UCSF-Chimera/C2/Structure-Manipulation/Bengali

­

Time	Narration
00:01	Chimera দ্বারা Structure Manipulation এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত।
00:06	এখানে আমরা Chimera উইন্ডোতে কাঠামো খোলা শিখব।
00:12	কাঠামো সরানো, ঘোরানো এবং জুম করা। স্কেল এবং ক্লিপ করা এবং ডিসপ্লে বদলানো।
00:20	টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে স্নাতক স্তরের Biochemistry বা Structural Biology এর সাথে পরিচিত হতে হবে।
00:29	টিউটোরিয়ালটি রেকর্ড করতে ব্যবহার করছি উবুন্টু লিনাক্স OS সংস্করণ 14.04 এবং Chimera সংস্করণ 1.10.2, মোজিলা ফায়ারফক্স ব্রাউজার 35.0 এবং কার্যকর ইন্টারনেট সংযোগ।
00:47	UCSF Chimera আণবিক কাঠামোর বিশ্লেষণ এবং ইন্টারেক্টিভ ভিজুয়ালাইজেশনের জন্য একটি সফটওয়্যার।
00:55	Chimera সান ফ্রান্সিস্কোতে ক্যালিফোর্নিয়া ইউনিভার্সিটির Resource for Biocomputing, Visualization and Informatics দ্বারা বিকশিত।
01:05	অধিক তথ্য প্রদত্ত লিঙ্কে উপলব্ধ।
01:09	Chimera উইন্ডো শুরু করতে, ডেস্কটপে Chimera আইকনে ডাবল ক্লিক করুন।
01:16	একটি Rapid access ইন্টারফেস খোলে।
01:20	Rapid access উইন্ডো আপনার ঘন ঘন ব্যবহৃত ডেটা এবং টুল অ্যাক্সেস করতে দেয়।
01:27	উইন্ডোর নীচে ডান কোণে lightning bolt আইকনে ক্লিক করুন।
01:32	এটি গ্রাফিক্স উইন্ডো দেখাবে। 3D structures এবং অন্যান্য তথ্য এই উইন্ডোতে দেখায়।
01:40	lightning bolt আইকনে ক্লিক করে দুটি উইন্ডোর মাঝে টগল করুন।
01:45	এখন graphics উইন্ডোতে ফিরে যাই।
01:48	Chimera তে অনেক কাজ দুটি উপায়ে সম্পন্ন করা হয়।
01:53	প্রথমে menu bar দ্বারা যা Chimera উইন্ডোর উপরের অংশে স্থিত।
01:59	দ্বিতীয়ত command line এ কমান্ড লিখে।
02:03	command line দেখাতে Favorites মেনুতে ক্লিক করুন।
02:06	নীচে স্ক্রোল করুন এবং command line বিকল্পে ক্লিক করুন।
02:10	একটি command ডায়লগ বাক্স উইন্ডোর নীচের অংশে দেখায়।
02:15	একটি নির্দিষ্ট কাজের জন্য command টেক্সট বাক্সে লেখা হবে।
02:21	আমরা এই বৈশিষ্ট্য সম্পর্কে পরবর্তী টিউটোরিয়ালে আরও শিখব।
02:25	উইন্ডোর আকার বদলাতে, উইন্ডোর যে কোনো একটি কোণা টানুন।
02:30	এখন দেখি যে protein কাঠামো কিভাবে খোলে।
02:34	এটি 3 টি উপায়ে করতে পারেন। ইন্টারনেটের সাথে যুক্ত থাকলে File মেনুতে ক্লিক করুন।
02:40	নীচে স্ক্রোল করুন এবং Fetch by ID বিকল্পে ক্লিক করুন।
02:45	স্ক্রীনে একটি ডায়ালগ বাক্স খোলে।
02:48	কাঠামোটি আনয়ন করতে আপনি বিভিন্ন ডেটাবেসে জুড়তে পারেন।
02:53	প্রদর্শন করতে, আমি একটি protein কাঠামো দেখাতে চাই।
02:58	আমি বিকল্প থেকে PDB চয়ন করব. আপনি যে protein অণু দেখাতে চান তার 4 অক্ষরের PDB code লিখুন।
03:08	আমি 1zik (one z i k) লিখব।
03:12	এটি Leucine zipper প্রোটিনের জন্য pdb কোড। Fetch বোতামে ক্লিক করুন।
03:19	ডিফল্টভাবে, protein এর একটি রিবন প্রদর্শন ডিসপ্লে উইন্ডোতে দেখাবে।
03:25	আমরা কাঠামো আনতে একটি command ও লিখতে পারি।
03:29	command line টেক্সট বাক্সে open 1zik লিখুন।
03:35	ডিসপ্লে উইন্ডোতে কাঠামো খুলতে এন্টার টিপুন।
03:40	ইন্টারনেটের সাথে যুক্ত না থাকায় আপনি ইতিমধ্যে ডাউনলোড করা pdb ফাইল খুলতে পারেন।
03:46	স্ক্রীনে স্থিত কাঠামো মুছে ফেলতে Favorites মেনু নীচে স্ক্রোল করুন এবং Model Panel বিকল্পে ক্লিক করুন।
03:55	Model Panel ডায়লগ বাক্স খোলে।
03:58	model id তে ক্লিক করুন, তারপর Close বিকল্পে ক্লিক করুন।
04:04	model panel উইন্ডোটি বন্ধ করুন।
04:07	এখন আমি একটি PDB ফাইল ডাউনলোড করা দেখাবো।
04:12	PDB ফাইল ডাউনলোড করতে একটি ইন্টারনেট সংযোগ প্রয়োজন।
04:17	File মেনুতে নীচে স্ক্রোল করুন এবং Fetch by ID বিকল্পে ক্লিক করুন।
04:23	একটি ডায়ালগ বাক্স খোলে।
04:26	ডায়লগ বাক্সের নীচে স্ক্রোল করুন।
04:30	web page বোতামে ক্লিক করুন।
04:33	PDB database ওয়েব পেজ ব্রাউজারে খোলে।
04:37	আপনি protein এর জন্য pdb কোড জানলে এটি প্রদত্ত টেক্সট বাক্সে লিখুন বা protein এর নাম লিখুন।
04:46	আমি leucine zipper এর জন্য pdb কোড জানি, তাই আমি টেক্সট বাক্সে 1zik লিখব।
04:54	Go বোতামে ক্লিক করুন।
04:57	পৃষ্ঠাটি স্ক্রোল করুন।
04:59	পৃষ্ঠার ডানদিকে স্থিত Download files বোতামে ক্লিক করুন।
05:06	ড্রপ-ডাউন মেনু থেকে PDB-file-text বিকল্পে ক্লিক করুন।
05:12	একটি ডায়লগ বাক্স দেখায়।
05:14	Save File বিকল্পে ক্লিক করুন।
05:17	Ok বোতামে ক্লিক করুন।
05:20	ডাউনলোড করা pdb ফাইল এখন Downloads ফোল্ডারে সংরক্ষিত হবে।
05:25	Chimera উইন্ডোতে ফিরে যান।
05:27	ডায়ালগ বাক্সটি বন্ধ করুন।
05:30	ইতিমধ্যে ডাউনলোড করা pdb ফাইল খুলতে File এ Open বিকল্পে ক্লিক করুন।
05:37	Downloads ফোল্ডারে যান। 1zik.pdb ফাইল চয়ন করুন।
05:44	Open বোতামে ক্লিক করুন।
05:47	প্যানেলে leucine zipper এর একটি মডেল দেখায়।
05:51	ডিফল্টরূপে, দুটি peptide chains ধূসর ফিতা হিসাবে প্রদর্শিত হয়।
05:57	প্যানেলে কাঠামো আনতে মাউস বোতাম ব্যবহার করুন।
06:01	ঘূর্ণনের জন্য বাম মাউস বোতাম
06:04	মাঝারি মাউস বোতাম xy translation নিয়ন্ত্রণ করে।
06:08	ডান মাউস বোতাম বা মাউস হুইল জুম ইন বা জুম আউট করতে।
06:13	কাঠামোর ইন্টারেক্টিভ স্কেলিং এবং ক্লিপিং এর জন্য: Favorites menu থেকে Side View বিকল্প ব্যবহার করুন।
06:20	একটি viewing window খোলে।
06:22	কাঠামোর একটি ছোট সংস্করণ উইন্ডোতে খোলে।
06:27	বাম দিকের হলুদ বর্গ দর্শকের চোখের স্থিতি বোঝায়।
06:32	বাম মাউস বোতাম দ্বারা ছোট বর্গ সরানোর চেষ্টা করুন।
06:36	এটি অনুভূমিকভাবে টেনে এনে scale factor সমন্বয় করুন।
06:41	চোখের স্থিতিতে ডাবল ক্লিক করলে ক্যামেরা মোড বদলানোর মেনু দেখায়।
06:46	clipping planes অর্থাৎ দুটি উল্লম্ব লাইন বাম মাউস বোতাম ব্যবহার করে চালান।
06:53	উইন্ডোতে আরো ভিউইং কন্ট্রোল রয়েছে যা আপনি যাচাই করতে পারেন।
06:58	viewing window বন্ধ করুন।
07:01	এখন এই কাঠামো বদলানো শিখব।
07:04	প্রথম ধাপ হল আপনার সংশোধন করার কাঠামো চয়ন করা।
07:09	এখন, আমি সম্পূর্ণ protein কাঠামো atoms হিসাবে দেখাতে চাই।
07:15	মেনু বারে Select মেনুতে ক্লিক করুন।
07:19	মেনু বারের Select মেনু আমাদের কাঠামোর ভিন্ন অংশ চয়নের অনুমতি দেয়।
07:25	যেমন chain, element, residue, ligand ইত্যাদি।
07:31	Select মেনু থেকে কিছু চয়ন করা না হলে এর মানে আমাদের সম্পূর্ণ কাঠামো সংশোধন করতে হবে।
07:39	এখন Actions মেনুতে যান এবং বিকল্প থেকে atoms/bonds চয়ন করুন।
07:46	সাব-মেনু থেকে show তে ক্লিক করুন।
07:49	আমরা স্ক্রীনে পরমাণু এবং কাঠামোর অংশ ফিতা হিসাবে দেখি।
07:55	এখন ফিতা সরাতে Action মেনু থেকে ফিতা চয়ন করুন।
08:00	তারপর hide বিকল্পে ক্লিক করুন।
08:03	এখন সম্পূর্ণ কাঠামো স্টিক ডিসপ্লে হিসাবে দেখায়।
08:08	এখন কাঠামোর আরেকটু সংশোধন করি।
08:13	নিম্ন ধাপ এটিকে ball and stick ডিসপ্লেতে বদলায়।
08:18	Actions মেনুতে ক্লিক করুন।
08:21	atoms/bonds এ স্ক্রোল করুন।
08:24	সাব-মেনু থেকে ball and stick চয়ন করুন।
08:28	লক্ষ্য করুন কাঠামো হাইড্রোজেন পরমাণু ছাড়া রয়েছে।
08:33	হাইড্রোজেন পরমাণু জুড়তে, Tools মেনুতে স্ক্রোল করুন।
08:37	Structure Editing এ ক্লিক করুন।
08:40	সাব-মেনু থেকে Add hydrogens বিকল্প চয়ন করুন।
08:45	ডায়লগ বাক্সে, প্রদর্শন হিসাবে চয়ন করুন।
08:49	OK বোতামে ক্লিক করুন।
08:52	এখন কাঠামো hydrogen পরমাণু সহ দেখাচ্ছে।
08:57	সাধারণত protein এর কাঠমো জল অণুর সাথে যুক্ত হয়।
09:02	জলের অণু লুকোতে Select মেনুতে যান, Residue তে স্ক্রোল করুন, HOH বিকল্পে ক্লিক করুন।
09:13	স্ক্রীনটি দেখুন; সকল জলের অণু এখন লক্ষণীয়।
09:18	actions মেনুতে যান, Atoms\bonds তে স্ক্রোল করুন এবং hide বিকল্পে ক্লিক করুন।
09:26	এটি কাঠামো থেকে জলের অণু লুকিয়ে রাখে।
09:30	মেনু বারের Presets বিকল্পতে ডিসপ্লে বদলাতে আরো কিছু বিকল্প রয়েছে।
09:36	আপনি Interactive 1 বিকল্পে ক্লিক করলে: কাঠামো ফিতা এবং বিভিন্ন peptide chains ভিন্ন রঙে দেখায়।
09:45	Interactive 2 কাঠামো atoms ডিসপ্লেতে বদলাবে।
09:50	Interactive 1 ডিসপ্লেতে ফিরে যান।
09:53	আমরা নির্বাচনযোগ্যভাবে peptide chains এর রঙও বদলাতে পারি।
09:57	Select নীচে স্ক্রোল করুন এবং সাব-মেনু থেকে chain A চয়ন করুন।
10:02	chain A এখন লক্ষণীয় হয়।
10:05	Actions মেনুতে যান তারপর কলরে স্ক্রোল করুন, হলুদ চয়ন করুন।
10:11	Chain A এখন হলুদ রঙে দেখায়।
10:15	চয়ন মুছে ফেলতে কীবোর্ডে CTRL কী ধরে থাকুন এবং Chimera উইন্ডোতে ফাঁকা স্থানে ক্লিক করুন।
10:23	আমরা টিউটোরিয়ালের শেষে এসেছি।
10:26	Chimera উইন্ডো থেকে প্রস্থান করতে File মেনুতে যান এবং Quit বিকল্পে ক্লিক করুন।
10:32	সংক্ষিপ্তকরণ করি, এখানে Chimera উইন্ডোতে কাঠামো খোলা এবং প্রোটিন কাঠামোর জন্য পিডিবি ফাইল ডাউনলোড করা শিখেছি।
10:43	কাঠামোটি সরানো, ঘোরানো এবং জুম করা। স্কেল এবং ক্লিপ করা।
10:49	মেনু বারে মেনু ব্যবহার করে ডিসপ্লে বদলানো।
10:53	জলের অণু সরানো এবং hydrogens যোগ করা।
10:57	অনুশীলনীর জন্য PDB ডেটাবেস থেকে Leucine zipper এর pdb ফাইল ডাউনলোড করুন।
11:04	File মেনুতে Open বিকল্প দ্বারা Chimera উইন্ডোতে pdb ফাইল খুলুন।
11:10	পরমাণুর ডিসপ্লে wire এ এবং সকল aromatic rings কে disks এ বদলান।
11:16	আপনার সম্পন্ন কাজ নিম্নরূপ দেখাবে।
11:21	নিম্ন লিঙ্কে উপলব্ধ ভিডিওটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে দেখায়।
11:26	এটি ডাউনলোড করে দেখুন।
11:28	স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল কর্মশালার আয়োজন করে এবং অনলাইন পরীক্ষা পাস করলে প্রশংসাপত্র দেয়।
11:34	অধিক জানতে আমাদের লিখুন।
11:38	স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প ভারত সরকারের NMEICT, MHRD দ্বারা পরিচালিত।
11:44	এই মিশনের সম্পর্কে আরো তথ্য এই লিঙ্কে প্রাপ্তিসাধ্য।
11:48	আই আই টী বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। অংশগ্রহনের জন্যে ধন্যবাদ।

Contributors and Content Editors

Satarupadutta