Jmol-Application/C2/Structures-from-Database/Tamil

Time	Narration
00:01	Jmol ல் தரவுத்தளங்களில் (Database) உள்ள அமைப்புகள் குறித்த ஸ்போகன் டுடோரியலுக்கு நல்வரவு.
00:07	இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்கபோவது
00:10	PubChem தரவுத்தளத்திலிருந்து வேதியியல் அமைப்புகளை ஏற்றுதல்
00:14	ஜிகெம்பெயிண்டில் வரையப்பட்ட இருபரிமாண அமைப்புகளை Jmol ல் முப்பரிமாண மாதிரிகளாக மாற்றுதல்.
00:21	இந்த டுடோரியலை தொடர Jmol அப்ளிகேஷன் பற்றி தெரிந்திருக்க வேண்டும்.
00:27	இல்லையெனில் அதற்கான டுடோரியல்களுக்கு எங்கள் வலைத்தளத்தைக் காணவும்.
00:33	இந்த டுடோரியலை பதிவு செய்ய நான் பயன்படுத்துவது
00:35	உபுண்டு இயங்குதளம் பதிப்பு. 12.04
00:40	Jmol பதிப்பு 12.2.2
00:44	Java பதிப்பு 7
00:46	ஜிகெம்பெயிண்ட் பதிப்பு 0.12.10
00:51	மொசில்லா ஃபயர்பாக்ஸ் ப்ரெளசர் 22.0.
00:56	ஒரு புதிய Jmol அப்ளிகேஷன் விண்டோவை திறந்துவைத்துள்ளேன்.
01:00	தரவுத்தளத்தில் பட்டியலிடப்பட்டுள்ள சேர்மங்களின் அமைப்புகளை ஏற்ற ஒரு அம்சத்தை Jmol கொண்டுள்ளது.
01:07	menu bar ல் உள்ள 'File' menu.... 'Get MOL' தேர்வைக் கொண்டுள்ளது
01:12	இது வேதியியல் அமைப்பு தரவுத்தளம் 'PubChem' லிருந்து மூலக்கூறுகளை ஏற்றுகிறது
01:17	Protein Data Bank லிருந்து புரத அமைப்புகளை ஏற்ற 'Get PDB' என்ற மற்றொரு தேர்வையும் கொண்டுள்ளது.
01:26	இந்த அம்சம் மற்றொரு டுடோரியலில் விரிவாக விளக்கப்படும்.
01:31	panel ல் ஒரு வேதியியல் அமைப்பை ஏற்ற, 'Get Mol' மீது க்ளிக் செய்க.
01:36	திரையில் ஒரு 'Input' dialog box திறக்கிறது.
01:40	இந்த உரைப்பெட்டியில் பின்வருவனவற்றை டைப் செய்வதன் மூலம் தரவுத்தளத்தில் பட்டியலிடப்பட்டுள்ள எந்த மூலக்கூறையும் ஏற்ற முடியும்:
01:48	பொது பெயர் அல்லது IUPAC பெயர்
01:51	CAS எண்
01:54	CID எண்
01:56	InChi identifier அல்லது
01:58	SMILES identifier.
02:01	ஒரு குறிப்பிட்ட இரசாயனத்தின் அடையாள எண்களின் தகவலுக்கு Pubchem தரவுத்தள இணையத்தளத்திற்கு செல்க
02:09	திரையில் ஃபீனாலை (phenol) காட்டுவோம்.
02:13	எனவே உள்ளீட்டு உரைப்பெட்டியில் டைப்செய்க''phenol.
02:16	OK பட்டன் மீது க்ளிக் செய்க.
02:20	panel ல் ஃபீனால் மாதிரி காட்டப்படுகிறது.
02:24	பல்வேறு rendering தேர்வுகளை பயன்படுத்தி ஃபீனாலின் display ஐ மாற்றமுடியும்.
02:30	இந்த தேர்வுகள் Menu bar மற்றும் Pop-up menu ல் பட்டியலிடப்பட்டுள்ளன.
02:36	ஃபீனாலின் பென்சீன் (benzene) வளையத்திற்கு நம்மால் பதிலிகளை (substituent) சேர்க்க முடியும்.
02:41	முதலில் மாதிரியில் அணுக்களுக்கு பெயரிடுவோம்.
02:45	display menu மீது க்ளிக் செய்து, label ஐ தேர்ந்தெடுக்கவும். பின் number தேர்வு மீது க்ளிக் செய்க.
02:52	இப்போது, கார்பன் அணு எண் 4 உடன் இணைக்கப்பட்டுள்ள ஹைட்ரஜன் எண் 10 க்கு பதிலாக ஒரு அமினோ குழுவை வைப்போம்
03:00	modelkit menuஐ திறந்து, தேர்வுகளில் நைட்ரஜனை தேர்ந்தெடுக்கவும்.
03:06	ஹைட்ரஜன் எண் 10 மீது க்ளிக் செய்க.
03:09	panel ல் பாரா-அமினோ ஃபீனால் (Para-Amino Phenol) மூலக்கூறு உள்ளது.
03:14	display ஐ Sticks display ஆக மாற்றுவோம்.
03:18	modelkit menu ஐ மூடவும்.
03:21	Pop-up menu ஐ திறந்து, Style க்கு வந்து, Scheme ஐ தேர்ந்தெடுத்து பின் Sticks தேர்வு மீது க்ளிக் செய்க.
03:30	panel ல் பாரா-அமினோ ஃபீனால் (Para-Amino-phenol) மாதிரியை sticks display ல் கொண்டுள்ளோம்.
03:36	உருவாக்க கடினமான சிக்கலான அமைப்புகளை, எளிமையாக panel ல் ஏற்ற முடியும்.
03:42	உதாரணமாக கொலஸ்ட்ரால் (cholesterol).
03:45	File menu மீது க்ளிக் செய்க
03:47	Get Mol தேர்வு மீது க்ளிக் செய்து, உரைப்பெட்டியில் டைப் செய்க Cholesterol .
03:54	OK பட்டன் மீது க்ளிக் செய்க.
03:57	கொலஸ்ட்ரால் (Cholesterol) ன் மூலக்கூறு panel ல் காட்டப்படுகிறது.
04:02	மூலக்கூறின் இரட்டை பிணைப்பு மற்றும் பக்க-சங்கிலி போன்ற அம்சங்களை முன்னிலைப்படுத்த முடியும்
04:08	இரட்டை பிணைப்பை முன்னிலைப்படுத்த, இரட்டை பிணைப்பின் கார்பன் அணுக்களின் நிறங்களை முதலில் மாற்றுவோம்.
04:15	tool bar ல் 'Select atoms' ஐகான் மீது க்ளிக் செய்க.
04:19	பின் இரட்டை பிணைப்பில் உள்ள கார்பன் அணுக்கள் மீது க்ளிக் செய்க.
04:24	அணுக்களை சுற்றி மஞ்சள் நிள ஒளிவட்டம் தோன்றுகிறது.
04:28	Pop-up-menu ஐ திறந்து.
04:30	Color க்கு வந்து, Atoms ஐ தேர்ந்தெடுத்து பின் Orange தேர்வு மீது க்ளிக் செய்க.
04:37	இப்போது tool bar ல் “Rotate molecule” தேர்வு மீது க்ளிக் செய்க.
04:42	கொலஸ்ட்ரால் மாதிரியில் உள்ள இரட்டை பிணைப்பு இப்போது ஆரஞ்ச் நிறத்தில் உள்ளது.
04:49	அதேபோல, பக்க சங்கிலியில் உள்ள கார்பன்களையும் முன்னிலைப்படுத்த முடியும்.
04:54	Pop-up-menu ஐ பயன்படுத்தி நிறத்தை violet ஆக மாற்றுக.
04:59	முக்கிய அம்சங்கள் முன்னிலைப்படுத்தப்பட்ட கொலஸ்ட்ரால் மாதிரியை panel ல் கொண்டுள்ளோம்.
05:06	பயிற்சியாக,
05:08	Pubchem தரவுத்தளத்தில் இருந்து கஃபீன் (caffeine) அமைப்பை ஏற்றுக
05:11	அந்த மூலக்கூறில் முக்கிய அம்சங்களை முன்னிலைப்படுத்துக
05:15	display ஐ wireframe ஆக மாற்றுக.
05:19	இப்போது Jmol ன் மற்றொரு முக்கிய அம்சத்தை விவரிக்கிறேன்
05:24	மற்றொரு மென்பொருளில் வரைப்பட்ட மூலக்கூறுகளின் இருபரிமாண அமைப்புகளை முப்பரிமாண மாதிரிகளாக மாற்ற முடியும்.
05:31	இங்கே panel ல் அமினோஅமில அலனைன் (aminoacid Alanine) மாதிரியைக் கொண்டுள்ளேன்.
05:36	இந்த மூலக்கூறின் இருபரிமாண அமைப்பு ஜிகெம்பெய்ண்ட் என்ற மென்பொருளில் வரையப்பட்டது
05:42	இந்த அமைப்பு .mol file ஆக சேமிக்கப்பட்டது.
05:46	ஜிகெம்பெய்ண்ட் என்பது இருபரிமாண அமைப்புகளை வரைவதற்கான ஒரு கட்டற்ற மென்பொருள்.
05:51	ஜிகெம்பெய்ண்ட் டுடோரியல்கள் பின்வரும் இணைப்பில் கிடைக்கும்.
05:56	அமைப்புகளை வரையவும் அதை .mol format ல் சேமிக்கவும், Analysis of Compounds டுடோரியலைக் காணவும்.
06:05	இந்த ஜிகெம்பெய்ண்ட் காட்சி பகுதியில் காட்டப்பட்டுள்ள இருபரிமாண வரைப்படங்களாவன
06:10	Amino acid -Alanine
06:12	Nuclioside -Adenosine
06:14	Saccharide -Alpha-D glucopyranose
06:19	நாம் அவற்றை என் Desktop ல் .mol format ல் சேமித்துள்ளேன்
06:24	முதலில், அலனைனின் இருபரிமாண அமைப்பை Jmol அப்ளிகேஷனில் ல் முப்பரிமாண மாதிரியாக காண்பொம்.
06:32	எனவே ஒரு புதிய Jmol விண்டோவை திறக்கிறேன்.
06:36	tool bar ல் 'Open a file' ஐகான் மீது க்ளிக் செய்க.
06:40	நான் Desktop folder ஐ தேர்ந்தெடுத்து open மீது க்ளிக் செய்கிறேன். file Alanine.mol ஐ தேர்ந்தெடுத்து Open பட்டன் மீது க்ளிக் செய்கிறேன்.
06:51	திரையில் அலனைன் முப்பரிமாண மாதிரி திறக்கிறது.
06:55	modelkit menu ஐ திறந்து 'fix hydrogens and minimize' தேர்வு மீது க்ளிக் செய்க.
07:03	அமைப்புக்கு ஹைட்ரஜன்கள் சேர்க்கப்பட்டு energy minimization செய்யப்பட்டுள்ளது.
07:08	மற்ற .mol file களுடன் செய்வது போல menu bar மற்றும் Pop-up menu ஐ பயன்படுத்தி display ஐ மாற்ற முடியும்.
07:15	இங்கே Jmol ல் Adenosine.mol ன் முப்பரிமாண மாதிரி உள்ளது
07:19	இது Jmol ல் Alpha-D-glucopyranose.mol ன் முப்பரிமாண மாதிரி
07:25	சுருங்கசொல்ல.
07:27	இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்றது
07:32	Pubchem தரவுத்தளத்திலிருந்து வேதியியல் அமைப்புகளை ஏற்றுதல்
07:34	ஃபீனால் (Phenol) மற்றும் கொலஸ்ட்ரால் (Cholesterol) ன் display ஐ மாற்றுதல்
07:38	ஜிகெம்பெய்ண்டில் வரையப்பட்ட இருபரிமாண அமைப்புகளை Jmol ல் முப்பரிமாண மாதிரிகளாக மாற்றுதல்
07:44	அலனைன் (Alanine), அடினோசின் (Adenosine) மற்றும் ஆல்ஃபா-டி-க்ளுகோபைரநோஸ் (Alpha-D-glucopyranose) ன் இருபரிமாண அமைப்புகளை முப்பரிமாண மாதிரிகளாக மாற்றுதல்.
07:53	இங்கே உங்களுக்கான மற்றொரு பயிற்சி.
07:56	பின்வரும் அமினோ அமிலங்களின் இருபரிமாண அமைப்புகளை ஜிகெம்பெய்ண்டில் வரைக
08:01	சிஸ்டின் (Cysteine)
08:03	ஹிஸ்டிடின் (Histidine) , ஃபீனைல்அலனைன் (Phenylalanine)
08:06	.mol fileகளாக சேமிக்கவும்.
08:09	அந்த fileகளை Jmol ல் திறந்து display ஐ மாற்றவும்.
08:12	இந்த இணைப்பில் உள்ள காணொளியைக் காணவும் http://spoken-tutorial.org/What_is_a_Spoken_Tutorial
08:16	இது ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டம் பற்றி சுருங்க சொல்கிறது
08:19	உங்கள் இணைய இணைப்பு வேகமாக இல்லையெனில் அதை தரவிறக்கிக் காணவும்
08:23	ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டக்குழு ஸ்போகன் டுடோரியல்களைப் பயன்படுத்தி செய்முறை வகுப்புகள் நடத்துகிறது
08:29	இணையத்தில் பரீட்சை எழுதி தேர்வோருக்கு சான்றிதழ்களும் அளிக்கிறது.
08:33	மேலும் தகவல்களுக்கு contact@spoken-tutorial.org க்கு மின்னஞ்சல் எழுதவும்.
08:40	ஸ்போகன் டுடோரியல் பாடங்கள் டாக் டு எ டீச்சர் திட்டத்தின் முனைப்பாகும்.
08:45	இதற்கு ஆதரவு இந்திய அரசு துவக்கிய MHRD இன் ஐசிடி மூலம் தேசிய கல்வித்திட்டத்தின் வழியே கிடைக்கிறது.
08:52	இந்த திட்டம் பற்றிய மேலதிக தகவல்கள் கீழுள்ள இணைப்பில் கிடைக்கும் http://spoken-tutorial.org/NMEICT-Intro
08:57	இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்து குரல் கொடுத்தது ஐஐடி பாம்பேவில் இருந்து பிரியா. நன்றி.

Contributors and Content Editors

Priyacst