Difference between revisions of "Jmol-Application/C4/3D-Models-of-Enzymes/Gujarati"
From Script | Spoken-Tutorial
Jyotisolanki (Talk | contribs) (Created page with "{| border=1 || '''Time''' || '''Narration''' |- ||00:01 ||નમસ્તે મિત્રો જેમોલમાં એનઝાઇમ્સના '''3D''' મોડે...") |
Jyotisolanki (Talk | contribs) |
||
Line 175: | Line 175: | ||
|- | |- | ||
||04:41 | ||04:41 | ||
− | || | + | || હવે આપણે પ્રોટીનના પરમાણુઓ ના રંગ અને ડિસ્પ્લેને બદલી શકીએ છીએ. |
+ | |||
|- | |- | ||
||04:46 | ||04:46 | ||
− | || | + | || પોપ અપ મેનુ ખોલો, '''Select''' પર જાવ અને '''Protein''' વિકલ્પ શુધી સ્ક્રોલ કરો '''All''' પર ક્લિક કરો . |
|- | |- | ||
||04:55 | ||04:55 | ||
− | || | + | || બે વખત પોપ અપ મેનુ ખોલો, '''Style''' શુધી સ્ક્રોલ કરો '''Scheme''' શુધી સ્ક્રોલ કરો |
− | + | અને '''Sticks''' વિકલ્પ પર ક્લિક કરો. | |
+ | |||
|- | |- | ||
||05:05 | ||05:05 | ||
− | || | + | || હવે આપણી પાસે પેનલ પર પ્રોટીન '''sticks''' ડિસ્પ્લેમાં છે. |
|- | |- | ||
||05:11 | ||05:11 | ||
− | | | + | | હવે રંગ બદલવા માટે, ફરીથી પોપ અપ મેનુ ખોલો, '''Color''', '''Atoms''' પર જાવ અને '''Blue''' વિકલ્પ પર ક્લિક કરો. |
+ | |||
|- | |- | ||
||05:23 | ||05:23 | ||
− | || | + | || આપણી પાસે સ્ક્રીન પર '''hexokinase''' નું મોડેલ ભૂરા રંગમાં અને સ્ટીક ડિસ્પ્લેમાં છે. |
+ | |||
|- | |- | ||
||05:30 | ||05:30 | ||
− | || | + | || સબસ્ટ્રેટની નોંધ લો,કલેફટમાં '''Alfa-D-Glucose''' બોલ અને સ્ટીક ડિસ્પ્લેમાં છે. |
+ | |||
|- | |- | ||
||05:38 | ||05:38 | ||
− | || | + | || સબસ્ટ્રેટને હાઈલાઈટ કરવા માટે, પોપઅપ મેનુ ખોલો '''Select''' પર જાવ પછી '''Hetero''' અને '''GLC-ALFA-D-GLUCOSE''' પર ક્લિક કરો. |
+ | |||
|- | |- | ||
||05:52 | ||05:52 | ||
− | || | + | || પોપ અપ મેનુ પર બે વાર ક્લિક કરો '''Style''' સુધી સ્ક્રોલ કરો '''Scheme''' અને '''Sticks''' વિકલ્પ પર ક્લિક કરો. |
|- | |- | ||
||06:00 | ||06:00 | ||
− | || | + | || રંગ બદલવા માટે '''Color''', '''Atoms''' પર જાવ અને '''White''' વિકલ્પ પર ક્લિક કરો. |
|- | |- | ||
||06:12 | ||06:12 | ||
− | || | + | || પેનલ પર સ્પષ્ટ રૂપે હાઈ લાઈટ કરેલ સબસ્ટ્રેટના પોઝીશનના સાથે '''hexokinase''' નું મોડેલ છે. |
+ | |||
|- | |- | ||
||06:20 | ||06:20 | ||
− | || | + | || આપણે અમીનો એસીડસને હાઈ લાઈટ કરવા માટે સક્રિય સાઈટ પર તેનો રંગ બદલી શકીએ છીએ. |
|- | |- | ||
||06:26 | ||06:26 | ||
− | || | + | ||આવું કરવા માટે આપણને કન્સોલ વિન્ડો પર કમાંડ ટાઇપ કરવું પડશે. |
|- | |- | ||
||06:32 | ||06:32 | ||
− | || | + | || જેવું કે પહેલા બતાડેલ છે સક્રિય સાઈટ પર સામેલ અમીનો એસીડસ છે પોઝીશન '''204''' પર '''Aspergine''' પોઝીશન '''231''' '''Aspergine''' અને '''256''' પર '''Glutamic acid''' |
− | + | ||
|- | |- | ||
||06:50 | ||06:50 | ||
− | || | + | || '''File menu''' વાપરીને કન્સોલ વિન્ડો ખોલો . '''Console''' પર કલીલ કરો . |
|- | |- | ||
||06:57 | ||06:57 | ||
− | || | + | || હું કન્સોલ વિન્ડોને મેગ્નીફાઈ કરવા માટે '''Kmag''' સ્ક્રીન મેગ્નીફાઈયર નો ઉપયોગ કરી રહી છું. |
|- | |- | ||
||07:03 | ||07:03 | ||
− | || | + | || $ પ્રોમ્પ્ટ પર ટાઈપ કરો '''select''' ચોરસ કૌંસમાં '''aspergine''' માટે '''Asn''' બ્રેકેટ બંદ કરો, '''204''' જે પોઝીશન છે સેમીકોલન '''color atoms orange''' |
|- | |- | ||
||07:25 | ||07:25 | ||
− | || | + | || '''enter''' દબાઓ. |
|- | |- | ||
||07:27 | ||07:27 | ||
− | || | + | || નોંધ લો કે '''aspargine''' રેસીડયુસના પરમાણુ હવે નારંગી રંગમાં છે. |
+ | |||
|- | |- | ||
||07:33 | ||07:33 |
Revision as of 12:14, 3 June 2015
Time | Narration |
00:01 | નમસ્તે મિત્રો જેમોલમાં એનઝાઇમ્સના 3D મોડેલના ટ્યુટોરીયલમાં સ્વાગત છે. |
00:08 | આ ટ્યુટોરીયલમાં આપને જેમોલ પર Human Pancreatic Hexokinase ના સ્ટ્રક્ચરને લોડ કરતા શીખીશું. |
00:16 | સેકેન્ડરી સ્ટ્રક્ચરના ના ડિસ્પ્લેને સુધારિત કરતા શીખીશું. |
00:20 | સક્રિય સાઈટ પર અમિનો એસિડ રેસીડ્યુસ ને હાઈલાઈટ કરતા શીખીશું. |
00:25 | એન્ઝાઇમના સબસ્ટ્રેટને અને કોફેક્ટરસ ને હાઈલાઈટ કરતા શીખીશું. |
00:30 | Aઅને પ્રોટીન માટે Ramachandran plot ને જોતા શીખીશું. |
00:35 | આ ટ્યુટોરીયલનાં અનુસરણ માટે, તમને મૂળભૂત બાયોકેમિસ્ટ્રી નું જ્ઞાન હોવું અનિવાર્ય છે |
00:41 | અને જેમોલ એપ્લીકેશન વિન્ડોના બેસિક ઓપરેશન સાથે પરિચિત હોવા જોઈએ. |
00:46 | કૃપા કરીને જેમોલ એપ્લીકેશનના ક્રમમાં Proteins અને Macromolecules ના ટ્યુટોરીયલ ને જુઓ. |
00:53 | તે આપલે લીંક પર ઉપલબ્ધ છે. |
00:57 | આ ટ્યુટોરીયલ રેકોર્ડ કરવા માટે હું વાપરી રહ્યી છું: Ubuntu Operating System આવૃત્તિ 12.04 . |
01:05 | Jmol આવૃત્તિ12.2.2. |
01:08 | Java આવૃત્તિ 7. and Mozilla Firefox browser 22.0 |
01:16 | જેમોલ વિન્ડો ખોલો અને hexokinase એન્ઝાઇમના સ્ટ્રક્ચરને લોડ કરો. |
01:22 | હું ઈન્ટરનેટ સાથે જોડાએલી છું, એટલા માટે હું સ્ટ્રક્ચરને સીધું PDB website થી ડાઉનલોડ કરીશ. |
01:28 | આ કરવા માટે File મેનુ ખોલો , સ્ક્રોલ કરો અને Get PDB વિકલ્પ [ર ક્લિક કરો. |
01:37 | સક્રીન પર ઈનપુટ ડાઈલોગ બોક્સ દેખાય છે.ટેક્સ્ટ બોક્સ માં hexokinase, માટે ચાર અક્ષરોનું PDB code 3IDH ટાઈપ કરો. |
01:50 | આ કોડ Protein Data Bank વેબસાઈટ થી મેળવ્યો છે. |
01:55 | જો તમારી પાસે ચાલુ ઈન્ટનેટ કનેક્શન નથી તો ટૂલ બાર પર open a file આઇકનનો ઉપયોગ કરીને મોજુદ pdb ફાઈલ ખોલો. |
02:06 | OK બટન પર ક્લિક કરો. |
02:09 | hexokinase નો 3D સ્ટ્રક્ચર જેને glucokinase પણ કહેવાય છે તે સ્ક્રીન પર ખુલે છે. |
02:16 | File મેનુ નો ઉપયોગ કરીને કન્સોલ વિન્ડો ખોલો.' |
02:21 | જેવું કન્સોલ પર દેખાય છે પેનલ પર સબસ્ટ્રેટ Glucose ના સાથે . Human Pancreatic Glucokinase ના માટે સ્ટ્રક્ચર છે. |
02:31 | કન્સોલ બંદ કરો. |
02:34 | પેનલ પર આપણી પાસે hexokinase ના બોલ અને સ્ટીક મોડેલ છે. |
02:40 | પેનલ પર પ્રોટીન મોડેલ થી water molecules ને કાઢ્યું છે. |
02:44 | અહી પ્રક્રિયા જેમોલ ટ્યુટોરીયલના Proteins and macromolecules માં વિસ્તારથી સમજાવ્યું છે. |
02:53 | hexokinase એન્ઝાઇમ વિષે. |
02:56 | Hexokinase 465 અમીનો એસીડ નું મોનોમેરિક પ્રોટીન છે. |
03:02 | આ બે domain. ધરાવે છે એક નાનું અને એક મોટું. |
03:07 | આ એન્ઝાઇમ માટે એક સક્રિય સાઈટ બે ડોમેઈન વચ્ચે cleft એટલેકે દરાર માં સ્થિત હોય છે. |
03:14 | hexokinase ના માટે સક્રિય સાઈટ 3 અમીનો એસીડ રેસીડ્યુસ ધરાવે છે. 204, પર Aspergine પોઝીશન 231 પર Aspergine અને 256 પર Glutamic acid |
03:30 | Alpha-D-Glucose આ એન્ઝાઇમ ના લીધે સબસ્ટ્રેટ છે. |
03:34 | ચાલો જેમોલ પેનલ પર પાછા જઈએ. |
03:38 | આપણે સક્રિય સાઈટ પર એન્ઝાઇમ ના ઘટકો જેમકે સબસ્ટ્રેટ, કોફેક્ટરસ અથવા અમીનો એસીડ રેસીડ્યુસ ને પસંદ અને હાઈલાઈટ કરી શકીએ છીએ. |
03:49 | એક વિશેષ ઘટક ને પસંદ કરવા માટે જમણું ક્લિક કરીને પોપ અપ મેનુ ખોલો. |
03:55 | Select વિકલ્પ માટે સ્ક્રોલ કરો. |
03:57 | સબ મેનુથી Proteins, By Residue name. સબ મેનુ પસંદ કરો. |
04:04 | અહી અલગ અલગ અમીનો એસીડસ યાદીબદ્ધ છે. |
04:10 | આને પસંદ કરવા માટે અમીનો એસીડના નામ પર ક્લિક કરો. |
04:14 | અમીનો એસીડ શીર્ષકો જેમકે Polar, Non-polar, Basic, Acidic, Uncharged વગેરે ના અંતર્ગત વર્ગીકૃત પણ કર્યા છે. |
04:26 | મેટલ આયન potassium અને substrate glucose એ Hetero મેનુમાં યાદી બદ્ધ છે. |
04:34 | આપણે સબસ્ટ્રેટ બાઈન્ડીંગ સાઈટને સહેલાઇ થી શોધવા માટે એન્ઝાઇમ ના ડિસ્પ્લેને સુધારિત કરી શકીએ છીએ. |
04:41 | હવે આપણે પ્રોટીનના પરમાણુઓ ના રંગ અને ડિસ્પ્લેને બદલી શકીએ છીએ. |
04:46 | પોપ અપ મેનુ ખોલો, Select પર જાવ અને Protein વિકલ્પ શુધી સ્ક્રોલ કરો All પર ક્લિક કરો . |
04:55 | બે વખત પોપ અપ મેનુ ખોલો, Style શુધી સ્ક્રોલ કરો Scheme શુધી સ્ક્રોલ કરો
અને Sticks વિકલ્પ પર ક્લિક કરો. |
05:05 | હવે આપણી પાસે પેનલ પર પ્રોટીન sticks ડિસ્પ્લેમાં છે. |
05:11 | હવે રંગ બદલવા માટે, ફરીથી પોપ અપ મેનુ ખોલો, Color, Atoms પર જાવ અને Blue વિકલ્પ પર ક્લિક કરો. |
05:23 | આપણી પાસે સ્ક્રીન પર hexokinase નું મોડેલ ભૂરા રંગમાં અને સ્ટીક ડિસ્પ્લેમાં છે. |
05:30 | સબસ્ટ્રેટની નોંધ લો,કલેફટમાં Alfa-D-Glucose બોલ અને સ્ટીક ડિસ્પ્લેમાં છે. |
05:38 | સબસ્ટ્રેટને હાઈલાઈટ કરવા માટે, પોપઅપ મેનુ ખોલો Select પર જાવ પછી Hetero અને GLC-ALFA-D-GLUCOSE પર ક્લિક કરો. |
05:52 | પોપ અપ મેનુ પર બે વાર ક્લિક કરો Style સુધી સ્ક્રોલ કરો Scheme અને Sticks વિકલ્પ પર ક્લિક કરો. |
06:00 | રંગ બદલવા માટે Color, Atoms પર જાવ અને White વિકલ્પ પર ક્લિક કરો. |
06:12 | પેનલ પર સ્પષ્ટ રૂપે હાઈ લાઈટ કરેલ સબસ્ટ્રેટના પોઝીશનના સાથે hexokinase નું મોડેલ છે. |
06:20 | આપણે અમીનો એસીડસને હાઈ લાઈટ કરવા માટે સક્રિય સાઈટ પર તેનો રંગ બદલી શકીએ છીએ. |
06:26 | આવું કરવા માટે આપણને કન્સોલ વિન્ડો પર કમાંડ ટાઇપ કરવું પડશે. |
06:32 | જેવું કે પહેલા બતાડેલ છે સક્રિય સાઈટ પર સામેલ અમીનો એસીડસ છે પોઝીશન 204 પર Aspergine પોઝીશન 231 Aspergine અને 256 પર Glutamic acid
|
06:50 | File menu વાપરીને કન્સોલ વિન્ડો ખોલો . Console પર કલીલ કરો . |
06:57 | હું કન્સોલ વિન્ડોને મેગ્નીફાઈ કરવા માટે Kmag સ્ક્રીન મેગ્નીફાઈયર નો ઉપયોગ કરી રહી છું. |
07:03 | $ પ્રોમ્પ્ટ પર ટાઈપ કરો select ચોરસ કૌંસમાં aspergine માટે Asn બ્રેકેટ બંદ કરો, 204 જે પોઝીશન છે સેમીકોલન color atoms orange |
07:25 | enter દબાઓ. |
07:27 | નોંધ લો કે aspargine રેસીડયુસના પરમાણુ હવે નારંગી રંગમાં છે. |
07:33 | Press up arrow button on the key board and edit the command. |
07:39 | Edit the amino acid position to 231 and color of atoms to red. |
07:48 | Press Enter |
07:51 | Press up arrow key and again and edit name of amino acid to GLU, that is glutamic acid and position to 256 |
08:06 | Color of atoms to green and Press Enter . |
08:13 | We have on the panel a 3D model of hexokinase with substrate and the active site highlighted. |
08:23 | Also highlighted in the model is the potassium atom shown here in purple color. |
08:30 | We can also show ramachandran plots for a particular protein in jmol. |
08:36 | On the console, at the $ prompt type plot ramachandran |
08:45 | Press Enter . |
08:47 | On the screen we have a ramachandran plot for hexokinase. |
08:54 | Try to load different enzymes using pdb files from the database. |
09:00 | Change the display of secondary structure |
09:04 | Lets summarize, In this tutorial we learnt to, Load structure of Human Pancreatic Hexokinase using PDB code. |
09:14 | Modify the display of secondary structure. |
09:17 | Highlight amino acid residues at the active site. |
09:21 | * Highlight substrate and cofactors of the enzyme. |
09:25 | And View ramachandran plot for proteins. |
09:30 | As an Assignment: Load the dot pdb file of enzyme Lysozyme on Jmol panel. |
09:38 | Highlight the substrate bound to the enzyme. |
09:42 | Highlight the amino acids at the active site. |
09:46 | Hint: Get the pdb file of Lysozyme from PDB database. |
09:52 | Watch the video available at this URL. |
09:56 | It summarizes the Spoken Tutorial project. |
10:00 | If you do not have a good bandwidth, you can download and watch it. |
10:04 | The Spoken Tutorial Project Team: |
10:07 | Conducts workshops and distributes certificates. |
10:10 | For more details, please write to us. |
10:14 | Spoken Tutorial Project is a part of the Talk to a Teacher project. |
10:19 | It is supported by the National Mission on Education through ICT, MHRD, Government of India. |
10:25 | More information on this Mission is available at this link |
10:30 | This is Snehalatha from IIT Bombay signing off. Thank you for joining. |