD movie ডায়ালগ বাক্স বন্ধ করুন।
 +
 
 +
|-
 +
|08:02
 +
| সংক্ষিপ্তকরণ করি যে এখানে কি শিখেছি।
 +
 
 +
|-
 +
|08:05 
 +
| এখানে আমরা শিখেছি: একই প্রোটিনের ভিন্ন ভিন্ন কাঠামো তুলনা এবং সুপারইম্পোজ করা।
 +
 
 +
|-
 +
|08:12 
 +
| conformations মর্ফ করা এবং ট্রাজেক্টরী বানানো।
 +
 
 +
|-
 +
|08:16 
 +
| ট্রাজেক্টরী Molecular Dynamics Movie হিসাবে সংরক্ষণ করা।
 +
 
 +
|-
 +
|08:20
 +
| অনুশীলনী হিসাবে, PDB কোড 1TAG এবং 1TND সহ GTP বাইন্ডিং প্রোটিনের স্ট্রাকচার খুলুন।
 +
 
 +
|-
 +
|08:31
 +
| MatchMaker টুল দ্বারা স্ট্রাকচার সুপারইম্পোজ করুন।
 +
 
 +
|-
 +
|08:34
 +
| Sequence Alignment টুল দ্বারা, অসমান ক্ষেত্র সনাক্ত করুন।
 +
 
 +
|-
 +
|08:41
 +
| নিম্ন লিঙ্কে উপলব্ধ ভিডিওটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে দেখায়। এটি ডাউনলোড করে দেখুন।
  
 
|-
 
|-
−
|09:29
+
|08:48
−
|স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প ভারত সরকারের NMEICT, MHRD দ্বারা পরিচালিত।
+
| স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল কর্মশালার আয়োজন করে এবং অনলাইন পরীক্ষা পাস করলে প্রশংসাপত্র দেয়। অধিক জানতে আমাদের লিখুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 09:35
+
| 08:57
−
|এই মিশনের সম্পর্কে আরো তথ্য এই লিঙ্কে প্রাপ্তিসাধ্য।
+
|স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প ভারত সরকারের NMEICT, MHRD দ্বারা পরিচালিত। এই মিশনের সম্পর্কে আরো তথ্য এই লিঙ্কে প্রাপ্তিসাধ্য।
  
 
|-
 
|-
−
| 09:40
+
|09:09
−
|আই আই টী বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। অংশগ্রহনের জন্যে ধন্যবাদ।
+
| আই আই টী বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। অংশগ্রহনের জন্যে ধন্যবাদ।
  
 
|}
 
|}

Latest revision as of 11:33, 18 September 2018

Time Narration
00:01 Superimposing এবং Morphing এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত।
00:06 এখানে আমরা শিখব: একই প্রোটিনের ভিন্ন ভিন্ন কাঠামো তুলনা এবং সুপারইম্পোজ করা।
00:13 conformations মর্ফ করা এবং ট্রাজেক্টরী বানানো।
00:17 টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে Chimera ইন্টারফেস সম্পর্কে জানতে হবে।
00:22 না হলে, প্রাসঙ্গিক টিউটোরিয়ালের জন্য, আমাদের ওয়েবসাইটে যান।
00:27 এখানে ব্যবহার করছি: Ubuntu OS সংস্করণ 14.04, Chimera সংস্করণ 1.10.2, Mozilla Firefox ব্রাউজার 42.0 এবং একটি কার্যকর ইন্টারনেট সংযোগ।
00:43 এখানে, আমি একটি Chimera উইন্ডো খুলেছি।
00:46 graphic access ইন্টারফেস থেকে, 3w7f ফাইলে ক্লিক করুন।
00:53 স্ক্রিনে Squalin Synthase স্ট্রাকচার খোলে।
00:57 এখন, superimposing এর জন্য এই স্ট্রাকচার বানাই।
01:01 এটি একই প্রোটিনের দুটি কপি রাখে।
01:05 কমান্ড লাইন দ্বারা তাদের একটি চেন মুছে দিন।
01:09 আমি কমান্ড হিস্ট্রিতে ক্লিক করে কমান্ডটি আবার কল করব।
01:14 কমান্ড হিস্ট্রি ডায়লগ বাক্স থেকে delete:.a কমান্ড চয়ন করুন।
01:20 এন্টার টিপুন।
01:22 এরপর স্ট্রাকচার থেকে solvent অণু সরাতে, আমি কমান্ড লিখব del solvent, এন্টার টিপুন।
01:32 এই স্ট্রাকচার সাবস্ট্রেট এনালগ Farnesyl thiopyrophosphate, সংক্ষেপে FPS এ আবদ্ধ।
01:40 আমরা দুটি অনুরূপ প্রোটিনকে তাদের সেকেন্ডারি স্ট্রাকচারের সাথে তুলনা করতে সুপারইম্পোজ করব।
01:46 এর জন্য, আমরা সাবস্ট্রট ছাড়া একই এনজাইমের স্ট্রাকচার খুঁজবো।
01:52 কমান্ড লাইনে লিখুন open 2zco, এন্টার টিপুন।
02:02 নতুন স্ট্রাকচার নীল রঙে রয়েছে।
02:05 এখন, এই দুটি স্ট্রাকচার সুপারইম্পোজ হতে প্রস্তুত।
02:10 Superimposition বা Structural alignment দুই বা অধিক প্রোটিন স্ট্রাকচার তুলনা করার একটি টুল।
02:18 অ্যালাইনমেন্ট তাদের আকৃতি এবং ত্রিমাত্রিক conformation ভিত্তিক।
02:24 superimposing শুরু করার আগে, আমরা টুলবারে কিছু আইকন রাখি।
02:30 Favorites মেনুতে ক্লিক করুন।
02:32 Add to favorites/Tool bar বিকল্পে স্ক্রোল করুন।
02:37 Preferences ডায়লগ বাক্স খোলে।
02:40 Category ড্রপ ডাউন থেকে, Tools চয়ন করুন।
02:44 Settings শিরোনামে, On Tool bar কলামে বাক্স চেক করুন।
02:53 নিম্নের জন্য বাক্স চেক করুন Command line , Model Panel, Side View
02:59 নীচে স্ক্রোল করুন এবং MatchMaker এবং Match-Align এ ক্লিক করুন।
03:05 আপনি আপনার নিজস্ব টুলবার কাস্টমাইজ করতে পারেন।
03:08 আপনার প্রয়োজন অনুসারে টুল চয়ন করুন।
03:12 প্যানেলটি দেখুন।
03:14 প্যানেলের উপরে Tool bar আইকন জুড়ে গেছে।
03:19 Tool bar এর স্থিতি বদলাতে, Toolbar placement বোতামে ক্লিক করুন।
03:25 ড্রপ ডাউন মেনু থেকে বিকল্প চয়ন করুন।
03:29 টুল বারে সকল আইকন জুড়ে নিলে, Save বোতামে ক্লিক করুন।
03:35 ডায়ালগ বক্স বন্ধ করতে Close এ ক্লিক করুন।
03:39 কাঠামো এখন বিভিন্ন স্থিতিতে রয়েছে।
03:43 এখন, MatchMaker ফাংশন ব্যবহার করে স্ট্রাকচার সুপারইম্পোজ করি।
03:48 Tool bar এ MatchMaker টুলে ক্লিক করুন।
03:53 MatchMaker ডায়ালগ বাক্স খোলে।
03:56 Reference structure হিসাবে 3w7f এ ক্লিক করুন।
04:01 এখন, ডিফল্ট সেটিংস রেখেই এগোই । OK বোতামে টিপুন।
04:07 প্যানেলটি দেখুন।
04:09 দুটি কাঠামো একে অপরের উপর সুপারইম্পোজ হয়।
04:13 দুটি কাঠামো একে অপরের উপর প্রায় পুরোপুরি সুপারইম্পোজ।
04:19 একটি ছোট অংশ বাদ দিয়ে যা অপ্রাসঙ্গিক।
04:23 এই নন-সুপারইম্পোজেবল অংশে জড়িত ফ্রাগমেন্ট অ্যামিনো অ্যাসিড সংখ্যা 53 থেকে শুরু হয়ে অ্যামিনো অ্যাসিড সংখ্যা 57 পর্যন্ত হয়।
04:34 MatchMaker, রেসিডিউয়ের ধরন এবং সেকেন্ডারি স্ট্রাকচার দ্বারা সিকোয়েন্স এলাইনমেন্ট করে।
04:40 তারপর সিকোয়েন্স এলাইনড রেসিডিউ 3D তে ফিট করে।
04:44 এখন Match-Align টুল যাচাই করি।
04:48 টুলবার থেকে Match-Align টুলে ক্লিক করুন। একটি ডায়লগ বাক্স খোলে।
04:55 চেন চয়ন করতে, তাদের pdb Ids এ ক্লিক করুন।
04:59 OK বোতামে ক্লিক করুন।
05:03 sequence alignment ডায়লগ বাক্স খোলে।
05:05 এই বাক্সে, অন্তিম ফিটে ব্যবহৃত অ্যামিনো অ্যাসিড জোড়া হালকা কমলা বাক্স সমেত দেখায়।
05:13 রেসিডিউ 52-54 এ লুপ বাদে স্ট্রাকচার প্রায়ই একই রকম।
05:21 কার্সার সংশ্লিষ্ট এক অক্ষর কোডের উপর রাখুন।
05:25 52 থেকে 54 পর্যন্ত রেসিডিউ, সিকোয়েয়েন্সের অন্তরালের কারণে স্থানান্তরিত হয়।
05:33 কার্সার ব্যবহার করে এই অংশটি চয়ন করুন।
05:38 প্যানেল পর্যবেক্ষণ করুন।
05:41 সিকোয়েন্সের সেই চয়নিত অংশ লক্ষণীয় হয়।
05:45 এটি কাঠামোর নন-সুপারইম্পোজেবল অংশের সাথে সামঞ্জস্যপূর্ণ।
05:50 আপনি Actions মেনু দ্বারা এই নন-সুপারইম্পোজেবল অংশের রঙ বদলাতে পারেন।
05:55 Actions মেনুতে ক্লিক করুন।
05:57 Color এ স্ক্রোল করুন, orange-red বিকল্পে ক্লিক করুন।
06:02 এখন এই অংশটি লক্ষণীয় হয়েছে।
06:05 চয়ন মুছে দিন এবং ডায়লগ বাক্স বন্ধ করুন।
06:10 এখন, দেখি যে conformations কিভাবে মর্ফ করে এবং ট্রাজেক্টরী বানায়।
06:15 Morphing, মূল ইনপুট স্ট্রাকচারের মাঝে মধ্যবর্তী স্ট্রাকচারের শৃঙ্খলা গনণা করতে জড়িত।
06:23 নির্মিত অন্তর্বর্তী স্ট্রাকচারের শৃঙ্খলা Molecular Dynamics Movie শর্টে MD Movie এর মত সংরক্ষণ করা যেতে পারে।
06:32 প্যানেলে ফিরে যান।
06:34 Tools মেনু থেকে morphing টুল শুরু করুন।
06:37 Tools মেনুতে ক্লিক করুন, Structure Comparison এ স্ক্রোল করুন।
06:42 Morph conformations বিকল্পে ক্লিক করুন।
06:46 Morph conformations ডায়লগ বাক্স খোলে।
06:50 Add এ ক্লিক করুন।
06:52 Models ডায়লগ বাক্সের ফলিত তালিকাতে confirmations এ জুড়তে মডেল সংখ্যা জিরো অর্থাৎ, 3w7f এ ডাবল ক্লিক করুন।
07:03 পরের মডেল সংখ্যা 1 অর্থাৎ 2zco তে ক্লিক করুন।
07:10 তারপর 3w7f অর্থাৎ মডেল সংখ্যা জিরোতে আবার ক্লিক করুন।
07:16 এই সিকোয়েন্স লিগ্যান্ড এর মর্ফ ট্রাজেক্টরী সম্পর্কিত, যা স্ট্রাকচার থেকে খালি স্ট্রাকচার পর্যন্ত এবং আবার ফিরতে আবদ্ধ।
07:26 model list ডায়ালগ বন্ধ করুন।
07:29 Morph conformations ডায়লগ বাক্সে Create এ ক্লিক করুন।
07:34 কয়েক সেকেন্ড পর, একটি MD Movie তৈরী হয়।
07:39 স্ক্রিনে ডায়লগ বাক্স দেখায়।
07:42 ডায়লগ বাক্সে মুভি চালাতে প্লে বা পজ বোতাম রয়েছে।
07:46 প্লে করতে অ্যারো বোতামে ক্লিক করুন।
07:50 প্যানেলটি দেখুন।
07:52 কনফার্মেশনের মর্ফিং একটি মুভি হিসাবে প্লে করা হচ্ছে।
07:57 মুভি থামান এবং MD movie ডায়ালগ বাক্স বন্ধ করুন।
08:02 সংক্ষিপ্তকরণ করি যে এখানে কি শিখেছি।
08:05 এখানে আমরা শিখেছি: একই প্রোটিনের ভিন্ন ভিন্ন কাঠামো তুলনা এবং সুপারইম্পোজ করা।
08:12 conformations মর্ফ করা এবং ট্রাজেক্টরী বানানো।
08:16 ট্রাজেক্টরী Molecular Dynamics Movie হিসাবে সংরক্ষণ করা।
08:20 অনুশীলনী হিসাবে, PDB কোড 1TAG এবং 1TND সহ GTP বাইন্ডিং প্রোটিনের স্ট্রাকচার খুলুন।
08:31 MatchMaker টুল দ্বারা স্ট্রাকচার সুপারইম্পোজ করুন।
08:34 Sequence Alignment টুল দ্বারা, অসমান ক্ষেত্র সনাক্ত করুন।
08:41 নিম্ন লিঙ্কে উপলব্ধ ভিডিওটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে দেখায়। এটি ডাউনলোড করে দেখুন।
08:48 স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল কর্মশালার আয়োজন করে এবং অনলাইন পরীক্ষা পাস করলে প্রশংসাপত্র দেয়। অধিক জানতে আমাদের লিখুন।
08:57 স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প ভারত সরকারের NMEICT, MHRD দ্বারা পরিচালিত। এই মিশনের সম্পর্কে আরো তথ্য এই লিঙ্কে প্রাপ্তিসাধ্য।
09:09 আই আই টী বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। অংশগ্রহনের জন্যে ধন্যবাদ।

Contributors and Content Editors

Kaushik Datta, Satarupadutta

Retrieved from "https://script.spoken-tutorial.org/index.php?title=UCSF-Chimera/C3/Superimposing-and-Morphing/Bengali&oldid=44367"