Biopython/C2/Manipulating-Sequences/Assamese

From Script | Spoken-Tutorial
Jump to: navigation, search


Time Narration
00:01 Manipulating Sequences এৰ টিউটোৰিয়েলত আপোনাক স্বাগতম।
00:06 ইয়াতে এটা ৰেন্ডম DNA সিকোয়েন্স বনাবলৈ মই Biopython টুল্স ব্যবহাৰ কৰিম।
00:13 নির্দিষ্ট স্থানত DNA সিকোয়েন্স স্লাইস কৰিবলৈ।
00:17 নতুন সিকোয়েন্স বনাবলৈ দুটা সিকোয়েন্সক একেসৈতে শ্ৰেণীবদ্ধ কৰা।
00:22 সিকোয়েন্সৰ দৈর্ঘ্য নির্ণয় কৰিবলৈ।
00:26 পৃথক বেসেস বা স্ট্ৰি্ং এৰ অংশৰ সংখ্যা গণনা কৰিবলৈ।
00:31 এটা নির্দিষ্ট বেস বা স্ট্ৰি্ং এৰ অংশ বিছৰা।
00:35 এটা সিকোয়েন্স অবজেক্টক পৰিবর্তনযোগ্য সিকোয়েন্স অবজেক্টলৈ সলোৱা।
00:40 টিউটোৰিয়েলটো অনুসৰণ কৰিবলৈ অস্নাতকৰ বায়োকেমিস্ট্ৰি বা বায়োইনফৰমেটিক্স
00:47 আৰু মৌলিক Python প্ৰোগ্ৰামিং সম্পর্কে জানোব লাগিব।
00:51 নহলে প্ৰদত্ত লিঙ্কত Python টিউটোৰিয়েল চাওক।
00:56 টিউটোৰিয়েলটো ৰেকর্ড কৰিবলৈ ব্যবহাৰ কৰিছো: উবুন্টু OS সংস্কৰণ 14.10
01:03 Python সংস্কৰণ 2.7.8
01:07 Ipython interpretor সংস্কৰণ 2.3.0
01:12 Biopython সংস্কৰণ 1.64
01:16 এতিয়া টার্মিনেল খুলক আৰু ipython ইন্টাৰপ্ৰেটাৰ আৰম্ভ কৰক।
01:21 Ctrl, Alt আৰু T কী একসৈতে টিপক।
01:26 প্ৰম্পটত লিখক: ipython আৰু এন্টাৰ টিপক।
01:31 Ipython প্ৰম্পট পর্দাত দেখায়।
01:35 Biopython দ্বাৰা মই যিকোনো নির্দিষ্ট দৈর্ঘৰ ৰেন্ডম DNA সিকোয়েন্সৰ বাবে সিকোয়েন্স অবজেক্ট বনাব পাৰো।
01:44 এতিয়া 20 টা বেসেস থকা DNA সিকোয়েন্সৰ বাবে এটা সিকোয়েন্স অবজেক্ট বনাও।
01:50 প্ৰম্পটত লিখক: import random, এন্টাৰ টিপক।
01:56 ইয়াৰ পিছত, Bio প্যাকেজৰ পৰা Seq মডিউল ইম্পোর্ট কৰক।
02:01 প্ৰায়েই Seq ক seek হিসাবে উচ্চাৰিত কৰা হয়।
02:06 প্ৰম্পটত লিখক: From Bio dot Seq import Seq, এন্টাৰ টিপক।
02:15 মই DNA সিকোয়েন্সত অাখৰ নির্দিষ্ট কৰিবলৈ Bio.Alphabet মডিউল ব্যবহাৰ কৰিম।
02:22 লিখক: from Bio dot Alphabet import generic underscore dna, এন্টাৰ টিপক।
02:32 এতিয়া ৰেন্ডম DNA সিকোয়েন্সৰ এটা সিকোয়েন্স অবজেক্ট বনাবলৈ নিম্ন কমান্ড লিখক।
02:38 সেই সিকোয়েন্সক dna1 ভ্যাৰিয়েবলত সংৰক্ষণ কৰক।
02:42 লক্ষ্য কৰক: এই কমান্ডত এটা ডাবল উদ্ধৃতিৰ সলনি দুটা একক উদ্ধৃতি ব্যবহৃত কৰক। এন্টাৰ টিপক।
02:50 আউটপুটৰ বাবে লিখক: dna1 এন্টাৰ টিপক।
02:55 আউটপুটত ৰেন্ডম DNA সিকোয়েন্সৰ বাবে সিকোয়েন্স অবজেক্ট দেখায়।
03:00 আপোনি এটা নতুন সিকোয়েন্স বিছাৰিলে উপৰৰ নিচিনা একেই কমান্ড পাবলৈ আপ-এৰো কী টিপক। এন্টাৰ টিপক।
03:11 আউটপুটৰ বাবে, ভ্যাৰিয়েবল নাম dna1 লিখক। এন্টাৰ টিপক।
03:17 আউটপুটত এটা নতুন DNA সিকোয়েন্স দেখায় যি আগৰটোৰ পৰা বেলেগ হয়।
03:23 Sequence Objects সম্পর্কে:
03:25 সিকোয়েন্স অবজেক্ট সাধাৰণতে স্বাভাবিক Python স্ট্ৰি্ং এৰ মতে কাম কৰে।
03:30 সেয়ে স্বাভাবিক নিয়ম অনুসৰণ কৰক যি Python স্ট্ৰি্ং এৰ বাবে কৰে।
03:35 Python ত, মই 1 এৰ সলনি 0 দি আৰম্ভ কৰি স্ট্ৰি্ং ত অাখৰ গণনা কৰো।
03:41 সিকোয়েন্সত প্ৰথম অাখৰ হল স্থান 0.
03:45 টার্মিনেলত উভতি আহক।
03:47 প্ৰায়েই আপোনাক সিকোয়েন্সৰ এটা অংশ দিহে কাম কৰাত লাগিব পাৰে।
03:52 এতিয়া স্ট্ৰি্ংয়ৰ অংশক এক্সট্র্যাক্ট কৰি তাক সিকোয়েন্স অবজেক্ট হিসাবে সংৰক্ষণ কৰা চাও।
03:58 উদাহৰণস্বৰুপে, মই DNA সিকোয়েন্সক দুটা স্থানত স্লাইস কৰিম।
04:04 প্ৰথমে 6 আৰু 7 বেসেসৰ মাজত।
04:08 এইটোৱে সিকোয়েন্সৰ আৰম্ভৰ পৰা 6 তম বেস পর্যন্ত ফ্ৰাগমেন্ট এক্সটার্ক্ট কৰিব।
04:15 দ্বিতীয় স্লাইস 11 আৰু 12 বেসেসৰ মাজত থাকিব।
04:20 দ্বিতীয় ফ্রাগমেন্ট সিকোয়েন্সৰ 12 তম বেসৰ পৰা শেষ পর্যন্ত লাগিব।
04:26 প্ৰথম ফ্ৰাগমেন্ট এক্সট্রাক্ট কৰিবলৈ প্ৰম্পটত নিম্ন কমান্ড লিখক।
04:31 String1 equal to dna1 ব্ৰেকেটত 0 colon 6
04:39 string1 প্ৰথম ফ্ৰাগমেন্টক সংৰক্ষণ কৰাৰ ভ্যাৰিয়েবল।
04:43 বাকিবোৰ কমান্ড অনুসৰণ কৰক যেনেকৈ স্বাভাবিক Python ত কৰে।
04:47 এই বন্ধনীত কোলন দ্ৱাৰা পৃথক কৰা আৰম্ভ আৰু বন্ধ স্থিতি আছে।
04:53 এই স্থিতি আৰম্ভক অন্তর্ভুক্ত কৰে কিন্তু স্টপক নকৰে। এন্টাৰ টিপক।
05:01 আউটপুটক চাবলৈ লিখক: string1, এন্টাৰ টিপক।
05:04 আউটপুটে সিকোয়েন্স অবজেক্টৰ মতে প্ৰথম ফ্ৰাগমেন্ট দেখায়।
05:10 সিকোয়েন্সৰ পৰা দ্বিতীয় স্ট্ৰি্ং এক্সট্র্যাক্ট কৰিবলৈ আপ-এৰো কী টিপি নিম্নৰ মতে কমান্ড এডিট কৰক:
05:17 ভ্যাৰিয়েবলৰ নাম string2লৈ সলাই আৰু স্থিতিক 11 আৰু 20লৈ  সলাওক।
05:24 আউটপুটৰ বাবে লিখক: string2, এন্টাৰ টিপক।
05:30 এতিয়া দ্বিতীয় ফ্ৰাগমেন্টও সিকোয়েন্স অবজেক্টেৰ নিচিনা আছে।
05:34 এতিয়া শ্ৰেণীবদ্ধ কৰক অর্থাৎ দুটা স্ট্ৰি্ং একেসৈতে জুড়ি নতুন ফ্ৰাগমেন্ট বনাওক।
05:42 ভ্যাৰিয়েবল dna2 ত নতুন সিকোয়েন্স সংৰক্ষণ কৰক।
05:46 লিখক: dna2 equal to string1 plus string2, এন্টাৰ টিপক।
05:53 লক্ষ্য কৰক: মই অসঙ্গত বর্ণমালাৰ সিকোয়েন্স জুড়াব নোৱাৰো।
05:59 অর্থাৎ, এটা নতুন সিকোয়েন্স বনাবলৈ DNA সিকোয়েন্সক আৰু এটা প্ৰোটিন সিকোয়েন্সক শ্ৰেণীবদ্ধ কৰিব নোৱাৰে।
06:07 দুটা সিকোয়েন্সৰ বর্ণমালাৰ এট্ৰিবিউট একেই থকা আবশ্যক।
06:12 আউটপুট চাবলৈ লিখক: dna2, এন্টাৰ টিপক।
06:17 আউটপুটে নতুন সিকোয়েন্স দেখায় যি string1 আৰু string2 ৰ সমন্বয় হয়।
06:23 নতুন সিকোয়েন্সৰ দৈর্ঘ্য নির্ণয় কৰিবলৈ, মই len ফাংশন ব্যবহাৰ কৰিম।
06:29 লিখক: len বন্ধনীত dna2, এন্টাৰ টিপক।
06:34 আউটপুটে 15 বেস লম্বা সিকোয়েন্স দেখায়।
06:39 মই সিকোয়েন্সত উপস্থিত থকা পৃথক বেসেসৰ সংখ্যা গণনা কৰিব পাৰো।
06:44 এইটো কৰিবলৈ মই count() ফাংশন ব্যবহাৰ কৰিম।
06:47 উদাহৰণস্বৰুপে- সিকোয়েন্সত উপস্থিত থকা alanines সংখ্যা গণনা কৰিবলৈ, নিম্ন কমান্ড লিখক: dna2 dot count বন্ধনীত ডবল উদ্ধৃতিত অাখৰ A.
07:02 এন্টাৰ টিপক।
07:04 আউটপুটে সিকোয়েন্স dna2 ত উপস্থিত alanines এৰ সংখ্যা দেখায়।
07:10 এটা নির্দিষ্ট বেস বা স্ট্ৰি্ং এৰ অংশ বিছাৰিবলৈ মই find() ফাংশন ব্যবহাৰ কৰিম।
07:16 লিখক: dna2 dot find বন্ধনীত ডবল উদ্ধৃতিতে GC, এন্টাৰ টিপক।
07:26 আউটপুটে স্ট্ৰি্ং ত GC এৰ উপস্থিতিৰ প্ৰথম ইন্সট্যান্সৰ স্থিতি নির্দেশ কৰে।
07:32 সাধাৰণতে সিকোয়েন্স অবজেক্ট এডিট কৰা নাযায়।
07:35 সিকোয়েন্স এডিট কৰিবলৈ এইটোক ৰুপান্তৰযোগ্য সিকোয়েন্স অবজেক্টেলৈ সলাব লাগিব।
07:41 এইটো কৰিবলৈ লিখক: dna3 equal to dna2 dot to mutable বন্ধনী খুলক আৰু বন্ধ কৰক। এন্টাৰ টিপক।
07:52 আউটপুটৰ বাবে লিখক: dna3, এন্টাৰ টিপক।
07:55 এতিয়া সিকোয়েন্স অবজেক্ট এডিট কৰা যাব পাৰে।
07:59 এতিয়া বেসক সিকোয়েন্স দ্বাৰা সলাও।
08:01 উদাহৰণস্বৰুপে- পঞ্চম স্থানত উপস্থিত বেসক alanine দ্বাৰা সলাবলৈ লিখক dna3 বন্ধনীত 5 ইকুয়াল টু ডাবল উদ্ধৃতিত অাখৰ A. এন্টাৰ টিপক।
08:19 আউটপুটৰ বাবে লিখক: dna3 এন্টাৰ টিপক।
08:24 আউটপুট চাওক। পঞ্চম স্থানত cytosineক, alanine দ্বাৰা সলোৱা গৈছে।
08:31 স্ট্ৰি্ং এৰ এটা অংশ সলাবলৈ নিম্ন কমান্ডটো লিখক।
08:35 Dna3 বন্ধনীত 6 কোলন 10 ইকুয়াল টু ডাবল উদ্ধৃতিত ATGC, এন্টাৰ টিপক।
08:45 আউটপুটৰ বাবে লিখক: dna3 এন্টাৰ টিপক।
08:52 আউটপুটে দেখায় যে 6 পৰা 9 পর্যন্ত স্থানৰ 4 টা বেসেস ইয়াক নতুন বেসেস ATGC দ্বাৰা সলোৱা গৈছে।
09:01 এবাৰ সিকোয়েন্স অবজেক্টক এডিট কৰাত এইটোক আৰু এবাৰ read only ফর্মত সলাওক।
09:07 নিম্ন লিখক: dna4 equal to dna3 dot to seq বন্ধনী খুলক আৰু বন্ধ কৰক। এন্টাৰ টিপক।
09:19 আউটপুটৰ বাবে লিখক: dna4 এন্টাৰ টিপক।
09:25 সংক্ষিপ্তকৰণ কৰো।
09:27 ইয়াতে শিকিছো: এটা ৰেন্ডম DNA সিকোয়েন্স বনোৱা।
09:32 নির্দিষ্ট স্থানত DNA সিকোয়েন্স স্লাইস কৰা।
09:36 এটা নতুন সিকোয়েন্স বনাবলৈ দুটা সিকোয়েন্স যোগ কৰক অর্থাৎ, শ্ৰেণীবদ্ধ কৰা।
09:43 মই এয়াও শিকিছো: len, count আৰু find ফাংশনৰ ব্যবহাৰ।
09:49 সিকোয়েন্স অবজেক্টক পৰিবর্তনযোগ্য সিকোয়েন্স অবজেক্টেলৈ সলোৱা আৰু স্ট্ৰি্ং এৰ অংশ বা বেসৰ স্থান সলোৱা।
09:57 অনুশীলনী হিসাবে 30 টা বেসেসৰ ৰেন্ডম DNA সিকোয়েন্স বনোৱা।
10:02 Biopython টুল্স দ্বাৰা GC পার্সেন্টেজ আৰু সিকোয়েন্সৰ আণবিক ওজন গণনা কৰক।
10:09 আপোনাৰ সম্পন্ন কামটো নিম্নৰুপ হব লাগিব।
10:13 আউটপুট পার্সেন্টেজ হিসাবে GC কন্টেন্ট দেখায়।
10:18 আউটপুটে DNA সিকোয়েন্সৰ আণবিক ওজন দেখায়।
10:23 এই ভিডিওটোৱা প্ৰকল্পক সাৰসংক্ষেপে বোঝায়।
10:26 এইটোক ডাউনলোড কৰি চাওক।
10:30 মই কর্মশালাৰ আয়োজন কৰি আৰু প্ৰশংসাপত্ৰ দিয়ো।
10:32 অধিক জানিবলৈ যোগাযোগ কৰক।
10:35 স্পোকেন টিউটোৰিয়েল প্ৰকল্প ভাৰত সৰকাৰৰ NMEICT, MHRD দ্বাৰা সমর্থিত।
10:43 আইআইটি বোম্বেৰ পৰা মই বিদায় লৈছো। অংশগ্ৰহণৰ বাবে ধন্যবাদ।

Contributors and Content Editors

Mousumi