Difference between revisions of "UCSF-Chimera/C4/Attributes/Bengali"

From Script | Spoken-Tutorial
Jump to: navigation, search
(Created page with "{| border=1 ! <center>Time</center> ! <center>Narration</center> |- | 00:01 | Attributes এর এই টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্ব...")
 
 
Line 1: Line 1:
 
{| border=1
 
{| border=1
−
! <center>Time</center>
+
| <center>Time</center>
−
! <center>Narration</center>
+
| <center>Narration</center>
  
 
|-
 
|-
−
| 00:01
+
|00:01  
−
| Attributes এর এই টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত।
+
| Attributes এর এই টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত।
  
 
|-
 
|-
−
| 00:06
+
|00:05
−
| এখানে আমরা শিখব পরমাণু এবং residues এর জন্য লেবেল দেখানো।
+
|এখানে আমরা শিখব: পরমাণু, রেসিডিউ এবং মডেলের বৈশিষ্ট্য বদলানো।
  
 
|-
 
|-
−
| 00:12
+
|00:13
−
| Select menu দ্বারা বা Picking দ্বারা পরমাণু এবং residues চয়ন করা।
+
| B-factor ভ্যালু অনুযায়ী প্রোটিনে পরমাণু রঙ করা।
−
 
+
 
|-
 
|-
−
| 00:17
+
|00:18
−
| residues এর রঙ এবং প্রদর্শন বদলানো।
+
|kdHydrophobicity ভ্যালু অনুযায়ী রেসিডিউ রঙ করা।
  
 
|-
 
|-
−
| 00:21
+
|00:24
−
| পরমাণু যুক্ত করা, মোছা বা বদলানো, বন্ড ঘোরানো।
+
| টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে, Chimera ইন্টারফেসের সাথে পরিচিত হতে হবে। না হলে, প্রাসঙ্গিক টিউটোরিয়ালের জন্য, আমাদের ওয়েবসাইটে যান।
  
 
|-
 
|-
−
| 00:27
+
|00:33
−
| ডিসপ্লে উইন্ডোতে একাধিক মডেল খুলুন। মডেল চয়ন করে স্থানান্তর করুন।
+
| টিউটোরিয়ালটি রেকর্ড করতে ব্যবহার করছি Ubuntu OS সংস্করণ 14.04, Chimera সংস্করণ 1.10.2, Mozilla Firefox ব্রাউজার 42.0 এবং একটি কার্যকর ইন্টারনেট সংযোগ।
  
 
|-
 
|-
−
| 00:34
+
|00:50
−
| টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে আপনার স্নাতক স্তরের Biochemistry সম্পর্কে জানতে হবে।
+
| এখানে, আমি একটি Chimera উইন্ডো খুলেছি।
  
 
|-
 
|-
−
| 00:40
+
|00:54
−
| বা structural biology জানতে হবে। প্রাসঙ্গিক টিউটোরিয়ালের জন্য, আমাদের ওয়েবসাইটে যান।
+
|কমান্ড লাইন দ্বারা, Leucine zipper এর গঠন খুলুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 00:47
+
| 00:52
−
| টিউটোরিয়ালটি রেকর্ড করতে ব্যবহার করছি Ubuntu Operating System সংস্করণ 14.04.
+
|কমান্ড টেক্সট বাক্সে লিখুন: open 1zik. এন্টার টিপুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 00:52
+
|01:05
−
|Chimera সংস্করণ 1.10.2
+
| প্যানেলে মডেল ribbons হিসাবে দেখায়।
  
 
|-
 
|-
−
| 00:57
+
|01:10
−
| Mozilla Firefox ব্রাউজার 35.0
+
|Presets মেনু দ্বারা ডিসপ্লে Interactive 2 তে বদলান।
  
 
|-
 
|-
−
| 01:01
+
|01:14
−
| এবং একটি কার্যকর ইন্টারনেট সংযোগ।
+
| জলের অণু লুকোতে কমান্ড লাইনে লিখুন delete solvent, এন্টার টিপুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 01:04
+
|01:22 
−
| এখানে আমি একটি Chimera উইন্ডো খুলেছি।
+
| ডিসপ্লে স্টিকে বদলাতে লিখুন: rep stick, এন্টার টিপুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 01:07
+
|01:30
−
| rapid access window তে, এখন ব্যবহৃত ডেটার সূচী থেকে 1zik এ ক্লিক করুন।
+
| কাঠামোতে হাইড্রোজেন জুড়তে লিখুন addh.
  
 
|-
 
|-
−
| 01:15
+
|01:36
−
| graphics window তে Leucine zipper এর একটি মডেল খোলে।
+
| এখন, শিখি যে এই কাঠামোর জন্য পরমাণু এবং রেসিডিউয়ের বৈশিষ্ট্য কিভাবে বদলায়।
  
 
|-
 
|-
−
| 01:20
+
|01:43
−
| কাঠামোর ভিন্ন ভিন্ন উপাদান যেমন: রেসিডিউ, পরমাণু, বন্ড ইত্যাদি Chimera তে উপলব্ধ টুল দ্বারা সংশোধন করা যেতে পারে।
+
| Attributes হল নাম এবং ভ্যালুর সাথে বৈশিষ্ট্য।
−
 
+
 
|-
 
|-
−
| 01:31
+
|01:47 
−
| প্রথম ধাপ হল চয়ন করা।
+
|Chimera তে আইটেম যেমন পরমাণু, বন্ড, রেসিডিউ এবং আণবিক মডেলের বৈশিষ্ট্য রয়েছে।
  
 
|-
 
|-
−
| 01:34
+
|01:54
−
| চয়ন করার বিভিন্ন উপায় রয়েছে: মেনু বারে Select মেনু ব্যবহার করে।
+
| Attributes বদলানোর বিভিন্ন উপায় রয়েছে।
  
 
|-
 
|-
−
| 01:40
+
|01:57
−
| graphics উইন্ডো থেকে Picking
+
| Favorites মেনু দ্বারা Model Panel খুলুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 01:43
+
|02:01
−
| কমান্ড লাইনে কমান্ড লিখে বা Favorites মেনুতে স্থিত Model Panel এবং Sequence বিকল্প চয়ন করে
+
|স্ক্রিনে Model Panel ডায়লগ বাক্স খোলে।
  
 
|-
 
|-
−
| 01:53
+
|02:05
−
| chimera উইন্ডোতে ফিরে যান।
+
|প্যানেলে ডান দিকে attributes বোতামে ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 01:55
+
|02:10 
−
| Leucine zipper মোটিফ leucine রেসিডিউয়ের পর্যায়ক্রমিক পুনরাবৃত্তি দ্বারা হয়।
+
|স্ক্রিনে 1zik এর জন্য Attributes ডায়লগ বাক্স খোলে।
  
 
|-
 
|-
−
| 02:02
+
|02:15
−
| এখন দেখাই যে এই কাঠামোতে স্থিত leucine কিভাবে লক্ষণীয় করে।
+
|ডায়ালগ বাক্সে attribute তালিকা রয়েছে।
  
 
|-
 
|-
−
| 02:08
+
|02:18 
−
| প্রিসেট মেনু থেকে interactive 2 বিকল্প চয়ন করুন।
+
| তালিকায় Molecule Attributes এবং তার কম্পোনেন্ট পরমাণু, বন্ড এবং রেসিডিউ বৈশিষ্ট্য রাখে।
  
 
|-
 
|-
−
| 02:12
+
|02:28
−
| এটি কাঠামোকে পরমাণু ডিসপ্লেতে দেখাবে। Select মেনু থেকে Residue বিকল্প চয়ন করুন।
+
|Molecule Attributes চয়ন করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 02:20
+
|02:31
−
| সাব-মেনুতে অনেক বিকল্প রয়েছে।
+
|উপলব্ধ attributes উইন্ডোতে তালিকাবদ্ধ।
  
 
|-
 
|-
−
| 02:23
+
|02:35
−
| অ্যামিনো অ্যাসিড ক্যাটাগরী মেনুতে এই অ্যামিনো অ্যাসিড গ্রুপ রয়েছে: aliphatic, aromatic, hydrophobic, polar ইত্যাদি।
+
| উদাহরণস্বরূপ - অ্যারোমেটিক রিং এর ডিসপ্লে বদলাতে, aromatic display এর পাশের বোতামে ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 02:34
+
|02:42
−
| এই কাঠামোতে স্থিত অ্যামিনো অ্যাসিড রেসিডিউয়ের সূচী স্ট্যান্ডার্ড অ্যামিনো অ্যাসিড মেনুতে উপলব্ধ।
+
|ড্রপ ডাউন থেকে True চয়ন করুন।
−
 
+
−
leucine এ ক্লিক করুন।
+
  
 
|-
 
|-
−
| 02:42
+
|02:45 
−
| সকল leucine রেসিডিউ এখন লক্ষণীয় হয়।
+
| Aromatic ring style এ disk চয়ন করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 02:46
+
|02:49
−
| actions মেনুতে ক্লিক করুন এবং color চয়ন করুন।
+
|aromatic color এর পাশে color well এ ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 02:49
+
|02:53
−
|আমি রঙের সূচী থেকে হলুদ চয়ন করব। সকল leucines এখন হলুদ রঙে দেখায়।
+
|color editor থেকে রঙ চয়ন করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 02:57
+
|02:56
−
| চয়ন মুছে ফেলতে, Select মেনুতে ক্লিক করুন। তারপর Clear selection বিকল্পে ক্লিক করুন।
+
|ডায়লগ বাক্স বন্ধ করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 03:03
+
|02:59 
−
| Leucine, hydrophobic হওয়ায় এটি প্রোটিনের hydrophobic কোষে আবদ্ধ।
+
| প্যানেল পর্যবেক্ষণ করুন। সকল aromatic rings কেন্দ্রে ডিস্কের সাথে দেখায়।
  
 
|-
 
|-
−
| 03:09
+
|03:06 
−
| Presets বিকল্প দ্বারা প্রদর্শন রিবনসে বদলান। Interactive 1 এ ক্লিক করুন।
+
| কাঠামোর ডিসপ্লে ball and stick এ বদলান।
  
 
|-
 
|-
−
| 03:17
+
|03:10
−
| স্ক্রীন থেকে রেসিডিউ চয়ন করতে কার্সার কাঠামোর উপর রাখুন।
+
|কমান্ড লাইনে লিখুন rep bs.
  
 
|-
 
|-
−
| 03:22
+
|03:16
−
| সনাক্তকরণ তথ্য সহ একটি pop-up balloon দেখায়।
+
| Attributes ডায়লগ বাক্সে, পরমাণুগুলির Van der Walls ব্যাসার্ধ বদলান।
  
 
|-
 
|-
−
| 03:26
+
|03:22
−
|এতে residue এর নাম, নম্বর এবং চেনের মত তথ্য রয়েছে।
+
|ball scale এর ভ্যালু বদলে 0.5 করুন। এন্টার টিপুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 03:32
+
|03:27 
−
| আপনি কার্সার সরালে balloon অদৃশ্য হয়ে যায়।
+
|প্যানেল পর্যবেক্ষণ করুন। পরমাণু অনেক বড় পরমাণু ব্যাসার্ধের সাথে দেখায়।
  
 
|-
 
|-
−
| 03:36
+
|03:33 
−
| কার্সার চেন A এর প্রথম residue তে নিয়ে আসুন, যা হল arginine.
+
|Molecular Attributes চেক বাক্সে আবার ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 03:41
+
|03:38
−
| কীবোর্ডের CTRL কী টিপে ধরে থাকুন এবং মাউসের বাম বোতামে ক্লিক করুন। CTRL কী ছেড়ে দিন।
+
|তালিকা থেকে Component Atom Attributes এ ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 03:49
+
|03:43 
−
| রেসিডিউয়ের আউটলাইন লক্ষণীয় হয়। ডিফল্টরূপে চয়ন সবুজ রঙে থাকে।
+
| সংশ্লিষ্ট উইন্ডোতে, atom style বোতামে ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 03:57
+
|03:48
−
| আপনি একাধিক চয়ন করতে চাইলে; কীবোর্ডে CTRL এবং Shift উভয় কী টিপে ধরে থাকুন।
+
|ড্রপ ডাউন মেনুতে অনেক বিকল্প রয়েছে।
  
 
|-
 
|-
−
| 04:04
+
|03:51
−
| মাউস পেপটাইড চেনের উপর রাখুন। আপনার পছন্দের residues তে ক্লিক করুন।
+
|ডিসপ্লে cpk তে বদলাতে sphere এ ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 04:10
+
|03:55
−
| কীবোর্ড থেকে CTRL এবং Shift উভয় কী ছেড়ে দিন।
+
|প্যানেল পর্যবেক্ষণ করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 04:14
+
|03:57
−
| এখন আপনি সংশোধনের জন্য রেসিডিউ চয়ন করেছেন।
+
|sticks ডিসপ্লেতে ফিরে যেতে dot চয়ন করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 04:18
+
|04:02
−
| Actions মেনু থেকে একটি বিকল্প চয়ন করুন। Actions মেনুতে ক্লিক করুন।
+
| এখন Component Bond Attributes এ ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 04:23
+
|04:10
−
| উদাহরণস্বরূপ পরমাণু প্রদর্শন করতে, atoms/bonds চয়ন করুন।
+
|এখানে bond style কে stick বা wire এ বদলানোর বিকল্প রয়েছে।
−
 
+
−
Show তে ক্লিক করুন।
+
  
 
|-
 
|-
−
| 04:30
+
|04:13
−
| চয়নিত রেসিডিউ এখন পরমাণুর প্রদর্শনে দেখায়। চয়ন মুছে ফেলুন।
+
| Component Residue Attributes এ ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 04:36
+
|04:17
−
| আমরা Picking এর কাঠামোতে স্থিত পরমাণু বা বন্ডে পরিবর্তন করতে পারি।
+
|এখানে ribbon এর বৈশিষ্ট্য বদলানোর বিকল্প রয়েছে।
  
 
|-
 
|-
−
| 04:42
+
|04:22
−
| কার্সারকে একটি অবজেক্ট যেমন একটি পরমাণু বা বন্ডে রাখুন।
+
| Presets মেনু ব্যবহার করে, প্যানেলে স্ট্রাকচারের ডিসপ্লে ribbons এ বদলান।
−
 
+
 
|-
 
|-
−
| 04:47
+
|04:28 
−
| এটি তার লেবেলের তথ্য একটি atomspec balloon এ দেখাবে।
+
|এখন Attribute ডায়ালগ বাক্সে ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 04:52
+
|04:32
−
| পরমাণুর জন্য Atomspec balloon এ এমন তথ্য রয়েছে যেমন: Residue এর নাম, নম্বর, চেইন এবং পরমাণুর নাম।
+
| Attribute ডায়লগ বক্সে, ribbon color এর পাশের color well এ ক্লিক করুন। রিবন রঙ চয়ন করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 05:01
+
|04:41
−
| পরমাণু চয়ন করতে, কীবোর্ডে CTRL কী টিপে ধরে থাকুন।
+
|color editor বন্ধ করতে close বিকল্পে ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 05:06
+
|04:46
−
| CTRL কী টিপে থাকার সময় সেই পরমাণুতে ক্লিক করুন যা বদলাতে চান।
+
| ribbon এবং scaling এর ক্রস-সেকশন বদলানোর বিকল্প রয়েছে।
  
 
|-
 
|-
−
| 05:11
+
|04:52
−
| পরমাণুটি এখন লক্ষণীয়। পরমাণুতে সংশোধন করতে CTRL কী ধরে রেখে পরমাণুতে ডাবল ক্লিক করুন।
+
|ডায়ালগ বক্স বন্ধ করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 05:20
+
|04:55
−
| context menu বিকল্প সহ খোলে।
+
|Presets মেনু ব্যবহার করে আবার পরমাণুর প্রদর্শন বদলান।
  
 
|-
 
|-
−
| 05:24
+
|05:00 
−
| Modify-atom বিকল্পে ক্লিক করুন। CTRL কী ছেড়ে দিন।
+
| Tools মেনু ব্যবহার করে Attributes বদলানো যেতে পারে।
  
 
|-
 
|-
−
| 05:30
+
|05:03
−
| Build Structure উইন্ডো খোলে।
+
| Tools মেনুতে ক্লিক করুন, Structure Analysis এ স্ক্রোল করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 05:33
+
|05:09
−
| চয়নিত পরমাণু বদলাই যা হল মিথাইল গ্রুপে নাইট্রোজেন।
+
|সাব-মেনু থেকে Render by Attribute বিকল্প চয়ন করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 05:38
+
|05:14 
−
| Build Structure উইন্ডোতে, ‘element এ carbon, bonds এ 4 এবং Apply বোতামে ক্লিক করুন।
+
| Render by attribute ডায়ালগ বাক্স খোলে।
  
 
|-
 
|-
−
| 05:49
+
|05:17
−
| প্যানেলটি দেখুন।
+
| এখানে পরমাণু, রেসিডিউ, অণু, segmentation regions ইত্যাদির বৈশিষ্ট্য বদলানোর বিকল্প রয়েছে।
  
 
|-
 
|-
−
| 05:51
+
|05:27
−
|মিথাইল গ্রুপ এখন বিদ্যমান কাঠামোতে জুড়ে গেছে। উইন্ডো বন্ধ করুন।
+
|atoms চয়ন করুন। Render এ ক্লিক করুন।
−
 
+
 
|-
 
|-
−
| 05:57
+
|05:32
−
| বন্ড ঘোরানোরও একটি বিকল্প রয়েছে।
+
| উপলব্ধ বিকল্প যাচাই করতে Attribute তালিকায় ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 06:00
+
|05:37
−
|যে বন্ড আপনি ঘোরাতে চান তার উপর কার্সর রাখুন।
+
|তালিকা দুটি বিকল্প দেখায়: bfactor এবং occupancy
  
 
|-
 
|-
−
| 06:04
+
|05:43
−
|বন্ড সম্পর্কিত তথ্য atomspec balloon এ দেখায়।
+
| এই দুটি বৈশিষ্ট্য ইনপুট PDB ফাইল থেকে পড়া যেতে পারে।
  
 
|-
 
|-
−
| 06:09
+
|05:48
−
| বন্ড চয়ন করতে, কার্সার বন্ডের উপর রাখুন।
+
| bfactor চয়ন করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 06:13
+
|05:50
−
| CTRL কী টিপে ধরে থাকুন। বাম মাউস বোতামে ক্লিক করুন।
+
|রঙিন উল্লম্ব বারের সাথে ভ্যালুর একটি হিস্টোগ্রাম দেখাবে।
  
 
|-
 
|-
−
| 06:18
+
|05:55
−
| চয়নিত বন্ড এখন লক্ষণীয় হয়েছে। CTRL কী টিপে থেকে বন্ডে ডবল ক্লিক করুন।
+
| B-factor ভ্যালু macromolecule এ গতিশীলতার মাপ দেয়।
  
 
|-
 
|-
−
| 06:26
+
|06:01
−
| কীবোর্ডে CTRL কী ছেড়ে দিন।
+
| কম B-factor ভ্যালুর পরমাণু যা সুব্যবস্থিত, স্ট্রাকচারের একটি অংশ।
  
 
|-
 
|-
−
| 06:29
+
|06:08
−
| context-menu খোলে। rotate bond বিকল্পে ক্লিক করুন।
+
|বড় B-factor ভ্যালুর পরমাণু যা খুব নমনীয়, স্ট্রাকচারের একটি অংশ।
  
 
|-
 
|-
−
| 06:35
+
|06:15
−
|স্ক্রীনে Build Structure ডায়লগ বাক্স দেখায়।
+
| প্রোটিনের কাঠামোর জন্য PDB ফাইল B-factor তথ্য রাখে।
  
 
|-
 
|-
−
| 06:39
+
|06:21
−
| ডায়ালগ বাক্সে স্থিত রোটেটিং টুলে ক্লিক করুন এবং ঘোরান।
+
|প্যানেলে ফিরে যান।
  
 
|-
 
|-
−
| 06:46
+
|06:23
−
| প্যানেলটি দেখুন। চয়নিত বন্ড এখন ঘুরছে।
+
|উল্লম্ব বার মাউস দিয়ে হিস্টোগ্রাম বরাবর টেনে আনা যেতে পারে।
  
 
|-
 
|-
−
| 06:51
+
|06:29
−
| আপনি কাঙ্ক্ষিত কোণে পৌঁছে গেলে ঘোরানো বন্ধ করুন। ডায়ালগ বাক্স বন্ধ করুন।
+
|B-factor এর ভ্যালু Value টেক্সট বাক্সে দেখায়।
  
 
|-
 
|-
−
| 06:57
+
|06:34
−
| চয়ন মুছে ফেলুন। আমরা চেন লক্ষণীয় করতে টুল মেনু থেকে Sequence বিকল্প ব্যবহার করতে পারি।
+
|নীল উল্লম্ব বারটিকে শূন্যে, লালকে 100 এ ড্রেগ করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 07:05
+
|06:41
−
| টুলস মেনুর নীচে যান এবং Sequence বিকল্পে ক্লিক করুন।
+
|তারপর সাদা বারকে 50 তে ফিক্স করুন।  
  
 
|-
 
|-
−
| 07:10
+
|06:45 
−
| সাব-মেনু থেকে Sequence চয়ন করুন।
+
|Colors বোতামে ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 07:13
+
|06:48
−
| Show model sequence ডায়লগ বাক্স দেখায়।
+
|color atoms, keep opaque এবং color surfaces চেক করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 07:17
+
|06:55
−
| আপনি Chain A চয়ন করতে চাইলে Chain A তে ক্লিক করুন। তারপর show তে ক্লিক করুন।
+
|ডিফল্ট কালার palette blue এবং red রয়েছে।
  
 
|-
 
|-
−
| 07:23
+
|06:59
−
| স্ক্রীনে অ্যামিনো অ্যাসিড ক্রম সহ আরেকটি ডায়ালগ বাক্স দেখায়।
+
|আপনি ড্রপ ডাউন মেনু দ্বারা কলর palette বদলাতে পারেন।
  
 
|-
 
|-
−
| 07:28
+
|07:04 
−
| amino acid residues একক অক্ষর সমাহার দ্বারা প্রদর্শিত হয়।
+
|Apply বোতামে ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 07:34
+
|07:07
−
|চয়ন করতে ক্রমে ক্লিক করুন।
+
| প্যানেল পর্যবেক্ষণ করুন। উচ্চ B-factor ভ্যালু সহ পরমাণু লাল এবং নিম্ন নীলে দেখায়।
  
 
|-
 
|-
−
| 07:37
+
|07:16
−
| প্যানেল লক্ষ্য করুন, Chain A এখন লক্ষণীয় হয়।
+
| প্রত্যাশিত, উচ্চ B-factor সহ পরমাণু কাঠামোর বাইরে রয়েছে।
  
 
|-
 
|-
−
| 07:41
+
|07:22
−
| উইন্ডো বন্ধ করতে Quit এ ক্লিক করুন।
+
| এখন, রেসিডিউসের বৈশিষ্ট্য বদলাই।
−
 
+
 
|-
 
|-
−
| 07:44
+
|07:26
−
|  Actions মেনুতে যান, Color এ স্ক্রোল করুন। হলুদ বিকল্পে ক্লিক করুন।
+
|Select by Attribute ডায়ালগ বাক্সে, Attributes বোতামে ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 07:50
+
|07:32
−
| Chain A এখন হলুদ রঙে দেখায়। চয়ন মুছে ফেলুন।
+
|ড্রপ ডাউন থেকে, residues চয়ন করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 07:55
+
|07:36
−
| আমরা Chimera window তে একাধিক কাঠামো খুলতে পারি।
+
| Render এ ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 07:59
+
|07:38
−
| দ্বিতীয় কাঠামো খুলতে ফাইল মেনু নীচে স্ক্রোল করুন।
+
|রেসিডিউয়ের জন্য সেই বৈশিষ্ট্য kdHydrophobicity scale রাখে।
  
 
|-
 
|-
−
| 08:03
+
|07:44
−
| Fetch by ID তে ক্লিক করুন।
+
| ড্রপ ডাউন মেনু থেকে kdHydrophobicity এ ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 08:06
+
|07:48
−
| Fetch structure by ID ডায়ালগ বাক্স খোলে।
+
|হিস্টোগ্রামে ভ্যালু দেখায়।
  
 
|-
 
|-
−
| 08:11
+
|07:52  
−
| PDB বিকল্প চয়ন করুন। তারপর 4 অক্ষরের PDB code লিখুন। উদাহরণস্বরুপ human insulin এর জন্য 4ex1 লিখুন।
+
|kdHydrophobicity scales সেই ভ্যালু যা অ্যামিনো অ্যাসিড রেসিডিউয়ের আপেক্ষিক হাইড্রোফোবিসিটি সংজ্ঞায়িত করে।
−
|-
+
−
| 08:23
+
−
| fetch বোতামে ক্লিক করুন।
+
  
 
|-
 
|-
−
| 08:25
+
|08:00
−
| প্যানেলে দুটি প্রোটিন কাঠামো অপরের একে উপরে আসে।
+
| KdHydrophobicity ভ্যালু hydrophobic residues এর জন্য পজিটিভ এবং polar residues এর জন্য নেগেটিভ হয়।
  
 
|-
 
|-
−
| 08:29
+
|08:09
−
| দুটি ওভারল্যাপিং কাঠামো আলাদা করতে: আমাদের একটি মডেল চয়ন করে প্যানেলে আনতে হবে।
+
|রেসিডিউয়ের Hydrophobicity, colors বা worms দেখা যেতে পারে।
  
 
|-
 
|-
−
| 08:36
+
|08:15
−
| favorites মেনু দ্বারা Command line খুলুন।
+
|Colors চয়ন করুন। ডিফল্টরূপে, কিছু প্যারামিটার চয়নিত।
  
 
|-
 
|-
−
| 08:39
+
|08:21
−
|Command line উইন্ডোর নীচের অংশে দেখায়।
+
|Apply বোতামে ক্লিক করুন। প্যানেল পর্যবেক্ষণ করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 08:43
+
|08:26
−
|মডেল জিরো আনচেক করতে ক্লিক করুন, যা leucine zipper দেখায়।
+
|hydrophobic residues এর রঙ লাল এবং  polar residues এর রঙ নীল হয়।
  
 
|-
 
|-
−
| 08:48
+
|08:33
−
| কার্সারটি insulin কাঠামোতে আনুন: মাউসের মাঝের বোতাম টিপুন।
+
| Worms বোতামে ক্লিক করুন। Apply তে ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 08:54
+
|08:38
−
| তারপর মডেলটি প্যানেলের পছন্দসই স্থানে সরানোর জন্য টানুন। মাউস বোতামে ছেড়ে দিন।
+
|প্যানেলটি দেখুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 09:01
+
|08:41
−
| মডেলটি চয়নপূর্বক স্ক্রীন থেকে সরাতে Favorites মেনু দ্বারা মডেল প্যানেল খুলুন।
+
|Worms হল সংশোধিত রিবনর্স যা ব্যাসার্ধে পরিবর্তিত হয়।
−
|-
+
−
| 09:08
+
−
|Model Panel ডায়লগ বাক্স দেখায়।
+
  
 
|-
 
|-
−
| 09:11
+
| 08:47
−
| যে মডেল আপনি সরাতে চান সেই model ID তে ক্লিক করে তা চয়ন করুন।
+
| অধিকাংশ hydrophobic residues স্ট্রাকচারের ভেতরের দিকে হয়।
  
 
|-
 
|-
−
| 09:16
+
|08:52
−
|উদাহরণস্বরূপ আমি স্ক্রীন থেকে insulin মডেল সরাতে চাই।
+
|ডিফল্টরূপে, বড় hydrophobic residues বড় ব্যাসার্ধ দিয়ে দেখাবে।
  
 
|-
 
|-
−
| 09:21
+
|09:00 
−
|model ID তে ক্লিক করুন। Close বিকল্পে ক্লিক করুন।
+
| স্ট্রাকচারকে সাধারণ রিবন্সে ফিরিয়ে আনতে।
  
 
|-
 
|-
−
| 09:26
+
|09:03
−
| প্যানেলটি দেখুন। insulin এর মডেল এখন স্ক্রীন থেকে সরে গেছে।
+
|worm-style এ ক্লিক করুন এবং non-worm বিকল্প চয়ন করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 09:32
+
|09:09
−
|মডেল প্যানেল উইন্ডো বন্ধ করুন।
+
|OK বোতামে ক্লিক করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 09:34
+
|09:12
−
| আমরা এই টিউটোরিয়ালের শেষে এসেছি।
+
| File মেনু ব্যবহার করে Chimera সেশন বন্ধ করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 09:37
+
|09:16
−
| আমরা যা শিখেছি তা সংক্ষিপ্তকরণ করি।
+
|এটি সংক্ষিপ্তকরণ করি, এখানে আমরা শিখেছি: পরমাণু, রেসিডিউ এবং মডেলের বৈশিষ্ট্য বদলানো।
−
|-
+
−
| 09:40
+
−
| এখানে আমরা পরমাণু এবং residues এর লেবেল করা শিখেছি।
+
  
 
|-
 
|-
−
| 09:46
+
|09:25
−
| Select menu দ্বারা বা Picking দ্বারা পরমাণু এবং residues চয়ন করা।
+
|B-factor ভ্যালু অনুযায়ী প্রোটিনে পরমাণু রঙ করা।
  
 
|-
 
|-
−
| 09:51
+
|09:30
−
| residues এর রঙ এবং প্রদর্শন বদলানো।
+
| kdHydrophobicity ভ্যালু অনুযায়ী রেসিডিউ রঙ করা।
  
 
|-
 
|-
−
| 09:55
+
|09:35
−
| পরমাণু যোগ করা, মোছা বা বদলানো, বন্ড ঘোরানো।
+
| অনুশীলনী হিসাবে, প্যানেলে hemoglobin (PDB code: 2HCO) এর মডেল খুলুন। B-factor ভ্যালু অনুযায়ী পরমাণু রঙ করুন।
−
 
+
 
|-
 
|-
−
| 10:00
+
|09:44
−
| ডিসপ্লে উইন্ডোতে একাধিক মডেল খোলা। মডেল চয়ন করা এবং সরানো।
+
|kdHydrophobicity ভ্যালু অনুযায়ী রেসিডিউ রঙ করুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 10:06
+
|09:49
−
| অনুশীলনীর জন্য  chimera উইন্ডোতে human insulin, pdb code 4ex1 এর কাঠামো খুলুন।
+
| নিম্ন লিঙ্কে উপলব্ধ ভিডিওটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে দেখায়। এটি ডাউনলোড করে দেখুন।
  
 
|-
 
|-
−
| 10:14
+
|09:56
−
|সকল hydrophobic অ্যামিনো অ্যাসিড residues কে নীল রঙ করুন।
+
| স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল কর্মশালার আয়োজন করে এবং অনলাইন পরীক্ষা পাস করলে প্রশংসাপত্র দেয়।
−
|-
+
−
| 10:19
+
−
|সকল polar residues কে লাল রঙ করুন।
+
  
 
|-
 
|-
−
| 10:23
+
|10:04
−
|আপনার সম্পন্ন কাজ নিম্নরূপ হওয়া উচিত।
+
| স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প ভারত সরকারের NMEICT, MHRD দ্বারা পরিচালিত।
−
 
+
−
|-
+
−
|  10:29
+
−
| নিম্ন লিঙ্কে উপলব্ধ ভিডিওটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে দেখায়।
+
−
 
+
−
এটি ডাউনলোড করে দেখুন।
+
−
 
+
−
|-
+
−
| 10:36
+
−
|  স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল কর্মশালার আয়োজন করে এবং অনলাইন পরীক্ষা পাস করলে প্রশংসাপত্র দেয়।
+
−
 
+
−
অধিক জানতে আমাদের লিখুন।
+
−
 
+
−
|-
+
−
|  10:45
+
−
|  স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প ভারত সরকারের NMEICT, MHRD দ্বারা পরিচালিত।
+
−
 
+
−
এই মিশনের সম্পর্কে আরো তথ্য এই লিঙ্কে প্রাপ্তিসাধ্য।
+
  
 
|-
 
|-
−
| 10:55
+
|10:10
−
| আই আই টী বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। অংশগ্রহনের জন্যে ধন্যবাদ।
+
| আই আই টী বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। অংশগ্রহনের জন্যে ধন্যবাদ।
  
 
|}
 
|}

Latest revision as of 11:17, 18 September 2018

Time
Narration
00:01 Attributes এর এই টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত।
00:05 এখানে আমরা শিখব: পরমাণু, রেসিডিউ এবং মডেলের বৈশিষ্ট্য বদলানো।
00:13 B-factor ভ্যালু অনুযায়ী প্রোটিনে পরমাণু রঙ করা।
00:18 kdHydrophobicity ভ্যালু অনুযায়ী রেসিডিউ রঙ করা।
00:24 টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে, Chimera ইন্টারফেসের সাথে পরিচিত হতে হবে। না হলে, প্রাসঙ্গিক টিউটোরিয়ালের জন্য, আমাদের ওয়েবসাইটে যান।
00:33 টিউটোরিয়ালটি রেকর্ড করতে ব্যবহার করছি Ubuntu OS সংস্করণ 14.04, Chimera সংস্করণ 1.10.2, Mozilla Firefox ব্রাউজার 42.0 এবং একটি কার্যকর ইন্টারনেট সংযোগ।
00:50 এখানে, আমি একটি Chimera উইন্ডো খুলেছি।
00:54 কমান্ড লাইন দ্বারা, Leucine zipper এর গঠন খুলুন।
00:52 কমান্ড টেক্সট বাক্সে লিখুন: open 1zik. এন্টার টিপুন।
01:05 প্যানেলে মডেল ribbons হিসাবে দেখায়।
01:10 Presets মেনু দ্বারা ডিসপ্লে Interactive 2 তে বদলান।
01:14 জলের অণু লুকোতে কমান্ড লাইনে লিখুন delete solvent, এন্টার টিপুন।
01:22 ডিসপ্লে স্টিকে বদলাতে লিখুন: rep stick, এন্টার টিপুন।
01:30 কাঠামোতে হাইড্রোজেন জুড়তে লিখুন addh.
01:36 এখন, শিখি যে এই কাঠামোর জন্য পরমাণু এবং রেসিডিউয়ের বৈশিষ্ট্য কিভাবে বদলায়।
01:43 Attributes হল নাম এবং ভ্যালুর সাথে বৈশিষ্ট্য।
01:47 Chimera তে আইটেম যেমন পরমাণু, বন্ড, রেসিডিউ এবং আণবিক মডেলের বৈশিষ্ট্য রয়েছে।
01:54 Attributes বদলানোর বিভিন্ন উপায় রয়েছে।
01:57 Favorites মেনু দ্বারা Model Panel খুলুন।
02:01 স্ক্রিনে Model Panel ডায়লগ বাক্স খোলে।
02:05 প্যানেলে ডান দিকে attributes বোতামে ক্লিক করুন।
02:10 স্ক্রিনে 1zik এর জন্য Attributes ডায়লগ বাক্স খোলে।
02:15 ডায়ালগ বাক্সে attribute তালিকা রয়েছে।
02:18 তালিকায় Molecule Attributes এবং তার কম্পোনেন্ট পরমাণু, বন্ড এবং রেসিডিউ বৈশিষ্ট্য রাখে।
02:28 Molecule Attributes চয়ন করুন।
02:31 উপলব্ধ attributes উইন্ডোতে তালিকাবদ্ধ।
02:35 উদাহরণস্বরূপ - অ্যারোমেটিক রিং এর ডিসপ্লে বদলাতে, aromatic display এর পাশের বোতামে ক্লিক করুন।
02:42 ড্রপ ডাউন থেকে True চয়ন করুন।
02:45 Aromatic ring style এ disk চয়ন করুন।
02:49 aromatic color এর পাশে color well এ ক্লিক করুন।
02:53 color editor থেকে রঙ চয়ন করুন।
02:56 ডায়লগ বাক্স বন্ধ করুন।
02:59 প্যানেল পর্যবেক্ষণ করুন। সকল aromatic rings কেন্দ্রে ডিস্কের সাথে দেখায়।
03:06 কাঠামোর ডিসপ্লে ball and stick এ বদলান।
03:10 কমান্ড লাইনে লিখুন rep bs.
03:16 Attributes ডায়লগ বাক্সে, পরমাণুগুলির Van der Walls ব্যাসার্ধ বদলান।
03:22 ball scale এর ভ্যালু বদলে 0.5 করুন। এন্টার টিপুন।
03:27 প্যানেল পর্যবেক্ষণ করুন। পরমাণু অনেক বড় পরমাণু ব্যাসার্ধের সাথে দেখায়।
03:33 Molecular Attributes চেক বাক্সে আবার ক্লিক করুন।
03:38 তালিকা থেকে Component Atom Attributes এ ক্লিক করুন।
03:43 সংশ্লিষ্ট উইন্ডোতে, atom style বোতামে ক্লিক করুন।
03:48 ড্রপ ডাউন মেনুতে অনেক বিকল্প রয়েছে।
03:51 ডিসপ্লে cpk তে বদলাতে sphere এ ক্লিক করুন।
03:55 প্যানেল পর্যবেক্ষণ করুন।
03:57 sticks ডিসপ্লেতে ফিরে যেতে dot চয়ন করুন।
04:02 এখন Component Bond Attributes এ ক্লিক করুন।
04:10 এখানে bond style কে stick বা wire এ বদলানোর বিকল্প রয়েছে।
04:13 Component Residue Attributes এ ক্লিক করুন।
04:17 এখানে ribbon এর বৈশিষ্ট্য বদলানোর বিকল্প রয়েছে।
04:22 Presets মেনু ব্যবহার করে, প্যানেলে স্ট্রাকচারের ডিসপ্লে ribbons এ বদলান।
04:28 এখন Attribute ডায়ালগ বাক্সে ক্লিক করুন।
04:32 Attribute ডায়লগ বক্সে, ribbon color এর পাশের color well এ ক্লিক করুন। রিবন রঙ চয়ন করুন।
04:41 color editor বন্ধ করতে close বিকল্পে ক্লিক করুন।
04:46 ribbon এবং scaling এর ক্রস-সেকশন বদলানোর বিকল্প রয়েছে।
04:52 ডায়ালগ বক্স বন্ধ করুন।
04:55 Presets মেনু ব্যবহার করে আবার পরমাণুর প্রদর্শন বদলান।
05:00 Tools মেনু ব্যবহার করে Attributes বদলানো যেতে পারে।
05:03 Tools মেনুতে ক্লিক করুন, Structure Analysis এ স্ক্রোল করুন।
05:09 সাব-মেনু থেকে Render by Attribute বিকল্প চয়ন করুন।
05:14 Render by attribute ডায়ালগ বাক্স খোলে।
05:17 এখানে পরমাণু, রেসিডিউ, অণু, segmentation regions ইত্যাদির বৈশিষ্ট্য বদলানোর বিকল্প রয়েছে।
05:27 atoms চয়ন করুন। Render এ ক্লিক করুন।
05:32 উপলব্ধ বিকল্প যাচাই করতে Attribute তালিকায় ক্লিক করুন।
05:37 তালিকা দুটি বিকল্প দেখায়: bfactor এবং occupancy
05:43 এই দুটি বৈশিষ্ট্য ইনপুট PDB ফাইল থেকে পড়া যেতে পারে।
05:48 bfactor চয়ন করুন।
05:50 রঙিন উল্লম্ব বারের সাথে ভ্যালুর একটি হিস্টোগ্রাম দেখাবে।
05:55 B-factor ভ্যালু macromolecule এ গতিশীলতার মাপ দেয়।
06:01 কম B-factor ভ্যালুর পরমাণু যা সুব্যবস্থিত, স্ট্রাকচারের একটি অংশ।
06:08 বড় B-factor ভ্যালুর পরমাণু যা খুব নমনীয়, স্ট্রাকচারের একটি অংশ।
06:15 প্রোটিনের কাঠামোর জন্য PDB ফাইল B-factor তথ্য রাখে।
06:21 প্যানেলে ফিরে যান।
06:23 উল্লম্ব বার মাউস দিয়ে হিস্টোগ্রাম বরাবর টেনে আনা যেতে পারে।
06:29 B-factor এর ভ্যালু Value টেক্সট বাক্সে দেখায়।
06:34 নীল উল্লম্ব বারটিকে শূন্যে, লালকে 100 এ ড্রেগ করুন।
06:41 তারপর সাদা বারকে 50 তে ফিক্স করুন।
06:45 Colors বোতামে ক্লিক করুন।
06:48 color atoms, keep opaque এবং color surfaces চেক করুন।
06:55 ডিফল্ট কালার palette blue এবং red রয়েছে।
06:59 আপনি ড্রপ ডাউন মেনু দ্বারা কলর palette বদলাতে পারেন।
07:04 Apply বোতামে ক্লিক করুন।
07:07 প্যানেল পর্যবেক্ষণ করুন। উচ্চ B-factor ভ্যালু সহ পরমাণু লাল এবং নিম্ন নীলে দেখায়।
07:16 প্রত্যাশিত, উচ্চ B-factor সহ পরমাণু কাঠামোর বাইরে রয়েছে।
07:22 এখন, রেসিডিউসের বৈশিষ্ট্য বদলাই।
07:26 Select by Attribute ডায়ালগ বাক্সে, Attributes বোতামে ক্লিক করুন।
07:32 ড্রপ ডাউন থেকে, residues চয়ন করুন।
07:36 Render এ ক্লিক করুন।
07:38 রেসিডিউয়ের জন্য সেই বৈশিষ্ট্য kdHydrophobicity scale রাখে।
07:44 ড্রপ ডাউন মেনু থেকে kdHydrophobicity এ ক্লিক করুন।
07:48 হিস্টোগ্রামে ভ্যালু দেখায়।
07:52 kdHydrophobicity scales সেই ভ্যালু যা অ্যামিনো অ্যাসিড রেসিডিউয়ের আপেক্ষিক হাইড্রোফোবিসিটি সংজ্ঞায়িত করে।
08:00 KdHydrophobicity ভ্যালু hydrophobic residues এর জন্য পজিটিভ এবং polar residues এর জন্য নেগেটিভ হয়।
08:09 রেসিডিউয়ের Hydrophobicity, colors বা worms দেখা যেতে পারে।
08:15 Colors চয়ন করুন। ডিফল্টরূপে, কিছু প্যারামিটার চয়নিত।
08:21 Apply বোতামে ক্লিক করুন। প্যানেল পর্যবেক্ষণ করুন।
08:26 hydrophobic residues এর রঙ লাল এবং polar residues এর রঙ নীল হয়।
08:33 Worms বোতামে ক্লিক করুন। Apply তে ক্লিক করুন।
08:38 প্যানেলটি দেখুন।
08:41 Worms হল সংশোধিত রিবনর্স যা ব্যাসার্ধে পরিবর্তিত হয়।
08:47 অধিকাংশ hydrophobic residues স্ট্রাকচারের ভেতরের দিকে হয়।
08:52 ডিফল্টরূপে, বড় hydrophobic residues বড় ব্যাসার্ধ দিয়ে দেখাবে।
09:00 স্ট্রাকচারকে সাধারণ রিবন্সে ফিরিয়ে আনতে।
09:03 worm-style এ ক্লিক করুন এবং non-worm বিকল্প চয়ন করুন।
09:09 OK বোতামে ক্লিক করুন।
09:12 File মেনু ব্যবহার করে Chimera সেশন বন্ধ করুন।
09:16 এটি সংক্ষিপ্তকরণ করি, এখানে আমরা শিখেছি: পরমাণু, রেসিডিউ এবং মডেলের বৈশিষ্ট্য বদলানো।
09:25 B-factor ভ্যালু অনুযায়ী প্রোটিনে পরমাণু রঙ করা।
09:30 kdHydrophobicity ভ্যালু অনুযায়ী রেসিডিউ রঙ করা।
09:35 অনুশীলনী হিসাবে, প্যানেলে hemoglobin (PDB code: 2HCO) এর মডেল খুলুন। B-factor ভ্যালু অনুযায়ী পরমাণু রঙ করুন।
09:44 kdHydrophobicity ভ্যালু অনুযায়ী রেসিডিউ রঙ করুন।
09:49 নিম্ন লিঙ্কে উপলব্ধ ভিডিওটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে দেখায়। এটি ডাউনলোড করে দেখুন।
09:56 স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল কর্মশালার আয়োজন করে এবং অনলাইন পরীক্ষা পাস করলে প্রশংসাপত্র দেয়।
10:04 স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প ভারত সরকারের NMEICT, MHRD দ্বারা পরিচালিত।
10:10 আই আই টী বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। অংশগ্রহনের জন্যে ধন্যবাদ।

Contributors and Content Editors

Kaushik Datta, Satarupadutta

Retrieved from "https://script.spoken-tutorial.org/index.php?title=UCSF-Chimera/C4/Attributes/Bengali&oldid=44366"