Jmol-Application/C4/3D-Models-of-Enzymes/Malayalam

Time	Narration
00:01	ഹലോ എല്ലാവർക്കും.3D Models of Enzymes in Jmol . ഈ ട്യൂട്ടോറിയലിലേക്ക് സ്വാഗതം.
00:08	ഈ ട്യൂട്ടോറിയലിൽ നമ്മൾ പഠിക്കും:Jmol panel " Human Pancreatic Hexokinase ജെമോൾ പാനലിൽ '
00:16	സെക്കണ്ടറി ഘടനയുടെ ഡിസ്പ്ലേ പരിഷ്ക്കരിക്കുക
00:20	ഹൈലൈറ്റ് amino acid residueആക്റ്റീവ് സൈറ്റിൽ.
00:25	substrate cofactorഎന്നിവ ഹൈലൈറ്റ്' ചെയുക
00:30	protein. ന്റെ Ramachandran plot കാണുക.
00:35	ഈ ട്യൂട്ടോറിയൽ പിന്തുടരുന്നതിന്, നിങ്ങൾ അടിസ്ഥാന ബയോ കെമിസ്റ്ററി അറിഞ്ഞിരിക്കണം
00:41	Jmol Application window. ൽ നിന്നും അടിസ്ഥാന പ്രവർത്തനങ്ങളെ പരിചയപ്പെടുത്തുക.
00:46	'Jmol Application' പരമ്പരയിലെProteins and Macromolecules യും ട്യൂട്ടോറിയൽ കാണുക.
00:53	ഇത് താഴെക്കാണുന്ന ലിങ്കിലാണ്.
00:57	ഈ ട്യൂട്ടോറിയൽ രേഖപ്പെടുത്താൻ ഞാൻ ഉപയോഗിക്കുന്നു:* 'ഉബുണ്ടു' ഓപ്പറേറ്റിംഗ് സിസ്റ്റം പതിപ്പ് '12 .04'
01:05	'ജെമോള്' പതിപ്പ് '.2.2.2' .
01:08	'ജാവ' പതിപ്പ് '7' , * 'മോസില്ല ഫയർഫോക്സ് ബ്രൌസർ' '22.0' .
01:16	Jmol window' ഒപ്പം hexokinase എൻസൈം ഘടന load ചെയുക
01:22	'ഇന്റർനെറ്റ്' എന്ന പേരിലാണ് ഞാൻ ബന്ധപ്പെട്ടിരിക്കുന്നത്. അതുകൊണ്ട്, PDB website.ൽ നിന്ന് ഈ ഘടന ഞാൻ നേരിട്ട് ലോഡ് ചെയ്യും.
01:28	അങ്ങനെ ചെയ്യുന്നതിന്, File മെനു തുറന്ന് സ്ക്രോൾ ചെയ്ത്Get PDB ഓപ്ഷൻ നേടുക.
01:37	ഒരു ഇൻപുട്ട് 'ഡയലോഗ് ബോക്സ് സ്ക്രീനിൽ കാണുന്നു. ടെക്സ്റ്റ് ബോക്സിൽ '3IDH' എന്ന ഹെഡൊക്കിനസിനു വേണ്ടി നാലു് PDB codeടൈപ്പ് ചെയ്യുക.
01:50	Protein Data Bank വെബ്സൈറ്റിൽ നിന്നും ഈ കോഡ് ലഭിച്ചു.
01:55	നിങ്ങൾക്ക് ഒരു വർക്ക് ഇൻറർനെറ്റ് കണക്ഷൻ ഇല്ലെങ്കിൽ:ടൂൾ ബാറിലെOpen a file ഐക്കൺ ഉപയോഗിച്ച് നിലവിലുള്ള pdb ഫയൽ തുറക്കുക.
02:06	'OK' 'ബട്ടണിൽ ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.
02:09	glucokinase എന്നറിയപ്പെടുന്ന hexokinase യുടെ 3D ഘടന സ്ക്രീനിൽ തുറക്കുന്നു.
02:16	File മെനു ഉപയോഗിച്ച് Console വിൻഡോ തുറക്കുക.
02:21	Console, ൽ കാണിച്ചിരിക്കുന്നതുപോലെ, 'Human Pancreatic Glucokinaseകൂടാതെ സുബ്സ്ട്രാറെ Glucose.
02:31	കണ്സോള് ക്ലോസെ ചെയുക
02:34	പാനലിൽ, hexokinase ന്റെ ball and stick മോഡൽ ഉണ്ട്.
02:40	protein model നിന്ന് ജലത്തിന്റെ തന്മാത്രകളെ നീക്കം ചെയ്യുക.
02:44	ഈ പ്രക്രിയ വിശദമായി വിശദീകരിച്ചിരിക്കുന്നു, ജമാൽ ടുട്ടോറിയൽProteins and macromolecules'.
02:53	എന്നെക്കുറിച്ച് 'hexokinase' എൻസൈം-
02:56	465 അമിനോ ആസിഡുകളുടെ ഒരു monomeric protein ആണ് Hexokinase
03:02	ഇതിന് രണ്ട് ഡൊമെയ്നുകൾ ഉണ്ട്. ഒരു വലിയ ഡൊമെയ്നും ഒരു ചെറിയ ഡൊമെയ്നും ഉണ്ട്.
03:07	'ഈ' എൻസൈംactive-site ആണ് രണ്ട് ഡൊമൈനുകൾ തമ്മിൽ cleft എന്ന സ്ഥാനത്താണ്.
03:14	'Hexokinase' ന് വേണ്ടിയുള്ള സജീവ സൈറ്റിന് 3 ' amino acid residues:' Aspergine 204, ൽ Aspergine പൊസിഷൻ 231ൽ Glutamic acid 256ൽ .
03:30	Alpha-D-Glucose ഈ എൻസൈമിനുള്ള substrate ആണ്.
03:34	ഇപ്പോൾ, നമുക്ക് Jmol പാനലിലേക്ക് തിരികെ പോകാം.
03:38	സജീവതാ സൈറ്റിൽ ഉപഗ്രഹം, സഹകാരികൾ അല്ലെങ്കിൽ അമിനോ ആസിഡ് അവശിഷ്ടങ്ങൾ തുടങ്ങിയ എൻസൈമുകളുടെ ഘടകങ്ങൾ നമുക്ക് തിരഞ്ഞെടുക്കുകയും എടുത്തു കാണിക്കുകയും ചെയ്യാം.
03:49	ഒരു പ്രത്യേക ഘടകം തിരഞ്ഞെടുക്കുന്നതിന് - വലത്-ക്ലിക്ക് ഉപയോഗിച്ച് പോപ്പ്-അപ്പ് മെനു തുറക്കുക.
03:55	Select ഓപ്ഷൻ സ്ക്രോൾ ചെയ്യുക.
03:57	സബ് -മെനു , Proteins, By Residue name തിരഞ്ഞെടുക്കുക.
04:04	ഇവിടെ നമുക്ക് വ്യക്തിഗതമായ amino acid residuesഉണ്ട്.
04:10	അത് തിരഞ്ഞെടുക്കാനായി അമിനോ ആസിഡിന്റെ പേര് ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.
04:14	Polar, Non-polar, Basic, Acidic, Uncharged etc. മറ്റെല്ലാ നിൽക്കുന്ന അമിനോ ആസിഡുകൾ തുടങ്ങിയവ.
04:26	'Hetero' 'എന്ന മെനുവിൽ ലിസ്റ്റ് ചെയ്ത മെറ്റൽ അയോൺ potassium substrate glucose.ആണ്.
04:34	substrate binding site.എളുപ്പത്തിൽ കണ്ടെത്താൻ enzyme പ്രദർശനം നമുക്ക് മാറ്റാവുന്നതാണ്.
04:41	നമുക്ക് പ്രോട്ടന്റെ ആറ്റങ്ങളുടെ ഡിസ്പ്ലേയും വർണ്ണവും മാറ്റാം.
04:46	പോപ്പ്-അപ്പ് മെനു തുറക്കുക, Select ചെയ്തProteinഓപ്ഷൻ സ്ക്രോൾ ചെയ്യുക. All.എന്നതിൽ ക്ലിക്കുചെയ്യുക.
04:55	പോപ്പ്-അപ്പ് മെനു തുറക്കുകStyle, Scheme എന്നിവിടങ്ങളിലേക്ക് സ്ക്രോൾ ചെയ്യുക, തുടർന്ന് Sticks ഓപ്ഷനിൽ ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.
05:05	ഇപ്പോൾ നമ്മൾ പാനലിൽ,Sticksഡിസ്പ്ലേയിൽ പ്രോട്ടീൻ ഉണ്ട്.
05:11	ഇപ്പോൾ, കളർ മാറ്റാൻ, വീണ്ടും പോപ്പ്-അപ്പ് മെനു തുറന്ന്,Color >> Atoms എന്നതിലേക്ക് പോയിBlue ഓപ്ഷനിൽ ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.
05:23	hexokinase നീല നിറത്തിലുംsticks ഡിസ്പ്ലേയിലും നമുക്ക് സ്ക്രീനിൽ കാണാം.
05:30	Alfa-D-Glucose'ball and stick' ഡിസ്പ്ലേ സ്പ്രേറ്റിൽ സൂക്ഷിക്കുക.
05:38	ഉപവിഭാഗം ഹൈലൈറ്റ് ചെയ്യുന്നതിനായി പോപ്-അപ്പ് മെനു തുറക്കാൻ Select, Hetero യിൽ പോയി എന്നിട്ട് , GLC-ALFA-D-GLUCOSE.എന്നിവയിൽ ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.
05:52	പോപ്പ്-അപ്പ് മെനു തുറക്കുക, Style >> Scheme ലേക്ക് സ്ക്രോൾ ചെയ്ത് Sticks ഓപ്ഷനിൽ ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.
06:00	കളർ മാറ്റാൻ - വീണ്ടും പോപ്പ്-അപ്പ് മെനു തുറക്കാൻ, Color >> Atoms എന്നതിലേക്ക് താഴേക്ക് പോയി' White ഓപ്ഷനിൽ ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.
06:12	substrate സ്ഥാനത്ത്' hexokinase ന്റെ മാതൃക വ്യക്തമാണ്.
06:20	സജീവ സ്ഥലത്ത് ഹൈലൈറ്റുചെയ്യാൻ നമുക്ക് അമിനോ ആസിഡുകളുടെ നിറം മാറ്റാം.
06:26	അങ്ങനെ ചെയ്യുന്നതിന്, 'കൺസോൾ വിൻഡോയിൽ കമാൻഡുകൾ ടൈപ്പ് ചെയ്യണം.
06:32	മുമ്പ് സൂചിപ്പിച്ചതുപോലെ, സജീവ സ്ഥലത്ത് ഉൾപ്പെടുന്ന അമിനോ ആസിഡുകൾ, അസെർഗൈൻ 204 സ്ഥാനത്ത്, അപ്പെർഗിൻ 231 സ്ഥാനത്തും 256 ന് ഗ്ലൂറ്റമിക് ആസിഡും ആണ്.
06:50	File menu.ഉപയോഗിച്ച് 'കൺസോൾ വിൻഡോ തുറക്കുക. Console. ക്ലിക്ക് ചെയ്യുക.
06:57	ഞാൻ Kmag ഉപയോഗിക്കുന്നു. കൺസോൾ ജാലകം വലുതാക്കാൻ സ്ക്രീൻ മാഗ്നിഫയർ.
07:03	$ {ഡോളർ} പ്രോംപ്റ്റിൽ, ടൈപ്പ് ചെയ്യുക:"select" within square brackets "Asn" for aspergine close the bracket, "204" i.e the position semicolon "color atoms orange"'
07:25	'എന്റർ' പ്രസ്ചെയ്യുക.
07:27	'Aspargine residue' ന്റെ ആറ്റം ഇന്നത്തെ ഓറഞ്ച് കളറിൽ സൂക്ഷിക്കുക.
07:33	കീ ബോർഡിലെ അപ്-അമ്പ് ബട്ടൺ അമർത്തുകകമാൻഡ് എഡിറ്റ്' ചെയുക
07:39	അമിനോ അമ്ലത്തിന്റെ സ്ഥാനം 231ആറ്റത്തിന്റെ നിറം ചുവപ്പായി മാറ്റുക.
07:48	'എന്റർ' പ്രസ്ചെയ്യുക.
07:51	അമർത്തുക അമ്പ് അമ്പ് കീ അമർത്തി അമിനോ ആസിഡിന്റെ പേര് GLU, അതായത്' glutamic acid, 256 'മുതൽ'
08:06	ഉം, ആറ്റങ്ങളുടെ നിറവും പച്ചയും 'Enter' അമർത്തുക.
08:13	പാനലിലുള്ളത്substrate ഉള്ള' hexokinase 'ന്റെ'3D model സജീവ സൈറ്റിനെ ഹൈലൈറ്റ് ചെയ്തിട്ടുണ്ട്.
08:23	ഈ മാതൃകയിൽ ഹൈലൈറ്റ് ചെയ്തിരിക്കുന്നത് potassium ആണ്.
08:30	Jmol ലെ ഒരു പ്രത്യേക പ്രോട്ടീനുമായി നമുക്ക്ramachandran plots കാണിക്കാം.
08:36	കൺസോളിൽ ഡോളർ ($) പ്രോംപ്റ്റിൽ, ടൈപ്പുചെയ്യുക:plot ramachandran
08:45	അമർത്തുക 'Enter' .
08:47	സ്ക്രീനിൽ നമുക്ക്hexokinase ന്യേ ramachandran plots ഉണ്ട്.
08:54	'ഡാറ്റാബേസിൽ നിന്ന് pdb files ഉപയോഗിച്ച് വിവിധ എൻസൈമുകളിൽload ചെയ്യാൻ ശ്രമിക്കൂക.
09:00	സെക്കണ്ടറി സ്ടരുകർ പ്രദർശനം മാറ്റുക.
09:04	സംഗ്രഹിക്കാം. ഈ ട്യൂട്ടോറിയലിൽ, ഞങ്ങൾ പഠിച്ചത്:Human Pancreatic Hexokinase പി.ഡി.ബി കോഡ് ഉപയോഗിച്ചു സ്ട്രക്ച്ചർ Load ചെയുക .
09:14	സെക്കണ്ടറിസ്ട്രക്ച്ചർ പ്രദർശനം പരിഷ്ക്കരിക്കുക.
09:17	ഹൈലൈറ്റ്amino acid residue ആക്റ്റീവ് സൈറ്റിൽ.
09:21	enzyme. ന്റെ substrate cofactorsഎന്നീ ഹൈലൈറ്റ് ചെയുക
09:25	പ്രോട്ടെൻ ന്റെ ramachandranപ്ലോട്ട്.
09:30	ഒരു അസൈൻമെന്റ്:Jmol പാനലിലെ 'Lysozyme' എന്ന എൻസൈം ഡോട്ട് പിഡിബി ഫയൽ ലോഡ് ചെയ്യുക.
09:38	എൻസൈമിലേക്ക് ബന്ധിപ്പിച്ചിട്ടുള്ള അടിത്തറയെ ഹൈലൈറ്റ് ചെയ്യുക.
09:42	സജീവ സൈറ്റിലെ അമിനോ ആസിഡുകളെ ഹൈലൈറ്റ് ചെയ്യുക.
09:46	സൂചന: 'പിഡിബി ഡാറ്റാബേസിലെ Lysozymeന്റെe pdbയൽ നേടുക.
09:52	ഈ URL ൽ ലഭ്യമായ വീഡിയോ കാണുക.
09:56	'സ്പോക്കൺ ട്യൂട്ടോറിയൽ പദ്ധതി' 'സംഗ്രഹിക്കുന്നു.
10:00	നിങ്ങൾക്ക് നല്ല ബാൻഡ് വിഡ്ത്ത് ഇല്ലെങ്കിൽ, ഡൌൺലോഡ് ചെയ്ത് കാണാവുന്നതാണ്.
10:04	സ്പോക്കൺ ട്യൂട്ടോറിയൽ പ്രോജക്ട് ടീം
10:07	ശില്പശാലകൾ നടത്തി സർട്ടിഫിക്കറ്റുകൾ വിതരണം ചെയ്യുന്നു.
10:10	കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾക്ക്, ദയവായി ഞങ്ങൾക്ക് എഴുതുക.
10:14	'സ്പോക്കൺ ട്യൂട്ടോറിയൽ പ്രോജക്റ്റ്' ടോക്ക് ടു എ ടീച്ചർ പദ്ധതിയുടെ ഭാഗമാണ്.
10:19	ഇത് ഐസിടി, എം എച്ച് ആര് ഡി, ഇന്ത്യാ ഗവണ്മെന്റിന്റെ നാഷണല് മിഷന് ഓണ് എഡ്യൂക്കേഷന് പിന്തുണ നല്കുന്നു.
10:25	ഈ മിഷനെ കുറിച്ചുള്ള കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾ ഈ ലിങ്കിലുണ്ട്.
10:30	ഇത് 'ഐഐടി ബോംബെ'യിൽ നിന്ന് വിജി നായർ ആണ്. പങ്കുചേർന്നതിന് നന്ദി.

Contributors and Content Editors

Prena