Difference between revisions of "Biopython/C2/Manipulating-Sequences/Tamil"

From Script | Spoken-Tutorial
Jump to: navigation, search
(Created page with "{| Border=1 ! <center>Time</center> ! <center>Narration</center> |- |00:01 | '''Sequenceகளை கையாளுவது''' குறித்த இந்த ட...")
 
 
Line 17: Line 17:
 
|-  
 
|-  
 
|00:17  
 
|00:17  
−
|  ஒரு புது sequenceஐ  உருவாக்க,  இரண்டு sequenceகளை ஒன்றாக இணைக்க,  அதாவது  concatenate  செய்ய.
+
|  ஒரு புது sequenceஐ  உருவாக்க,  இரண்டு sequenceகளை ஒன்றாக இணைக்க,   
  
 
|-  
 
|-  
Line 81: Line 81:
 
|-  
 
|-  
 
|01:35  
 
|01:35  
−
|  Biopythonஐ பயன்படுத்தி,   குறிப்பிட்ட நீளத்தை உடைய ஒரு  random DNA sequenceக்கு,  ஒரு '''sequence object'''ஐ  உருவாக்கலாம்.  
+
|  Biopythonஐ பயன்படுத்தி, ஒரு குறிப்பிட்ட நீளத்தை உடைய ஒரு  random DNA sequenceக்கு,  ஒரு '''sequence object'''ஐ  உருவாக்கலாம்.  
  
 
|-  
 
|-  
Line 117: Line 117:
 
|-  
 
|-  
 
|02:38  
 
|02:38  
−
| Variable '''dnal'''ன்  உள்,  sequence ஐ சேமிக்கவும்.  
+
| Variable '''dna1'''ன்  உள்,  sequence ஐ சேமிக்கவும்.  
  
 
|-  
 
|-  
Line 125: Line 125:
 
|-  
 
|-  
 
|02:50  
 
|02:50  
−
| Outputக்கு,  டைப் செய்க:  "'dnal'".  பின் '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.  
+
| Outputக்கு,  டைப் செய்க:  "'dna1'".  பின் '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.  
  
 
|-  
 
|-  
Line 137: Line 137:
 
|-  
 
|-  
 
|03:11  
 
|03:11  
−
| Outputக்கு,  variableன் பெயரை,  டைப் செய்க:  "'dnal'".  பின் '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.  
+
| Outputக்கு,  variableன் பெயரை,  டைப் செய்க:  "'dna1'".  பின் '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.  
  
 
|-  
 
|-  
Line 201: Line 201:
 
|-  
 
|-  
 
|04:31  
 
|04:31  
−
| '''String1 equal to dna1 within brackets 0 colon 6.'''  
+
| '''String1 equal to dna1 bracketகளில் 0 colon 6.'''  
  
 
|-  
 
|-  
Line 221: Line 221:
 
|-  
 
|-  
 
|05:01  
 
|05:01  
−
| Outputஐ காண,  டைப் செய்க:  "' string1'".  பின் '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.
+
| Outputஐ காண,  டைப் செய்க:  "' string1'".   
  
 
|-  
 
|-  
Line 245: Line 245:
 
|-  
 
|-  
 
|05:34  
 
|05:34  
−
| இப்போது, concatenate செய்வோம்,  அதாவது,  இரண்டு '''string'''களையும் ஒன்றாகச் சேர்த்து,  ஒரு புது fragmentஐ வடிவமைப்போம்.  
+
| இப்போது, இணைப்போம்,  அதாவது,  இரண்டு '''string'''களையும் ஒன்றாகச் சேர்த்து,  ஒரு புது fragmentஐ வடிவமைப்போம்.  
  
 
|-  
 
|-  
Line 261: Line 261:
 
|-  
 
|-  
 
|05:59  
 
|05:59  
−
| அதாவது,  ஒரு புது sequenceஐ வடிவமைக்க,  ஒரு  DNA sequenceஐயும்,  ஒரு protein sequenceஐயும்,  நாம்  concatenate  செய்ய முடியாது.  
+
| அதாவது,  ஒரு புது sequenceஐ வடிவமைக்க,  ஒரு  DNA sequenceஐயும்,  ஒரு protein sequenceஐயும்,  நாம்  இணைக்க முடியாது.  
  
 
|-  
 
|-  
Line 281: Line 281:
 
|-  
 
|-  
 
|06:29  
 
|06:29  
−
| டைப் செய்க:  "len" within parenthesis "dna2".  பின் '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.  
+
| டைப் செய்க:  "len" parenthesisகளில் "dna2".  பின் '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.  
  
 
|-  
 
|-  
Line 297: Line 297:
 
|-  
 
|-  
 
|06:47  
 
|06:47  
−
| உதாரணத்திற்கு,  sequenceல் உள்ள alanineகளின் எண்ணிக்கையை கண்டுபிடிக்க,  பின்வரும் command ஐ  டைப் செய்யவும்:  '''dna2 dot count''' within parenthesis within double quotes alphabet A.  
+
| உதாரணத்திற்கு,  sequenceல் உள்ள alanineகளின் எண்ணிக்கையை கண்டுபிடிக்க,  பின்வரும் command ஐ  டைப் செய்யவும்:  '''dna2 dot count''' parenthesisகளில் இரட்டை மேற்கோள்களில் alphabet A.  
  
 
|-  
 
|-  
Line 313: Line 313:
 
|-  
 
|-  
 
|07:16  
 
|07:16  
−
| டைப் செய்க:  '''dna2 dot find''' within parenthesis within double quotes "GC".  பின் '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.  
+
| டைப் செய்க:  '''dna2 dot find''' parenthesisகளில் இரட்டை மேற்கோள்களில் "GC".  பின் '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.  
  
 
|-  
 
|-  
Line 333: Line 333:
 
|-  
 
|-  
 
|07:52  
 
|07:52  
−
| Outputக்கு,  டைப் செய்க:  "'dna3'".   பின் '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.
+
| Outputக்கு,  டைப் செய்க:  "'dna3'".
  
 
|-  
 
|-  
Line 345: Line 345:
 
|-  
 
|-  
 
|08:01  
 
|08:01  
−
| உதாரணத்திற்கு-  5ஆவது positionல் இருக்கும் ஒரு baseக்கு பதிலாக alanineஐ  வைக்க,  டைப் செய்க:  '''dna3 within brackets 5 equal to within double quotes alphabet A'''.  பின் '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.  
+
| உதாரணத்திற்கு-  5ஆவது positionல் இருக்கும் ஒரு baseக்கு பதிலாக alanineஐ  வைக்க,  டைப் செய்க:  '''dna3 bracketகளில் 5 equal to இரட்டை மேற்கோள்களில் alphabet A'''.  பின் '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.  
  
−
|-  
+
|-  
 
|08:19  
 
|08:19  
 
| Outputக்கு,  டைப் செய்க:  "'dna3'".  பின் '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.  
 
| Outputக்கு,  டைப் செய்க:  "'dna3'".  பின் '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.  
Line 361: Line 361:
 
|-  
 
|-  
 
|08:35  
 
|08:35  
−
| '''Dna3 within brackets 6 semicolon 10 equal to within double quotes ATGC'''.  பின் '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.  
+
| '''Dna3 bracketகளில் 6 semicolon 10 equal to இரட்டை மேற்கோள்களில் ATGC'''.  பின் '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.  
  
 
|-  
 
|-  
Line 377: Line 377:
 
|-  
 
|-  
 
|09:07  
 
|09:07  
−
| பின்வருவனவற்றை டைப் செய்க:  '''dna4 equal to dna3 dot to seq open and close parenthesis'''.  பின் '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.  
+
| பின்வருவனவற்றை டைப் செய்க:  '''dna4 equal to dna3 dot to seq open மற்றும் close parenthesis'''.  பின் '''Enter'''ஐ அழுத்தவும்.  
  
 
|-  
 
|-  
Line 397: Line 397:
 
|-  
 
|-  
 
|09:36  
 
|09:36  
−
|  ஒரு புது sequenceஐ  உருவாக்க,  இரண்டு sequenceகளை  இணைத்தல்,  அதாவது  concatenate  செய்தல்.
+
|  ஒரு புது sequenceஐ  உருவாக்க,  இரண்டு sequenceகளை  இணைத்தல்,   
  
 
|-  
 
|-  
Line 449: Line 449:
 
|-  
 
|-  
 
|10:43  
 
|10:43  
−
| இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது  ஜெயஸ்ரீ. குரல் கொடுத்தது .....  
+
| இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது  ஜெயஸ்ரீ. குரல் கொடுத்தது ஐஐடி பாம்பேவில் இருந்து பிரியா. நன்றி.
  
 
|}
 
|}

Latest revision as of 12:22, 28 April 2017

Time
Narration
00:01 Sequenceகளை கையாளுவது குறித்த இந்த டுடோரியலுக்கு நல்வரவு.
00:06 இந்த டுடோரியலில் நாம் Biopython toolகளை பின்வருவனவற்றிற்கு பயன்படுத்துவோம்: random DNA sequenceஐ உருவாக்க.
00:13 குறிப்பிட்ட இடங்களில், DNA sequenceஐ slice செய்ய.
00:17 ஒரு புது sequenceஐ உருவாக்க, இரண்டு sequenceகளை ஒன்றாக இணைக்க,
00:22 Sequenceன் நீளத்தை கண்டுபிடிக்க.
00:26 தனிப்பட்ட baseகள் அல்லது, stringன் பகுதியின் எண்ணிக்கையை எண்ண.
00:31 குறிப்பிட்ட base அல்லது ஒரு stringன் பகுதியை கண்டுபிடிக்க.
00:35 ஒரு sequence objectஐ, ஒரு mutable sequence objectஆக மாற்ற.
00:40 இந்த டுடோரியலை புரிந்து கொள்ள, இளங்கலை Biochemistry அல்லது Bioinformatics ,
00:47 மற்றும் அடிப்படை Python programming பற்றி தெரிந்திருக்க வேண்டும்.
00:51 இல்லையெனில், கொடுக்கப்பட்டுள்ள இணைப்பில் உள்ள Python டுடோரியல்களை பார்க்கவும்.
00:56 இந்த டுடோரியலை பதிவு செய்ய, நான் பயன்படுத்துவது: Ubuntu OS பதிப்பு 14.10
01:03 Python பதிப்பு 2.7.8
01:07 Ipython interpreter பதிப்பு 2.3.0
01:12 Biopython பதிப்பு 1.64.
01:16 Terminalஐ திறந்து, ipython interpreterஐ தொடங்குகிறேன்.
01:21 Ctrl, Alt மற்றும் t keyகளை ஒன்றாக அழுத்தவும்.
01:26 Promptல் டைப் செய்க: ipython", பின் Enterஐ அழுத்தவும்.
01:31 Ipython prompt, திரையில் தோன்றும்.
01:35 Biopythonஐ பயன்படுத்தி, ஒரு குறிப்பிட்ட நீளத்தை உடைய ஒரு random DNA sequenceக்கு, ஒரு sequence objectஐ உருவாக்கலாம்.
01:44 இப்போது, 20 baseகள் உடைய ஒரு DNA sequenceக்கு, ஒரு sequence objectஐ உருவாக்கலாம்.
01:50 Promptல் டைப் செய்க: import random", பின் Enterஐ அழுத்தவும்.
01:56 அடுத்து, Bio packageல் இருந்து,Seq moduleஐ import செய்யவும்.
02:01 Seq, seek எனவும் உச்சரிக்கப்படுகிறது.
02:06 Promptல் டைப் செய்க: From Bio dot Seq import Seq'". பின் Enterஐ அழுத்தவும்.
02:15 DNA sequenceல், alphabetகளை குறிப்பிட, Bio.Alphabet moduleஐ நாம் பயன்படுத்துவோம்.
02:22 டைப் செய்க: from Bio dot Alphabet import generic underscore dna'". பின் Enterஐ அழுத்தவும்.
02:32 Random DNA sequenceக்கு, ஒரு sequence objectஐ உருவாக்க பின்வரும் commandஐ டைப் செய்யவும்.
02:38 Variable dna1ன் உள், sequence ஐ சேமிக்கவும்.
02:42 கவனிக்கவும்: இந்த commandல், ஒரு இரட்டை மேற்கோளுக்கு பதிலாக இரண்டு ஒற்றை மேற்கோள்களை பயன்படுத்தவும். பின் Enterஐ அழுத்தவும்.
02:50 Outputக்கு, டைப் செய்க: "'dna1'". பின் Enterஐ அழுத்தவும்.
02:55 Random DNA sequenceக்கான, sequence objectஐ, output காட்டுகிறது.
03:00 உங்களுக்கு புது sequence வேண்டுமெனில், மேலுள்ள அதே commandஐ பெற, up-arrow keyஐ அழுத்தவும். பின் Enterஐ அழுத்தவும்.
03:11 Outputக்கு, variableன் பெயரை, டைப் செய்க: "'dna1'". பின் Enterஐ அழுத்தவும்.
03:17 முதல் ஒன்றிலிருந்து மாறுபட்ட ஒரு புது DNA sequenceஐ, output காட்டுகிறது.
03:23 Sequence Objectகள் பற்றி காண்போம்:
03:25 Sequence Objectகள், வழக்கமாக, சாதாரண Python stringகள் போல் செயல்படும்.
03:30 அதனால், Python stringகளுக்கு செய்வது போல், வழக்கமான மரபுகளை பின்பற்றவும்.
03:35 Pythonல், stringல் உள்ள characterகளை, 1க்கு பதிலாக, 0ல் இருந்து எண்ணுகிறோம்.
03:41 Sequenceல் உள்ள முதல் character, zero position ஆகும்.
03:45 Terminalக்கு திரும்பவும்.
03:47 பலநேரம், sequenceன் ஒரு பகுதியுடன் மட்டுமே, நீங்கள் வேலை செய்வதாக இருக்கும்.
03:52 இப்போது, stringன் பகுதிகளை extract செய்து, மேலும், அவற்றை, sequence objectகளாக, சேமிக்கக் கற்போம்.
03:58 உதாரணத்திற்கு, DNA sequenceஐ இரண்டு positionகளில் slice செய்வோம்.
04:04 முதலில், baseகள் 6 மற்றும் 7க்கு இடையே.
04:08 இது, sequenceன் தொடக்கத்திலிருந்து, 6ஆவது baseற்குள், ஒரு fragmentஐ extract செய்யும்.
04:15 இரண்டாவது slice, baseகள் 11 மற்றும் 12க்கு இடையே இருக்கும்.
04:20 இரண்டாவது fragment, 12ஆவது baseல் இருந்து, sequenceன் இறுதி வரை இருக்கும்.
04:26 முதல் fragmentஐ extract செய்ய, promptல், பின்வரும் commandஐ டைப் செய்யவும்.
04:31 String1 equal to dna1 bracketகளில் 0 colon 6.
04:39 முதல் fragmentஐ , string1 variable, சேமிக்கிறது.
04:43 வழக்கமான pythonல் உள்ளது போல், அடுத்து வரும் commandகள் பின்பற்றப்படுகின்றன.
04:47 இந்த bracketகளினுள் இருக்கும், start மற்றும் stop positionகள், ஒரு colonஆல் பிரிக்கப்பட்டிருக்கின்றன.
04:53 இந்த இடங்கள், start positionஐ சேர்த்தும், stop positionஐ சேர்க்காமலும் இருக்கும். Enterஐ அழுத்தவும்.
05:01 Outputஐ காண, டைப் செய்க: "' string1'".
05:04 Output, முதல் fragmentஐ, sequence objectஆக காட்டும்.
05:10 Sequenceல் இருந்து, இரண்டாவது stringஐ extract செய்ய, up-arrow keyஐ அழுத்தி, பின்வருமாறு commandஐ edit செய்யவும்:
05:17 Variableன் பெயரை string2க்கும், positionகளை, 11 மற்றும் 20க்கு மாற்றவும்.
05:24 Outputக்கு, டைப் செய்க: "'string2'". பின் Enterஐ அழுத்தவும்.
05:30 இப்போது, 2ஆவது fragmentஉம், ஒரு sequence objectஆக நம்மிடம் இருக்கிறது.
05:34 இப்போது, இணைப்போம், அதாவது, இரண்டு stringகளையும் ஒன்றாகச் சேர்த்து, ஒரு புது fragmentஐ வடிவமைப்போம்.
05:42 Variable dna2ன் உள், புது sequence ஐ சேமிக்கவும்.
05:46 டைப் செய்க: "'dna2 equal to string1 plus string2'". பின் Enterஐ அழுத்தவும்.
05:53 கவனிக்கவும்: மாறுபாடான alphabetகளுடன், sequenceகளை நாம் சேர்க்க முடியாது.
05:59 அதாவது, ஒரு புது sequenceஐ வடிவமைக்க, ஒரு DNA sequenceஐயும், ஒரு protein sequenceஐயும், நாம் இணைக்க முடியாது.
06:07 இரண்டு sequenceகளும், ஒரே alphabet பண்பை கொண்டிருக்க வேண்டும்.
06:12 Outputஐ காண, டைப் செய்க: "'dna2'". பின் Enterஐ அழுத்தவும்.
06:17 string1 மற்றும் string2ன், கலவையை கொண்டுள்ள ஒரு புது sequenceஐ output காட்டும்.
06:23 புது sequenceன் நீளத்தை கண்டுபிடிக்க, len functionஐ நாம் பயன்படுத்துவோம்.
06:29 டைப் செய்க: "len" parenthesisகளில் "dna2". பின் Enterஐ அழுத்தவும்.
06:34 15 baseகள் நீளமுள்ள sequenceஐ output காட்டுகிறது.
06:39 Sequenceல் இருக்கும், தனிப்பட்ட baseகளின் எண்ணிக்கையையும் நாம் எண்ண முடியும்.
06:44 அதற்கு, count() functionஐ நாம் பயன்படுத்துவோம்.
06:47 உதாரணத்திற்கு, sequenceல் உள்ள alanineகளின் எண்ணிக்கையை கண்டுபிடிக்க, பின்வரும் command ஐ டைப் செய்யவும்: dna2 dot count parenthesisகளில் இரட்டை மேற்கோள்களில் alphabet A.
07:02 Enterஐ அழுத்தவும்.
07:04 dna2 sequenceல் உள்ள alanineகளின் எண்ணிக்கையை, output காட்டுகிறது.
07:10 ஒரு குறிப்பிட்ட base அல்லது, stringன் பகுதியை கண்டுபிடிக்க, find() functionஐ நாம் பயன்படுத்துவோம்.
07:16 டைப் செய்க: dna2 dot find parenthesisகளில் இரட்டை மேற்கோள்களில் "GC". பின் Enterஐ அழுத்தவும்.
07:26 Stringல், GC தோற்றத்தின் முதல் instanceன் positionஐ output குறிக்கிறது.
07:32 சாதாரணமாக, ஒரு sequence objectஐ edit செய்ய முடியாது.
07:35 ஒரு sequenceஐ edit செய்ய, அதை ஒரு mutable sequence objectஆக மாற்ற வேண்டும்.
07:41 அதற்கு, டைப் செய்க: dna3 equal to dna2 dot to mutable open மற்றும் close parenthesis. பின் Enterஐ அழுத்தவும்.
07:52 Outputக்கு, டைப் செய்க: "'dna3'".
07:55 இப்போது, sequence objectஐ edit செய்யலாம்.
07:59 Sequenceல் இருந்து, ஒரு baseஐ இடம் மாற்றுவோம்.
08:01 உதாரணத்திற்கு- 5ஆவது positionல் இருக்கும் ஒரு baseக்கு பதிலாக alanineஐ வைக்க, டைப் செய்க: dna3 bracketகளில் 5 equal to இரட்டை மேற்கோள்களில் alphabet A. பின் Enterஐ அழுத்தவும்.
08:19 Outputக்கு, டைப் செய்க: "'dna3'". பின் Enterஐ அழுத்தவும்.
08:24 Output ஐ கவனிக்கவும். position 5ல் இருக்கும் cytosineக்கு பதிலாக alanine வைக்கப்படுகிறது.
08:31 Stringன் ஒரு பகுதியை இடம் மாற்ற, பின்வருமாறு commandஐ டைப் செய்யவும்.
08:35 Dna3 bracketகளில் 6 semicolon 10 equal to இரட்டை மேற்கோள்களில் ATGC. பின் Enterஐ அழுத்தவும்.
08:45 Outputக்கு, டைப் செய்க: "'dna3'". பின் Enterஐ அழுத்தவும்.
08:52 Position 6ல் இருந்து 9 வரை உள்ள, 4 baseகளுக்கு பதிலாக, ATGC என்ற புது baseகள் வைக்கப்பட்டிருப்பதை output காட்டுகிறது.
09:01 உங்கள் sequence objectஐ edit செய்த பிறகு, அதை “read only” formக்கு மாற்றவும்.
09:07 பின்வருவனவற்றை டைப் செய்க: dna4 equal to dna3 dot to seq open மற்றும் close parenthesis. பின் Enterஐ அழுத்தவும்.
09:19 Outputக்கு, டைப் செய்க: "'dna4'". பின் Enterஐ அழுத்தவும்.
09:25 சுருங்கசொல்ல,
09:27 இந்த டுடோரியலில் நாம் கற்றது: random DNA sequenceஐ உருவாக்குதல்
09:32 குறிப்பிட்ட இடங்களில், DNA sequenceஐ slice செய்தல்
09:36 ஒரு புது sequenceஐ உருவாக்க, இரண்டு sequenceகளை இணைத்தல்,
09:43 மேலும்: len, count மற்றும் find functionகளை பயன்படுத்துதல்,
09:49 ஒரு sequence objectஐ, ஒரு mutable sequence objectஆக மாற்றவும், ஒரு stringன் base அல்லது பகுதியை இடம் மாற்றவும் கற்றுக் கொண்டோம்.
09:57 பயிற்சியாக, 30 baseகள் உடைய, ஒரு random DNA sequenceஐ உருவாக்கவும்.
10:02 Biopython toolகளை பயன்படுத்தி, sequenceன் GC percentage மற்றும் molecular weightஐ கணக்கிடவும்.
10:09 நீங்கள் செய்த பயிற்சி பின்வருமாறு இருக்கும்.
10:13 Output, GCன் contentஐ, percentageஆக காட்டுகிறது.
10:18 Output, DNA sequenceன், molecular weightஐ காட்டுகிறது.
10:23 இந்த வீடியோ ஸ்போகன் டுடோரியல் திட்டத்தை சுருங்க சொல்கிறது.
10:26 உங்கள் இணைய இணைப்பு வேகமாக இல்லையெனில், அதை தரவிறக்கி காணவும்.
10:30 நாங்கள் செய்முறை வகுப்புகள் நடத்தி, சான்றிதழ்கள் தருகிறோம்.
10:32 எங்களை தொடர்பு கொள்ளவும்.
10:35 இந்திய அரசாங்கத்தின் National Mission on Education through ICT, MHRD, இதற்து ஆதரவு அளிக்கிறது.
10:43 இந்த டுடோரியலை தமிழாக்கம் செய்தது ஜெயஸ்ரீ. குரல் கொடுத்தது ஐஐடி பாம்பேவில் இருந்து பிரியா. நன்றி.

Contributors and Content Editors

Priyacst

Retrieved from "https://script.spoken-tutorial.org/index.php?title=Biopython/C2/Manipulating-Sequences/Tamil&oldid=36819"