Difference between revisions of "UCSF-Chimera/C2/Picking-and-Selection/Gujarati"

From Script | Spoken-Tutorial
Jump to: navigation, search
 
Line 91: Line 91:
 
| '''Leucine zipper''' મોટિફ(થીમ), '''leucine''' રેસિડ્યુઝ(અવશેષો)ના સામયિક પુનરાવર્તનનો સમાવેશ કરે છે.
 
| '''Leucine zipper''' મોટિફ(થીમ), '''leucine''' રેસિડ્યુઝ(અવશેષો)ના સામયિક પુનરાવર્તનનો સમાવેશ કરે છે.
  
|-પણ
+
|-
 
| 02:02
 
| 02:02
 
| હવે હું નિર્દેશ કરીશ કે આ સ્ટ્રક્ચરમાં હાજર રહેલ '''leucine''' રેસિડ્યુઝ કેવી રીતે હાઈલાઈટ કરવા.
 
| હવે હું નિર્દેશ કરીશ કે આ સ્ટ્રક્ચરમાં હાજર રહેલ '''leucine''' રેસિડ્યુઝ કેવી રીતે હાઈલાઈટ કરવા.
Line 103: Line 103:
 
| આ સ્ટ્રક્ચરને એટમ્સ ડિસ્પ્લેમાં પરિવર્તિત કરશે. ''' Select''' મેનુમાંથી '''Residue''' વિકલ્પને પસંદ કરો.
 
| આ સ્ટ્રક્ચરને એટમ્સ ડિસ્પ્લેમાં પરિવર્તિત કરશે. ''' Select''' મેનુમાંથી '''Residue''' વિકલ્પને પસંદ કરો.
  
|-પણ
+
|-
 
| 02:20
 
| 02:20
 
| સબ-મેનુમાં ઘણા વિકલ્પો રહેલ છે.
 
| સબ-મેનુમાં ઘણા વિકલ્પો રહેલ છે.
Line 120: Line 120:
  
 
|-
 
|-
| 02:46પણ
+
| 02:46
 
| '''actions ''' મેનુ ઉપર ક્લિક કરો , '''color''' સિલેક્ટ કરો.
 
| '''actions ''' મેનુ ઉપર ક્લિક કરો , '''color''' સિલેક્ટ કરો.
  
Line 172: Line 172:
  
 
|-
 
|-
| 04:04પણ
+
| 04:04
 
| પેપ્ટાઈડ ચૈન ઉપર માઉસ ને ફેરવો. તમે જે પણ '''residues'''ને ચૂંટવા માંગતા હોવ તેના ઉપર ક્લિક કરો.
 
| પેપ્ટાઈડ ચૈન ઉપર માઉસ ને ફેરવો. તમે જે પણ '''residues'''ને ચૂંટવા માંગતા હોવ તેના ઉપર ક્લિક કરો.
  
Line 192: Line 192:
  
 
|-
 
|-
| 04:30પણ
+
| 04:30
 
| સિલેક્ટ કરેલા રેસિડ્યુઝ હવે એટમ્સ ડિસ્પ્લેમાં દેખાય છે. પસંદગીને નાબૂદ કરો.
 
| સિલેક્ટ કરેલા રેસિડ્યુઝ હવે એટમ્સ ડિસ્પ્લેમાં દેખાય છે. પસંદગીને નાબૂદ કરો.
  
Line 204: Line 204:
  
 
|-
 
|-
| 04:47પણ
+
| 04:47
 
| તે '''atomspec balloon'''માં તેની લેબલ ઇન્ફોર્મેશન બતાવશે.
 
| તે '''atomspec balloon'''માં તેની લેબલ ઇન્ફોર્મેશન બતાવશે.
  

Latest revision as of 15:28, 9 January 2018

Time
Narration
00:01 કાઇમેરાના ઉપયોગ દ્વારા Picking and Selection ના આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલમાં તમારું સ્વાગત છે.
00:06 આ ટ્યૂટોરિઅલમાં આપણે atoms અને residuesના લેબલ્સ બતાવતા શીખીશું.
00:12 atoms અને residues ને Select menu દ્વારા અથવા Picking દ્વારા સિલેક્ટ કરવા.
00:17 residuesના રંગ અને દેખાવ બદલવા.
00:21 atoms ઉમેરવા,કાઢવા અથવા બદલવા , બોન્ડ્સને રોટેટ કરવા.
00:27 ડિસ્પ્લે વિન્ડોમાં એક કરતા વધુ મોડેલ ખોલવા. મોડેલને સિલેક્ટ અને મુવ કરવા.
00:34 આ ટ્યૂટોરિઅલને અનુસરવા તમને Undergraduate Biochemistryનું જ્ઞાન હોવું જરૂરી છે
00:40 અથવા તમે structural biologyના જાણકાર હોવા જોઈએ . તેને સંબંધિત ટ્યૂટોરિઅલ્સ માટે , અમારી વેબસાઈટની મુલાકાત લો.
00:47 આ ટ્યૂટોરિઅલને રેકોર્ડ કરવા હું Ubuntu Linux OS આવૃત્તિ 14.04,
00:52 Chimera આવૃત્તિ 1.10.2,
00:57 Mozilla Firefox બ્રાઉઝર 35.0.
01:01 અને કાર્યરત ઇન્ટરનેટ કનેક્શનનો ઉપયોગ કરી રહી છું.
01:04 અહીં મેં Chimera window ખોલી છે.
01:07 rapid access window ઉપર,તાજેતરમાં ઉપયોગમાં લીધેલ ડેટાની સૂચિમાંથી 1zik ઉપર ક્લિક કરો.
01:15 Leucine zipperનું મોડેલ graphics window ઉપર ખુલે છે.
01:20 સ્ટ્રકચરના અલગ-અલગ કમ્પોનંટ્સ(ઘટકો) જેવાકે : residues, atoms, bonds વગેરેમાં Chimeraમાં ઉપલબ્ધ રહેલ ટૂલ્સ દ્વારા બદલાવ કરી શકાય છે.
01:31 પ્રથમ પગલું છે સિલેક્શન.
01:34 સિલેક્શન કરવાના ઘણા જુદા-જુદા માર્ગ છે :   મેનુ બારમાંના Select મેનુનો ઉપયોગ કરી.
01:40 graphics window માંથી Picking કરી .
01:43  કમાન્ડ લાઈનમાં કમાન્ડ ટાઈપ કરી . અથવા Favorites મેનુમાં રહેલ Model Panel અને Sequence વિકલ્પને પસંદ કરી  .
01:53 કાઇમેરા વિન્ડો ઉપર પાછા જઈએ.
01:55 Leucine zipper મોટિફ(થીમ), leucine રેસિડ્યુઝ(અવશેષો)ના સામયિક પુનરાવર્તનનો સમાવેશ કરે છે.
02:02 હવે હું નિર્દેશ કરીશ કે આ સ્ટ્રક્ચરમાં હાજર રહેલ leucine રેસિડ્યુઝ કેવી રીતે હાઈલાઈટ કરવા.
02:08 પ્રિસેટ મેનુમાંથી interactive 2 વિકલ્પને પસંદ કરો.
02:12 આ સ્ટ્રક્ચરને એટમ્સ ડિસ્પ્લેમાં પરિવર્તિત કરશે. Select મેનુમાંથી Residue વિકલ્પને પસંદ કરો.
02:20 સબ-મેનુમાં ઘણા વિકલ્પો રહેલ છે.
02:23 અમીનો એસિડ કેટેગરી મેનુ અમીનો સમૂહ ધરાવે છે જેમકે : aliphatic, aromatic, hydrophobic, polar વગેરે.
02:34 મૂળભૂત અમીનો એસિડ મેનુ સ્ટ્રક્ચરમાં હાજર રહેલ અમીનો એસિડ રેસિડ્યુઝની સૂચિ ધરાવે છે.leucine ઉપર ક્લિક કરો .
02:42 બધા leucine રેસિડ્યુઝ હવે પ્રકાશિત થતા દેખાય છે.
02:46 actions મેનુ ઉપર ક્લિક કરો , color સિલેક્ટ કરો.
02:49 હું રંગોની સૂચિમાંથી પીળો  રંગ સિલેક્ટ કરીશ.બધા જ leucines હવે પીળા રંગમાં દેખાય છે.
02:57 પસંદગીને નાબૂદ કરવા , Select મેનુને ક્લિક કરો. પછી Clear selection વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો.
03:03 Leucine એ એક hydrophobic હોવાથી તે પ્રોટીનના hydrophobic કોરમાં પેક થઇ જાય છે.
03:09 હવે પ્રિસેટ વિકલ્પ દ્વારા દેખાવને રિબિનસમાં બદલીએ.Interactive 1 ઉપર ક્લિક કરીએ.
03:17 સ્ક્રીન ઉપરથી residue ચૂંટવા : સ્ટ્રક્ચર ઉપર કર્સરને લઇ જઈ ફરાવો.
03:22 ઓળખાણ આપતી માહિતી સાથે એક pop-up balloon દૃશ્યમાન થાય છે.
03:26 તે માહિતી જેવી કે residue name , residue number અને Chain ધરાવે છે.
03:32 કર્સર ખસેડતા જ આ balloon ગાયબ થઇ જાય છે.
03:36 chain A ઉપરના પ્રથમ residueઉપર કર્સરને લઇ આવો , જે છે arginine.
03:41 કિબોર્ડ ઉપર CTRL કીને પ્રેસ કરી પકડી રાખો અને ડાબા માઉસ બટનને ક્લિક કરો. CTRL કી ને છોડી દો.
03:49 residueની આઉટલાઈન(રૂપરેખા) હાઈલાઈટ થાય છે. મૂળભૂત રીતે આ આઉટલાઇનની પસંદગી લીલા રંગની થયેલ હોય છે.
03:57 જો તમે એક કરતા વધુ residueને સિલેક્ટ કરવા માંગતા હોવ તો ; કીબોર્ડ ઉપર CTRL અને  shift આ બંને કીઝને પ્રેસ કરી પકડી રાખો.
04:04 પેપ્ટાઈડ ચૈન ઉપર માઉસ ને ફેરવો. તમે જે પણ residuesને ચૂંટવા માંગતા હોવ તેના ઉપર ક્લિક કરો.
04:10 કિબોર્ડ ઉપરના CTRL અને Shift કીઝને હવે છોડી દો.
04:14 તો હવે તમે રેસિડ્યુઝને પીક કરી દીધા છે તેમાં બદલાવ કરવા.
04:18 Actions મેનુમાંથી વિકલ્પ પસંદ કરો. Actions મેનુ ઉપર ક્લિક કરો.
04:23 ઉદાહરણ તરીકે એટમ્સને ડિસ્પ્લે માટે , atoms/bondsને પસંદ કરો. Show ઉપર ક્લિક કરો.
04:30 સિલેક્ટ કરેલા રેસિડ્યુઝ હવે એટમ્સ ડિસ્પ્લેમાં દેખાય છે. પસંદગીને નાબૂદ કરો.
04:36 Picking દ્વારા આપણે સ્ટ્રક્ચરમાં રહેલા એટમ્સ અથવા બોન્ડ્સમાં પણ બદલાવ કરી શકીએ છીએ.
04:42 કર્સરને કોઈ પદાર્થ જેવા કે એક એટમ અથવા બોન્ડ ઉપર મુકો.
04:47 તે atomspec balloonમાં તેની લેબલ ઇન્ફોર્મેશન બતાવશે.
04:52 એટમ માટેના Atomspec balloon આ પ્રમાણે માહિતી ધરાવે છે જેવી કે : Residue name, number, chain અને atom name.
05:01 એટમને સિલેક્ટ કરવા, કિબોર્ડ ઉપર CTRL કીને દબાવી પકડી રાખો.
05:06 જ્યારે તમે CTRL કીને પકડી રાખી હોય દરમ્યાન તમે એટમને બદલવા માંગતા હોવ તેના ઉપર ક્લિક કરો.
05:11 હવે તે એટમ હાઈલાઈટ થાય છે. તે એટમમાં ફેરફાર કરવા માટે CTRL કી પકડી રાખી તેના ઉપર બે વાર ક્લિક કરો.
05:20 વિકલ્પો સાથે નું એક context menu ખુલે છે.
05:24 Modify-atom વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો. CTRL કીને છોડી દો.
05:30 એક Build Structure વિન્ડો ખુલે છે.
05:33 સિલેક્ટ કરેલા એટમ Nitrogenને methyl groupમાં બદલીએ.
05:38 Build Structure વિન્ડોમાં , એલિમેન્ટ તરીકે carbon, બોન્ડ્સને 4 તરીકે પસંદ કરો અને apply બટન ઉપર ક્લિક કરો.
05:49 પેનલને ધ્યાનથી જુઓ.
05:51 વર્તમાન સ્ટ્રક્ચરમાં હવે methyl group ઉમેરાયેલું દેખાય છે. વિન્ડો બંધ કરો.
05:57 બોન્ડ્સને ફેરવવાનું વિકલ્પ પણ છે.
06:00 તમારે જે બોન્ડને ફેરવવું છે તેના ઉપર કર્સરને લઇ જઈ પકડી રાખો.
06:04 આ બોન્ડ વિશેની માહિતી atomspec balloonમાં દેખાય છે.
06:09 બોન્ડને સિલેક્ટ કરવા, કર્સરને તે બોન્ડ ઉપર રાખો.
06:13 CTRL કીને પ્રેસ કરી પકડી રાખો. ડાબું માઉસ બટન ક્લિક કરો.
06:18 સિલેક્ટ કરેલ બોન્ડ હાઈલાઈટ થતો દેખાય છે.CTRL કીને પકડી રાખી હોય તે દરમ્યાન બોન્ડ ઉપર બે વાર ક્લિક કરો.
06:26 કિબોર્ડ ઉપર CTRL કી ને છોડી દો.
06:29  એક context-menu ખુલે છે. rotate bond વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો.
06:35 સ્ક્રીન ઉપર Build Structure ડાયલોગ બોક્સ દ્યશ્યમાન થાય છે.
06:39 ડાયલોગ બોક્સમાં હાજર રહેલ રોટેટિંગ ટૂલ ઉપર ક્લિક કરી ફેરવો.
06:46 પેનલને ધ્યાનથી જુઓ. સિલેક્ટ કરેલ બોન્ડ હવે ફરતો દેખાય છે.
06:51 તમે નક્કી કરેલા ખૂણાએ જ્યારે તે પોહચી જાય ત્યારે તેને ફેરવવાનું બંધ કરો. ડાયલોગ બોક્સ બંધ કરો.
06:57 પસંદગીને નાબૂદ કરો. ચેઇન્સને હાઈલાઈટ કરવા આપણે ટૂલ્સમાંના Sequence વિકલ્પનો પણ ઉપયોગ કરી શકીએ છીએ.
07:05 ટૂલ્સ મેનુમાં નીચે સ્ક્રોલ કરો અને Sequence વિકલ્પ ઉપર ક્લિક કરો.
07:10 સબ-મેનુ માંથી Sequence ને પસંદ કરો.
07:13 એકShow model sequence ડાયલોગ બોક્સ દ્યશ્યમાન થાય છે.
07:17 જો તમે chain A ને સિલેક્ટ કરવા માંગતા હોવ તો chain A ઉપર ક્લિક કરો. પછી show ઉપર ક્લિક કરો.
07:23 ડિસ્પ્લે સ્ક્રીન ઉપર અમીનો એસિડ સિક્વન્સિસ સાથેનો અન્ય ડાયલોગ બોક્સ દ્રશ્યમાન થાય છે.
07:28 amino acid residuesએક અક્ષરના સંક્ષેપ તરીકે પ્રસ્તુત થાય છે.
07:34 સિક્વન્સને સિલેક્ટ કરવા તેને ક્લિક કરો .
07:37 પેનલને ધ્યાનથી જુઓ, Chain A હવે હાઈલાઈટ થયેલ છે.
07:41 વિન્ડોને બંધ કરવા quit ઉપર ક્લિક કરો.
07:44 Actions menu ઉપર જાઓ , Color સુધી નીચે સ્ક્રોલ કરો. yellow વિકલ્પને ક્લિક કરો.
07:50 Chain A હવે પીળા રંગમાં દેખાય છે. પસંદગીને નાબૂદ કરો.
07:55 Chimera windowમાં આપણે એક કરતા વધુ સ્ટ્રક્ચર પણ ખોલી શકીએ છીએ.
07:59 બીજું સ્ટ્રક્ચર ખોલવા : ફાઈલ મેનુમાં નીચે સ્ક્રોલ કરો.
08:03 Fetch by ID ઉપર ક્લિક કરો.
08:06 Fetch structure by ID ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે.
08:11 PDB વિકલ્પ સિલેક્ટ કરો. પછી ચાર અક્ષરનો  PDB code ટાઈપ કરો. ઉદાહરણ તરીકે human insulinને મેળવવા , ટાઈપ કરો 4ex1.
08:23 fetch બટનને ક્લિક કરો.
08:25 પેનલ ઉપર બે પ્રોટીન સ્ટ્રક્ચર્સ ઓવરલેપ થયેલ દેખાય છે.
08:29 ઓવરલેપ થયેલ બંને સ્ટ્રક્ચર્સને છુટા પાડવા : આપણે એક મોડેલને બરાબર સિલેક્ટ કરી પેનલ ઉપર ખસેડવું પડશે.
08:36 favorites મેનુનો ઉપયોગ કરી Command line ખોલો.
08:39 વીન્ડોના નીચે Command line દ્યશ્યમાન થાય છે.
08:43 model zeroને અનચેક કરવા ક્લિક કરો , જે leucine zipper પ્રસ્તુત કરે છે .
 08:48 કર્સરને insulin સ્ટ્રક્ચર ઉપર લાવો : માઉસનું વચ્ચેનું બટન પકડી રાખો.
08:54 પછી તમે નક્કી કરેલ સ્થાને પેનલમાં insulin મોડેલને ડ્રેગ કરી ખસેડો. માઉસ બટનને છોડી દો.
09:01 કોઈ મોડેલને સિલેક્ટ કરી તેને સ્ક્રીનમાંથી કાઢી નાખવું હોય તો : Favorites મેનુનો ઉપયોગ કરી મોડેલ પેનલ ખોલો.
09:08 એક Model Panel ડાયલોગ બોક્સ દૃશ્યમાન થાય છે.
09:11 model IDને ક્લિક કરી જે મોડેલને તમે કાઢવા માંગતા હોવ તેને સિલેક્ટ કરો.
09:16 ઉદાહરણ તરીકે મારે insulin મોડેલને સ્ક્રીન ઉપરથી કાઢી નાખવું છે.
09:21 model IDને ક્લિક કરો. close વિકલ્પને ક્લિક કરો.
09:26 પેનલને ધ્યાનથી જુઓ.insulinનું મોડેલ હવે સ્ક્રીન ઉપરથી કાઢી નખાયું છે.
09:32 મોડેલ પેનલ વિન્ડો બંધ કરો.
09:34 તો અહીં આ ટ્યૂટોરિઅલ સમાપ્ત થાય છે.
09:37 ચાલો આપણે આ ટ્યૂટોરિઅલમાં શું શીખ્યા તેનો સારાંશ જોઈએ.
09:40 આ ટ્યૂટોરિઅલમાં આપણે atoms અને residuesના લેબલ્સ બતાવતા શીખ્યા.
09:46 atoms અને residues ને Select menu દ્વારા અથવા Picking દ્વારા સિલેક્ટ કરતા શીખ્યા.
09:51  residuesના રંગ અને દેખાવ બદલ્યા.
09:55  atoms ઉમેરવા,નાબૂદ કરવા અથવા બદલવા , બોન્ડ્સને રોટેટ(ગોળ ફેરવવા)કરતા શીખ્યા.
10:00 ડિસ્પ્લે વિન્ડોમાં એક કરતા વધુ મોડેલ ખોલતા અને મોડેલને સિલેક્ટ અને મુવ કરતા શીખ્યા.
10:06 અભ્યાસ માટે human insulinનું સ્ટ્રક્ચર ખોલો, કાઇમેરા વિન્ડો ઉપર pdb code 4ex1 દ્વારા.
10:14 બધા જ hydrophobic અમીનો એસિડ residuesના રંગ બદલી ભૂરા કરો.
10:19 બધા polar residuesના રંગ બદલી લાલ કરો.
10:23 પૂર્ણ થયેલ અભ્યાસ આ મુજબ દેખાશે.
 10:29 આ નીચેની લિંક ઉપરનો વિડિઓ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ પ્રોજેક્ટનો સારાંશ આપે છે.તેને ડાઉલોડ કરો અને નિહાળો.
10:36 સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલની ટીમ આ સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ્સ દ્વારા વર્કશોપ્સનું સંચાલન કરે છે અને જેઓ આ ઓનલાઇન પરીક્ષા પાસ કરે છે તેઓને સર્ટિફિકેટ્સ પણ આપે છે.વધુ માહિતી માટે, અહીં spoken-tutorial.org ઉપર લખો.
 10:45 સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ પ્રોજેક્ટને NMEICT, MHRD, ભારત સરકાર તરફથી ભંડોળ પૂરું પાડવામાં આવે છે. આ પ્રોજેક્ટ માટેની વધુ માહિતી આ લિંક "સ્પોકન હાઈફન ટ્યુટોરીયલ ડોટ ઓઆરજી સ્લેશ NMEICT હાઈફન ઇનટ્રો" ઉપર ઉપલબ્ધ છે.
10:55 ભાષાંતર કરનાર હું શિવાની ગડા વિદાય લઉં છું. અમારી સાથે જોડાવા બદલ આભાર.

Contributors and Content Editors

PoojaMoolya, Shivanigada