Difference between revisions of "Jmol-Application/C4/3D-Models-of-Enzymes/Gujarati"

From Script | Spoken-Tutorial
Jump to: navigation, search
(Created page with "{| border=1 || '''Time''' || '''Narration''' |- ||00:01 ||નમસ્તે મિત્રો જેમોલમાં એનઝાઇમ્સના '''3D''' મોડે...")
 
Line 175: Line 175:
 
|-
 
|-
 
||04:41
 
||04:41
−
||अब हम प्रोटीन के परमाणुओं के रंग और डिस्प्ले को बदलते हैं।  હવે આપણે પ્રોટીનના પરમાણુઓ ના રંગ અને ડિસ્પ્લેને બદલી શકીએ છીએ.
+
|| હવે આપણે પ્રોટીનના પરમાણુઓ ના રંગ અને ડિસ્પ્લેને બદલી શકીએ છીએ.
 +
 
 
|-
 
|-
 
||04:46
 
||04:46
−
||Open the pop-up menu, go to '''Select''', and scroll down to '''Protein''' option. Click on '''All'''.
+
|| પોપ અપ મેનુ ખોલો, '''Select''' પર જાવ અને '''Protein''' વિકલ્પ શુધી સ્ક્રોલ કરો '''All''' પર ક્લિક કરો .
 
|-   
 
|-   
 
||04:55
 
||04:55
−
||Open the pop-up menu again, scroll down to '''Style''', then to '''Scheme'''.
+
|| બે વખત પોપ અપ મેનુ ખોલો, '''Style''' શુધી સ્ક્રોલ કરો '''Scheme''' શુધી સ્ક્રોલ કરો
−
And click on '''Sticks''' option.  
+
અને  '''Sticks''' વિકલ્પ પર ક્લિક કરો.
 +
 
 
|-
 
|-
 
||05:05
 
||05:05
−
||Now we have on the panel the protein in '''sticks''' display
+
|| હવે આપણી પાસે પેનલ પર પ્રોટીન  '''sticks''' ડિસ્પ્લેમાં છે.
  
 
|-
 
|-
 
||05:11
 
||05:11
−
|Now to change the color, open the pop-up menu again, go to '''Color''', '''Atoms''', and click on '''Blue''' option.
+
| હવે રંગ બદલવા માટે, ફરીથી પોપ અપ મેનુ ખોલો, '''Color''', '''Atoms''' પર જાવ અને  '''Blue''' વિકલ્પ પર ક્લિક કરો.
 +
 
 
|-
 
|-
 
||05:23
 
||05:23
−
||We have on the screen the model of '''hexokinase''' in blue color and in sticks display
+
|| આપણી પાસે સ્ક્રીન પર  '''hexokinase''' નું મોડેલ ભૂરા રંગમાં અને સ્ટીક ડિસ્પ્લેમાં છે.
 +
 
 
|-
 
|-
 
||05:30
 
||05:30
−
||Observe the substrate, '''Alfa-D-Glucose''' in ball and stick display in the cleft.
+
|| સબસ્ટ્રેટની નોંધ લો,કલેફટમાં '''Alfa-D-Glucose''' બોલ અને સ્ટીક ડિસ્પ્લેમાં છે.
 +
 
 
|-
 
|-
 
||05:38
 
||05:38
−
||To highlight the substrate, open the pop-up menu, go to '''Select''', then '''Hetero''' and click on '''GLC-ALFA-D-GLUCOSE'''.
+
|| સબસ્ટ્રેટને હાઈલાઈટ કરવા માટે, પોપઅપ મેનુ ખોલો '''Select''' પર જાવ પછી  '''Hetero''' અને  '''GLC-ALFA-D-GLUCOSE''' પર ક્લિક કરો.
 +
 
 
|-
 
|-
 
||05:52
 
||05:52
−
||Open the pop-up menu again , scroll down to '''Style''', '''Scheme''' and click on '''Sticks''' option.
+
|| પોપ અપ મેનુ પર બે વાર ક્લિક કરો  '''Style''' સુધી સ્ક્રોલ કરો '''Scheme''' અને '''Sticks''' વિકલ્પ પર ક્લિક કરો.
  
 
|-
 
|-
 
||06:00
 
||06:00
−
||To change the color, Open the pop-up menu again, go down to '''Color''', '''Atoms''' and click on '''White''' option.  
+
|| રંગ બદલવા માટે '''Color''', '''Atoms''' પર જાવ અને  '''White''' વિકલ્પ પર ક્લિક કરો.
 
|-
 
|-
 
||06:12
 
||06:12
−
||On panel is the model of '''hexokinase''' with position of the substrate clearly highlighted.
+
|| પેનલ પર સ્પષ્ટ રૂપે હાઈ લાઈટ કરેલ સબસ્ટ્રેટના પોઝીશનના સાથે '''hexokinase''' નું મોડેલ છે.
 +
 
 
|-
 
|-
 
||06:20
 
||06:20
−
||We can change the color of the amino acids at the active site to highlight them.
+
|| આપણે અમીનો એસીડસને હાઈ લાઈટ કરવા માટે સક્રિય સાઈટ પર તેનો રંગ બદલી શકીએ છીએ.
  
 
|-
 
|-
 
||06:26
 
||06:26
−
||To do so, we have to type commands in the '''Console''' window.
+
||આવું કરવા માટે આપણને કન્સોલ વિન્ડો પર કમાંડ ટાઇપ કરવું પડશે.
  
 
|-
 
|-
 
||06:32
 
||06:32
−
||As mentioned earlier the amino acids involved at the active-site are '''Aspergine''' at position 204,
+
|| જેવું કે પહેલા બતાડેલ છે સક્રિય  સાઈટ પર સામેલ અમીનો એસીડસ છે પોઝીશન '''204''' પર  '''Aspergine''' પોઝીશન '''231''' '''Aspergine''' અને '''256''' પર  '''Glutamic acid''' 
  
−
'''Aspergine''' at position 231 and '''Glutamic acid''' at 256.
+
 
|-
 
|-
 
||06:50
 
||06:50
−
|| Open the console window using '''File menu'''. Click on '''Console'''.
+
|| '''File menu''' વાપરીને કન્સોલ વિન્ડો ખોલો . '''Console''' પર કલીલ કરો .
  
 
|-
 
|-
 
||06:57
 
||06:57
−
||I am using '''Kmag''' Screen magnifier to magnify the console window.
+
|| હું કન્સોલ વિન્ડોને મેગ્નીફાઈ કરવા માટે '''Kmag''' સ્ક્રીન  મેગ્નીફાઈયર નો ઉપયોગ કરી રહી છું.  
  
 
|-
 
|-
 
||07:03
 
||07:03
−
||At the $ prompt type: '''select within square brackets Asn for aspergine close the bracket, 204 i.e the position semicolon color atoms orange'''.
+
|| $ પ્રોમ્પ્ટ પર ટાઈપ કરો '''select''' ચોરસ કૌંસમાં  '''aspergine'''  માટે '''Asn'''  બ્રેકેટ બંદ કરો, '''204'''  જે પોઝીશન છે સેમીકોલન  '''color atoms orange'''  
  
 
|-
 
|-
 
||07:25
 
||07:25
−
||Press enter.
+
|| '''enter''' દબાઓ.  
  
 
|-
 
|-
 
||07:27
 
||07:27
−
||Observe that the atoms of '''aspargine''' residue now in orange color.
+
||  નોંધ લો કે '''aspargine''' રેસીડયુસના પરમાણુ હવે નારંગી રંગમાં છે.
 +
 
 
|-
 
|-
 
||07:33
 
||07:33

Revision as of 12:14, 3 June 2015

Time Narration
00:01 નમસ્તે મિત્રો જેમોલમાં એનઝાઇમ્સના 3D મોડેલના ટ્યુટોરીયલમાં સ્વાગત છે.
00:08 આ ટ્યુટોરીયલમાં આપને જેમોલ પર Human Pancreatic Hexokinase ના સ્ટ્રક્ચરને લોડ કરતા શીખીશું.
00:16 સેકેન્ડરી સ્ટ્રક્ચરના ના ડિસ્પ્લેને સુધારિત કરતા શીખીશું.
00:20 સક્રિય સાઈટ પર અમિનો એસિડ રેસીડ્યુસ ને હાઈલાઈટ કરતા શીખીશું.
00:25 એન્ઝાઇમના સબસ્ટ્રેટને અને કોફેક્ટરસ ને હાઈલાઈટ કરતા શીખીશું.
00:30 Aઅને પ્રોટીન માટે Ramachandran plot ને જોતા શીખીશું.
00:35 આ ટ્યુટોરીયલનાં અનુસરણ માટે, તમને મૂળભૂત બાયોકેમિસ્ટ્રી નું જ્ઞાન હોવું અનિવાર્ય છે
00:41 અને જેમોલ એપ્લીકેશન વિન્ડોના બેસિક ઓપરેશન સાથે પરિચિત હોવા જોઈએ.
00:46 કૃપા કરીને જેમોલ એપ્લીકેશનના ક્રમમાં Proteins અને Macromolecules ના ટ્યુટોરીયલ ને જુઓ.
00:53 તે આપલે લીંક પર ઉપલબ્ધ છે.
00:57 આ ટ્યુટોરીયલ રેકોર્ડ કરવા માટે હું વાપરી રહ્યી છું: Ubuntu Operating System આવૃત્તિ 12.04 .
01:05 Jmol આવૃત્તિ12.2.2.
01:08 Java આવૃત્તિ 7. and Mozilla Firefox browser 22.0
01:16 જેમોલ વિન્ડો ખોલો અને hexokinase એન્ઝાઇમના સ્ટ્રક્ચરને લોડ કરો.
01:22 હું ઈન્ટરનેટ સાથે જોડાએલી છું, એટલા માટે હું સ્ટ્રક્ચરને સીધું PDB website થી ડાઉનલોડ કરીશ.
01:28 આ કરવા માટે File મેનુ ખોલો , સ્ક્રોલ કરો અને Get PDB વિકલ્પ [ર ક્લિક કરો.
01:37 સક્રીન પર ઈનપુટ ડાઈલોગ બોક્સ દેખાય છે.ટેક્સ્ટ બોક્સ માં hexokinase, માટે ચાર અક્ષરોનું PDB code 3IDH ટાઈપ કરો.
01:50 આ કોડ Protein Data Bank વેબસાઈટ થી મેળવ્યો છે.
01:55 જો તમારી પાસે ચાલુ ઈન્ટનેટ કનેક્શન નથી તો ટૂલ બાર પર open a file આઇકનનો ઉપયોગ કરીને મોજુદ pdb ફાઈલ ખોલો.
02:06 OK બટન પર ક્લિક કરો.
02:09 hexokinase નો 3D સ્ટ્રક્ચર જેને glucokinase પણ કહેવાય છે તે સ્ક્રીન પર ખુલે છે.
02:16 File મેનુ નો ઉપયોગ કરીને કન્સોલ વિન્ડો ખોલો.'
02:21 જેવું કન્સોલ પર દેખાય છે પેનલ પર સબસ્ટ્રેટ Glucose ના સાથે . Human Pancreatic Glucokinase ના માટે સ્ટ્રક્ચર છે.
02:31 કન્સોલ બંદ કરો.
02:34 પેનલ પર આપણી પાસે hexokinase ના બોલ અને સ્ટીક મોડેલ છે.
02:40 પેનલ પર પ્રોટીન મોડેલ થી water molecules ને કાઢ્યું છે.
02:44 અહી પ્રક્રિયા જેમોલ ટ્યુટોરીયલના Proteins and macromolecules માં વિસ્તારથી સમજાવ્યું છે.
02:53 hexokinase એન્ઝાઇમ વિષે.
02:56 Hexokinase 465 અમીનો એસીડ નું મોનોમેરિક પ્રોટીન છે.
03:02 આ બે domain. ધરાવે છે એક નાનું અને એક મોટું.
03:07 આ એન્ઝાઇમ માટે એક સક્રિય સાઈટ બે ડોમેઈન વચ્ચે cleft એટલેકે દરાર માં સ્થિત હોય છે.
03:14 hexokinase ના માટે સક્રિય સાઈટ 3 અમીનો એસીડ રેસીડ્યુસ ધરાવે છે. 204, પર Aspergine પોઝીશન 231 પર Aspergine અને 256 પર Glutamic acid
03:30 Alpha-D-Glucose આ એન્ઝાઇમ ના લીધે સબસ્ટ્રેટ છે.
03:34 ચાલો જેમોલ પેનલ પર પાછા જઈએ.
03:38 આપણે સક્રિય સાઈટ પર એન્ઝાઇમ ના ઘટકો જેમકે સબસ્ટ્રેટ, કોફેક્ટરસ અથવા અમીનો એસીડ રેસીડ્યુસ ને પસંદ અને હાઈલાઈટ કરી શકીએ છીએ.
03:49 એક વિશેષ ઘટક ને પસંદ કરવા માટે જમણું ક્લિક કરીને પોપ અપ મેનુ ખોલો.
03:55 Select વિકલ્પ માટે સ્ક્રોલ કરો.
03:57 સબ મેનુથી Proteins, By Residue name. સબ મેનુ પસંદ કરો.
04:04 અહી અલગ અલગ અમીનો એસીડસ યાદીબદ્ધ છે.
04:10 આને પસંદ કરવા માટે અમીનો એસીડના નામ પર ક્લિક કરો.
04:14 અમીનો એસીડ શીર્ષકો જેમકે Polar, Non-polar, Basic, Acidic, Uncharged વગેરે ના અંતર્ગત વર્ગીકૃત પણ કર્યા છે.
04:26 મેટલ આયન potassium અને substrate glucose એ Hetero મેનુમાં યાદી બદ્ધ છે.
04:34 આપણે સબસ્ટ્રેટ બાઈન્ડીંગ સાઈટને સહેલાઇ થી શોધવા માટે એન્ઝાઇમ ના ડિસ્પ્લેને સુધારિત કરી શકીએ છીએ.
04:41 હવે આપણે પ્રોટીનના પરમાણુઓ ના રંગ અને ડિસ્પ્લેને બદલી શકીએ છીએ.
04:46 પોપ અપ મેનુ ખોલો, Select પર જાવ અને Protein વિકલ્પ શુધી સ્ક્રોલ કરો All પર ક્લિક કરો .
04:55 બે વખત પોપ અપ મેનુ ખોલો, Style શુધી સ્ક્રોલ કરો Scheme શુધી સ્ક્રોલ કરો

અને Sticks વિકલ્પ પર ક્લિક કરો.

05:05 હવે આપણી પાસે પેનલ પર પ્રોટીન sticks ડિસ્પ્લેમાં છે.
05:11 હવે રંગ બદલવા માટે, ફરીથી પોપ અપ મેનુ ખોલો, Color, Atoms પર જાવ અને Blue વિકલ્પ પર ક્લિક કરો.
05:23 આપણી પાસે સ્ક્રીન પર hexokinase નું મોડેલ ભૂરા રંગમાં અને સ્ટીક ડિસ્પ્લેમાં છે.
05:30 સબસ્ટ્રેટની નોંધ લો,કલેફટમાં Alfa-D-Glucose બોલ અને સ્ટીક ડિસ્પ્લેમાં છે.
05:38 સબસ્ટ્રેટને હાઈલાઈટ કરવા માટે, પોપઅપ મેનુ ખોલો Select પર જાવ પછી Hetero અને GLC-ALFA-D-GLUCOSE પર ક્લિક કરો.
05:52 પોપ અપ મેનુ પર બે વાર ક્લિક કરો Style સુધી સ્ક્રોલ કરો Scheme અને Sticks વિકલ્પ પર ક્લિક કરો.
06:00 રંગ બદલવા માટે Color, Atoms પર જાવ અને White વિકલ્પ પર ક્લિક કરો.
06:12 પેનલ પર સ્પષ્ટ રૂપે હાઈ લાઈટ કરેલ સબસ્ટ્રેટના પોઝીશનના સાથે hexokinase નું મોડેલ છે.
06:20 આપણે અમીનો એસીડસને હાઈ લાઈટ કરવા માટે સક્રિય સાઈટ પર તેનો રંગ બદલી શકીએ છીએ.
06:26 આવું કરવા માટે આપણને કન્સોલ વિન્ડો પર કમાંડ ટાઇપ કરવું પડશે.
06:32 જેવું કે પહેલા બતાડેલ છે સક્રિય સાઈટ પર સામેલ અમીનો એસીડસ છે પોઝીશન 204 પર Aspergine પોઝીશન 231 Aspergine અને 256 પર Glutamic acid


06:50 File menu વાપરીને કન્સોલ વિન્ડો ખોલો . Console પર કલીલ કરો .
06:57 હું કન્સોલ વિન્ડોને મેગ્નીફાઈ કરવા માટે Kmag સ્ક્રીન મેગ્નીફાઈયર નો ઉપયોગ કરી રહી છું.
07:03 $ પ્રોમ્પ્ટ પર ટાઈપ કરો select ચોરસ કૌંસમાં aspergine માટે Asn બ્રેકેટ બંદ કરો, 204 જે પોઝીશન છે સેમીકોલન color atoms orange
07:25 enter દબાઓ.
07:27 નોંધ લો કે aspargine રેસીડયુસના પરમાણુ હવે નારંગી રંગમાં છે.
07:33 Press up arrow button on the key board and edit the command.
07:39 Edit the amino acid position to 231 and color of atoms to red.
07:48 Press Enter
07:51 Press up arrow key and again and edit name of amino acid to GLU, that is glutamic acid and position to 256
08:06 Color of atoms to green and Press Enter .
08:13 We have on the panel a 3D model of hexokinase with substrate and the active site highlighted.
08:23 Also highlighted in the model is the potassium atom shown here in purple color.
08:30 We can also show ramachandran plots for a particular protein in jmol.
08:36 On the console, at the $ prompt type plot ramachandran
08:45 Press Enter .
08:47 On the screen we have a ramachandran plot for hexokinase.
08:54 Try to load different enzymes using pdb files from the database.
09:00 Change the display of secondary structure
09:04 Lets summarize, In this tutorial we learnt to, Load structure of Human Pancreatic Hexokinase using PDB code.
09:14 Modify the display of secondary structure.
09:17 Highlight amino acid residues at the active site.
09:21 * Highlight substrate and cofactors of the enzyme.
09:25 And View ramachandran plot for proteins.
09:30 As an Assignment: Load the dot pdb file of enzyme Lysozyme on Jmol panel.
09:38 Highlight the substrate bound to the enzyme.
09:42 Highlight the amino acids at the active site.
09:46 Hint: Get the pdb file of Lysozyme from PDB database.
09:52 Watch the video available at this URL.
09:56 It summarizes the Spoken Tutorial project.
10:00 If you do not have a good bandwidth, you can download and watch it.
10:04 The Spoken Tutorial Project Team:
10:07 Conducts workshops and distributes certificates.
10:10 For more details, please write to us.
10:14 Spoken Tutorial Project is a part of the Talk to a Teacher project.
10:19 It is supported by the National Mission on Education through ICT, MHRD, Government of India.
10:25 More information on this Mission is available at this link
10:30 This is Snehalatha from IIT Bombay signing off. Thank you for joining.

Contributors and Content Editors

Jyotisolanki

Retrieved from "https://script.spoken-tutorial.org/index.php?title=Jmol-Application/C4/3D-Models-of-Enzymes/Gujarati&oldid=22320"