Difference between revisions of "CellDesigner/C3/Customizing-Diagram-Layout/Gujarati"
From Script | Spoken-Tutorial
Shivanigada (Talk | contribs) (Created page with "{| border=1 || '''Time''' || '''Narration''' |- | 00:01 | નમસ્તે મિત્રો.''' CellDesigner’'''ના આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિ...") |
Shivanigada (Talk | contribs) |
||
Line 25: | Line 25: | ||
|- | |- | ||
| 00:44 | | 00:44 | ||
− | | | + | | આ ટ્યૂટોરિઅલને રેકોર્ડ કરવા, હું '''Ubuntu Linux OS 14.04''' ,'''CellDesigner version 4.3''' અને '''Java version 1.7'''નો ઉપયોગ કરી રહી છું. |
|- | |- | ||
− | | | + | | 01:01 |
| આ ટ્યૂટોરિઅલને સમજવા તમે undergraduate ''' Biochemistry'''ના અને '''CellDesigner ''' ઇન્ટરફેઝના પરિચિત હોવા જરૂરી છો. | | આ ટ્યૂટોરિઅલને સમજવા તમે undergraduate ''' Biochemistry'''ના અને '''CellDesigner ''' ઇન્ટરફેઝના પરિચિત હોવા જરૂરી છો. | ||
|- | |- | ||
− | | | + | | 01:12 |
| જો તમે ન જાણતા હોવ,તો તેને સંબંધિત ''' CellDesigner tutorials''' અમારી વેબસાઈટ ‘’’www.spoken-tutorial.org’’’ ઉપર ઉપલબ્ધ છે. | | જો તમે ન જાણતા હોવ,તો તેને સંબંધિત ''' CellDesigner tutorials''' અમારી વેબસાઈટ ‘’’www.spoken-tutorial.org’’’ ઉપર ઉપલબ્ધ છે. | ||
|- | |- | ||
| 01:20 | | 01:20 | ||
− | | | + | | તો ચાલુ શરૂઆત કરીએ. |
|- | |- | ||
| 01:22 | | 01:22 | ||
− | | | + | | અગાઉના ટ્યૂટોરિઅલ્સમાંના એક માટે અભ્યાસ હતો કે - '''Methionine Biosynthesis''' માટે એક '''process diagram ''' બનાવવો. |
|- | |- | ||
− | | | + | | 01:32 |
− | | | + | | હું તે જ ડાયગ્રામને અહીં ઉદાહરણ તરીકે વાપરી રહી છું . અને તેને કેવી રીતે કસ્ટમાઇઝ(ફેરફાર કરવા) કરવું તે તમને સમજાવીશ. |
|- | |- | ||
− | | | + | | 01:43 |
− | | | + | | ચોલો તો મને '''CellDesigner''' ઇન્ટરફેઝ ઉપર જતા રહેવા દો. |
|- | |- | ||
− | | | + | | 01:47 |
| અહીં તમે જે જોઈ રહ્યા છો તે '''Methionine Biosynthesis''' માટે નો '''process diagram ''' છે. | | અહીં તમે જે જોઈ રહ્યા છો તે '''Methionine Biosynthesis''' માટે નો '''process diagram ''' છે. | ||
Line 60: | Line 60: | ||
|- | |- | ||
− | | | + | | 02:01 |
− | | | + | | જો તમારી પાસે સેવ કરેલી ફાઈલ ન હોય તો તમને આપવામાં આવેલ '''code file'''ને ખોલી શકો છો. |
|- | |- | ||
− | | | + | | 02:08 |
− | | | + | | તો ચાલો હું આ '''diagram'''માં ફેરફાર કરવાનું શરુ કરું. |
|- | |- | ||
− | | | + | | 02:12 |
| ચાલો પાછા ''' Cell designer '''ઇન્ટરફેઝ ઉપર જઈએ. | | ચાલો પાછા ''' Cell designer '''ઇન્ટરફેઝ ઉપર જઈએ. | ||
|- | |- | ||
| 02:16 | | 02:16 | ||
− | | | + | | હું '''Reaction line'''ના '''width અને color''' બદલવાથી શરુ કરું . |
|- | |- | ||
| 02:22 | | 02:22 | ||
− | | | + | | તે કરવા માટે , હું ''' Homoserine ''' અને '''Succinyl homoserine''' વચ્ચેના '''State Transition'''ને સિલેક્ટ કરી રહી છું . |
|- | |- | ||
− | | | + | | 02:30 |
− | | | + | | હવે '''main menu''' બારમાંના “'''Component'''” ઉપર જાઓ. |
|- | |- | ||
| 02:35 | | 02:35 | ||
− | | | + | | અને “'''Change color & shape'''” વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો. |
|- | |- | ||
− | | | + | | 02:39 |
− | | | + | | અથવા તો , તમે '''Reaction line''' ઉપર રાઈટ-ક્લિક કરો અને “'''Change color & shape'''” વિકલ્પ સિલેક્ટ કરો. |
|- | |- | ||
| 02:47 | | 02:47 | ||
− | | | + | | “'''Change color & shape”''' નામનો ડાયલોગ બોક્સ સ્ક્રીન ઉપર ખુલે છે . |
|- | |- | ||
| 02:53 | | 02:53 | ||
− | | | + | | થોડી જાડી '''Reaction line''' માટે ,'''Line Width '''ને 1.0 થી ઉચ્ચ સંખ્યામાં બદલો . |
|- | |- | ||
− | | | + | | 03:02 |
| હું તેને બદલીને 3.0 કરીશ. | | હું તેને બદલીને 3.0 કરીશ. | ||
|- | |- | ||
− | | | + | | 03:06 |
− | | | + | | '''Reaction line'''નો રંગ બદલવા ,''' Color panel''' ઉપર જાઓ. |
|- | |- | ||
− | | | + | | 03:12 |
− | | | + | | ''' Color panel''' માં એક '''color wheel''' દેખાય છે,જેમાં હેન્ડલ જેવું પોઇન્ટર છે. |
|- | |- | ||
− | | | + | | 03:19 |
− | | | + | | પોઇન્ટરને ક્લિક કરી પકડી રાખો અને પછી તમને યોગ્ય ગમતો રંગ સિલેક્ટ કરવા તેને ગોળ ફેરવો. |
|- | |- | ||
− | | | + | | 03:25 |
| હું ભૂરા રંગનો એક શેડ પસંદ કરીશ. | | હું ભૂરા રંગનો એક શેડ પસંદ કરીશ. | ||
|- | |- | ||
− | | | + | | 03:28 |
| ત્યાર બાદ , ''''color triangle''''ની અંદર ક્યાંય પણ ક્લિક કરો. | | ત્યાર બાદ , ''''color triangle''''ની અંદર ક્યાંય પણ ક્લિક કરો. | ||
|- | |- | ||
− | | | + | | 03:34 |
| ત્યાર બાદ, આ નાનું સર્કલ ક્લિક કરો અને આ પોઇન્ટર તરફ ડ્રોપ કરો. | | ત્યાર બાદ, આ નાનું સર્કલ ક્લિક કરો અને આ પોઇન્ટર તરફ ડ્રોપ કરો. | ||
|- | |- | ||
| 03:40 | | 03:40 | ||
− | | | + | | બધા જ ફેરફારો કાર્ય બાદ , '''Apply''' ઉપર ક્લિક કરો અને પછી '''Ok''' ઉપર ક્લિક કરો. |
|- | |- | ||
| 03:48 | | 03:48 | ||
− | | | + | | ધ્યાનથી જુઓ આ '''Reaction line ''' હવે થોડી જાડી દેખાય છે અને તેનો રંગ ભૂરા શેડનો દેખાય છે. |
|- | |- | ||
Line 140: | Line 140: | ||
|- | |- | ||
− | | | + | | 04:01 |
− | | | + | | અને એન્કર પોઇન્ટ શા માટે '''Reaction lines''' ના ફરતે ફરવા માટે ઉપયોગી છે. |
+ | |||
|- | |- | ||
− | | | + | | 04:09 |
| તેમને વ્યવસ્થિત આકાર આપવા અને '''draw area''' ઉપર તેમને વ્યવસ્થિત સ્થિતિમાં મુકવા. | | તેમને વ્યવસ્થિત આકાર આપવા અને '''draw area''' ઉપર તેમને વ્યવસ્થિત સ્થિતિમાં મુકવા. | ||
|- | |- | ||
− | | | + | | 04:16 |
− | | | + | | ચાલો '''CellDesigner interface''' ઉપર પાછા આવીએ . |
|- | |- | ||
Line 159: | Line 160: | ||
|- | |- | ||
− | | | + | | 04:31 |
| કર્સર દ્વારા, આ લાઈન ઉપર, એ ચોક્કસ સ્થળ પસંદ કરો જ્યાં '''Anchor point''' મુકાવો જોઈએ. | | કર્સર દ્વારા, આ લાઈન ઉપર, એ ચોક્કસ સ્થળ પસંદ કરો જ્યાં '''Anchor point''' મુકાવો જોઈએ. | ||
|- | |- | ||
− | | | + | | 04:39 |
| ચોક્કસ પોઇન્ટનું સિલેક્શન કાર્ય પછી , રાઈટ - ક્લિક કરી અને '''Add Anchor Point''' સિલેક્ટ કરો. | | ચોક્કસ પોઇન્ટનું સિલેક્શન કાર્ય પછી , રાઈટ - ક્લિક કરી અને '''Add Anchor Point''' સિલેક્ટ કરો. | ||
|- | |- | ||
− | | | + | | 04:47 |
− | | | + | | તમે '''Reaction line''' ઉપર પાસાં કરેલા ચોક્કસ સ્થળે એક નવો '''Anchor point''' ઉમેરાયેલો જોઈ શકશો. |
|- | |- | ||
− | | | + | | 04:55 |
− | | | + | | ચાલો હું તમને બતાઉં કે એક રિએક્શન લાઈનમાં ફેરફાર કરવા '''Anchor Points ''' કેવી રીતે મદદ કરે છે. |
|- | |- | ||
− | | | + | | 05:03 |
| ચાલો હું એક નવી વીન્ડો ખોલું અને તેને નામ આપું '''Anchor''' અને ''' OK''' ઉપર ક્લિક કરું. | | ચાલો હું એક નવી વીન્ડો ખોલું અને તેને નામ આપું '''Anchor''' અને ''' OK''' ઉપર ક્લિક કરું. | ||
|- | |- | ||
− | | | + | | 05:11 |
| હવે '''GTP/GDP''' માટે આ આઇકોન ઉપર ક્લિક કરીએ. | | હવે '''GTP/GDP''' માટે આ આઇકોન ઉપર ક્લિક કરીએ. | ||
|- | |- | ||
− | | | + | | 05:18 |
| અને '''draw''' વિસ્તાર ઉપર ક્યાંય પણ ક્લિક કરીએ. | | અને '''draw''' વિસ્તાર ઉપર ક્યાંય પણ ક્લિક કરીએ. | ||
|- | |- | ||
− | | | + | | 05:22 |
| ''' Reaction line''' ઉપર રાઈટ-ક્લિક કરીએ અને ''' Add Anchor point''' ઉપર ક્લિક કરીએ. | | ''' Reaction line''' ઉપર રાઈટ-ક્લિક કરીએ અને ''' Add Anchor point''' ઉપર ક્લિક કરીએ. | ||
|- | |- | ||
− | | | + | | 05:29 |
| ''' Reaction line'''ને '''draw''' વિસ્તારમાં ક્યાં પણ ડ્રેગ કરો અને ડ્રોપ કરો. | | ''' Reaction line'''ને '''draw''' વિસ્તારમાં ક્યાં પણ ડ્રેગ કરો અને ડ્રોપ કરો. | ||
|- | |- | ||
− | | | + | | 05:37 |
− | | | + | | ત્યાર બાદ આપણે જોઈશું કે આ કમ્પોનંટ્સને '''draw area''' ઉપર કેવી રીતે '''align''' કરવા. |
|- | |- | ||
− | | | + | | 05:44 |
− | | | + | | ચાલો આપણે પાછા ''' Methionine biosynthesis process diagram''' વીન્ડોવ ઉપર જઈએ. |
|- | |- | ||
− | | | + | | 05:50 |
− | | | + | | પ્રકાશિત થયેલ '''Reaction line''' ને અનચેક કરવા '''draw area''' ઉપર ક્યાંય પણ ક્લિક કરીએ. |
|- | |- | ||
| 05:56 | | 05:56 | ||
− | | | + | | હવે , ''''Shift'''' કી ને પડકી રાખો અને '''draw area'''માં રહેલ વિવિધ '''Species''' ઉપર ક્લિક કરો. |
|- | |- | ||
| 06:04 | | 06:04 | ||
− | | | + | | '''Edit''' મેનુ ઉપર જાઓ , નીચે સ્ક્રોલ કરો અને '''Alignment'''ને સિલેક્ટ કરો અને પછી '''Alignment type''' ઉપર ક્લિક કરો . |
|- | |- | ||
− | | | + | | 06:15 |
| વૈકલ્પિક રીતે ટૂલબાર ઉપરના આઇકોન '''Alignment ''' ઉપર ક્લિક કરો. | | વૈકલ્પિક રીતે ટૂલબાર ઉપરના આઇકોન '''Alignment ''' ઉપર ક્લિક કરો. | ||
|- | |- | ||
− | | | + | | 06:21 |
− | | | + | | ટૂલ બાર ઉપરના અન્ય બીજા '''Alignment''' વિકલ્પો તમારી જાતે શોધો. |
|- | |- | ||
− | | | + | | 06:27 |
− | | | + | | ચાલો આપણે આ '''alignment''' ને હવે '''undo''' કરીએ અને આગળ વધીએ. |
|- | |- | ||
| 06:31 | | 06:31 | ||
− | | | + | | જ્યારે '''Reaction''' ઉપર કામ કરતા હોઈએ ત્યારે , '''process diagram''' ઉપર આપણે '''Reaction ids '''ને કેવી રીતે '''show/hide''' કરી શકીએ ? |
|- | |- | ||
− | | | + | | 06:39 |
| ચાલો તે શીખીએ. | | ચાલો તે શીખીએ. | ||
|- | |- | ||
| 06:41 | | 06:41 | ||
− | | | + | | ''''View'''' ઉપર જઈએ , નીચે સ્ક્રોલ કરીએ અને ''''Show Reaction Id''''ને અનચેક કરીએ. |
|- | |- | ||
− | | | + | | 06:48 |
| જુઓ હવે '''draw area''' ઉપરના રિએક્શનને સંબંધિત '''Reaction ids''' દેખાશે નહીં. | | જુઓ હવે '''draw area''' ઉપરના રિએક્શનને સંબંધિત '''Reaction ids''' દેખાશે નહીં. | ||
|- | |- | ||
− | | | + | | 06:55 |
− | | | + | | જો તમારે આ '''Reaction Id'''ને બતાવવા હોય તો આ પ્રમાણે કરો. |
|- | |- | ||
− | | | + | | 07:01 |
− | | | + | | ''''View'''' ઉપર જાઓ , નીચે સ્ક્રોલ કરો અને ''''Show Reaction Id'''' ઉપર ક્લિક કરો. |
|- | |- | ||
− | | | + | | 07:08 |
− | | | + | | '''draw area''' ઉપર '''reactions'''ને સંબંધિત '''Reaction ids''' દ્રશ્યમાન થઇ જશે. |
|- | |- | ||
Line 259: | Line 260: | ||
|- | |- | ||
− | | | + | | 07:21 |
− | | | + | | ચાલો શીખીએ કે તે કેવી રીતે કરાય. |
|- | |- | ||
− | | | + | | 07:24 |
− | | | + | | '''draw area''' ઉપરના એક '''Species''' ઉપર રાઈટ-ક્લિક કરીએ. |
|- | |- | ||
− | | | + | | 07:28 |
| હું '''CoA''' ઉપર ક્લિક કરીશ. | | હું '''CoA''' ઉપર ક્લિક કરીશ. | ||
|- | |- | ||
− | | | + | | 07:32 |
− | | | + | | નીચે સ્ક્રોલ કરો અને ‘'''Species Notes'''’ ઉપર ક્લિક કરો . |
|- | |- | ||
− | | | + | | 07:35 |
− | | | + | | એક '''Pop Up''' મેનુ દૃશ્યમાન થાય છે. |
|- | |- | ||
− | | | + | | 07:38 |
− | | | + | | એક ''''Species Notes'''' ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે . '''Species'''ને સંબંધિત લખાણ ટાઈપ કરો. |
|- | |- | ||
− | | | + | | 07:46 |
− | | | + | | હું આ મુજબ ટાઈપ કરીશ. |
|- | |- | ||
− | | | + | | 07:49 |
| ''''OK'''' ક્લિક કરીએ. | | ''''OK'''' ક્લિક કરીએ. | ||
|- | |- | ||
− | | | + | | 07:51 |
− | | | + | | ધ્યાનથી જુઓ કે '''Notes Area'''માં '''notes information ''' દેખાય છે. |
|- | |- | ||
− | | | + | | 07:58 |
| વૈકલ્પિક રીતે એક '''Species'''માં નોટ્સ ઉમેરવા , '''draw area''' ઉપર તે '''Species''' ને ક્લિક કરો. | | વૈકલ્પિક રીતે એક '''Species'''માં નોટ્સ ઉમેરવા , '''draw area''' ઉપર તે '''Species''' ને ક્લિક કરો. | ||
|- | |- | ||
− | | | + | | 08:06 |
| હું ''' Succinate''' ઉપર ક્લિક કરીશ. | | હું ''' Succinate''' ઉપર ક્લિક કરીશ. | ||
|- | |- | ||
− | | | + | | 08:09 |
| પછી , '''Edit Notes''' ટેબ ઉપર ક્લિક કરો , જે '''CellDesigner ''' વીન્ડોવના નીચે જમણી બાજુના ખૂણામાં છે. | | પછી , '''Edit Notes''' ટેબ ઉપર ક્લિક કરો , જે '''CellDesigner ''' વીન્ડોવના નીચે જમણી બાજુના ખૂણામાં છે. | ||
|- | |- | ||
| 08:18 | | 08:18 | ||
− | | | + | | એક પૉપ અપ વીન્ડોવ ખુલશે. |
|- | |- | ||
− | | | + | | 08:21 |
| '''Species'''-ને સંબંધિત લખાણ ટાઈપ કરો. | | '''Species'''-ને સંબંધિત લખાણ ટાઈપ કરો. | ||
|- | |- | ||
− | | | + | | 08:25 |
| હું ટાઈપ કરીશ અને ''''OK'''' ઉપર ક્લિક કરીશ. | | હું ટાઈપ કરીશ અને ''''OK'''' ઉપર ક્લિક કરીશ. | ||
Line 327: | Line 328: | ||
|- | |- | ||
− | | | + | | 08:40 |
| હું '''Homoserine succinyl transferase''' ઉપર ક્લિક કરીશ. | | હું '''Homoserine succinyl transferase''' ઉપર ક્લિક કરીશ. | ||
|- | |- | ||
− | | | + | | 08:46 |
− | | | + | | નીચે સ્ક્રોલ કરો અને '''Edit Protein'''ને ક્લિક કરો. |
|- | |- | ||
− | | | + | | 08:51 |
− | | | + | | '''Protein''' નામનું એક ડાયલોગ બોક્સ સ્ક્રીન ઉપર દેખાશે. |
|- | |- | ||
− | | | + | | 08:55 |
− | | | + | | '''name box'''માં '''Protein '''નું નામ એન્ટર કરો. |
|- | |- | ||
− | | | + | | 09:00 |
| હું '''name box'''માં ટાઈપ કરીશ '''O-succinyltransferase '''. | | હું '''name box'''માં ટાઈપ કરીશ '''O-succinyltransferase '''. | ||
Line 351: | Line 352: | ||
|- | |- | ||
− | | | + | | 09:11 |
| આપણે '''Protein'''માં '''regions''' પણ ઉમેરી શકીએ. | | આપણે '''Protein'''માં '''regions''' પણ ઉમેરી શકીએ. | ||
|- | |- | ||
− | | | + | | 09:15 |
− | | | + | | '''draw area''' ઉપર રહેલ એક '''Protein''' ઉપર રાઈટ-ક્લિક કરો. |
|- | |- | ||
− | | | + | | 09:19 |
− | | | + | | હું '''O-succinyltransferase.''' ઉપર રાઈટ-ક્લિક કરીશ. |
|- | |- | ||
− | | | + | | 09:24 |
− | | | + | | નીચે સ્ક્રોલ કરો અને '''Edit Protein''' ઉપર ક્લિક કરો. |
|- | |- | ||
− | | | + | | 09:29 |
− | | | + | | એક ડાયલોગ બોક્સ,'''Protein''' સ્ક્રીન ઉપર દેખાય છે. |
|- | |- | ||
− | | | + | | 09:33 |
− | | | + | | ‘'''residues/regions'''’ ટેબ નીચે, ''''Add'''' બટન ઉપર ક્લિક કરો. |
|- | |- | ||
| 09:40 | | 09:40 | ||
− | | | + | | ડાયલોગ બોક્સ-''' ModificationResidue/Bindingregion'''માં : |
|- | |- | ||
− | | | + | | 09:46 |
| ડ્રોપ ડાઉન મેનુમાંથી '''‘Type’''' ને ‘'''Binding region''' તરીકે સિલેક્ટ કરીએ. | | ડ્રોપ ડાઉન મેનુમાંથી '''‘Type’''' ને ‘'''Binding region''' તરીકે સિલેક્ટ કરીએ. | ||
|- | |- | ||
− | | | + | | 09:52 |
| આવશ્યક વેલ્યુ પર કર્સર ખસેડીને સાઈઝ અને એન્ગલ બદલો. | | આવશ્યક વેલ્યુ પર કર્સર ખસેડીને સાઈઝ અને એન્ગલ બદલો. | ||
|- | |- | ||
− | | | + | | 09:59 |
| તેના ડેમો તરીકે, હું '''Size '''ને 15 અને '''Angle''' ને 38 સિલેક્ટ કરીશ. | | તેના ડેમો તરીકે, હું '''Size '''ને 15 અને '''Angle''' ને 38 સિલેક્ટ કરીશ. | ||
Line 395: | Line 396: | ||
|- | |- | ||
− | | | + | | 10:12 |
− | | | + | | '''Update''' ઉપર ક્લિક કરીએ. |
|- | |- | ||
− | | | + | | 10:14 |
− | | | + | | અને આ બોક્સને બંધ કરીએ. |
|- | |- | ||
− | | | + | | 10:17 |
− | | | + | | જો કે આપણને '''Methionine Biosynthesis '''માં '''region''' ઉમેરવાની જરૂર નથી એટલે હું આ ફેરફારોને '''undo''' કરું છું. |
|- | |- | ||
− | | | + | | 10:25 |
− | | | + | | ત્યાર બાદ માહિતીઓને કેવી રીતે એડિટ કરાય તે શીખીએ . |
|- | |- | ||
− | | | + | | 10:30 |
− | | | + | | '''draw area''' ઉપર રહેલા '''component ''' ઉપર રાઈટ-ક્લિક કરીએ. |
|- | |- | ||
− | | | + | | 10:33 |
− | | | + | | હું ''' Homoserine ''' ઉપર ક્લિક કરીશ. |
|- | |- | ||
Line 423: | Line 424: | ||
|- | |- | ||
− | | | + | | 10:41 |
− | | | + | | સ્ક્રીન ઉપર '''‘Edit Information’''' ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે. |
|- | |- | ||
Line 431: | Line 432: | ||
|- | |- | ||
− | | | + | | 10:54 |
− | | | + | | ‘'''prefix'''’ ટેબ નીચેના '''mt. '''ને સિલેક્ટ કરો. |
|- | |- | ||
− | | | + | | 10:59 |
− | | | + | | '''‘label’ ''' ટેબ નીચેના '''dna.'''ને સિલેક્ટ કરો. |
|- | |- | ||
− | | | + | | 11:04 |
− | | | + | | '''‘Ok’.''' ઉપર ક્લિક કરો. |
|- | |- | ||
− | | | + | | 11:07 |
− | | | + | | તમે '''draw area''' ઉપર દેખાઈ રહેલી માહિતી '''mt:dna''' જોઈ શકો છો. |
|- | |- | ||
− | | | + | | 11:15 |
− | | | + | | હું '''Edit Information'''ને undo કરીશ કારણકે મને તેની '''Methionine Biosynthesis'''માં જરૂર નથી. |
|- | |- | ||
− | | | + | | 11:23 |
− | | | + | | કેટલાક કેસીસમાં , '''process diagram''' અટપટો(જટિલ) હોય શકે છે. |
|- | |- | ||
− | | | + | | 11:28 |
| આવા કેસીસમાં , '''Bird's eye view''' મદદરૂપ થાય છે કારણકે તેનાથી મોટા મોડેલની અંદર નેવિગેટ કરવું અનુકૂળ રહે છે. | | આવા કેસીસમાં , '''Bird's eye view''' મદદરૂપ થાય છે કારણકે તેનાથી મોટા મોડેલની અંદર નેવિગેટ કરવું અનુકૂળ રહે છે. | ||
|- | |- | ||
− | | | + | | 11:37 |
| આઇકોન '''Bird's eye view ''' ઉપર ક્લિક કરીએ. | | આઇકોન '''Bird's eye view ''' ઉપર ક્લિક કરીએ. | ||
|- | |- | ||
− | | | + | | 11:41 |
− | | | + | | લાલ ચોરસને '''Bird’s Eye View'''ની અંદર લઇ જાઓ. |
|- | |- | ||
− | | | + | | 11:46 |
| નોંધ લો કે '''draw area'''ઉપર દેખાતું દૃશ્ય તે મુજબ ખસે છે. | | નોંધ લો કે '''draw area'''ઉપર દેખાતું દૃશ્ય તે મુજબ ખસે છે. | ||
|- | |- | ||
− | | | + | | 11:52 |
− | | | + | | તો અહીં આપણું આ ટ્યૂટોરિઅલ સમાપ્ત થાય છે. |
|- | |- | ||
− | | | + | | 11:56 |
| ચાલો સારાંશ જોઈએ. આ ટ્યૂટોરિઅલમાં,આપણે શીખ્યા કે કેવી રીતે : '''Reaction line'''ના color, shape અને width બદલી શકાય | | ચાલો સારાંશ જોઈએ. આ ટ્યૂટોરિઅલમાં,આપણે શીખ્યા કે કેવી રીતે : '''Reaction line'''ના color, shape અને width બદલી શકાય | ||
|- | |- | ||
− | | | + | | 12:07 |
| '''Reaction line'''માં '''Anchor points''' ઉમેરતા , '''Components'''ને સંરેખિત કરતા, '''Reaction ids''' બતાડતાં / છુપાવતા. | | '''Reaction line'''માં '''Anchor points''' ઉમેરતા , '''Components'''ને સંરેખિત કરતા, '''Reaction ids''' બતાડતાં / છુપાવતા. | ||
|- | |- | ||
− | | | + | | 12:18 |
− | | | + | | આપણે આ પણ શીખ્યા કે કેવી રીતે - '''Components'''માં '''Notes'''(નોંધ) ઉમેરવી. |
|- | |- | ||
− | | | + | | 12:23 |
− | | | + | | '''Protein'''ને એડિટ કરવું, '''information''' ને એડિટ કરવી. |
|- | |- | ||
− | | | + | | 12:27 |
| ડાયગ્રામનું એકદમ બારીકાઇ('''Bird’s Eye View ''')થી નિરીક્ષણ કરવું. | | ડાયગ્રામનું એકદમ બારીકાઇ('''Bird’s Eye View ''')થી નિરીક્ષણ કરવું. | ||
|- | |- | ||
− | | | + | | 12:32 |
− | | | + | | અભ્યાસ માટે CellDesignerના ટૂલ્સની મદદથી '''Glycolysis Process Diagram''' બનાવો. |
|- | |- | ||
− | | | + | | 12:41 |
| '''Reaction line'''ના જુદા જુદા આકારો(shapes) શોધો. | | '''Reaction line'''ના જુદા જુદા આકારો(shapes) શોધો. | ||
|- | |- | ||
− | | | + | | 12:47 |
| આ લિંક :'''www.spoken-tutorial.org''' ઉપરનો વિડીયો નિહાળો તે આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ યોજના વિષે માહિતી આપે છે. | | આ લિંક :'''www.spoken-tutorial.org''' ઉપરનો વિડીયો નિહાળો તે આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ યોજના વિષે માહિતી આપે છે. | ||
|- | |- | ||
− | | | + | | 12:52 |
| જો તમારી પાસે સારી બેન્ડવિથ ન હોય તો તમે તેને ડાઉનલોડ કરીને જોઈ શકો છો. | | જો તમારી પાસે સારી બેન્ડવિથ ન હોય તો તમે તેને ડાઉનલોડ કરીને જોઈ શકો છો. | ||
|- | |- | ||
| 12:57 | | 12:57 | ||
− | | | + | | સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલની ટીમ આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ્સ દ્વારા વર્કશોપ્સનું સંચાલન કરે છે.જેઓ આ ઓનલાઇન પરીક્ષા પાસ કરે છે તેઓને સર્ટિફિકેટ્સ પણ આપે છે. |
|- | |- | ||
− | | | + | | 13:06 |
| વધુ માહિતી માટે અમને અહીં લખો : [mail માટે :contact@spoken-tutorial.org] | | વધુ માહિતી માટે અમને અહીં લખો : [mail માટે :contact@spoken-tutorial.org] | ||
|- | |- | ||
− | | | + | | 13:13 |
| સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ પ્રોજેક્ટ એ ટોક ટુ અ ટીચર યોજનાનો એક ભાગ છે. જે આઇસીટી,એમએચઆરડી,ભારત સરકાર દ્વારા શિક્ષણ પર નેશનલ મિશન દ્વારા આધારભૂત છે. આ ઉપર વધુ માહિતી ’’’’spoken hyphen tutorial dot org slash NMEICT hyphen Intro ’’’ ઉપર ઉપલબ્ધ છે. | | સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ પ્રોજેક્ટ એ ટોક ટુ અ ટીચર યોજનાનો એક ભાગ છે. જે આઇસીટી,એમએચઆરડી,ભારત સરકાર દ્વારા શિક્ષણ પર નેશનલ મિશન દ્વારા આધારભૂત છે. આ ઉપર વધુ માહિતી ’’’’spoken hyphen tutorial dot org slash NMEICT hyphen Intro ’’’ ઉપર ઉપલબ્ધ છે. | ||
|- | |- | ||
− | | | + | | 13:29 |
− | | | + | | અનુવાદ કરનાર હું છું શિવાની ગડા. આભાર. |
|} | |} |
Latest revision as of 16:20, 7 November 2017
Time | Narration |
00:01 | નમસ્તે મિત્રો. CellDesigner’ના આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ ‘Customizing Diagram Layout’ માં તમારું સ્વાગત છે. |
00:08 | આ ટ્યૂટોરિઅલમાં , આપણે શીખીશું કે કેવી રીતે : Reaction lineનો color, shape અને width બદલી શકાય, |
00:19 | Reaction lineમાં Anchor points ઉમેરવા , Componentsને સંરેખિત કરવા, Reaction ids બતાવવા / છુપાવવા. |
00:30 | આપણે આ પણ શીખીશું કે કેવી રીતે : Componentsમાં Notes(નોંધ) ઉમેરવી, Proteinને એડિટ કરવું, information ને એડિટ કરવી. |
00:39 | અને ડાઇગ્રામનું bird’s eye view મેળવવું. |
00:44 | આ ટ્યૂટોરિઅલને રેકોર્ડ કરવા, હું Ubuntu Linux OS 14.04 ,CellDesigner version 4.3 અને Java version 1.7નો ઉપયોગ કરી રહી છું. |
01:01 | આ ટ્યૂટોરિઅલને સમજવા તમે undergraduate Biochemistryના અને CellDesigner ઇન્ટરફેઝના પરિચિત હોવા જરૂરી છો. |
01:12 | જો તમે ન જાણતા હોવ,તો તેને સંબંધિત CellDesigner tutorials અમારી વેબસાઈટ ‘’’www.spoken-tutorial.org’’’ ઉપર ઉપલબ્ધ છે. |
01:20 | તો ચાલુ શરૂઆત કરીએ. |
01:22 | અગાઉના ટ્યૂટોરિઅલ્સમાંના એક માટે અભ્યાસ હતો કે - Methionine Biosynthesis માટે એક process diagram બનાવવો. |
01:32 | હું તે જ ડાયગ્રામને અહીં ઉદાહરણ તરીકે વાપરી રહી છું . અને તેને કેવી રીતે કસ્ટમાઇઝ(ફેરફાર કરવા) કરવું તે તમને સમજાવીશ. |
01:43 | ચોલો તો મને CellDesigner ઇન્ટરફેઝ ઉપર જતા રહેવા દો. |
01:47 | અહીં તમે જે જોઈ રહ્યા છો તે Methionine Biosynthesis માટે નો process diagram છે. |
01:53 | અહીં તમે આ ટ્યૂટોરિઅલને અટકાવી દો અને જે Methionine Biosynthesis process diagram તમે બનાવ્યો છે તે ખોલો. |
02:01 | જો તમારી પાસે સેવ કરેલી ફાઈલ ન હોય તો તમને આપવામાં આવેલ code fileને ખોલી શકો છો. |
02:08 | તો ચાલો હું આ diagramમાં ફેરફાર કરવાનું શરુ કરું. |
02:12 | ચાલો પાછા Cell designer ઇન્ટરફેઝ ઉપર જઈએ. |
02:16 | હું Reaction lineના width અને color બદલવાથી શરુ કરું . |
02:22 | તે કરવા માટે , હું Homoserine અને Succinyl homoserine વચ્ચેના State Transitionને સિલેક્ટ કરી રહી છું . |
02:30 | હવે main menu બારમાંના “Component” ઉપર જાઓ. |
02:35 | અને “Change color & shape” વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો. |
02:39 | અથવા તો , તમે Reaction line ઉપર રાઈટ-ક્લિક કરો અને “Change color & shape” વિકલ્પ સિલેક્ટ કરો. |
02:47 | “Change color & shape” નામનો ડાયલોગ બોક્સ સ્ક્રીન ઉપર ખુલે છે . |
02:53 | થોડી જાડી Reaction line માટે ,Line Width ને 1.0 થી ઉચ્ચ સંખ્યામાં બદલો . |
03:02 | હું તેને બદલીને 3.0 કરીશ. |
03:06 | Reaction lineનો રંગ બદલવા , Color panel ઉપર જાઓ. |
03:12 | Color panel માં એક color wheel દેખાય છે,જેમાં હેન્ડલ જેવું પોઇન્ટર છે. |
03:19 | પોઇન્ટરને ક્લિક કરી પકડી રાખો અને પછી તમને યોગ્ય ગમતો રંગ સિલેક્ટ કરવા તેને ગોળ ફેરવો. |
03:25 | હું ભૂરા રંગનો એક શેડ પસંદ કરીશ. |
03:28 | ત્યાર બાદ , 'color triangle'ની અંદર ક્યાંય પણ ક્લિક કરો. |
03:34 | ત્યાર બાદ, આ નાનું સર્કલ ક્લિક કરો અને આ પોઇન્ટર તરફ ડ્રોપ કરો. |
03:40 | બધા જ ફેરફારો કાર્ય બાદ , Apply ઉપર ક્લિક કરો અને પછી Ok ઉપર ક્લિક કરો. |
03:48 | ધ્યાનથી જુઓ આ Reaction line હવે થોડી જાડી દેખાય છે અને તેનો રંગ ભૂરા શેડનો દેખાય છે. |
03:55 | ત્યાર બાદ આપણે શીખીશું કે Reaction line ઉપર Anchor points કેવી રીતે ઉમેરવા. |
04:01 | અને એન્કર પોઇન્ટ શા માટે Reaction lines ના ફરતે ફરવા માટે ઉપયોગી છે. |
04:09 | તેમને વ્યવસ્થિત આકાર આપવા અને draw area ઉપર તેમને વ્યવસ્થિત સ્થિતિમાં મુકવા. |
04:16 | ચાલો CellDesigner interface ઉપર પાછા આવીએ . |
04:20 | કોઈ પણ Reaction line સિલેક્ટ કરો. |
04:23 | હુંHomoserine અને Succinyl Homoserine વચ્ચેની તે જ State Transition reaction line સિલેક્ટ કરીશ. |
04:31 | કર્સર દ્વારા, આ લાઈન ઉપર, એ ચોક્કસ સ્થળ પસંદ કરો જ્યાં Anchor point મુકાવો જોઈએ. |
04:39 | ચોક્કસ પોઇન્ટનું સિલેક્શન કાર્ય પછી , રાઈટ - ક્લિક કરી અને Add Anchor Point સિલેક્ટ કરો. |
04:47 | તમે Reaction line ઉપર પાસાં કરેલા ચોક્કસ સ્થળે એક નવો Anchor point ઉમેરાયેલો જોઈ શકશો. |
04:55 | ચાલો હું તમને બતાઉં કે એક રિએક્શન લાઈનમાં ફેરફાર કરવા Anchor Points કેવી રીતે મદદ કરે છે. |
05:03 | ચાલો હું એક નવી વીન્ડો ખોલું અને તેને નામ આપું Anchor અને OK ઉપર ક્લિક કરું. |
05:11 | હવે GTP/GDP માટે આ આઇકોન ઉપર ક્લિક કરીએ. |
05:18 | અને draw વિસ્તાર ઉપર ક્યાંય પણ ક્લિક કરીએ. |
05:22 | Reaction line ઉપર રાઈટ-ક્લિક કરીએ અને Add Anchor point ઉપર ક્લિક કરીએ. |
05:29 | Reaction lineને draw વિસ્તારમાં ક્યાં પણ ડ્રેગ કરો અને ડ્રોપ કરો. |
05:37 | ત્યાર બાદ આપણે જોઈશું કે આ કમ્પોનંટ્સને draw area ઉપર કેવી રીતે align કરવા. |
05:44 | ચાલો આપણે પાછા Methionine biosynthesis process diagram વીન્ડોવ ઉપર જઈએ. |
05:50 | પ્રકાશિત થયેલ Reaction line ને અનચેક કરવા draw area ઉપર ક્યાંય પણ ક્લિક કરીએ. |
05:56 | હવે , 'Shift' કી ને પડકી રાખો અને draw areaમાં રહેલ વિવિધ Species ઉપર ક્લિક કરો. |
06:04 | Edit મેનુ ઉપર જાઓ , નીચે સ્ક્રોલ કરો અને Alignmentને સિલેક્ટ કરો અને પછી Alignment type ઉપર ક્લિક કરો . |
06:15 | વૈકલ્પિક રીતે ટૂલબાર ઉપરના આઇકોન Alignment ઉપર ક્લિક કરો. |
06:21 | ટૂલ બાર ઉપરના અન્ય બીજા Alignment વિકલ્પો તમારી જાતે શોધો. |
06:27 | ચાલો આપણે આ alignment ને હવે undo કરીએ અને આગળ વધીએ. |
06:31 | જ્યારે Reaction ઉપર કામ કરતા હોઈએ ત્યારે , process diagram ઉપર આપણે Reaction ids ને કેવી રીતે show/hide કરી શકીએ ? |
06:39 | ચાલો તે શીખીએ. |
06:41 | 'View' ઉપર જઈએ , નીચે સ્ક્રોલ કરીએ અને 'Show Reaction Id'ને અનચેક કરીએ. |
06:48 | જુઓ હવે draw area ઉપરના રિએક્શનને સંબંધિત Reaction ids દેખાશે નહીં. |
06:55 | જો તમારે આ Reaction Idને બતાવવા હોય તો આ પ્રમાણે કરો. |
07:01 | 'View' ઉપર જાઓ , નીચે સ્ક્રોલ કરો અને 'Show Reaction Id' ઉપર ક્લિક કરો. |
07:08 | draw area ઉપર reactionsને સંબંધિત Reaction ids દ્રશ્યમાન થઇ જશે. |
07:15 | draw area ઉપર આપણે બધા Components (Compartment, Species or Reaction) માં નોટ્સ(નોંધણીઓ) પણ ઉમેરી શકીએ છીએ. |
07:21 | ચાલો શીખીએ કે તે કેવી રીતે કરાય. |
07:24 | draw area ઉપરના એક Species ઉપર રાઈટ-ક્લિક કરીએ. |
07:28 | હું CoA ઉપર ક્લિક કરીશ. |
07:32 | નીચે સ્ક્રોલ કરો અને ‘Species Notes’ ઉપર ક્લિક કરો . |
07:35 | એક Pop Up મેનુ દૃશ્યમાન થાય છે. |
07:38 | એક 'Species Notes' ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે . Speciesને સંબંધિત લખાણ ટાઈપ કરો. |
07:46 | હું આ મુજબ ટાઈપ કરીશ. |
07:49 | 'OK' ક્લિક કરીએ. |
07:51 | ધ્યાનથી જુઓ કે Notes Areaમાં notes information દેખાય છે. |
07:58 | વૈકલ્પિક રીતે એક Speciesમાં નોટ્સ ઉમેરવા , draw area ઉપર તે Species ને ક્લિક કરો. |
08:06 | હું Succinate ઉપર ક્લિક કરીશ. |
08:09 | પછી , Edit Notes ટેબ ઉપર ક્લિક કરો , જે CellDesigner વીન્ડોવના નીચે જમણી બાજુના ખૂણામાં છે. |
08:18 | એક પૉપ અપ વીન્ડોવ ખુલશે. |
08:21 | Species-ને સંબંધિત લખાણ ટાઈપ કરો. |
08:25 | હું ટાઈપ કરીશ અને 'OK' ઉપર ક્લિક કરીશ. |
08:30 | તે જ પ્રમાણે આપણે Proteinને પણ એડિટ કરી શકીએ. |
08:35 | તે કરવા draw area ઉપરના આ કમ્પોનન્ટ ઉપર રાઈટ ક્લિક કરો. |
08:40 | હું Homoserine succinyl transferase ઉપર ક્લિક કરીશ. |
08:46 | નીચે સ્ક્રોલ કરો અને Edit Proteinને ક્લિક કરો. |
08:51 | Protein નામનું એક ડાયલોગ બોક્સ સ્ક્રીન ઉપર દેખાશે. |
08:55 | name boxમાં Protein નું નામ એન્ટર કરો. |
09:00 | હું name boxમાં ટાઈપ કરીશ O-succinyltransferase . |
09:06 | ‘Update’ ઉપર ક્લિક કરો અને ડાયલોગ બોક્સ બંધ કરો. |
09:11 | આપણે Proteinમાં regions પણ ઉમેરી શકીએ. |
09:15 | draw area ઉપર રહેલ એક Protein ઉપર રાઈટ-ક્લિક કરો. |
09:19 | હું O-succinyltransferase. ઉપર રાઈટ-ક્લિક કરીશ. |
09:24 | નીચે સ્ક્રોલ કરો અને Edit Protein ઉપર ક્લિક કરો. |
09:29 | એક ડાયલોગ બોક્સ,Protein સ્ક્રીન ઉપર દેખાય છે. |
09:33 | ‘residues/regions’ ટેબ નીચે, 'Add' બટન ઉપર ક્લિક કરો. |
09:40 | ડાયલોગ બોક્સ- ModificationResidue/Bindingregionમાં : |
09:46 | ડ્રોપ ડાઉન મેનુમાંથી ‘Type’ ને ‘Binding region તરીકે સિલેક્ટ કરીએ. |
09:52 | આવશ્યક વેલ્યુ પર કર્સર ખસેડીને સાઈઝ અને એન્ગલ બદલો. |
09:59 | તેના ડેમો તરીકે, હું Size ને 15 અને Angle ને 38 સિલેક્ટ કરીશ. |
10:09 | પછી ‘Close’ ઉપર ક્લિક કરીએ. |
10:12 | Update ઉપર ક્લિક કરીએ. |
10:14 | અને આ બોક્સને બંધ કરીએ. |
10:17 | જો કે આપણને Methionine Biosynthesis માં region ઉમેરવાની જરૂર નથી એટલે હું આ ફેરફારોને undo કરું છું. |
10:25 | ત્યાર બાદ માહિતીઓને કેવી રીતે એડિટ કરાય તે શીખીએ . |
10:30 | draw area ઉપર રહેલા component ઉપર રાઈટ-ક્લિક કરીએ. |
10:33 | હું Homoserine ઉપર ક્લિક કરીશ. |
10:37 | નીચે સ્ક્રોલ કરો અને ‘Edit Information’ ઉપર ક્લિક કરો. |
10:41 | સ્ક્રીન ઉપર ‘Edit Information’ ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે. |
10:46 | ડાયલોગ બોક્સમાં આ મુજબ કરો - ‘state’ ટેબની નીચે Open ને સિલેક્ટ કરો. |
10:54 | ‘prefix’ ટેબ નીચેના mt. ને સિલેક્ટ કરો. |
10:59 | ‘label’ ટેબ નીચેના dna.ને સિલેક્ટ કરો. |
11:04 | ‘Ok’. ઉપર ક્લિક કરો. |
11:07 | તમે draw area ઉપર દેખાઈ રહેલી માહિતી mt:dna જોઈ શકો છો. |
11:15 | હું Edit Informationને undo કરીશ કારણકે મને તેની Methionine Biosynthesisમાં જરૂર નથી. |
11:23 | કેટલાક કેસીસમાં , process diagram અટપટો(જટિલ) હોય શકે છે. |
11:28 | આવા કેસીસમાં , Bird's eye view મદદરૂપ થાય છે કારણકે તેનાથી મોટા મોડેલની અંદર નેવિગેટ કરવું અનુકૂળ રહે છે. |
11:37 | આઇકોન Bird's eye view ઉપર ક્લિક કરીએ. |
11:41 | લાલ ચોરસને Bird’s Eye Viewની અંદર લઇ જાઓ. |
11:46 | નોંધ લો કે draw areaઉપર દેખાતું દૃશ્ય તે મુજબ ખસે છે. |
11:52 | તો અહીં આપણું આ ટ્યૂટોરિઅલ સમાપ્ત થાય છે. |
11:56 | ચાલો સારાંશ જોઈએ. આ ટ્યૂટોરિઅલમાં,આપણે શીખ્યા કે કેવી રીતે : Reaction lineના color, shape અને width બદલી શકાય |
12:07 | Reaction lineમાં Anchor points ઉમેરતા , Componentsને સંરેખિત કરતા, Reaction ids બતાડતાં / છુપાવતા. |
12:18 | આપણે આ પણ શીખ્યા કે કેવી રીતે - Componentsમાં Notes(નોંધ) ઉમેરવી. |
12:23 | Proteinને એડિટ કરવું, information ને એડિટ કરવી. |
12:27 | ડાયગ્રામનું એકદમ બારીકાઇ(Bird’s Eye View )થી નિરીક્ષણ કરવું. |
12:32 | અભ્યાસ માટે CellDesignerના ટૂલ્સની મદદથી Glycolysis Process Diagram બનાવો. |
12:41 | Reaction lineના જુદા જુદા આકારો(shapes) શોધો. |
12:47 | આ લિંક :www.spoken-tutorial.org ઉપરનો વિડીયો નિહાળો તે આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ યોજના વિષે માહિતી આપે છે. |
12:52 | જો તમારી પાસે સારી બેન્ડવિથ ન હોય તો તમે તેને ડાઉનલોડ કરીને જોઈ શકો છો. |
12:57 | સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલની ટીમ આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ્સ દ્વારા વર્કશોપ્સનું સંચાલન કરે છે.જેઓ આ ઓનલાઇન પરીક્ષા પાસ કરે છે તેઓને સર્ટિફિકેટ્સ પણ આપે છે. |
13:06 | વધુ માહિતી માટે અમને અહીં લખો : [mail માટે :contact@spoken-tutorial.org] |
13:13 | સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ પ્રોજેક્ટ એ ટોક ટુ અ ટીચર યોજનાનો એક ભાગ છે. જે આઇસીટી,એમએચઆરડી,ભારત સરકાર દ્વારા શિક્ષણ પર નેશનલ મિશન દ્વારા આધારભૂત છે. આ ઉપર વધુ માહિતી ’’’’spoken hyphen tutorial dot org slash NMEICT hyphen Intro ’’’ ઉપર ઉપલબ્ધ છે. |
13:29 | અનુવાદ કરનાર હું છું શિવાની ગડા. આભાર. |