Difference between revisions of "Biopython/C2/Introduction-to-Biopython/Sanskrit"
From Script | Spoken-Tutorial
NaveenBhat (Talk | contribs) |
|||
| Line 1: | Line 1: | ||
| − | {| Border=1 | + | {| Border=1 |
! <center>Time</center> | ! <center>Time</center> | ||
! <center>Narration</center> | ! <center>Narration</center> | ||
| Line 155: | Line 155: | ||
|- | |- | ||
| 04:24 | | 04:24 | ||
| − | | तन्नाम, इयम् अल्फाबेट्-पङ्क्तिः, '''nucleotides''' (न्यूक्लियोटैड्स्) निमित्तम् अथवा '''amino acids''' ( | + | | तन्नाम, इयम् अल्फाबेट्-पङ्क्तिः, '''nucleotides''' (न्यूक्लियोटैड्स्) निमित्तम् अथवा '''amino acids''' (एमिनो आसिड्स्) निमित्तं कोड्-करोति इति सूचनीयम् । |
|- | |- | ||
| 04:32 | | 04:32 | ||
| Line 239: | Line 239: | ||
|- | |- | ||
| 07:24 | | 07:24 | ||
| − | | बयोपैथन्-मध्ये विद्यमान- | + | | बयोपैथन्-मध्ये विद्यमान-पद्धतीः उपयुज्य, वयं किञ्चन ‘डि.एन्.ए सीक्वेन्स्’ इत्येतत् ‘प्रोटीन् सीक्वेन्स्’ कृते ट्रान्स्लेट् कृतवन्तः स्मः । |
|- | |- | ||
| 07:31 | | 07:31 | ||
| Line 281: | Line 281: | ||
|- | |- | ||
| 08:20 | | 08:20 | ||
| − | | | + | | '''translate''' पद्धतौ, '''‘to underscore stop’''' इति आर्ग्युमेण्ट् उपयुक्तम् इति अवलोकयन्तु । औट्-पुट् अवलोकयन्तु । |
|- | |- | ||
| 08:27 | | 08:27 | ||
Latest revision as of 10:54, 4 August 2019
| |
|
|---|---|
| 00:01 | Introduction to Biopython इत्याख्यम् अनुशिक्षणं प्रति भवतां स्वागतम् । |
| 00:05 | अस्मिन् अनुशिक्षणे वयं : बयोपैथन्- मुख्यवैशिष्ट्यानि, |
| 00:10 | लिनक्स् आपरेटिङ्ग् सिस्टम् मध्ये डौन्लोड्-कृत्वा, इन्स्टाल्-करणविषये ज्ञानं, |
| 00:15 | तथा च बयोपैथन् टूल्स् उपयुज्य, DNA सीक्वेन्स् इत्येतत् प्रोटीन् सीक्वेन्स् कृते अनुवाद (ट्रान्स्लेषन्)करणम् इत्यादीनि पठामः । |
| 00:22 | एतत् अनुशिक्षणम् अवगन्तुं, भवद्भिः : |
| 00:25 | पदवीपूर्वस्तरस्य बयोकेमिस्ट्रि अथवा बयो इन्फर्मेटिक्स् |
| 00:29 | तथा बेसिक् पैथान् प्रोग्रामिङ्ग् इत्येतानि ज्ञातव्यानि । |
| 00:31 | पैथान् अनुशिक्षणाय अत्र दत्ताः पर्चन्यः पश्यन्तु । |
| 00:35 | एतत् अनुशिक्षणं रेकार्ड् कर्तुम्, अहं: Ubuntu OS इत्यस्य 12.04 तमीम् आवृत्तिं, |
| 00:41 | Python इत्यस्य 2.7.3 तमीम् आवृत्तिं, |
| 00:44 | Ipython इत्यस्य 0.12.1 तमीम् आवृत्तिं तथा |
| 00:48 | Biopython इत्यस्य 1.58 तमी आवृत्तिः, एतेषाम् उपयोगं कृतवान् अस्मि । |
| 00:51 | बयोपैथन्, कम्प्युटेषनम् बयालजिनिमित्तं विद्यमानानां माड्यूल् इत्येतेषां कश्चन सङ्ग्रहः । |
| 00:57 | एतत् बयो इन्फर्मेटिक्स् निमित्तम् अपेक्षितं, मूलभूतानि संस्कृतानि च कार्याणि कर्तुम् अर्हति । |
| 01:03 | बयोपैथन्-टूल्स् : |
| 01:05 | पार्सिङ् - इत्युक्ते, FASTA, Genbank इत्यादिभ्यः विविधेभ्यः फैल्-फार्मट्-भ्यः विषयं सङ्ग्रहीतुं, |
| 01:14 | NCBI, ExPASY इत्यादिभ्यः डेटाबेस्-जालपुटेभ्यः, डेटा डौन्लोड्-कर्तुं तथा |
| 01:22 | BLAST सदृशानि बयो-इन्फार्मेटिक्स् अल्गारिदम् रन् कर्तुम् उपयुज्यते । |
| 01:26 | सीक्वेन्स् विषये, सामान्यानि कार्याणि निरोढुं, एतत् टूल्स्-युक्तम् अस्ति । |
| 01:31 | उदाहरणार्थं - काम्प्लिमेण्ट्स्, ट्र्यान्स्क्रिप्षन्, ट्रान्स्लेषन् इत्यादीनां प्राप्तिः । |
| 01:38 | अलैन्मेण्ट्स् कर्तुं कठिनानि कार्याणि प्रत्येकं प्रोसेस्-रूपेण विभक्तुं च एतत् कोड्स्-युक्तम् अस्ति । |
| 01:46 | डौन्-लोड्-विषये विवरणम्: |
| 01:48 | बयोपैथन् प्याकेज्, पैथन्-डिस्ट्रिब्यूषन् इत्यस्य भागः न । पृथक् डौन्-लोड् करणीयम् एतत् । |
| 01:54 | एतद्विषये विवरणानि प्राप्तुम् अधोनिर्दिष्टानि पर्चनीः पश्यन्तु । |
| 01:59 | Linux सिस्टम् मध्ये इन्स्टलेषन् करणविषये विवरणम्: |
| 02:02 | Synaptic Package Manager (सिनाप्टिक् प्याकेज् म्यानेजर्) उपयुज्य Python ( पैथन्), Ipython (ऐ पैथन्) , Biopython बैपैथन् प्याकेजस् च इन्स्टाल् कुर्वन्तु । |
| 02:08 | एतदर्थम् अपेक्षिताः तन्त्रांशाः स्वयमेव इन्स्टाल् भवन्ति । |
| 02:13 | ’ग्राफिक् औट्पुट्’ , ‘प्लाट्’भ्यश्च, इतोपि काश्चन प्याकेजस् इन्स्टाल् करणीयाः । |
| 02:18 | Ctrl, Alt तथा T इत्येतानि मिलित्वा नुत्त्वा, टर्मिनल् उद्घाटयन्तु । |
| 02:24 | अहम् एतावता एव मम यन्त्रे Python, Ipython तथा Biopython इत्येतानि इन्स्टाल् कृतवान् अस्मि । |
| 02:30 | Ipython इन्टर्प्रिटर् (interpreter) आरब्धुं ipython इति टङ्कनं कृत्वा Enter की नुदन्तु । |
| 02:35 | स्क्रीन् पुरतः IPython प्राम्प्ट् दृश्यते । |
| 02:38 | Biopython इत्येतस्य इन्स्टलेषन् परीक्षणाय, प्राम्प्ट् मध्ये import Bio इति टङ्कित्वा Enter की नुदन्तु । |
| 02:48 | भवद्भ्यः किमपि एरर् मेसेज् न प्राप्तं चेत्, बयोपैथन् इन्स्टाल् जातम् इति जानन्तु । |
| 02:54 | पैथन् भाषा, केस् सेन्सिटिव् अस्ति इति अत्र भवद्भ्यः स्मारयामि । |
| 02:59 | कीवर्ड्स्, वेरियबल्स् अथवा फङ्क्षन्स् टङ्कणकाले एतत् स्मरणीयम् । |
| 03:04 | उदाहरणार्थम् – उपरितनपङ्क्तौ, import इत्यत्र विद्यमान i लोवर् केस् मध्ये तथा Bio मध्ये विद्यमान B अप्पर् केस् मध्ये अस्ति । |
| 03:12 | अस्मिन् अनुशिक्षणे वयं, DNA-सीक्वेन्स् ट्रान्स्लेट्-कर्तुम्, Biopython माड्यूल्स् उपयोगं कुर्मः । |
| 03:19 | एतत्, अधोनिर्दिष्ट-स्तर-युक्तः अस्ति । |
| 03:22 | आदौ, 'कोडिङ्ग् DNA स्ट्र्याण्ड्' निमित्तं (DNA strand), 'सीक्नेन्स् आब्जेक्ट्' (sequence object) रचयन्तु । |
| 03:27 | तदनन्तरं, 'कोडिङ्ग् DNA स्ट्र्याण्ड्' इत्येतत् mRNA निमित्तं ट्र्यान्स्क्रिप्षन् (transcription) करणम् । |
| 03:32 | अन्ततः, mRNA इत्येतत् प्रोटीन् सीक्वेन्स् (protein sequence) निमित्तं ट्रान्स्लेषन् (translation) करणम् । |
| 03:37 | वयं, एतत् स्लैड्-मध्ये दर्शितं कोडिङ्ग् DNA स्ट्र्याण्ड् उदाहरणार्थं स्वीकुर्मः । |
| 03:42 | एतत्, एकं लघु 'प्रोटीन् सीक्वेन्स्' निमित्तं कोड् करोति । |
| 03:46 | आद्यः स्तरः, उपरितन 'कोडिङ्ग् DNA स्ट्र्याण्ड्' निमित्तं, 'सीक्वेन्स् आब्जेक्ट्' रचनम् । |
| 03:52 | वयं टर्मिनल् प्रति गच्छामः । |
| 03:55 | किञ्चन सीक्वेन्स् आब्जेक्ट् क्रियेट् कर्तुम्, Bio (बयो) प्याकेज्-तः Seq (सि इ क्यु) इति माड्यूल् इम्पोर्ट् कुर्वन्तु । |
| 04:02 | Seq माड्यूल्, सीक्वेन्स् आब्जेक्ट्स् इत्येतानि स्टोर्-कर्तुम् तथा प्रोसेस्-कर्तुं मेथड्स् दापयति । |
| 04:08 | प्राम्प्ट्-मध्ये एवं टङ्कनं कुर्वन्तु : from Bio dot Seq import Seq ततः Enter नुदन्तु । |
| 04:17 | ततः, भवतां सीक्वेन्स् अब्जेक्ट्-रचनकाले, स्ट्राण्ड्-मध्ये विद्यमान-अल्फाबेट्स् स्पष्टं सूचयन्तु । |
| 04:24 | तन्नाम, इयम् अल्फाबेट्-पङ्क्तिः, nucleotides (न्यूक्लियोटैड्स्) निमित्तम् अथवा amino acids (एमिनो आसिड्स्) निमित्तं कोड्-करोति इति सूचनीयम् । |
| 04:32 | एतत् कर्तुं, वयं Alphabet (अल्फाबेट्) प्याकेज्-तः IUPAC (ऐयुपिएसि) इति माड्यूल् उपयोगं कुर्मः । |
| 04:38 | प्राप्म्ट्-मध्ये, एवं टैप् कुर्वन्तु : from Bio dot Alphabet import IUPAC इति कृत्वा Enter नुदन्तु । |
| 04:48 | वयं Seq तथा IUPAC माड्यूल्स् लोड् कर्तुं, import तथा from स्टेट्मेण्ट्स् उपयुक्तवन्तः इति पश्यन्तु । |
| 04:56 | सीक्वेन्स् आब्जेक्ट्, cdna इति वेरियबल्-मध्ये स्टोर् कुर्वन्तु । |
| 05:01 | प्राम्प्ट्-मध्ये, किञ्चन सामान्यं स्ट्रिङ्ग् इव एतत् टङ्कनं कुर्वन्तु : cdna equal to Seq । |
| 05:08 | एतत् सीक्वेन्स्, डबल्-कोट्स् तथा ब्राकेट्स् अन्तः स्थापयन्तु । |
| 05:13 | अस्माकं सीक्वेन्स्, किञ्चन DNA इत्यस्य भागः अस्ति इति वयं जानीमः । अतः, एवं टङ्कनं कुर्वन्तु : unambiguous DNA. अल्फाबेट् आब्जेक्ट्, किञ्चन आर्ग्युमेण्ट् वर्तते । |
| 05:21 | औट्-पुट्-निमित्तं, “cdna” इति टङ्कनं कृत्वा Enter इत्येतत् नुदन्तु । |
| 05:26 | औट्-पुट्, DNA सीक्वेन्स् इत्येतं, किञ्चन 'सीक्वेन्स् आब्जेक्ट्' इव दर्शयति । |
| 05:30 | “कोडिङ्ग् DNA स्ट्र्याण्ड्” इत्येतत्, तदनुगुणाय mRNA इत्येतस्मै ट्रान्स्क्रैब् (transcribe) कुर्मः । |
| 05:35 | वयं Seq माड्यूल् इत्यस्य भागभूतस्य transcribe इति पद्धतिम् उपयुञ्ज्महे । |
| 05:39 | अधोनिर्दिष्टं कोड् टैप् कुर्वन्तु । |
| 05:41 | औट्-पुट् mrna इति वेरियबल्-मध्ये स्टोर् कुर्वन्तु । |
| 05:45 | प्राम्प्ट्-मध्ये एवं टैप्-कुर्वन्तु: mrna equal to cdna dot transcribe open and close parentheses इति कृत्वा Enter नुदन्तु । |
| 05:55 | औट्-पुट्-निमित्तं, mrna इति टैप्-कृत्वा, Enter इत्येतत् नुदन्तु । |
| 06:01 | औट्-पुट् अवलोकयन्तु । transcribe मेथड्, DNAसीक्वेन्स्-मध्ये विद्यमानं Thiamin इत्येतत् (थयामिन्), Uracil (युरसिल्) इति परिवर्तितम् । |
| 06:09 | ततः, एतत् mRNA इत्येतत् तस्य protein सीक्वेन्स् कृते ट्रान्स्लेट्-कर्तुम्, translate पद्धतेः उपयोगं कुर्वन्तु । |
| 06:16 | अधोनिर्दिष्टं कोड् टैप् कुर्वन्तु : protein equal to mrna dot translate open and close parentheses इति कृत्वा Enter नुदन्तु । |
| 06:27 | स्पष्टं न सूचितं चेत्, translate पद्धतिं, RNA तथा DNA सीक्वेन्स् इत्येतत् ‘स्टाण्डर्ड् जनेटिक् कोड्’ इत्येतत् उपयुज्य ट्रान्स्लेट् करोति । |
| 06:36 | औट्-पुट्, किञ्चन ‘अमीनो आसिड् सीक्वेन्स्’ इत्येतत् दर्शयति । |
| 06:40 | औट्-पुट्, ट्रान्स्लेट्-कृते सीक्वेन्स्-मध्ये, stop codons (स्टाप् कोडान्स्) इत्येतस्य सत्ताविषये अपि सूचनां दर्शयति । |
| 06:47 | ‘प्रोटीन् सीक्वेन्स्’ इत्येतस्य अन्ते अस्टेरिक्स् (*) अवलोकयन्तु । एतत् 'स्टाप् कोडान्' सूचयति ।. |
| 06:53 | उपरितन-कोड्-मध्ये ट्रान्स्क्रिषन्-निमित्तं, वयं ‘कोडिङ्ग् DNA स्ट्राण्ड्’ इत्येतस्य उपयोगं कृतवन्तः स्मः । |
| 06:59 | बयोपैथन्-मध्ये, ट्रान्स्क्रैब् (transcribe) पद्धतिः, ‘कोडिङ्ग् DNA स्ट्राण्ड्’ उपरि केवलं कार्यं करोति । |
| 07:04 | तथापि, नैज-जैविक-सिस्टम्स्-मध्ये, ट्रान्स्क्रिष्पन् (transcription) प्रक्रिया ‘टेम्प्लेट् स्ट्राण्ड्’ द्वारा आरभ्यते । |
| 07:11 | यदि, भवद्भिः टेम्प्लेट्-स्ट्याण्ड्-द्वारा आरब्धं चेत्, तद् टर्मिनल्-मध्ये यथा दर्श्यते तथा, ‘रिवर्स् काम्प्लिमेण्ड् मेथड्’ इत्येतत् उपयुज्य, ‘कोडिङ्ग् स्ट्राण्ड्’ प्रति परिवर्तयन्तु । |
| 07:20 | ‘कोडिङ्ग् स्ट्राण्ड्’ निमित्तं, उपरि दर्शितम् इव अन्यानि कोड्स् अनुसरन्तु । |
| 07:24 | बयोपैथन्-मध्ये विद्यमान-पद्धतीः उपयुज्य, वयं किञ्चन ‘डि.एन्.ए सीक्वेन्स्’ इत्येतत् ‘प्रोटीन् सीक्वेन्स्’ कृते ट्रान्स्लेट् कृतवन्तः स्मः । |
| 07:31 | एतत् कोड् उपयुज्य, कस्यापि मापनस्य ‘डि.एन्.ए सीक्वेन्स्’ इत्येतत्, ‘प्रोटीन् सीक्वेन्स्’ प्रति ट्रान्स्लेट् कर्तुं शक्यते । |
| 07:37 | सङ्क्षेपेण, अस्मिन् अनुशिक्षणे वयं: |
| 07:41 | बयोपैथन् इत्यस्य वैशिष्ट्यानि, |
| 07:43 | Linux OS मध्ये, एतत् डौन्-लोड् तथा इन्स्टाल्-करण-विषये विवरणं, |
| 07:48 | दत्ते ‘DNA स्ट्राण्ड्’ मध्ये, किञ्चन ‘सीक्वेन्स् आब्जेक्ट्’ इत्यस्य रचनं, |
| 07:52 | DNA सीक्वेन्स्-तः, mRNA कृते ट्रान्स्क्रिप्षन् (transcription) करणं, |
| 07:56 | mRNA तः, प्रोटीन् सीक्वेन्स्-कृते ट्रान्स्लेट्-करणम् इत्येतानि अधीतानि सन्ति । |
| 08:00 | इदानीं, असैन्मेण्ट्-निमित्तं - |
| 08:02 | दत्तं ‘DNA सीक्वेन्स्’ इत्येतत्, ‘प्रोटीन् सीक्वेन्स्’ कृते ट्रान्स्लेट् कुर्वन्तु । |
| 08:06 | औट्-पुट् अवलोकयन्तु । |
| 08:08 | प्रोटीन् सीक्वेन्स्, स्वस्मिन् किञ्चन stop codon(स्टाप् कोडान्) युक्तम् अस्ति । |
| 08:11 | यथा प्रकृतौ भवति, तथा प्रथमं ‘इन्-फ्रेम् स्टाप् कोडान्’ पर्यन्तं, DNA इत्येतत् ट्रान्स्लेट् कुर्वन्तु । |
| 08:17 | भवतां समाप्तम् असैन्मेण्ट्, अधोनिर्दिष्टं कोड्स्-युक्तं स्यात् । |
| 08:20 | translate पद्धतौ, ‘to underscore stop’ इति आर्ग्युमेण्ट् उपयुक्तम् इति अवलोकयन्तु । औट्-पुट् अवलोकयन्तु । |
| 08:27 | ‘stop codon’ (स्टाप् कोडान्), ट्रान्स्लेट् न जातम् । |
| 08:31 | भवतां ‘प्रोटीन् सीक्वेन्स्’ अन्ते, stop चिह्नं योजितं नास्ति । |
| 08:36 | इदं चलच्चित्रं, स्पोकन्-ट्युटोरियल् योजनायाः सारांशं कथयति । |
| 08:39 | भवद्भ्यः समीचीनं ब्याण्ड्-विड्त् न लब्धं चेत्, भवन्तः एतत् डौन्-लोड् कृत्वा द्रष्टुं शक्नुवन्ति । |
| 08:43 | स्पोकन्-ट्युटोरियल् योजनायाः गणः :
|
| 08:50 | अधिकविवरणार्थम्, अस्मभ्यं लिखन्तु । |
| 08:53 | स्पोकन्-ट्युटोरियल् योजना, NMEICT, MHRD, भारतसर्वकारस्य सहयोगं प्राप्तवती अस्ति । |
| 08:59 | एतत् मिषन्-विषये अधिकानि विवरणानि अधोनिर्दिष्टायां पर्चन्यां लभ्यते । |
| 09:03 | अस्य अनुशिक्षणस्य अनुवादकः डा. उदयन हेगडे, ध्वनिः श्री नवीनभट्टः, उप्पिनपट्टनम् । धन्यवादः । |
