Difference between revisions of "Biopython/C2/Introduction-to-Biopython/Tamil"
From Script | Spoken-Tutorial
(Created page with " {| Border=1 ! <center>Time</center> ! <center>Narration</center> |- |00:01 | '''Biopythonக்கு அறிமுகம்''' குறித்த இந்த ட...") |
|||
| Line 1: | Line 1: | ||
| − | |||
{| Border=1 | {| Border=1 | ||
! <center>Time</center> | ! <center>Time</center> | ||
| Line 66: | Line 65: | ||
|- | |- | ||
|01:05 | |01:05 | ||
| − | | '''Parsing''', அதாவது, '''FASTA''', '''Genbank''' போன்ற பல்வேறு file formatகளில் இருந்து, தகவலை extract செய்வது | + | | '''Parsing''', அதாவது, '''FASTA''', '''Genbank''' போன்ற பல்வேறு file formatகளில் இருந்து, தகவலை extract செய்வது |
|- | |- | ||
|01:14 | |01:14 | ||
| − | | '''NCBI''', '''ExPASY''' போன்ற database வலைத்தளங்களிலிருந்து, dataஐ download செய்வது | + | | '''NCBI''', '''ExPASY''' போன்ற database வலைத்தளங்களிலிருந்து, dataஐ download செய்வது |
|- | |- | ||
|01:22 | |01:22 | ||
| − | | '''BLAST''' போன்ற '''Bioinformatic algorithm'''களை '''Run''' செய்வது | + | | '''BLAST''' போன்ற '''Bioinformatic algorithm'''களை '''Run''' செய்வது |
|- | |- | ||
|01:26 | |01:26 | ||
| − | | Sequenceகளின் மேல், பொது செயல்பாடுகளை செய்வதற்கான toolகளை இது கொண்டுள்ளது | + | | Sequenceகளின் மேல், பொது செயல்பாடுகளை செய்வதற்கான toolகளை இது கொண்டுள்ளது |
|- | |- | ||
|01:31 | |01:31 | ||
| − | | உதாரணத்திற்கு பின்வருவனவற்றை பெற- '''complement'''கள், '''transcription''',''' translation''' | + | | உதாரணத்திற்கு பின்வருவனவற்றை பெற- '''complement'''கள், '''transcription''',''' translation''' |
|- | |- | ||
|01:38 | |01:38 | ||
| − | | Alignmentகளை | + | | Alignmentகளை கையாளுவதற்கான code |
|- | |- | ||
|01:40 | |01:40 | ||
| − | | பணிகளை , தனித்தனி செயல்முறைகளாக பிரிப்பதற்கு வேண்டிய code . | + | | பணிகளை , தனித்தனி செயல்முறைகளாக பிரிப்பதற்கு வேண்டிய code. |
|- | |- | ||
| Line 105: | Line 104: | ||
|- | |- | ||
| − | | | + | |01:59 |
| '''Linux''' systemல் நிறுவுதல்: | | '''Linux''' systemல் நிறுவுதல்: | ||
| Line 238: | Line 237: | ||
|- | |- | ||
|05:13 | |05:13 | ||
| − | | நமது sequence, ஒரு '''DNA'''ன் துண்டு என்று நாம் அறிவோம். அதனால், | + | | நமது sequence, ஒரு '''DNA'''ன் துண்டு என்று நாம் அறிவோம். அதனால், டைப் செய்க: '''argument'''ஆக '''unambiguous DNA ''' alphabet object. |
|- | |- | ||
|05:21 | |05:21 | ||
| − | | Outputக்கு, டைப் செய்க: "'cdna'" | + | | Outputக்கு, டைப் செய்க: "'cdna'" |
|- | |- | ||
| Line 294: | Line 293: | ||
|- | |- | ||
|06:40 | |06:40 | ||
| − | | Translate செய்யப்பட்ட sequenceல், '''stop codon'''களின் இருப்பு பற்றிய தகவலையும் output காட்டுகிறது. | + | | Translate செய்யப்பட்ட sequenceல், '''stop codon'''களின் இருப்பு பற்றிய தகவலையும் output காட்டுகிறது. |
|- | |- | ||
| Line 342: | Line 341: | ||
|- | |- | ||
|07:48 | |07:48 | ||
| − | | | + | |'''DNA''' strandக்கு, ஒரு sequence objectஐ உருவாக்குவது |
|- | |- | ||
|07:52 | |07:52 | ||
| − | | DNA sequenceஐ, '''mRNA''' ஆக்க, '''Transcription''' செய்வது | + | | DNA sequenceஐ, '''mRNA''' ஆக்க, '''Transcription''' செய்வது |
|- | |- | ||
| Line 354: | Line 353: | ||
|- | |- | ||
|08:00 | |08:00 | ||
| − | | | + | | பயிற்சியாக- |
|- | |- | ||
| Line 366: | Line 365: | ||
|- | |- | ||
|08:08 | |08:08 | ||
| − | | Protein sequence , தன்னுள் '''stop codon'''ஐ கொண்டுள்ளது. | + | | Protein sequence, தன்னுள் '''stop codon'''ஐ கொண்டுள்ளது. |
|- | |- | ||
| Line 414: | Line 413: | ||
|- | |- | ||
|09:03 | |09:03 | ||
| − | | இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ. குரல் கொடுத்தது | + | | இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ. குரல் கொடுத்தது ஐஐடி பாம்பேயில் இருந்து பிரியா. நன்றி. |
|} | |} | ||
Latest revision as of 11:44, 5 May 2017
| |
|
|---|---|
| 00:01 | Biopythonக்கு அறிமுகம் குறித்த இந்த டுடோரியலுக்கு நல்வரவு. |
| 00:05 | இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்கப்போவது: Biopythonனின் முக்கிய அம்சங்கள் |
| 00:10 | Linux Operating Systemல் Download மற்றும் நிறுவுவது தொடர்புடைய தகவல் |
| 00:15 | Biopython toolகளை பயன்படுத்தி ஒரு DNA sequenceஐ, ஒரு protein sequence ஆக்க translation செய்வது. |
| 00:22 | இந்த டுடோரியலை புரிந்து கொள்ள, பின்வருவன பற்றி தெரிந்திருக்க வேண்டும்- |
| 00:25 | இளங்கலை Biochemistry அல்லது Bioinformatics |
| 00:29 | அடிப்படை Python programming. |
| 00:31 | அதற்கு, கொடுக்கப்பட்டுள்ள இணைப்பில் உள்ள Python டுடொரியல்களை பார்க்கவும். |
| 00:35 | இந்த டுடோரியலை பதிவு செய்ய, நான் பயன்படுத்துவது: Ubuntu OS பதிப்பு 12.04 |
| 00:41 | Python பதிப்பு 2.7.3 |
| 00:44 | Ipython பதிப்பு 0.12.1 |
| 00:48 | Biopython பதிப்பு 1.58. |
| 00:51 | Biopython என்பது, computational biologyக்கான, moduleகளின் ஒரு தொகுப்பு ஆகும். |
| 00:57 | Bioinformaticsக்கு தேவையான, மிக அடிப்படை முதல் மேம்பட்ட பணிகள் வரை இதனால் செய்ய முடியும். |
| 01:03 | Biopython toolகள் பின்வருவனவற்றிற்கு பயன்படுகின்றன: |
| 01:05 | Parsing, அதாவது, FASTA, Genbank போன்ற பல்வேறு file formatகளில் இருந்து, தகவலை extract செய்வது |
| 01:14 | NCBI, ExPASY போன்ற database வலைத்தளங்களிலிருந்து, dataஐ download செய்வது |
| 01:22 | BLAST போன்ற Bioinformatic algorithmகளை Run செய்வது |
| 01:26 | Sequenceகளின் மேல், பொது செயல்பாடுகளை செய்வதற்கான toolகளை இது கொண்டுள்ளது |
| 01:31 | உதாரணத்திற்கு பின்வருவனவற்றை பெற- complementகள், transcription, translation |
| 01:38 | Alignmentகளை கையாளுவதற்கான code |
| 01:40 | பணிகளை , தனித்தனி செயல்முறைகளாக பிரிப்பதற்கு வேண்டிய code. |
| 01:46 | Download க்கு தொடர்புடைய தகவல்: |
| 01:48 | Biopython package, Python distributionன் ஒரு பகுதி அல்ல; அது தனியாக download செய்யப்பட வேண்டும். |
| 01:54 | மேலும் விவரங்களுக்கு, கீழ்கண்ட இணைப்பை பார்க்கவும். |
| 01:59 | Linux systemல் நிறுவுதல்: |
| 02:02 | Synaptic Package Managerஐ பயன்படுத்தி, Python, Ipython மற்றும் Biopython packageகளை நிறுவவும். |
| 02:08 | முன்நிபந்தனையான software, தானாக நிறுவப்படும். |
| 02:13 | graphic outputகள் மற்றும் plotகளுக்கு, கூடுதல் packageகள் நிறுவப்பட வேண்டும். |
| 02:18 | Ctrl, Alt மற்றும் T keyகளை ஒன்றாக அழுத்தி, terminalஐ திறக்கவும். |
| 02:24 | என் கணிணியில், Python, Ipython மற்றும் Biopythonஐ நான் ஏற்கெனவே நிறுவி விட்டேன். |
| 02:30 | Ipython interpreterஐ தொடங்க, டைப் செய்க: ipython, பின் Enterஐ அழுத்தவும். |
| 02:35 | IPython prompt திரையில் தோன்றும் |
| 02:38 | Biopythonன் நிறுவுதலை சரி பார்க்க- promptல் டைப் செய்க: "import Bio", பின் Enterஐ அழுத்தவும். |
| 02:48 | Error message எதுவும் கிடைக்கவில்லையெனில், Biopython நிறுவப்பட்டுவிட்டது என்று பொருள். |
| 02:54 | இங்கு, Python language, case sensitive என்பதை உங்களுக்கு நினைவு படுத்துகிறேன். |
| 02:59 | Keywordகள், variableகள் அல்லது functionகளை டைப் செய்யும் போது, முன்னெச்சரிக்கையாக இருக்கவும். |
| 03:04 | உதாரணத்திற்கு, மேலுள்ள வரியில், importல், “i” என்பது lowercaseலும், Bioல், “B” என்பது uppercaseலும் உள்ளது. |
| 03:12 | இந்த டுடோரியலில், ஒரு DNA sequenceஐ translate செய்ய, Biopython moduleகளை நாம் பயன்படுத்துவோம். |
| 03:19 | பின்வரும் படிகளை அது கொண்டிருக்கும். |
| 03:22 | முதலில், coding DNA strandக்கான, ஒரு sequence objectஐ உருவாக்கவும். |
| 03:27 | அடுத்து, coding DNA strandஐ, mRNAஆக்க, transcription செய்யவும். |
| 03:32 | இறுதியாக, mRNAஐ, ஒரு protein sequence ஆக்க, translation செய்யவும். |
| 03:37 | உதாரணமாக, இந்த slideல் காட்டப்படும், coding DNA strandஐ நாம் பயன்படுத்துவோம். |
| 03:42 | அது ஒரு சிறிய protein sequenceக்கு code செய்கிறது. |
| 03:46 | முதல் படி, மேலுள்ள coding DNA strandக்கு, ஒரு sequence objectஐ உருவாக்குவது. |
| 03:52 | Terminalக்கு திரும்பவும். |
| 03:55 | ஒரு sequence objectஐ உருவாக்க, Bio packageல் இருந்து, Seq module ஐ import செய்யவும். |
| 04:02 | Sequence objectகளை சேமித்து, செயல்படுத்த, Seq module, methodகளை தருகிறது. |
| 04:08 | Promptல் டைப் செய்க: "'from Bio dot Seq import Seq ", பின் Enterஐ அழுத்தவும். |
| 04:17 | அடுத்து, உங்கள் sequence objectஐ உருவாக்கும் போது, strandல், alphabetகளை வெளிப்படையாக குறிப்பிடவும். |
| 04:24 | அதாவது, அந்த alphabetகளின் sequence, nucleotideகள் அல்லது amino acidகளுக்கு உண்டான codeஆ என குறிப்பிடவும். |
| 04:32 | அதற்கு, Alphabet packageல் இருந்து, IUPAC moduleஐ நாம் பயன்படுத்துவோம். |
| 04:38 | Promptல் டைப் செய்க: "' from Bio dot Alphabet import IUPAC", பின் Enterஐ அழுத்தவும். |
| 04:48 | "Seq" மற்றும் IUPAC" moduleகளை load செய்ய, import' மற்றும் from statementகளை நாம் பயன்படுத்தியுள்ளோம் என்பதை கவனிக்கவும். |
| 04:56 | cdna என்ற variableன் உள், sequence objectஐ சேமிக்கவும். |
| 05:01 | Promptல், சாதாரண stringகளின் உள் எழுதுவது போல், டைப் செய்க: cdna equal to Seq. |
| 05:08 | Sequenceஐ, இரட்டை மேற்கோள்கள் மற்றும் அடைப்புக் குறிகளினுள் எழுதவும். |
| 05:13 | நமது sequence, ஒரு DNAன் துண்டு என்று நாம் அறிவோம். அதனால், டைப் செய்க: argumentஆக unambiguous DNA alphabet object. |
| 05:21 | Outputக்கு, டைப் செய்க: "'cdna'" |
| 05:26 | DNA sequenceஐ, ஒரு sequence objectஆக output காட்டும். |
| 05:30 | Coding DNA strandஐ, அதற்கு தொடர்புடைய mRNAஆக்க, transcribe செய்யவும். |
| 05:35 | Seq moduleன், built-in “transcribe” methodஐ நாம் பயன்படுத்துவோம். |
| 05:39 | பின்வரும் code ஐ டைப் செய்யவும். |
| 05:41 | Variable mrnaன் உள், output ஐ சேமிக்கவும். |
| 05:45 | Promptல் டைப் செய்க: "'mrna equal to cdna dot transcribe open மற்றும் close parentheses'", பின் Enterஐ அழுத்தவும். |
| 05:55 | Outputக்கு, டைப் செய்க: "'mrna'", பின் Enterஐ அழுத்தவும். |
| 06:01 | Output ஐ கவனிக்கவும். DNA sequenceல், Thiaminக்கு பதிலாக, Uracilஐ transcribe method வைக்கிறது. |
| 06:09 | அடுத்து, இந்த mRNAஐ, அதற்கு தொடர்புடைய protein sequence ஆக்க,translate method ஐ பயன்படுத்தவும். |
| 06:16 | பின்வரும் code ஐ டைப் செய்க: protein equal to mrna dot translate open மற்றும் close parentheses. பின் Enterஐ அழுத்தவும். |
| 06:27 | RNA அல்லது DNA sequenceஐ, சரியாக குறிப்பிடவில்லை எனில், நிலையான genetic codeஐ பயன்படுத்தி, translate method, translate செய்கிறது. |
| 06:36 | Output, ஒரு amino acid sequenceஐ காட்டுகிறது. |
| 06:40 | Translate செய்யப்பட்ட sequenceல், stop codonகளின் இருப்பு பற்றிய தகவலையும் output காட்டுகிறது. |
| 06:47 | Protein sequenceன் இறுதியில் இருக்கும் asteriskஐ கவனிக்கவும். அது stop codonஐ குறிக்கிறது. |
| 06:53 | மேலுள்ள codeல், transcriptionக்கு, ஒரு coding DNA strandஐ, நாம் பயன்படுத்தியுள்ளோம். |
| 06:59 | Biopythonல், coding DNA strandல் மட்டுமே transcribe method வேலை செய்கிறது. |
| 07:04 | ஆனால், உண்மையான உயிரியல் அமைப்புகளில், transcription செயல்முறை, ஒரு template strandஉடன் தொடங்குகிறது. |
| 07:11 | நீங்கள் template strandஉடன் தொடங்கினால், terminalலில் காட்டப்பட்டுள்ளபடி, reverse complement methodஐ பயன்படுத்தி, அதை coding strandஆக மாற்றவும். |
| 07:20 | Coding strandக்கு, மேலே காட்டப்பட்டுள்ளபடி, அடுத்து வரும் codeஐ பின்பற்றவும். |
| 07:24 | Biopythonல் உள்ள methodகளை பயன்படுத்தி, ஒரு DNA sequenceஐ, ஒரு protein sequenceஆக மாற்றியுள்ளோம். |
| 07:31 | இந்த codeஐ பயன்படுத்தி, எந்த அளவுள்ள, DNA sequenceஐயும், ஒரு protein sequenceஆக translate செய்ய முடியும். |
| 07:37 | சுருங்கசொல்ல, இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்றது: |
| 07:41 | Biopythonனின் முக்கிய அம்சங்கள் |
| 07:43 | Linux OSல் download மற்றும் நிறுவுதலுக்கு தொடர்புடைய தகவல் |
| 07:48 | DNA strandக்கு, ஒரு sequence objectஐ உருவாக்குவது |
| 07:52 | DNA sequenceஐ, mRNA ஆக்க, Transcription செய்வது |
| 07:56 | mRNAஐ, protein sequence ஆக்க, Translation செய்வது. |
| 08:00 | பயிற்சியாக- |
| 08:02 | கொடுக்கப்பட்டுள்ள DNA sequenceஐ, protein sequenceஆக translate செய்யவும். |
| 08:06 | Output ஐ கவனிக்கவும். |
| 08:08 | Protein sequence, தன்னுள் stop codonஐ கொண்டுள்ளது. |
| 08:11 | இயற்கையில் நடப்பது போல், frameல், முதல் stop codon வரை, DNAஐ translate செய்யவும். |
| 08:17 | நீங்கள் செய்த பயிற்சி, பின்வரும் codeஐ கொண்டிருக்க வேண்டும். |
| 08:20 | translate() methodல், to underscore stop argumentஐ நாம் பயன்படுத்தி இருப்பதை கவனிக்கவும். Output ஐ கவனிக்கவும். |
| 08:27 | stop codon, translate செய்யப்படவில்லை |
| 08:31 | உங்கள் protein sequenceன் இறுதியில், stop symbol, சேர்க்கப்படவில்லை. |
| 08:36 | இந்த வீடியோ ஸ்போகன் டுடொரியல் திட்டத்தை சுருங்க சொல்கிறது. |
| 08:39 | உங்கள் இணைய இணைப்பு வேகமாக இல்லையெனில், அதை தரவிறக்கி காணவும். |
| 08:43 | ஸ்போகன் டுடொரியல் திட்டக்குழு செய்முறை வகுப்புகள் நடத்தி இணையத்தில் பரீட்சை எழுதி தேர்வோருக்கு சான்றிதழ்கள் தருகிறது. |
| 08:50 | மேலும் விவரங்களுக்கு எங்களுக்கு மின்னஞ்சல் செய்யவும். |
| 08:53 | இந்திய அரசாங்கத்தின், NMEICT, MHRD, ஸ்போகன் டுடொரியல் திட்டத்திற்கு ஆதரவு அளிக்கிறது. |
| 08:59 | மேலும் விவரங்களுக்கு, கீழ்கண்ட இணைப்பை பார்க்கவும். |
| 09:03 | இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ. குரல் கொடுத்தது ஐஐடி பாம்பேயில் இருந்து பிரியா. நன்றி. |
