Difference between revisions of "UCSF-Chimera/C3/Structure-Analysis/Tamil"
From Script | Spoken-Tutorial
Venuspriya (Talk | contribs) |
Venuspriya (Talk | contribs) |
||
| Line 189: | Line 189: | ||
|- | |- | ||
| |04:55 | | |04:55 | ||
| − | | Structureல் இருந்து, '''hydrogen bond'''களை நீக்க வேண்டுமெனில், command lineல் டைப் செய்க: ''' | + | | Structureல் இருந்து, '''hydrogen bond'''களை நீக்க வேண்டுமெனில், command lineல் டைப் செய்க: ''' Tilda symbol ''', தொடர்ந்து, ''' hbond '''. '''Enter'''ஐ அழுத்தவும். |
|- | |- | ||
| Line 237: | Line 237: | ||
|- | |- | ||
| | 06:11 | | | 06:11 | ||
| − | | '''Treatment of Clash/Contact Atoms,'''ன் கீழ், பின்வரும் check boxகளை க்ளிக் செய்யவும். '''Select''' '''Draw pseudo-bonds''' '''If endpoint atom hidden''' | + | | '''Treatment of Clash/Contact Atoms,'''ன் கீழ், பின்வரும் check boxகளை க்ளிக் செய்யவும். '''Select''' '''Draw pseudo-bonds''' '''If endpoint atom hidden''' மற்றும் ''' Write information to reply log''' |
|- | |- | ||
Latest revision as of 15:52, 12 January 2018
| Time | Narration |
| 00:01 | Structureன் ஆய்வு குறித்த இந்த டுடோரியலுக்கு நல்வரவு. |
| 00:05 | இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்கப்போவது: Structureல் இருக்கின்ற, atomகளுக்கு இடையே உள்ள தூரத்தை கணக்கிடுவது, Hydrogen bondகளை காட்டுவது, non-polar interactionகளை அடையாளம் காட்டுவது. |
| 00:16 | வெவ்வேறு rotamerகளைப் பெற, residueக்களில் இருக்கின்ற, bondகளை சுழற்றுவது. |
| 00:21 | இந்த டுடோரியலை பின்பற்ற, உங்களுக்கு, Chimera interface பரீட்சயமாக இருக்க வேண்டும். இல்லையெனில், அதற்கான டுடோரியல்களுக்கு, எங்கள் வலைத்தளத்தை பார்க்கவும். |
| 00:30 | இங்கு நான்: Ubuntu OS பதிப்பு14.04 ,Chimera பதிப்பு 1.10.2 ,Mozilla firefox browser 42.0, மற்றும், ஒரு இணைய இணைப்பை பயன்படுத்துகிறேன். |
| 00:46 | இங்கு, ஒரு Chimera windowஐ நான் திறந்துள்ளேன். |
| 00:49 | Command lineஐ பயன்படுத்தி, Squalene Synthase.ன் ஒரு structureஐ திறக்கவும். அது, ஒரு, pdb code 3w7fஉடன் கூடிய, ஒரு Transferace enzyme ஆகும். |
| 01:00 | Command lineல் டைப் செய்க: Open space 3w7f. Enterஐ அழுத்தவும். |
| 01:09 | Enzymeன் ஒரு model, panelலில் காட்டப்படுகிறது. |
| 01:12 | Presets menuஐ பயன்படுத்தி, displayஐ , Interactive 1, க்கு மாற்றவும். |
| 01:18 | Protein, இரண்டு பிரதிகளாக காட்டப்படுகிறது. |
| 01:21 | பிரதிகளில் ஒன்றை நீக்க, டைப் செய்க: delete colon dot a. Enterஐ அழுத்தவும். |
| 01:29 | Structureல் இருந்து, solvent moleculeகளை நீக்க, டைப் செய்க: delete solvent. Enterஐ அழுத்தவும். |
| 01:37 | இந்த structureல், ligand, farnesyl thiopyrophosphate. ஆகும். |
| 01:43 | Commandகளை பயன்படுத்தி, ligand residue label செய்யவும். டைப் செய்க: rlabel space ligand. Enterஐ அழுத்தவும். |
| 01:53 | இந்த structureல், இரண்டு farnesyl thiopyrophosphate இருக்கின்றன: அதாவது, சுருக்கமாக, FPS . |
| 02:01 | Structureகள், sticks displayல் காட்டப்பட்டுள்ளன. |
| 02:05 | Structureஐ சுழற்றி, பெரிதாக்கவும். |
| 02:08 | FPSன், phosphate oxygenகளுக்கு, hydrogen bondகளை கொடையளிக்கக் கூடிய, பல side chainகள் உள்ளன. |
| 02:15 | Side-chain residueக்களில் இருக்கின்ற atomகளின் மீது, cursorஐ வைக்கவும். |
| 02:21 | Serine 21 residueஐ கண்டுபிடிக்கவும். |
| 02:23 | இப்போது, Serine 21னின் oxygen, மற்றும், FPS.ன், மிக அருகில் இருக்கின்ற, phosphate oxygenக்கும் இடையே உள்ள தூரத்தை அளவிடவும். |
| 02:32 | தூரத்தை அளவிட, Serine 21 residueன் oxygenஐ தேர்ந்தெடுக்கவும். |
| 02:37 | CTRL keyஐ அழுத்திக்கொண்டே, Serine 21.ன் side chain oxygenஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 02:43 | CTRL மற்றும்Shift keyகளை அழுத்திக்கொண்டே, FPS.ன், மிக அருகில் இருக்கின்ற, phosphate oxygenஐ டபுள்-க்ளிக் செய்யவும். |
| 02:52 | Context menu.வில் இருந்து, Show Distance ஐ தேர்ந்தெடுக்கவும். |
| 02:56 | Panelஐ கவனிக்கவும். இரண்டு atomகளுக்கும் இடையே உள்ள தூரம், காட்டப்படுகிறது. தேர்ந்தெடுப்பைclear செய்யவும். |
| 03:04 | இவ்வாறே, Tyrosine 21னின் side chain oxygen, மற்றும், FPS.ன், அதே phosphate oxygenக்கும் இடையே உள்ள தூரத்தை அளவிடவும். |
| 03:15 | தூரங்கள், hydrogen bondகளுடன், ஒரே சீராகத் தெரிகிறது. |
| 03:20 | 2.2ல் இருந்து, 2.5 Angstromகள் வரை , donor மற்றும் acceptor துரங்களைக் கொண்ட Hydrogen bondகள், strong என வகைப்படுத்தப்படுகின்றன. 2.5ல் இருந்து 3.2, moderate. 3.2ல் இருந்து 4.0, weak. |
| 03:36 | Select menuஐ பயன்படுத்தி, ligandஐ தேர்ந்தெடுக்கவும். |
| 03:40 | Residue optionக்கு scroll செய்யவும். Sub-menuவில் இருந்து, FPSஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 03:46 | FPSஆல் உருவாக்கப்பட்ட, hydrogen bondகளை, கண்டுபிடிப்பதற்கான, எளிய வழி, Tools menuவில் இருந்து, Find Hydrogen bond அம்சத்தை பயன்படுத்துவதாகும். |
| 03:55 | Structure Analysis option.ல், FindHbondஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 04:01 | ஒரு H-Bond Parameters dialog திறக்கிறது. |
| 04:05 | வண்ணம் பூசப்பட்ட boxஐ , க்ளிக் செய்து, hydrogen bondன் நிறத்தை பொருத்தவும். |
| 04:09 | தடியான வரிக்கு, line widthஐ , 3.0க்கு பொருத்தவும். |
| 04:13 | Label Hydrogen bond with distanceக்கு எதிரே உள்ள check boxஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 04:21 | Only find H-bonds with at least one end selected.ஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 04:26 | பின், Write information to reply logஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 04:31 | OK பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். |
| 04:33 | Panelஐ கவனிக்கவும். குறிப்பிட்ட நிறம், மற்றும் வரியின் அகலத்தை கொண்ட, pseudo-bondகளாக, Hydrogen bondகள் காட்டப்படுகின்றன. |
| 04:42 | Bondன் விவரங்களை, Reply logல் காணலாம். |
| 04:45 | Favorites menu.ஐ பயன்படுத்தி, Reply log ஐ திறக்கவும். |
| 04:49 | ஒவ்வொருhydrogen bond பற்றிய தகவலும், இங்கு கொடுக்கப்பட்டுள்ளது. |
| 04:53 | Dialog boxஐ மூடவும். |
| 04:55 | Structureல் இருந்து, hydrogen bondகளை நீக்க வேண்டுமெனில், command lineல் டைப் செய்க: Tilda symbol , தொடர்ந்து, hbond . Enterஐ அழுத்தவும். |
| 05:07 | Structure Analysis optionனின் கீழ், Tools menuவில், மற்றொரு feature உள்ளது. |
| 05:13 | அது, Findclashes/contacts ஆகும். ஒரு dialog box திறக்கிறது. |
| 05:19 | Clashகள், மற்றும்Contactகள், போன்ற, non-polar interactionகளை, இந்த feature, அடையாளம் காண்கிறது. |
| 05:26 | Clashகள் என்பன, atomகள் மிகவும் நெருக்கமாக இருக்கின்ற, சாதகமற்ற interactionகள் ஆகும். |
| 05:33 | Contactகள் அனைத்தும், நேரடி interactionகளாகும்: polar மற்றும்non-polar, favorable மற்றும்unfavorable ( Clashகளையும் சேர்த்து). |
| 05:43 | FPS residueக்களின், contactsஐ , மற்ற atomகளுடன், அடையாளம் காண்போம். |
| 05:48 | Select menuஐ பயன்படுத்தி, FPS residueஐ தேர்ந்தெடுக்கவும். |
| 05:52 | Find Clashes/Contacts dialog box.ல், Designateஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 05:58 | அது, 48 atoms designated. என்று காட்டுகிறது. |
| 06:02 | “All other atoms”க்கு எதிரே இருக்கின்ற, radio பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். |
| 06:06 | Clash/Contact Parametersஐ , முன்னிருப்பானContact.க்கு set செய்யவும். |
| 06:11 | Treatment of Clash/Contact Atoms,ன் கீழ், பின்வரும் check boxகளை க்ளிக் செய்யவும். Select Draw pseudo-bonds If endpoint atom hidden மற்றும் Write information to reply log |
| 06:27 | OK பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். Panelஐ கவனிக்கவும். |
| 06:32 | FPS residueக்களின், எல்லா contactகளும் காட்டப்படுகின்றன. |
| 06:37 | Reply Log.ஐ திறக்கவும். Atom-atom contacts, இங்கு பட்டிலிடப்பட்டுள்ளது. |
| 06:44 | Dialog boxஐ மூடவும். |
| 06:46 | இப்போது, சில, clashகளை காட்டுவோம். |
| 06:49 | Residue Tyrosine 248ன் மீது, கவனம் செலுத்துவோம். |
| 06:54 | Command lineல், டைப் செய்க: focus space colon 248. Enterஐ அழுத்தவும். |
| 07:03 | தேர்ந்தெடுப்பைclear செய்யவும். |
| 07:06 | இப்போது, Tyrosine 248 residue.ஐ தேர்ந்தெடுக்கவும். |
| 07:10 | CTRL keyஐ அழுத்திக்கொண்டே, Tyrosine 248.ல், எந்த atomஐயும் க்ளிக் செய்யவும். |
| 07:15 | முழு moleculeஐயும் தேர்ந்தெடுக்க, keyboardல், up arrow keyஐ அழுத்தவும். |
| 07:20 | இப்போது, Tyrosine 248ஐ , interactiveஆக சுழற்றி, Clashகளை தேடுவோம். |
| 07:27 | Tyrosine 248னின், 4 Angstromகளினுள் உள்ள residueக்களை காட்டுவோம். |
| 07:32 | Command lineல், டைப் செய்க: display, disp space colon 248 space z less than four. (disp :248 z<4). Enterஐ அழுத்தவும். |
| 07:45 | Clashகளை காட்ட, Tools menuவில் இருந்து, FindClashes/Contacts optionஐ தேர்ந்தெடுக்கவும். |
| 07:53 | Designateஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 07:55 | “All other atoms”க்கு எதிரே இருக்கின்ற, பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். |
| 07:59 | Clash/Contact Parameters ஐ , Clash. க்கு set செய்யவும். Treatment of Clash/Contact Atoms ஐ , Selectக்கு set செய்யவும். Draw pseudobonds , If end point atom hidden. |
| 08:11 | Frequency of Checking ஐ , Continuouslyக்கு set செய்யவும். |
| 08:15 | Dialog boxஐ மறைக்கவும். |
| 08:18 | Tyrosine 248னின், side chainஐ interactiveஆக சுழற்ற; |
| 08:22 | CTRL keyஐ அழுத்திக்கொண்டே, ribbonஉடன் இணைக்கப்பட்டுள்ள, bondஐ டபுள்-க்ளிக் செய்யவும். |
| 08:29 | context menu.வில் இருந்து, rotate bond optionஐ தேர்வு செய்யவும். |
| 08:33 | ஒரு Build structure dialog திறக்கிறது. |
| 08:36 | Dialலில் இருக்கின்ற, pointerஐ இழுத்து, bondஐ சுழற்றவும். |
| 08:41 | மாறாக, angle மதிப்புகளை மாற்ற, கருப்பு arrow headகளை, க்ளிக் செய்யவும். |
| 08:47 | Panelஐ கவனிக்கவும். Side-chain நகருகையில், புது pseudo-bondகள், உருவாக்கப்படுகின்றன, அல்லது, மறைகின்றன. |
| 08:55 | Bond, அதன், அசல் இடத்தை மீண்டும் வந்தடைய: Bondக்கு கீழ் இருக்கின்ற entryஐ க்ளிக் செய்யவும். Revertஐ தேர்வு செய்யவும். |
| 09:03 | மீண்டும், bondஐ க்ளிக் செய்யவும். பின், bond, என்றும் சுழலாமல் இருக்க, Deactivate செய்யவும். |
| 09:09 | Dialog boxஐ மூடவும். |
| 09:11 | Tools menuவில் இருக்கின்ற optionஐ பயன்படுத்தி, Tyrosine 248ன், எல்லா rotamerகளையும் நாம் ஒப்பிடலாம். |
| 09:18 | முதலில், Tryrosine 248.ஐ தேர்ந்தெடுக்கவும். |
| 09:22 | Tools menuஐ க்ளிக் செய்யவும். Structure editing.க்கு scroll செய்யவும். |
| 09:26 | Rotamers optionஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 09:29 | Rotamer dialog boxல், rotamer libraryல் இருந்து, Dunbrackஐ தேர்ந்தெடுக்கவும். |
| 09:36 | OK பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். |
| 09:38 | Panelலில், rotamerகள், wire representationஆக காட்டப்படுகின்றன. |
| 09:43 | மற்றொரு dialog box, திறக்கிறது. rotamer.ஐ காட்ட, dialog boxல் இருக்கின்ற வரிகளை க்ளிக் செய்யவும். Panelஐ கவனிக்கவும். |
| 09:52 | rotamer.களுக்கு, Clash மற்றும், hydrogen bondகளையும், கண்டறியலாம். |
| 09:58 | முதலில், Columns, பின், Addஐ க்ளிக் செய்யவும். Clashesஐ தேர்ந்தெடுக்கவும். |
| 10:03 | Dialog-boxல், OK ஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 10:06 | இப்போது, hydrogen bondகளை சேர்க்க: Columnsஐ க்ளிக் செய்யவும். Add, and select hydrogen bonds.க்கு scroll செய்யவும். |
| 10:15 | Hydrogen bonds dialog boxல், OK ஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 10:19 | Dialogஐ கவனிக்கவும். இரண்டு புது columnகள் சேர்க்கப்படுகின்றன. |
| 10:24 | இப்போது, ஒவ்வொரு, rotamer உம், பல Clashகளை உருவாக்குகின்றன, ஆனால், hydrogen bondகளை உருவாக்கவில்லை. |
| 10:30 | ஒரு வேறுபட்ட residueல், bondகளை சுழற்றி, rotamerகளை கண்டுபிடிக்க, முயற்சிக்கவும். |
| 10:35 | சுருங்கச் சொல்ல, இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்றது- Structureல் இருக்கின்ற, atomகளுக்கு இடையே உள்ள தூரத்தை கணக்கிடுவது. |
| 10:43 | Hydrogen bondகளை காட்டுவது, non-polar interactionகளை அடையாளம் காட்டுவது. |
| 10:48 | Clashகள், மற்றும்,contactகளை கண்டுபிடிக்க, bondகளை சுழற்றுவது. வெவ்வேறு rotamerகளை ஒப்பிடுவது. |
| 10:56 | பயிற்சியாக, Squalene Synthaseன் ஒரு , pdb code 3w7f .ஐ திறக்கவும். |
| 11:03 | Clashகள், மற்றும்,contactகளை தீர்மானிக்க, Tyrosine 41ல் இருக்கும், bondகளை சுழற்றவும். பின், rotamerகளை ஒப்பிடவும். |
| 11:11 | பின்வரும் இணைப்பில் உள்ள வீடியோ, ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்தை சுருங்க சொல்கிறது. அதை தரவிறக்கிக் காணவும். |
| 11:17 | ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டக்குழு, செய்முறை வகுப்புகள் நடத்தி, இணையத்தில் பரீட்சை எழுதி தேர்வோருக்கு சான்றிதழ்கள் தருகிறது. மேலும் விவரங்களுக்கு, எங்களுக்கு மின்னஞ்சல் செய்யவும். |
| 11:27 | ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்திற்கு ஆதரவு, இந்திய அரசாங்கத்தின், NMEICT, MHRD மூலம் கிடைக்கிறது. மேலும் விவரங்களுக்கு, கீழ்கண்ட இணைப்பை பார்க்கவும். |
| 11:37 | இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ.குரல்கொடுத்தது IIT Bombayஇல் இருந்து சண்முகப் பிரியா , நன்றி |
