Biopython/C2/Introduction-to-Biopython/Tamil

Time	Narration
00:01	Biopythonக்கு அறிமுகம் குறித்த இந்த டுடோரியலுக்கு நல்வரவு.
00:05	இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்கப்போவது: Biopythonனின் முக்கிய அம்சங்கள்
00:10	Linux Operating Systemல் Download மற்றும் நிறுவுவது தொடர்புடைய தகவல்
00:15	Biopython toolகளை பயன்படுத்தி ஒரு DNA sequenceஐ, ஒரு protein sequence ஆக்க translation செய்வது.
00:22	இந்த டுடோரியலை புரிந்து கொள்ள, பின்வருவன பற்றி தெரிந்திருக்க வேண்டும்-
00:25	இளங்கலை Biochemistry அல்லது Bioinformatics
00:29	அடிப்படை Python programming.
00:31	அதற்கு, கொடுக்கப்பட்டுள்ள இணைப்பில் உள்ள Python டுடொரியல்களை பார்க்கவும்.
00:35	இந்த டுடோரியலை பதிவு செய்ய, நான் பயன்படுத்துவது: Ubuntu OS பதிப்பு 12.04
00:41	Python பதிப்பு 2.7.3
00:44	Ipython பதிப்பு 0.12.1
00:48	Biopython பதிப்பு 1.58.
00:51	Biopython என்பது, computational biologyக்கான, moduleகளின் ஒரு தொகுப்பு ஆகும்.
00:57	Bioinformaticsக்கு தேவையான, மிக அடிப்படை முதல் மேம்பட்ட பணிகள் வரை இதனால் செய்ய முடியும்.
01:03	Biopython toolகள் பின்வருவனவற்றிற்கு பயன்படுகின்றன:
01:05	Parsing, அதாவது, FASTA, Genbank போன்ற பல்வேறு file formatகளில் இருந்து, தகவலை extract செய்வது
01:14	NCBI, ExPASY போன்ற database வலைத்தளங்களிலிருந்து, dataஐ download செய்வது
01:22	BLAST போன்ற Bioinformatic algorithmகளை Run செய்வது
01:26	Sequenceகளின் மேல், பொது செயல்பாடுகளை செய்வதற்கான toolகளை இது கொண்டுள்ளது
01:31	உதாரணத்திற்கு பின்வருவனவற்றை பெற- complementகள், transcription, translation
01:38	Alignmentகளை கையாளுவதற்கான code
01:40	பணிகளை , தனித்தனி செயல்முறைகளாக பிரிப்பதற்கு வேண்டிய code.
01:46	Download க்கு தொடர்புடைய தகவல்:
01:48	Biopython package, Python distributionன் ஒரு பகுதி அல்ல; அது தனியாக download செய்யப்பட வேண்டும்.
01:54	மேலும் விவரங்களுக்கு, கீழ்கண்ட இணைப்பை பார்க்கவும்.
01:59	Linux systemல் நிறுவுதல்:
02:02	Synaptic Package Managerஐ பயன்படுத்தி, Python, Ipython மற்றும் Biopython packageகளை நிறுவவும்.
02:08	முன்நிபந்தனையான software, தானாக நிறுவப்படும்.
02:13	graphic outputகள் மற்றும் plotகளுக்கு, கூடுதல் packageகள் நிறுவப்பட வேண்டும்.
02:18	Ctrl, Alt மற்றும் T keyகளை ஒன்றாக அழுத்தி, terminalஐ திறக்கவும்.
02:24	என் கணிணியில், Python, Ipython மற்றும் Biopythonஐ நான் ஏற்கெனவே நிறுவி விட்டேன்.
02:30	Ipython interpreterஐ தொடங்க, டைப் செய்க: ipython, பின் Enterஐ அழுத்தவும்.
02:35	IPython prompt திரையில் தோன்றும்
02:38	Biopythonன் நிறுவுதலை சரி பார்க்க- promptல் டைப் செய்க: "import Bio", பின் Enterஐ அழுத்தவும்.
02:48	Error message எதுவும் கிடைக்கவில்லையெனில், Biopython நிறுவப்பட்டுவிட்டது என்று பொருள்.
02:54	இங்கு, Python language, case sensitive என்பதை உங்களுக்கு நினைவு படுத்துகிறேன்.
02:59	Keywordகள், variableகள் அல்லது functionகளை டைப் செய்யும் போது, முன்னெச்சரிக்கையாக இருக்கவும்.
03:04	உதாரணத்திற்கு, மேலுள்ள வரியில், importல், “i” என்பது lowercaseலும், Bioல், “B” என்பது uppercaseலும் உள்ளது.
03:12	இந்த டுடோரியலில், ஒரு DNA sequenceஐ translate செய்ய, Biopython moduleகளை நாம் பயன்படுத்துவோம்.
03:19	பின்வரும் படிகளை அது கொண்டிருக்கும்.
03:22	முதலில், coding DNA strandக்கான, ஒரு sequence objectஐ உருவாக்கவும்.
03:27	அடுத்து, coding DNA strandஐ, mRNAஆக்க, transcription செய்யவும்.
03:32	இறுதியாக, mRNAஐ, ஒரு protein sequence ஆக்க, translation செய்யவும்.
03:37	உதாரணமாக, இந்த slideல் காட்டப்படும், coding DNA strandஐ நாம் பயன்படுத்துவோம்.
03:42	அது ஒரு சிறிய protein sequenceக்கு code செய்கிறது.
03:46	முதல் படி, மேலுள்ள coding DNA strandக்கு, ஒரு sequence objectஐ உருவாக்குவது.
03:52	Terminalக்கு திரும்பவும்.
03:55	ஒரு sequence objectஐ உருவாக்க, Bio packageல் இருந்து, Seq module ஐ import செய்யவும்.
04:02	Sequence objectகளை சேமித்து, செயல்படுத்த, Seq module, methodகளை தருகிறது.
04:08	Promptல் டைப் செய்க: "'from Bio dot Seq import Seq ", பின் Enterஐ அழுத்தவும்.
04:17	அடுத்து, உங்கள் sequence objectஐ உருவாக்கும் போது, strandல், alphabetகளை வெளிப்படையாக குறிப்பிடவும்.
04:24	அதாவது, அந்த alphabetகளின் sequence, nucleotideகள் அல்லது amino acidகளுக்கு உண்டான codeஆ என குறிப்பிடவும்.
04:32	அதற்கு, Alphabet packageல் இருந்து, IUPAC moduleஐ நாம் பயன்படுத்துவோம்.
04:38	Promptல் டைப் செய்க: "' from Bio dot Alphabet import IUPAC", பின் Enterஐ அழுத்தவும்.
04:48	"Seq" மற்றும் IUPAC" moduleகளை load செய்ய, import' மற்றும் from statementகளை நாம் பயன்படுத்தியுள்ளோம் என்பதை கவனிக்கவும்.
04:56	cdna என்ற variableன் உள், sequence objectஐ சேமிக்கவும்.
05:01	Promptல், சாதாரண stringகளின் உள் எழுதுவது போல், டைப் செய்க: cdna equal to Seq.
05:08	Sequenceஐ, இரட்டை மேற்கோள்கள் மற்றும் அடைப்புக் குறிகளினுள் எழுதவும்.
05:13	நமது sequence, ஒரு DNAன் துண்டு என்று நாம் அறிவோம். அதனால், டைப் செய்க: argumentஆக unambiguous DNA alphabet object.
05:21	Outputக்கு, டைப் செய்க: "'cdna'"
05:26	DNA sequenceஐ, ஒரு sequence objectஆக output காட்டும்.
05:30	Coding DNA strandஐ, அதற்கு தொடர்புடைய mRNAஆக்க, transcribe செய்யவும்.
05:35	Seq moduleன், built-in “transcribe” methodஐ நாம் பயன்படுத்துவோம்.
05:39	பின்வரும் code ஐ டைப் செய்யவும்.
05:41	Variable mrnaன் உள், output ஐ சேமிக்கவும்.
05:45	Promptல் டைப் செய்க: "'mrna equal to cdna dot transcribe open மற்றும் close parentheses'", பின் Enterஐ அழுத்தவும்.
05:55	Outputக்கு, டைப் செய்க: "'mrna'", பின் Enterஐ அழுத்தவும்.
06:01	Output ஐ கவனிக்கவும். DNA sequenceல், Thiaminக்கு பதிலாக, Uracilஐ transcribe method வைக்கிறது.
06:09	அடுத்து, இந்த mRNAஐ, அதற்கு தொடர்புடைய protein sequence ஆக்க,translate method ஐ பயன்படுத்தவும்.
06:16	பின்வரும் code ஐ டைப் செய்க: protein equal to mrna dot translate open மற்றும் close parentheses. பின் Enterஐ அழுத்தவும்.
06:27	RNA அல்லது DNA sequenceஐ, சரியாக குறிப்பிடவில்லை எனில், நிலையான genetic codeஐ பயன்படுத்தி, translate method, translate செய்கிறது.
06:36	Output, ஒரு amino acid sequenceஐ காட்டுகிறது.
06:40	Translate செய்யப்பட்ட sequenceல், stop codonகளின் இருப்பு பற்றிய தகவலையும் output காட்டுகிறது.
06:47	Protein sequenceன் இறுதியில் இருக்கும் asteriskஐ கவனிக்கவும். அது stop codonஐ குறிக்கிறது.
06:53	மேலுள்ள codeல், transcriptionக்கு, ஒரு coding DNA strandஐ, நாம் பயன்படுத்தியுள்ளோம்.
06:59	Biopythonல், coding DNA strandல் மட்டுமே transcribe method வேலை செய்கிறது.
07:04	ஆனால், உண்மையான உயிரியல் அமைப்புகளில், transcription செயல்முறை, ஒரு template strandஉடன் தொடங்குகிறது.
07:11	நீங்கள் template strandஉடன் தொடங்கினால், terminalலில் காட்டப்பட்டுள்ளபடி, reverse complement methodஐ பயன்படுத்தி, அதை coding strandஆக மாற்றவும்.
07:20	Coding strandக்கு, மேலே காட்டப்பட்டுள்ளபடி, அடுத்து வரும் codeஐ பின்பற்றவும்.
07:24	Biopythonல் உள்ள methodகளை பயன்படுத்தி, ஒரு DNA sequenceஐ, ஒரு protein sequenceஆக மாற்றியுள்ளோம்.
07:31	இந்த codeஐ பயன்படுத்தி, எந்த அளவுள்ள, DNA sequenceஐயும், ஒரு protein sequenceஆக translate செய்ய முடியும்.
07:37	சுருங்கசொல்ல, இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்றது:
07:41	Biopythonனின் முக்கிய அம்சங்கள்
07:43	Linux OSல் download மற்றும் நிறுவுதலுக்கு தொடர்புடைய தகவல்
07:48	DNA strandக்கு, ஒரு sequence objectஐ உருவாக்குவது
07:52	DNA sequenceஐ, mRNA ஆக்க, Transcription செய்வது
07:56	mRNAஐ, protein sequence ஆக்க, Translation செய்வது.
08:00	பயிற்சியாக-
08:02	கொடுக்கப்பட்டுள்ள DNA sequenceஐ, protein sequenceஆக translate செய்யவும்.
08:06	Output ஐ கவனிக்கவும்.
08:08	Protein sequence, தன்னுள் stop codonஐ கொண்டுள்ளது.
08:11	இயற்கையில் நடப்பது போல், frameல், முதல் stop codon வரை, DNAஐ translate செய்யவும்.
08:17	நீங்கள் செய்த பயிற்சி, பின்வரும் codeஐ கொண்டிருக்க வேண்டும்.
08:20	translate() methodல், to underscore stop argumentஐ நாம் பயன்படுத்தி இருப்பதை கவனிக்கவும். Output ஐ கவனிக்கவும்.
08:27	stop codon, translate செய்யப்படவில்லை
08:31	உங்கள் protein sequenceன் இறுதியில், stop symbol, சேர்க்கப்படவில்லை.
08:36	இந்த வீடியோ ஸ்போகன் டுடொரியல் திட்டத்தை சுருங்க சொல்கிறது.
08:39	உங்கள் இணைய இணைப்பு வேகமாக இல்லையெனில், அதை தரவிறக்கி காணவும்.
08:43	ஸ்போகன் டுடொரியல் திட்டக்குழு செய்முறை வகுப்புகள் நடத்தி இணையத்தில் பரீட்சை எழுதி தேர்வோருக்கு சான்றிதழ்கள் தருகிறது.
08:50	மேலும் விவரங்களுக்கு எங்களுக்கு மின்னஞ்சல் செய்யவும்.
08:53	இந்திய அரசாங்கத்தின், NMEICT, MHRD, ஸ்போகன் டுடொரியல் திட்டத்திற்கு ஆதரவு அளிக்கிறது.
08:59	மேலும் விவரங்களுக்கு, கீழ்கண்ட இணைப்பை பார்க்கவும்.
09:03	இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ. குரல் கொடுத்தது ஐஐடி பாம்பேயில் இருந்து பிரியா. நன்றி.

Contributors and Content Editors

Priyacst