Biopython/C2/Blast/Malayalam

Time	Narration
00:01	Biopython ടൂൾസ് 'BLAST' 'ബയോപിത്തോൺ' ഉപയോഗിച്ചു് ഈ ട്യൂട്ടോറിയലിലേക്ക് സ്വാഗതം.
00:06	ഈ ട്യൂട്ടോറിയലില് നമ്മള് പഠിക്കുംBiopython ടൂൾസ് ഉപയോഗിച്ച്' ക്വറി ക്വിസ് 'നുള്ള' "BLAST"'റൺ ചെയുന്നത്
00:13	കൂടുതൽ വിശകലനത്തിനായി ബ്ലാസ്റ്റ് ഔട്ട്പുട്ട് parse ചെയുന്നത്
00:17	ഈ ട്യൂട്ടോറിയൽ പിന്തുടരുന്നതിന്, നിങ്ങൾ അണ്ടർഗ്രഡ്യൂട്ട് ബയോകെമിസ്ട്രി അല്ലെങ്കിൽ ബയോ ഇൻഫർമാറ്റിക്സ് പരിചയത്തിലായിരിക്കണം
00:24	basic Python പ്രോഗ്രാമിങ്ങും.
00:27	Python ട്യൂട്ടോറിയലുകൾ തന്നിരിക്കുന്ന ലിങ്ക് കാണുക.
00:31	ഈ ട്യൂട്ടോറിയൽ രേഖപ്പെടുത്താൻ ഞാൻ ഉപയോഗിക്കുന്നു: 'ഉബുണ്ടു' ഓപ്പറേറ്റിംഗ് സിസ്റ്റം പതിപ്പ് 14.10
00:37	'പൈഥൺ' പതിപ്പ് 2.7.8
00:41	'Ipython interpretorപതിപ്പ് 2.3.0
00:46	Biopythonപതിപ്പ് 1.64, * ഒരു വർക്കിംഗ് ഇൻറർനെറ്റ് കണക്ഷൻ.
00:52	BLAST അടിസ്ഥാന ലോക്കൽ അലൈൻമെന്റ് ടൂൾ ടൂളിനുള്ള ചുരുക്കപ്പേരാണ്. '
00:57	ഇത് sequence വിവരങ്ങളെ താരതമ്യം ചെയ്യുന്നതിനുള്ള ഒരുalgorithmആണ്.
01:02	ഡാറ്റാബേസുകളിലെ ശ്രേണികളിലേക്ക് 'ന്യൂക്ലിയോടൈഡ്' അല്ലെങ്കിൽ പ്രോട്ടീൻ സീക്വൻസ് താരതമ്യം ചെയ്ത്, മാഷെ ലെ ലെ സ്റ്റാറ്റിസ്റ്റിക്കൽ സിഗ്നിഫിക്കൻസ് കണക്കുകൂട്ടുന്നു.
01:14	'BLAST:' 'റൺ ചെയ്യാൻ രണ്ട് വഴികളുണ്ട്:
01:17	നിങ്ങളുടെ മെഷീനിൽ ലോക്കൽBLAST അല്ലെങ്കിൽ' BLAST 'ഇന്റർനെറ്റ് NCBI സെർവറിലൂടെ ഇന്റർനെറ്റ് ഉപയോഗിക്കുന്നു.
01:24	'ബ്ലെയ്പ്പോത്തനിൽBLAST രണ്ട് ഘട്ടങ്ങളുണ്ട്.
01:28	ആദ്യം, നിങ്ങളുടെr query sequenceലെBLAST ചില ഔട്ട്പുട്ട് ലഭിക്കുക.
01:33	രണ്ടാമത്, BLAST ഔട്ട്പുട്ട്.കൂടുതൽ വിശകലനത്തിനായിparse ചെയുക
01:38	ഒരു ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് അനുപാതത്തിനായി 'ടെർമിനൽ തുറന്ന്' BLASTതുറക്കും.
01:43	'Ctrl, Alt' , 'ടി' 'എന്നീ കീകളും ഒരേസമയം അമർത്തി ടെർമിനൽ തുറക്കൂ.
01:48	'പ്രോംപ്റ്റിൽ' ടൈപ്പ് ചെയ്യുക: 'ipython' അമർത്തുക 'Enter' അമർത്തുക.
01:52	ഈ ട്യൂട്ടോറിയലിൽ, 'BLAST' ഇന്റർനെറ്റ് ഉപയോഗിക്കുന്ന NCBI BLAST സർവീസ് എങ്ങനെ പ്രവർത്തിക്കുമെന്ന് കാണിച്ചു തരാം.
02:01	പ്രോംപ്റ്റിൽ ഇനിപ്പറയുന്നവ ടൈപ്പ് ചെയ്യുക:'ipython .Enter അമർത്തുക .
02:14	അടുത്തതായി, 'ബ്ലാസ്റ്റ് ഇന്റർനെറ്റിൽ റൺ ചെയ്യുന്നതിനായി പ്രോംപ്റ്റിൽ താഴെ ടൈപ്പ് ചെയ്യുക. result= NCBIWWW.qblast("blastn","nt","186429").
02:20	'NCBIWWW' മൊഡ്യൂളിലെ 'qblast ഫംഗ്ഷൻ' 'ഉപയോഗിക്കും.
02:25	'qblast ഫംഗ്ഷൻ' മൂന്നു arguments:ഏറ്റെടുക്കുന്നു:
02:29	തിരച്ചിലിന് ഉപയോഗിക്കാനായി ആദ്യത്തെ argument blast program എന്നതാണ്.
02:33	രണ്ടാമതായി, തിരയാനായി ഡാറ്റബേസുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നു.
02:38	മൂന്നാമത്തെ argument നിങ്ങളുടെquery sequence.
02:43	query sequence ലെ ഇന്പുട് GI നമ്പർ അല്ലെങ്കിൽ FASTA ഫയൽ ആകാം അല്ലെങ്കിൽ sequence record object.ആകാം
02:53	ഈ പ്രദർശനത്തിനായി ഞാൻ ഒരുnucleotide sequenceനായി 'GI numberഉപയോഗിക്കുന്നു.
02:58	GI number insulin. ന്റെ ന്യൂnucleotide sequence നു വേണ്ടിയുള്ളതാണ്.
03:03	'Qblast ഫംഗ്ഷൻ' മറ്റ് നിരവധി ഓപ്റ്റ് ആർഗ്യുമെന്റുകളും എടുക്കുന്നു.
03:09	'BLACK' 'വെബ്ബ് പേജിൽ നിങ്ങൾക്ക് സജ്ജമാക്കാൻ കഴിയുന്ന വിവിധ പാരാമീറ്ററുകൾക്ക് സമാനമാണ് ഈ വാദങ്ങൾ.
03:15	qblast function BLAST റിസൾട്ട് 'xml' ഫോർമാറ്റിൽ ലഭിക്കും.
03:20	terminal. എന്നതിലേക്ക് തിരികെ പോകുക.
03:22	നമ്മൾ ഉചിതമായ Blast' പ്രോഗ്രാം ഉപയോഗിക്കണം,
03:25	ഞങ്ങളുടെ ക്യുറി സെക്യുഎൻസ് nucleotide അല്ലെങ്കിൽ protein sequence. ആണെന്നതിനെ ആശ്രയിച്ച്.
03:30	നമ്മുടെ അന്വേഷണം ഒരു'nucleotide,ആയതുകൊണ്ട്, ഞങ്ങൾblastn പ്രോഗ്രാം ഉപയോഗിക്കും,' nt nucleotide ഡാറ്റാബേസ് നെ സൂചിപ്പിക്കുന്നു.
03:39	ഇതിനെക്കുറിച്ചുള്ള വിശദാംശങ്ങൾ NCBI BLAST 'വെബ്പേജിൽ ലഭ്യമാണ്.
03:45	blast output xml 'ഫയലിന്റെ രൂപത്തില് വേരിയബിള്' resultൽ ആണ്.
03:51	അമർത്തുക 'Enter' .
03:53	നിങ്ങളുടെ ഇന്റർനെറ്റ് വേഗതയെ ആശ്രയിച്ച്, 'BLAST' തിരയൽ പൂർത്തിയാക്കാൻ കുറച്ച് മിനിറ്റുകൾ എടുത്തേക്കാം.
03:59	കൂടുതൽ പ്രവർത്തനത്തിനു മുമ്പ് ഡിസ്കിൽ 'xml' ഫയൽ സംരക്ഷിക്കേണ്ടത് പ്രധാനമാണ്.
04:05	'Xml ഫയൽ' സേവ് ചെയുക ഈ വരികളിൽ ടൈപ്പ് ചെയ്യുക.
04:09	ഈ കോഡിന്റെ വരികൾ 'home' ഫോൾഡറിൽ 'blast.xml' എന്ന പേരിൽ തിരയൽ ഫലത്തെ സംരക്ഷിക്കും.
04:18	നിങ്ങളുടെ 'HOME' ഫോൾഡറിലേക്ക് നാവിഗേറ്റുചെയ്യുക, ഫയൽ കണ്ടെത്തുക.
04:21	ഫയലിൽ ക്ലിക്കുചെയ്ത് ഫയലിന്റെ ഉള്ളടക്കം പരിശോധിക്കുക.
04:30	താങ്കള് 'FASTA' ഫയല് ഒരുquery. ആയി പയോഗിയ്ക്കാന് ആഗ്രഹിക്കുന്നുണ്ടെങ്കില് ഈ ടെക്സ്റ്റ് ഫയലില് കാണിച്ചിരിക്കുന്ന കോഡ് ഉപയോഗിക്കുക.
04:36	നിങ്ങൾ 'FASTA' ഫയലിൽ നിന്നും ഒരു ക്വാറിയിൽ sequence record object' ഉപയോഗിക്കണമെങ്കിൽ കോഡ് ഇവിടെയുണ്ട്.
04:42	ടെർമിനൽ 'എന്നതിലേക്ക് തിരികെ പോകുക.
04:44	അടുത്ത പടി extract ഡാറ്റ ഫയല് parse ചെയ്യുക എന്നതാണ്.
04:48	'Xml' ഇൻപുട്ടിനായി ഫയൽ തുറക്കുന്നതാണ് ആദ്യപാഠം.
04:53	പ്രോംപ്റ്റിൽ താഴെ ടൈപ്പ് ചെയ്യുക. എന്റർ അമർത്തുക.
04:57	"Bio.Blast" package.ൽ നിന്ന് മൊഡ്യൂൾ NCBIXML ഇമ്പോര്ട ചെയുക
05:05	അമർത്തുക 'Enter' .
05:07	BLASTറ്' ഔട്ട്പുട്ടിന് parse ചെയ്യാൻ താഴെപ്പറയുന്ന വരികൾ ടൈപ്പ് ചെയ്യുക.
05:11	'BLAST' ഔട്പുട്ടിൽ നിന്ന് extract നു വേണ്ട എല്ലാ വിവരങ്ങളും blast record ൽ ഉണ്ട്.
05:18	ഒരു പ്രത്യേക ത്രെഷോൾഡ് നു മുകളിൽ ഉള്ള ' blast report ലെ hit ന്റെ എല്ലാ വിവരങ്ങളും പ്രിന്റ് ചെയ്യട്ടെ.
05:27	താഴെ പറയുന്ന കോഡ് ടൈപ്പ് ചെയ്യുക.
05:30	matchപ്രധാനമായിരിക്കണമെങ്കിൽ, score 0.01 ൽ കുറവായിരിക്കണം.
05:37	ഓരോ 'hsp' , അതായത്, ഹൈ സ്കോറിംഗ് പെയർ നു title, length, hsp score, gaps' and expect value.
05:49	stringൽ അടങ്ങിയിരിക്കുന്ന queryഅലൈന്ഡ് ഡാറ്റാബേസ് സീക്വൻസ്, സ്ട്രിംഗ് എന്നിവ മാച്ച് മിസ്മാച് പൊസിഷൻസ് വ്യക്തമാക്കുന്നു.
06:02	ഔട്ട്പുട്ട് ലഭിക്കുന്നതിന് 'Enter' കീ രണ്ടുതവണ അമർത്തുക.
06:05	ഔട്ട്പുട്ട് നിരീക്ഷിക്കുക.
06:09	നമുക്ക് length, score, gaps, evalue and strings ഉണ്ട്.
06:16	'Bio.Blast' പാക്കേജിൽ ലഭ്യമായ മറ്റ്functions ഉപയോഗിച്ച് നിങ്ങൾക്ക് ആവശ്യമായ വിവരങ്ങൾ പുറത്തെടുക്കാൻ കഴിയും.
06:24	ഈ ട്യൂട്ടോറിയലിന്റെ അവസാന ഭാഗത്ത് എത്തിയിരിക്കുന്നു.
06:26	സംഗ്രഹിക്കാം. ഈ ട്യൂട്ടോറിയലിൽ,BLAST ക്വിക്ക് ന്യൂക്ലിയോഡിഡ് സീക്വൻസിനു GI 'നമ്പർ ഉപയോഗിച്ചുകൊണ്ടാണ് ഞങ്ങൾ പഠിച്ചത്.
06:36	കൂടാതെ, 'BLAST' ഔട്ട്പുട്ട് Bio.Blast.Record 'മൊഡ്യൂൾ ഉപയോഗിച്ച് പാഴ്സ് ചെയ്യുക.
06:43	അസൈൻമെന്റിനായി ഒരു 'പ്രോട്ടീൻ' സീക്വൻസ് നായി BLAST Search റൺ ചെയുക
06:50	'ഔട്ട്പുട്ട് ഫയല് സേവ് ചെയ്യുക, ഫയല് ഉള്ക്കൊള്ളുന്ന ഡാറ്റ പാഴ്സ് ചെയ്യുക.
06:55	നിങ്ങളുടെ പൂർത്തിയാക്കിയ അസൈൻമെന്റിൽ താഴെ കൊടുത്തിരിക്കുന്ന കോഡ് രേഖകൾ ഉണ്ടായിരിക്കണം, ഈ ഫയലിൽ കാണിച്ചിരിക്കുന്നത് പോലെ.
07:01	കോഡ് നിരീക്ഷിക്കുക. നമ്മുടെ query' protein സെക്യുഎൻസ് ആയതിനാൽ, blastp പ്രോഗ്രാം "nr", BLAST സെർച്ച് നു ഉള്ള നോൺ റീഡന്റാണ്ട് പ്രോടീൻ ടാറ്റ ബസ്
07:16	താഴെയുള്ള ലിങ്കിലുളള വീഡിയോ സ്പോക്കൺ ട്യൂട്ടോറിയൽ പ്രൊജക്റ്റിനെ സംഗ്രഹിക്കുന്നു.
07:20	ഇത് ഡൌൺലോഡ് ചെയ്ത് കാണുക.
07:22	സ്പോക്കൺ ട്യൂട്ടോറിയൽ പ്രോജക്ട് ടീം വർക്ക്ഷോപ്പുകൾ നടത്തുന്നു. ഓൺലൈൻ ടെസ്റ്റ് പാസാകുന്നവർക്ക് സർട്ടിഫിക്കറ്റുകൾ നൽകുന്നു.
07:30	കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾക്ക്, ദയവായി ഞങ്ങൾക്ക് എഴുതുക.
07:33	സ്പോകെൻ ട്യൂട്ടോറിയൽ പ്രൊജക്റ്റ് ഫണ്ട്, എൻ എം ഇ ഐ സി, എംഎച്ച്ആർഡി, ഗവർമെന്റ് ഓഫ് ഇന്ത്യ.
07:40	ഈ ദൗത്യത്തെക്കുറിച്ചുള്ള കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾ കാണിച്ചിരിക്കുന്ന ലിങ്കിൽ ലഭ്യമാണ്.
07:45	ഇത് ഐ.ഐ.ടി ബോംബേ 'നിന്ന് വിജി നായർ ആണ്. പങ്കുചേർന്നതിന് നന്ദി.

Contributors and Content Editors

PoojaMoolya, Prena, Vijinair