Difference between revisions of "UCSF-Chimera/C4/Attributes/Gujarati"
From Script | Spoken-Tutorial
Shivanigada (Talk | contribs) (Created page with "{| border=1 | <center>Time</center> | <center>Narration</center> |- | 00:01 | '''Attributes.''' પરના આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલમાં...") |
Shivanigada (Talk | contribs) |
||
| Line 122: | Line 122: | ||
| 02:56 | | 02:56 | ||
| ડાયલોગ બોક્સને બંધ કરો. | | ડાયલોગ બોક્સને બંધ કરો. | ||
| − | |||
|- | |- | ||
Latest revision as of 19:58, 8 February 2018
| |
|
| 00:01 | Attributes. પરના આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલમાં તમારું સ્વાગત છે. |
| 00:05 | આ ટ્યૂટોરિઅલમાં આપણે શીખીશું : એટમ્સ, રેસિડ્યુઝ અને મોડલ્સના attributes બદલવા. |
| 00:13 | B-factor મૂલ્યોને આધારે પ્રોટીનમાં એટમ્સને રંગ આપવા. |
| 00:18 | kdhydrophobicity મૂલ્યોને આધારે રેસિડયુઝને રંગ આપવા. |
| 00:24 | આ ટ્યૂટોરિઅલને અનુસરવા તમે Chimera ઇન્ટરફેઝના જાણકાર હોવા જરૂરી છો. જો તમે ન હોવ તો તે માટેના ટ્યૂટોરિઅલ્સ માટે અમારી વેબસાઈટની મુલાકાત લો. |
| 00:33 | આ ટ્યૂટોરિઅલને રેકોર્ડ કરવા હું વાપરી રહી છું : Ubuntu OS આવૃત્તિ 14.04 , Chimera આવૃત્તિ 1.10.2 , Mozilla Firefox બ્રાઉઝર 42.0 અને એક કાર્યરત ઇન્ટરનેટ કનેક્શન. |
| 00:50 | અહીં મેં એક Chimera વિન્ડો ખોલી છે. |
| 00:54 | કમાન્ડ લાઈન દ્વારા Leucine zipperનું સ્ટ્રક્ચર ખોલો. |
| 00:52 | કમાન્ડ લાઈન ટેક્સ્ટ બોકસ ઉપર ટાઈપ કરો open 1zik અને Enter દબાવો. |
| 01:05 | પેનલ ઉપર મોડેલ ribbons તરીકે દેખાય છે. |
| 01:10 | Presets મેનુના ઉપયોગથી , ડિસ્પ્લેને Interactive 2માં બદલો. |
| 01:14 | પાણીના અણુઓને છુપાવવા, command line ઉપર ટાઈપ કરો delete solvent અને Enter દબાવો. |
| 01:22 | ડિસ્પ્લેને સ્ટીક્સમાં બદલવા ટાઈપ કરો rep stick અને Enter દબાવો. |
| 01:30 | સ્ટ્રક્ચરમાં હાઇડ્રોજન્સ ઉમેરો, ટાઈપ કરો addh |
| 01:36 | હવે ચાલો આ સ્ટ્રક્ચર માટે atoms અને residuesના attributes કેવી રીતે બદલી શકાય તે શીખીએ. |
| 01:43 | Attributes એ નામો અને મૂલ્યો ધરાવતા ગુણધર્મો છે. |
| 01:47 | Chimeraમાં , આવી વસ્તુઓ જેવીકે atoms, bonds, residues અને molecule models વગેરે Attributes ધરાવે છે. |
| 01:54 | Attributes બદલવાના ઘણા જુદા-જુદા માર્ગો રહેલ છે. |
| 01:57 | Favorites મેનુ દ્વારા Model Panelને ખોલો. |
| 02:01 | Model Panel ડાયલોગ બોક્સ સ્ક્રીન ઉપર ખુલે છે. |
| 02:05 | પેનલની જમણી બાજુએ આવેલા attributes બટન ઉપર ક્લિક કરો. |
| 02:10 | 1zik માટેનો Attributes ડાયલોગ બોક્સ સ્ક્રીન ઉપર ખુલે છે. |
| 02:15 | આ ડાયલોગ બોક્સ એક attribute લિસ્ટ ધરાવે છે. |
| 02:18 | લિસ્ટમાં આનો સમાવેશ થાય છે : Molecule Attributes અને તેના કમ્પોનંટ્સ , Atom, bond અને residue attributes. |
| 02:28 | Molecule Attributesને પસંદ કરો. |
| 02:31 | ઉપલબ્ધ attributes વિન્ડો ઉપર સૂચિત થાય છે. |
| 02:35 | દાખલા તરીકે - એરોમેટિક રિંગ્સનું ડિસ્પ્લે બદલવા , aromatic display પછી દેખાતા બટન ઉપર ક્લિક કરો. |
| 02:42 | ડ્રોપ-ડાઉનમાંથી Trueને સિલેક્ટ કરો. |
| 02:45 | Aromatic ring style ને disk તરીકે સિલેક્ટ કરો. |
| 02:49 | એરોમેટિક કલર પછી આવેલા color well ઉપર ક્લિક કરો. |
| 02:53 | color editorમાંથી રંગને સિલેક્ટ કરો. |
| 02:56 | ડાયલોગ બોક્સને બંધ કરો. |
| 02:59 | પેનલને ધ્યાનથી જુઓ. બધી aromatic rings તેના કેન્દ્રમાં ડિસ્ક સાથે દેખાય છે. |
| 03:06 | સ્ટ્રકચરના ડિસ્પ્લેને ball અને stickમાં ફેરવો. |
| 03:10 | કમાન્ડ લાઈન ઉપર ટાઈપ કરો, rep bs |
| 03:16 | એટ્રીબ્યૂટ્સ ડાયલોગ બોક્સ ઉપર , એટમ્સના Van der Walls radiiને બદલો. |
| 03:22 | ball scale ની કિંમત બદલી 0.5 કરો.Enter પ્રેસ કરો. |
| 03:27 | પેનલને ધ્યાનથી જુઓ. એટમ્સ વિશાળ એટોમેટિક રેડી સાથે હવે દેખાય છે. |
| 03:33 | ફરી Molecular Attributes ચેક બોક્સ ઉપર ક્લિક કરો. |
| 03:38 | સૂચિ માંથી , Component Atom Attributes ઉપર ક્લિક કરો. |
| 03:43 | તેની અનુરૂપ વિન્ડોમાં , atom style button ઉપર ક્લિક કરો. |
| 03:48 | આ ડ્રોપ-ડાઉન મેનુમાં ઘણા વિકલ્પો રહેલા છે. |
| 03:51 | ડિસ્પ્લેને cpkમાં બદલવા sphere ઉપર ક્લિક કરો. |
| 03:55 | પેનલને ધ્યાનથી જુઓ. |
| 03:57 | sticks ડિસ્પ્લેને પાછું મેળવવા dotને સિલેક્ટ કરો. |
| 04:02 | હવે Component Bond Attributes ઉપર ક્લિક કરો. |
| 04:10 | અહીં, bond styleને stick અથવા wireમાં બદલવાના વિકલ્પો રહેલ છે. |
| 04:13 | Component Residue Attributes ઉપર ક્લિક કરો. |
| 04:17 | અહીં આપણી પાસે રીબન્સના સ્ટ્રીબ્યૂટ્સ બદલવાના વિકલ્પો રહેલ છે. |
| 04:22 | presetsમેનુના ઉપયોગથી , પેનલ ઉપર સ્ટ્રકચરના ડિસ્પ્લેને ribbonsમાં બદલો. |
| 04:28 | હવે Attribute ડાયલોગ બોક્સને ક્લિક કરતા. |
| 04:32 | હવે Attribute ડાયલોગ બોક્સમાં , ribbon colorની બાજુમાં આવેલા color well ઉપર ક્લિક કરો. રિબનનો રંગ સિલેક્ટ કરો. |
| 04:41 | અને close વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો color editorને બંધ કરવા. |
| 04:46 | ribbon અને scalingના ક્રોસ-સેક્શનને બદલવા વિકલ્પો રહેલ છે. |
| 04:52 | ડાયલોગ બોક્સને બંધ કરો. |
| 04:55 | ફરી , Presets મેનુ દ્વારા ડિસ્પ્લેને atoms માં બદલો. |
| 05:00 | Tools મેનુ દ્વારા પણ Attributes બદલી શકાય છે. |
| 05:03 | Tools મેનુ ઉપર ક્લિક કરો , Structure Analysis સુધી નીચે સ્ક્રોલ કરો. |
| 05:09 | અને સબ-મેનુમાંથી Render by Attribute વિકલ્પને સિલેક્ટ કરો. |
| 05:14 | Render by attribute ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે. |
| 05:17 | અહીં આપણી પાસે atoms, residues, molecules, segmentation regions વગેરેના attributes બદલવાના વિકલ્પ ઉપલબ્ધ છે. |
| 05:27 | atomsને સિલેક્ટ કરો Render. ઉપર ક્લિક કરો. |
| 05:32 | ઉપલબ્ધ વિકલ્પો ચેક કરવા Attribute સૂચિ ઉપર ક્લિક કરો . |
| 05:37 | સૂચિ બે વિકલ્પો બતાવે છે : bfactor અને occupancy |
| 05:43 | આ બંને attributes ઇનપુટ PDB ફાઈલમાંથી વાંચી શકાય છે. |
| 05:48 | bfactor પસંદ કરો. |
| 05:50 | રંગીન ઉભા બાર્સ સાથેનું કિંમતો ધરાવતું એક histogram દ્રશ્યમાન થશે. |
| 05:55 | B-factor કિંમતો એ macromoleculeમાં રહેલ ગતિશીલતા(mobility)નું એક માપદંડ દર્શાવે છે. |
| 06:01 | ઓછા B-factor મૂલ્યો ધરાવતા Atoms સ્ટ્રક્ચરના એ વિભાગને અનુલક્ષે છે જે વ્યવસ્થિત રીતે અનુક્રમિત છે. |
| 06:08 | વિશાળ B-factor મૂલ્યો ધરાવતા Atoms સ્ટ્રકચરના એ વિભાગને અનુલક્ષે છે જે ઘણું પરિવર્તનક્ષમ છે. |
| 06:15 | protein સ્ટ્રકચરની PDB ફાઈલ B-factor વિશેની માહિતી ધરાવે છે. |
| 06:21 | પેનલ ઉપર પાછા જઈએ. |
| 06:23 | માઉસ દ્વારા આ ઊભા બાર્સ histogramની સાથે સાથે ડ્રેગ કરી શકાય છે. |
| 06:29 | B-factorનું મૂલ્ય Value ટેક્સ્ટ બોક્સમાં પ્રદર્શિત થાય છે. |
| 06:34 | ભૂરા ઊભા બારણે શૂન્ય તરફ ડ્રેગ કરો , લાલને 100 તરફ. |
| 06:41 | ત્યારબાદ સફેદ બારને મૂલ્ય 50 ઉપર સ્થિર કરો. |
| 06:45 | Colors બટન ઉપર કરો. |
| 06:48 | આ વિકલ્પો માટે ચેક કરો color atoms, keep opaque અને color surfaces. |
| 06:55 | રંગનો મૂળભૂત palette ભૂરો અને લાલ છે. |
| 06:59 | ડ્રોપ-ડાઉન મેનુ દ્વારા તમે રંગના આ paletteને બદલી શકો છો. |
| 07:04 | Apply બટન ઉપર ક્લિક કરો. |
| 07:07 | પેનલને ધ્યાનથી જુઓ. ઊંચા B-factor મૂલ્યો ધરાવતા Atoms લાલ રંગમાં અને બાકીના ભૂરા રંગમાં દેખાય છે. |
| 07:16 | અપેક્ષા રાખી હતી તેમ,ઊંચા B-factor મૂલ્યો ધરાવતા atoms સ્ટ્રકચરની બહાર છે. |
| 07:22 | હવે ચાલો Residuesના attributes બદલીએ. |
| 07:26 | Select by Attribute ડાયલોગ બોક્સમાં , Attributes button ઉપર ક્લિક કરો. |
| 07:32 | ડ્રોપ-ડાઉન મેનુમાંથી ,residuesને સિલેક્ટ કરો. |
| 07:36 | Render ઉપર ક્લિક કરો. |
| 07:38 | residuesના attributes, kdHydrophobicity scaleનો સમાવેશ કરે છે. |
| 07:44 | ડ્રોપ-ડાઉન મેનુમાંથી kdHydrophobicity ઉપર ક્લિક કરો. |
| 07:48 | આ મૂલ્યો એક હિસ્ટોગ્રામ તરીકે પ્રકાશિત થાય છે. |
| 07:52 | kdHydrophobicity scales એ તે મૂલ્યો છે જેઓ amino acid residuesને સંબંધિત hydrophobicityને સૂચવે છે. |
| 08:00 | KdHydrophobicity મૂલ્યો hydrophobic residues માટે સકારાત્મક અને polar residues માટે નકારાત્મક મૂલ્યો હોય છે. |
| 08:09 | residuesના Hydrophobicity રંગો અથવા વર્મ્સ દ્વારા બતાવી શકાય છે. |
| 08:15 | Colorsને પસંદ કરો. મૂળભૂત રીતે કેટલાક પેરામીટર્સ અગાઉથી જ સિલેક્ટ કરેલા હશે. |
| 08:21 | Apply બટન ઉપર ક્લિક કરો. પેનલને ધ્યાનથી જુઓ. |
| 08:26 | hydrophobic residues લાલ રંગમાં છે , અને polar residues ભૂરા રંગમાં છે. |
| 08:33 | Worms બટન ઉપર ક્લિક કરો. Apply ઉપર ક્લિક કરો. |
| 08:38 | પેનલને ધ્યાનથી જુઓ. |
| 08:41 | Worms એ ફેરફાર કરેલી રીબન્સ છે જેઓની ત્રિજ્યા(radius) બદલાય તેવી હોય છે. |
| 08:47 | મોટા ભાગના hydrophobic residues સ્ટ્રકચરના અંદરના ભાગ તરફ હોય છે. |
| 08:52 | મૂળભૂત રીતે ,વધારે પડતા hydrophobic residues વિશાળ ત્રિજ્યા ધરાવતા બતાવવામાં આવશે. |
| 09:00 | સ્ટ્રકચરને અસલના સામાન્ય ribbonમાં પાછું લાવવા : |
| 09:03 | worm-style બટનને ક્લિક કરો અને વિકલ્પ non-wormને પસંદ કરો. |
| 09:09 | OK બટન ઉપર ક્લિક કરો. |
| 09:12 | Chimera સેશનને File મેનુ દ્વારા બંધ કરો. |
| 09:16 | ચાલો સારાંશ જોઈએ , આ ટ્યુટોરીઅલમાં આપણે શીખ્યા કે ,atoms, residues અને modelsના attributes કેવી રીતે બદલવા. |
| 09:25 | proteinમાં B-factorમૂલ્યોને અનુરૂપ atomsને રંગ આપવા. |
| 09:30 | residuesને kdHydrophobicity મૂલ્યોને અનુરૂપ રંગ આપવા. |
| 09:35 | અભ્યાસ માટે પેનલમાં hemoglobin (PDB code: 2HCO)નું મોડલ ખોલો. એટમ્સને B-factor મૂલ્યોને અનુરૂપ રંગ આપો. |
| 09:44 | રેસિડયુઝને kdHydrophobicity મૂલ્યોને અનુરૂપ રંગ આપો. |
| 09:49 | આ નીચેની લિંક ઉપરનો વિડીયો સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ પ્રોજેક્ટનો સારાંશ આપે છે જો તમારું બેન્ડવિથ સારું ન હોય તો તમે તેને ડાઉલોડ કરી નિહાળી શકો છો. |
| 09:56 | અમે સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ્સ દ્વારા વર્કશોપ્સનું સંચાલન કરીએ છીએ અને સર્ટિફિકેટ્સ પણ આપીએ છીએ. વધુ માહિતી માટે અમને સંપર્ક કરો. |
| 10:04 | સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ પ્રોજેક્ટને NMEICT, MHRD, ભારત સરકાર તરફથી ભંડોળ પૂરું પાડવામાં આવે છે. |
| 10:10 | ભાષાંતર કરનાર હું શિવાની ગડા વિદાય લઉં છું. અમારી સાથે જોડાવા આભાર. |
