UCSF-Chimera/C4/Attributes/Hindi

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Revision as of 11:05, 4 July 2018 by Jayarastogi (Talk | contribs)

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Narration
00:01 Attributes पर इस ट्यूटोरियल में आपका स्वागत है।
00:05 इस ट्यूटोरियल में हम सीखेंगे परमाणुओं, रेसीड्यूज़ और मॉडल्स के ऐट्रिब्यूट्स बदलना।
00:13 B-factor वैल्यूज़ के आधार पर एक प्रोटीन में परमाणुओं को रंग करना।
00:18 kdHydrophobicity वैल्यूज़ के आदर पर रेसीड्यूज़ को रंग करना।
00:24 इस ट्यूटोरियल के अनुसरण के लिए आपको Chimera इंटरफ़ेस से परिचित होना चाहिए। यदि नहीं हैं तो सम्बंधित ट्यूटोरियल्स के लिए कृपया हमारी वेबसाइट पर जाएँ।
00:33 इस ट्यूटोरियल को रेकॉर्ड करने के लिए मैं उपयोग कर रही हूँ Ubuntu OS वर्जन 14.04, Chimera वर्जन 1.10.2, Mozilla Firefox ब्राउज़र 42.0 और एक कारकरी इन्टरनेट कनेक्शन।
00:50 यहाँ मैंने एक Chimera विंडो खोली है।
00:52 कमांड लाइन उपयोग करके Leucine zipper का स्ट्रक्चर खोलें।
00:57 कमांड टेक्स्ट बॉक्स में टाइप करें open 1zik एंटर दबाएँ।
01:05 पैनल पर मॉडल ribbons की तरह दिखता है।
01:10 Presets मेन्यू उपयोग करके डिस्प्ले को Interactive 2 में बदलें।
01:14 जल अणुओं को छिपाने के लिए कमांड लाइन पर टाइप करें delete solvent, एंटर दबाएँ।
01:22 डिस्प्ले को स्टिक्स में बदलने के लिए टाइप करें rep stick, एंटर दबाएँ।
01:30 स्ट्रक्चर में हाइड्रोजन जोड़ने के लिए टाइप करें addh .
01:36 अब हम सीखते हैं लिंक इस स्ट्रक्चर के लिए atoms और residues के ऐट्रिब्यूट्स को कैसे बदलते हैं।
01:43 Attributes नामों और वैल्यूज़ के साथ विशेषताएं होते हैं।
01:47 Chimera में आइटम्स जैसे atoms, bonds, residues और molecule models ऐट्रिब्यूट्स रखते हैं।
01:54 Attributes को बदलने के लिए भिन्न-भिन्न तरीके हैं।
01:57 Favorites मेन्यू उपयोग करके Model Panel खोलें।
02:01 स्क्रीन पर Model Panel डायलॉग बॉक्स खुलता है।
02:05 पैनल के दायीं तरफ attributes बटन पर क्लिक करें।
02:10 स्क्रीन पर 1zik के लिए Attributes डायलॉग बॉक्स खुलता है।
02:15 डायलॉग बॉक्स attribute सूची रखता है।
02:18 सूची Molecule Attributes और इसके कंपोनेंट्स Atom, bond और residue attributes रखती है।
02:28 Molecule Attributes चुनें।
02:31 उपलब्ध attributes विंडो पर सूचीबद्ध हैं।
02:35 उदाहरण के लिए – एरोमेटिक रिंग्स के डिस्प्ले को बदलने के लिए aromatic display के आगे वाले बटन पर क्लिक करें।
02:42 ड्राप-डाउन से True चुनें।
02:45 Aromatic ring style में disk चुनें।
02:49 aromatic color के आगे वाले color well पर क्लिक करें।
02:53 color editor से रंग चुनें।
02:56 डायलॉग बॉक्स बंद करें।
02:59 पैनल का निरिक्षण करें, सभी aromatic rings केंद्र में डिस्क्स के साथ दिखती हैं।
03:06 स्ट्रक्चर के डिस्प्ले को ball and stick में बदलें।
03:10 कमांड लाइन पर टाइप करें rep bs.
03:16 Attributes डायलॉग बॉक्स पर परमाणुओं की Van der Walls radii बदलें।
03:22 ball scale की वैल्यू बदलकर 0.5 करें। एंटर दबाएँ।
03:27 पैनल का निरिक्षण करें। परमाणु बहुत बड़े परमाण्विक रेडिआई के साथ दिखते हैं।
03:33 Molecular Attributes चेक बॉक्स पर दोबारा क्लिक करें।
03:38 सूची से Component Atom Attributes पर क्लिक करें।
03:43 तत्स्थानी विंडो में atom style button पर क्लिक करें।
03:48 ड्राप डाउन मेन्यू में बहुत से विकल्प हैं।
03:51 डिस्प्ले को cpk में बदलने के लिए sphere पर क्लिक करें।
03:55 पैनल का निरिक्षण करें।
03:57 डिस्प्ले में वापस जाने के लिए dot चुनें।
04:02 अब Component Bond Attributes पर क्लिक करें।
04:10 यहाँ bond style को stick या wire में बदलने के लिए विकल्प हैं।
04:13 Component Residue Attributes पर क्लिक करें।
04:17 यहाँ रिबन के ऐट्रिब्यूट्स बदलने के लिए हमारे पास विकल्प हैं।
04:22 Presets मेन्यू उपयोग करके पैनल पर स्ट्रक्चर के डिस्प्ले को ribbons में बदलें।
04:28 अब Attribute डायलॉग बॉक्स पर क्लिक करें।
04:32 Attribute डायलॉग बॉक्स में ribbon color के आगे वाले color well पर क्लिक करें. रिबन कलर को चुनें।
04:41 color editor को बंद करने के लिए close पर क्लिक करें।
04:46 ribbon और scaling के क्रॉस-सेक्शन (अनुप्रस्थ काट) को बदलने के लिए विकल्प हैं।
04:52 डायलॉग बॉक्स बंद करें।
04:55 Presets मेन्यू उपयोग करके दोबारा परमाणुओं के डिस्प्ले को बदलें।
05:00 Tools मेन्यू उपयोग करके Attributes को बदला जा सकता है।
05:03 Tools मेन्यू पर क्लिक करें, Structure Analysis तक नीचे जाएँ
05:09 और सब-मेन्यू से Render by Attribute विकल्प चुनें।
05:14 Render by attribute डायलॉग बॉक्स खुलता है।
05:17 यहाँ atoms, residues, molecules, segmentation regions आदि के ऐट्रिब्यूट्स बदलने के लिए विकल्प हैं।
05:27 atoms चुनें। Render पर क्लिक करें।
05:32 उपलब्ध विकल्पों की जाँच के लिए Attribute सूची पर क्लिक करें।
05:37 सूची दो विकल्प दिखाती है: bfactor और occupancy
05:43 ये दो ऐट्रिब्यूट्स इनपुट PDB फाइल से पढ़े जा सकते हैं।
05:48 bfactor चुनें।
05:50 रंगीन उर्ध्वाधर बार्स के साथ वैल्यूज़ का एक हिस्टोग्राम दिखेगा।
05:55 B-factor वैल्यूज़ मैक्रोमॉलिक्यूल्स में गतिशीलता की माप देती हैं।
06:01 कम B-factor वैल्यूज़ के पामाणु, स्ट्रक्चर का भाग जो सुव्यवस्थित है, से सम्बंधित हैं।
06:08 बड़े B-factor वैल्यूज़ के पामाणु, स्ट्रक्चर का भाग जो बहुत लचीला है, से सम्बंधित हैं।
06:15 प्रोटीन स्ट्रक्चर के लिए PDB फाइल B-factor जानकारी रखती है।
06:21 पैनल पर वापस आएं।
06:23 उर्ध्वाधर बार्स माउस से हिस्टोग्राम के साथ ड्रैग की जा सकती हैं।
06:29 B-factor की वैल्यू Value टेक्स्ट बॉक्स में दिखती है।
06:34 नीली उर्ध्वाधर बार को ज़ीरो तक लाल को 100 तक ड्रैग करें।
06:41 फिर सफ़ेद बार को 50 पर फिक्स करें।
06:45 Colors बटन पर क्लिक करें।
06:48 color atoms, keep opaque और color surfaces विकल्पों को चेक करें।
06:55 डिफ़ॉल्ट कलर palette blue और red है।
06:59 आप कलर palette को ड्राप-डाउन से बदल सकते हैं।
07:04 Apply बटन पर क्लिक करें।
07:07 पैनल का निरिक्षण करें। बड़े B-factor वाले परमाणु लाल में और कम वाले नीले में दिखते हैं।
07:16 अपेक्षित की तरह बड़े B-factors के परमाणु स्ट्रक्चर के बाहर की तरफ हैं।
07:22 अब रेसीड्यूज़ के ऐट्रिब्यूट्स को बदलते हैं।
07:26 Select by Attribute डायलॉग बॉक्स में, Attributes बटन पर क्लिक करें।
07:32 ड्राप डाउन से residues चुनें।
07:36 Render पर क्लिक करें।
07:38 रेसीड्यूज़ के लिए वो ऐट्रिब्यूट्स kdHydrophobicity scale रखते हैं।
07:44 ड्राप डाउन मेन्यू से kdHydrophobicity पर क्लिक करें।
07:48 हिस्टोग्राम में वैल्यूज़ दिखती हैं।
07:52 kdHydrophobicity scales वो वैल्यूज़ हैं जो एमिनो एसिड रेसीड्यूज़ की रिलेटिव hydrophobicity परिभाषित करती हैं।
08:00 KdHydrophobicity वैल्यूज़ hydrophobic residues के लिए पॉज़िटिव और polar residues के लिए नेगेटिव होती हैं।
08:09 रेसीड्यूज़ की Hydrophobicity colors या worms में देखी जा सकती है।
08:15 Colors चुनें। डिफ़ॉल्ट रूप से कुछ पैरामीटर्स चयनित हैं।
08:21 Apply बटन पर क्लिक करें। पैनल का निरिक्षण करें।
08:26 hydrophobic residues का रंग लाल और polar residues का रंग नीला होता है।
08:33 Worms बटन पर क्लिक करें. Apply पर क्लिक करें।
08:38 पैनल का निरिक्षण करें।
08:41 Worms संशोधित रिबन्स हैं जिनकी रेडियस (त्रिज्या) परिवर्तित होती है।
08:47 अधिकतर hydrophobic residues स्ट्रक्चर के अन्दर की तरफ होते हैं।
08:52 डिफ़ॉल्ट रूप से ज़्यादा hydrophobic residues बड़ी रेडियस के दिखेंगे।
09:00 स्ट्रक्चर को सामान्य ribbon में वापस जाने के लिए।
09:03 worm-style पर क्लिक करें और non-worm विकल्प चुनें।
09:09 OK बटन पर क्लिक करें।
09:12 File मेन्यू उपयोग करके Chimera सेशन बंद करें।
09:16 इसे सारांशित करते हैं। इस ट्यूटोरियल में हमने सीखा परमाणुओं, रेसीड्यूज़ और मॉडल्स के ऐट्रिब्यूट्स को बदलना।
09:25 B-factor वैल्यूज़ के आधार पर प्रोटीन में परमाणुओं को कलर करना।
09:30 kdHydrophobicity वैल्यूज़ के आधार पर रेसीड्यूज़ को कलर करना।
09:35 नियत कार्य में पैनल पर hemoglobin (PDB code: 2HCO) का मॉडल खोलें. B-factor वैल्यूज़ के आधार पर परमाणुओं को कलर करें।
09:44 kdHydrophobicity वैल्यूज़ के आधार पर रेसीड्यूज़ को कलर करें।
09:49 यह विडियो स्पोकन ट्यूटोरियल प्रोजेक्ट को सारांशित करता है। अच्छी बैंडविड्थ न मिलने पर आप इसे डाउनलोड करके देख सकते हैं।
09:56 हम स्पोकन ट्यूटोरियल्स का उपोग करके कार्यशालाएं आयोजित करते हैं और प्रमाणपत्र देते हैं।
10:04 स्पोकन ट्यूटोरियल प्रोजेक्ट NMEICT, MHRD भारत सरकार द्वारा वित्त पोषित है।
10:10 यह स्क्रिप्ट श्रुति आर्य द्वारा अनुवादित है।मैं जया आपसे विदा लेती हूँ। धन्यवाद।

Contributors and Content Editors

Jayarastogi, Shruti arya