Jmol-Application/C4/3D-Models-of-Enzymes/Marathi

Time	Narration
00:01	3D Models of Enzymes in Jmol वरील ट्यूटोरियलमध्ये आपले स्वागत.
00:08	ह्या ट्यूटोरियलमध्ये आपण शिकणार आहोत Jmol पॅनेल वर Human Pancreatic Hexokinase चे स्ट्रक्चर लोड करणे.
00:16	दुय्यम स्ट्रक्चरचे डिसप्ले बदलणे.
00:20	सक्रिय साइटवर बाकीचे अमीनो आसिड हाइलाइट करणे.
00:25	एनजाईमचे सबस्ट्रेट आणि कोफॅक्टर्स हाइलाइट करणे.
00:30	आणि प्रोटीन साठी 'रामचंद्रन प्लॉट' पहाणे.
00:35	ह्या ट्युटोरियलचे अनुसरण करण्यास तुम्हाला मूलभूत जीवरसायनशास्त्रचे
00:41	आणि Jmol अप्लिकेशन विंडोचे मूलभूत ऑपरेशन्स ह्याचे प्राथमिक ज्ञान असले पाहिजे.
00:46	कृपया Jmol अप्लिकेशन सिरीस मधील Proteins and Macromolecules चे ट्यूटोरियल पहा.
00:53	हे खालील लिंकवर उपलब्ध आहे.
00:57	हे ट्यूटोरियल रेकॉर्ड करण्यासाठी मी वापरत आहे 'उबंटू' ऑपरेटिंग सिस्टम वर्जन 12.04.
01:05	Jmol वर्जन 12.2.2.
01:08	Java वर्जन 7 आणि Mozilla Firefox browser 22.0
01:16	Jmol विंडो उघडून hexokinase एनजाईमचे स्ट्रक्चर लोड करा.
01:22	मी इंटरनेटशी जूडलेली आहे, त्यामुळे मी थेट PDB वेबसाइट मधून स्ट्रक्चर लोड करणार आहे.
01:28	हे करण्यासाठी, File मेनू उघडा, खाली स्क्रोल करून Get PDB पर्याय वर क्‍लिक करा.
01:37	स्क्रीन वर Input डायलॉग बॉक्स दिसेल. टेक्स्ट बॉक्समध्ये hexokinase साठी चार अक्षर टाईप करा जे 3IDH आहे.
01:50	हा कोड 'प्रोटीन डेटा बॅंक' वेबसाइट मधून प्राप्त केलेला आहे.
01:55	जर तुमच्याकडे कार्यरत इंटरनेट जोडणी नसेल तर: टूल बार वरील Open a file आइकन वापरुन अस्तित्वतिल pdb फाईल उघडा.
02:06	OK बटणावर क्लिक करा.
02:09	स्क्रीन वर उघडलेल्या hexokinase च्या 3D स्ट्रक्चरला देखील glucokinase म्हटले जाते.
02:16	File मेनू वापरुन कॉन्सोल विंडो उघडा.
02:21	कॉन्सोल वर दाखवल्याप्रमाणे, पॅनेल वर स्ट्रक्चर Human Pancreatic Glucokinase साठी substrate Glucose आहे.
02:31	कॉन्सोल बंद करा.
02:34	पॅनेल वर, आपल्याकडे hexokinase चे बॉल आणि स्टिक मॉडल आहे.
02:40	पॅनेल वर प्रोटीन मॉडेल मधून water molecules ला काढून टाका.
02:44	ही प्रक्रिया Jmol ट्युटोरियलच्या Proteins and macromolecules मध्ये तपशीलमध्ये स्पष्ट केली आहे.
02:53	hexokinase एनजाईम बद्दल-
02:56	Hexokinase 465 अमीनो एसिड्सचा मॉनोमेरिक प्रोटीन आहे.
03:02	ह्याला दोन 'डोमेन्स', एक मोठा डोमेन आणि एक लहान डोमेन असतो.
03:07	ह्या एनजाईमसाठी 'सक्रिय-साइट' दोन डोमेन्सच्या मध्ये क्लेफ्ट म्हणजे दुभंगलेले मध्ये स्थित आहे.
03:14	hexokinase साठी 'सक्रिय-साइट' 3 अमीनो एसिड रेसीड्यूस ठेवतो: 204 वर Aspergine, पोज़िशन 231 वर Aspergine आणि 256 वर Glutamic acid.
03:30	Alpha-D-Glucose ह्या एनजाईम साठी सबस्ट्रेट आहे.
03:34	आता, Jmol पॅनेल वर परत जाऊ.
03:38	आपण सक्रिय-साइट वर एनजाईम्सच्या घटकानसारखे जसे : सबस्ट्रेट, कॉफाकटर्स किंवा अमीनो एसिड रेसिड्यूसला हाइलाइट आणि निवडू शकता.
03:49	एक विशेष घटक निवडण्यासाठी - राइट क्‍लिक वापरुन पोप-अप मेनू उघडा.
03:55	Select पर्याय वर खाली स्क्रोल करा.
03:57	सब-मेनू मधून, Proteins, By Residue name निवडा.
04:04	येथे आपल्याकडे वेग-वेगळे अमीनो एसिड रेसिड्यूस सूचीबद्ध आहेत.
04:10	ह्याला निवडण्यासाठी अमीनो एसिडच्या नवावर क्‍लिक करा.
04:14	तसेच अमीनो एसिड्स शीर्षकांच्या जसे Polar, Non-polar, Basic, Acidic, Uncharged इत्यादी अंतर्गत गटामध्ये समाविष्ट केले जातात.
04:26	मेटल आयन potassium आणि substrate glucose Hetero मेनू मध्ये सूचीबद्ध आहेत.
04:34	आपण सबस्ट्रेट बाइंडिंग साइटला सहजपणे शोधण्यास एन्ज़ाइमचा डिसप्ले बदलू शकतो.
04:41	आपण प्रोटीनच्या अणूंचे रंग आणि डिसप्ले बदलूया.
04:46	पॉप-उप मेनू उघडा, Select वर जा आणि Protein पर्याय पर्यन्त खाली जा. All वर क्‍लिक करा.
04:55	पुन्हा पॉप-उप मेनू उघडा, Style पर्यन्त जा, नंतर Scheme पर्यन्त जा. आणि Sticks पर्याय वर क्‍लिक करा.
05:05	आता आपल्या जवळ, पॅनेल वर प्रोटीन sticks डिसप्ले मध्ये आहे.
05:11	आता रंग बदलण्यासाठी, पुन्हा पॉप-उप मेनू उघडा, Color, Atoms वर जा, आणि Blue पर्याय वर क्‍लिक करा.
05:23	आपल्या जवळ स्क्रीन वर hexokinase चा मॉडल निळ्या रंगात आणि स्टिक्स डिसप्ले मध्ये आहे.
05:30	सबस्ट्रेटला बघा, क्लेफ्ट मध्ये Alfa-D-Glucose बॉल आणि स्टिक डिसप्ले मध्ये आहे.
05:38	सबस्ट्रेटला हाइलाइट करण्यासाठी, पॉप-उप मेनू उघडा, Select वर जा, नंतर Hetero आणि GLC-ALFA-D-GLUCOSE वर क्‍लिक करा.
05:52	पुन्हा पॉप-उप मेनू उघडा, Style पर्यन्त खाली जा, Scheme आणि Sticks पर्याय वर क्‍लिक करा.
06:00	रंग बदलण्यासाठी, पुन्हा पॉप-उप मेनू उघडा, Color, Atoms वर जा आणि White पर्याय वर क्‍लिक करा.
06:12	पॅनेल वर स्पष्टपणे हाइलाइट केलेले सबस्ट्रेटच्या स्थिती सोबत hexokinase चा मॉडल आहे.
06:20	आपण अमीनो एसिड्स हाइलाइट करण्यासाठी सक्रिय साइटवर त्यांचा रंग बदलू शकतो.
06:26	असे करण्यासाठी, आपल्याला कॉन्सोल विंडो वर कमांड्स टाईप करायचे आहे.
06:32	आधी सांगितल्याप्रमाणे, सक्रिय साइटवर सहभागी अमीनो एसिड्स आहेत पोज़िशन 204 वर Aspergine, पोज़िशन 231 वर Aspergine आणि 256 वर Glutamic acid.
06:50	File menu वापरुन कॉन्सोल विंडो उघडा. Console वर क्‍लिक करा.
06:57	मी कॉन्सोल विंडो मॅग्निफाइ करण्यास Kmag स्क्रीन मॅग्निफाइयर वापरत आहे.
07:03	$ (डॉलर) प्रॉंप्टवर टाईप करा: select चौकोनी कंसात aspergine साठी "Asn" कंस बंद करा, 204 जी पोज़िशन आहे सेमिकॉलन color atoms orange
07:25	एंटर दाबा.
07:27	लक्ष द्या की aspargine रेसिड्यूचे अणू आता ऑरेंज रंगात आहे.
07:33	की बोर्ड वरील अप एरो बटण दाबून कमांड एडिट करा.
07:39	अमीनो एसिड्सची पोज़िशन 231 आणि अणूंच्या रंगला रेड मध्ये एडिट करा.
07:48	एंटर दाबा.
07:51	पुन्हा अप-एरो की दाबा आणि अमीनो एसिड्सचे नाव GLU जे की glutamic acid आहे आणि पोज़िशन ला 256 शी एडिट करा.
08:06	अणूंचे रंग ग्रीन आणि एंटर दाबा.
08:13	पॅनेल वर आपल्या जवळ सबस्ट्रेट आणि हाइलाइट केलेली सक्रिय साइट सह hexokinase चा 3D मॉडल आहे.
08:23	येथे पर्पल रंगात दर्शविले गेलेले potassium अणू देखील मॉडल मध्ये हाइलाइट केलेले आहे.
08:30	आपण Jmol मध्ये एक विशिष्ट प्रोटीन साठी ramachandran plots देखील दाखवू शकतो.
08:36	कॉन्सोल वर, ($) प्रॉंप्ट वर टाईप करा: plot ramachandran
08:45	एंटर दाबा.
08:47	स्क्रीन वर आपल्या जवळ hexokinase साठी ramachandran plot आहे.
08:54	डेटाबेस मधून pdb files वापरुन विविध एन्ज़ाइम्स लोड करण्याचा प्रयत्न करा.
09:00	दुय्यम स्ट्रक्चरचा डिस्पले बदला.
09:04	थोडक्यात. ह्या ट्यूटोरियल मध्ये आपण शिकलो: * PDB कोड वापरुन ह्यूमन पैन्क्रीऐटिक हेक्सोकाइनेसचे स्ट्रक्चर लोड करणे.
09:14	दुय्यम स्ट्रक्चरचे डिसप्ले बदलणे
09:17	सक्रिय साइटवर बाकीचे अमीनो आसिड हाइलाइट करणे.
09:21	एनजाईमचे सबस्ट्रेट आणि कोफॅक्टर्स हाइलाइट करणे.
09:25	आणि प्रोटीनसाठी रामचंद्रन प्लॉट पहाणे.
09:30	असाइनमेंट म्हणून: Jmol पॅनेल वर एन्ज़ाइम Lysozyme ची डॉट pdb फाईल लोड करा.
09:38	एन्ज़ाइमशी जुडलेल्या सबस्ट्रेटला हाइलाइट करा.
09:42	सक्रिय साइटवर अमीनो आसिड हाइलाइट करा.
09:46	सूचना: PDB डेटाबेस मधून Lysozyme ची pdb फाईल प्राप्त करा.
09:52	प्रकल्पाची माहिती दिलेल्या URL वर उपलब्ध आहे.
09:56	ज्यामध्ये तुम्हाला प्रॉजेक्टचा सारांश मिळेल.
10:00	जर तुमच्याकडे चांगली Bandwidth नसेल तर आपण व्हिडिओ download करूनही पाहू शकता.
10:04	स्पोकन ट्युटोरियल प्रॉजेक्ट टीम:
10:07	स्पोकन ट्यूटोरियलच्या सहाय्याने कार्यशाळा चालविते आणि प्रमाणपत्रही दिले जाते.
10:10	अधिक माहितीसाठी कृपया contact@spoken-tutorial.org वर लिहा.
10:14	"स्पोकन ट्युटोरियल प्रॉजेक्ट" हे "टॉक टू टीचर" या प्रॉजेक्टचा भाग आहे.
10:19	यासाठी अर्थसहाय्य National Mission on Education through ICT, MHRD, Government of India यांच्याकडून मिळालेले आहे.
10:25	यासंबंधी माहिती पुढील साईटवर उपलब्ध आहे.
10:30	मी रंजना भांबळे आपला निरोप घेते. सहभागासाठी धन्यवाद.

Contributors and Content Editors

PoojaMoolya, Ranjana