Difference between revisions of "Biopython/C2/Blast/Sanskrit"
From Script | Spoken-Tutorial
NaveenBhat (Talk | contribs) |
Sandhya.np14 (Talk | contribs) |
||
| Line 269: | Line 269: | ||
|06:36 | |06:36 | ||
| तथा '''Bio.Blast.Record''' माड्यूल् उपयुज्य '''BLAST''' औट्पुट् पार्स् कर्तुं पठितवन्तः । | | तथा '''Bio.Blast.Record''' माड्यूल् उपयुज्य '''BLAST''' औट्पुट् पार्स् कर्तुं पठितवन्तः । | ||
| − | |||
|- | |- | ||
Latest revision as of 12:01, 14 August 2019
| |
|
|---|---|
| 00:01 | Biopython टूल्स् उपयुज्य, BLAST विषयके अस्मिन् अनुशिक्षणे भवद्भ्यः स्वागतम् । |
| 00:06 | अस्मिन् अनुशिक्षणे वयं “क्वैरि सीक्वेन्स्” निमित्तम् “बयो पैथन्” (Biopython) टूल् उपयुज्य "BLAST" (ब्लास्ट्) रन् कर्तुं , |
| 00:13 | तथा अधिक-विश्लेषणार्थं BLAST औट्पुट् पार्स् कर्तुं पठामः । |
| 00:17 | इदम् अनुशिक्षणम् अवगन्तुं भवद्भिः पदवीपूर्वकक्षायाः जीवरसायनशास्त्रम् अथवा बयो इन्फ़र्म्याटिक्स् |
| 00:24 | तथा बेसिक् Python (पैथन्) प्रोग्रामिंग् इत्येतेषां ज्ञानम् सम्पादनीयम् । |
| 00:27 | पर्चन्यां दत्तं पैथन् अनुशिक्षणं पश्यन्तु । |
| 00:31 | इदम् अनुशिक्षणं रेकार्ड् कर्तुम् , अहं Ubuntu OS इत्यस्य 14.10 तम-आवृत्तेः, |
| 00:37 | Python इत्यस्य 2.7.8 तम-आवृत्तेः, |
| 00:41 | Ipython interpreter इत्यस्य 2.3.0 तम-आवृत्तेः, |
| 00:46 | Biopython इत्यस्य 1.64 तम-आवृत्तेः तथा सक्रिय-अन्तर्जाल-सम्पर्कस्य च उपयोगं करोमि । |
| 00:52 | 'ब्लास्ट्' (BLAST), एतत् ‘बेसिक् लोकल् अलैन्मेंट् सर्च् टूल्’ इत्यस्य सङ्क्षिप्तं रूपम् । |
| 00:57 | एतत् सिक्वेन्स् सम्बद्धां सूचनां दर्शयितुम् उपलभ्यमानं किञ्चन अल्गोरिदम् वर्तते। |
| 01:02 | एतत् प्रोग्राम्, “न्यूक्लियोटैड्” अथवा प्रोटीन् सीक्वेन्स् डेटाबेस् मध्ये विद्यमान-सीक्वेन्स् एतैः सह सादृश्यं कल्पयति । तथा कल्पितानां संख्याशास्त्रीयप्रामुख्यम् अनुजानाति । |
| 01:14 | BLAST रन् कर्तुं द्वे विभिन्ने मार्गे स्तः । |
| 01:17 | भवतां यन्त्रे लोकल् BLAST कुर्वन्तु अथवा NCBI सर्वर् द्वारा, अन्तर्जाले BLAST रन् कुर्वन्तु । |
| 01:24 | बयोपैथन् मध्ये ब्लास्ट् रन् करणं द्विस्तरात्मकं भवति । |
| 01:28 | प्रथमं, भवतां “क्वैरि सीक्वेन्स्” निमित्तम् BLAST रन् कृत्वा औट्पुट् प्राप्नुवन्तु । |
| 01:33 | द्वितीयम्, अधिकविश्लेषणार्थं “ब्लास्ट्” औट्पुट् पार्स् कुर्वन्तु । |
| 01:38 | वयं टर्मिनल् उद्घाट्य “न्यूक्लियोटैड् सीक्वेन्स्” निमित्तं ब्लास्ट् रन् कुर्मः । |
| 01:43 | Ctrl, Alt तथा T कीलकानि एककाले नोदयित्वा टर्मिनल् उद्घाटयन्तु । |
| 01:48 | प्राम्प्ट् मध्ये ipython इति टण्कनं कृत्वा Enter नुदन्तु । |
| 01:52 | अस्मिन् अनुशिक्षणे NCBI BLAST सौलभ्यमुपयुज्य ब्लास्ट् इतीदम् अन्तर्जाले कथं रन् करणीयमिति अहं प्रदर्शयामि । |
| 02:01 | प्राम्प्ट् मध्ये इत्थं टण्कनं कुर्वन्तु : from Bio.Blast Import NCBIWWW तथा Enter नुदन्तु । |
| 02:14 | तदनन्तरं अन्तर्जाले BLAST रन् कर्तुं प्राम्प्ट् मध्ये इत्थं टण्कनं कुर्वन्तु : result = NCBIWWW.qblast ("blastn", "nt", "186429"). |
| 02:20 | वयं NCBIWWW माड्यूल् मध्ये, qblast फङ्क्षन् उपयोगं कुर्मः । |
| 02:25 | qblast फङ्क्षन्, त्रीणि आर्ग्यूमेण्ट्स् स्वीकरोति । |
| 02:29 | प्रथमं आर्ग्युमेण्ट्, सर्च्-निमित्तम् उपयुज्यमानं blast इत्याख्यं प्रोग्राम् । |
| 02:33 | द्वितीयम् – अन्विष्यमाणानि डेटाबेस् इत्येतानि सूचयति । |
| 02:38 | तृतीयम् आर्ग्युमेण्ट् - ’क्वैरि सीक्वेन्स्’ अस्ति । |
| 02:43 | क्वैरि सीक्वेन्स् निमित्तम् इन्पुट् GI (जिऐ) संख्या, अथवा 'FASTA' फैल् रूपेणापि भवितुमर्हति अथवा एतत् ’सीक्वेन्स् रेकार्ड् आब्जेक्ट्’ अपि भवितुमर्हति । |
| 02:53 | एतत् प्रदर्शनाय, एकं ’न्यूक्लियोटैड् सीक्वेन्स्’ निमित्तं अहं ’GI सङ्ख्या’याः उपयोगं करोमि । |
| 02:58 | 'GI सङ्ख्या ', 'इन्सुलिन्' इत्यस्य एकं ’न्यूक्लियोटैड् सीक्वेन्स्’ निमित्तम् अस्ति । |
| 03:03 | qblast फङ्क्षन्, अनेकानि इतराणि चितानि आर्ग्युमेण्ट्स् अपि स्वीकरोति । |
| 03:09 | एतानि आर्ग्युमेण्ट्स्, भवद्भिः BLAST जालपुटे युज्यमानानां विभिन्न-प्यारामीटर्स् इत्येतेषां सादृश्यं भजते। |
| 03:15 | qblast फङ्क्षन्, BLAST फलितांशान् xml फार्माट् मध्ये प्रत्यर्पयति । |
| 03:20 | टर्मिनल् प्रति प्रत्यागच्छतु । |
| 03:22 | अस्माभिः योग्यं ’ब्लास्ट्’ प्रोग्राम् उपयोगः करणीयः । |
| 03:25 | एतत्, अस्माकं ’क्वैरि सीक्वेन्स्’, तथा ’न्यूक्लियोटैड्’ अस्ति वा अथवा ’प्रोटीन् सीक्वेन्स्’ अस्ति वा इत्येतत् अवलम्बते । |
| 03:30 | अस्माकं प्रश्नः ’न्यूक्लियोटैड्’ इत्यतः वयं blastn प्रोग्राम् उपयोगं कुर्मः, "nt" इत्येतत्, nucleotide डेटाबेस् सूचयति । |
| 03:39 | एतस्य विषये विवरणानि NCBI BLAST जालपुटे उपलभ्यन्ते । |
| 03:45 | ’ब्लास्ट्’ औट्पुट् result इत्याख्ये वेरियेबल् मध्ये xml फ़ैल्-रूपेण स्टोर् कृतम् अस्ति । |
| 03:51 | Enter नुदन्तु । |
| 03:53 | भवताम् अन्तर्जालवेगमवलम्ब्य BLAST सर्च् समापयितुं केचन निमेषाः आवश्यकाः । |
| 03:59 | इतोऽपि परिष्कारात् पूर्वं xml फ़ैल् डिस्क् मध्ये सेव् करणं मुख्यम् । |
| 04:05 | xml फ़ैल् रक्षितुं अधोनिर्दिष्टानि वाक्यानि टैप् कुर्वन्तु । |
| 04:09 | कोड् इत्यस्य एतानि वाक्यानि, अन्वेषणस्य फलितांशान् blast.xml इति, home फ़ोल्डर् मध्ये सेव् करोति । |
| 04:18 | भवतां home फ़ोल्डर् गच्छन्तु, फैल् अभिजानन्तु । |
| 04:21 | फैल् उपरि क्लिक् कृत्वा तत्र विद्यमानं परीक्षन्ताम् । |
| 04:30 | भवन्तः एकं FASTA फ़ैल् क्वैरि इव उपयोगं कर्तुम् इच्छन्ति चेत्, एतत् टेक्स्ट् फ़ैल् मध्ये दर्शितं कोड् उपयोगं कुर्वन्तु । |
| 04:36 | एकम् FASTA फ़ैल्-तः ’सीक्वेन्स् रेकार्ड् अब्जेक्ट्’, क्वैरि इव उपयोक्तुम् इच्छन्ति चेत्, तन्निमित्तं कोड् अत्र अस्ति । |
| 04:42 | टर्मिनल् प्रति आगच्छन्तु । |
| 04:44 | डेटा बहिरानेतुं ’फैल्’ पार्स्-करणम् अग्रिमं सोपानम् । |
| 04:48 | इन्पुट् निमित्तं xml फैल् उद्घाटनं पार्सिंग् इत्यस्य प्रथमं सोपानम् । |
| 04:53 | प्राम्प्ट्-मध्ये, अधोभागे निर्दिष्टं टङ्कयित्वा Enter नुदन्तु । |
| 04:57 | तदनन्तरम्, NCBIXML इति माड्यूल् "Bio.Blast" प्याकेज् तः इम्पोर्ट् कुर्वन्तु । |
| 05:05 | Enter की नुदन्तु । |
| 05:07 | ’ब्लास्ट्’ औट्पुट् पार्स् कर्तुं अधोनिर्दिष्टानि वाक्यानि टण्कयन्तु । |
| 05:11 | ब्लास्ट् औट्पुट् तः भवन्तः एक्स्ट्राक्ट् कर्तुम् इच्छन्तः सर्वान् अंशान् 'BLAST’ रेकार्ड् वहति । |
| 05:18 | अस्माकं ब्लास्ट् रिपोर्ट् मध्ये, किञ्चन निर्दिष्टपरिमाणात् अधिकं विद्यमान hit अधिकृत्य कांश्चन अंशान् वयं प्रिण्ट् कुर्मः । |
| 05:27 | अधोनिर्दिष्टं कोड् टण्कयन्तु । |
| 05:30 | एकं मेच् महत्त्वभूतं स्यात् चेत् तदर्थं, निरीक्षितं 'स्कोर्', 0.01 तः न्यूनं भवितव्यम् । |
| 05:37 | एकैकं hsp इत्युक्ते, 'है स्कोरिंग् पेर्' निमित्तं वयं title, length, hsp score, gaps expect value च प्राप्नुमः । |
| 05:49 | क्वैरियुक्त-स्ट्रिङ्ग्स्, अलैन्-कृतं डेटाबेस् सीक्वेन्स्, म्याच् तथा मिस्-म्याच् स्थानसूचकानि स्ट्रिङ्ग्स् अपि वयं प्रिंट् करिष्यामः । |
| 06:02 | औट्पुट् प्राप्तुं Enter की द्विवारं नुदन्तु । |
| 06:05 | औट्पुट् पश्यतु । |
| 06:09 | प्रत्येकं योजनेषु, वयं length, score, gaps, evalue तथा strings एतानि प्राप्तवन्तः । |
| 06:16 | Bio.Blast प्याकेज् मध्ये उपलब्धानि अन्यानि फङ्क्षन्स् उपयुज्य भवद्भिः अपेक्षिताः अंशाः प्राप्तुं शक्याः । |
| 06:24 | वयं अस्य अनुशिक्षणस्य अन्ते स्मः । |
| 06:26 | सङ्क्षेपेण,अस्मिन् अनुशिक्षणे वयं GI संख्यामुपयुज्य ‘न्यूक्लियोटैड् सीक्वेन्स् क्वैरि’ निमित्तम् ब्लास्ट् रन् कर्तुं, |
| 06:36 | तथा Bio.Blast.Record माड्यूल् उपयुज्य BLAST औट्पुट् पार्स् कर्तुं पठितवन्तः । |
| 06:43 | गृहकार्यम् – भवद्भिः चितस्य एकस्य ‘प्रोटीन् सीक्वेन्स्’ निमित्तम् BLAST Search रन् कुर्वन्तु । |
| 06:50 | औट्पुट् सञ्चिकां सेव् कृत्वा तस्यां वर्तमानान् डेटा पार्स् कुर्वन्तु । |
| 06:55 | अस्यां सञ्चिकायां यथा दर्शितं तद्वत् भवद्भिः समापितं गृहकार्यं अधोनिर्दिष्ट-कोड् वाक्ययुक्तं भवेत् । |
| 07:01 | कोड् अवलोकयन्तु । अस्माकं क्वैरि प्रोटीन् सिक्वेन्स् इत्यतः अस्माभिः BLAST सर्च् निमित्तं blastp प्रोग्राम् तथा "nr" नाम नान्-रिडण्डण्ट् प्रोटीन् डेटाबेस् उपयुक्तम् । |
| 07:16 | अस्यां पर्चन्यां वर्तमानं वीडियो स्पोकन् ट्युटोरियल् योजनां विवृणोति । |
| 07:20 | कृपया एतत् डौन्लोड् कृत्वा पश्यतु । |
| 07:22 | स्पोकन् ट्युटोरियल् प्राजेक्ट् गणः कार्यशालाः सञ्चालयति तथा आन्लैन् परीक्षाः अपि चालयति । उत्तीर्णेभ्यः प्रमाणपत्रं च यच्छति । |
| 07:30 | अधिकविवरणार्थम् अस्माकं सम्पर्कं कुर्वन्तु । |
| 07:33 | स्पोकन् ट्युटोरियल् योजना राष्ट्रियसाक्षरतामिषन् ICT, MHRD द्वारा भारतसर्वकारस्य सहयोगं प्राप्तवती अस्ति । |
| 07:40 | अस्याः योजनायाः विषये अधिकं विवरणम् अत्र पर्चन्याम् उपलभ्यते । |
| 07:45 | अस्य अनुशिक्षणस्य अनुवादकः डा. उदयन हेगडे, प्रवाचकश्च नवीनभट्टः, उप्पिनपट्टनम् । धन्यवादाः । |
