UCSF-Chimera/C2/Picking-and-Selection/Hindi

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Revision as of 17:27, 13 April 2018 by Sakinashaikh (Talk | contribs)

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Narration
00:01 Chimera का उपयोग करके 'Picking and Selection' पर इस ट्यूटोरियल में आपका स्वागत है
00:06 इस ट्यूटोरियल में हम सीखेंगे परमाणुओं और 'residues' के लिए लेबल्स दिखाना
00:12 'Select menu' का प्रयोग करके या 'Picking' द्वारा परमाणुओं और 'residues' को चुनना
00:17 'residues' का रंग और प्रदर्शन बदलना
00:21 परमाणुओं को जोड़ना, मिटाना या बदलना, बॉन्ड्स को घुमाना
00:27 डिस्प्ले विंडो पर एक से अधिक मॉडल खोलें. मॉडल को चुने और मूव करें
00:34 इस ट्यूटोरियल का अनुसरण करने के लिए आपको स्नातक स्तर की 'Biochemistry' का ज्ञान होना चाहिए
00:40 या 'structural biology' से परिचित होना चाहियें, सम्बंधित ट्यूटोरियल्स के लिए कृपया हमारी वेब साईट पर जाएँ
00:47 इस ट्यूटोरियल को रिकॉर्ड करने के लिए मैं 'Ubuntu Operating System' वर्जन 14.04 का उपयोग कर रही हूँ
00:52 'Chimera' वर्जन 1.10.2
00:57 'Mozilla firefox' ब्राउज़र 35.0
01:01 और एक कार्यकारी इन्टरनेट कनेक्शन
01:04 यहाँ मैंने एक 'Chimera window' खोली है
01:07 'rapid access window' पर, अभी उपयोग किये डेटा की सूची से '1zik ' पर क्लिक करें
01:15 'graphics window' पर 'Leucine zipper' का एक मॉडल खुलता है
01:20 किसी संरचना के अलग अलग अवयवों जैसे कि: रेज़िडियु, परमाणु, बॉन्ड्स आदि में 'Chimera' में उपलब्ध टूल्स प्रयोग करके संशोधन किया जा सकता है
01:31 पहला स्टेप चुनाव करना होता है
01:34 चुनने के भिन्न भिन्न तरीके होते हैं: मेनू बार में 'Select' मेनू का प्रयोग करके
01:40 'graphics' विंडो से 'Picking'
01:43 कमांड लाइन पर कमांड टाइप करके, या 'Favorites' मेनू में उपस्थित 'Model Panel' और 'Sequence' विकप्ल चुनकर
01:53 chimera विंडो पर वापस जाएँ
01:55 'Leucine zipper' मोटिफ 'leucine' रेज़िडियु का पीरिऑडिक दोहराव से बनता है
02:02 अब मैं दर्शाउंगी कि इस संरचना में उपस्थित 'leucine' को किस प्रकार हाईलाइट करना है
02:08 प्रीसेट मेनू से 'interactive 2' विकल्प चुनें
02:12 'Select' मेनू से 'Residue' विकप्ल चुनिए
02:20 सब-मेनू में बहुत से विकल्प हैं
02:23 एमिनो एसिड केटेगरी मेनू में एमिनो एसिड्स इस प्रकार वर्गित हैं: 'aliphatic', 'aromatic', 'hydrophobic', 'polar' इत्यादि
02:34 इस संरचना में उपस्थित एमिनो एसिड रेज़ीडियुज़ की सूची मानक एमिनो एसिड मेनू में उपलब्ध है

'leucine' पर क्लिक करें

02:42 सारे 'leucine' रेज़ीडियुज़ अब हाईलाइट हो जाते हैं
02:46 'actions' मेनू पर क्लिक करें और 'color' चुनें
02:49 मैं रंगों की सूची से पीला चुनुंगी, सभी 'leucines' अब पीले रंग में प्रदर्शित हैं
02:57 चुनाव को हटाने के लिए 'Select' मेनू पर क्लिक करें, उसके बाद 'Clear selection' विकप्ल पर क्लिक करें
03:03 ‘Leucine’ 'hydrophobic' होने के कारण प्रोटीन के 'hydrophobic' कोष में भरा होता है
03:09 प्रीसेट विकल्प का प्रयोग करके प्रदर्शन को रिबंस में बदलें, 'Interactive 1’ पर क्लिक करें
03:17 स्क्रीन से रेज़िडियु चुनने के लिए: कर्सर को संरचना के ऊपर घुमायें
03:22 पहचान सकने वाली जानकारी के साथ एक 'pop-up balloon' दिखाई देता है
03:26 इसमें 'residue' का नाम, नंबर और चेन जैसी जानकारी होती है
03:32 जब आप कर्सर चलाते हैं तो 'balloon' अद्रश्य हो जाता है
03:36 कर्सर को चेन A के पहले 'residue' पर लायें, वह 'arginine' है
03:41 कीबोर्ड की CTRL की (key) को दबाएँ रखें और माउस के बाएं बटन को क्लिक करें

CTRL की को छोड़ें

03:49 डिफ़ॉल्ट रूप से चुनाव हरे रंग में रूपरेखित होता है
03:57 यदि आप एक से ज्यादा चुनना चाहते हैं; कीबोर्ड की CTRL और shift दोनों की को दबाएँ रखें
04:04 जो 'residues' आप चुनना चाहते हैं उस पर क्लिक करें
04:10 कीबोर्ड से CTRL और shift दोनों कीज़ को छोड़ें
04:14 अब आपने रेज़िडियु को संशोधन के लिए चुन लिया है
04:18 'Actions' मेनू पर क्लिक करें
04:23 उदहारण के लिए, परमाणुओं को दर्शाने के लिए 'atoms/bonds' चुनें

'Show' पर क्लिक करें

04:30 चुने हुए रेज़ीडियुज़ अब परमाणुओं के प्रदर्शन में दिखाई देतें है, चुनाव को क्लियर करें
04:36 हम 'Picking' से संरचना में उपस्थित परमाणुओं या बॉन्ड्स में परिवर्तन कर सकते हैं
04:42 कर्सर को एक ऑब्जेक्ट जैसे एक परमाणु या बॉन्ड पर रखें
04:47 यह अपनी लेबल की जानकारी एक 'atomspec balloon' में दिखायेगा
04:52 परमाणु के लिए 'Atomspec balloon' में ऐसी जानकारी होती है जैसे: 'Residue' का नाम, नंबर, चेन और परमाणु का नाम
05:01 परमाणु को चुनने के लिए कीबोर्ड की CTRL की(key) को दबाएँ रखें
05:06 CTRL की को दबाये रखते समय उस परमाणु पर क्लिक करें जिसे आप बदलना चाहते हों
05:11 परमाणु अब हाईलाइट हो जाता है, परमाणु में संशोधन करने के लिए CTRL की को दबाकर रखते हुए परमाणु पर डबल क्लिक करें
05:20 'context menu' विकल्पों के साथ खुलता है
05:24 CTRL की छोड़ें |
05:30 'Build Structure' विंडो खुलती है
05:33 चुने हुए परमाणु को बदलते हैं अर्थात नाइट्रोजन को मिथायल ग्रुप में
05:38 'Build Structure' विंडो मे ‘element’ में ‘carbon’, ‘bonds’ में 4 और ‘apply’ बटन पर क्लिक करें
05:49 पेनल को देखें
05:51 मिथायल ग्रुप अब मौजूदा संरचना में जुड़ गया है

विंडो बंद कर दें

05:57 बॉन्ड्स को घुमाने का भी एक विकल्प है
06:00 जिस बॉन्ड को आप घुमाना चाहते हैं उसके ऊपर कर्सर को घुमायें
06:04 बॉन्ड से सम्बंधित जानकारी 'atomspec balloon' में दिखाई देती है
06:09 बॉन्ड चुनने के लिए कर्सर को बॉन्ड पर रखें
06:13 माउस के बाएं बटन को क्लिक करें
06:18 CTRL की को दबाकर रखते हुए बॉन्ड पर डबल क्लिक करें
06:26 कीबोर्ड पर CTRL की को छोड़ें
06:29 'context-menu' खुलता है, 'rotate bond' विकल्प पर क्लिक करें
06:35 स्क्रीन पर 'Build Structure' डायलॉग बॉक्स दिखाई देता है
06:39 डायलॉग बॉक्स में उपस्थित रोटेटिंग टूल को क्लिक और रोटेट करें
06:46 पैनल को देखें, चुना गया बॉन्ड अब घूम रहा है
06:51 जब आप वांछित कोण पर पहुँच जाएँ तो घुमाना बंद कर दें, डायलॉग बॉक्स बंद करें
06:57 हम चेन्स को हाईलाइट करने के लिए टूल मेनू के 'Sequence' विकल्प का भी उपयोग कर सकते हैं
07:05 टूल्स मेनू में नीचे जाएँ और 'Sequence' विकल्प पर क्लिक करें
07:10 सब-मेनू से 'Sequence' चुने
07:13 'Show model sequence' डायलॉग बॉक्स दिखाई देता है
07:17 उसके बाद 'show' पर क्लिक करें
07:23 स्क्रीन पर एमिनो एसिड सीक्वेंस के साथ एक अन्य डायलॉग बॉक्स दिखाई देता है
07:28 ‘amino acid residues' सिंगल अक्षर की तरह प्रस्तुत होते हैं
07:34 चुनने के लिए सीक्वेंस पर क्लिक करें
07:37 'Chain A' अब हाईलाइट हो जाती है
07:41 विंडो बंद करने के लिए ‘Quit’ पर क्लिक करें
07:44 पीले विकल्प पर क्लिक करें|
07:50 चुनाव को हटाएँ
07:55 हम 'Chimera window' पर एक से ज्यादा संरचनाएं खोल सकते हैं
07:59 दूसरी संरचना खोलने के लिए: फाइल मेनू में ऊपर से नीचे जाएँ
08:03 'Fetch by ID' पर क्लिक करें
08:06 'Fetch structure by ID' डायलॉग बॉक्स खुलता है
08:11 फिर 4 अक्षर 'PDB code' टाइप करें

उदहारण के लिए, 'human insulin' निकालने के लिए, 4ex1 टाइप करें

08:23 fetch बटन पर क्लिक करें
08:25 पैनल पर दो प्रोटीन संरचनायें एक दुसरे के ऊपर आ जाती हैं
08:29 दो क दुसरे पर आई संरचनाओं को अलग करने के लिए: हमें एक मॉडल को चयनपुर्वक पैनल पर लाना होता है
08:36 'favorites' मेनू उपयोग करके 'Command line' खोलें
08:39 'Command line' विंडो के निचले हिस्से में दिखाई देती है
08:43 मॉडल ज़ीरो को अनचेक करने के लिए क्लिक करें, जो 'leucine zipper' को प्रदर्शित करता है
08:48 कर्सर को 'insulin' संरचना पर लायें: माउस का मध्य बटन दबाएँ
08:54 फिर मॉडल को पैनल पर इच्छित जगह तक लाने के लिए खींचें

माउस बटन को छोड़ें

09:01 मॉडल को चयनपुर्वक स्क्रीन से हटाने के लिए: 'Favorites' मेनू का उपयोग करके मॉडल पैनल खोलें
09:08 'Model Panel' डायलॉग बॉक्स दिखता है
09:11 जिस मॉडल को आप हटाना चाहते हैं उसे 'model ID' पर क्लिक करके चुनें
09:16 जैसे कि मैं स्क्रीन से 'insulin' मॉडल हटाना चाहती हूँ
09:21 क्लोज विकल्प पर क्लिक करें
09:26 'insulin' का मॉडल स्क्रीन से हट गया है
09:32 मॉडल पैनल विंडो को बंद करें
09:34 हम इस ट्यूटोरियल के अंत में आ गए हैं
09:37 जो हमने सिखा है उसे सारांशित करते हैं
09:40 इस ट्यूटोरियल में हमने परमाणुओं’ और 'residues' को लेबल करना सीखा
09:46 'Select menu' का प्रयोग करके या 'Picking' द्वारा परमाणुओं और रेज़ीडियुज़ को चुनना
09:51 'residues' का रंग और प्रदर्शन बदलना
09:55 परमाणुओं को जोड़ना , मिटाना या बदलना , बॉन्ड्स को घुमाना
10:00 मॉडल को चुनना और मूव करना
10:06 नियत कार्य के लिए chimera विंडो पर 'human insulin', 'pdb code 4ex1' की संरचना खोलें,
10:14 सभी 'hydrophobic' एमिनो एसिड्स 'residues' को नीले रंग में रंगें
10:19 सभी 'polar residues' को लाल रंग में रंगें
10:23 आपका पूरा नियत कार्य निम्न प्रकार दिखना चाहिए
10:29 निम्न लिंक पर उपलब्ध वीडीयो स्पोकन ट्यूटोरियल प्रोजेक्ट को सारांशित करता है

कृपया इसको डाउनलोड करके देखें

10:36 स्पोकन ट्यूटोरियल प्रोजेक्ट टीम कार्यशालाएं चलाती है और ऑनलाइन टेस्ट पास करने वालों को प्रमाणपत्र देती है

अधिक जानकारी के लिए हमें लिखें

10:45 स्पोकन ट्यूटोरियल प्रोजेक्ट NMEICT, MHRD, भारत सरकार द्वारा वित्तपोषित है

इस मिशन पर अधिक जानकारी दिए हुए लिंक पर उपलब्ध है

10:55 आई आई टी बॉम्बे से मैं श्रुति आर्य आपसे विदा लेती हूँ, हमसे जुड़ने के लिए धन्यवाद

Contributors and Content Editors

Sakinashaikh, Shruti arya