View source for Biopython/C2/Blast/Assamese


{| Border=1
! <center>Time</center>
! <center>Narration</center>

|-
| 00:01
| Biopython টুল্স ব্যবহাৰ কৰা BLAST এই টিউটোৰিয়েলত আপোনাক  স্বাগতম।

|-
| 00:06
| ইয়াতে Biopython টুল্স ব্যবহাৰ কৰি query sequence এৰ বাবে BLAST ৰান কৰা শিকিম।

|-
|00:13
| আৰু আৰো বিশ্লেষণৰ বাবে BLAST আউটপুটক parse কৰা।

|-
| 00:17
|টিউটোৰিয়েলটো অনুসৰণ কৰিবলৈ অস্নাতকৰ বায়োকেমিস্ট্ৰ বা বায়োইনফৰমেটিক্স

|-
|00:24
|আৰু মৌলিক Python প্ৰোগ্ৰামিং সম্পর্কে জানোব লাগিব।

|-
|00:27
|প্ৰদত্ত লিঙ্কত Python টিউটোৰিয়েল চাওক।

|-
| 00:31
|টিউটোৰিয়েলটো ৰেকর্ড কৰিবলৈ ব্যবহাৰ কৰিছো: উবুন্টু OS সংস্কৰণ 14.10

|-
|00:37
| Python সংস্কৰণ 2.7.8

|-
|00:41
| Ipython interpretor সংস্কৰণ 2.3.0

|-
|00:46
| Biopython সংস্কৰণ 1.64 আৰু এটা কার্যকৰ ইন্টাৰনেট সংযোগ।

|-
| 00:52
|BLAST এৰ মানে হৈছে Basic Local Alignment Search Tool.

|-
|00:57
|এইটো ক্ৰমৰ তথ্য তুলনা কৰাৰ এটা এলগৰিদম।

|-
| 01:02
|প্ৰোগ্ৰামে ডেটাবেসত ক্ৰমৰ তুলনা nucleotide বা protein ক্ৰমৰ সৈতে কৰে আৰু মিলবোৰৰ পৰিসংখ্যানৰ গুৰুত্ব গণনা কৰে।

|-
|01:14
| BLAST ৰান কৰাৰ দুটা ভিন্ন উপায় আছে:

|-
|01:17
|আপোনাৰ মেশিনত লোকেল BLAST বা NCBI সার্ভাৰ দ্বাৰা ইন্টাৰনেটত BLAST ৰান কৰা।

|-
| 01:24
|Biopython ত BLAST ৰান কৰাৰ দুটা ধাপ আছে।

|-
|01:28
|প্ৰথমত, ক্যোয়েৰী ক্ৰমৰ বাবে BLAST ৰান কৰক আৰু কিছু আউটপুট পাব।

|-
|01:33
|দ্বিতীয় হেছে, আৰো বিশ্লেষণৰ বাবে BLAST আউটপুটক parse কৰক।

|-
| 01:38
|মই টার্মিনেল খুলি নিউক্লিওটাইড ক্ৰমৰ বাবে BLAST ৰান কৰিম।

|-
|01:43
|Ctrl, Alt আৰু T কী একসৈতে টিপি টার্মিনেল খুলক।

|-
| 01:48
|প্ৰম্পটত লিখক: ipython আৰু এন্টাৰ টিপক।
|-
| 01:52
|এই টিউটোৰিয়েলত NCBI BLAST সার্ভিস ব্যবহাৰ কৰি ইন্টাৰনেটত BLAST ৰান কৰা দেখোৱাম।

|-
|02:01
|প্ৰম্পটত নিম্ন লিখক: from Bio.Blast Import NCBIWWW, Enter টিপক।

|-
| 02:14
|ইয়াৰ পিছত ইন্টাৰনেটত BLAST ৰান কৰিবলৈ প্ৰম্পটত নিম্ন লিখক।

|-
|02:20
|NCBIWWW মডিউলত qblast function ফাংশন ব্যবহাৰ কৰিম।

|-
| 02:25
|qblast ফাংশনে তিনটা আর্গুমেন্ট লয়:

|-
|02:29
|প্ৰথম আর্গুমেন্ট হৈছে blast program যি বিছৰাত ব্যবহৃত হয়।

|-
|02:33
|দ্বিতীয়ত, সেই ডেটাবেসক নির্দিষ্ট কৰা, যি বিৰুদ্ধে খোঁজা হৈছে।

|-
|02:38
|তৃতীয় আর্গুমেন্ট হল query sequence.

|-
| 02:43
| ক্যোয়েৰি ক্ৰমৰ বাবে ইনপুট GI নম্বৰ বা FASTA ফাইলৰ আকাৰত হব পাৰে। বা এইটো sequence record object ও হব পাৰে।

|-
| 02:53
| এইটোক দেখাবলৈ, মই nucleotide sequence এৰ বাবে GI নম্বৰ ব্যবহাৰ কৰিছো।

|-
|02:58
|GI নম্বৰ হৈছে insulin এৰ nucleotide sequence এৰ বাবে।

|-
| 03:03
|qblast ফাংশনে অন্য বিকল্প আর্গুমেন্টও লয়।

|-
|03:09
|এই আর্গুমেন্টবোৰ বিভিন্ন পেৰামিটাৰৰ সমান যাক BLAST ৱেব পেজত সেট কৰিব পাৰে।

|-
|03:15
|qblast ফাংশনে xml ফৰম্যাটত BLAST ফলাফল ৰিটার্ন কৰিব।

|-
| 03:20
|টার্মিনেলত উভতি যাওক।

|-
|03:22
|query sequence, nucleotide নে protein sequence হয়, ইয়াৰ উপৰত ভিত্তি কৰি উপযুক্ত Blast প্ৰোগ্ৰাম ব্যবহাৰ কৰিব লাগিব।

|-
|03:30
|যিহেতু আমাৰ কোয়েৰি হল nucleotide, মই blastn প্ৰোগ্ৰাম ব্যবহাৰ কৰিম আৰু nt, nucleotide ডাটাবেসক বোঝায়।

|-
|03:39
|এই সম্পর্কে বর্ণন NCBI BLAST ওয়েবপেজত উপলব্ধ।

|-
| 03:45
|blast আউটপুট xml ফাইলৰ আকাৰত, result নামৰ ভ্যাৰিয়েবলত সংৰক্ষিত হয়।

|-
|03:51
|এন্টাৰ টিপক।

|-
| 03:53
| ইন্টাৰনেটৰ গতিৰ উপৰত নির্ভৰ কৰি, এইটোৱে BLAST বিচৰা সম্পন্ন কৰাত কিছু সময় লব পাৰে।

|-
| 03:59
| আগোৱাই যোৱাৰ আগে xml ফাইলক ডিস্কত সংৰক্ষণ কৰা গুৰুত্বপূর্ণ।

|-
|04:05
|xml ফাইলটো সংৰক্ষণ কৰিবলৈ নিম্ন লাইনটো লিখক।

|-
|04:09
|কোডৰ এই লাইনবোৰে home ফোল্ডাৰত blast.xml হিসাবে বিচৰা ফলাফলক সংৰক্ষণ কৰিব।

|-
| 04:18
| home ফোল্ডাৰত যাওক আৰু ফাইলটো বিচাৰক।

|-
|04:21
|ফাইলত টিপক আৰু ফাইলৰ বিষয়বস্তু ছেক কৰক।

|-
| 04:30
|    আপোনি FASTA ফাইলক query হিসাবে ব্যবহাৰ কৰিব বিচাৰিলে এই টেক্সট ফাইলত প্ৰদর্শিত কোড ব্যবহাৰ কৰক।

|-
| 04:36
| আপোনি query এৰ হিচাবে এটা FASTA ফাইলৰ পৰা sequence record objectক ব্যবহাৰ কৰিব বিচাৰিলে, এইটোৱে সেই কোড।

|-
| 04:42
|টার্মিনেলত উভতি যাওক।

|-
|04:44
|পিছৰ ধাপ, ডেটা এক্সট্র্যাক্ট কৰিবলৈ ফাইলক parse কৰা।

|-
|04:48
|পার্সিংত প্ৰথম ধাপ হল ইনপুটৰ বাবে xml ফাইল খোলা।

|-
|04:53
|প্ৰম্পটত নিম্ন লিখক। এন্টাৰ টিপক।

|-
| 04:57
|ইয়াৰ পিছত Bio.Blast প্যাকেজৰ পৰা NCBIXML মডিউলক ইম্পোর্ট কৰক।

|-
|05:05
|Enter টিপক।

|-
| 05:07
|Blast আউটপুক parse কৰিবলৈ নিম্ন লাইনটো লিখক।

|-
|05:11
|BLAST আউটপুটৰ পৰা এক্সট্র্যাক্ট কৰিব বিচৰা সকলো তথ্য BLAST recordত থাকে।

|-
| 05:18
|এতিয়া BLAST report ত সকলো hits এৰ কিছু তথ্য প্রিন্ট কৰো যি এটা নির্দিষ্ট থ্রেশহোল্ডৰত চে ডাঙৰ।

|-
|05:27
|তলৰ কোড লিখক।

|-
|05:30
| matchক গুৰুত্বপূর্ণ হোৱাৰ বাবে অপেক্ষিত স্কোৰ 0.01 চে কম হোৱা উচিত।

|-
| 05:37
| প্ৰতিটো hsp অর্থাৎ হাই স্কোৰিঙ পেয়াৰ এৰ বাবে মই title, length, hsp score, gaps আৰু expect value পাও।

|-
|05:49
|মই ক্যোয়েৰী থকা স্ট্ৰি্ংস, এলাইন কৰা ডেটাবেস সিকোয়েন্স আৰু স্ট্ৰি্ং যি ম্যাচ আৰু মিসম্যাচ স্থিতিক নির্দিষ্ট কৰে, সেইটোও প্রিন্ট কৰিম। 

|-
|06:02
|আউটপুট পাবলৈ দুইবাৰ এন্টাৰ কী টিপক।

|-
| 06:05
| আউটপুট চাওক।

|-
|06:09
| প্ৰতিটো এলাইনমেন্টৰ বাবে length, score, gaps, e value আৰু strings আছে।

|-
| 06:16
|Bio.Blast প্যাকেজত উপলব্ধ অন্যান্য ফাংশন দ্বাৰা প্ৰয়োজনীয় তথ্য এক্সটার্ক্ট কৰিব পাৰে।

|-
|06:24
|মই টিউটোৰিয়েলৰ শেষলৈ আহিছো।

|-
| 06:26
| সংক্ষেপে, ইয়াতে GI নম্বৰ দ্বাৰা কোয়েৰি নিউক্লিওটাইডৰ ক্ৰমৰ বাবে BLAST ফাংশন ৰান কৰা

|-
|06:36
|আৰু Bio.Blast.Record মডিউল দ্বাৰা BLAST আউটপুট parse কৰা শিকিছো।

|-
| 06:43
| অনুশীলনী ৰুপে, আপোনাৰ পছন্দৰ প্ৰোটিন ক্ৰমৰ বাবে BLAST Search ৰান কৰক।

|-
|06:50
|আউটপুট ফাইলক সংৰক্ষণ কৰি ফাইলত থাকা ডেটা parse কৰক।

|-
|06:55
|আপোনাৰ সম্পন্ন কাম এই ফাইলত দেখোৱাৰ মতে কোডৰ নিম্ন লাইন থকা উচিত।

|-
|07:01
|কোড চাওক। যিহেতু query হল protein sequence, মই blastp প্ৰোগ্ৰাম আৰু nr যি BLAST এৰ বাবে নন-ৰিডান্ডেন্ট প্ৰোটিন ডাটাবেস, তাক ব্যবহাৰ কৰিছো।

|-
| 07:16
| এই লিঙ্কত উপলব্ধ ভিডিওটো প্ৰকল্পক সাৰসংক্ষেপে বোঝায়।

|-
|07:20
|এইটোক ডাউনলোড কৰি চাওক। 

|-
| 07:22
| স্পোকেন টিউটোৰিয়েল প্ৰকল্প দলে কর্মশালাৰ আয়োজন কৰে আৰু অনলাইন পৰীক্ষা পাস কৰিলে প্ৰশংসাপত্ৰ দিয়ে।

|-
|07:30
|অধিক জানিবলৈ আমাৰ সৈতে যোগাযোগ কৰক।

|-
| 07:33
| স্পোকেন টিউটোৰিয়েল প্ৰকল্প ভাৰত সৰকাৰৰ NMEICT, MHRD দ্বাৰা সমর্থিত।

|-
|07:40
|এই বিষয়ে বিস্তাৰিত তথ্য এই লিঙ্কত প্ৰাপ্তিসাধ্য।

|-
| 07:45
|আইআইটি বোম্বেৰ পৰা মই বিদায় লৈছো। অংশগ্্ৰহণৰ বাবে ধন্যবাদ।

|}