Difference between revisions of "Jmol-Application/C4/3D-Models-of-Enzymes/Tamil"
From Script | Spoken-Tutorial
(Created page with "{| border=1 || '''Time''' || '''Narration''' |- ||00:01 | '''Jmolலில், enzymeகளின் 3D Modelகள்''' குறித்த இந்த டுடோர...") |
PoojaMoolya (Talk | contribs) |
||
| (One intermediate revision by one other user not shown) | |||
| Line 69: | Line 69: | ||
|- | |- | ||
||01:37 | ||01:37 | ||
| − | | திரையில், ஒரு '''Input''' | + | | திரையில், ஒரு '''Input''' dialog-box தோன்றுகிறது. '''Hexokinase'''க்கான, நான்கு எழுத்து '''PDB code''', அதாவது, '''3IDH'''ஐ text-box ல் டைப் செய்யவும். |
|- | |- | ||
| Line 377: | Line 377: | ||
|- | |- | ||
||10:30 | ||10:30 | ||
| − | | இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ. | + | | இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ குரல் கொடுத்தது சண்முகப்பிரியா. |
|} | |} | ||
Latest revision as of 15:55, 28 October 2020
| Time | Narration |
| 00:01 | Jmolலில், enzymeகளின் 3D Modelகள் குறித்த இந்த டுடோரியலுக்கு நல்வரவு. |
| 00:08 | இந்த டுடோரியலில், நாம் கற்கப்போவது: Jmol panelலில், Human Pancreatic Hexokinaseன் structure ஐ load செய்வது |
| 00:16 | Secondary structureன் displayஐ மாற்றுவது |
| 00:20 | Active siteல், amino acid residueக்களை முன்னிலைப்படுத்துவது |
| 00:25 | Enzymeன், substrate மற்றும் cofactorகளை முன்னிலைப்படுத்துவது |
| 00:30 | மற்றும், proteinக்கான Ramachandran plotஐ பார்ப்பது. |
| 00:35 | இந்த டுடோரியலை பின்பற்ற, அடிப்படை உயிர்வேதியியல் உங்களுக்கு தெரிந்து இருக்க வேண்டும். |
| 00:41 | மற்றும், Jmol Application windowவின் அடிப்படைoperationகள், பரீட்சயமாக இருக்க வேண்டும். |
| 00:46 | Jmol Application தொடரில் இருக்கின்ற, Proteins and Macromolecules டுடோரியலை பார்க்கவும். |
| 00:53 | அது பின்வரும் இணைப்பில் உள்ளது. |
| 00:57 | இந்த டுடோரியலை பதிவு செய்வதற்கு, நான்: * Ubuntu Operating System பதிப்பு12.04 |
| 01:05 | Jmol பதிப்பு 12.2.2. |
| 01:08 | Java பதிப்பு 7 மற்றும் * Mozilla Firefox browser 22.0ஐ பயன்படுத்துகிறேன். |
| 01:16 | Jmol windowஐ திறந்து, hexokinase enzymeன் structureஐ load செய்யவும். |
| 01:22 | நான் internet ஐ இணைத்திருக்கிறேன். அதனால், PDB websiteல் இருந்து, structureஐ நேரடியாக நான் load செய்வேன். |
| 01:28 | அதைச் செய்ய, File menuஐ திறக்கவும். Scroll down செய்து, Get PDB optionஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 01:37 | திரையில், ஒரு Input dialog-box தோன்றுகிறது. Hexokinaseக்கான, நான்கு எழுத்து PDB code, அதாவது, 3IDHஐ text-box ல் டைப் செய்யவும். |
| 01:50 | இந்த code, Protein Data Bank வலைதளத்தில் இருந்து பெறப்பட்டது. |
| 01:55 | உங்களுக்கு இணைய இணைப்பு இல்லையெனில்: tool barல் இருக்கின்ற, Open a file iconஐ பயன்படுத்தி, existing pdb file ஐ திறக்கவும். |
| 02:06 | Ok பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். |
| 02:09 | Glucokinase எனவும் அழைக்கப்படுகின்ற, hexokinaseன் , 3D structure, திரையில் திறக்கிறது. |
| 02:16 | File menuஐ பயன்படுத்தி, Console windowஐ திறக்கவும். |
| 02:21 | Consoleலில் காட்டப்பட்டுள்ளபடி, panelலில் இருக்கின்ற structure, substrate Glucoseஉடன் கூடிய, Human Pancreatic Glucokinaseக்கானது. |
| 02:31 | Consoleஐ மூடவும். |
| 02:34 | Panelலில், hexokinaseன் ball and stick modelஐ நாம் கொண்டிருக்கிறோம். |
| 02:40 | Panelலில், protein modelலில் இருந்து, water moleculeகளை நீக்கவும். |
| 02:44 | Jmol டுடோரியல், Proteins and macromoleculesல், இந்த செயல்முறை விரிவாக விளக்கப்பட்டுள்ளது. |
| 02:53 | Hexokinase Enzymeஐ பற்றி- |
| 02:56 | Hexokinase, 465 amino acidகளைக் கொண்ட, ஒரு monomeric protein ஆகும். |
| 03:02 | அது இரண்டு domainகளை கொண்டிருக்கிறது. ஒரு பெரிய domain, மற்றும் ஒரு சிறியdomain . |
| 03:07 | இந்த enzymeக்கான active-site, இரண்டு doaminகளுக்கு இடையே உள்ள cleftல் உள்ளது. |
| 03:14 | Hexokinaseக்கான active-site, 3 amino acid residueக்களை கொண்டிருக்கிறது: 204ல் Aspergine, 231 இடத்தில்Aspergine, மற்றும் 256ல் Glutamic acid. |
| 03:30 | Alpha-D-Glucose, இந்த enzyme க்கான substrate ஆகும். |
| 03:34 | இப்போது, Jmol panel க்கு திரும்பச் செல்வோம். |
| 03:38 | Enzymeகளின் component களான, Substrate, Cofactors அல்லது Amino acid residueக்களை, active siteல், நாம் தேர்ந்தெடுத்து முன்னிலைப்படுத்த முடியும். |
| 03:49 | ஒரு குறிப்பிட்ட componentஐ தேர்ந்தெடுக்க, ரைட்-க்ளிக்கை பயன்படுத்தி, pop-up menuஐ திறக்கவும். |
| 03:55 | Select optionக்கு scroll down செய்யவும். |
| 03:57 | Proteins sub-menuவில் இருந்து, By Residue nameஐ தேர்ந்தெடுக்கவும். |
| 04:04 | இங்கு தனிப்பட்ட, amino acid residueக்கள் பட்டியலிடப்பட்டிருக்கும். |
| 04:10 | Amino acidஐ தேர்ந்தெடுக்க, அதன் பெயரை க்ளிக் செய்யவும். |
| 04:14 | மேலும், amino acidக்கள், பின்வரும் தலைப்புகளின் கீழ், ஒரு குழுவாக்கப்பட்டிருக்கின்றன: Polar, Non-polar, Basic, Acidic, Uncharged போன்ற சில. |
| 04:26 | Hetero menuவில், metal ion potassium மற்றும் substrate glucose, பட்டியலிடப்பட்டுள்ளன. |
| 04:34 | Substrate binding siteஐ எளிதாக கண்டுபிடிக்க, enzymeன் displayஐ நாம் மாற்றலாம். |
| 04:41 | Proteinனின், atomகளின், display மற்றும் நிறத்தை நாம் மாற்றுவோம். |
| 04:46 | Pop-up menuஐ திறக்கவும். Selectக்கு சென்று, Protein optionக்கு scroll down செய்யவும். Allஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 04:55 | மீண்டும், Pop-up menuஐ திறக்கவும். முதலில், Style, பின், Schemeக்கு scroll down செய்யவும். பின், Sticks optionஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 05:05 | இப்போது, panelலில், proteinஐ , sticks displayவில் கொண்டிருக்கிறோம். |
| 05:11 | இப்போது, நிறத்தை மாற்ற, மீண்டும், Pop-up menuஐ திறக்கவும். Color >> Atomsக்கு சென்று, Blue optionஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 05:23 | திரையில், hexokinaseன் modelஐ , நீல நிறத்திலும், sticks displayவிலும் நாம் கொண்டிருக்கிறோம். |
| 05:30 | Cleftல், ball and stick displayல், substrate Alfa-D-Glucoseஐ உற்று நோக்கவும். |
| 05:38 | Substrateஐ முன்னிலைப்படுத்த- Pop-up menuஐ திறக்கவும். முதலில், Select, பின், Heteroக்கு செல்லவும். பின், GLC-ALFA-D-GLUCOSEஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 05:52 | மீண்டும், Pop-up menuஐ திறக்கவும். Style >> Schemeக்கு scroll down செய்யவும். பின், Sticks optionஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 06:00 | நிறத்தை மாற்ற- மீண்டும், Pop-up menuஐ திறக்கவும். Color >> Atomsக்கு செல்லவும். பின், White optionஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 06:12 | Substrateன் இடம் தெளிவாக முன்னிலைப்படுத்தப்பட்ட, hexokinaseன் model, panelலில் இருக்கிறது. |
| 06:20 | Amino acidகளை முன்னிலைப்படுத்த, active siteல், அவற்றின் நிறத்தை நாம் மாற்றலாம். |
| 06:26 | அதற்கு, Console windowவில், நாம் commandகளை டைப் செய்ய வேண்டும். |
| 06:32 | முன்பு கூறியது போல், active-siteல் உள்ள amino acidகள்: இடம் 204ல் Aspergine, இடம் 231ல் Aspergine, மற்றும், இடம் 256ல் Glutamic acid. |
| 06:50 | File menuஐ பயன்படுத்தி, console windowஐ திறக்கவும். Consoleஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 06:57 | Console windowஐ பெரிதுபடுத்த, நான் Kmag Screen magnifierஐ பயன்படுத்துகிறேன். |
| 07:03 | $ (dollar) promptல், டைப் செய்க: "select", சதுர அடைப்புக்குறிகளினுள், aspergineக்கு "Asn", அடைப்புக்குறியை மூடவும், "204", அதாவது, இடம், semicolon "color atoms orange". |
| 07:25 | Enterஐ அழுத்தவும். |
| 07:27 | Aspargine residueன் atomகள், இப்போது, செம்மஞ்சள் நிறத்தில் இருப்பதை கவனிக்கவும். |
| 07:33 | Key boardல், up-arrow பட்டனை அழுத்தி, commandஐ edit செய்யவும். |
| 07:39 | Amino acidன் இடத்தை, 231க்கு edit செய்து, atomகளின் நிறத்தை, சிவப்பிற்கு மாற்றவும். |
| 07:48 | Enterஐ அழுத்தவும். |
| 07:51 | மீண்டும், up-arrow key ஐ அழுத்தி, amino acidன் பெயரை, GLUக்கு, அதாவது, glutamic acidக்கும், மற்றும், இடத்தை, 256க்கும், |
| 08:06 | மற்றும், atomகளின் நிறத்தை, பச்சைக்கும் மாற்றி, பின், Enterஐ அழுத்தவும். |
| 08:13 | Substrateஉடன் கூடிய, hexokinaseன், 3D model, மற்றும், active site, panelலில் முன்னிலைப்படுத்தப்பட்டுள்ளது. |
| 08:23 | Modelலில் , potassium atom, ஊதா நிறத்தில் இங்கு, முன்னிலைப்படுத்தி காட்டப்பட்டுள்ளது. |
| 08:30 | Jmolலில், ஒரு குறிப்பிட்ட proteinக்கு, ramachandran plotகளையும் நாம் காட்டலாம். |
| 08:36 | Consoleலில், dollar($) prompt ல் டைப் செய்க: plot ramachandran |
| 08:45 | Enterஐ அழுத்தவும். |
| 08:47 | திரையில், hexokinaseக்கான, ஒரு ramachandran plotஐ நாம் கொண்டிருக்கிறோம். |
| 08:54 | Databaseல் இருந்து, pdb fileகளை பயன்படுத்தி, வெவ்வேறு enzymeகளை load செய்ய முயற்சிக்கவும். |
| 09:00 | Secondary structureன் displayஐ மாற்றவும். |
| 09:04 | சுருங்கச் சொல்ல. இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்றது: PDB codeஐ பயன்படுத்தி, Human Pancreatic Hexokinaseன் structure ஐ load செய்வது. |
| 09:14 | Secondary structureன் displayஐ மாற்றவது. |
| 09:17 | Active siteல், amino acid residueக்களை முன்னிலைப்படுத்துவது. |
| 09:21 | Enzymeன், substrate மற்றும் cofactorகளை முன்னிலைப்படுத்துவது. |
| 09:25 | மற்றும், proteinகளுக்கான ramachandran plotஐ பார்ப்பது. |
| 09:30 | பயிற்சியாக: Jmol panelலில், enzyme Lysozymeன், dot pdb file ஐ செய்யவும். |
| 09:38 | Enzyme க்கு கட்டுண்ட substrateஐ முன்னிலைப்படுத்தவும். |
| 09:42 | Active siteல் இருக்கின்ற, amino acidகளை, முன்னிலைப்படுத்தவும். |
| 09:46 | சிறு குறிப்பு: Lysozymeன் pdb fileஐ , PDB databaseல் இருந்து பெறவும். |
| 09:52 | இந்த URLலில் இருக்கும் வீடியோவை காணவும். |
| 09:56 | அது, Spoken Tutorial திட்டத்தை சுருங்க சொல்கிறது. |
| 10:00 | உங்கள் இணைய இணைப்பு வேகமாக இல்லையெனில்,அதை தரவிறக்கி காணவும். |
| 10:04 | ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டக்குழு |
| 10:07 | செய்முறை வகுப்புகள் நடத்தி, சான்றிதழ்கள் தருகிறது. |
| 10:10 | மேலும் விவரங்களுக்கு எங்களுக்கு மின்னஞ்சல் செய்யவும். |
| 10:14 | Spoken tutorial திட்டம், Talk to a Teacher திட்டத்தின் ஒரு பகுதியாகும். |
| 10:19 | இதற்கு ஆதரவு, இந்திய அரசாங்கத்தின்,National Mission on Education through ICT, MHRD, மூலம் கிடைக்கிறது. |
| 10:25 | மேலும் விவரங்களுக்கு, கீழ்கண்ட இணைப்பை பார்க்கவும். |
| 10:30 | இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ குரல் கொடுத்தது சண்முகப்பிரியா. |
