Biopython/C2/Blast/Gujarati

Time	Narration
00:01	Biopython ટૂલ્સનો ઉપયોગ કરીને BLAST પરના ટ્યુટોરીયલમાં તમારું સ્વાગત છે.
00:06	આ ટ્યુટોરીયલમાં આપણે શીખીશું Biopython ટૂલ્સનો ઉપયોગ કરીને query sequence માટે બ્લાસ્ટ રન કરતા.
00:13	* અને , આગળના વિશ્લેષણ. માટે બ્લાસ્ટ આઉટપુટ parse કરતા.
00:17	આ ટ્યુટોરીયલના અનુસરણ માટે તમને અંડરગ્રેજ્યુએટ બાયોકેમિસ્ટ્રી અથવા બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ અને સામાન્ય Python પ્રોગ્રામિંગ ની જાણ હોવી જોઈએ.
00:27	આપેલ લિંક પર Python ટ્યુટોરીયલ જુઓ.
00:31	આ ટ્યુટોરીયલ રિકોર્ડ કરવા માટે હું ઉપયોગ કરી રહી છું Ubuntu ઓપરેટિંગ સિસ્ટમ વર્જન 14.10
00:37	* Python version 2.7.8
00:41	* Ipython interpretor version 2.3.0
00:46	* Biopython version 1.64 અને *કાર્ય કરતું ઇન્ટરનેટ કનેક્શન નો ઉપયોગ કરી રહ્યં છીએ.
00:52	Basic Local Alignment Search Tool માટે BLAST સંજ્ઞા માં છે.
00:57	sequence ની માહિતી તુલના કરવા algorithm છે.
01:02	આ પ્રોગ્રામ nucleotide અથવા protein ના સીકવેંસીસના જે ડેટાબેસ માં સિકવેન્સ છે તેની તુલના કરે છે અને એકસરખા છે તેની આંકડાકીય મહત્વની ગણતરી કરે છે.
01:14	બ્લાસ્ટ ને રન કરવાના બે પ્રકારો છે.
01:17	તમારા મશીન પરનું લોકલ બ્લાસ્ટ અથવા BLAST થી NCBI સર્વર દ્વારા બ્લાસ્ટને રન કરવું.
01:24	Biopython માં બ્લાસ્ટને રન કરવાના બે માર્ગો છે.
01:28	પ્રથમ તમારી query sequence માટે બ્લાસ્ટને રન કરવું અને અમુક આઉટપુટ મેળવવું.
01:33	બીજું આગળના અન્વેષણ માટે બ્લાસ્ટ આઉટપુટ પાર્સ કરવું.
01:38	આપણે nucleotide ' (ન્યુક્લિયોટાઇડ) સિકવેન્સ માટે ટર્મિનલ ખોલીને બ્લાસ્ટ રન કરીશું.
01:43	ટર્મિનલ ખોલવા માટે Ctrl, Alt અને T કી ને એક સાથે દાબો.
01:48	પ્રોમ્પ્ટ પર ટાઈપ કરો ipython અને એન્ટર દબાવો.
01:52	આ ટ્યુટોરીયલમાં હું બતાવીશ NCBI BLAST સર્વિસ વાપરીને ઇન્ટરનેટ પર બ્લાસ્ટ રન કેવી રીતે કરવું.
02:01	પેકેજ ઈમ્પોર્ટ કરવા માટે પ્રોમ્પ્ટ પર ટાઈપ કરો from Bio.Blast Import NCBIWWW એન્ટર દબાવો.
02:14	આગળ ઇન્ટરનેટ પર બ્લાસ્ટ રન કરવા માટે પ્રોમ્પ્ટ પર ટાઈપ કરો.
02:20	આપણે NCBIWWW મોડ્યુલમાં qblast function' નો ઉપયોગ કરીશું.
02:25	qblast function ત્રણ arguments આર્ગ્યુમેન્ટ લે છે.
02:29	પ્રથમ આર્ગ્યુમેન્ટ blast program છે જે આપણે સર્ચ કરવા માટે ઉપયોગ કરીએ છીએ.
02:33	બીજું નિર્દિષ્ટ કરે છે જે ડેટાબેસ શોધવાનું છે.
02:38	ત્રીજું આર્ગ્યુમેન્ટ એ તમારું query sequence. છે.
02:43	query sequence માટે ઇનપુટ GI નંબર અથવા FASTA ફાઈલ ના જેવું હોઈ શકે છે.અથવા sequence record object જેવું પણ હોઈ શકે છે.
02:53	આ પ્રદર્શન હેતુસર હું nucleotide sequence માટે GI number નંબર નો ઉપયોગ કરી રહી છું.
02:58	GI number એ insulin ના nucleotide sequence માટે છે.
03:03	qblast function અન્ય વિકલ્પ આર્ગ્યુમેન્ટ્સના પણ નંબર લે છે.
03:09	આ આર્ગ્યુમેન્ટ જુદા જુદા પેરામીટરસ ના સમાન છે જે તમે BLAST વેબ પેજ પર સેટ કરી શકો છો.
03:15	qblast function એ xml ફોરમેટમાં બ્લાસ્ટ પરિણામ પાછું આપે છે.
03:20	ટર્મિનલ પર પાછાં જઈએ.
03:22	આપણી કવેરી સ્કિવેન્સ કઈ છે nucleotide અથવા protein sequence પર આધારિત યોગ્ય બ્લાસ્ટ પ્રોગ્રામ આપણને ઉપયોગ કરવાનો છે.
03:30	જેમકે આપણી ક્વેરી nucleotide છે આપણે બ્લાસ્ટ પ્રોગ્રામ નો ઉયોગ કરીશું અને "nt" એ nucleotide ડેટાબેસનો સંદર્ભ લે છે.
03:39	આ વિષે ની વિગતો NCBI BLAST વેબપેજ પર ઉપલબ્ધ છે.
03:45	blast output એ xml ફાઈલના ફોર્મમાં વેરિયેબલ રિઝલ્ટમાં સન્ગ્રહયુ છે.
03:51	Enter દબાવો.
03:53	તમારી ઇન્ટરનેટની ગતિ ના આધાર પર બ્લાસ્ટ સર્ચ પૂર્ણ કરવા માટે અમુક સમય લેય છે.
03:59	આગળ વધતા પહેલા ડિસ્ક પર xml ફાઈલ સેવ કરવું મહત્વ નું છે.
04:05	xml file. ફાઈલને સેવ કરવા માટે આપેલ લાઈન ટાઈપ કરો.
04:09	આ કોડની લાઈન હોમ ફોલ્ડરમાં blast.xml તરીકે સર્ચ રિઝલ્ટ સેવ કરશે.
04:18	તમારું હોમ ફોલ્ડર ને શોધી ને ફાઈલને જુઓ.
04:21	ફાઈલ પર ક્લિક કરો અને ફાઈલની વિષયવસ્તુની તપાસ કરો.
04:30	જયારે તમને query તરીકે FASTA ફાઈલનો ઉપયોગ કરવો હોય તો ટેક્સ્ટ ફાઈલમાં આપેલ કોડ નો ઉપયોગ કરો.
04:36	જો તમને FASTA માંથી ક્વેરી તરીકે sequence record object નો ઉપયોગ કરવો છે તો કોડ અહીં છે.
04:42	ટર્મિનલ પર પાછાં જઈએ.
04:44	આગળનો સ્ટેપ ડેટાને extract કરવા માટે ફાઈલ ને parse કરો.
04:48	પારસીંગમાં પ્રથમ સ્ટેપ ઇનપુટ માટે xml ફાઈલ ખોલવાનું છે.
04:53	પ્રોમ્પ્ટ પર આપેલ ટાઈપ કરો.એન્ટર દબાઓ.
04:57	આગળ "Bio.Blast" package માંથી NCBIXML મોડ્યુલ ઈમ્પોર્ટ કરો.
05:05	Enter દબાવો.
05:07	Blast આઉટપુટ પાર્સ કરવા માટે આપેલ લાઈન ટાઈપ કરો.
05:11	તમને બ્લાસ્ટ આઉટપુટ થી એક્સ્ટ્રેટ કરવા માટે બ્લાસ્ટ record માં બધી માહિતી સમાવિષ્ટ છે.
05:18	આપણા બ્લાસ્ટ રિપોર્ટમાં જે કોઈ ચોક્કસ થ્રેશોલ્ડ કરતા મોટા હોય એવી અમુક માહિતીઓને પ્રિન્ટ કરીએ.
05:27	આપેલ કોડ ટાઈપ કરો.
05:30	match માટે મહત્વપૂર્ણ અપેક્ષિત score 0.01 કરતા કમી હોવું જોઈએ.
05:37	દરેક hsp માટે જે ઉચ્ચ સ્કોરિંગ જોડી છે આપણને title, length, hsp score, gaps અને expect value મળે છે.
05:49	આપણે strings ને પણ પ્રિન્ટ કરીશું જેમાં query સમાવિષ્ટ છે સંરેખિત ડેટાબેસ સિકવેન્સ અને સ્ટ્રીંગ મેચ અને મિસમેચ સ્થાન નિર્દિષ્ટ કરે છે.
06:02	આઉટપુટ મેળવવા માટે બે વખત એન્ટર દબાવો.
06:05	આઉટપુટ જુઓ.
06:09	દરેક અલાઇનમેન્ટ માટે આપણી પાસે length, score, gaps, evalue અને strings છે.
06:16	તમે Bio.Blast પેકેજમાં ઉપલબ્ધ અન્ય ફંક્શન વાપરીને એક્સ્ટ્રૈક્ટ કરી શકો છો.
06:24	આપણે આ ટ્યુટોરીયલના આ અંતમાં આવ્યા છે.
06:26	ચાલો સારાંશ લઈએ.
06:27	આ ટ્યુટોરીયલમાં આપણે GI નંબર વાપરીને query nucleotide sequence માટે બ્લાસ્ટ રન કરતા..
06:36	અને Bio.Blast.Record મોડ્યુલ નો ઉપયોગ કરીને BLAST આઉટપુટ પાર્સ કરતા શીખ્યા.
06:43	અસાઇનમેન્ટ તરીકે તમારી પસંદગીનું protein સિકવેન્સ માટે BLAST Search રન કરતા.
06:50	આઉટપુટ ફાઈલ સેવ કરીને ફાઈલમાં સમાવિષ્ટ ડેટા પાર્સ કરો.
06:55	આ ફાઈલમાં દેખાડ્યા પ્રમાણે તમારા પૂર્ણ થયેલ અસાઇનમેન્ટ માં આપેલ કોડ હોવા જોઈએ.
07:01	કોડ નું અવલોકન કરો આપણી કવેરી protein સિકવેન્સ છે આપણે BLAST સર્ચ માટે blastp પ્રોગ્રામ અને "nr" એટલેકે non-redundant protein ડેટાબેસ નો ઉપયોગ કરો.
07:16	આપેલ લીંક પર ઉપલબ્ધ વિડીયો નિહાળો. તે સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ પ્રોજેક્ટનો સારાંશ આપે છે.
07:20	જો તમારી પાસે સારી બેન્ડવિથ ના હોય તો તમે વિડિઓ ડાઉનલોડ કરીને જોઈ શકો છો.
07:22	અમે વર્કશો આયોજિત કરીએ છીએ અને જેઓ ઓનલાઇન પરીક્ષા પાસ કરે છે તેમને સ્ટ્રિફિકેટ આપીએ છીએ.
07:30	વધુ જાણકારી માટે અમને સંપર્ક કરો.
07:33	સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ પ્રોજેક્ટને આઈસીટી, એમએચઆરડી, ભારત સરકાર મારફતે શિક્ષણ પર નેશનલ મિશન દ્વારા ફાળો અપાયેલ છે. આ મિશન પર વધુ માહિતી આપેલ લીંક પર ઉપલબ્ધ છે
07:40	આ વિષે વધુ જાણકારી આપેલ લિંક પર ઉપલબ્ધ છે.
07:45	IIT Bombay તરફથી હું, જ્યોતિ સોલંકી વિદાય લઉં છું. જોડાવાબદ્દલ આભાર.

Contributors and Content Editors

Jyotisolanki, PoojaMoolya, Pratik kamble