Difference between revisions of "UCSF-Chimera/C4/Axes-and-Planes/Gujarati"
From Script | Spoken-Tutorial
Shivanigada (Talk | contribs) |
Jyotisolanki (Talk | contribs) |
||
| Line 113: | Line 113: | ||
|- | |- | ||
| 02:43 | | 02:43 | ||
| − | | આ એકસીસને ડીલીટ કરવા , આ હાર ઉપર ક્લિક કરો. | + | | આ એકસીસને ડીલીટ કરવા , આ હાર ઉપર ક્લિક કરો. ડાયલોગ બોક્સના નીચેના ભાગમાં રહેલ '''Delete''' બટન ઉપર ક્લિક કરો. |
|- | |- | ||
| Line 141: | Line 141: | ||
|- | |- | ||
| 03:28 | | 03:28 | ||
| − | | | + | | '''color editor'''માંથી એક રંગ પસંદ કરો. '''color-editor'''ને બંધ કરો. |
|- | |- | ||
| Line 165: | Line 165: | ||
|- | |- | ||
| 03:58 | | 03:58 | ||
| − | | | + | | '''centroid'''ને દેખાડવા '''Define centroid''' ટેબ ઉપર ક્લિક કરો. |
|- | |- | ||
| Line 309: | Line 309: | ||
|- | |- | ||
| 07:25 | | 07:25 | ||
| − | | | + | | કમાંડ ટેક્સ્ટ બોક્સ ઉપર ટાઈપ કરો '''open 1mbo'''. એન્ટર દબાવો. |
|- | |- | ||
| Line 334: | Line 334: | ||
| 07:59 | | 07:59 | ||
| દરેક મોડેલ માત્ર એક જ '''Per-Model Clipping''' પ્લેન ધરાવી શકે છે. | | દરેક મોડેલ માત્ર એક જ '''Per-Model Clipping''' પ્લેન ધરાવી શકે છે. | ||
| + | |||
|- | |- | ||
| 08:04 | | 08:04 | ||
| Line 340: | Line 341: | ||
|- | |- | ||
| 08:09 | | 08:09 | ||
| − | | પેનલ ઉપર પાછા આવીએ. | + | | પેનલ ઉપર પાછા આવીએ. '''Per-Model Clipping''' ડાયલોગ બોક્સમાંનું '''Model''' ડ્રોપ-ડાઉન મેનુ વર્તમાનનું મોડેલ બતાવે છે. |
|- | |- | ||
| Line 413: | Line 414: | ||
|- | |- | ||
| 10:05 | | 10:05 | ||
| − | | '''color well'''માંથી એક રંગ પસંદ કરો. | + | | '''color well''' માંથી એક રંગ પસંદ કરો. |
|- | |- | ||
| Line 425: | Line 426: | ||
|- | |- | ||
| 10:26 | | 10:26 | ||
| − | | હવે પેનલ ધ્યાનથી જુઓ . | + | | હવે પેનલ ધ્યાનથી જુઓ . '''slab''' હવે રંગીત અને પારદર્શક થઇ ગયેલો દેખાય છે. |
|- | |- | ||
Latest revision as of 14:59, 17 April 2018
| |
|
|---|---|
| 00:01 | Chimeraના આ Axes and Planesના ટ્યૂટોરિઅલમાં તમારું સ્વાગત છે. |
| 00:06 | આ ટ્યૂટોરિઅલમાં આપણે Axes, Planes અને Centroidsને કેવી રીતે બતાવવા તે , |
| 00:12 | 2D Labels અને Per-Model clipping વિશે શીખીશું. |
| 00:17 | આ ટ્યૂટોરિઅલને અનુસરવા તમે Chimera ઇન્ટરફેઝના જાણકાર હોવા જરૂરી છો. |
| 00:23 | જો તમે નથી તો તેને સંબંધિત ટ્યૂટોરિયલો માટે અમારી વેબસાઈટની મુલાકાત લો. |
| 00:28 | આ ટ્યૂટોરિઅલને રેકોર્ડ કરવા હું વાપરી રહી છું : Ubuntu OS આવૃત્તિ 14.04 |
| 00:34 | Chimera આવૃત્તિ 1.10.1 |
| 00:38 | Mozilla firefox બ્રાઉઝર 42.0 અને એક કાર્યરત ઈન્ટરનેટ કનેકશન. |
| 00:45 | અહીં મેં Chimera વિન્ડો ખોલી છે. |
| 00:48 | કમાન્ડ ટેક્સ્ટ બોક્સ ઉપર ટાઈપ કરો , open 1EMA . એન્ટર દબાવો. |
| 00:55 | પેનલ ઉપર green fluorescent protein નું એક સ્ટ્રક્ચર ખુલે છે. |
| 01:00 | Tools મેનુ ઉપર ક્લિક કરો. |
| 01:02 | Structure Analysis વિકલ્પ સુધી નીચે સ્ક્રોલ કરો.સબ-મેનુમાંથી Axes, Planes, Centroids ઉપર ક્લિક કરો. |
| 01:11 | Structure Measurements ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે. |
| 01:15 | અહીં આપણી પાસે Define axes, Define plane, Define centroid tabs આવી ગયા છે. |
| 01:24 | Define axes ટેબ ઉપર ક્લિક કરો.આ Define axes ડાયલોગ બોક્સ ખોલે છે. |
| 01:31 | અહીં આપણે એટમ સેટ્સને અને બીજા અન્ય પેરામીટર્સને સ્પષ્ટ કરી શકીએ છીએ. |
| 01:37 | પેનલ ઉપર, સ્ટ્રકચરના મધ્યમાંથી તમારા પસંદના થોડાક રેસિડ્યુઝને સિલેક્ટ કરો. |
| 01:43 | રેસિડયુઝને સિલેક્ટ કરવા; CTRL અને shift કીઝ વારાફરથી દબાવી રાખી હોય તે દરમ્યાન રેસિડ્યુઝ ઉપર ક્લિક કરો. |
| 01:55 | Define Axes ડાયલોગ બોક્સ ઉપર , રેડિયો બટન “Selected atoms” ઉપર ક્લિક કરો. |
| 02:02 | એક્સિસના નામ તરીકે ટાઈપ કરો axis1. |
| 02:06 | color well ઉપર ક્લિક કરો.color editorમાંથી એક રંગ પસંદ કરો.color editorને બંધ કરો. |
| 02:14 | એક્સિસની જાડાઈને બદલવા ;angstroms રેડિયો બટન ઉપર ક્લિક કરો. |
| 02:19 | ટેક્સ્ટ બોક્સમાં આંક બદલી 0.25 કરો અને OK બટન ઉપર ક્લિક કરો. |
| 02:27 | પેનલને ધ્યાનથી જુઓ. સિલેક્ટ કરેલા એટમ્સ માટે Axis દોરેલા દેખાય છે. |
| 02:33 | select મેનુ દ્વારા પસંદગીને નાબૂદ કરો. |
| 02:37 | Structure Measurement ડાયલોગ બોક્સમાં આ એક્સિસ માટેના એક ઓબ્જેક્ટનું નિર્માણ થાય છે. |
| 02:43 | આ એકસીસને ડીલીટ કરવા , આ હાર ઉપર ક્લિક કરો. ડાયલોગ બોક્સના નીચેના ભાગમાં રહેલ Delete બટન ઉપર ક્લિક કરો. |
| 02:51 | હવે સ્ટ્રક્ચરમાં એક plane ઉમેરવા , Define plane ટેબ ઉપર ક્લિક કરો. |
| 02:57 | આ Define Plane ડાયલોગ બોક્સમાં , પ્લેનનું નામ બદલી plane1 કરો. |
| 03:03 | અહીં માત્ર સિલેક્ટ કરેલા એટમ્સ માટે જ એક plane બને છે. |
| 03:08 | પેનલ ઉપર, સ્ટ્રકચરના મધ્યમાંથી તમારી પસંદગીના થોડાક રેસિડ્યુઝ સિલેક્ટ કરો. |
| 03:14 | રેસિડયુઝને સિલેક્ટ કરવા; CTRL અને shift કીઝ વારાફરથી દબાવી રાખી હોય તે દરમ્યાન રેસિડ્યુઝ ઉપર ક્લિક કરો. |
| 03:23 | Define Plane ડાયલોગ બોક્સ ઉપર ; color well ઉપર ક્લિક કરો. |
| 03:28 | color editorમાંથી એક રંગ પસંદ કરો. color-editorને બંધ કરો. |
| 03:34 | OK બટન ઉપર ક્લિક કરો. પેનલને ધ્યાનથી જુઓ. |
| 03:39 | સિલેક્ટ કરેલા એટમ્સને આધારે એક plane બને છે. |
| 03:44 | Select મેનુ દ્વારા પસંદગીને નાબૂદ કરો. |
| 03:48 | planeને ડીલીટ કરો , Structure Measurements ડાયલોગ બોક્સમાં plane ID ઉપર ક્લિક કરો. |
| 03:55 | delete બટન ઉપર ક્લિક કરો. |
| 03:58 | centroidને દેખાડવા Define centroid ટેબ ઉપર ક્લિક કરો. |
| 04:03 | Define centroid ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે. |
| 04:07 | સેન્ટરોઇડ બનાવવા સ્ટ્રક્ચર પરના રેસિડ્યુઝ 64 અને 68ને સિલેક્ટ કરો. |
| 04:14 | Define Centroid ડાયલોગ બોક્સમાં; સેન્ટરોઈડના નામ તરીકે ટાઈપ કરો centroid1. |
| 04:21 | અગાઉ જોયું તે મુજબ , color wellમાંથી એક રંગ સિલેક્ટ કરો. |
| 04:26 | color-editorને બંધ કરો.OK બટન ઉપર ક્લિક કરો. |
| 04:31 | પસંદ કરેલા એટમ્સ માટેના Centroid પેનલ ઉપર દેખાય છે. |
| 04:36 | પસંદગીને નાબૂદ કરો અને centroidને ડીલીટ કરો. |
| 04:42 | Structure Measurements ડાયલોગ બોક્સને બંધ કરો. |
| 04:45 | સ્ટ્રક્ચરમાં 2D-Labels જેમકે text અને arrows પણ ઉમેરી શકાય છે. |
| 04:52 | ટૂલ્સ મેનુમાંથી Utilities વિકલ્પ દ્વારા 2D labels ટૂલ શરુ કરો. |
| 04:59 | 2D-Labels ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે જેમાં આ ટેબ્સ રહેલ છે : Labels, Arrows અને color key. |
| 05:07 | લેબલ (શીર્ષક) ઉમેરવા Labels ટેબ ઉપર ક્લિક કરો. |
| 05:11 | મૂળભૂત રીતે ડાયલોગ બોક્સ પાસે નીચે રહેલ use mouse for label placement વિકલ્પ સિલેક્ટ થયેલ હોય છે. |
| 05:20 | color well ઉપર ક્લિક કરો , લેબલ માટે એક રંગ સિલેક્ટ કરો. color editorને બંધ કરો. |
| 05:28 | પેનલ ઉપર જ્યાં તમે લેબલને મુકવા માંગતા હોવ ત્યાં ક્લિક કરો. |
| 05:32 | ડાયલોગ બોક્સ ઉપર X અને Y કોઓર્ડીનેટસ સાથેનું Label id દૃશ્યમાન થાય છે. |
| 05:38 | હવે Text ક્ષેત્રમાં લેબલને ટાઈપ કરો. |
| 05:42 | ટાઈપ કરો : Green Fluorescent Protein.એન્ટર દબાવો. |
| 05:49 | ડાબા માઉસ બટનને ડ્રેગ કરી લેબલને પુનઃસ્થાપિત કરી શકાય છે. |
| 05:56 | લેબલને ડીલીટ કરવા , ડાયલોગ બોક્સ ઉપર label idને સિલેક્ટ કરો. delete બટન ઉપર ક્લિક કરો. |
| 06:05 | ઍરોઝને ઉમેરવા ડાયલોગ બોક્સમાંના Arrows tab ઉપર ક્લિક કરો. |
| 06:10 | ડાયલોગ બોક્સમાં નીચે Arrow weight ક્ષેત્રમાં, |
| 06:15 | ઍરોઝની જાડાઈ બદલવા આ આંકને બદલો. |
| 06:19 | હું એક પાતળા એરોને બનાવવા ટાઈપ કરીશ 0.5. |
| 06:24 | Arrow head સ્ટાઇલ બટન ઉપર ક્લિક કરો. ડ્રોપ-ડાઉન મેનુમાંથી એક વિકલ્પને પસંદ કરો. |
| 06:30 | હું પસંદ કરીશ : Pointy. |
| 06:33 | પેનલ ઉપર કર્સરને મુકો , માઉસ બટનને ક્લિક કરી પકડી રાખો. |
| 06:39 | એરોને વિસ્તારવા ડ્રેગ કરો. હવે માઉસ બતાને છોડીદો. |
| 06:46 | એરોને પુનઃદિશામાન કરવા અથવા તેની લંબાઈ બદલવા છેડાને ડ્રેગ કરો. |
| 06:54 | એરોને મધ્યમાંથી ડ્રેગ કરી તેને ખસેડો. |
| 06:58 | arrow id બાદ આવેલા color well ઉપર ક્લિક કરી એરોનો રંગ બદલો. |
| 07:04 | એક રંગ પસંદ કરો. હવે color-editorને બંધ કરો. |
| 07:08 | 2D-Labels ડાયલોગ બોક્સને બંધ કરો. આ સેશનને File મેનુ દ્વારા બંધ કરો. |
| 07:15 | હવે નવું સેશન ખોલો. |
| 07:18 | per-model clippingને સમજાવવા; હું ઉદાહરણ તરીકે myoglobinના સ્ટ્રક્ચરનો ઉપયોગ કરીશ. |
| 07:25 | કમાંડ ટેક્સ્ટ બોક્સ ઉપર ટાઈપ કરો open 1mbo. એન્ટર દબાવો. |
| 07:32 | Tools મેનુમાં નીચે સ્ક્રોલ કરો , Depictionને સિલેક્ટ કરો. |
| 07:37 | સબ-મેનુમાંથી , Per-Model clipping ઉપર ક્લિક કરો. |
| 07:42 | Per-Model clipping ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે. |
| 07:46 | Per-Model Clipping જુદી-જુદી રીતે જુદા-જુદા મોડેલ્સને સાથે જોડવાની પરવાનગી આપે છે. |
| 07:52 | તે એક માત્ર પ્લેન હોય છે જે મોડેલના દેખાતા અને અદ્રશ્ય ભાગોને અલગ પાડે છે. |
| 07:59 | દરેક મોડેલ માત્ર એક જ Per-Model Clipping પ્લેન ધરાવી શકે છે. |
| 08:04 | મોડેલ અને તેની સપાટી બંને અલગ-અલગ મોડેલ્સ તરીકે વર્તે છે. |
| 08:09 | પેનલ ઉપર પાછા આવીએ. Per-Model Clipping ડાયલોગ બોક્સમાંનું Model ડ્રોપ-ડાઉન મેનુ વર્તમાનનું મોડેલ બતાવે છે. |
| 08:18 | Enable clippingને સિલેક્ટ કરો , તે ક્લિપિંગ પ્લેન્સને સક્રિય કરે છે. |
| 08:25 | મોડેલનો દેખાતો ભાગ પ્લેનની પાછળ હોય છે. Enable clippingને અનચેક કરો. |
| 08:33 | મોડેલની સપાટી બનાવીએ.Actions મેનુ ઉપર ક્લિક કરો , Surface સુધી નીચે સ્ક્રોલ કરીએ.
Show ઉપર ક્લિક કરીએ. |
| 08:43 | હવે સ્ટ્રક્ચર એક પોકેટ દેખાડે છે જ્યાં Heme સમૂહ મજબૂત રીતે બંધાયેલું હોય છે. |
| 08:50 | ડાયલોગ બોક્સમાં , Model ડ્રોપ-ડાઉન મેનુ , બે મોડેલ્સ દેખાડે છે.મોડલ(1mbo) અને સપાટી સાથેનું મોડેલ. |
| 09:00 | સપાટી સાથેનું મોડેલ સિલેક્ટ કરો. Enable clippingને ક્લિક કરો. |
| 09:06 | પેનલ ધ્યાનથી જુઓ. |
| 09:10 | મોડેલની માત્ર સપાટી જ જોડાયેલી દેખાય છે. |
| 09:14 | Use slab mode with thickness ઉપર ક્લિક કરો. |
| 09:18 | તે તમને slab thickness પ્રમાણે જ મોડેલનો ભાગ જોવાની પરવાનગી આપે છે. |
| 09:24 | slab thicknessને બદલી 0.5 કરો. |
| 09:28 | ટેક્સ્ટ બોક્સમાં ટાઈપ કરો 0.5 અને એન્ટર દબાવો. પેનલને ધ્યાનથી જુઓ. |
| 09:37 | ડાયલોગ બોક્સમાં , Adjust clipping with mouse ઉપર ક્લિક કરો. |
| 09:43 | Translation માટે બટન 2 અને rotation માટે બટન 3ની નિમણુંક કરો. |
| 09:51 | Surface capping બટન ઉપર ક્લિક કરો. |
| 09:55 | Surface capping ડાયલોગ બોક્સમાં, Cap surfaces at clip planesને સિલેક્ટ કરો. |
| 10:02 | Use cap color ઉપર ક્લિક કરો. |
| 10:05 | color well માંથી એક રંગ પસંદ કરો. |
| 10:09 | color editorને બંધ કરો.cap style તરીકે solidને સિલેક્ટ કરો. ડાયલોગ બોક્સને બંધ કરો. |
| 10:18 | Chimera વિન્ડો ઉપર, Actions મેનુ દ્વારા સપાટીની પારદર્શકતાને 20% સુધીની કરો. |
| 10:26 | હવે પેનલ ધ્યાનથી જુઓ . slab હવે રંગીત અને પારદર્શક થઇ ગયેલો દેખાય છે. |
| 10:33 | માઉસના વચ્ચેના બટનને દબાવીને પકડી રાખો. clipping planeને એક દિશામાં ખસેડવા તેને ડ્રેગ કરો. |
| 10:42 | clipping planeની જગ્યા બદલવા, જમણા માઉસ બટનને પકડી રાખી માઉસને ડ્રેગ કરો. |
| 10:50 | પેનલને ધ્યાનથી જુઓ , heme સમૂહ ધરાવતું પોકેટ હવે ખુબ સ્પષ્ટ રીતે દેખાય રહ્યું છે. |
| 10:57 | ચાલો સારાંશ જોઈએ, આપણે આ ટ્યૂટોરિઅલમાં શીખ્યા કે , કેવી રીતે Axes, Planes અને Centroidsને બતાવવા, |
| 11:05 | 2D Labels બતાવવા અને Arrows દોરવા. |
| 11:09 | મોડેલને Per-Model clipping ટૂલ દ્વારા જોડવું. |
| 11:13 | અભ્યાસ માટે , Chymotrypsinનું મોડેલ ખોલો. |
| 11:18 | planes દોરો. સ્ટ્રકચરને Per-Model Clipping ટૂલ દ્વારા જોડો. |
| 11:24 | આ નીચેની લિંક ઉપરનો વિડીયો સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ પ્રોજેક્ટનો સારાંશ આપે છે જો તમારું બેન્ડવિથ સારું ન હોય તો તમે તેને ડાઉલોડ કરી નિહાળી શકો છો. |
| 11:32 | અમે સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ્સ દ્વારા વર્કશોપ્સનું સંચાલન કરીએ છીએ અને સર્ટિફિકેટ્સ પણ આપીએ છીએ. વધુ માહિતી માટે અમને સંપર્ક કરો. |
| 11:39 | સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ પ્રોજેક્ટને NMEICT, MHRD, ભારત સરકાર તરફથી ભંડોળ પૂરું પાડવામાં આવે છે. |
| 11:45 | ભાષાંતર કરનાર હું શિવાની ગડા વિદાય લઉં છું. અમારી સાથે જોડાવા આભાર. |
