Difference between revisions of "UCSF-Chimera/C2/Structure-Manipulation/Gujarati"
From Script | Spoken-Tutorial
Shivanigada (Talk | contribs) |
Shivanigada (Talk | contribs) |
||
| (3 intermediate revisions by the same user not shown) | |||
| Line 425: | Line 425: | ||
|- | |- | ||
| | 08:57 | | | 08:57 | ||
| − | | | સામાન્ય રીતે '''protein'''નું સ્ટ્રક્ચર પાણીના | + | | | સામાન્ય રીતે '''protein'''નું સ્ટ્રક્ચર પાણીના અણુંઓ(molecules)થી સંકળાયેલ હોય છે. |
|- | |- | ||
| | 09:02 | | | 09:02 | ||
| − | | | પાણીના | + | | | પાણીના અણુંઓને છુપાવવા માટે, '''Select ''' મેનુ ઉપર જાઓ, '''Residue''' સુધી નીચે સ્ક્રોલ કરો, વિકલ્પ '''HOH''' ઉપર ક્લિક કરો. |
|- | |- | ||
| | 09:13 | | | 09:13 | ||
| − | | | સ્ક્રીનને ધ્યાનથી જુઓ ; બધા જ પાણીના | + | | | સ્ક્રીનને ધ્યાનથી જુઓ ; બધા જ પાણીના અણુંઓ પ્રકાશિત થતા દેખાય છે. |
|- | |- | ||
| Line 482: | Line 482: | ||
|- | |- | ||
| | 10:15 | | | 10:15 | ||
| − | | | પસંદગીને નાબૂદ કરવા , કિબોર્ડની '''CTRL''' | + | | | પસંદગીને નાબૂદ કરવા , કિબોર્ડની '''CTRL''' કીને પકડી રાખો . અને '''Chimera''' વિન્ડો ઉપર ખાલી જગ્યા(empty space) ઉપર ક્લિક કરો. |
|- | |- | ||
| Line 538: | Line 538: | ||
|- | |- | ||
| | 11:34 | | | 11:34 | ||
| − | | | વધુ માહિતી માટે, અહીં spoken-tutorial.org ઉપર લખો. | + | | | વધુ માહિતી માટે, અહીં contact@spoken-tutorial.org ઉપર લખો. |
|- | |- | ||
Latest revision as of 01:58, 23 November 2017
| |
|
|---|---|
| 00:01 | કાઇમેરા નોઉપયોગ કરીને Structure Manipulation પરના આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલમાં તમારું સ્વાગત છે. |
| 00:06 | આ ટ્યૂટોરિઅલમાં, આપણે એક સ્ટ્રક્ચરને કાઇમેરા વિન્ડોમાં ખોલતા શીખીશું. |
| 00:12 | સ્ટ્રક્ચરને મુવ, રોટેટ અને ઝૂમ કરીશું. સ્કેલ અને કલીપ કરીશું અને તેનો દેખાવ બદલીશું. |
| 00:20 | આ ટ્યૂટોરિઅલને અનુસરવા તમને અંડરગ્રેજ્યુએટ બાયોકેમેસ્ટ્રીનું જ્ઞાન હોવું જરૂરી છે અથવા તો તમે સ્ટ્રક્ચરલ બાયોલોજીના જાણકાર હોવા જોઈએ. |
| 00:29 | આ ટ્યૂટોરિઅલને રેકોર્ડ કરવા હું Ubuntu Linux OS આવૃત્તિ 14.04, Chimera આવૃત્તિ 1.10.2,
Mozilla Firefox બ્રાઉઝર 35.0 અને કાર્યરત ઈન્ટરનેટ કનેક્શનનો ઉપયોગ કરી રહી છું. |
| 00:47 | UCSF Chimera એક ઇન્ટરેક્ટીવ વિઝયુલાઈઝેશન અને મોલેક્યુલર સ્ટ્રક્ચરનું એનાલિસિસ કરતુ એક સોફ્ટવેર છે. |
| 00:55 | Chimeraના રચેતા છે : Resource for Biocomputing, Visualization and Informatics at the University of California, San Francisco. |
| 01:05 | વધુ માહિતી આ લિંકhttp://www.cgl.ucsf.edu/chimera ઉપર ઉપલબ્ધ છે. |
| 01:09 | Chimera વિન્ડો ખોલવા, ડેસ્કટોપ ઉપર રહેલ Chimera આઇકોન ઉપર એક વાર અથવા બે વાર ક્લિક કરો. |
| 01:16 | એક Rapid access ઇન્ટરફેઝ ખુલે છે. |
| 01:20 | Rapid access વિન્ડો, તમને વારંવાર ઉપયોગમાં લેવાતા ડેટા અને ટૂલ્સને સરળતાથી ખોલવાની પરવાનગી આપે છે. |
| 01:27 | વિન્ડોમાં નીચે જમણી બાજુના ખૂણામાં આવેલ ચળકતી વીજળી ના આકારના આઇકન ઉપર ક્લિક કરો. |
| 01:32 | આ graphics વિન્ડોને પ્રદર્શિત કરશે. 3D structures અને બીજા અન્ય ડેટા આ વિન્ડો ઉપર પ્રદર્શિત થાય છે. |
| 01:40 | ચળકતી વીજળી ના આકારના આઇકન ઉપર ક્લિક કરી આ બંને વિન્ડોઝ વચ્ચે ટોગલ કરી શકાય છે. |
| 01:45 | ચાલો હું graphics વિન્ડો પર પાછી જાઉં |
| 01:48 | Chimeraમાં ઘણા કર્યો બે પદ્ધતિઓ દ્વારા પૂર્ણ કરી શકાય છે. |
| 01:53 | પ્રથમ છે, menu barનો ઉપયોગ કરી, જે Chimera વિન્ડોના ટોચ ઉપર રહેલ છે. |
| 01:59 | બીજી પદ્ધતિ છે command line ઉપર commands દાખલ કરીને. |
| 02:03 | command lineને બતાવવા , Favorites મેનુ ઉપર ક્લિક કરો. |
| 02:06 | નીચે સ્ક્રોલ કરો અને command line વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો. |
| 02:10 | Chimera વિન્ડોમાં નીચે command ડાયલોગ બોક્સ દૃશ્યમાન થાય છે. |
| 02:15 | કોઈ યોગ્ય કાર્ય માટેના Commands આ ટેક્સ્ટ બોક્સમાં લખવામાં આવે છે. |
| 02:21 | હવે પછીના ટ્યૂટોરિઅલ્સમાં આપણે આ વિશેષતા વિશે વધુ શીખીશું. |
| 02:25 | વિન્ડોનું માપ બદલવા , વિન્ડો ના કોઈ પણ ખૂણા ને ડ્રેગ કરો. |
| 02:30 | ચાલો હવે જોઈએ કે protein સ્ટ્રક્ચર કેવી રીતે ખોલાય. |
| 02:34 | 3 રીતે તમે તે કરી શકો. જો તમે ઇન્ટરનેટ સાથે જોડાયેલા હોવ તો, File મેનુ ઉપર ક્લિક કરો. |
| 02:40 | નીચે સ્ક્રોલ કરો અને “Fetch by ID” ઉપર ક્લિક કરો. |
| 02:45 | સ્ક્રીન ઉપર એક વિન્ડોડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે. |
| 02:48 | સ્ટ્રક્ચરને મેળવવા તમે વિવિધ ડેટાબેઝીસ સાથે જોડાય શકો છો. |
| 02:53 | ઉદાહરણ તરીકે પ્રદર્શિત કરવા ,મને protein સ્ટ્રક્ચર દૃશ્યમાન કરવું છે. |
| 02:58 | હું વિકલ્પો માંથી PDB ને પસંદ કરીશ, તમે જે protein અણું (મોલેક્યુલ)ને પ્રદર્શિત કરવા માંગો છો તેનો 4 અક્ષરનો PDB code ટાઈપ કરો. |
| 03:08 | હું ટાઈપ કરીશ 1zik (one z i k) |
| 03:12 | આ Leucine zipper પ્રોટીન માટેનો pdb કોડ છે . Fetch બટન ઉપર ક્લિક કરો. |
| 03:19 | મૂળભૂત રીતે, proteinનું રિબિન્સ(પટ્ટીવાળું) દૃશ્ય આ ડિસ્પ્લે વિન્ડો ઉપર પ્રદર્શિત થાય છે. |
| 03:25 | સ્ટ્રકચરને મેળવવા આપણે command પણ ટાઈપ કરી શકીએ છીએ. |
| 03:29 | command line ટેક્સ્ટ બોક્સમાં ટાઈપ કરો “open 1zik” |
| 03:35 | ડિસ્પ્લે વિન્ડો ઉપર સ્ટ્રક્ચરને ખોલવા Enter દબાવો. |
| 03:40 | જો તમે ઇન્ટરનેટ સાથે જોડાયેલ નથી તો તમે અગાઉથી ડાઉનલોડ કરેલ pdb ફાઈલ ખોલી શકો છો. |
| 03:46 | સ્ક્રીન ઉપર રહેલ સ્ટ્રકચરને સાફ કરવા : Favorites મેનુમાં નીચે સ્ક્રોલ કરો અને Model Panel વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો. |
| 03:55 | એક Model Panel ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે. |
| 03:58 | model id ઉપર ક્લિક કરો, પછી Close વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો. |
| 04:04 | model panel વિન્ડો બંધ કરો. |
| 04:07 | હવે હું પ્રદર્શિત કરીશ કે PDB ફાઈલ કેવી રીતે ડાઉનલોડ કરવી. |
| 04:12 | pdb ફાઈલ ડાઉનલોડ કરવા તમને કાર્યરત ઇન્ટરનેટ જોડાણની જરૂર પડશે . |
| 04:17 | File મેનુમાં નીચે સ્ક્રોલ કરો અને Fetch by ID વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો. |
| 04:23 | એક ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે. |
| 04:26 | ડાયલોગ બોક્સમાં એકદમ નીચે સ્ક્રોલ કરો . |
| 04:30 | web page બટન ઉપર ક્લિક કરો. |
| 04:33 | બાઉઝરમાં PDB database વેબ પેજ ખુલે છે. |
| 04:37 | જો તમે proteinનો pdb code જાણતા હોવ તો જે ટેક્સ્ટ બોક્સ મળે છે તેમાં ટાઈપ કરો . અથવા proteinનું નામ ટાઈપ કરો. |
| 04:46 | leucine zipperમાટેનો pdb કોડ જાણું છું , તેથી હું ટેક્સ્ટ બોક્સમાં “1zik” ટાઈપ કરીશ. |
| 04:54 | Go બટન ઉપર ક્લિક કરો. |
| 04:57 | પેજને નીચે સ્ક્રોલ કરો. |
| 04:59 | આ પેજના જમણી બાજુના ખૂણામાં રહેલ Download files બટનને ક્લિક કરો. |
| 05:06 | ડ્રોપ-ડાઉન મેનુ માંથી PDB-file-text વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો. |
| 05:12 | એક ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે. |
| 05:14 | Save File વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો. |
| 05:17 | Ok બટન ઉપર ક્લિક કરો. |
| 05:20 | ડાઉનલોડ થઇ ગયેલ pdb ફાઈલ હવે Downloads ફોલ્ડરમાં સેવ થઇ ગઈ હશે. |
| 05:25 | પાછા Chimera વિન્ડો ઉપર આવીએ. |
| 05:27 | ડાયલોગ બોક્સ બંધ કરો. |
| 05:30 | અગાઉ ડાઉનલોડ કરેલ pdb ફાઈલ ખોલવા , Fileમાંના Open વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો. |
| 05:37 | Downloads ફોલ્ડર ઉપર જાઓ . 1zik.pdb ફાઈલ પસંદ કરો. |
| 05:44 | “Open” બટન ઉપર ક્લિક કરો. |
| 05:47 | leucine zipperનું મોડેલ પેનલ ઉપર દેખાય છે. |
| 05:51 | મૂળભૂત રીતે , આ બંને peptide chains એ ભૂખરા રંગની રિબિન્સ(પટ્ટીઓ) તરીકે દૃશ્યમાન થાય છે . |
| 05:57 | પેનલ ઉપર સ્ટ્રકચરને ખસેડવા માઉસ બટનનો ઉપયોગ કરો. |
| 06:01 | રોટેશન(પરિભ્રમણ) માટે ડાબુ માઉસ બટન . |
| 06:04 | વચ્ચેનું માઉસ બટન xy translation નિયંત્રિત કરે છે. |
| 06:08 | જમણું બટન અથવા માઉસનું પૈડું ઝૂમ ઈન અને ઝૂમ આઉટ માટે. |
| 06:13 | સ્ટ્રકચરના ઇન્ટરેક્ટિવ સ્કેલિંગ અને ક્લિપિંગ માટે : Favorites menuમાંના Side View વિકલ્પનો ઉપયોગ કરવો. |
| 06:20 | એક viewing window ખુલે છે. |
| 06:22 | વિન્ડો ઉપર સ્ટ્રક્ચરનું ઝીણું સ્વરૂપ દેખાય છે. |
| 06:27 | ડાબી બાજુનું પીળું ચોરસ viewer's eye positionદર્શાવે છે. |
| 06:32 | ડાબા માઉસ બટનના ઉપયોગથી તે નાના ચોરસને ખસેડવાનો પ્રયત્ન કરો. |
| 06:36 | તેને આડું ડ્રેગ કરો, scale factor વ્યવસ્થિત કરો. |
| 06:41 | eye position બે વાર ક્લિક કરતા તે કેમેરા મોડ બદલવાનું એક મેનુ દેખાડે છે. |
| 06:46 | ડાબા માઉસ બટન દ્વારા આ બે ઉભી રેખાઓથી clipping planes ખસેડાશે. |
| 06:53 | વિન્ડોઝ ઉપર બીજા ઘણા વ્યૂઇંગ કંટ્રોલ્સ છે, જે તમે જાતે શોધી શકશો. |
| 06:58 | viewing window.ને બંધ કરો. |
| 07:01 | ચાલો હવે આ સ્ટ્રકચરનો કુશળતા પૂર્વક ઉપયોગ(manipulate) કરતા શીખીએ. |
| 07:04 | પ્રથમ પગલું છે સ્ટ્રકચરના તે ભાગને પસંદ કરવો જેને તમે બદલવા માંગો છો. |
| 07:09 | હમણાં માટે, હું સંપૂર્ણ protein સ્ટ્રકચરને atoms તરીકે બતાવવા માંગુ છું. |
| 07:15 | મેનુ બારમાંના Select મેનુ ઉપર ક્લિક કરો. |
| 07:19 | મેનુ બારમાંનો Select મેનુ આપણને સ્ટ્રકચરના અલગ-અલગ કમ્પોનંટ્સને પસંદ કરવાની પરવાનગી આપે છે. |
| 07:25 | જેવાકે chain, element, residue, ligand વગેરે. |
| 07:31 | જોકે , “Select” મેનુમાંથી કાંઈ પણ પસંદ ન કર્યું હોય તો તેનો અર્થ એ થાય છે કે આપણે સંપૂર્ણ સ્ટ્રકચરને જ બદલવા માંગીએ છીએ. |
| 07:39 | હવે Actions મેનુ ઉપર જાઓ , અને વિકલ્પોમાંથી atoms/bondsને પસંદ કરો. |
| 07:46 | સબ મેનુમાંના show ઉપર ક્લિક કરો. |
| 07:49 | સ્ક્રીન ઉપર આપણે એટમ્સ અને તેની સાથે સાથે સ્ટ્રકચરના ભાગને રિબિન્સ તરીકે જોઈ શકીએ છીએ . |
| 07:55 | હવે રિબિન્સને કાઢી નાખવા , Action મેનુ માંથી રિબિન્સને પસંદ કરો. |
| 08:00 | પછી hide વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો. |
| 08:03 | સંપૂર્ણ સ્ટ્રક્ચર હવે sticks display તરીકે દેખાય છે. |
| 08:08 | ચાલો હવે આગળ વધીએ અને સ્ટ્રક્ચરનો હજી વધુ ઉપયોગ કરતા શીખીએ . |
| 08:13 | નીચેના પગલાંઓ સ્ટ્રકચરને બોલ અને સ્ટિક ડિસ્પ્લેમાં રૂપાંતરિત કરે છે. |
| 08:18 | Actions મેનુ ઉપર ક્લિક કરો. |
| 08:21 | atoms/bonds સુધી નીચે સ્ક્રોલ કરો. |
| 08:24 | સબ મેનુમાંથી ball and stickને પસંદ કરો . |
| 08:28 | નોંધ લો કે સ્ટ્રક્ચર hydrogen એટમ્સ વગરનું છે. |
| 08:33 | હાઇડ્રોજન એટમ્સ ઉમેરવા ,Tools મેનુમાં નીચે સ્ક્રોલ કરો. |
| 08:37 | Structure Editing ઉપર ક્લિક કરો. |
| 08:40 | સબ મેનુમાંથી Add hydrogens વિકલ્પને પસંદ કરો. |
| 08:45 | ડાઈલોગ બોક્સ માં દેખાડ્યા પ્રમાણે પસંદગી કરો. |
| 08:49 | OK બટન ઉપર ક્લિક કરો. |
| 08:52 | ધ્યાનથી જુઓ સ્ટ્રક્ચર હવે hydrogen એટમ્સ સાથે દેખાય છે. |
| 08:57 | સામાન્ય રીતે proteinનું સ્ટ્રક્ચર પાણીના અણુંઓ(molecules)થી સંકળાયેલ હોય છે. |
| 09:02 | પાણીના અણુંઓને છુપાવવા માટે, Select મેનુ ઉપર જાઓ, Residue સુધી નીચે સ્ક્રોલ કરો, વિકલ્પ HOH ઉપર ક્લિક કરો. |
| 09:13 | સ્ક્રીનને ધ્યાનથી જુઓ ; બધા જ પાણીના અણુંઓ પ્રકાશિત થતા દેખાય છે. |
| 09:18 | actions મેનુ ઉપર જાઓ , Atoms\bonds સુધી નીચે સ્ક્રોલ કરો અને hide વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો. |
| 09:26 | આ સ્ટ્રક્ચરમાંથી પાણીના અણુંઓને છુપાવી દેશે. |
| 09:30 | મેનુ બારમાંનો Presets વિકલ્પ સ્ટ્રકચરના દેખાવને બદલવાના બીજા ઘણા વિકલ્પો ધરાવે છે. |
| 09:36 | જયારે તમે Interactive 1 વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો છો : સ્ટ્રક્ચર રિબિનસ તરીકે દેખાશે ,
અને બંને peptide chains જુદા રંગોમાં દેખાશે. |
| 09:45 | Interactive 2 સ્ટ્રકચરને atoms ડિસ્પ્લેમાં રૂપાંતરિત કરે છે. |
| 09:50 | પાછા Interactive 1 ડિસ્પ્લે ઉપર જાઓ. |
| 09:53 | આપણે peptide chainsના રંગ પસંદગીથી બદલી શકીએ. |
| 09:57 | Select મેનુમાં નીચે જાઓ અને chain Aને સબ મેનુમાંથી પસંદ કરો. |
| 10:02 | Chain A હવે પ્રકાશિત થયેલ છે. |
| 10:05 | Actions મેનુ ઉપર જાઓ, color સુધી નીચે સ્ક્રોલ કરો અને yellow પસંદ કરો. |
| 10:11 | Chain A હવે પીળા રંગમાં દેખાય છે. |
| 10:15 | પસંદગીને નાબૂદ કરવા , કિબોર્ડની CTRL કીને પકડી રાખો . અને Chimera વિન્ડો ઉપર ખાલી જગ્યા(empty space) ઉપર ક્લિક કરો. |
| 10:23 | તો અહીં આપણું આ ટ્યૂટોરિઅલ સમાપ્ત થાય છે. |
| 10:26 | Chimera વિન્ડોની બહાર નીકળવા , File મેનુ ઉપર જાઓ અને Quit વિકલ્પને ક્લિક કરો. |
| 10:32 | ચાલો તો હવે સારાંશ જોઈએ, આ ટુરોરિઅલમાં આપણે શીખ્યા કે Chimera વિન્ડોમાં સ્ટ્રક્ચર કેવી રીતે ખોલવું. અને protein સ્ટ્રક્ચર માટે PDB ફાઈલ ડાઉનલોડ કરવી. |
| 10:43 | સ્ટ્રક્ચરને મુવ, રોટેટ અને ઝૂમ કરવું . તેને સ્કેલ અને કલીપ કરવાનું. |
| 10:49 | મેનુ બારમાંના મેનુઝનો ઉપયોગ કરી સ્ટ્રક્ચરનો દેખાવ બદલવો . |
| 10:53 | પાણીના પરમાણુઓને નાબૂદ કરવા. અને hydrogensને ઉમેરવા. |
| 10:57 | અભ્યાસ માટે PDB ડેટાબેઝમાંથી Leucine zipper માટેની pdb ફાઈલ ડાઉનલોડ કરો. |
| 11:04 | Chimera વિન્ડો ઉપર File માંના Open વિકલ્પનો ઉપયોગ કરી pdb ફાઈલ ખોલો. |
| 11:10 | એટમ્સના દેખાવને wireમાં બદલો અને બધી જ aromatic rings ને disksમાં બદલો. |
| 11:16 | તમારો પૂર્ણ થયેલ અભ્યાસ આ મુજબ દેખાશે. |
| 11:21 | આ નીચેની લિંક ઉપરનો વિડિઓ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ પ્રોજેક્ટનો સારાંશ આપે છે. |
| 11:26 | તેને ડાઉલોડ કરો અને નિહાળો. |
| 11:28 | સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલની ટીમ આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ્સ દ્વારા વર્કશોપ્સનું સંચાલન કરે છે અને જેઓ આ ઓનલાઇન પરીક્ષા પાસ કરે છે તેઓને સર્ટિફિકેટ્સ પણ આપે છે. |
| 11:34 | વધુ માહિતી માટે, અહીં contact@spoken-tutorial.org ઉપર લખો. |
| 11:38 | સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ પ્રોજેક્ટને NMEICT, MHRD, ભારત સરકાર તરફથી ભંડોળ પૂરું પાડવામાં આવે છે. |
| 11:44 | આ યોજના માટેની વધુ માહિતી આ લિંક "સ્પોકન હાઈફન ટ્યુટોરીયલ ડોટ ઓઆરજી સ્લેશ NMEICT હાઈફન ઇનટ્રો" ઉપર ઉપલબ્ધ છે. |
| 11:48 | ભાષાંતર કરનાર હું શિવાની ગડા વિદાય લાઉ છું. અમારી સાથે જોડાવા આભાર. |
