UCSF-Chimera/C3/Structure-Analysis/Hindi

Time	Narration
00:01	Structure Analysis पर स्पोकन ट्यूटोरियल में आपका स्वागत है।
00:05	इस ट्यूटोरियल में हम सीखेंगे: स्ट्रक्चर में परमाणुओं के बीच की दूरी नापना, हाइड्रोजन बांड्स दिखाना, नॉन-पोलर इंटरेक्शन्स पहचानना।
00:16	और विभिन्न rotamers प्राप्त करने के लिए रेसीड्यूज़ में बांड्स को घुमाना।
00:21	इस ट्यूटोरियल के अनुसरण के लिए आपको Chimera इंटरफ़ेस से परिचित होना चाहिए, यदि नहीं तो सम्बंधित ट्यूटोरियल्स के लिए हमारी वेबसाइट पर जाएँ।
00:30	यहाँ मैं उपयोग कर रही हूँ Ubuntu OS वर्जन 14.04,Chimeraवर्जन 1.10.2, Mozilla firefox ब्राउज़र 42.0, और एक कार्यकारी इन्टरनेट कनेक्शन।
00:46	यहाँ मैंने एक Chimera विंडो खोली है।
00:49	कमांड लाइन उपयोग करकेSqualene Synthase का एक स्ट्रक्चर खोलें.यह pdbकोड 3w7f के साथ एक Transferace एंजाइम है।
01:00	कमांड लाइन पर टाइप करें Open space 3w7f एंटर दबाएँ।
01:09	एंजाइम का एक मॉडल पैनल पर दिखता है।
01:12	Presets मेन्यु उपयोग करके डिस्प्ले को Interactive 1 में बदलें।
01:18	प्रोटीन दो कॉपीज़ की तरह दिखता है।
01:21	किसी भी एक कॉपी को मिटाने के लिए टाइप करें delete colon dot a एंटर दबाएँ।
01:29	स्ट्रक्चर से साल्वेंट अणुओं को मिटने के लिए टाइप करें delete solvent एंटर दबाएँ।
01:37	इस स्ट्रक्चर में ligand, farnesylthiopyrophosphate है।
01:43	कमांड्स उपयोग करके ligand रेसीड्यूज़ को लेबल करें.टाइप करें rlabelस्पेस ligand एंटर दबाएँ।
01:53	दो farnesylthiopyrophosphate हैं जोकि इस स्ट्रक्चर में शोर्ट में FPS है।
02:01	स्ट्रक्चर्स sticks डिस्प्ले में दिखते हैं।
02:05	स्ट्रक्चर को घुमाएं और ज़ूम इन करें।
02:08	बहुत सी साइड चेन्स हैं जो हाइड्रोजन बांड्स को FPS के phosphate oxygens में डोनेट कर सकता है।
02:15	कर्सर को साइड चेन रेसीड्यू में परमाणुओं पर रखें।
02:21	Serine 21 रेसीड्यू पर जाएँ।
02:23	अब Serine 21 के ऑक्सीजन और करीबी FPS के phosphate oxygen के बीच की दूरी नापते हैं।
02:32	दूरी नापने के लिए Serine 21 रेसीड्यू के ऑक्सीजन को चुनें।
02:37	CTRL key दबाकर रखें और Serine 21 के साइड चेन ऑक्सीजन पर क्लिक करें।
02:43	एक साथ CTRL और Shift कीज़ दबाते हुए FPS के करीबी फॉस्फेट ऑक्सीजन पर डबल क्लिक करें।
02:52	कॉन्टेक्स्ट मेन्यु से Show Distance चुनें।
02:56	पैनल का निरिक्षण करें.दोनों परमाणुओं के बीच की दूरी दिखती है। सिलेक्शन क्लियर करें।
03:04	उसी प्रकार Tyrosine के साइड चेन ऑक्सीजन और FPS के उसी फॉस्फेट ऑक्सीजन के बीच की दूरी नापें।
03:15	हाइड्रोजन बांड्स के साथ दूरियाँ एक सी दिखती है।
03:20	हाइड्रोजन बांड्स डोनर और एक्सेप्टर दूरियों के आधार पर इस प्रकार वर्गीकृत किये गए हैं: 2.2 से 2.5 Angstroms मज़बूत, 2.5 से 3.2 सामान्य, 3.2 से 4.0 कमज़ोर।
03:36	अब Select मेन्यु उपयोग करके ligand चुनें।
03:40	रेसीड्यू विकल्प तक नीचे जाएँ सब-मेन्यु से FPS पर क्लिक करें।
03:46	FPS से बने हाइड्रोजन बांड्स को खोजने का आसान तरीका Tools मेन्यु से Find Hydrogen bond विशेषता उपयोग करना है।
03:55	Structure Analysis विकल्प में FindHbond पर क्लिक करें।
04:01	H-Bond Parameters डायलॉग खुलता है।
04:05	रंगीन बॉक्स पर क्लिक करके हाइड्रोजन बांड के रंग को फिक्स करें।
04:09	लाइन की चौड़ाई मोटी लाइन के लिए 3.0 फिक्स करें।
04:13	Label Hydrogen bond with distance के सामने वाले चेक बॉक्स पर क्लिक करें।
04:21	Only find H-bonds with at least one end selected पर क्लिक करें।
04:26	और Write information to reply log पर क्लिक करें।
04:31	OK बटन पर क्लिक करें।
04:33	पैनल का निरिक्षण करें. हाइड्रोजन बांड्स उल्लिखित रंग और लाइन की चौड़ाई के साथ pseudo बांड्स की तरह दिखते हैं।
04:42	बांड्स का विवरण Reply log पर देखा जा सकता है।
04:45	Favorites मेन्यु उपयोग करके Reply log खोलें।
04:49	प्रत्येक हाइड्रोजन बांड के बारे में जानकारी यहाँ दी गयी है।
04:53	डायलॉग बॉक्स बंद करें।
04:55	यदि आप स्ट्रक्चर से हाइड्रोजन बांड्स हटाना चाहते हैं तो कमांड लाइन पर टाइप करें: Tilda सिंबल के बाद hbond एंटर दबाएँ।
05:07	Structure Analysisविकल्प में Tools मेन्यू में एक अन्य विशेषता है।
05:13	यह Findclashes/contacts है.एक डायलॉग बॉक्स खुलता है।
05:19	यह विशेषता नॉन-पोलर इंटरेक्शन्स जैसे Clashes और Contacts को पहचानती है।
05:26	Clashes प्रतिकूल इंटरेक्शन्स होती हैं जहाँ परमाणु एक दुसरे से बहुत करीब होते हैं।
05:33	Contacts सभी सीधे इंटरेक्शन्स होते हैं: पोलर और नॉन-पोलर, अनुकूल और प्रतिकूल (clashes सहित)
05:43	अब सभी अन्य परमाणुओं के साथ FPS रेसीड्यूज़ के contacts की पहचान करें।
05:48	मेन्यु उपयोग करके FPS रेसीड्यू चुनें।
05:52	Find Clashes/Contacts डायलॉग बॉक्स में Designate पर क्लिक करें।
05:58	यह 48 atoms designated दिखाता है।
06:02	“All other atoms” के सामने वाले रेडियो बटन पर क्लिक करें।
06:06	Clash/Contact Parameters को defaultकांटेक्ट पर सेट करें।
06:11	Treatment of Clash/Contact Atoms में निम्न चेक बॉक्सेस पर क्लिक करें Select, Draw pseudo-bonds, If endpoint atom hidden और Write information to reply log.
06:27	OK बटन पर क्लिक करें.पैनल का निरिक्षण करें।
06:32	रेसीड्यूज़ के सभी कॉन्टेक्ट्स दिखते हैं।
06:37	Reply Log खोलें। Atom-atom contacts यहाँ सूचीबद्ध हैं।
06:44	डायलॉग बॉक्स बंद करें।
06:46	अब कुछ clashes दिखाते हैं।
06:49	अब Tyrosine 248 रेसीड्यू पर फोकस करें।
06:54	कमांड लाइन पर टाइप करें: focus space colon 248, एंटर दबाएँ।
07:03	चयन को clear करें।
07:06	अब Tyrosine 248 रेसीड्यू चुनें।
07:10	CTRL key दबाते हुए Tyrosine 248 में एक अन्य परमाणु पर क्लिक करें।
07:15	पूरे अणु को चुनने के लिए कीबोर्ड पर अप एरो की दबाएँ।
07:20	अब हम एक दुसरे को प्रभावित करते हुए Tyrosine 248 साइड चेन को घुमाएंगे और Clashes के लिए चेक करेंगे।
07:27	Tyrosine 248 के 4 Angstroms के अन्दर रेसीड्यूज़ दिखाएँ।
07:32	कमांड लाइन पर टाइप करें डिस्प्ले disp स्पेस कोलन 248 स्पेस z less than four(disp :248 z<4),एंटर दबाएँ।
07:45	clashes को दिखाने के लिए Tools मेन्यू से FindClashes/Contacts विकल्प चुनें।
07:53	Designate पर क्लिक करें।
07:55	“All other atoms” के सामने वाले बटन पर क्लिक करें।
07:59	Clash के लिए Clash/Contact Parameters सेट करें।Treatment of Clash/Contact Atoms को Select, Draw pseudobonds, If end point atom hidden सेट करें।
08:11	और Frequency of Checking को Continuously सेट करें।
08:15	डायलॉग बॉक्स को हटायें।
08:18	Tyrosine 248 की साइड चेन को एक दुसरे से प्रभावित करते हुए घुमाने के लिए।
08:22	CTRL key दबाते हुएribbon से जुड़े हुए बांड पर डबल क्लिक करें।
08:29	कॉन्टेक्स्ट मेन्यू से rotate bond विकल्प चुनें।
08:33	Build structureडायलॉग खुलता है।
08:36	डायल पर पॉइंटर को ड्रैग करके बांड को घुमाएं।
08:41	वैकल्पिक रूप से एंगल वैल्यूज़ को एडिट करने के लिए काले एरोहेड्स पर क्लिक करें।
08:47	पैनल का निरिक्षण करें.जैसे-जैसे साइड चेन घूमती है नए pseudo-bonds बनते हैं या गायब हो जाते हैं।
08:55	बांड को वापस वास्तविक स्थिति में लाने के लिए: Bond में प्रविष्टि पर क्लिक करें। Revert चुनें।
09:03	बांड को ज्यादा देर तक न घुमाने के लिए फिर से bond पर क्लिक करें फिर Deactivateपर क्लिक करें।
09:09	डायलॉग बॉक्स बंद करें।
09:11	Tools मेन्यू में विकल्प उपयोग करके हम Tyrosine 248 के सभी rotamers की तुलना कर सकते हैं।
09:18	पहले Tryrosine 248 चुनें।
09:22	Tools मेन्यू पर क्लिक करें, Structure editing तक नीचे जाएँ।
09:26	Rotamers विकल्प पर क्लिक करें।
09:29	Rotamer डायलॉग बॉक्स में, rotamer library से Dunbrack चुनें।
09:36	OK बटन पर क्लिक करें।
09:38	पैनल पर rotamers वायर प्रदर्शन की तरह दिखते हैं।
09:43	एक अन्य डायलॉग खुलता है.rotamer को दिखाने के लिए डायलॉग बॉक्स में लाइन्स पर क्लिक करें। पैनल का निरिक्षण करें।
09:52	हम rotamers के लिए Clash और hydrogen bonds का भी पता लगा सकते हैं।
09:58	Columns पर क्लिक करें, फिर Add. Clashes चुनें।
10:03	डायलॉग बॉक्स में OK पर क्लिक करें।
10:06	अब हाइड्रोजन बांड्स जोड़ने के लिए Columns पर क्लिक करें, Add तक नीचे जाएँ और hydrogen bonds चुनें।
10:15	Hydrogen bonds डायलॉग बॉक्स में OK पर क्लिक करें।
10:19	डायलॉग का निरिक्षण करें दो नए कॉलम्स जुड़ गए हैं।
10:24	प्रत्येक rotamer कुछ Clashes बनाते हैं लेकिन hydrogen bonds नहीं बनाते।
10:30	भिन्न-भिन्न रेसीड्यू में बांड्स को घुमाकर rotamers को ढूँढने की कोशिश करें।
10:35	इसे सारांशित करते हैं। इस ट्यूटोरियल में हमने सीखा: स्ट्रक्चर में परमाणुओं के बीच की दूरी नापना।
10:43	Hydrogen bonds दिखाना। नॉन-पोलर इंटरेक्शन्स पहचानना।
10:48	clashes और contacts ढूँढने के लिए रेसीड्यूज़ में बांड्स को घुमाना और भिन्न-भिन्न rotamers की तुलना करना।
10:56	नियत कार्य में Squalene Synthasepdb code 3w7f का एक स्ट्रक्चर खोलें।
11:03	Clashes और Contacts को निर्धारित करने के लिए Tyrosine 41 रेसीड्यू में बांड्स को घुमाएं। और rotamers की तुलना करें।
11:11	निम्न लिंक पर उपलब्ध विडियो स्पोकन ट्यूटोरियल प्रोजेक्ट को सारांशित करता है। डाउनलोड करें और देखें।
11:17	स्पोकन ट्यूटोरियल प्रोजेक्ट टीम कार्यशालाएं चलाती है और ऑनलाइन टेस्ट पास करने वालों को प्रमाणपत्र देती है। अधिक जानकारी के लिए हमसे संपर्क करें।
11:27	स्पोकन ट्यूटोरियल प्रोजेक्ट NMEICT, MHRD भारत सरकार द्वारा वित्त-पोषित है। इस मिशन पर अधिक जानकारी दिए लिंक पर उपलब्ध है।
11:37	आई आई टी बॉम्बे से मैं श्रुति आर्य आपसे विदा लेती हूँ। हमसे जुड़ने के लिए धन्यवाद।

Contributors and Content Editors

Shruti arya