Difference between revisions of "Jmol-Application/C3/Crystal-Structure-and-Unit-Cell/Gujarati"

From Script | Spoken-Tutorial
Jump to: navigation, search
Line 97: Line 97:
 
|-
 
|-
 
| 02:03
 
| 02:03
−
|  Let us open '''COD''' database website and download some''' CIF''' files.
+
| હવે '''COD''' ડેટાબેસ ખોલીએ અને અમુક '' CIF''' ફાઈલસ ડાઉનલોડ કરીએ.
  
 
|-
 
|-
 
| 02:10
 
| 02:10
−
|  Here I have opened the '''COD''' website.
+
|  અહી મેં '''COD''' વેબસાઈટ ખોલી છે.
  
 
|-
 
|-
 
| 02:13
 
| 02:13
−
| On the left side of the page, information is divided under various headings.
+
|   પેજના ડાબી બાજુ એ જાણકારી અનેક શીર્ષકોમાં વિભાજીત કરાવાય છે.
  
 
|-
 
|-
 
| 02:19
 
| 02:19
−
|  Under the heading '''Accessing COD Data,''' there are sub-headings like '''Browse''', '''Search''' etc.
+
|  Under the heading '''Accessing COD Data,''' શીર્ષકમાં  ઉપશીર્ષક જેમકે '''Browse''', '''Search''' વગરે.
  
 
|-
 
|-
 
| 02:27
 
| 02:27
−
| Click on '''Search''' option. A new page opens.
+
|   '''Search''' વિકલ્પ પર ક્લિક કરો એક નવું પેજ ખુલશે.
  
 
|-
 
|-
 
|02:31
 
|02:31
−
|On the '''Search''' page we find many options to search for CIF files.  
+
| '''Search''' પેજ પર આપણેને ''' CIF ''' ફાઈલ ના માટે અનેક વિકલ્પ શોધવાના છે.
  
 
|-
 
|-
 
| 02:36
 
| 02:36
−
| Click on '''Hints and Tips''' link.
+
|   '''Hints and Tips''' લીંક પર ક્લિક કરો .  
  
−
A page opens with information on how to use search options effectively.
+
સર્ચ વિકલ્પને અસરકારક રૂપે કેસે ઉપયોગ થાય તેને આ જાણકારી સાથે એક પેજ ખુલે છે.
  
 
|-
 
|-
 
| 02:46
 
| 02:46
−
|  Go back to the Search page.
+
|  સર્ચ પેજ પર પાછા જાવ.
  
 
|-
 
|-
 
| 02:59
 
| 02:59
−
| We can search for the crystal structure using  '''COD ID'''
+
|   '''COD ID''' નો ઉપયોગ કરીને આપણે આપેલ પ્રકારથી ક્રીસ્ટલ સ્ટ્રક્ચરને શોધી શકીએ છીએ.
  
 
|-
 
|-
 
|02:54
 
|02:54
−
| '''OpenBabel Fastsearch''' or  Type the name of the chemical or mineral in the '''text box'''.
+
| '''OpenBabel Fastsearch''' ટેક્સ્ટ બોક્સમાં કેમિકલ અથવા મિનરલનું નામ ટાઈપ કરીને.
−
 
+
 
|-
 
|-
 
| 03:01
 
| 03:01

Revision as of 15:22, 8 February 2016

Time
Narration
00:01 Jmol. માં Crystal Structure and unit cell પરનાં આ ટ્યુટોરીયલમાં સ્વાગત છે.
00:07 આ ટ્યુટોરીયલ માં, આપણે Crystallography Open Database. થી CIF એટલેકે Crystallographic Information file ને ડાઉનલોડ કરતા.
00:17 જેમોલમાં CIF ખોલતા.
00:20 જેમોલ પેનલ પર unit cell અને unit cell parameters ને દર્શાવતા.
00:25 અને વિવિધ ક્રિસ્ટલ સીસ્ટમના ક્રિસ્ટલ સ્ટ્રક્ચરને દર્શાવતા. ઉદાહરણ તરીકે Cubic, Hexagonal અને Rhombohedral.. (ક્યુબીક, હેક્સાગોનલ અને રોમ્બોહેડ્રલ )
00:34 આ ટ્યુટોરીયલના સંદર્ભમાટે તમને હાઇ સ્કૂલ કેમિસ્ટ્રીનું જ્ઞાન હોવું જોઈએ.
00:39 અને જેમોલ વિન્ડો ઓપરેશન સાથે પરિચિત હોવા જોઈએ.


00:42 જો નથી તો વેબ સાઈટ પર ઉપલબ્ધ સંબંધિત ટ્યુટોરિયલ જુઓ.
00:48 આ ટ્યુટોરીયલ રિકોર્ડ કરવા માટે હું ઉપયોગ કરી રહી છું Ubuntu OS version. 14.04
00:54 Jmol version 12.2.32
00:57 Java version 7 અને
01:01 Mozilla Firefox browser 35.0
01:04 ક્રિસ્ટલ સ્ટ્રક્ચર સાત ક્રિસ્ટલ સીસ્ટમ ના અંતર્ગત ગ્રુપ કરવામાં આવે છે.
01:08 આ ટેબલ ક્રિસ્ટલ સીસ્ટમ અને તેથી સમ્બન્ધિત લેટીસ પેરામીટરસની યાદી દેખાડે છે.
01:14 કંપાઉન્ડસ અને મિનરલસ ના ક્રીસ્ટલસ ના માટે ઉદાહરણ અહી યાદીબદ્ધ છે.
01:20 આપણે જેમોલ પેનલ પર Sodium chloride, Graphite and Calcite (સોડીયમ ક્લોરાઈડ, ગ્રેફાઈટ, અને કેલ્સાઈટ,) ના ક્રીસ્ટલ સ્ટ્રક્ચરસ દેખાડીશું.
01:27 ક્રીસ્ટલ સ્ટ્રક્ચરસ ને જેમોલ પર દેખાડવા માટે:
01:31 આપણને એક વિશેષ ક્રીસ્ટલના માટે Crystallographic Information File ડાઉનલોડ કરવાની જુરીયાત છે .
01:37 CIF ક્રીસ્ટલોગ્રાફિક ઇન્ફ્રોર્મશન ને જોવા માટે એક સ્ટેન્ડડ ટેક્સ્ટ ફાઈલ ફોરમેટ છે.
01:43 CIF ફોરમેટ .cif. એક્સ્ટેંશન ધરાવે છે.
01:48 Crystallography Open Database એ ઓપન એક્સેસ ડેટાબેસ છે.
01:53 ડાઉનલોડ થવા વાળું CIF COD વેબસાઈટ પર ઉપલભ્ધ છે.
01:58 વેબસાઈટ આપેલ લીંક થી એક્સેસ કરી શકાય છે.
02:03 હવે COD' ડેટાબેસ ખોલીએ અને અમુક CIF ફાઈલસ ડાઉનલોડ કરીએ.
02:10 અહી મેં COD વેબસાઈટ ખોલી છે.
02:13 પેજના ડાબી બાજુ એ જાણકારી અનેક શીર્ષકોમાં વિભાજીત કરાવાય છે.
02:19 Under the heading Accessing COD Data, શીર્ષકમાં ઉપશીર્ષક જેમકે Browse, Search વગરે.
02:27 Search વિકલ્પ પર ક્લિક કરો એક નવું પેજ ખુલશે.
02:31 Search પેજ પર આપણેને CIF ફાઈલ ના માટે અનેક વિકલ્પ શોધવાના છે.
02:36 Hints and Tips લીંક પર ક્લિક કરો .

સર્ચ વિકલ્પને અસરકારક રૂપે કેસે ઉપયોગ થાય તેને આ જાણકારી સાથે એક પેજ ખુલે છે.

02:46 સર્ચ પેજ પર પાછા જાવ.
02:59 COD ID નો ઉપયોગ કરીને આપણે આપેલ પ્રકારથી ક્રીસ્ટલ સ્ટ્રક્ચરને શોધી શકીએ છીએ.
02:54 OpenBabel Fastsearch ટેક્સ્ટ બોક્સમાં કેમિકલ અથવા મિનરલનું નામ ટાઈપ કરીને.
03:01 For example to search for the CIF file of Sodium Chloride:
03:06 Type “Halite” which is the mineral name for sodium chloride, in the text box.
03:12 Scroll down to elements box.
03:15 Type the symbol for Sodium that is Na and Cl for chloride.
03:20 Scroll down to, Number of distinct elements box.
03:24 Here we have an option to type minimum and maximum elements.
03:29 Type 2 in the minimum box, if you want crystal structure with only two elements.That is Sodium and Chloride .
03:37 Click on Send button.
03:40 A web page opens with crystal structure data files for Sodium chloride.
03:45 Right click on the COD ID and click on “open the link in a new tab”.
03:51 This page has detailed information regarding the particular crystal structure.
03:57 Go back to the database web page.
04:00 Click on the link “archive of CIF files” located on the right-hand side of the page.
04:08 A dialogue box opens on the screen, Select Open with option. Click on OK button.
04:17 A folder with many CIF files for sodium chloride crystal opens on the screen.
04:23 Select the files you want to download by clicking on them.
04:28 Click on “Extract” button on the tool bar.
04:32 Save the files at a convenient location on your system.
04:37 Click on Extract. Close the window.
04:41 Go back to the search page.
04:43 Now download CIF files for graphite and calcite using same procedure as before.
04:51 We will now open the CIF file of sodium chloride in Jmol.
04:55 Here I have opened the Jmol window.
04:59 Click on “Open a file” icon in the tool bar.
05:03 Navigate to the location of the CIF file of sodium chloride. which we have downloaded from the COD database.
05:12 Click on Open.
05:14 Unit cell of sodium chloride crystal opens on the screen.
05:19 Unit cell is the smallest repeating unit in a crystal.
05:23 Stacking of these unit cells in 3 dimensions will form the basis of the crystal structure.
05:29 Back to the Jmol Panel.
05:32 Relevant data for unit cell is displayed on the left-hand side of the panel.
05:37 It begins with the space group classification.
05:41 Sodium Chloride belongs to the cubic lattice system. Hence the vectors a, b and c are equal.
05:50 The angles alpha, beta and gamma are 90 degrees.
05:55 Right click to open the pop-up menu.
05:59 Scroll down to Symmetry option.
06:01 In the sub-menu we have options to display symmetry elements.
06:05 We can also display blocks of unit cells using the options in the sub-menu.
06:10 For example click on Reload {1 1 1} option.
06:15 On the panel we have a unit cell block, showing face center cubic lattice.
06:21 To change the display; Open the pop-up menu, scroll down to style then scheme and click on CPK Spacefill.
06:29 Here on the panel we have the crystal structure in CPK display.
06:34 Open the pop-up menu again scroll down to symmetry and click on Reload {4 4 4 6 6 6 1}option.
06:44 This option loads the 27 cell block on Jmol panel.
06:49 Open the pop-up menu go to symmetry go back to Reload {1 1 1} option.
06:56 To display the symmetry elements, open the pop-up menu again.
07:00 Scroll down to symmetry in the sub-menu and click on mirrorplane (x z y) option .
07:08 On the panel we have a cubic lattice with mirrorplane (x z y) displayed.
07:16 Let us now load the CIF file for graphite ,which belongs to hexagonal crystal system.
07:22 As shown earlier use Open a file option to load the CIF file for graphite on the panel.
07:29 Unit cell for graphite opens on the panel.
07:33 Observe the unit cell parameters,
07:35 The vectors a equal to b but not equal to c.
07:40 Angles, alpha and beta equal to 90 degrees and gamma equal to 120 degrees.
07:47 Open the pop-up menu scroll down to Symmetry and click on Reload {444 666 1} option.
07:56 Hexagonal lattice arrangement of atoms is shown on the screen.
08:01 To change the display , open the pop-up menu go to style, go to scheme click on wireframe option.
08:10 Similarly I have opened a CIF file of mineral calcite on the panel.
08:16 Calcite belongs to the rhombohedral crystal system.
08:20 You can open the CIF of any crystal system and explore the structure and symmetry options.
08:27 Let's summarize, In this tutorial we have learnt to Download CIF from Crystallography Open Database.
08:35 Open CIF in Jmol.
08:38 Display unit cell and unit cell parameters.
08:41 And display crystal structures of sodium chloride, graphite and calcite.
08:47 For assignment

Download CIF for quartz crystal from COD database.

08:53 Display unit cell on Jmol panel and explore the symmetry options.
08:59 This video summarizes the Spoken Tutorial project
09:02 If you do not have good bandwidth, you can download and watch it.
09:06 We Conducts workshops using spoken tutorials and Give certificates.

Please contact us.

09:12 The spoken tutorial project is funded by NMEICT-MHRD govt of India.
09:18 This is Snehalatha from IIT Bombay signing off. Thank you for joining.

Contributors and Content Editors

Jyotisolanki

Retrieved from "https://script.spoken-tutorial.org/index.php?title=Jmol-Application/C3/Crystal-Structure-and-Unit-Cell/Gujarati&oldid=25667"