CellDesigner/C2/Create-and-Edit-Components/Bengali

From Script | Spoken-Tutorial
Jump to: navigation, search
Time Narration
00:01 CellDesigner এ Create and Edit Components এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত।
00:08 এখানে আমরা শিখব: ড্র এরিয়াতে ইতিমধ্যে সংরক্ষিত .xml ফাইল খোলা।
00:15 কম্পার্টমেন্টে বর্ডারের আকৃতি, আকার, রঙ এবং বেধ বদলানো।
00:22 CellDesigner এ একাধিক ফাইল বানানো, Species এর পরিচয় বদলানো।
00:28 এছাড়াও শিখব: Species কাট, কপি এবং পেস্ট করা, Species এর Start-point এবং End-point সম্পর্কে।
00:37 Species কিভাবে সক্রিয় করে এবং রঙ বদলায়, একটি Reaction এর বৈশিষ্ট্য বদলানো, File বন্ধ করা।
00:47 এখানে উবুন্টু লিনাক্স OS সংস্করণ 14.04, CellDesigner সংস্করণ 4.3, Java সংস্করণ 1.7 ব্যবহার করছি।
00:57 টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে, শিক্ষার্থীদের স্নাতক স্তরের Biochemistry এবং CellDesigner ইন্টারফেস সম্পর্কে জানা উচিত।
01:05 না হলে, প্রাসঙ্গিক CellDesigner টিউটোরিয়ালের জন্য, www.spoken-tutorial.org ওয়েবসাইটে যান।
01:16 শিক্ষার্থীরা লক্ষ্য করুন: এই শৃঙ্খলার পূর্ববর্তী টিউটোরিয়াল Windows OS এ বানানো হয়েছিল।
01:24 যদিও এখানে থেকে এই শৃঙ্খলা Ubuntu Linux OS এ সম্পন্ন হবে।
01:30 CellDesigner এ create and edit components এ আগে দেখি।
01:35 Ctrl + Alt + T কী একসাথে টিপে টার্মিনাল খুলুন।
01:41 এখন ./runCellDesigner4.3 লিখুন এবং এন্টার টিপুন।
01:52 CellDesigner উইন্ডোটি আপনার স্ক্রীনে খোলে।
01:56 এখন আমাদের ইতিমধ্যে বানানো Create and Edit ফাইলটি খুলুন।
02:02 তাই File এ এবং তারপর Open এ ক্লিক করুন।
02:07 স্ক্রীনে Open নামের একটি ডায়লগ বাক্স দেখায়।
02:11 এখানে, Folders লেবেলের ভিতরের ফোল্ডার চয়ন করতে হবে।
02:15 File লেবেলে Create_and_Edit.xml ফাইলে ক্লিক করুন এবং তারপর Ok তে ডবল ক্লিক করুন।
02:27 আমাদের ফাইল Create_and_Edit.xml এখন ড্র এরিয়াতে খুলে গেছে।
02:35 কম্পার্টমেন্ট চয়ন করুন। মেন মেনুবারে Component এ যান।
02:43 নীচে স্ক্রোল করুন এবং Change to OVAL চয়ন করুন।
02:48 ড্র এরিয়াতে, এখন একটি ওভাল কম্পার্টমেন্ট রয়েছে।
02:54 রঙ বা বেধ বদলাতে, মেন মেনু বারে Component এ যান।
03:00 Change color & shape বিকল্পে ক্লিক করুন।
03:05 অন্যদিকে, কম্পার্টমেন্টের বাউন্ডারীতে ডান ক্লিক করুন এবং Change color & shape বিকল্প চয়ন করুন।
03:14 স্ক্রীনে Change color & shape নামে একটি ডায়ালগ বাক্স খোলে।
03:20 একটি অপেক্ষাকৃত পাতলা বাউন্ডারী লাইন বানাতে, Membrane Thickness কে 12 থেকে কমিয়ে 8 বা তার কম করুন।
03:29 রঙ বদলাতে, Color panel এ যান।
03:34 Color panel এ একটি হ্যান্ডেল, যেখানে পয়েন্টারের সাথে কলর wheel রয়েছে।
03:39 পয়েন্টার ক্লিক এবং হোল্ড করুন এবং পছন্দসই রঙ চয়ন করতে ঘোরান।
03:46 সকল পরিবর্তন করার পর Apply তে ক্লিক করুন এবং তারপর Ok তে ক্লিক করুন।
03:53 রিঅ্যাকশন টুলবারে বিভিন্ন কম্পার্টমেন্ট আঁকতে অন্যান্য বিকল্প সন্ধান করুন।
04:00 এখন Species এর পরিচয় বদলানোর উপায় শিখব।
04:05 প্রথমে আমরা CTRL + N টিপে একটি নতুন উইন্ডো খুলবো।
04:11 ফাইলটিকে একটি নাম ধরুন Change Species দেই।
04:16 আমরা প্রস্থ এবং উচ্চতা ডিফল্ট রাখব। Ok বোতামে ক্লিক করুন।
04:22 এখন, টুলবার থেকে Generic protein এর আইকনে ক্লিক করুন। ড্র এরিয়াতে ক্লিক করুন।
04:30 ডায়ালগ বাক্সে, Pectin লিখুন এবং Ok বোতামে ক্লিক করুন।
04:37 এখন Generic protein Pectin এ ডান ক্লিক করুন।
04:41 Change Identity বিকল্পে ক্লিক করুন।
04:46 স্ক্রীনে Change identity of the species নামে একটি ডায়লগ বাক্স খোলে।
04:53 Class বাক্সে down arrow তে ক্লিক করুন।
04:58 ড্রপ ডাউন মেনু থেকে একটি বিকল্প, উদাহরণস্বরূপ simple molecule চয়ন করুন।
05:05 এখন, Name বাক্সে এই simple molecule কে নাম দিন।
05:10 এটিকে Fructose বলে। Apply বোতামে ক্লিক করুন।
05:17 লক্ষ্য করুন Protein Pectin এখন Fructose নামে simple molecule এ বদলে গেছে।
05:25 এখন Cut, Copy এবং Paste করা শিখি।
05:29 আমি একই Fructose ব্যবহার করব যা ইতিমধ্যে ড্র এরিয়াতে বিদ্যমান।
05:34 Species কাট করতে, প্রথমে Species Fructose এ ক্লিক করুন।
05:40 Edit মেনুতে যান, নীচে স্ক্রোল করুন এবং Cut এ ক্লিক করুন।
05:47 লক্ষ্য করুন, Cut এর জন্য শর্টকাট কী হল Ctrl + X.
05:53 Species Fructose কাট করা হয়েছে।
05:56 স্পিসিস পেস্ট করতে, Edit মেনুতে ফিরে যান, নীচে স্ক্রোল করে Paste এ ক্লিক করুন।
06:03 লক্ষ্য করুন Paste এর জন্য শর্টকাট কী হল Ctrl + V.
06:08 Species Fructose ড্র এরিয়াতে পুনরায় দেখায়।
06:12 Species এর কপি বানাতে, মেন মেনু বারে Edit এ যান।
06:18 Copy তে ক্লিক করুন।
06:21 কপির জন্য শর্টকাট কী হল Ctrl + C. Copy তে ক্লিক করুন। ড্র এরিয়াতে ক্লিক করুন।
06:31 এখন, পেস্ট করতে Ctrl + V টিপি।
06:36 এখন Fructose এর একটি কপি ড্র এরিয়াতে পেস্ট করেছি।
06:40 কোনো ধাপ পূর্বাবস্থায় নিয়ে যেতে Ctrl + Z টিপুন এবং পুনরায় ফিরে আসতে Ctrl + Y টিপুন।
06:51 যদিও এগুলি ব্যবহারের কিছু সীমা রয়েছে।
06:55 Fructose molecules ড্রেগ করে ড্র এরিয়াতে একপাশে সরাই।
07:00 এটি করতে, Fructose এ ক্লিক করুন এবং এটি বাঞ্চিত স্থানে নিয়ে যান।
07:07 এরপর শিখব: start-point এবং end-point species কি এবং Species কিভাবে সক্রিয় করে?
07:13 তাই আমি ইতিমধ্যে 2 generic proteins এর মাঝে একটি state transition reaction এঁকেছি।
07:21 আমি তাদের Protein 1 এবং Protein 2 নাম দিয়েছি।
07:25 মনে রাখবেন, আমরা ইতিমধ্যে reaction আঁকা শিখেছি।
07:29 আপনি না জানলে এই শৃঙ্খলার পূর্ববর্তী টিউটোরিয়াল দেখুন। এখন এগোই।
07:35 এই রিঅ্যাকশনে, start point হল Protein 1 এবং end point হল Protein 2.
07:43 species সক্রিয় করতে, একটি Species এ ক্লিক করুন যা Reaction এর end-point.
07:50 আমাদের ক্ষেত্রে, এটি Protein 2.
07:53 তাই Protein 2 এ ক্লিক করুন এবং কীবোর্ডে A টিপুন।
07:59 এখন Ctrl + Z কী টিপে এই পরিবর্তন পূর্বাবস্থায় নিয়ে যান।
08:05 বিকল্পরূপে, Protein 2 এ ক্লিক করুন।
08:09 তারপর, মেন মেনু বারে, Component এ যান।
08:13 নীচে স্ক্রোল করুন এবং Set Active এ ক্লিক করুন।
08:18 লক্ষ্য করুন activated species একটি ড্যাশ লাইন দ্বারা আবৃত।
08:24 এখন species, Protein 2 এর রঙ বদলাই।
08:29 এতে ডান ক্লিক করুন এবং তারপর Change color and shape এ ক্লিক করুন।
08:35 যেমনকি আগে দেখেছি, Color প্যানেলে একটি কলর wheel রয়েছে।
08:40 পছন্দের রঙ চয়ন করতে পয়েন্টারে ক্লিক করুন এবং ঘোরান।
08:44 তারপর Apply এবং Ok তে ক্লিক করুন।
08:49 species এ রঙের পরিবর্তন লক্ষ্য করুন।
08:53 আমরা এখন Reaction এর বৈশিষ্ট্য বদলানো শিখব।
08:57 ড্র এরিয়াতে থাকা state transition reaction এ ফিরে আসি।
09:03 দুটি species এর মাঝে reaction arrow তে ডান ক্লিক করুন।
09:08 এখন Change Identity বিকল্প চয়ন করুন।
09:13 Change Properties of the Reaction নামে একটি ডায়ালগ বাক্স খোলে।
09:18 Name বাক্সে রিঅ্যাকশনের নাম, ধরুন Reaction1 লিখুন।
09:26 Type বাক্সের ড্রপ-ডাউনে আবশ্যক রিঅ্যাকশন ধরুন Transcription চয়ন করুন। Ok তে ক্লিক করুন।
09:38 লক্ষ্য করুন ড্র এরিয়াতে reaction বদলে গেছে।
09:42 আমরা সেই নাম দেখি না যা ড্র এরিয়াতে রিঅ্যাকশন অ্যারোতে দিয়ে ছিলাম।
09:47 চিন্তা করবেন না, আসন্ন টিউটোরিয়ালে এটি সম্পর্কে শিখব।
09:53 একবার আবার reaction arrow তে ডান ক্লিক করুন এবং Change Identity বিকল্পে ক্লিক করুন।
10:00 এটি একটি Reversible রিঅ্যাকশন হলে, TRUE বিকল্প চয়ন করুন এবং Ok তে ক্লিক করুন।
10:09 এখন আপনি দেখবেন যে রিঅ্যাকশন রিভার্স হয়েছে।
10:14 CellDesigner থেকে প্রস্থান করতে, File এ ক্লিক করে Exit বিকল্প চয়ন করুন।
10:20 বিকল্পরূপে, আপনি Ctrl Q টিপতে পারেন।
10:25 স্ক্রীনে Confirmation নামে একটি ডায়ালগ বাক্স বলে যে আমরা কি পরিবর্তনগুলি সংরক্ষণ করতে চাই।
10:32 Yes এ ক্লিক করুন এবং OK বোতামে ডবল ক্লিক করুন।
10:38 এটি বলে যে ফাইল সংশোধন করা হয়েছে।
10:41 Save the changes? Yes এ ক্লিক করুন।
10:45 সংক্ষিপ্তকরণ করি। এখানে আমরা শিখেছি:
10:50 ড্র এরিয়াতে ইতিমধ্যে সংরক্ষিত .xml ফাইল খোলা।
10:55 Compartment এর আকার, আকার, রঙ এবং বেধ বদলানো।
11:01 CellDesigner এ একাধিক ফাইল বানানো এবং পরিচয় বদলানো।
11:07 Species কাট, কপি এবং পেস্ট করা।
11:10 আমরা এও শিখেছি: Species এর Start-point এবং End-point সম্পর্কে।
11:15 Species সক্রিয় করা, Species এর রঙ বদলানো, Reaction এর properties বদলানো এবং File বন্ধ করা।
11:25 অনুশীলনী হিসাবে: একটি complex বানান এবং Complex এ একটি Species রাখুন।
11:32 অনুশীলনী 2: টুলবার সম্পর্কে শিখুন এবং দেখুন একটি রিঅ্যাকশনে reactant এবং product কিভাবে জোড়ে।
11:41 আপনার সম্পন্ন কাজ এইরকম হওয়া উচিত।
11:45 আপনার প্রথম অনুশীলনী এইরকম হতে হবে: একটি complex এবং complex এর ভিতরে থাকা complex.
11:55 অনুশীলনী 2 এইরকম দেখানো উচিত: একটি reactant এবং একটি product সহ state-transition reaction.
12:00 স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প সম্পর্কে-
12:05 এই লিঙ্কে উপলব্ধ ভিডিওটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে দেখায়। এটি ডাউনলোড করে দেখুন।
12:13 স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল কর্মশালার আয়োজন করে। অনলাইন পরীক্ষা পাস করলে প্রশংসাপত্র দেয়। অধিক জানতে আমাদের লিখুন।
12:23 স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প ভারত সরকারের NMEICT, MHRD দ্বারা সমর্থিত। এই মিশন সম্পর্কে আরো তথ্য এই লিঙ্কে প্রাপ্তিসাধ্য।
12:35 আই আই টী বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। অংশগ্রহনের জন্যে ধন্যবাদ।

Contributors and Content Editors

Satarupadutta