Difference between revisions of "Jmol-Application/C4/3D-Models-of-Enzymes/Marathi"
From Script | Spoken-Tutorial
(Created page with "{| border=1 || '''Time''' || '''Narration''' |- ||00:01 || '''3D Models of Enzymes in Jmol''' वरील ट्यूटोरियलमध्ये आपले स्...") |
PoojaMoolya (Talk | contribs) |
||
| (One intermediate revision by one other user not shown) | |||
| Line 13: | Line 13: | ||
|- | |- | ||
||00:16 | ||00:16 | ||
| − | || | + | || दुय्यम स्ट्रक्चरचे डिसप्ले बदलणे. |
|- | |- | ||
||00:20 | ||00:20 | ||
| − | || | + | || सक्रिय साइटवर बाकीचे अमीनो आसिड हाइलाइट करणे. |
|- | |- | ||
||00:25 | ||00:25 | ||
| − | || | + | || एनजाईमचे सबस्ट्रेट आणि कोफॅक्टर्स हाइलाइट करणे. |
|- | |- | ||
||00:30 | ||00:30 | ||
| − | || | + | || आणि प्रोटीन साठी 'रामचंद्रन प्लॉट' पहाणे. |
|- | |- | ||
| Line 49: | Line 49: | ||
|- | |- | ||
||01:05 | ||01:05 | ||
| − | || | + | || '''Jmol''' वर्जन 12.2.2. |
|- | |- | ||
||01:08 | ||01:08 | ||
| − | || | + | || '''Java''' वर्जन 7 आणि '''Mozilla Firefox browser''' 22.0 |
|- | |- | ||
| Line 101: | Line 101: | ||
|- | |- | ||
||02:34 | ||02:34 | ||
| − | || पॅनेल वर, आपल्याकडे '''hexokinase''' चे | + | || पॅनेल वर, आपल्याकडे '''hexokinase''' चे बॉल आणि स्टिक मॉडल आहे. |
|- | |- | ||
| Line 309: | Line 309: | ||
|- | |- | ||
||09:14 | ||09:14 | ||
| − | || | + | || दुय्यम स्ट्रक्चरचे डिसप्ले बदलणे |
|- | |- | ||
||09:17 | ||09:17 | ||
| − | || | + | || सक्रिय साइटवर बाकीचे अमीनो आसिड हाइलाइट करणे. |
|- | |- | ||
||09:21 | ||09:21 | ||
| − | || | + | || एनजाईमचे सबस्ट्रेट आणि कोफॅक्टर्स हाइलाइट करणे. |
|- | |- | ||
||09:25 | ||09:25 | ||
| − | || आणि प्रोटीनसाठी | + | || आणि प्रोटीनसाठी रामचंद्रन प्लॉट पहाणे. |
|- | |- | ||
Latest revision as of 14:35, 19 April 2017
| Time | Narration |
| 00:01 | 3D Models of Enzymes in Jmol वरील ट्यूटोरियलमध्ये आपले स्वागत. |
| 00:08 | ह्या ट्यूटोरियलमध्ये आपण शिकणार आहोत Jmol पॅनेल वर Human Pancreatic Hexokinase चे स्ट्रक्चर लोड करणे. |
| 00:16 | दुय्यम स्ट्रक्चरचे डिसप्ले बदलणे. |
| 00:20 | सक्रिय साइटवर बाकीचे अमीनो आसिड हाइलाइट करणे. |
| 00:25 | एनजाईमचे सबस्ट्रेट आणि कोफॅक्टर्स हाइलाइट करणे. |
| 00:30 | आणि प्रोटीन साठी 'रामचंद्रन प्लॉट' पहाणे. |
| 00:35 | ह्या ट्युटोरियलचे अनुसरण करण्यास तुम्हाला मूलभूत जीवरसायनशास्त्रचे |
| 00:41 | आणि Jmol अप्लिकेशन विंडोचे मूलभूत ऑपरेशन्स ह्याचे प्राथमिक ज्ञान असले पाहिजे. |
| 00:46 | कृपया Jmol अप्लिकेशन सिरीस मधील Proteins and Macromolecules चे ट्यूटोरियल पहा. |
| 00:53 | हे खालील लिंकवर उपलब्ध आहे. |
| 00:57 | हे ट्यूटोरियल रेकॉर्ड करण्यासाठी मी वापरत आहे 'उबंटू' ऑपरेटिंग सिस्टम वर्जन 12.04. |
| 01:05 | Jmol वर्जन 12.2.2. |
| 01:08 | Java वर्जन 7 आणि Mozilla Firefox browser 22.0 |
| 01:16 | Jmol विंडो उघडून hexokinase एनजाईमचे स्ट्रक्चर लोड करा. |
| 01:22 | मी इंटरनेटशी जूडलेली आहे, त्यामुळे मी थेट PDB वेबसाइट मधून स्ट्रक्चर लोड करणार आहे. |
| 01:28 | हे करण्यासाठी, File मेनू उघडा, खाली स्क्रोल करून Get PDB पर्याय वर क्लिक करा. |
| 01:37 | स्क्रीन वर Input डायलॉग बॉक्स दिसेल. टेक्स्ट बॉक्समध्ये hexokinase साठी चार अक्षर टाईप करा जे 3IDH आहे. |
| 01:50 | हा कोड 'प्रोटीन डेटा बॅंक' वेबसाइट मधून प्राप्त केलेला आहे. |
| 01:55 | जर तुमच्याकडे कार्यरत इंटरनेट जोडणी नसेल तर: टूल बार वरील Open a file आइकन वापरुन अस्तित्वतिल pdb फाईल उघडा. |
| 02:06 | OK बटणावर क्लिक करा. |
| 02:09 | स्क्रीन वर उघडलेल्या hexokinase च्या 3D स्ट्रक्चरला देखील glucokinase म्हटले जाते. |
| 02:16 | File मेनू वापरुन कॉन्सोल विंडो उघडा. |
| 02:21 | कॉन्सोल वर दाखवल्याप्रमाणे, पॅनेल वर स्ट्रक्चर Human Pancreatic Glucokinase साठी substrate Glucose आहे. |
| 02:31 | कॉन्सोल बंद करा. |
| 02:34 | पॅनेल वर, आपल्याकडे hexokinase चे बॉल आणि स्टिक मॉडल आहे. |
| 02:40 | पॅनेल वर प्रोटीन मॉडेल मधून water molecules ला काढून टाका. |
| 02:44 | ही प्रक्रिया Jmol ट्युटोरियलच्या Proteins and macromolecules मध्ये तपशीलमध्ये स्पष्ट केली आहे. |
| 02:53 | hexokinase एनजाईम बद्दल- |
| 02:56 | Hexokinase 465 अमीनो एसिड्सचा मॉनोमेरिक प्रोटीन आहे. |
| 03:02 | ह्याला दोन 'डोमेन्स', एक मोठा डोमेन आणि एक लहान डोमेन असतो. |
| 03:07 | ह्या एनजाईमसाठी 'सक्रिय-साइट' दोन डोमेन्सच्या मध्ये क्लेफ्ट म्हणजे दुभंगलेले मध्ये स्थित आहे. |
| 03:14 | hexokinase साठी 'सक्रिय-साइट' 3 अमीनो एसिड रेसीड्यूस ठेवतो: 204 वर Aspergine, पोज़िशन 231 वर Aspergine आणि 256 वर Glutamic acid. |
| 03:30 | Alpha-D-Glucose ह्या एनजाईम साठी सबस्ट्रेट आहे. |
| 03:34 | आता, Jmol पॅनेल वर परत जाऊ. |
| 03:38 | आपण सक्रिय-साइट वर एनजाईम्सच्या घटकानसारखे जसे : सबस्ट्रेट, कॉफाकटर्स किंवा अमीनो एसिड रेसिड्यूसला हाइलाइट आणि निवडू शकता. |
| 03:49 | एक विशेष घटक निवडण्यासाठी - राइट क्लिक वापरुन पोप-अप मेनू उघडा. |
| 03:55 | Select पर्याय वर खाली स्क्रोल करा. |
| 03:57 | सब-मेनू मधून, Proteins, By Residue name निवडा. |
| 04:04 | येथे आपल्याकडे वेग-वेगळे अमीनो एसिड रेसिड्यूस सूचीबद्ध आहेत. |
| 04:10 | ह्याला निवडण्यासाठी अमीनो एसिडच्या नवावर क्लिक करा. |
| 04:14 | तसेच अमीनो एसिड्स शीर्षकांच्या जसे Polar, Non-polar, Basic, Acidic, Uncharged इत्यादी अंतर्गत गटामध्ये समाविष्ट केले जातात. |
| 04:26 | मेटल आयन potassium आणि substrate glucose Hetero मेनू मध्ये सूचीबद्ध आहेत. |
| 04:34 | आपण सबस्ट्रेट बाइंडिंग साइटला सहजपणे शोधण्यास एन्ज़ाइमचा डिसप्ले बदलू शकतो. |
| 04:41 | आपण प्रोटीनच्या अणूंचे रंग आणि डिसप्ले बदलूया. |
| 04:46 | पॉप-उप मेनू उघडा, Select वर जा आणि Protein पर्याय पर्यन्त खाली जा. All वर क्लिक करा. |
| 04:55 | पुन्हा पॉप-उप मेनू उघडा, Style पर्यन्त जा, नंतर Scheme पर्यन्त जा. आणि Sticks पर्याय वर क्लिक करा. |
| 05:05 | आता आपल्या जवळ, पॅनेल वर प्रोटीन sticks डिसप्ले मध्ये आहे. |
| 05:11 | आता रंग बदलण्यासाठी, पुन्हा पॉप-उप मेनू उघडा, Color, Atoms वर जा, आणि Blue पर्याय वर क्लिक करा. |
| 05:23 | आपल्या जवळ स्क्रीन वर hexokinase चा मॉडल निळ्या रंगात आणि स्टिक्स डिसप्ले मध्ये आहे. |
| 05:30 | सबस्ट्रेटला बघा, क्लेफ्ट मध्ये Alfa-D-Glucose बॉल आणि स्टिक डिसप्ले मध्ये आहे. |
| 05:38 | सबस्ट्रेटला हाइलाइट करण्यासाठी, पॉप-उप मेनू उघडा, Select वर जा, नंतर Hetero आणि GLC-ALFA-D-GLUCOSE वर क्लिक करा. |
| 05:52 | पुन्हा पॉप-उप मेनू उघडा, Style पर्यन्त खाली जा, Scheme आणि Sticks पर्याय वर क्लिक करा. |
| 06:00 | रंग बदलण्यासाठी, पुन्हा पॉप-उप मेनू उघडा, Color, Atoms वर जा आणि White पर्याय वर क्लिक करा. |
| 06:12 | पॅनेल वर स्पष्टपणे हाइलाइट केलेले सबस्ट्रेटच्या स्थिती सोबत hexokinase चा मॉडल आहे. |
| 06:20 | आपण अमीनो एसिड्स हाइलाइट करण्यासाठी सक्रिय साइटवर त्यांचा रंग बदलू शकतो. |
| 06:26 | असे करण्यासाठी, आपल्याला कॉन्सोल विंडो वर कमांड्स टाईप करायचे आहे. |
| 06:32 | आधी सांगितल्याप्रमाणे, सक्रिय साइटवर सहभागी अमीनो एसिड्स आहेत पोज़िशन 204 वर Aspergine, पोज़िशन 231 वर Aspergine आणि 256 वर Glutamic acid. |
| 06:50 | File menu वापरुन कॉन्सोल विंडो उघडा. Console वर क्लिक करा. |
| 06:57 | मी कॉन्सोल विंडो मॅग्निफाइ करण्यास Kmag स्क्रीन मॅग्निफाइयर वापरत आहे. |
| 07:03 | $ (डॉलर) प्रॉंप्टवर टाईप करा: select चौकोनी कंसात aspergine साठी "Asn" कंस बंद करा, 204 जी पोज़िशन आहे सेमिकॉलन color atoms orange |
| 07:25 | एंटर दाबा. |
| 07:27 | लक्ष द्या की aspargine रेसिड्यूचे अणू आता ऑरेंज रंगात आहे. |
| 07:33 | की बोर्ड वरील अप एरो बटण दाबून कमांड एडिट करा. |
| 07:39 | अमीनो एसिड्सची पोज़िशन 231 आणि अणूंच्या रंगला रेड मध्ये एडिट करा. |
| 07:48 | एंटर दाबा. |
| 07:51 | पुन्हा अप-एरो की दाबा आणि अमीनो एसिड्सचे नाव GLU जे की glutamic acid आहे आणि पोज़िशन ला 256 शी एडिट करा. |
| 08:06 | अणूंचे रंग ग्रीन आणि एंटर दाबा. |
| 08:13 | पॅनेल वर आपल्या जवळ सबस्ट्रेट आणि हाइलाइट केलेली सक्रिय साइट सह hexokinase चा 3D मॉडल आहे. |
| 08:23 | येथे पर्पल रंगात दर्शविले गेलेले potassium अणू देखील मॉडल मध्ये हाइलाइट केलेले आहे. |
| 08:30 | आपण Jmol मध्ये एक विशिष्ट प्रोटीन साठी ramachandran plots देखील दाखवू शकतो. |
| 08:36 | कॉन्सोल वर, ($) प्रॉंप्ट वर टाईप करा: plot ramachandran |
| 08:45 | एंटर दाबा. |
| 08:47 | स्क्रीन वर आपल्या जवळ hexokinase साठी ramachandran plot आहे. |
| 08:54 | डेटाबेस मधून pdb files वापरुन विविध एन्ज़ाइम्स लोड करण्याचा प्रयत्न करा. |
| 09:00 | दुय्यम स्ट्रक्चरचा डिस्पले बदला. |
| 09:04 | थोडक्यात. ह्या ट्यूटोरियल मध्ये आपण शिकलो: * PDB कोड वापरुन ह्यूमन पैन्क्रीऐटिक हेक्सोकाइनेसचे स्ट्रक्चर लोड करणे. |
| 09:14 | दुय्यम स्ट्रक्चरचे डिसप्ले बदलणे |
| 09:17 | सक्रिय साइटवर बाकीचे अमीनो आसिड हाइलाइट करणे. |
| 09:21 | एनजाईमचे सबस्ट्रेट आणि कोफॅक्टर्स हाइलाइट करणे. |
| 09:25 | आणि प्रोटीनसाठी रामचंद्रन प्लॉट पहाणे. |
| 09:30 | असाइनमेंट म्हणून: Jmol पॅनेल वर एन्ज़ाइम Lysozyme ची डॉट pdb फाईल लोड करा. |
| 09:38 | एन्ज़ाइमशी जुडलेल्या सबस्ट्रेटला हाइलाइट करा. |
| 09:42 | सक्रिय साइटवर अमीनो आसिड हाइलाइट करा. |
| 09:46 | सूचना: PDB डेटाबेस मधून Lysozyme ची pdb फाईल प्राप्त करा. |
| 09:52 | प्रकल्पाची माहिती दिलेल्या URL वर उपलब्ध आहे. |
| 09:56 | ज्यामध्ये तुम्हाला प्रॉजेक्टचा सारांश मिळेल. |
| 10:00 | जर तुमच्याकडे चांगली Bandwidth नसेल तर आपण व्हिडिओ download करूनही पाहू शकता. |
| 10:04 | स्पोकन ट्युटोरियल प्रॉजेक्ट टीम: |
| 10:07 | स्पोकन ट्यूटोरियलच्या सहाय्याने कार्यशाळा चालविते आणि प्रमाणपत्रही दिले जाते. |
| 10:10 | अधिक माहितीसाठी कृपया contact@spoken-tutorial.org वर लिहा. |
| 10:14 | "स्पोकन ट्युटोरियल प्रॉजेक्ट" हे "टॉक टू टीचर" या प्रॉजेक्टचा भाग आहे. |
| 10:19 | यासाठी अर्थसहाय्य National Mission on Education through ICT, MHRD, Government of India यांच्याकडून मिळालेले आहे. |
| 10:25 | यासंबंधी माहिती पुढील साईटवर उपलब्ध आहे. |
| 10:30 | मी रंजना भांबळे आपला निरोप घेते. सहभागासाठी धन्यवाद. |
