Biopython/C2/Parsing-Data/Tamil
From Script | Spoken-Tutorial
|
|
---|---|
00:01 | வணக்கம். Dataஐ parse செய்வது குறித்த இந்த டுடோரியலுக்கு நல்வரவு. |
00:06 | இந்த டுடோரியலில், NCBI database வலைத்தளத்தில் இருந்து, FASTA மற்றும் GenBank fileகளை download செய்து, |
00:14 | மேலும், Sequence Input/Output moduleலில் இருக்கும், functionகளை பயன்படுத்தி, data fileகளை Parse செய்யக் கற்போம். |
00:19 | இந்த டுடோரியலை புரிந்து கொள்ள, இளங்கலை Biochemistry அல்லது Bioinformatics, |
00:26 | மற்றும், அடிப்படை Python programming பற்றி தெரிந்திருக்க வேண்டும். |
00:30 | அதற்கு கொடுக்கப்பட்டுள்ள இணைப்பில் உள்ள Python டுடோரியல்களை பார்க்கவும். |
00:34 | இந்த டுடோரியலை பதிவு செய்ய, நான் பயன்படுத்துவது: Ubuntu OS பதிப்பு 14.10 |
00:40 | Python பதிப்பு 2.7.8 |
00:44 | Ipython interpreter பதிப்பு 2.3.0 |
00:48 | Biopython பதிப்பு 1.64 மற்றும் Mozilla Firefox browser 35.0. |
00:56 | உயிரியலில், scientific data, பொதுவாக, FASTA, GenBank, Swiss-Prot, EMBL போன்ற text fileகளில் சேமிக்கப்படுகின்றன. |
01:07 | Database வலைத்தளங்களில் இருந்து, data fileகளை download செய்யலாம். |
01:12 | ஏதேனும் web browserல் , கீழே கொடுக்கப்பட்டுள்ள வலைத்தள இணைப்பை திறக்கவும். |
01:17 | ஒரு web-page திறக்கும். |
01:19 | மனித insulin geneக்கான, FASTA மற்றும் GenBank fileகளை download செய்வோம் |
01:25 | Search boxல், டைப் செய்க: "human insulin". பின் Search பட்டனை அழுத்தவும். |
01:31 | மனித insulin geneக்கான, பல fileகளை web-page காட்டும். |
01:35 | செயல் விளக்கத்திற்கு, “Homo sapiens Insulin mRNA” என்ற பெயருடைய 4 fileகளை, நான் தேர்ந்தெடுக்கிறேன். |
01:43 | 500 base ஜோடிகளுக்கு குறைவாக உள்ள fileகளை, நான் தேர்வு செய்கிறேன். |
01:48 | Download செய்வதற்கு, fileஐ தேர்வு செய்து, check-boxஐ க்ளிக் செய்யவும். |
01:56 | பக்கத்தின், மேல் வலது மூலையில் உள்ள, “Send to” optionக்கு, cursorஐ கொண்டு வரவும். |
02:02 | “Send to” பட்டனுக்கு அருகில் இருக்கும், down arrowஉடன் கூடிய, சிறிய selection பட்டனை க்ளிக் செய்யவும். |
02:09 | “Choose destination” தலைப்பின் கீழ் இருக்கும், File optionஐ க்ளிக் செய்யவும். |
02:13 | format drop-down list boxன் கீழ் பட்டியலிடபட்டு இருக்கும், எந்த file formatலும், இந்த fileஐ சேமிக்கலாம். |
02:21 | கொடுக்கப்பட்டுள்ள optionகளில் இருந்து, FASTAஐ தேர்வு செய்யவும். |
02:25 | பின், Create file optionஐ க்ளிக் செய்யவும். |
02:29 | ஒரு dialog-box திரையில் தோன்றும். |
02:32 | Open withஐ தேர்ந்தெடுத்து, பின், OKஐ க்ளிக் செய்யவும். |
02:36 | Text editorல் ஒரு file திறக்கும். |
02:39 | நாம் download செய்வதற்கு, நான்கு fileகளை தேர்ந்தெடுத்து இருப்பதனால், file, 4 recordகளை காட்டுகிறது. |
02:46 | ஒவ்வொரு recordலும் உள்ள, முதல் வரி, identifier வரி ஆகும். |
02:50 | அது, “greater than (>)” குறியுடன் தொடங்கும். |
02:53 | இதனை, sequence பின் தொடர்கிறது. |
02:56 | உங்கள் home folderல், fileஐ, “sequence.fasta'” என சேமிக்கவும். |
03:01 | Text editorஐ மூடவும். |
03:03 | Fileகளை, GenBank formatல் download செய்ய, முன்பு தேர்ந்தெடுக்கப்பட்ட அதே fileகளுக்கு, |
03:08 | மேலுள்ள அதே படிகளை பின்பற்றவும். |
03:12 | File formatஐ, GenBank என மாற்றவும். |
03:16 | ஒரு fileஐ உருவாக்கவும். அதை, text editorல் திறக்கவும். |
03:21 | GenBank formatல் உள்ள sequence file, ஒரு FASTA fileஐ விட அதிக அம்சங்களை பெற்றிருப்பதை கவனிக்கவும். |
03:27 | உங்கள் home folderல், fileஐ, “sequence.gb'” என சேமிக்கவும். Text editorஐ மூடவும். |
03:34 | செயல் விளக்கத்திற்கு, ஒரு ஒற்றை recordஐ கொண்டுள்ள, ஒரு FASTA file நமக்கு தேவைப்படுகிறது. |
03:39 | இதற்கு, மீண்டும் check boxகளின் மீது க்ளிக் செய்வதன் மூலம், முந்தைய selectionஐ நீக்கவும். |
03:48 | இப்போது, “Human insulin gene complete cds” fileஐ தேர்ந்தெடுக்கவும். |
03:54 | Check-boxஐ க்ளிக் செய்யவும். |
03:57 | Home folderல், fileஐ சேமிக்க, முன்பு காட்டப்பட்ட அதே படிகளை பின்பற்றவும். |
04:01 | Fileஐ, "insulin.fasta" என சேமிக்கவும். |
04:08 | Biopython libraryகளை பயன்படுத்தி, இந்த fileகளில் சேமிக்கப்பட்டுள்ள, உயிரியல் dataக்களை, extract செய்து, மாற்ற முடியும். |
04:16 | Text-editorஐ மூடவும். |
04:19 | Data fileகளில் இருந்து, dataஐ extract செய்வது, Parsing எனப்படும். |
04:23 | SeqIO moduleலில் இருக்கும், functionகளை பயன்படுத்தி, பெரும்பாலானfile formatகளை parse செய்யலாம். |
04:30 | SeqIO moduleலில், பொதுவாக, அதிக அளவில் பயன்படுத்தப்படும் functionகள்: parse, read, write மற்றும் convert. |
04:38 | Terminalஐ திறக்க, Ctrl, Alt மற்றும் t keyகளை ஒன்றாக அழுத்தவும். |
04:44 | Ipythonஐ தொடங்க, Promptல் டைப் செய்க: ipython", பின் Enterஐ அழுத்தவும். |
04:51 | அடுத்து,Bio packageல் இருந்து,Seq IO moduleஐ import செய்யவும். |
04:56 | Promptல் டைப் செய்க: from Bio import SeqIO'", பின் Enterஐ அழுத்தவும். |
05:04 | மிக முக்கியமான “parse” functionஉடன் தொடங்குவோம். |
05:07 | செயல் விளக்கத்திற்கு, நான் முன்பு databaseல் இருந்து, download செய்த, பல recordகளை கொண்ட FASTA' fileஐ பயன்படுத்துகிறேன். |
05:17 | எளிய FASTA parsingக்கு, பின்வருவனவற்றை, Promptல் டைப் செய்க. |
05:22 | இங்கு, sequence.fasta fileன் contentகளை read செய்ய, parse functionஐ நாம் பயன்படுத்துவோம். |
05:30 | Outputக்கு, print செய்க: record id, recordல் இருக்கும் sequence, மற்றும், sequenceன் நீளம். |
05:41 | Sequence dataஐ, Sequence record objectகளாக read செய்ய, parse function பயன்படுத்தப்படுகிறது என்பதையும் கவனிக்கவும். |
05:48 | அது பொதுவாக for loopஉடன் பயன்படுத்தப்படுகிறது. |
05:52 | அது இரண்டு argumentகளை ஏற்றுக் கொள்ளும். முதலாவது, fileன் பெயர், dataஐ read செய்வதற்கு. |
05:59 | இரண்டாவது, file formatஐ குறிக்கிறது. |
06:02 | Outputஐ பெற, Enter keyஐ இருமுறை அழுத்தவும். |
06:07 | identifier line, அதனைத் தொடர்ந்து, fileல் உள்ள sequence, மேலும், fileல் உள்ள எல்லா recordகளுக்கான sequenceன் நீளம் ஆகியவற்றை Output காட்டுகிறது. |
06:21 | FASTA format, alphabetஐ குறிப்பதில்லை என்பதையும் கவனிக்கவும். |
06:26 | அதனால், output, அதை ஒரு DNA sequenceஆக குறிப்பதில்லை. |
06:31 | GenBank fileஐ parse செய்ய அதே படிகளை பின்பற்றவும். |
06:36 | செயல் விளக்கத்திற்கு, நாம் முன்பு databaseல் இருந்து, download செய்த GenBank fileஐ பயன்படுத்துவோம். |
06:43 | நாம் முன்பு பயன்படுத்திய, codeன் வரிகளைப் பெற, up-arrow keyஐ அழுத்தவும். |
06:49 | Fileன் பெயரை, sequence.gb என மாற்றவும். |
06:53 | File formatஐ, genbankக்கு மாற்றவும். |
06:56 | மீதமுள்ள codeகள் அப்படியே இருக்கும். |
06:58 | Outputஐ பெற, Enter keyஐ இருமுறை அழுத்தவும். |
07:03 | இங்கும், record id, sequence, fileல் உள்ள எல்லா recordகளுக்கான sequenceன் நீளம் ஆகியவற்றை output காட்டுகிறது. |
07:12 | GenBank format, sequenceஐ, DNA sequenceஆக குறிப்பதை கவனிக்கவும். |
07:19 | இவ்வாறே, மேலுள்ள அதே codeஐ பயன்படுத்தி, Swiss-prot மற்றும் EMBL fileகளை parse செய்ய முடியும். |
07:27 | உங்கள் fileலில், ஒற்றை record உள்ளதெனில், parsingக்கு, பின்வரும் வரிகளை டைப் செய்யவும். |
07:34 | இங்கு, நாம் முன்னர் சேமித்து வைத்திருந்த, ஒற்றை recordஐ கொண்ட, FASTA file, அதாவது, insulin.fasta ஐ, உதாரணமாக பயன்படுத்துவோம். |
07:43 | நாம் Parse functionக்கு பதிலாக read functionஐ பயன்படுத்தி இருப்பதை கவனிக்கவும். Enterஐ அழுத்தவும். |
07:50 | insulin.fasta fileலின் contentகளை output காட்டுகிறது. |
07:55 | Sequenceஐ, sequence record objectஆக அது காட்டுகிறது. |
07:59 | மேலும், GI, accession number மற்றும் description போன்ற மற்ற அம்சங்களையும் காட்டுகிறது. |
08:06 | இந்த recordன் தனிப்பட்ட அம்சங்களையும், பின்வருமாறு நாம் காணலாம். |
08:11 | Promptல் டைப் செய்க: record dot seq, பின் Enterஐ அழுத்தவும். |
08:18 | Fileலில் இருக்கும் sequenceஐ output காட்டுகிறது. |
08:22 | இந்த recordன் identifierகளை காண, டைப் செய்க: record dot id, பின் Enterஐ அழுத்தவும். |
08:29 | GI எண் மற்றும் accession எண்ணை output காட்டுகிறது. |
08:34 | உங்களுக்கு விருப்பமான data fileகளை parse செய்ய, மேலே விவரிக்கப்பட்டுள்ள functionஐ நீங்கள் பயன்படுத்தலாம். |
08:40 | இப்போது, சுருங்கசொல்ல, |
08:42 | இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்றது: NCBI database வலைத்தளத்தில் இருந்து, FASTA மற்றும் GenBank fileகளை download செய்வது, SeqIO moduleலில் இருந்து, parse மற்றும் read functionகளை பயன்படுத்துவது, |
08:55 | FASTA மற்றும் GenBank fileகளில் இருந்து, record idகள், descriptionகள் மற்றும் sequenceகள் போன்ற dataக்களை extract செய்வது. |
09:03 | இப்போது, பயிற்சியாக- |
09:06 | NCBI databaseல் இருந்து, உங்களுக்கு விருப்பமான, nucleotide sequenceக்கான, FASTA fileகளை download செய்யவும். |
09:13 | Sequenceகளின் fileஐ, அதன் reverse complementகளுக்கு மாற்றவும். |
09:17 | நீங்கள் செய்த பயிற்சி பின்வரும் codeன் வரிகளைப் பெற்றிருக்க வேண்டும். |
09:22 | FASTA fileல் இருந்து, nucleotide sequenceகளை load செய்ய, parse functionஐ பயன்படுத்தவும். |
09:28 | அடுத்து, Sequence objectன் built in reverse complement methodஐ பயன்படுத்தி, reverse complementகளை print செய்யவும். |
09:37 | இந்த வீடியோ ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்தை சுருங்க சொல்கிறது. |
09:42 | உங்கள் இணைய இணைப்பு வேகமாக இல்லையெனில் அதை தரவிறக்கி காணவும். |
09:44 | ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டக்குழு செய்முறை வகுப்புகள் நடத்தி இணையத்தில் பரீட்சை எழுதி தேர்வோருக்கு சான்றிதழ்கள் தருகிறது. |
09:51 | மேலும் விவரங்களுக்கு எங்களுக்கு மின்னஞ்சல் செய்யவும். |
09:55 | இந்திய அரசாங்கத்தின், NMEICT, MHRD, ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்திற்கு ஆதரவு அளிக்கிறது. |
10:01 | மேலும் விவரங்களுக்கு, கீழ்கண்ட இணைப்பை பார்க்கவும். |
10:06 | இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ. குரல் கொடுத்தது ஐஐடி பாம்பேவில் இருந்து பிரியா. நன்றி. |