Jmol-Application/C4/3D-Models-of-Enzymes/Bengali

Time	Narration
00:01	Jmol এ 3D Models of Enzymes এর এই টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত।
00:08	এই টিউটোরিয়ালে আমরা Jmol প্যানেলে Human Pancreatic Hexokinase এর কাঠামো লোড করা সম্পর্কে শিখব।
00:16	সেকেন্ডারি কাঠামোর ডিসপ্লে পরিবর্তন করা।
00:20	সক্রিয় সাইটে অ্যামিনো অ্যাসিডের অবশিষ্ট হাইলাইট করা।
00:25	এনজাইমের স্তর এবং সহ উত্পাদক হাইলাইট করা।
00:30	প্রোটিনের জন্য Ramachandran প্লট দেখানো।
00:35	টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে মৌলিক বায়ো-কেমিস্ট্রি সম্পর্কে জানতে হবে।
00:41	Jmol অ্যাপ্লিকেশন উইন্ডো থেকে মৌলিক অপারেশনের সাথে পরিচিত থাকতে হবে।
00:46	Jmol এপ্লিকেশন শৃঙ্খলায় Proteins and Macromolecules টিউটোরিয়ালটি দেখুন।
00:53	এটি নিম্নলিখিত লিঙ্কে উপলব্ধ।
00:57	টিউটোরিয়ালটি রেকর্ড করতে ব্যবহার করছি, উবুন্টু অপারেটিং সিস্টেম সংস্করণ 12.04.
01:05	Jmol সংস্করণ 12.2.2.
01:08	জাভা সংস্করণ 7 এবং মোজিলা ফায়ারফক্স ব্রাউজার 22.0.
01:16	Jmol উইন্ডো খুলুন এবং hexokinase এনজাইমের কাঠামো লোড করুন।
01:22	আমি ইন্টারনেটের সাথে সংযুক্ত, তাই আমি PDB ওয়েবসাইট থেকে সরাসরি কাঠামো লোড করব।
01:28	এটি করতে, File মেনু খুলুন, নীচে স্ক্রোল করুন এবং Get PDB বিকল্পে টিপুন।
01:37	স্ক্রিনে একটি ইনপুট ডায়ালগ বাক্স দেখায়। hexokinase এর জন্য চার অক্ষরের PDB কোড লিখুন, যা হল টেক্সট বাক্সে 3IDH.
01:50	এই কোড Protein Data Bank ওয়েবসাইট থেকে উপলব্ধ।
01:55	আপনার কার্যকর ইন্টারনেট সংযোগ না থাকলে টুল বারে open a file আইকন ব্যবহার করে বিদ্যমান pdb ফাইল খুলুন।
02:06	OK বোতামে টিপুন।
02:09	পর্দায় প্রদর্শিত hexokinase এর 3D কাঠামো glucokinase হিসাবেও পরিচিত।
02:16	File মেনু থেকে কনসোল উইন্ডো খুলুন।
02:21	কনসোলে দেখানো, প্যানেলের কাঠামো Glucose সাব্সট্রেটের সাথে Human Pancreatic Glucokinase এর জন্য।
02:31	কনসোল বন্ধ করুন।
02:34	প্যানেলে hexokinase এর ball and stick মডেল রয়েছে।
02:40	প্যানেলে protein মডেল থেকে জলের অনু সরিয়ে দিন।
02:44	এই প্রক্রিয়া Jmol এর Proteins and macromolecules টিউটোরিয়ালে বিস্তারিতভাবে আলোচনা করা হয়েছে।
02:53	Hexokinase এনজাইম সম্পর্কে।
02:56	Hexokinase হল 465 অ্যামিনো অ্যাসিডের একটি মনোমেরিক প্রোটিন।
03:02	এর দুটি ডোমেন রয়েছে, একটি বড় ডোমেন এবং একটি ছোট ডোমেন।
03:07	এই এনজাইমের জন্য সক্রিয় সাইট দুটি ডোমেনের মাঝের ছিদ্রে স্থিত।
03:14	hexokinase এর জন্য সক্রিয় সাইটে 3 টি অ্যামিনো অ্যাসিডের অবশিষ্টাংশ রয়েছে। 204 এ Aspergine, 231 এ Aspergine এবং 256 এ Glutamic অ্যাসিড।
03:30	Alpha-D-Glucose এই এনজাইমের জন্য সাব্সট্রেটস।
03:34	এখন আমাদের Jmol প্যানেলে ফিরে যাই।
03:38	আমরা এইরকম এনজাইমের কম্পোনেন্ট নির্বাচন এবং হাইলাইট করতে পারি: সক্রিয় সাইটে Substrate, Cofactors বা Amino acid রেসিডিউ।
03:49	একটি নির্দিষ্ট কম্পোনেন্ট নির্বাচন করতে ডান ক্লিক ব্যবহার করে পপ-আপ মেনু খুলুন।
03:55	Select বিকল্পে স্নীচে স্ক্রোল করুন।
03:57	সাব-মেনু থেকে Proteins এবং By Residue name নির্বাচন করুন।
04:04	এখানে পৃথক অ্যামিনো অ্যাসিডের রেসিডিউ তালিকাভুক্ত রয়েছে।
04:10	এটি নির্বাচন করতে অ্যামিনো অ্যাসিডের নামে টিপুন।
04:14	এছাড়াও অ্যামাইনো অ্যাসিড এইরকম হেডিং এর নীচে সারিবদ্ধ রয়েছে: Polar, Non-polar, Basic, Acidic, Uncharged ইত্যাদি।
04:26	Hetero মেনুতে তালিকাভুক্ত রয়েছে মেটাল আয়ন পটাসিয়াম এবং গ্লুকোজ সাব্সট্রেট।
04:34	সাব্সট্রেট বাইন্ডিং সাইট সহজে সনাক্ত করতে এনজাইমের ডিসপ্লে পরিবর্তন করতে পারি।
04:41	প্রোটিনের পরমাণুর ডিসপ্লে এবং রঙ পরিবর্তন করি।
04:46	পপ-আপ মেনু খুলুন, Select এ যান এবং Protein বিকল্পে স্ক্রোল করুন। All এ টিপুন।
04:55	আবার পপ-আপ মেনু খুলুন, Style এ স্ক্রোল করুন এবং তারপর Scheme এ। Sticks বিকল্পে টিপুন।
05:05	এখন আমরা প্যানেলে রয়েছি, প্রোটিন sticks ডিসপ্লেতে রয়েছে।
05:11	এখন রঙ পরিবর্তন করতে আবার পপ-আপ মেনু খুলুন। Color, Atoms এ যান, এবং Blue বিকল্পে টিপুন।
05:23	আমাদের স্ক্রিনে নীল রঙের hexokinase এর মডেল sticks ডিসপ্লেতে রয়েছে।
05:30	ক্লেফ্টে ball and stick ডিসপ্লেতে Alfa-D-Glucose সাব্সট্রেট লক্ষ্য করুন।
05:38	সাব্সট্রেট লক্ষনীয় করতে, পপ-আপ মেনু খুলুন, Select এ যান এবং তারপর Hetero এবং GLC-ALFA-D-GLUCOSE এ টিপুন।
05:52	আবার পপ-আপ মেনু খুলুন, Style এবং Scheme এ স্ক্রল করুন এবং Sticks বিকল্পে টিপুন।
06:00	রঙ পরিবর্তন করতে আবার পপ-আপ মেনু খুলুন, Color এবং Atoms এ যান এবং White বিকল্পে টিপুন।
06:12	প্যানেলে এটি সাব্সট্রেটের সাথে পরিষ্কারভাবে লক্ষনীয় করা hexokinase এর মডেল।
06:20	আমরা এগুলি লক্ষনীয় করতে সক্রিয় সাইটে অ্যামাইনো অ্যাসিডের রঙ পরিবর্তন করতে পারি।
06:26	এটি করতে, আমাদের কনসোল উইন্ডোতে কমান্ড লিখতে হবে।
06:32	আগে উল্লিখিত সক্রিয় সাইটে জড়িত অ্যামিনো অ্যাসিড Aspergine, 204 এ, Aspergine, 231 এ এবং Glutamic acid, 256 এ রয়েছে।
06:50	File মেনু থেকে কনসোল উইন্ডো খুলুন। Console এ টিপুন।
06:57	আমি কনসোল উইন্ডো বড় করতে Kmag স্ক্রীন ম্যাগনিফায়ার ব্যবহার করছি।
07:03	$ প্রম্পটে লিখুন: select বর্গাকার বন্ধনীতে aspergine এর জন্য Asn বন্ধনী বন্ধ করুন 204 অর্থাৎ স্থান সেমিকোলন color atoms orange.
07:25	এন্টার টিপুন।
07:27	লক্ষ্য করুন যে aspargine রেসিডিউয়ের পরমাণু এখন কমলা রঙে রয়েছে।
07:33	কী বোর্ডে আপ অ্যারো বোতাম টিপুন এবং কমান্ড এডিট করুন।
07:39	অ্যামাইনো অ্যাসিডের স্থান 231 এ এডিট করুন এবং পরমাণুর রঙ লালে বদলান।
07:48	এন্টার টিপুন।
07:51	আপ অ্যারো কী টিপুন এবং আবার এবং অ্যামাইনো অ্যাসিডের নাম GLU তে বদলান যা হল গ্লুটামিক অ্যাসিড এবং তার স্থান 256 এ।
08:06	পরমাণুর রঙ সবুজে এবং এন্টার টিপুন।
08:13	প্যানেলে লক্ষনীয় সক্রিয় সাইট এবং সাব্সট্রেটের সাথে hexokinase একটি 3D মডেল রয়েছে।
08:23	এছাড়াও এখানে মডেলে লক্ষ্যনীয় বেগুনী রঙে থাকা পটাসিয়াম পরমাণু রয়েছে।
08:30	এছাড়াও আমরা jmol এ একটি বিশেষ প্রোটিনের জন্য ramachandran প্লট দেখাতে পারি।
08:36	কনসোলে, $ প্রম্পটে লিখুন plot ramachandran
08:45	এন্টার টিপুন।
08:47	স্ক্রিনে hexokinase এর জন্য ramachandran প্লট রয়েছে।
08:54	ডাটাবেস থেকে পিডিবি ফাইল দ্বারা বিভিন্ন এনজাইম লোড করার চেষ্টা করুন।
09:00	সেকেন্ডারি স্ট্রাকচারের ডিসপ্লে পরিবর্তন করুন।
09:04	সংক্ষিপ্তকরণ করি। এই টিউটোরিয়ালে শিখেছি পিডিবি কোড ব্যবহার করে Human Pancreatic Hexokinase এর লোড স্ট্রাকচার।
09:14	সেকেন্ডারি স্ট্রাকচারের ডিসপ্লে পরিবর্তন করা।
09:17	সক্রিয় সাইটে অ্যামাইনো অ্যাসিডের রেসিডিউ লক্ষনীয় করা।
09:21	এনজাইমের সাব্সট্রেট এবং কো-ফ্যাক্টর লক্ষনীয় করা।
09:25	এবং প্রোটিনের জন্য ramachandran plot দেখা।
09:30	নির্দেশিত কাজ হিসাবে Jmol প্যানেলে Lysozyme এনজাইমের ডট পিডিবি ফাইল লোড করুন।
09:38	এনজাইমে আবদ্ধ সাব্সট্রেট লক্ষনীয় করুন।
09:42	সক্রিয় সাইটে অ্যামাইনো অ্যাসিড লক্ষনীয় করুন।
09:46	ইঙ্গিত: পিডিবি ডাটাবেস থেকে Lysozyme এর পিডিবি ফাইল প্রাপ্ত করুন।
09:52	এই URL এ উপলব্ধ ভিডিওটি দেখুন।
09:56	এটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে বোঝায়।
10:00	ভাল ব্যান্ডউইডথ না থাকলে ভিডিওটি ডাউনলোড করে দেখুন।
10:04	স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল
10:07	কর্মশালার আয়োজন করে এবং প্রশংসাপত্র দেয়।
10:10	বিস্তারিত তথ্যের জন্য আমাদের কাছে লিখুন।
10:14	স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প Talk to a Teacher প্রকল্পের অংশবিশেষ।
10:19	এটি ভারত সরকারের ICT, MHRD এর জাতীয় শিক্ষা মিশন দ্বারা সমর্থিত।
10:25	এই বিষয়ে বিস্তারিত তথ্য এই লিঙ্কে প্রাপ্তিসাধ্য।
10:30	আই আই টী বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। ধন্যবাদ।

Contributors and Content Editors

Kaushik Datta, Satarupadutta