Difference between revisions of "Biopython/C2/Blast/Gujarati"

From Script | Spoken-Tutorial
Jump to: navigation, search
(Created page with "{| Border=1 ! <center>Time</center> ! <center>Narration</center> |- | 00:01 | '''Biopython''' ટૂલ્સનો ઉપયોગ કરીને ''' BLAST''' પરન...")
 
Line 13: Line 13:
 
|-
 
|-
 
|00:13
 
|00:13
|* અને , આગળના વિશ્લેષણ. માટે  બ્લાસ્ટ આઉટપુટ  '''parse'''  કરતા.
+
| અને , આગળના વિશ્લેષણ. માટે  બ્લાસ્ટ આઉટપુટ  '''parse'''  કરતા.
  
 
|-
 
|-
Line 29: Line 29:
 
|-
 
|-
 
|00:37
 
|00:37
|* '''Python''' version 2.7.8
+
|'''Python''' version 2.7.8
  
 
|-
 
|-
 
|00:41
 
|00:41
|* '''Ipython interpretor''' version 2.3.0
+
|'''Ipython interpretor''' version 2.3.0
  
 
|-
 
|-
 
|00:46
 
|00:46
|* '''Biopython''' version 1.64 અને  *કાર્ય કરતું ઇન્ટરનેટ કનેક્શન નો ઉપયોગ કરી રહ્યં છીએ.
+
|'''Biopython''' version 1.64 અને  *કાર્ય કરતું ઇન્ટરનેટ કનેક્શન નો ઉપયોગ કરી રહ્યં છીએ.
  
 
|-
 
|-
Line 61: Line 61:
 
|-
 
|-
 
| 01:24
 
| 01:24
| '''Biopython''' માં બ્લાસ્ટને રન કરવાના બે માર્ગો છે.
+
|'''Biopython''' માં બ્લાસ્ટને રન કરવાના બે માર્ગો છે.
  
 
|-
 
|-
Line 306: Line 306:
 
| 07:22
 
| 07:22
 
| અમે વર્કશો આયોજિત કરીએ છીએ અને  જેઓ ઓનલાઇન પરીક્ષા પાસ કરે છે તેમને સ્ટ્રિફિકેટ આપીએ છીએ.
 
| અમે વર્કશો આયોજિત કરીએ છીએ અને  જેઓ ઓનલાઇન પરીક્ષા પાસ કરે છે તેમને સ્ટ્રિફિકેટ આપીએ છીએ.
 
  
 
|-
 
|-

Revision as of 10:50, 5 April 2017

Time
Narration
00:01 Biopython ટૂલ્સનો ઉપયોગ કરીને BLAST પરના ટ્યુટોરીયલમાં તમારું સ્વાગત છે.
00:06 આ ટ્યુટોરીયલમાં આપણે શીખીશું Biopython ટૂલ્સનો ઉપયોગ કરીને query sequence માટે બ્લાસ્ટ રન કરતા.
00:13 અને , આગળના વિશ્લેષણ. માટે બ્લાસ્ટ આઉટપુટ parse કરતા.
00:17 આ ટ્યુટોરીયલના અનુસરણ માટે તમને અંડરગ્રેજ્યુએટ બાયોકેમિસ્ટ્રી અથવા બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ અને સામાન્ય Python પ્રોગ્રામિંગ ની જાણ હોવી જોઈએ.
00:27 આપેલ લિંક પર Python ટ્યુટોરીયલ જુઓ.
00:31 આ ટ્યુટોરીયલ રિકોર્ડ કરવા માટે હું ઉપયોગ કરી રહી છું Ubuntu ઓપરેટિંગ સિસ્ટમ વર્જન 14.10
00:37 Python version 2.7.8
00:41 Ipython interpretor version 2.3.0
00:46 Biopython version 1.64 અને *કાર્ય કરતું ઇન્ટરનેટ કનેક્શન નો ઉપયોગ કરી રહ્યં છીએ.
00:52 Basic Local Alignment Search Tool માટે BLAST સંજ્ઞા માં છે.
00:57 sequence ની માહિતી તુલના કરવા algorithm છે.
01:02 આ પ્રોગ્રામ nucleotide અથવા protein ના સીકવેંસીસના જે ડેટાબેસ માં સિકવેન્સ છે તેની તુલના કરે છે અને એકસરખા છે તેની આંકડાકીય મહત્વની ગણતરી કરે છે.
01:14 બ્લાસ્ટ ને રન કરવાના બે પ્રકારો છે.
01:17 તમારા મશીન પરનું લોકલ બ્લાસ્ટ અથવા BLAST થી NCBI સર્વર દ્વારા બ્લાસ્ટને રન કરવું.
01:24 Biopython માં બ્લાસ્ટને રન કરવાના બે માર્ગો છે.
01:28 પ્રથમ તમારી query sequence માટે બ્લાસ્ટને રન કરવું અને અમુક આઉટપુટ મેળવવું.
01:33 બીજું આગળના અન્વેષણ માટે બ્લાસ્ટ આઉટપુટ પાર્સ કરવું.
01:38 આપણે nucleotide ' (ન્યુક્લિયોટાઇડ) સિકવેન્સ માટે ટર્મિનલ ખોલીને બ્લાસ્ટ રન કરીશું.
01:43 ટર્મિનલ ખોલવા માટે Ctrl, Alt અને T કી ને એક સાથે દાબો.
01:48 પ્રોમ્પ્ટ પર ટાઈપ કરો ipython અને એન્ટર દબાવો.
01:52 આ ટ્યુટોરીયલમાં હું બતાવીશ NCBI BLAST સર્વિસ વાપરીને ઇન્ટરનેટ પર બ્લાસ્ટ રન કેવી રીતે કરવું.
02:01 પેકેજ ઈમ્પોર્ટ કરવા માટે પ્રોમ્પ્ટ પર ટાઈપ કરો from Bio.Blast Import NCBIWWW એન્ટર દબાવો.
02:14 આગળ ઇન્ટરનેટ પર બ્લાસ્ટ રન કરવા માટે પ્રોમ્પ્ટ પર ટાઈપ કરો.
02:20 આપણે NCBIWWW મોડ્યુલમાં qblast function' નો ઉપયોગ કરીશું.
02:25 qblast function ત્રણ arguments આર્ગ્યુમેન્ટ લે છે.
02:29 પ્રથમ આર્ગ્યુમેન્ટ blast program છે જે આપણે સર્ચ કરવા માટે ઉપયોગ કરીએ છીએ.
02:33 બીજું નિર્દિષ્ટ કરે છે જે ડેટાબેસ શોધવાનું છે.
02:38 ત્રીજું આર્ગ્યુમેન્ટ એ તમારું query sequence. છે.
02:43 query sequence માટે ઇનપુટ GI નંબર અથવા FASTA ફાઈલ ના જેવું હોઈ શકે છે.અથવા sequence record object જેવું પણ હોઈ શકે છે.
02:53 આ પ્રદર્શન હેતુસર હું nucleotide sequence માટે GI number નંબર નો ઉપયોગ કરી રહી છું.
02:58 GI numberinsulin ના nucleotide sequence માટે છે.
03:03 qblast function અન્ય વિકલ્પ આર્ગ્યુમેન્ટ્સના પણ નંબર લે છે.
03:09 આ આર્ગ્યુમેન્ટ જુદા જુદા પેરામીટરસ ના સમાન છે જે તમે BLAST વેબ પેજ પર સેટ કરી શકો છો.
03:15 qblast functionxml ફોરમેટમાં બ્લાસ્ટ પરિણામ પાછું આપે છે.
03:20 ટર્મિનલ પર પાછાં જઈએ.
03:22 આપણી કવેરી સ્કિવેન્સ કઈ છે nucleotide અથવા protein sequence પર આધારિત યોગ્ય બ્લાસ્ટ પ્રોગ્રામ આપણને ઉપયોગ કરવાનો છે.
03:30 જેમકે આપણી ક્વેરી nucleotide છે આપણે બ્લાસ્ટ પ્રોગ્રામ નો ઉયોગ કરીશું અને "nt" એ nucleotide ડેટાબેસનો સંદર્ભ લે છે.
03:39 આ વિષે ની વિગતો NCBI BLAST વેબપેજ પર ઉપલબ્ધ છે.
03:45 blast outputxml ફાઈલના ફોર્મમાં વેરિયેબલ રિઝલ્ટમાં સન્ગ્રહયુ છે.
03:51 Enter દબાવો.
03:53 તમારી ઇન્ટરનેટની ગતિ ના આધાર પર બ્લાસ્ટ સર્ચ પૂર્ણ કરવા માટે અમુક સમય લેય છે.
03:59 આગળ વધતા પહેલા ડિસ્ક પર xml ફાઈલ સેવ કરવું મહત્વ નું છે.
04:05 xml file. ફાઈલને સેવ કરવા માટે આપેલ લાઈન ટાઈપ કરો.
04:09 આ કોડની લાઈન હોમ ફોલ્ડરમાં blast.xml તરીકે સર્ચ રિઝલ્ટ સેવ કરશે.
04:18 તમારું હોમ ફોલ્ડર ને શોધી ને ફાઈલને જુઓ.
04:21 ફાઈલ પર ક્લિક કરો અને ફાઈલની વિષયવસ્તુની તપાસ કરો.
04:30 જયારે તમને query તરીકે FASTA ફાઈલનો ઉપયોગ કરવો હોય તો ટેક્સ્ટ ફાઈલમાં આપેલ કોડ નો ઉપયોગ કરો.
04:36 જો તમને FASTA માંથી ક્વેરી તરીકે sequence record object નો ઉપયોગ કરવો છે તો કોડ અહીં છે.
04:42 ટર્મિનલ પર પાછાં જઈએ.
04:44 આગળનો સ્ટેપ ડેટાને extract કરવા માટે ફાઈલ ને parse કરો.
04:48 પારસીંગમાં પ્રથમ સ્ટેપ ઇનપુટ માટે xml ફાઈલ ખોલવાનું છે.
04:53 પ્રોમ્પ્ટ પર આપેલ ટાઈપ કરો.એન્ટર દબાઓ.
04:57 આગળ "Bio.Blast" package માંથી NCBIXML મોડ્યુલ ઈમ્પોર્ટ કરો.
05:05 Enter દબાવો.
05:07 Blast આઉટપુટ પાર્સ કરવા માટે આપેલ લાઈન ટાઈપ કરો.
05:11 તમને બ્લાસ્ટ આઉટપુટ થી એક્સ્ટ્રેટ કરવા માટે બ્લાસ્ટ record માં બધી માહિતી સમાવિષ્ટ છે.
05:18 આપણા બ્લાસ્ટ રિપોર્ટમાં જે કોઈ ચોક્કસ થ્રેશોલ્ડ કરતા મોટા હોય એવી અમુક માહિતીઓને પ્રિન્ટ કરીએ.
05:27 આપેલ કોડ ટાઈપ કરો.
05:30 match માટે મહત્વપૂર્ણ અપેક્ષિત score 0.01 કરતા કમી હોવું જોઈએ.
05:37 દરેક hsp માટે જે ઉચ્ચ સ્કોરિંગ જોડી છે આપણને title, length, hsp score, gaps અને expect value મળે છે.
05:49 આપણે strings ને પણ પ્રિન્ટ કરીશું જેમાં query સમાવિષ્ટ છે સંરેખિત ડેટાબેસ સિકવેન્સ અને સ્ટ્રીંગ મેચ અને મિસમેચ સ્થાન નિર્દિષ્ટ કરે છે.
06:02 આઉટપુટ મેળવવા માટે બે વખત એન્ટર દબાવો.
06:05 આઉટપુટ જુઓ.
06:09 દરેક અલાઇનમેન્ટ માટે આપણી પાસે length, score, gaps, evalue અને strings છે.
06:16 તમે Bio.Blast પેકેજમાં ઉપલબ્ધ અન્ય ફંક્શન વાપરીને એક્સ્ટ્રૈક્ટ કરી શકો છો.
06:24 આપણે આ ટ્યુટોરીયલના આ અંતમાં આવ્યા છે.
06:26 ચાલો સારાંશ લઈએ.
06:27 આ ટ્યુટોરીયલમાં આપણે GI નંબર વાપરીને query nucleotide sequence માટે બ્લાસ્ટ રન કરતા..
06:36 અને Bio.Blast.Record મોડ્યુલ નો ઉપયોગ કરીને BLAST આઉટપુટ પાર્સ કરતા શીખ્યા.
06:43 અસાઇનમેન્ટ તરીકે તમારી પસંદગીનું protein સિકવેન્સ માટે BLAST Search રન કરતા.
06:50 આઉટપુટ ફાઈલ સેવ કરીને ફાઈલમાં સમાવિષ્ટ ડેટા પાર્સ કરો.
06:55 આ ફાઈલમાં દેખાડ્યા પ્રમાણે તમારા પૂર્ણ થયેલ અસાઇનમેન્ટ માં આપેલ કોડ હોવા જોઈએ.
07:01 કોડ નું અવલોકન કરો આપણી કવેરી protein સિકવેન્સ છે આપણે BLAST સર્ચ માટે blastp પ્રોગ્રામ અને "nr" એટલેકે non-redundant protein ડેટાબેસ નો ઉપયોગ કરો.
07:16 આપેલ લીંક પર ઉપલબ્ધ વિડીયો નિહાળો. તે સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ પ્રોજેક્ટનો સારાંશ આપે છે.
07:20 જો તમારી પાસે સારી બેન્ડવિથ ના હોય તો તમે વિડિઓ ડાઉનલોડ કરીને જોઈ શકો છો.
07:22 અમે વર્કશો આયોજિત કરીએ છીએ અને જેઓ ઓનલાઇન પરીક્ષા પાસ કરે છે તેમને સ્ટ્રિફિકેટ આપીએ છીએ.
07:30 વધુ જાણકારી માટે અમને સંપર્ક કરો.
07:33 સ્પોકન ટ્યુટોરીયલ પ્રોજેક્ટને આઈસીટી, એમએચઆરડી, ભારત સરકાર મારફતે શિક્ષણ પર નેશનલ મિશન દ્વારા ફાળો અપાયેલ છે. આ મિશન પર વધુ માહિતી આપેલ લીંક પર ઉપલબ્ધ છે
07:40 આ વિષે વધુ જાણકારી આપેલ લિંક પર ઉપલબ્ધ છે.
07:45 IIT Bombay તરફથી હું, જ્યોતિ સોલંકી વિદાય લઉં છું. જોડાવાબદ્દલ આભાર.

Contributors and Content Editors

Jyotisolanki, PoojaMoolya, Pratik kamble