Difference between revisions of "UCSF-Chimera/C4/Attributes/Tamil"
From Script | Spoken-Tutorial
(Created page with "{| border=1 | <center>Time</center> | <center>Narration</center> |- |00:01 | '''Attribute'''கள் குறித்த இந்த டுடோரியலுக்க...") |
|||
| (One intermediate revision by one other user not shown) | |||
| Line 97: | Line 97: | ||
|- | |- | ||
|02:18 | |02:18 | ||
| − | | பின்வருவனவற்றை, பட்டியல் கொண்டிருக்கிறது. '''Molecule Attribute'''கள், மற்றும் அதன் | + | | பின்வருவனவற்றை, பட்டியல் கொண்டிருக்கிறது. '''Molecule Attribute'''கள், மற்றும் அதன் componentகள், '''Atom, bond ''' மற்றும்''' residue attribute'''க்கள். |
|- | |- | ||
| Line 436: | Line 436: | ||
|- | |- | ||
|09:35 | |09:35 | ||
| − | | பயிற்சியாக, panelலில், '''hemoglobin | + | | பயிற்சியாக, panelலில், '''hemoglobin '''ன் ஒரு modelஐ திறக்கவும். '''B-factor''' மதிப்புகளுக்கு ஏற்ப, atomகளுக்கு வண்ணம் பூசவும். |
|- | |- | ||
| Line 456: | Line 456: | ||
|- | |- | ||
|10:10 | |10:10 | ||
| − | | இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ. | + | | இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ.குரல்கொடுத்தது IIT Bombayஇல் இருந்து சண்முகப் பிரியா , நன்றி . |
|- | |- | ||
|} | |} | ||
Latest revision as of 16:29, 12 January 2018
| |
|
| 00:01 | Attributeகள் குறித்த இந்த டுடோரியலுக்கு நல்வரவு. |
| 00:06 | இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்கப்போவது: atomகள், residueக்கள், மற்றும் modelகளின், attributeகளை மாற்றுவது. |
| 00:13 | B-factor மதிப்புகளுக்கு ஏற்ப, ஒரு proteinல் உள்ள atomகளுக்கு வண்ணம் பூசுவது. |
| 00:18 | kdhydrophobicity மதிப்புகளுக்கு ஏற்ப, residueக்களுக்கு வண்ணம் பூசுவது. |
| 00:24 | இந்த டுடோரியலை பின்பற்ற, உங்களுக்கு, Chimera interface பரீட்சயமாக இருக்க வேண்டும். இல்லையெனில், அதற்கான டுடோரியல்களுக்கு, எங்கள் வலைத்தளத்தை பார்க்கவும். |
| 00:33 | இந்த டுடோரியலை பதிவு செய்வதற்கு நான்: Ubuntu OS பதிப்பு14.04 ,Chimera பதிப்பு 1.10.2 ,Mozilla firefox browser 42.0, மற்றும், ஒரு இணைய இணைப்பை பயன்படுத்துகிறேன். |
| 00:50 | இங்கு, ஒரு Chimera windowஐ நான் திறந்துள்ளேன். |
| 00:52 | Command lineஐ பயன்படுத்தி, Leucine zipper. ன் structureஐ திறக்கவும். |
| 00:54 | command text boxல், டைப் செய்க: open 1zik. Enterஐ அழுத்தவும். |
| 01:05 | Panelலில் இருக்கின்ற, model, ribbonகளாக காட்டப்படுகிறது. |
| 01:10 | Presets menuஐ பயன்படுத்தி, displayஐ , Interactive 2 . க்கு மாற்றவும். |
| 01:14 | நீரின் moleculeகளை மறைக்க, Command lineல், டைப் செய்க: delete solvent. Enterஐ அழுத்தவும். |
| 01:22 | Displayஐ , sticksக்கு மாற்ற, டைப் செய்க: rep stick. Enterஐ அழுத்தவும். |
| 01:30 | Structureக்கு hydrogenகளை சேர்க்கவும். டைப் செய்க: addh . |
| 01:36 | இப்போது, இந்த structureக்கான, atoms and residuesன், attributeகளை, எப்படி மாற்றுவது என்று கற்போம். |
| 01:43 | Attributeகள், பெயர்கள், மற்றும் மதிப்புகளுடன் கூடிய, propertyகளாகும். |
| 01:47 | Chimeraவில், atoms, bonds, residues மற்றும்molecule models போன்ற itemகள், Attributeகளை கொண்டிருக்கின்றன. |
| 01:54 | Attributeகளை மாற்ற, வெவ்வேறு வழிகள் உள்ளன. |
| 01:57 | Favorites menuஐ பயன்படுத்தி, Model Panelஐ , திறக்கவும். |
| 02:01 | Model Panel dialog box, திரையில் தோன்றுகிறது. |
| 02:05 | Panelன், வலது பக்கத்தில் இருக்கின்ற, attributes பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். |
| 02:10 | 1zikக்கான, Attributes dialog box, திரையில் தோன்றுகிறது. |
| 02:15 | Dialog box, attribute பட்டியலை கொண்டிருக்கிறது. |
| 02:18 | பின்வருவனவற்றை, பட்டியல் கொண்டிருக்கிறது. Molecule Attributeகள், மற்றும் அதன் componentகள், Atom, bond மற்றும் residue attributeக்கள். |
| 02:28 | Molecule Attributes.ஐ தேர்ந்தெடுக்கவும். |
| 02:31 | கிடைக்கின்ற attributeகள், windowவில் பட்டியலிடப்பட்டுள்ளன. |
| 02:35 | உதாரணத்திற்கு- aromatic ringகளின் displayஐ மாற்ற, aromatic displayக்கு அடுத்து இருக்கின்ற பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். |
| 02:42 | Drop-downல் இருந்து, Trueஐ தேர்ந்தெடுக்கவும். |
| 02:45 | Aromatic ring styleஐ , disk என தேர்ந்தெடுக்கவும். |
| 02:49 | Aromatic colorக்கு அடுத்து இருக்கின்ற color well ஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 02:53 | Color editorல் இருந்து, நிறத்தை தேர்ந்தெடுக்கவும். |
| 02:56 | Dialog boxஐ மூடவும். |
| 02:59 | Panelஐ கவனிக்கவும். எல்லா aromatic ringகளும், நடுவில் diskகளுடன் காட்டப்படுகின்றன. |
| 03:06 | Structureன் ஐ, ball and stickக்கு மாற்றவும். |
| 03:10 | Command lineல், டைப் செய்க: rep bs. |
| 03:16 | Attributes dialog boxல், atomகளின், Van der Walls radii ஐ மாற்றவும். |
| 03:22 | ball scaleன் மதிப்பை, 0.5 க்கு மாற்றவும். Enterஐ அழுத்தவும். |
| 03:27 | Panelஐ கவனிக்கவும். Atomகள், பெரிய atomic radii யுடன் காட்டப்படுகின்றன. |
| 03:33 | மீண்டும், Molecular Attributes check boxஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 03:38 | பட்டியலில் இருந்து, Component Atom Attributesஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 03:43 | அதற்கான windowவில், atom style buttonஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 03:48 | Drop-down menu, பல optionகளை கொண்டிருக்கிறது. |
| 03:51 | Displayஐ , cpkக்கு மாற்ற, sphereஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 03:55 | Panelஐ கவனிக்கவும். |
| 03:57 | Sticks displayஐ திரும்பிக் கொண்டு வர, dotஐ தேர்ந்தெடுக்கவும். |
| 04:02 | இப்போது, Component Bond Attributes.ஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 04:10 | இங்கு, bond styleஐ , stick அல்லது wireக்கு மாற்ற, optionகள் இருக்கின்றன. |
| 04:13 | Component Residue Attributes.ஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 04:17 | இங்கு, ribbonனின் attributeகளை மாற்ற, நமக்கு, optionகள் இருக்கின்றன. |
| 04:22 | Presets menuஐ பயன்படுத்தி, panelலில் இருக்கின்ற, structureன் displayஐ , ribbonsக்கு மாற்றவும். |
| 04:28 | இப்போது, Attribute dialog-boxஐ க்ளிக் செய்கிறேன். |
| 04:32 | இப்போது, Attribute dialog-boxல், ribbon colorக்கு அடுத்து இருக்கின்ற, color well ஐ க்ளிக் செய்யவும். ஒரு ribbon நிறத்தை தேர்ந்தெடுக்கவும். |
| 04:41 | பின், color editorஐ மூட, close optionஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 04:46 | ribbonனின், cross-section மற்றும் scalingஐ மாற்ற, optionகள் இருக்கின்றன. |
| 04:52 | Dialog-boxஐ மூடவும். |
| 04:55 | மீண்டும், Presets menuஐ பயன்படுத்தி, displayஐ , atoms க்கு மாற்றவும். |
| 05:00 | Tools menuஐ பயன்படுத்தியும், attributeகளை மாற்றலாம். |
| 05:03 | Tools menuஐ க்ளிக் செய்யவும். Structure Analysisக்கு scroll செய்யவும். |
| 05:09 | Sub-menuவில் இருந்து, Render by Attribute optionஐ தேர்ந்தெடுக்கவும். |
| 05:14 | Render by attribute dialog box திறக்கிறது. |
| 05:17 | இங்கு, atomகள், residueகள், moleculeகள், segmentation regionகளின், attributeகளை மாற்றுவதற்கு, optionகள் இருக்கின்றன. |
| 05:27 | Atomsஐ தேர்ந்தெடுக்கவும். Render.ஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 05:32 | இருக்கின்ற optionகளை சரிபார்க்க, Attribute பட்டியலை க்ளிக் செய்யவும். |
| 05:37 | பட்டியல், இரண்டு optionகளை காட்டுகிறது: bfactor மற்றும்occupancy. |
| 05:43 | இந்த இரண்டு attributeகளை, input PDB file லில் இருந்து படிக்கலாம். |
| 05:48 | bfactor.ஐ தேர்வு செய்யவும். |
| 05:50 | வண்ணம் பூசப்பட்ட, செங்குத்தான barகளுடன், மதிப்புகளின் ஒரு histogram, தோன்றும். |
| 05:55 | B-factor மதிப்புகள், macromoleculeலில் இருக்கின்ற இயங்குதிறனின் ஒரு அளவீடாகும். |
| 06:01 | குறைந்த, B-factor மதிப்புகளைக் கொண்ட atomகள், நன்றாக ஒழுங்குபடுத்தப்பட்ட structureன் ஒரு பகுதியை சேர்ந்தவையாகும். |
| 06:08 | பெரிய B-factor மதிப்புகளைக் கொண்ட atomகள், மிகவும் இணக்கமான, structureன் பகுதியை சேர்ந்தவையாகும். |
| 06:15 | ஒரு protein structureக்கான, PDB file, B-factor தகவலைக் கொண்டிருக்கிறது. |
| 06:21 | Panelக்கு திரும்பவும். |
| 06:23 | செங்குத்தான barகளை, mouseஐ வைத்து, histogram நெடுகிலும் இழுக்கலாம். |
| 06:29 | B-factorன் மதிப்பு, Value text boxல் காட்டப்படுகிறது. |
| 06:34 | நீல செங்குத்தான barஐ , பூஜ்யத்திற்கும், சிவப்பை, 100க்கு இழுக்கவும். |
| 06:41 | பின், வெள்ளை barஐ , மதிப்பு 50ல், பொருத்தவும். |
| 06:45 | Colors பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். |
| 06:48 | color atoms, keep opaque மற்றும்color surfaces.க்கான, optionகளை check செய்யவும். |
| 06:55 | முன்னிருப்பான color palette, நீலம் மற்றும் சிவப்பு ஆகும். |
| 06:59 | Drop-down menuஐ பயன்படுத்தி, நீங்கள் color paletteஐ மாற்றலாம். |
| 07:04 | Apply பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். |
| 07:07 | Panelஐ கவனிக்கவும். அதிக B-factor மதிப்புகளைக் கொண்ட atomகள், சிவப்பிலும், குறைந்தவை நீலத்திலும் காட்டப்படுகின்றன. |
| 07:16 | எதிர்பார்த்தது போல், அதிக B-factor மதிப்புகளைக் கொண்ட atomகள், structureன் வெளியில் இருக்கின்றன. |
| 07:22 | இப்போது, residueக்களின், attributeகளை மாற்றுவோம். |
| 07:26 | Select by Attribute dialog boxல், Attributes பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். |
| 07:32 | Drop-downல் இருந்து, residuesஐ தேர்ந்தெடுக்கவும். |
| 07:36 | Render.ஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 07:38 | Residueகளுக்கான, attributeகள், kdHydrophobicity scaleஐ கொண்டிருக்கிறது. |
| 07:44 | Drop-down menuவில் இருந்து, kdHydrophobicityஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 07:48 | மதிப்புகள், histogramல் காட்டப்படுகின்றன. |
| 07:52 | kdHydrophobicity scales என்பன, amino acid residueக்களின், relative hydrophobicityஐ வரையறுக்கின்ற மதிப்புகளாகும். |
| 08:00 | KdHydrophobicity மதிப்புகள், hydrophobic residueகளுக்கு, positiveஆகவும், polar residueகளுக்கு, negativeஆகவும், இருக்கின்றன. |
| 08:09 | Residueக்களின் Hydrophobicityஐ , நிறங்கள் அல்லது wormகளை வைத்து காட்டலாம். |
| 08:15 | Colorsஐ தேர்வு செய்யவும். முன்னிருப்பாக, சில parameterகள் தேர்ந்தெடுக்கப்படுகின்றன. |
| 08:21 | Apply பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். Panelஐ கவனிக்கவும். |
| 08:26 | hydrophobic residueக்கள் சிவப்பிலும், polar residueக்கள் நீலத்திலும் வண்ணம் பூசப்படுகின்றன. |
| 08:33 | Worms பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். Applyஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 08:38 | Panelஐ கவனிக்கவும். |
| 08:41 | Wormகள் என்பன, radiusல் மாறுபடுகின்ற, மாற்றியமைக்கப்பட்ட ribbonகளாகும். |
| 08:47 | பெரும்பாலான, hydrophobic residueக்கள், structureன் உட்புறத்தை பார்க்கின்றன. |
| 08:52 | முன்னிருப்பாக, அதிக hydrophobic residueக்கள், பெரிய radiusஉடன் காட்டப்படும். |
| 09:00 | Structureஐ , இயல்பான ribbonக்கு திருப்ப: |
| 09:03 | Worm-style பட்டனை க்ளிக் செய்து, non-worm optionஐ தேர்வு செய்யவும். |
| 09:09 | OK பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். |
| 09:12 | File menuஐ பயன்படுத்தி, Chimera sessionஐ மூடவும். |
| 09:16 | சுருங்கச் சொல்ல, இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்றது, atomகள், residueக்கள், மற்றும் modelகளின், attributeகளை மாற்றுவது. |
| 09:25 | B-factor மதிப்புகளுக்கு ஏற்ப, ஒரு proteinல் உள்ள atomகளுக்கு வண்ணம் பூசுவது. |
| 09:30 | kdhydrophobicity மதிப்புகளுக்கு ஏற்ப, residueக்களுக்கு வண்ணம் பூசுவது. |
| 09:35 | பயிற்சியாக, panelலில், hemoglobin ன் ஒரு modelஐ திறக்கவும். B-factor மதிப்புகளுக்கு ஏற்ப, atomகளுக்கு வண்ணம் பூசவும். |
| 09:44 | kdhydrophobicity மதிப்புகளுக்கு ஏற்ப, residueக்களுக்கு வண்ணம் பூசவும். |
| 09:49 | இந்த வீடியோ, ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்தை சுருங்க சொல்கிறது. உங்கள் இணைய இணைப்பு வேகமாக இல்லையெனில், அதை தரவிறக்கிக் காணவும். |
| 09:56 | நாங்கள், ஸ்போகன் டுடோரியல்களை பயன்படுத்தி, செய்முறை வகுப்புகள் நடத்தி, சான்றிதழ்கள் தருகிறோம். எங்களுக்கு மின்னஞ்சல் செய்யவும். |
| 10:04 | ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்திற்கு ஆதரவு, இந்திய அரசாங்கத்தின், NMEICT, MHRD மூலம் கிடைக்கிறது. |
| 10:10 | இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ.குரல்கொடுத்தது IIT Bombayஇல் இருந்து சண்முகப் பிரியா , நன்றி . |
