Difference between revisions of "Jmol-Application/C3/Proteins-and-Macromolecules/Bengali"
From Script | Spoken-Tutorial
| Line 65: | Line 65: | ||
|- | |- | ||
|01:10 | |01:10 | ||
| − | |'''Nucleic acids''' (DNA এবং RNA) | + | |'''Nucleic acids''' ('''DNA''' এবং '''RNA''') |
|- | |- | ||
Latest revision as of 02:05, 25 November 2014
| Time | Narration |
| 00:01 | Proteins এবং Macromolecules এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত। |
| 00:06 | এই টিউটোরিয়ালে আমরা শিখব: |
| 00:09 | Protein Data Bank (PDB) থেকে প্রোটিন লোড করা। |
| 00:13 | PDB ডাটাবেস থেকে .pdb ফাইল ডাউনলোড করা। |
| 00:18 | বিভিন্ন ফরম্যাটে প্রোটিনের সেকেন্ডারী কাঠামো প্রদর্শন করা। |
| 00:24 | হাইড্রোজেন এবং ডাইসালফাইড বন্ধন লক্ষনীয় করা। |
| 00:29 | টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে Jmol অ্যাপ্লিকেশন উইন্ডো থেকে মৌলিক অপারেশন সম্পর্কে জানতে হবে। |
| 00:37 | না হলে, নিম্নলিখিত লিঙ্ক থেকে প্রাসঙ্গিক টিউটোরিয়াল দেখুন। |
| 00:42 | টিউটোরিয়ালটি রেকর্ড করতে |
| 00:46 | উবুন্টু OS সংস্করণ 12.04, |
| 00:50 | Jmol সংস্করণ 12.2.2 |
| 00:54 | জাভা সংস্করণ 7 এবং |
| 00:57 | মোজিলা ফায়ারফক্স ব্রাউজার 22.0 ব্যবহার করছি। |
| 01:02 | বড় জৈব অণুর গাঠনিক বিশ্লেষণ: |
| 01:06 | Proteins এবং macromolecules |
| 01:10 | Nucleic acids (DNA এবং RNA) |
| 01:13 | Crystal structures এবং Polymers. |
| 01:19 | এখানে আমি একটি নতুন Jmol উইন্ডো খুলেছি। |
| 01:24 | জৈব অণুর 3D কাঠামো ডাটাবেস থেকে সরাসরি ডাউনলোড করা যেতে পারে। |
| 01:29 | এটি করতে, File মেনুতে গিয়ে, Get PDB তে টিপুন। |
| 01:36 | Input ডায়ালগ বাক্স পর্দায় খোলে। |
| 01:40 | আমাদের Input বাক্সে, নির্দিষ্ট প্রোটিনের জন্য চার অক্ষরের PDB কোড লিখতে হবে। |
| 01:48 | এই কোড Protein Data Bank (PDB) ওয়েবসাইটে পাওয়া যাবে। |
| 01:53 | এটি হল Protein Data Bank এর ওয়েব পেজ। |
| 01:57 | এতে জৈব অণু সম্পর্কে তথ্য রয়েছে, যেমন প্রোটিন এবং নিউক্লিক অ্যাসিড। |
| 02:04 | এখন PDB ওয়েবসাইট থেকে Pancreatic Enzyme Insulin এর PDB কোড খোঁজার চেষ্টা করি। |
| 02:13 | সার্চ বারে প্রোটিনের নাম লিখুন Human Insulin. কীবোর্ডের Enter কী টিপুন। |
| 02:24 | প্রদর্শিত ওয়েব পেজে, নীচে স্ক্রোল করুন। |
| 02:28 | PDB কোডের সাথে পরিচিত Human Insulin এর কাঠামোর তালিকা পর্দায় প্রদর্শিত হয়। |
| 02:36 | এখন Human Insulin এর সাথে 4EX1 কোড নির্বাচন করুন। |
| 02:44 | প্রোটিন নামের উপর টিপুন। |
| 02:47 | কাঠামোর সকল বিবরণের সাথে একটি উইন্ডো খোলে। |
| 02:52 | এখানে |
| 02:54 | Primary Citation |
| 02:56 | Molecular Description এবং |
| 02:58 | Structure Validation উপলব্ধ। |
| 03:02 | আমরা .pdb ফাইল হিসাবে প্রোটিনের কাঠামো সংরক্ষণ করে তা Jmol এ 3D মোডে দেখতে পারি। |
| 03:12 | এখন পৃষ্ঠায় উপরের ডান দিকের কোণায় অবস্থিত Download Files লিঙ্কে টিপুন। |
| 03:20 | ড্রপ ডাউন মেনু থেকে PDB file (gz) বিকল্প নির্বাচন করুন। |
| 03:28 | পর্দায় একটি ডায়লগ বাক্স খোলে। |
| 03:32 | Save file নির্বাচন করুন। |
| 03:35 | এখন OK বোতামে টিপুন। |
| 03:39 | প্রোটিনের কাঠামো Downloads ফোল্ডারে 4EX1.pdb.gz হিসাবে সংরক্ষিত হবে। |
| 03:51 | একইভাবে, আপনি বিভিন্ন প্রোটিনের প্রয়োজনীয় .pdb ফাইল ডাউনলোড করে তা পৃথক ফাইলে সংরক্ষণ করতে পারেন। |
| 04:02 | এখন, Jmol উইন্ডোতে ইনসুলিলের 3D কাঠামো দেখুন। |
| 04:09 | ইন্টারনেট থাকলে Jmol প্যানেলে প্রোটিনের কাঠামো ডাউনলোড করতে পারেন। |
| 04:15 | টেক্সট বাক্সে চার অক্ষরের PDB কোড “4EX1” লিখুন এবং OK বোতামে টিপুন। |
| 04:25 | আপনি ইন্টারনেটের সাথে যুক্ত থাকলে টুল বারে Open a File আইকনে টিপুন। |
| 04:34 | প্যানেলে একটি ডায়লগ বাক্স খোলে। |
| 04:38 | 4EX1.pdb.gz ফাইলের স্থানে যান অর্থাৎ Downloads ফোল্ডারে। |
| 04:47 | Downloads ফোল্ডার নির্বাচন করে Open বোতামে টিপুন। |
| 04:52 | 4EX1.pdb.gz ফাইল নির্বাচন করে Open বোতামে টিপুন। |
| 05:00 | পর্দায় ইনসুলিনের 3D কাঠামো খোলে। |
| 05:05 | প্যানেলে প্রোটিনের ডিফল্ট ডিসপ্লে হল, "Ball and Stick". |
| 05:12 | প্যানেলে হাইড্রোজেন পরমাণু ছাড়া প্রোটিন মডেল খোলে। |
| 05:17 | হাইড্রোজেন পরমাণুর সাথে মডেল প্রদর্শন করতে model kit মেনু খুলুন। |
| 05:23 | স্ক্রোল করে add hydrogens এ গিয়ে এটিতে টিপুন। |
| 05:28 | এখন প্রোটিন মডেল প্যানেলে হাইড্রোজেন পরমাণু সহ খোলে। |
| 05:33 | প্রোটিনের কাঠামোতে জলের অণুও দেখায়। |
| 05:38 | জলের অণু বাদ দিতে, নিম্ন পদক্ষেপ অনুসরণ করুন। |
| 05:43 | প্রথমে পপ আপ মেনু খুলে Select এ যান। |
| 05:48 | সাব মেনু থেকে, Hetero নির্বাচন করে "All Water" বিকল্পে টিপুন। |
| 05:55 | আবার পপ আপ মেনু খুলে Style এ যান এবং "CPK spacefill" বিকল্পে টিপুন। |
| 06:05 | এটি সকল জলের অনু CPK Spacefill ডিসপ্লে তে রূপান্তর করবে। |
| 06:11 | আবার পপ আপ মেনু খুলে Style এ স্ক্রোল করে Atoms এ যান এবং Off বিকল্পে টিপুন। |
| 06:22 | এখন প্যানেলে জলের অণু ছাড়া ইনসুলিনের কাঠামো রয়েছে। |
| 06:27 | এরপর বিভিন্ন ফরম্যাটে প্রোটিনের সেকেন্ডারী কাঠামো প্রদর্শন করা শিখি। |
| 06:35 | পপ আপ মেনু খুলে |
| 06:37 | Select বিকল্পে যান। |
| 06:39 | Protein এ স্ক্রোল করে All বিকল্পে টিপুন। |
| 06:44 | আবার পপ আপ মেনু খুলে Style এ স্ক্রোল করে Scheme এ যান। |
| 06:50 | একটি সাব মেনু খোলে যেখানে বিকল্পগুলি হল CPK Spacefill, Ball and Stick, Sticks, Wireframe, cartoon, trace ইত্যাদি। |
| 07:02 | সাব মেনু থেকে Cartoon বিকল্পে টিপুন। |
| 07:07 | এটি প্রোটিনের সেকেন্ডারী কাঠামো প্রদর্শন করে যেমন helices, random coils, strands, sheets ইত্যাদি। |
| 07:17 | আরো ডিসপ্লে বিকল্পের জন্য, |
| 07:19 | পপ আপ মেনু খুলে Style এ স্ক্রোল করে Structures এ যান। |
| 07:25 | এখন প্রোটিনের সেকেন্ডারী কাঠামো প্রদর্শন করার আরো কয়েকটি বিকল্প দেখি। |
| 07:31 | উদাহরণস্বরূপ Strands বিকল্পে টিপুন। |
| 07:35 | প্রোটিন এখন প্যানেলে Strands রূপে প্রদর্শিত হয়েছে। |
| 07:40 | ডিসপ্লের রঙ পরিবর্তন করতে, পপ আপ মেনু খুলুন। Color এ স্ক্রোল করে Atoms নির্বাচন করে Blue বিকল্পে টিপুন। |
| 07:52 | প্যানেলের রঙে পরিবর্তন লক্ষ্য করুন। |
| 07:56 | পপ আপ মেনু নির্বাচন করুন, |
| 07:59 | Style এ গিয়ে Scheme নির্বাচন করে তারপর Ball and stick বিকল্পে টিপুন। |
| 08:08 | আমরা মডেলে হাইড্রোজেন এবং ডাই-সালফাইড বন্ধন ও লক্ষনীয় করতে পারি। |
| 08:14 | হাইড্রোজেন বন্ধন প্রদর্শন করতে পপ আপ মেনু খুলুন এবং নীচে Style এ স্ক্রোল করে Hydrogen Bonds বিকল্পে যান। |
| 08:25 | এখানে মেনুতে হাইড্রোজেন বন্ধনের নিম্ন বৈশিষ্ট্য রয়েছে: |
| 08:30 | Calculate, Set Hydrogen Bonds Side Chain. |
| 08:35 | Set Hydrogen Bonds in the Backbone. এবং এছাড়াও বন্ধনের বেধ পরিবর্তন করার বিকল্প রয়েছে। |
| 08:42 | মডেলে হাইড্রোজেন বন্ধন দেখাতে Calculate বিকল্পে টিপুন। |
| 08:47 | হাইড্রোজেন বন্ধন সাদা এবং লাল দীর্ঘ ড্যাশ হিসাবে প্রদর্শিত হয়েছে। |
| 08:53 | হাইড্রোজেন বন্ধনের বেধ বদলাতে পপ আপ মেনু থেকে 0.10 A বিকল্পে টিপুন। |
| 09:02 | এখন প্যানেলে ঘন হাইড্রোজেন বন্ধন দেখি। |
| 09:06 | আমরা হাইড্রোজেন বন্ধনের রঙ ও বদলাতে পারি। |
| 09:11 | পপ আপ মেনু থেকে নীচে Color এ স্ক্রোল করে Hydrogen Bonds এ গিয়ে Orange বিকল্পে টিপুন। |
| 09:20 | সকল হাইড্রোজেন বন্ধন কমলা রঙে রয়েছে। |
| 09:25 | ডাইসালফাইড বন্ধন এবং সালফার পরমাণু হলুদ রঙে দেখানো হয়েছে। |
| 09:31 | ডাইসালফাইড বন্ধন পরিবর্তন করতে পপ মেনুতে Disulfide Bonds বিকল্পে খুলুন। |
| 09:38 | আপনার পছন্দমত বিকল্পে টিপুন যেমন আকার, রঙ ইত্যাদি। |
| 09:44 | একইভাবে বিভিন্ন এনজাইমের .pdb ফাইল খুলে তাদের 3D কাঠামো দেখুন। |
| 09:51 | সংক্ষেপে, এই টিউটোরিয়ালে শিখেছি: |
| 09:57 | Protein Data Bank (PDB) থেকে প্রোটিনের কাঠামো লোড করা। |
| 10:00 | ডাটাবেস থেকে .pdb ফাইল ডাউনলোড করা। |
| 10:05 | PDB কোড ব্যবহার করে ইনসুলিনের 3D কাঠামো দেখা। |
| 10:10 | জলের অণু ছাড়া প্রোটিনের কাঠামো দেখা। |
| 10:14 | বিভিন্ন ফরম্যাটে সেকেন্ডারী কাঠামো দেখা |
| 10:17 | হাইড্রোজেন এবং ডাইসালফাইড বন্ধন লক্ষনীয় করা। |
| 10:22 | এখন |
| 10:24 | PDB ডাটাবেস থেকে হিউম্যান হিমোগ্লোবিলের .pdb ফাইল ডাউনলোড করুন। |
| 10:31 | Cartoon ডিসপ্লেতে সেকেন্ডারী কাঠামো দেখান। |
| 10:35 | প্রোটিনের "Porphyrin" (পরফিরিন) ইউনিট লক্ষনীয় করুন। |
| 10:39 | PDB কোডের জন্য নিম্ন লিঙ্কে যান। |
| 10:42 | এই লিঙ্কে উপলব্ধ ভিডিওটি দেখুন, http://spoken-tutorial.org/What_is_a_Spoken_ Tutorial |
| 10:46 | এটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে বোঝায়। |
| 10:50 | ভাল ব্যান্ডউইডথ না থাকলে ভিডিওটি ডাউনলোড করে দেখুন। |
| 10:55 | স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল |
| 10:57 | কর্মশালার আয়োজন করে। |
| 11:01 | অনলাইন পরীক্ষা পাস করলে প্রশংসাপত্র দেয়। |
| 11:06 | বিস্তারিত তথ্যের জন্য contact@spoken-tutorial.org তে ইমেল করুন। |
| 11:13 | স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প Talk to a Teacher প্রকল্পের অংশবিশেষ। |
| 11:18 | এটি ভারত সরকারের ICT, MHRD এর জাতীয় শিক্ষা মিশন দ্বারা সমর্থিত। |
| 11:25 | এই বিষয়ে বিস্তারিত তথ্য এই লিঙ্কে প্রাপ্তিসাধ্য, http://spoken-tutorial.org/NMEICT-Intro |
| 11:31 | আমি কৌশিক দত্ত এই টিউটোরিয়ালটি অনুবাদ করেছি। ধন্যবাদ। |
