Difference between revisions of "Biopython/C2/Parsing-Data/Tamil"
From Script | Spoken-Tutorial
(Created page with "{| Border=1 ! <center>Time</center> ! <center>Narration</center> |- |00:01 | வணக்கம். '''Dataஐ parse செய்வது''' குறித்த இ...") |
|||
| Line 17: | Line 17: | ||
|- | |- | ||
|00:19 | |00:19 | ||
| − | | இந்த டுடோரியலை புரிந்து கொள்ள, இளங்கலை Biochemistry அல்லது Bioinformatics , | + | | இந்த டுடோரியலை புரிந்து கொள்ள, இளங்கலை Biochemistry அல்லது Bioinformatics, |
|- | |- | ||
| Line 45: | Line 45: | ||
|- | |- | ||
|00:56 | |00:56 | ||
| − | | உயிரியலில், scientific data, பொதுவாக, '''FASTA''', '''GenBank''', ''' | + | | உயிரியலில், scientific data, பொதுவாக, '''FASTA''', '''GenBank''', '''Swiss-Prot''', '''EMBL''' போன்ற text fileகளில் சேமிக்கப்படுகின்றன. |
|- | |- | ||
| Line 153: | Line 153: | ||
|- | |- | ||
|03:12 | |03:12 | ||
| − | | '''File format'''ஐ, '''GenBank''' என | + | | '''File format'''ஐ, '''GenBank''' என மாற்றவும். |
|- | |- | ||
| Line 165: | Line 165: | ||
|- | |- | ||
|03:27 | |03:27 | ||
| − | | உங்கள் '''home''' folderல், fileஐ, “sequence.gb'” என சேமிக்கவும்.Text editorஐ மூடவும். | + | | உங்கள் '''home''' folderல், fileஐ, “sequence.gb'” என சேமிக்கவும். Text editorஐ மூடவும். |
|- | |- | ||
| Line 233: | Line 233: | ||
|- | |- | ||
|05:07 | |05:07 | ||
| − | | செயல் விளக்கத்திற்கு, | + | | செயல் விளக்கத்திற்கு, நான் முன்பு databaseல் இருந்து, download செய்த, பல '''record''களை கொண்ட '''FASTA''' fileஐ பயன்படுத்துகிறேன். |
|- | |- | ||
| Line 241: | Line 241: | ||
|- | |- | ||
|05:22 | |05:22 | ||
| − | | இங்கு, '''sequence.fasta''' fileன் contentகளை | + | | இங்கு, '''sequence.fasta''' fileன் contentகளை read செய்ய, '''parse''' functionஐ நாம் பயன்படுத்துவோம். |
|- | |- | ||
| Line 257: | Line 257: | ||
|- | |- | ||
|05:52 | |05:52 | ||
| − | | அது இரண்டு '''argument'''களை ஏற்றுக் கொள்ளும் | + | | அது இரண்டு '''argument'''களை ஏற்றுக் கொள்ளும். முதலாவது, fileன் பெயர், dataஐ read செய்வதற்கு. |
|- | |- | ||
| Line 269: | Line 269: | ||
|- | |- | ||
|06:07 | |06:07 | ||
| − | | | + | | ''' identifier line''', அதனைத் தொடர்ந்து, fileல் உள்ள sequence, மேலும், fileல் உள்ள எல்லா recordகளுக்கான sequenceன் நீளம் ஆகியவற்றை Output காட்டுகிறது. |
|- | |- | ||
| Line 309: | Line 309: | ||
|- | |- | ||
|07:03 | |07:03 | ||
| − | | இங்கும் | + | | இங்கும், '''record id''', '''sequence''', fileல் உள்ள எல்லா recordகளுக்கான sequenceன் நீளம் ஆகியவற்றை output காட்டுகிறது. |
|- | |- | ||
| Line 321: | Line 321: | ||
|- | |- | ||
|07:27 | |07:27 | ||
| − | | உங்கள் fileலில், ஒற்றை record | + | | உங்கள் fileலில், ஒற்றை record உள்ளதெனில், '''parsing'''க்கு, பின்வரும் வரிகளை டைப் செய்யவும். |
|- | |- | ||
|07:34 | |07:34 | ||
| − | | இங்கு, நாம் முன்னர் சேமித்து வைத்திருந்த , ஒற்றை recordஐ கொண்ட, '''FASTA''' file, அதாவது, '''insulin.fasta '''ஐ, உதாரணமாக பயன்படுத்துவோம். | + | | இங்கு, நாம் முன்னர் சேமித்து வைத்திருந்த, ஒற்றை recordஐ கொண்ட, '''FASTA''' file, அதாவது, '''insulin.fasta '''ஐ, உதாரணமாக பயன்படுத்துவோம். |
|- | |- | ||
| Line 373: | Line 373: | ||
|- | |- | ||
|08:42 | |08:42 | ||
| − | | இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்றது: '''NCBI''' database வலைத்தளத்தில் இருந்து, '''FASTA''' மற்றும் '''GenBank''' fileகளை download செய்வது, | + | | இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்றது: '''NCBI''' database வலைத்தளத்தில் இருந்து, '''FASTA''' மற்றும் '''GenBank''' fileகளை download செய்வது, '''SeqIO''' moduleலில் இருந்து, '''parse''' மற்றும் '''read''' functionகளை பயன்படுத்துவது, |
|- | |- | ||
|08:55 | |08:55 | ||
| − | | '''FASTA''' மற்றும் '''GenBank''' fileகளில் இருந்து, '''record id'''கள், | + | | '''FASTA''' மற்றும் '''GenBank''' fileகளில் இருந்து, '''record id'''கள், descriptionகள் மற்றும் sequenceகள் போன்ற dataக்களை extract செய்வது. |
|- | |- | ||
| Line 393: | Line 393: | ||
|- | |- | ||
|09:17 | |09:17 | ||
| − | | | + | | நீங்கள் செய்த பயிற்சி பின்வரும் codeன் வரிகளைப் பெற்றிருக்க வேண்டும். |
|- | |- | ||
| Line 405: | Line 405: | ||
|- | |- | ||
|09:37 | |09:37 | ||
| − | | | + | | இந்த வீடியோ ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்தை சுருங்க சொல்கிறது. |
|- | |- | ||
|09:42 | |09:42 | ||
| − | | அதை தரவிறக்கி காணவும். | + | | உங்கள் இணைய இணைப்பு வேகமாக இல்லையெனில் அதை தரவிறக்கி காணவும். |
|- | |- | ||
| Line 429: | Line 429: | ||
|- | |- | ||
|10:06 | |10:06 | ||
| − | | இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ. குரல் கொடுத்தது | + | | இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ. குரல் கொடுத்தது ஐஐடி பாம்பேவில் இருந்து பிரியா. நன்றி. |
|} | |} | ||
Latest revision as of 11:20, 2 May 2017
| |
|
|---|---|
| 00:01 | வணக்கம். Dataஐ parse செய்வது குறித்த இந்த டுடோரியலுக்கு நல்வரவு. |
| 00:06 | இந்த டுடோரியலில், NCBI database வலைத்தளத்தில் இருந்து, FASTA மற்றும் GenBank fileகளை download செய்து, |
| 00:14 | மேலும், Sequence Input/Output moduleலில் இருக்கும், functionகளை பயன்படுத்தி, data fileகளை Parse செய்யக் கற்போம். |
| 00:19 | இந்த டுடோரியலை புரிந்து கொள்ள, இளங்கலை Biochemistry அல்லது Bioinformatics, |
| 00:26 | மற்றும், அடிப்படை Python programming பற்றி தெரிந்திருக்க வேண்டும். |
| 00:30 | அதற்கு கொடுக்கப்பட்டுள்ள இணைப்பில் உள்ள Python டுடோரியல்களை பார்க்கவும். |
| 00:34 | இந்த டுடோரியலை பதிவு செய்ய, நான் பயன்படுத்துவது: Ubuntu OS பதிப்பு 14.10 |
| 00:40 | Python பதிப்பு 2.7.8 |
| 00:44 | Ipython interpreter பதிப்பு 2.3.0 |
| 00:48 | Biopython பதிப்பு 1.64 மற்றும் Mozilla Firefox browser 35.0. |
| 00:56 | உயிரியலில், scientific data, பொதுவாக, FASTA, GenBank, Swiss-Prot, EMBL போன்ற text fileகளில் சேமிக்கப்படுகின்றன. |
| 01:07 | Database வலைத்தளங்களில் இருந்து, data fileகளை download செய்யலாம். |
| 01:12 | ஏதேனும் web browserல் , கீழே கொடுக்கப்பட்டுள்ள வலைத்தள இணைப்பை திறக்கவும். |
| 01:17 | ஒரு web-page திறக்கும். |
| 01:19 | மனித insulin geneக்கான, FASTA மற்றும் GenBank fileகளை download செய்வோம் |
| 01:25 | Search boxல், டைப் செய்க: "human insulin". பின் Search பட்டனை அழுத்தவும். |
| 01:31 | மனித insulin geneக்கான, பல fileகளை web-page காட்டும். |
| 01:35 | செயல் விளக்கத்திற்கு, “Homo sapiens Insulin mRNA” என்ற பெயருடைய 4 fileகளை, நான் தேர்ந்தெடுக்கிறேன். |
| 01:43 | 500 base ஜோடிகளுக்கு குறைவாக உள்ள fileகளை, நான் தேர்வு செய்கிறேன். |
| 01:48 | Download செய்வதற்கு, fileஐ தேர்வு செய்து, check-boxஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 01:56 | பக்கத்தின், மேல் வலது மூலையில் உள்ள, “Send to” optionக்கு, cursorஐ கொண்டு வரவும். |
| 02:02 | “Send to” பட்டனுக்கு அருகில் இருக்கும், down arrowஉடன் கூடிய, சிறிய selection பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். |
| 02:09 | “Choose destination” தலைப்பின் கீழ் இருக்கும், File optionஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 02:13 | format drop-down list boxன் கீழ் பட்டியலிடபட்டு இருக்கும், எந்த file formatலும், இந்த fileஐ சேமிக்கலாம். |
| 02:21 | கொடுக்கப்பட்டுள்ள optionகளில் இருந்து, FASTAஐ தேர்வு செய்யவும். |
| 02:25 | பின், Create file optionஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 02:29 | ஒரு dialog-box திரையில் தோன்றும். |
| 02:32 | Open withஐ தேர்ந்தெடுத்து, பின், OKஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 02:36 | Text editorல் ஒரு file திறக்கும். |
| 02:39 | நாம் download செய்வதற்கு, நான்கு fileகளை தேர்ந்தெடுத்து இருப்பதனால், file, 4 recordகளை காட்டுகிறது. |
| 02:46 | ஒவ்வொரு recordலும் உள்ள, முதல் வரி, identifier வரி ஆகும். |
| 02:50 | அது, “greater than (>)” குறியுடன் தொடங்கும். |
| 02:53 | இதனை, sequence பின் தொடர்கிறது. |
| 02:56 | உங்கள் home folderல், fileஐ, “sequence.fasta'” என சேமிக்கவும். |
| 03:01 | Text editorஐ மூடவும். |
| 03:03 | Fileகளை, GenBank formatல் download செய்ய, முன்பு தேர்ந்தெடுக்கப்பட்ட அதே fileகளுக்கு, |
| 03:08 | மேலுள்ள அதே படிகளை பின்பற்றவும். |
| 03:12 | File formatஐ, GenBank என மாற்றவும். |
| 03:16 | ஒரு fileஐ உருவாக்கவும். அதை, text editorல் திறக்கவும். |
| 03:21 | GenBank formatல் உள்ள sequence file, ஒரு FASTA fileஐ விட அதிக அம்சங்களை பெற்றிருப்பதை கவனிக்கவும். |
| 03:27 | உங்கள் home folderல், fileஐ, “sequence.gb'” என சேமிக்கவும். Text editorஐ மூடவும். |
| 03:34 | செயல் விளக்கத்திற்கு, ஒரு ஒற்றை recordஐ கொண்டுள்ள, ஒரு FASTA file நமக்கு தேவைப்படுகிறது. |
| 03:39 | இதற்கு, மீண்டும் check boxகளின் மீது க்ளிக் செய்வதன் மூலம், முந்தைய selectionஐ நீக்கவும். |
| 03:48 | இப்போது, “Human insulin gene complete cds” fileஐ தேர்ந்தெடுக்கவும். |
| 03:54 | Check-boxஐ க்ளிக் செய்யவும். |
| 03:57 | Home folderல், fileஐ சேமிக்க, முன்பு காட்டப்பட்ட அதே படிகளை பின்பற்றவும். |
| 04:01 | Fileஐ, "insulin.fasta" என சேமிக்கவும். |
| 04:08 | Biopython libraryகளை பயன்படுத்தி, இந்த fileகளில் சேமிக்கப்பட்டுள்ள, உயிரியல் dataக்களை, extract செய்து, மாற்ற முடியும். |
| 04:16 | Text-editorஐ மூடவும். |
| 04:19 | Data fileகளில் இருந்து, dataஐ extract செய்வது, Parsing எனப்படும். |
| 04:23 | SeqIO moduleலில் இருக்கும், functionகளை பயன்படுத்தி, பெரும்பாலானfile formatகளை parse செய்யலாம். |
| 04:30 | SeqIO moduleலில், பொதுவாக, அதிக அளவில் பயன்படுத்தப்படும் functionகள்: parse, read, write மற்றும் convert. |
| 04:38 | Terminalஐ திறக்க, Ctrl, Alt மற்றும் t keyகளை ஒன்றாக அழுத்தவும். |
| 04:44 | Ipythonஐ தொடங்க, Promptல் டைப் செய்க: ipython", பின் Enterஐ அழுத்தவும். |
| 04:51 | அடுத்து,Bio packageல் இருந்து,Seq IO moduleஐ import செய்யவும். |
| 04:56 | Promptல் டைப் செய்க: from Bio import SeqIO'", பின் Enterஐ அழுத்தவும். |
| 05:04 | மிக முக்கியமான “parse” functionஉடன் தொடங்குவோம். |
| 05:07 | செயல் விளக்கத்திற்கு, நான் முன்பு databaseல் இருந்து, download செய்த, பல recordகளை கொண்ட FASTA' fileஐ பயன்படுத்துகிறேன். |
| 05:17 | எளிய FASTA parsingக்கு, பின்வருவனவற்றை, Promptல் டைப் செய்க. |
| 05:22 | இங்கு, sequence.fasta fileன் contentகளை read செய்ய, parse functionஐ நாம் பயன்படுத்துவோம். |
| 05:30 | Outputக்கு, print செய்க: record id, recordல் இருக்கும் sequence, மற்றும், sequenceன் நீளம். |
| 05:41 | Sequence dataஐ, Sequence record objectகளாக read செய்ய, parse function பயன்படுத்தப்படுகிறது என்பதையும் கவனிக்கவும். |
| 05:48 | அது பொதுவாக for loopஉடன் பயன்படுத்தப்படுகிறது. |
| 05:52 | அது இரண்டு argumentகளை ஏற்றுக் கொள்ளும். முதலாவது, fileன் பெயர், dataஐ read செய்வதற்கு. |
| 05:59 | இரண்டாவது, file formatஐ குறிக்கிறது. |
| 06:02 | Outputஐ பெற, Enter keyஐ இருமுறை அழுத்தவும். |
| 06:07 | identifier line, அதனைத் தொடர்ந்து, fileல் உள்ள sequence, மேலும், fileல் உள்ள எல்லா recordகளுக்கான sequenceன் நீளம் ஆகியவற்றை Output காட்டுகிறது. |
| 06:21 | FASTA format, alphabetஐ குறிப்பதில்லை என்பதையும் கவனிக்கவும். |
| 06:26 | அதனால், output, அதை ஒரு DNA sequenceஆக குறிப்பதில்லை. |
| 06:31 | GenBank fileஐ parse செய்ய அதே படிகளை பின்பற்றவும். |
| 06:36 | செயல் விளக்கத்திற்கு, நாம் முன்பு databaseல் இருந்து, download செய்த GenBank fileஐ பயன்படுத்துவோம். |
| 06:43 | நாம் முன்பு பயன்படுத்திய, codeன் வரிகளைப் பெற, up-arrow keyஐ அழுத்தவும். |
| 06:49 | Fileன் பெயரை, sequence.gb என மாற்றவும். |
| 06:53 | File formatஐ, genbankக்கு மாற்றவும். |
| 06:56 | மீதமுள்ள codeகள் அப்படியே இருக்கும். |
| 06:58 | Outputஐ பெற, Enter keyஐ இருமுறை அழுத்தவும். |
| 07:03 | இங்கும், record id, sequence, fileல் உள்ள எல்லா recordகளுக்கான sequenceன் நீளம் ஆகியவற்றை output காட்டுகிறது. |
| 07:12 | GenBank format, sequenceஐ, DNA sequenceஆக குறிப்பதை கவனிக்கவும். |
| 07:19 | இவ்வாறே, மேலுள்ள அதே codeஐ பயன்படுத்தி, Swiss-prot மற்றும் EMBL fileகளை parse செய்ய முடியும். |
| 07:27 | உங்கள் fileலில், ஒற்றை record உள்ளதெனில், parsingக்கு, பின்வரும் வரிகளை டைப் செய்யவும். |
| 07:34 | இங்கு, நாம் முன்னர் சேமித்து வைத்திருந்த, ஒற்றை recordஐ கொண்ட, FASTA file, அதாவது, insulin.fasta ஐ, உதாரணமாக பயன்படுத்துவோம். |
| 07:43 | நாம் Parse functionக்கு பதிலாக read functionஐ பயன்படுத்தி இருப்பதை கவனிக்கவும். Enterஐ அழுத்தவும். |
| 07:50 | insulin.fasta fileலின் contentகளை output காட்டுகிறது. |
| 07:55 | Sequenceஐ, sequence record objectஆக அது காட்டுகிறது. |
| 07:59 | மேலும், GI, accession number மற்றும் description போன்ற மற்ற அம்சங்களையும் காட்டுகிறது. |
| 08:06 | இந்த recordன் தனிப்பட்ட அம்சங்களையும், பின்வருமாறு நாம் காணலாம். |
| 08:11 | Promptல் டைப் செய்க: record dot seq, பின் Enterஐ அழுத்தவும். |
| 08:18 | Fileலில் இருக்கும் sequenceஐ output காட்டுகிறது. |
| 08:22 | இந்த recordன் identifierகளை காண, டைப் செய்க: record dot id, பின் Enterஐ அழுத்தவும். |
| 08:29 | GI எண் மற்றும் accession எண்ணை output காட்டுகிறது. |
| 08:34 | உங்களுக்கு விருப்பமான data fileகளை parse செய்ய, மேலே விவரிக்கப்பட்டுள்ள functionஐ நீங்கள் பயன்படுத்தலாம். |
| 08:40 | இப்போது, சுருங்கசொல்ல, |
| 08:42 | இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்றது: NCBI database வலைத்தளத்தில் இருந்து, FASTA மற்றும் GenBank fileகளை download செய்வது, SeqIO moduleலில் இருந்து, parse மற்றும் read functionகளை பயன்படுத்துவது, |
| 08:55 | FASTA மற்றும் GenBank fileகளில் இருந்து, record idகள், descriptionகள் மற்றும் sequenceகள் போன்ற dataக்களை extract செய்வது. |
| 09:03 | இப்போது, பயிற்சியாக- |
| 09:06 | NCBI databaseல் இருந்து, உங்களுக்கு விருப்பமான, nucleotide sequenceக்கான, FASTA fileகளை download செய்யவும். |
| 09:13 | Sequenceகளின் fileஐ, அதன் reverse complementகளுக்கு மாற்றவும். |
| 09:17 | நீங்கள் செய்த பயிற்சி பின்வரும் codeன் வரிகளைப் பெற்றிருக்க வேண்டும். |
| 09:22 | FASTA fileல் இருந்து, nucleotide sequenceகளை load செய்ய, parse functionஐ பயன்படுத்தவும். |
| 09:28 | அடுத்து, Sequence objectன் built in reverse complement methodஐ பயன்படுத்தி, reverse complementகளை print செய்யவும். |
| 09:37 | இந்த வீடியோ ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்தை சுருங்க சொல்கிறது. |
| 09:42 | உங்கள் இணைய இணைப்பு வேகமாக இல்லையெனில் அதை தரவிறக்கி காணவும். |
| 09:44 | ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டக்குழு செய்முறை வகுப்புகள் நடத்தி இணையத்தில் பரீட்சை எழுதி தேர்வோருக்கு சான்றிதழ்கள் தருகிறது. |
| 09:51 | மேலும் விவரங்களுக்கு எங்களுக்கு மின்னஞ்சல் செய்யவும். |
| 09:55 | இந்திய அரசாங்கத்தின், NMEICT, MHRD, ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்திற்கு ஆதரவு அளிக்கிறது. |
| 10:01 | மேலும் விவரங்களுக்கு, கீழ்கண்ட இணைப்பை பார்க்கவும். |
| 10:06 | இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ. குரல் கொடுத்தது ஐஐடி பாம்பேவில் இருந்து பிரியா. நன்றி. |
