UCSF-Chimera/C3/Structure-Analysis/Gujarati

Time	Narration
00:01	Structure Analysis પરના આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલમાં તમારું સ્વાગત છે.
00:05	આ ટ્યૂટોરિઅલમાં આપણે શીખીશું કે કેવી રીતે સ્ટ્રક્ચરમાં એટમ્સ વચ્ચેનું અંતર માપવું. હાઇડ્રોજન બોન્ડ્સને બતાવવા, નોન-પોલર ઈન્ટરેક્શન્સને ઓળખવા.
00:16	અને જુદા જુદા rotamers મેળવવા residuesમાં બોન્ડ્સને રોટેટ કરવા.
00:21	આ ટ્યૂટોરિઅલને અનુસરવા તમે Chimera ઇન્ટરફેઝના જાણકાર હોવા જોઈએ. જો તેમ નથી , તેના સંબંધિત ટ્યૂટોરિઅલ્સ માટે , અમારા વેબસાઈટની મુલાકાત લો.
00:30	અહીં હું વાપરી રહી છું : Ubuntu OS આવૃત્તિ 14.04 ,Chimera આવૃત્તિ 1.10.2 , Mozilla firefox બ્રાઉઝર 42.0 , અને એક કાર્યરત ઇન્ટરનેટ કનેક્શન.
00:46	અહીં મેં એક Chimera વિન્ડો ખોલી છે.
00:49	command line દ્વારા , Squalene Synthase.નું સ્ટ્રક્ચર ખોલો. તે એક Transferace enzyme જેનું pdb code છે 3w7f.
01:00	command line ઉપર , ટાઈપ કરો Open space 3w7f. Enter દબાવો.
01:09	panel ઉપર enzymeનું મોડેલ દ્રશ્યમાન થાય છે.
01:12	Presets menu દ્વારા ડિસ્પ્લેને Interactive 1માં બદલો.
01:18	પ્રોટીન બે નકલો રૂપે દ્રશ્યમાન થાય છે.
01:21	બંને નકલોમાંથી કોઈ એકને નાબૂદ કરવા , ટાઈપ કરો delete colon dot a , Enter દબાવો.
01:29	સોલ્વન્ટ(દ્રાવક) મોલેક્યુલ્સને સ્ટ્રક્ચરમાંથી નાબૂદ કરવા , ટાઈપ કરો delete solvent , Enter દબાવો.
01:37	આ સ્ટ્રક્ચરમાં , ligand છે farnesyl thiopyrophosphate.
01:43	Label the ligand residuesને commands દ્વારા લેબલ આપો. ટાઈપ કરો rlabel space ligand , Enter દબાવો.
01:53	અહીં બે farnesyl thiopyrophosphate: છે જેઓ સ્ટ્રક્ચરમાં ટુકાં રીતે FPS તરીકે છે.
02:01	સ્ટ્રક્ચર્સ sticks ડિસ્પ્લેમાં દેખાય છે.
02:05	સ્ટ્રક્ચરને રોટેટ કરો અને ઝૂમ-ઈન કરો.
02:08	એવી કેટલીક સાઈડ-ચેઇન્સ છે, જે FPS ના phosphate oxygensને hydrogen bondsનું દાન કરે છે.
02:15	સાઈડ-ચેઇન રેસિડ્યુઝમાં એટમ્સ ઉપર કર્સર મુકો.
02:21	Serine 21 રેસિડ્યુનું સ્થાન મેળવો .
02:23	હવે, ચાલો Serine 21ના oxygen અને સૌથી નજીકના FPS.ના phosphate oxygen વચ્ચેનું અંતર માપીએ.
02:32	અંતર માપવા ,Serine 21 રેસિડયુના oxygen ને સિલેક્ટ કરો.
02:37	CTRL કીને દબાવી રાખો તે દરમ્યાન Serine 21.ની સાઈડ ચેઇન oxygenને ક્લિક કરો.
02:43	CTRL અને Shift કીઝને એકસાથે દબાવી રાખો તે દરમ્યાન , FPSના સૌથી નજીકના phosphate oxygen ઉપર બે વાર ક્લિક કરો.
02:52	context menu માંના Show Distance ને સિલેક્ટ કરો.
02:56	પેનલને ધ્યાનથી જુઓ. બંને એટમ્સ વચ્ચેનું અંતર દ્રશ્યમાન થયું છે. હવે પસંદગીને સાફ કરો.
03:04	આજ પ્રમાણે , Tyrosine ની સાઈડ ચેઇન oxygen અને તે જ FPS.ના phosphate oxygen વચ્ચેનું પણ અંતર માપો.
03:15	hydrogen bonds સાથે અંતર એકધારું જ રહે છે.
03:20	દાતા અને સ્વીકારનાર સાથેના Hydrogen bonds ના અંતરો જે 2.2 to 2.5 Angstroms હોય તેને મજબૂત તરીકે , 2.5 to 3.2 ને મધ્યમ અને 3.2 to 4.0ને નબળા તરીકે વર્ગીકૃત કરવામાં આવેલ છે.
03:36	હવે , Select મેનુ દ્વારા ligandને સિલેક્ટ કરો.
03:40	રેસિડયુ વિકલ્પ સુધી નીચે સ્ક્રોલ કરો , સબ-મેનુમાંથી FPS ઉપર ક્લિક કરો.
03:46	FPS દ્વારા બનતા hydrogen bonds ને શોધવાનો સૌથી સરળ માર્ગ છે :Tools મેનુમાંથી Find Hydrogen bond વિશેષતાનો ઉપયોગ કરવો .
03:55	Structure Analysis વિકલ્પમાં FindHbond ઉપર ક્લિક કરો.
04:01	એક H-Bond Parameters ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે.
04:05	colored box ઉપર ક્લિક કરી hydrogen bondનો રંગ નક્કી કરો.
04:09	થોડી જાડી લાઈન માટે લાઈનની પહોળાઈ 3.0 નક્કી કરો.
04:13	Label Hydrogen bond with distanceની સામે રહેલ ચેક બોક્સ ઉપર ક્લિક કરો.
04:21	Only find H-bonds with at least one end selected. ઉપર ક્લિક કરો.
04:26	અને Write information to reply log ઉપર ક્લિક કરો.
04:31	OK બટન ઉપર ક્લિક કરો.
04:33	પેનલને ધ્યાનથી જુઓ . Hydrogen bonds હવે pseudo bonds તરીકે આપણે દર્શાવેલ રંગ અને લાઈનની પહોળાઈ સાથે દેખાય છે.
04:42	આ બોન્ડ્સ વિશેની માહિતીઓ Reply log ઉપર જોઈ શકાય છે.
04:45	Favorites menu દ્વારા Reply log ને ખોલો.
04:49	પ્રત્યેક hydrogen bond વિશેની માહિતી અહીં આપેલ છે.
04:53	ડાયલોગ બોક્સ બંધ કરો.
04:55	જો તમે સ્ટ્રક્ચરમાંથી hydrogen bonds' ને કાઢી નાખવા માનતા હોવ તો ,કમાન્ડ લાઈન ઉપર ટાઈપ કરો : The Tilda symbol તે પછી hbond Enter દબાવો.
05:07	વિકલ્પની નીચે આવેલા Tools મેનુમાં બીજી અન્ય વિશેષતા રહેલ છે .
05:13	તે છે Findclashes/contacts.એક dialog box ખુલે છે.
05:19	આ વિશેષતા નોન-પોલર ઈન્ટરેક્શન્સ(ક્રિયા-પ્રતિક્રિયાઓ) જેવી કે Clashes અને Contactsને ઓળખી આપે છે.
05:26	Clashes એવા પ્રતિકૂળ ઈન્ટરેક્શન્સ છે જ્યાં એટમ્સ એકબીજાની ખુબ જ નજીક હોય છે.
05:33	Contacts સીધા ઈન્ટરેક્શન્સ છે : પોલર અને નોન-પોલર , અનુકૂળ અને પ્રતિકૂળ(કલેશીસને સમાવતા)
05:43	ચાલો બીજા બધા એટમ્સ સાથે FPS રેસિડયુઝના contactsને ઓળખીએ.
05:48	FPS રેસિડયુને Select મેનુ દ્વારા સિલેક્ટ કરીએ.
05:52	Find Clashes/Contacts ડાયલોગ બોક્સમાં Designate ઉપર ક્લિક કરો.
05:58	તે 48 atoms designated.બતાવે છે.
06:02	“All other atoms”ની સામે આવેલા રેડિયો બટન ઉપર ક્લિક કરો.
06:06	Clash/Contact Parameters ને ડિફોલ્ટ Contact.માં સેટ કરો.
06:11	Treatment of Clash/Contact Atoms, ની નીચે આવેલા ચેક બોક્સમાંથી આ મુજબ ક્લિક કરો : Select Draw pseudo-bonds If endpoint atom hidden And Write information to reply log
06:27	OK બટન ઉપર ક્લિક કરો. પેનલને ધ્યાનથી જુઓ.
06:32	FPS રેસિડ્યુઝના બધા જ કોન્ટેક્ટ્સ દેખાય છે.
06:37	Reply Log.ને ખોલો. Atom-atom contacts અહીં સૂચિત થાય છે.
06:44	dialog boxને બંધ કરો.
06:46	હવે ચાલો થોડા clashes.ને દ્રશ્યમાન કરીએ.
06:49	ચાલો આ રેસિડયુ Tyrosine 248 ઉપર ધ્યાન કેન્દ્રિત કરીએ.
06:54	command line ઉપર ટાઈપ કરો : focus space colon 248, Enter દબાવો.
07:03	પસંદગીને સાફ કરો.
07:06	હવે Tyrosine 248 residue.ને સિલેક્ટ કરો.
07:10	CTRL કી ને પકડી રાખી હોય તે દરમ્યાન,Tyrosine 248.માં કોઈ પણ એટમને ક્લિક કરો.
07:15	સંપૂર્ણ મોલેક્યુલને સિલેક્ટ કરવા keyboard ઉપર up arrow ને દબાવો.
07:20	હવે આપણે સાઈડ-ચેઇન Tyrosine 248ને ઈન્ટરેક્ટીવલી રોટેટ કરીશું અને Clashes માટે ચેક કરીશું.
07:27	Tyrosine 248ના રેસિડ્યુઝને 4 Angstromsની અંદર દ્રશ્યમાન કરો.
07:32	તે દ્રશ્યમાન કરવા command line ઉપર ટાઈપ કરો :disp space colon 248 space z less than four. (disp :248 z<4) , Enter દબાવો.
07:45	clashesને દ્રશ્યમાન કરવા , Tools મેનુમાંથી FindClashes/Contacts વિકલ્પને સિલેક્ટ કરો.
07:53	Designate ઉપર ક્લિક કરો.
07:55	“All other atoms”ની સામે આવેલા બટન ઉપર ક્લિક કરો.
07:59	Clash/Contact Parameters ને Clashમાં સેટ કરો. Treatment of Clash/Contact Atoms ને Select , Draw pseudobonds , If end point atom hidden.
08:11	અને Frequency of Checking ને Continuouslyમાં સેટ કરો.
08:15	ડાયલોગ બોક્સને છુપાવી દો.
08:18	Tyrosine 248ની સાઈડ-ચેઇનને ઈન્ટરેક્ટીવલી રોટેટ કરવા;
08:22	CTRL કી દબાવી રાખી હોય ત્યારે આ ribbon સાથે જોડાયેલ બોન્ડ ઉપર બે વાર ક્લિક કરો.
08:29	context menuમાંથી rotate bond વિકલ્પને પસંદ કરો.
08:33	એક Build structure ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે.
08:36	પોઇન્ટરને dial ઉપર ડ્રેગ કરી બોન્ડને રોટેટ કરો.
08:41	વૈકલ્પિક રીતે , કાળા એરોહેડસને ખૂણાના માપ બદલવા ક્લિક કરો.
08:47	panelને ધ્યાનથી જુઓ. જેવી સાઈડ-ચેઇન ખસે છે , નવા pseudo-bonds બને છે અથવા અદ્રશ્ય થાય છે.
08:55	બોન્ડને તેની અસલ જગ્યાએ પાછું રાખવા : Bond નીચેની ઇન્ટરી ઉપર ક્લિક કરો. Revertને પસંદ કરો.
09:03	ફરી વખત બોન્ડ ઉપર ક્લિક કરો પછી બોન્ડ રોટેટ ન થઇ શકે તે કરવા તેને Deactivate કરો.
09:09	dialog boxને બંધ કરો.
09:11	Tools મનુમાં રહેલ વિકલ્પોનો ઉપયોગ કરી આપણે Tyrosine 248ના બધા rotamersને સરખાવી શકીએ.
09:18	પ્રથમ તો Tryrosine 248.ને સિલેક્ટ કરો.
09:22	Tools મેનુ ઉપર ક્લિક કરો , Structure editing સુધી નીચે સ્ક્રોલ કરો.
09:26	Rotamers વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો.
09:29	Rotamer ડાયલોગ બોક્સમાં , rotamer libraryમાંથી Dunbrackને સિલેક્ટ કરો.
09:36	OK બટન ઉપર ક્લિક કરો.
09:38	પેનલ ઉપર rotamers, wire તરીકે પ્રસ્તુત થાય છે.
09:43	અન્ય બીજો ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે. rotamerને દ્રશ્યમાન કરવા ડાયલોગ બોક્સમાં લાઇન્સ ઉપર ક્લિક કરો. panelને ધ્યાનથી જુઓ.
09:52	આપણે rotamers માટે Clash અને hydrogen bondsને પણ શોધી શકીએ છીએ.
09:58	Columns ઉપર ક્લિક કરો ,પછી Add. Clashes સિલેક્ટ કરો.
10:03	ડાયલોગ બોક્સમાં OK બટન ઉપર ક્લિક કરો.
10:06	હવે હાઇડ્રોજન બોન્ડ્સને ઉમેરવા  : Columns ઉપર ક્લિક કરો , Add, and select hydrogen bonds સુધી નીચે સ્ક્રોલ કરો.
10:15	Hydrogen bonds ડાયલોગ બોક્સમાં OK ઉપર ક્લિક કરો.
10:19	ડાયલોગ બોક્સને ધ્યાનથી જુઓ , બે નવી કૉલમ્સ ઉમેરાયેલી છે.
10:24	હવે પ્રત્યેક rotamer કેટલાક Clashes બનાવે છે પણ hydrogen bonds નથી બનાવતા.
10:30	જુદા-જુદા રેસિડયુમાં બોન્ડ્સને રોટેટ કરી rotamersને શોધવાનો પ્રયત્ન કરો.
10:35	ચાલો સારાંશ જોઈએ . આ ટ્યૂટોરિઅલમાં આપણે શીખ્યા - સ્ટ્રક્ચરમાં એટમ્સ વચ્ચેનું અંતર માપવું.
10:43	હાઇડ્રોજન બોન્ડ્સને બતાવવા, નોન-પોલર ઈન્ટરેક્શન્સને ઓળખવા.
10:48	clashes અને contactsને મેળવવા રેસિડ્યુઝમાં બોન્ડ્સને રોટેટ કરવા અને જુદા જુદા rotamersની સરખામણી કરી.
10:56	અભ્યાસ માટે , Squalene Synthase ખોલો , pdb code 3w7f .
11:03	Tyrosine 41 રેસિડયુમાં Clashes અને Contactsને મેળવવા બોન્ડ્સને રોટેટ કરો. અને rotamersને સરખાવો.
11:11	આ નીચેની લિંક ઉપરનો વિડીયો સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ પ્રોજેક્ટનો સારાંશ આપે છે. તેને ડાઉલોડ કરો અને નિહાળો.
11:17	અમે સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ્સ દ્વારા વર્કશોપ્સનું સંચાલન કરીએ છીએ અને સર્ટિફિકેટ્સ પણ આપીએ છીએ. વધુ માહિતી માટે અમને સંપર્ક કરો.
11:27	સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ પ્રોજેક્ટને NMEICT, MHRD, ભારત સરકાર તરફથી ભંડોળ પૂરું પાડવામાં આવે છે. આ યોજના માટે વધુ માહિતી આ આપેલ લિંક ઉપર ઉપલબ્ધ છે.
11:37	ભાષાંતર કરનાર હું શિવાની ગડા વિદાય લઉં છું. અમારી સાથે જોડાવા આભાર.

Contributors and Content Editors

Shivanigada