Difference between revisions of "UCSF-Chimera/C2/Surface-Properties/Tamil"
From Script | Spoken-Tutorial
(Created page with "{| border=1 ! <center>Time</center> ! <center>Narration</center> |- | 00:01 | '''Chimera'''வில், '''Surface Property'''கள், குறித்த இந்த...") |
Venuspriya (Talk | contribs) |
||
| Line 241: | Line 241: | ||
|- | |- | ||
| 06:39 | | 06:39 | ||
| − | | '''Nucleic acid sugar'''கள் மற்றும்'''base'''கள், '''tube | + | | '''Nucleic acid sugar'''கள் மற்றும்'''base'''கள், '''tube மற்றும் slab representation'''களாக காட்டப்படுகின்றன. |
|- | |- | ||
Revision as of 17:44, 12 January 2018
| |
|
|---|---|
| 00:01 | Chimeraவில், Surface Propertyகள், குறித்த இந்த டுடோரியலுக்கு நல்வரவு. |
| 00:06 | இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்கப்போவது, protein மற்றும் DNA structureகளுக்கு, surfaceகளை காட்டுவது. |
| 00:12 | Amino acid hydrophobicity மற்றும்Electrostatic Potentialஆல், வண்ணம் பூசப்பட்ட, protein surface ன் imageகளை உருவாக்குவது. |
| 00:22 | இந்த டுடோரியலை பின்பற்ற, உங்களுக்கு, Chimera interface பரீட்சயமாக இருக்க வேண்டும். இல்லையெனில், அதற்கான டுடோரியல்களுக்கு, எங்கள் வலைத்தளத்தை பார்க்கவும். |
| 00:33 | இங்கு, நான், Ubuntu OS பதிப்பு 14.04, Chimera பதிப்பு 1.10.2, |
| 00:42 | Mozilla firefox browser 42.0, மற்றும், ஒரு இணைய இணைப்பை பயன்படுத்துகிறேன். |
| 00:49 | இங்கு, ஒரு Chimera windowஐ நான் திறந்துள்ளேன். |
| 00:52 | Command lineஐ பயன்படுத்தி, RTX CPD toxinன் ஒரு structureஐ திறக்கவும். |
| 00:58 | Favorites menuஐ பயன்படுத்தி, Command Lineஐ திறக்கவும். |
| 01:02 | Command line text boxல், டைப் செய்க: Open space 3eeb. |
| 01:10 | 3eeb , RTX CPD toxin.க்கான, pdb code ஆகும். Enterஐ அழுத்தவும். |
| 01:18 | Protein structure, panelலில் காட்டப்படுகிறது. அது, proteinனின் இரண்டு பிரதிகளைக் கொண்டிருக்கிறது. |
| 01:26 | பிரதிகளின் ஒன்றான, அதாவது, chain A ஐ நீக்க, command lineல், commandகளை டைப் செய்யவும். |
| 01:33 | Command line text boxல், டைப் செய்க: delete colon dot a.. Enterஐ அழுத்தவும். |
| 01:43 | Panelஐ கவனிக்கவும். Enzymeன் பிரதிகளில் ஒன்று, நீக்கப்பட்டுவிட்டது. |
| 01:48 | Protease domain , ligand inositol hexakisphosphate. உடன் பிணைக்கப்படுகிறது. சுருக்கமாக, IHP மற்றும்Sodium ion. |
| 01:58 | அடுத்து, ligandக்கு அருகே, சிவப்பு புள்ளிகளாக இருக்கின்ற, solvent moleculeகளை நீக்கவும். டைப் செய்க: delete space solvent. Enterஐ அழுத்தவும். |
| 02:09 | Ligandஉடன் இருக்கின்ற, sodium ionஐ நீக்க, டைப் செய்க: delete ions. Enterஐ அழுத்தவும். |
| 02:19 | இப்போது, Presets optionஐ பயன்படுத்தி, proteinனின் structureஐ நாம் காட்டலாம். |
| 02:25 | Menu barல் இருக்கின்ற, Presets optionஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 02:29 | Interactive 3, hydrophobicity surfaceஐ தேர்ந்தெடுக்கவும். |
| 02:34 | இது, amino acid hydrophobicity. ஆல், color-code செய்யப்பட்ட, ஒரு molecular surfaceஐ காட்டும். |
| 02:41 | பெரும்பாலான polar residueகளுக்கு, நீல நிறம். |
| 02:45 | பெரும்பாலானhydrophobic.க்கு, செம்மஞ்சள் சிவப்பு. Neutral residueகளுக்கு, வெள்ளை. |
| 02:52 | வழக்கமாக, தங்கள் surface பகுதிகள் மூலம், proteinகள், மற்ற proteinகள் மற்றும் moleculeகளுடன் தொடர்பு கொள்கின்றன. |
| 02:59 | ஒரு proteinஐ , அதன் molecular surfaceன் மூலம் வர்ணிப்பது, பின்வருவனவற்றிற்கு உதவுகிறது: Protein folding பற்றிய ஆய்வு. |
| 03:06 | Biomolecular recognitionன் கணிப்பு. |
| 03:09 | drug binding cavityகளை துப்பறிதல், மற்றும், Molecular Graphics. |
| 03:15 | Chimera windowக்கு திரும்பவும். |
| 03:18 | அடுத்து, proteinக்கான, electrostatic potential surfaceஐ காட்ட: |
| 03:24 | Tools menuஐ க்ளிக் செய்யவும். Surface\Binding Analysis. க்கு scroll செய்யவும். |
| 03:30 | Sub-menuவில் இருந்து, coulombic surface coloringஐ தேர்வு செய்யவும். |
| 03:36 | ஒரு Coulombic Surface 'Coloring dialog box திறக்கிறது. |
| 03:41 | நிறங்கள், மற்றும், அதற்கு தொடர்புடைய மதிப்புகளை மாற்றலாம். |
| 03:45 | பெரும்பாலான சமயம், default settingகள், சிறப்பாக வேலை செய்கின்றன. OK பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். |
| 03:51 | Panelலில், electrostatic potential surface.ஐ காட்டுகின்ற proteinஐ நாம் கொண்டிருக்கிறோம். |
| 03:57 | Negative potentialக்கு, சிவப்பு நிறம். Positive potentialக்கு, நீலம். Neutralக்கு, வெள்ளை. |
| 04:07 | இப்போது, வெளியீடு, விளக்கக்காட்சிகளுக்கு, உயர் தர imageகளை எப்படி உருவாக்குவதென காண்போம்: |
| 04:14 | Command Set attributeஐ பயன்படுத்தி, inositol ligandன் stickகளை சிறிது தடிப்பாக்கவும்: setattr space m space stickScale 2. Enterஐ அழுத்தவும். |
| 04:35 | நல்ல image settingகளுக்கு, publication presetஐ பயன்படுத்தவும். |
| 04:40 | மீண்டும், Presets menuவில் கீழே scroll செய்து, Publication 1ஐ தேர்ந்தெடுக்கவும். |
| 04:45 | வெள்ளை பின்னணி, கருப்பு outlineகள், அதிக மென்மையுடைய முனைகளைக் கொண்ட, ஒரு imageஐ இது உருவாக்கும். |
| 04:54 | வரியின் தடிப்பு, lightning போன்ற மற்ற parameterகளை, இவ்விடத்தில் நாம் சரிசெய்யலாம். |
| 05:02 | Tools menuஐ க்ளிக் செய்யவும். கீழே scroll செய்து, Viewing Controls.ஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 05:08 | Sub-menuவில் இருந்து, lightingஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 05:11 | வெவ்வேறு viewing settingகளை மாற்ற, tabகளுடன் கூடிய ஒரு Viewing window, திறக்கிறது: |
| 05:16 | Camera, Sideview, Rotation, Effects, Lighting, போன்றவை. |
| 05:23 | Lightings optionனின் கீழ்: ஒரு எளிய line drawing தோற்றத்தை காண, mode பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். பட்டியலில் இருந்து, ambientஐ தேர்ந்தெடுக்கவும். |
| 05:34 | Panelஐ கவனிக்கவும். |
| 05:36 | முன்னிருப்பான lighting mode ஐ திருப்பிக்கொடுக்க: Two-point optionஐ தேர்ந்தெடுக்கவும். |
| 05:42 | Windowஐ மூட, close பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். |
| 05:46 | File menuவில் இருக்கின்ற, Save image optionஐ பயன்படுத்தி, imageஐ சேமிக்கவும். |
| 05:51 | இப்போது, ஒரு DNA structure க்கான, surface representationஐ காண்போம். |
| 05:56 | தற்போதைய அமர்வை மூடவும். File menuஐ க்ளிக் செய்யவும். கீழே scroll செய்து, Close Session optionஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 06:04 | Graphics windowஐ திறக்கவும். Command lineஐ பயன்படுத்தி, DNAன் structureஐ பெறவும். |
| 06:11 | Command line text boxல், டைப் செய்க: open 1d86 . Enterஐ அழுத்தவும். |
| 06:20 | ஒரு molecule, netropsin உடன் பிணைக்கப்பட்ட, ஒரு double helical DNA னின் structure தெரிகிறது. |
| 06:27 | Netropsin, antibiotic மற்றும்antiviral propertyகளை கொண்ட, ஒரு polyamide ஆகும். |
| 06:34 | தொடக்கத்தில், இந்த structure, ribbonகளாக காட்டப்படுகிறது. |
| 06:39 | Nucleic acid sugarகள் மற்றும்baseகள், tube மற்றும் slab representationகளாக காட்டப்படுகின்றன. |
| 06:46 | Presets menu வில், கீழே scroll செய்து, interactive 2 optionஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 06:53 | இது, DNAஐ wireஆகவும், netropsinஐ sphereகளாகவும் காட்டுகிறது. |
| 06:59 | Solventஐ நீக்க, commandஐ டைப் செய்யவும். delete space solvent . Enterஐ அழுத்தவும். |
| 07:09 | இந்த structureக்கான, surfaceஐ காட்ட, Actions menuவில், கீழே scroll செய்து, surfaceஐ தேர்ந்தெடுக்கவும். Sub-menuவில் இருந்து, showஐ தேர்ந்தெடுக்கவும். |
| 07:20 | Panelஐ கவனிக்கவும். DNA structure, இப்போது, surface.உடன் காட்டப்படுகிறது. |
| 07:27 | இப்படத்தில், Major groove மற்றும் minor groove, தெளிவாகத் தெரிகிறது. |
| 07:33 | ligand, netropsin, minor grooveஉடன் பிணைக்கப்பட்டிருப்பது தெரிகிறது. |
| 07:38 | Surfaceகளைக் காட்ட, 3 வெவ்வேறு வழிகள் இருக்கின்றன. |
| 07:41 | Actions menuவில், கீழே scroll செய்து, surfaceஐ தேர்ந்தெடுக்கவும்.Sub-menu, 3 optionகளைக் கொண்டிருக்கிறது: Solid, mesh மற்றும்dot. |
| 07:52 | முன்னிருப்பாக, surface, solidஆக காட்டப்படுகிறது. |
| 07:57 | Mesh surfaceஐ காட்ட, meshஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 08:02 | Dot surfaceஐ காட்ட, dotஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 08:07 | Solid surfaceக்கு திரும்பி வர, solidஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 08:11 | Solid surfaceக்கான, transparencyன் degreeஐ நாம் சரிசெய்யலாம். |
| 08:16 | மீண்டும், Actions menuக்கு சென்று, Surfaceஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 08:20 | Transparency optionஐ தேர்ந்தெடுத்து, percentage option ஐ தேர்வு செய்யவும். |
| 08:25 | விளக்கத்திற்கு, நான் 50%ஐ தேர்வு செய்கிறேன். |
| 08:29 | Panelஐ கவனிக்கவும். |
| 08:31 | Surfaceக்கு, ஒரு வேறுபட்ட நிறத்தை கொடுக்க: Actions menuவில் இருக்கின்ற, Color optionஐ க்ளிக் செய்யவும். கீழே scroll செய்து, all optionsஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 08:41 | ஒரு color Actions dialog box திறக்கிறது. |
| 08:45 | “coloring applies to” settingஐ , surfaces.க்கு மாற்றவும். |
| 08:51 | surfaces'க்கு அடுத்து இருக்கின்ற, radio பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். |
| 08:55 | Color panelல் இருந்து, உங்களுக்கு விருப்பமான நிறத்தை க்ளிக் செய்யவும். நான் dim grayஐ தேர்வு செய்கிறேன். |
| 09:02 | Panelஐ கவனிக்கவும். Surfaceன் நிறம், இப்போது, dim gray.க்கு மாறியிருப்பதை கவனிக்கவும். Dialog boxஐ மூடவும். |
| 09:11 | File menuவில் இருக்கின்ற, Save image optionஐ பயன்படுத்தி, imageஐ சேமிக்கவும். |
| 09:16 | சுருங்கச் சொல்ல, இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்றது, protein மற்றும்DNA structureகளுக்கு,Amino acid hydrophobicity surface மற்றும்Electrostatic Potential surfaceஐ காட்டுவது. |
| 09:30 | வெவ்வேறு viewing settingகளை பயன்படுத்தி, வெளியிடுவதற்கு, உயர் தர imageகளை உருவாக்குவது. |
| 09:37 | இப்போது, பயிற்சியாக, human hemoglobin (pdb code: 2dn1)ன் structureக்கு, amino acid hydrophobicity surface மற்றும்electrostatic potential surfaceஐ காட்டவும். |
| 09:51 | hem ligandஐ பச்சை நிறமாக்கவும். நிறைவுபெற்ற உங்கள் பயிற்சி, பின்வருமாறு காணப்பட வேண்டும். |
| 10:11 | பின்வரும் இணைப்பில் உள்ள வீடியோ, ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்தை சுருங்க சொல்கிறது. அதை தரவிறக்கிக் காணவும். |
| 10:18 | ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டக்குழு, செய்முறை வகுப்புகள் நடத்தி, இணையத்தில் பரீட்சை எழுதி தேர்வோருக்கு சான்றிதழ்கள் தருகிறது. மேலும் விவரங்களுக்கு, எங்களுக்கு மின்னஞ்சல் செய்யவும். |
| 10:28 | ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்திற்கு ஆதரவு, இந்திய அரசாங்கத்தின், NMEICT, MHRD மூலம் கிடைக்கிறது. மேலும் விவரங்களுக்கு, கீழ்கண்ட இணைப்பை பார்க்கவும். |
| 10:39 | இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ. |
