Difference between revisions of "UCSF-Chimera/C3/Superimposing-and-Morphing/Bengali"
From Script | Spoken-Tutorial
(Created page with "{| border=1 ! <center>Time</center> ! <center>Narration</center> |- | 00:01 |Superimposing and Morphing এর এই টিউটোরিয়ালে আপনাদে...") |
|||
Line 1: | Line 1: | ||
+ | |||
{| border=1 | {| border=1 | ||
− | + | ||''' Time ''' | |
− | + | ||'''Narration''' | |
|- | |- | ||
− | | 00:01 | + | |00:01 |
− | |Superimposing | + | | Superimposing এবং Morphing এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত। |
|- | |- | ||
| 00:06 | | 00:06 | ||
− | |এখানে আমরা শিখব | + | | এখানে আমরা শিখব: একই প্রোটিনের ভিন্ন ভিন্ন কাঠামো তুলনা এবং সুপারইম্পোজ করা। |
|- | |- | ||
− | | 00: | + | | 00:13 |
− | | | + | | conformations মর্ফ করা এবং ট্রাজেক্টরী বানানো। |
|- | |- | ||
− | | 00: | + | | 00:17 |
− | | | + | |টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে Chimera ইন্টারফেস সম্পর্কে জানতে হবে। |
|- | |- | ||
− | | 00: | + | | 00:22 |
− | | | + | |না হলে, প্রাসঙ্গিক টিউটোরিয়ালের জন্য, আমাদের ওয়েবসাইটে যান। |
|- | |- | ||
− | | 00: | + | | 00:27 |
− | | | + | | এখানে ব্যবহার করছি: Ubuntu OS সংস্করণ 14.04, Chimera সংস্করণ 1.10.2, Mozilla Firefox ব্রাউজার 42.0 এবং একটি কার্যকর ইন্টারনেট সংযোগ। |
|- | |- | ||
− | | 00: | + | | 00:43 |
− | | | + | | এখানে, আমি একটি Chimera উইন্ডো খুলেছি। |
|- | |- | ||
− | | 00: | + | | 00:46 |
− | | | + | | graphic access ইন্টারফেস থেকে, 3w7f ফাইলে ক্লিক করুন। |
|- | |- | ||
− | | 00: | + | | 00:53 |
− | | | + | | স্ক্রিনে Squalin Synthase স্ট্রাকচার খোলে। |
|- | |- | ||
− | | 00: | + | | 00:57 |
− | | | + | |এখন, superimposing এর জন্য এই স্ট্রাকচার বানাই। |
|- | |- | ||
− | | | + | | 01:01 |
− | | | + | | এটি একই প্রোটিনের দুটি কপি রাখে। |
|- | |- | ||
− | | 01: | + | | 01:05 |
− | | | + | |কমান্ড লাইন দ্বারা তাদের একটি চেন মুছে দিন। |
|- | |- | ||
− | | 01: | + | | 01:09 |
− | | | + | | আমি কমান্ড হিস্ট্রিতে ক্লিক করে কমান্ডটি আবার কল করব। |
|- | |- | ||
− | | 01: | + | | 01:14 |
− | | | + | | কমান্ড হিস্ট্রি ডায়লগ বাক্স থেকে delete:.a কমান্ড চয়ন করুন। |
− | |||
− | |||
− | |||
|- | |- | ||
| 01:20 | | 01:20 | ||
− | | | + | |এন্টার টিপুন। |
|- | |- | ||
− | | 01: | + | | 01:22 |
− | | | + | | এরপর স্ট্রাকচার থেকে solvent অণু সরাতে, আমি কমান্ড লিখব del solvent, এন্টার টিপুন। |
|- | |- | ||
− | | 01: | + | | 01:32 |
− | | | + | | এই স্ট্রাকচার সাবস্ট্রেট এনালগ Farnesyl thiopyrophosphate, সংক্ষেপে FPS এ আবদ্ধ। |
|- | |- | ||
− | | 01: | + | | 01:40 |
− | | | + | |আমরা দুটি অনুরূপ প্রোটিনকে তাদের সেকেন্ডারি স্ট্রাকচারের সাথে তুলনা করতে সুপারইম্পোজ করব। |
|- | |- | ||
− | | 01: | + | | 01:46 |
− | | | + | |এর জন্য, আমরা সাবস্ট্রট ছাড়া একই এনজাইমের স্ট্রাকচার খুঁজবো। |
|- | |- | ||
− | | 01: | + | | 01:52 |
− | | | + | | কমান্ড লাইনে লিখুন open 2zco, এন্টার টিপুন। |
|- | |- | ||
− | | | + | | 02:02 |
− | | | + | |নতুন স্ট্রাকচার নীল রঙে রয়েছে। |
|- | |- | ||
− | | | + | | 02:05 |
− | | | + | |এখন, এই দুটি স্ট্রাকচার সুপারইম্পোজ হতে প্রস্তুত। |
|- | |- | ||
− | | | + | | 02:10 |
− | | | + | |Superimposition বা Structural alignment দুই বা অধিক প্রোটিন স্ট্রাকচার তুলনা করার একটি টুল। |
|- | |- | ||
− | | 02: | + | | 02:18 |
− | | | + | |অ্যালাইনমেন্ট তাদের আকৃতি এবং ত্রিমাত্রিক conformation ভিত্তিক। |
|- | |- | ||
− | | 02: | + | | 02:24 |
− | | | + | |superimposing শুরু করার আগে, আমরা টুলবারে কিছু আইকন রাখি। |
|- | |- | ||
− | | 02: | + | | 02:30 |
− | | | + | | Favorites মেনুতে ক্লিক করুন। |
|- | |- | ||
− | | 02: | + | | 02:32 |
− | | | + | |Add to favorites/Tool bar বিকল্পে স্ক্রোল করুন। |
+ | |- | ||
+ | |02:37 | ||
+ | |Preferences ডায়লগ বাক্স খোলে। | ||
|- | |- | ||
− | | 02: | + | | 02:40 |
− | | | + | | Category ড্রপ ডাউন থেকে, Tools চয়ন করুন। |
|- | |- | ||
− | | 02: | + | | 02:44 |
− | | | + | | Settings শিরোনামে, On Tool bar কলামে বাক্স চেক করুন। |
|- | |- | ||
− | | 02: | + | | 02:53 |
− | | | + | | নিম্নের জন্য বাক্স চেক করুন Command line , Model Panel, Side View |
|- | |- | ||
− | | 02: | + | | 02:59 |
− | | | + | | নীচে স্ক্রোল করুন এবং MatchMaker এবং Match-Align এ ক্লিক করুন। |
|- | |- | ||
− | | | + | | 03:05 |
− | | | + | |আপনি আপনার নিজস্ব টুলবার কাস্টমাইজ করতে পারেন। |
|- | |- | ||
− | | | + | | 03:08 |
− | | | + | |আপনার প্রয়োজন অনুসারে টুল চয়ন করুন। |
|- | |- | ||
− | | | + | | 03:12 |
− | | | + | | প্যানেলটি দেখুন। |
|- | |- | ||
− | |03: | + | | 03:14 |
− | | | + | |প্যানেলের উপরে Tool bar আইকন জুড়ে গেছে। |
|- | |- | ||
− | | 03: | + | | 03:19 |
− | | | + | |Tool bar এর স্থিতি বদলাতে, Toolbar placement বোতামে ক্লিক করুন। |
− | + | |- | |
+ | | 03:25 | ||
+ | | ড্রপ ডাউন মেনু থেকে বিকল্প চয়ন করুন। | ||
|- | |- | ||
− | | 03: | + | |03:29 |
− | | | + | | টুল বারে সকল আইকন জুড়ে নিলে, Save বোতামে ক্লিক করুন। |
|- | |- | ||
− | | 03: | + | | 03:35 |
− | | | + | |ডায়ালগ বক্স বন্ধ করতে Close এ ক্লিক করুন। |
|- | |- | ||
− | | 03: | + | | 03:39 |
− | | | + | | কাঠামো এখন বিভিন্ন স্থিতিতে রয়েছে। |
|- | |- | ||
− | | 03: | + | | 03:43 |
− | | | + | | এখন, MatchMaker ফাংশন ব্যবহার করে স্ট্রাকচার সুপারইম্পোজ করি। |
|- | |- | ||
− | | 03: | + | | 03:48 |
− | | | + | | Tool bar এ MatchMaker টুলে ক্লিক করুন। |
|- | |- | ||
− | | 03: | + | | 03:53 |
− | | | + | |MatchMaker ডায়ালগ বাক্স খোলে। |
|- | |- | ||
− | | | + | |03:56 |
− | | | + | | Reference structure হিসাবে 3w7f এ ক্লিক করুন। |
|- | |- | ||
− | | 04: | + | |04:01 |
− | | | + | |এখন, ডিফল্ট সেটিংস রেখেই এগোই । OK বোতামে টিপুন। |
|- | |- | ||
− | | 04: | + | | 04:07 |
− | | | + | | প্যানেলটি দেখুন। |
+ | |- | ||
+ | | 04:09 | ||
+ | |দুটি কাঠামো একে অপরের উপর সুপারইম্পোজ হয়। | ||
|- | |- | ||
− | | 04: | + | |04:13 |
− | | | + | | দুটি কাঠামো একে অপরের উপর প্রায় পুরোপুরি সুপারইম্পোজ। |
|- | |- | ||
− | | 04: | + | |04:19 |
− | | | + | |একটি ছোট অংশ বাদ দিয়ে যা অপ্রাসঙ্গিক। |
|- | |- | ||
− | | 04: | + | |04:23 |
− | | | + | | এই নন-সুপারইম্পোজেবল অংশে জড়িত ফ্রাগমেন্ট অ্যামিনো অ্যাসিড সংখ্যা 53 থেকে শুরু হয়ে অ্যামিনো অ্যাসিড সংখ্যা 57 পর্যন্ত হয়। |
|- | |- | ||
− | | | + | |04:34 |
− | | | + | | MatchMaker, রেসিডিউয়ের ধরন এবং সেকেন্ডারি স্ট্রাকচার দ্বারা সিকোয়েন্স এলাইনমেন্ট করে। |
|- | |- | ||
− | | | + | |04:40 |
− | | | + | |তারপর সিকোয়েন্স এলাইনড রেসিডিউ 3D তে ফিট করে। |
|- | |- | ||
− | | | + | |04:44 |
− | | | + | |এখন Match-Align টুল যাচাই করি। |
|- | |- | ||
− | | | + | |04:48 |
− | | | + | | টুলবার থেকে Match-Align টুলে ক্লিক করুন। একটি ডায়লগ বাক্স খোলে। |
|- | |- | ||
− | | | + | |04:55 |
− | | | + | | চেন চয়ন করতে, তাদের pdb Ids এ ক্লিক করুন। |
|- | |- | ||
− | | | + | |04:59 |
− | | | + | |OK বোতামে ক্লিক করুন। |
|- | |- | ||
− | | 05: | + | |05:03 |
− | | | + | | sequence alignment ডায়লগ বাক্স খোলে। |
|- | |- | ||
− | | | + | |05:05 |
− | | | + | | এই বাক্সে, অন্তিম ফিটে ব্যবহৃত অ্যামিনো অ্যাসিড জোড়া হালকা কমলা বাক্স সমেত দেখায়। |
|- | |- | ||
− | | | + | |05:13 |
− | | | + | | রেসিডিউ 52-54 এ লুপ বাদে স্ট্রাকচার প্রায়ই একই রকম। |
|- | |- | ||
− | | | + | |05:21 |
− | | | + | |কার্সার সংশ্লিষ্ট এক অক্ষর কোডের উপর রাখুন। |
|- | |- | ||
− | | | + | |05:25 |
− | | | + | | 52 থেকে 54 পর্যন্ত রেসিডিউ, সিকোয়েয়েন্সের অন্তরালের কারণে স্থানান্তরিত হয়। |
|- | |- | ||
− | | | + | |05:33 |
− | | | + | | কার্সার ব্যবহার করে এই অংশটি চয়ন করুন। |
+ | |||
|- | |- | ||
− | | | + | |05:38 |
− | |প্যানেল | + | | প্যানেল পর্যবেক্ষণ করুন। |
|- | |- | ||
− | | | + | | 05:41 |
− | | | + | |সিকোয়েন্সের সেই চয়নিত অংশ লক্ষণীয় হয়। |
|- | |- | ||
− | | | + | |05:45 |
− | | | + | | এটি কাঠামোর নন-সুপারইম্পোজেবল অংশের সাথে সামঞ্জস্যপূর্ণ। |
|- | |- | ||
− | | | + | |05:50 |
− | | | + | | আপনি Actions মেনু দ্বারা এই নন-সুপারইম্পোজেবল অংশের রঙ বদলাতে পারেন। |
|- | |- | ||
− | | | + | | 05:55 |
− | | | + | | Actions মেনুতে ক্লিক করুন। |
|- | |- | ||
− | | | + | |05:57 |
− | | | + | |Color এ স্ক্রোল করুন, orange-red বিকল্পে ক্লিক করুন। |
|- | |- | ||
− | | | + | |06:02 |
− | | | + | |এখন এই অংশটি লক্ষণীয় হয়েছে। |
|- | |- | ||
− | | | + | |06:05 |
− | | | + | | চয়ন মুছে দিন এবং ডায়লগ বাক্স বন্ধ করুন। |
|- | |- | ||
− | | | + | | 06:10 |
− | | | + | | এখন, দেখি যে conformations কিভাবে মর্ফ করে এবং ট্রাজেক্টরী বানায়। |
|- | |- | ||
− | | | + | |06:15 |
− | | | + | | Morphing, মূল ইনপুট স্ট্রাকচারের মাঝে মধ্যবর্তী স্ট্রাকচারের শৃঙ্খলা গনণা করতে জড়িত। |
|- | |- | ||
− | | | + | |06:23 |
− | | | + | | নির্মিত অন্তর্বর্তী স্ট্রাকচারের শৃঙ্খলা Molecular Dynamics Movie শর্টে MD Movie এর মত সংরক্ষণ করা যেতে পারে। |
|- | |- | ||
− | | | + | | 06:32 |
− | | | + | | প্যানেলে ফিরে যান। |
|- | |- | ||
− | | | + | | 06:34 |
− | | | + | | Tools মেনু থেকে morphing টুল শুরু করুন। |
|- | |- | ||
− | | | + | |06:37 |
− | | | + | | Tools মেনুতে ক্লিক করুন, Structure Comparison এ স্ক্রোল করুন। |
|- | |- | ||
− | | | + | |06:42 |
− | | | + | | Morph conformations বিকল্পে ক্লিক করুন। |
|- | |- | ||
− | | | + | | 06:46 |
− | | | + | |Morph conformations ডায়লগ বাক্স খোলে। |
|- | |- | ||
− | | | + | | 06:50 |
− | | | + | | Add এ ক্লিক করুন। |
|- | |- | ||
− | | | + | |06:52 |
− | | | + | | Models ডায়লগ বাক্সের ফলিত তালিকাতে confirmations এ জুড়তে মডেল সংখ্যা জিরো অর্থাৎ, 3w7f এ ডাবল ক্লিক করুন। |
|- | |- | ||
− | | | + | |07:03 |
− | | | + | |পরের মডেল সংখ্যা 1 অর্থাৎ 2zco তে ক্লিক করুন। |
|- | |- | ||
− | | | + | | 07:10 |
− | | | + | |তারপর 3w7f অর্থাৎ মডেল সংখ্যা জিরোতে আবার ক্লিক করুন। |
|- | |- | ||
− | | | + | |07:16 |
− | | | + | |এই সিকোয়েন্স লিগ্যান্ড এর মর্ফ ট্রাজেক্টরী সম্পর্কিত, যা স্ট্রাকচার থেকে খালি স্ট্রাকচার পর্যন্ত এবং আবার ফিরতে আবদ্ধ। |
|- | |- | ||
− | | | + | | 07:26 |
− | | | + | |model list ডায়ালগ বন্ধ করুন। |
+ | |||
|- | |- | ||
− | | | + | |07:29 |
− | | | + | | Morph conformations ডায়লগ বাক্সে Create এ ক্লিক করুন। |
|- | |- | ||
− | | | + | |07:34 |
− | | | + | |কয়েক সেকেন্ড পর, একটি MD Movie তৈরী হয়। |
|- | |- | ||
− | | | + | |07:39 |
− | | | + | | স্ক্রিনে ডায়লগ বাক্স দেখায়। |
|- | |- | ||
− | | | + | |07:42 |
− | | | + | | ডায়লগ বাক্সে মুভি চালাতে প্লে বা পজ বোতাম রয়েছে। |
|- | |- | ||
− | | | + | |07:46 |
− | | | + | | প্লে করতে অ্যারো বোতামে ক্লিক করুন। |
|- | |- | ||
− | | | + | |07:50 |
− | | | + | | প্যানেলটি দেখুন। |
− | |||
|- | |- | ||
− | | | + | |07:52 |
− | | | + | |কনফার্মেশনের মর্ফিং একটি মুভি হিসাবে প্লে করা হচ্ছে। |
− | + | |- | |
+ | |07:57 | ||
+ | | মুভি থামান এবং MD movie ডায়ালগ বাক্স বন্ধ করুন। | ||
+ | |||
+ | |- | ||
+ | |08:02 | ||
+ | | সংক্ষিপ্তকরণ করি যে এখানে কি শিখেছি। | ||
+ | |||
+ | |- | ||
+ | |08:05 | ||
+ | | এখানে আমরা শিখেছি: একই প্রোটিনের ভিন্ন ভিন্ন কাঠামো তুলনা এবং সুপারইম্পোজ করা। | ||
+ | |||
+ | |- | ||
+ | |08:12 | ||
+ | | conformations মর্ফ করা এবং ট্রাজেক্টরী বানানো। | ||
+ | |||
+ | |- | ||
+ | |08:16 | ||
+ | | ট্রাজেক্টরী Molecular Dynamics Movie হিসাবে সংরক্ষণ করা। | ||
+ | |||
+ | |- | ||
+ | |08:20 | ||
+ | | অনুশীলনী হিসাবে, PDB কোড 1TAG এবং 1TND সহ GTP বাইন্ডিং প্রোটিনের স্ট্রাকচার খুলুন। | ||
+ | |||
+ | |- | ||
+ | |08:31 | ||
+ | | MatchMaker টুল দ্বারা স্ট্রাকচার সুপারইম্পোজ করুন। | ||
+ | |||
+ | |- | ||
+ | |08:34 | ||
+ | | Sequence Alignment টুল দ্বারা, অসমান ক্ষেত্র সনাক্ত করুন। | ||
+ | |||
+ | |- | ||
+ | |08:41 | ||
+ | | নিম্ন লিঙ্কে উপলব্ধ ভিডিওটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে দেখায়। এটি ডাউনলোড করে দেখুন। | ||
|- | |- | ||
− | | | + | |08:48 |
− | |স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প | + | | স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল কর্মশালার আয়োজন করে এবং অনলাইন পরীক্ষা পাস করলে প্রশংসাপত্র দেয়। অধিক জানতে আমাদের লিখুন। |
|- | |- | ||
− | | | + | | 08:57 |
− | |এই মিশনের সম্পর্কে আরো তথ্য এই লিঙ্কে প্রাপ্তিসাধ্য। | + | |স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প ভারত সরকারের NMEICT, MHRD দ্বারা পরিচালিত। এই মিশনের সম্পর্কে আরো তথ্য এই লিঙ্কে প্রাপ্তিসাধ্য। |
|- | |- | ||
− | | 09: | + | |09:09 |
− | |আই আই টী বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। অংশগ্রহনের জন্যে ধন্যবাদ। | + | | আই আই টী বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। অংশগ্রহনের জন্যে ধন্যবাদ। |
|} | |} |
Latest revision as of 11:33, 18 September 2018
Time | Narration |
00:01 | Superimposing এবং Morphing এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত। |
00:06 | এখানে আমরা শিখব: একই প্রোটিনের ভিন্ন ভিন্ন কাঠামো তুলনা এবং সুপারইম্পোজ করা। |
00:13 | conformations মর্ফ করা এবং ট্রাজেক্টরী বানানো। |
00:17 | টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে Chimera ইন্টারফেস সম্পর্কে জানতে হবে। |
00:22 | না হলে, প্রাসঙ্গিক টিউটোরিয়ালের জন্য, আমাদের ওয়েবসাইটে যান। |
00:27 | এখানে ব্যবহার করছি: Ubuntu OS সংস্করণ 14.04, Chimera সংস্করণ 1.10.2, Mozilla Firefox ব্রাউজার 42.0 এবং একটি কার্যকর ইন্টারনেট সংযোগ। |
00:43 | এখানে, আমি একটি Chimera উইন্ডো খুলেছি। |
00:46 | graphic access ইন্টারফেস থেকে, 3w7f ফাইলে ক্লিক করুন। |
00:53 | স্ক্রিনে Squalin Synthase স্ট্রাকচার খোলে। |
00:57 | এখন, superimposing এর জন্য এই স্ট্রাকচার বানাই। |
01:01 | এটি একই প্রোটিনের দুটি কপি রাখে। |
01:05 | কমান্ড লাইন দ্বারা তাদের একটি চেন মুছে দিন। |
01:09 | আমি কমান্ড হিস্ট্রিতে ক্লিক করে কমান্ডটি আবার কল করব। |
01:14 | কমান্ড হিস্ট্রি ডায়লগ বাক্স থেকে delete:.a কমান্ড চয়ন করুন। |
01:20 | এন্টার টিপুন। |
01:22 | এরপর স্ট্রাকচার থেকে solvent অণু সরাতে, আমি কমান্ড লিখব del solvent, এন্টার টিপুন। |
01:32 | এই স্ট্রাকচার সাবস্ট্রেট এনালগ Farnesyl thiopyrophosphate, সংক্ষেপে FPS এ আবদ্ধ। |
01:40 | আমরা দুটি অনুরূপ প্রোটিনকে তাদের সেকেন্ডারি স্ট্রাকচারের সাথে তুলনা করতে সুপারইম্পোজ করব। |
01:46 | এর জন্য, আমরা সাবস্ট্রট ছাড়া একই এনজাইমের স্ট্রাকচার খুঁজবো। |
01:52 | কমান্ড লাইনে লিখুন open 2zco, এন্টার টিপুন। |
02:02 | নতুন স্ট্রাকচার নীল রঙে রয়েছে। |
02:05 | এখন, এই দুটি স্ট্রাকচার সুপারইম্পোজ হতে প্রস্তুত। |
02:10 | Superimposition বা Structural alignment দুই বা অধিক প্রোটিন স্ট্রাকচার তুলনা করার একটি টুল। |
02:18 | অ্যালাইনমেন্ট তাদের আকৃতি এবং ত্রিমাত্রিক conformation ভিত্তিক। |
02:24 | superimposing শুরু করার আগে, আমরা টুলবারে কিছু আইকন রাখি। |
02:30 | Favorites মেনুতে ক্লিক করুন। |
02:32 | Add to favorites/Tool bar বিকল্পে স্ক্রোল করুন। |
02:37 | Preferences ডায়লগ বাক্স খোলে। |
02:40 | Category ড্রপ ডাউন থেকে, Tools চয়ন করুন। |
02:44 | Settings শিরোনামে, On Tool bar কলামে বাক্স চেক করুন। |
02:53 | নিম্নের জন্য বাক্স চেক করুন Command line , Model Panel, Side View |
02:59 | নীচে স্ক্রোল করুন এবং MatchMaker এবং Match-Align এ ক্লিক করুন। |
03:05 | আপনি আপনার নিজস্ব টুলবার কাস্টমাইজ করতে পারেন। |
03:08 | আপনার প্রয়োজন অনুসারে টুল চয়ন করুন। |
03:12 | প্যানেলটি দেখুন। |
03:14 | প্যানেলের উপরে Tool bar আইকন জুড়ে গেছে। |
03:19 | Tool bar এর স্থিতি বদলাতে, Toolbar placement বোতামে ক্লিক করুন। |
03:25 | ড্রপ ডাউন মেনু থেকে বিকল্প চয়ন করুন। |
03:29 | টুল বারে সকল আইকন জুড়ে নিলে, Save বোতামে ক্লিক করুন। |
03:35 | ডায়ালগ বক্স বন্ধ করতে Close এ ক্লিক করুন। |
03:39 | কাঠামো এখন বিভিন্ন স্থিতিতে রয়েছে। |
03:43 | এখন, MatchMaker ফাংশন ব্যবহার করে স্ট্রাকচার সুপারইম্পোজ করি। |
03:48 | Tool bar এ MatchMaker টুলে ক্লিক করুন। |
03:53 | MatchMaker ডায়ালগ বাক্স খোলে। |
03:56 | Reference structure হিসাবে 3w7f এ ক্লিক করুন। |
04:01 | এখন, ডিফল্ট সেটিংস রেখেই এগোই । OK বোতামে টিপুন। |
04:07 | প্যানেলটি দেখুন। |
04:09 | দুটি কাঠামো একে অপরের উপর সুপারইম্পোজ হয়। |
04:13 | দুটি কাঠামো একে অপরের উপর প্রায় পুরোপুরি সুপারইম্পোজ। |
04:19 | একটি ছোট অংশ বাদ দিয়ে যা অপ্রাসঙ্গিক। |
04:23 | এই নন-সুপারইম্পোজেবল অংশে জড়িত ফ্রাগমেন্ট অ্যামিনো অ্যাসিড সংখ্যা 53 থেকে শুরু হয়ে অ্যামিনো অ্যাসিড সংখ্যা 57 পর্যন্ত হয়। |
04:34 | MatchMaker, রেসিডিউয়ের ধরন এবং সেকেন্ডারি স্ট্রাকচার দ্বারা সিকোয়েন্স এলাইনমেন্ট করে। |
04:40 | তারপর সিকোয়েন্স এলাইনড রেসিডিউ 3D তে ফিট করে। |
04:44 | এখন Match-Align টুল যাচাই করি। |
04:48 | টুলবার থেকে Match-Align টুলে ক্লিক করুন। একটি ডায়লগ বাক্স খোলে। |
04:55 | চেন চয়ন করতে, তাদের pdb Ids এ ক্লিক করুন। |
04:59 | OK বোতামে ক্লিক করুন। |
05:03 | sequence alignment ডায়লগ বাক্স খোলে। |
05:05 | এই বাক্সে, অন্তিম ফিটে ব্যবহৃত অ্যামিনো অ্যাসিড জোড়া হালকা কমলা বাক্স সমেত দেখায়। |
05:13 | রেসিডিউ 52-54 এ লুপ বাদে স্ট্রাকচার প্রায়ই একই রকম। |
05:21 | কার্সার সংশ্লিষ্ট এক অক্ষর কোডের উপর রাখুন। |
05:25 | 52 থেকে 54 পর্যন্ত রেসিডিউ, সিকোয়েয়েন্সের অন্তরালের কারণে স্থানান্তরিত হয়। |
05:33 | কার্সার ব্যবহার করে এই অংশটি চয়ন করুন। |
05:38 | প্যানেল পর্যবেক্ষণ করুন। |
05:41 | সিকোয়েন্সের সেই চয়নিত অংশ লক্ষণীয় হয়। |
05:45 | এটি কাঠামোর নন-সুপারইম্পোজেবল অংশের সাথে সামঞ্জস্যপূর্ণ। |
05:50 | আপনি Actions মেনু দ্বারা এই নন-সুপারইম্পোজেবল অংশের রঙ বদলাতে পারেন। |
05:55 | Actions মেনুতে ক্লিক করুন। |
05:57 | Color এ স্ক্রোল করুন, orange-red বিকল্পে ক্লিক করুন। |
06:02 | এখন এই অংশটি লক্ষণীয় হয়েছে। |
06:05 | চয়ন মুছে দিন এবং ডায়লগ বাক্স বন্ধ করুন। |
06:10 | এখন, দেখি যে conformations কিভাবে মর্ফ করে এবং ট্রাজেক্টরী বানায়। |
06:15 | Morphing, মূল ইনপুট স্ট্রাকচারের মাঝে মধ্যবর্তী স্ট্রাকচারের শৃঙ্খলা গনণা করতে জড়িত। |
06:23 | নির্মিত অন্তর্বর্তী স্ট্রাকচারের শৃঙ্খলা Molecular Dynamics Movie শর্টে MD Movie এর মত সংরক্ষণ করা যেতে পারে। |
06:32 | প্যানেলে ফিরে যান। |
06:34 | Tools মেনু থেকে morphing টুল শুরু করুন। |
06:37 | Tools মেনুতে ক্লিক করুন, Structure Comparison এ স্ক্রোল করুন। |
06:42 | Morph conformations বিকল্পে ক্লিক করুন। |
06:46 | Morph conformations ডায়লগ বাক্স খোলে। |
06:50 | Add এ ক্লিক করুন। |
06:52 | Models ডায়লগ বাক্সের ফলিত তালিকাতে confirmations এ জুড়তে মডেল সংখ্যা জিরো অর্থাৎ, 3w7f এ ডাবল ক্লিক করুন। |
07:03 | পরের মডেল সংখ্যা 1 অর্থাৎ 2zco তে ক্লিক করুন। |
07:10 | তারপর 3w7f অর্থাৎ মডেল সংখ্যা জিরোতে আবার ক্লিক করুন। |
07:16 | এই সিকোয়েন্স লিগ্যান্ড এর মর্ফ ট্রাজেক্টরী সম্পর্কিত, যা স্ট্রাকচার থেকে খালি স্ট্রাকচার পর্যন্ত এবং আবার ফিরতে আবদ্ধ। |
07:26 | model list ডায়ালগ বন্ধ করুন। |
07:29 | Morph conformations ডায়লগ বাক্সে Create এ ক্লিক করুন। |
07:34 | কয়েক সেকেন্ড পর, একটি MD Movie তৈরী হয়। |
07:39 | স্ক্রিনে ডায়লগ বাক্স দেখায়। |
07:42 | ডায়লগ বাক্সে মুভি চালাতে প্লে বা পজ বোতাম রয়েছে। |
07:46 | প্লে করতে অ্যারো বোতামে ক্লিক করুন। |
07:50 | প্যানেলটি দেখুন। |
07:52 | কনফার্মেশনের মর্ফিং একটি মুভি হিসাবে প্লে করা হচ্ছে। |
07:57 | মুভি থামান এবং MD movie ডায়ালগ বাক্স বন্ধ করুন। |
08:02 | সংক্ষিপ্তকরণ করি যে এখানে কি শিখেছি। |
08:05 | এখানে আমরা শিখেছি: একই প্রোটিনের ভিন্ন ভিন্ন কাঠামো তুলনা এবং সুপারইম্পোজ করা। |
08:12 | conformations মর্ফ করা এবং ট্রাজেক্টরী বানানো। |
08:16 | ট্রাজেক্টরী Molecular Dynamics Movie হিসাবে সংরক্ষণ করা। |
08:20 | অনুশীলনী হিসাবে, PDB কোড 1TAG এবং 1TND সহ GTP বাইন্ডিং প্রোটিনের স্ট্রাকচার খুলুন। |
08:31 | MatchMaker টুল দ্বারা স্ট্রাকচার সুপারইম্পোজ করুন। |
08:34 | Sequence Alignment টুল দ্বারা, অসমান ক্ষেত্র সনাক্ত করুন। |
08:41 | নিম্ন লিঙ্কে উপলব্ধ ভিডিওটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে দেখায়। এটি ডাউনলোড করে দেখুন। |
08:48 | স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল কর্মশালার আয়োজন করে এবং অনলাইন পরীক্ষা পাস করলে প্রশংসাপত্র দেয়। অধিক জানতে আমাদের লিখুন। |
08:57 | স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প ভারত সরকারের NMEICT, MHRD দ্বারা পরিচালিত। এই মিশনের সম্পর্কে আরো তথ্য এই লিঙ্কে প্রাপ্তিসাধ্য। |
09:09 | আই আই টী বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। অংশগ্রহনের জন্যে ধন্যবাদ। |