UCSF-Chimera/C4/Axes-and-Planes/Gujarati

Time	Narration
00:01	Chimeraના આ Axes and Planesના ટ્યૂટોરિઅલમાં તમારું સ્વાગત છે.
00:06	આ ટ્યૂટોરિઅલમાં આપણે Axes, Planes અને Centroidsને કેવી રીતે બતાવવા તે ,
00:12	2D Labels અને Per-Model clipping વિશે શીખીશું.
00:17	આ ટ્યૂટોરિઅલને અનુસરવા તમે Chimera ઇન્ટરફેઝના જાણકાર હોવા જરૂરી છો.
00:23	જો તમે નથી તો તેને સંબંધિત ટ્યૂટોરિયલો માટે અમારી વેબસાઈટની મુલાકાત લો.
00:28	આ ટ્યૂટોરિઅલને રેકોર્ડ કરવા હું વાપરી રહી છું : Ubuntu OS આવૃત્તિ 14.04
00:34	Chimera આવૃત્તિ 1.10.1
00:38	Mozilla firefox બ્રાઉઝર 42.0 અને એક કાર્યરત ઈન્ટરનેટ કનેકશન.
00:45	અહીં મેં Chimera વિન્ડો ખોલી છે.
00:48	કમાન્ડ ટેક્સ્ટ બોક્સ ઉપર ટાઈપ કરો , open 1EMA . એન્ટર દબાવો.
00:55	પેનલ ઉપર green fluorescent protein નું એક સ્ટ્રક્ચર ખુલે છે.
01:00	Tools મેનુ ઉપર ક્લિક કરો.
01:02	Structure Analysis વિકલ્પ સુધી નીચે સ્ક્રોલ કરો.સબ-મેનુમાંથી Axes, Planes, Centroids ઉપર ક્લિક કરો.
01:11	Structure Measurements ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે.
01:15	અહીં આપણી પાસે Define axes, Define plane, Define centroid tabs આવી ગયા છે.
01:24	Define axes ટેબ ઉપર ક્લિક કરો.આ Define axes ડાયલોગ બોક્સ ખોલે છે.
01:31	અહીં આપણે એટમ સેટ્સને અને બીજા અન્ય પેરામીટર્સને સ્પષ્ટ કરી શકીએ છીએ.
01:37	પેનલ ઉપર, સ્ટ્રકચરના મધ્યમાંથી તમારા પસંદના થોડાક રેસિડ્યુઝને સિલેક્ટ કરો.
01:43	રેસિડયુઝને સિલેક્ટ કરવા; CTRL અને shift કીઝ વારાફરથી દબાવી રાખી હોય તે દરમ્યાન રેસિડ્યુઝ ઉપર ક્લિક કરો.
01:55	Define Axes ડાયલોગ બોક્સ ઉપર , રેડિયો બટન “Selected atoms” ઉપર ક્લિક કરો.
02:02	એક્સિસના નામ તરીકે ટાઈપ કરો axis1.
02:06	color well ઉપર ક્લિક કરો.color editorમાંથી એક રંગ પસંદ કરો.color editorને બંધ કરો.
02:14	એક્સિસની જાડાઈને બદલવા ;angstroms રેડિયો બટન ઉપર ક્લિક કરો.
02:19	ટેક્સ્ટ બોક્સમાં આંક બદલી 0.25 કરો અને OK બટન ઉપર ક્લિક કરો.
02:27	પેનલને ધ્યાનથી જુઓ. સિલેક્ટ કરેલા એટમ્સ માટે Axis દોરેલા દેખાય છે.
02:33	select મેનુ દ્વારા પસંદગીને નાબૂદ કરો.
02:37	Structure Measurement ડાયલોગ બોક્સમાં આ એક્સિસ માટેના એક ઓબ્જેક્ટનું નિર્માણ થાય છે.
02:43	આ એકસીસને ડીલીટ કરવા , આ હાર ઉપર ક્લિક કરો. ડાયલોગ બોક્સના નીચેના ભાગમાં રહેલ Delete બટન ઉપર ક્લિક કરો.
02:51	હવે સ્ટ્રક્ચરમાં એક plane ઉમેરવા , Define plane ટેબ ઉપર ક્લિક કરો.
02:57	આ Define Plane ડાયલોગ બોક્સમાં , પ્લેનનું નામ બદલી plane1 કરો.
03:03	અહીં માત્ર સિલેક્ટ કરેલા એટમ્સ માટે જ એક plane બને છે.
03:08	પેનલ ઉપર, સ્ટ્રકચરના મધ્યમાંથી તમારી પસંદગીના થોડાક રેસિડ્યુઝ સિલેક્ટ કરો.
03:14	રેસિડયુઝને સિલેક્ટ કરવા; CTRL અને shift કીઝ વારાફરથી દબાવી રાખી હોય તે દરમ્યાન રેસિડ્યુઝ ઉપર ક્લિક કરો.
03:23	Define Plane ડાયલોગ બોક્સ ઉપર ; color well ઉપર ક્લિક કરો.
03:28	color editorમાંથી એક રંગ પસંદ કરો. color-editorને બંધ કરો.
03:34	OK બટન ઉપર ક્લિક કરો. પેનલને ધ્યાનથી જુઓ.
03:39	સિલેક્ટ કરેલા એટમ્સને આધારે એક plane બને છે.
03:44	Select મેનુ દ્વારા પસંદગીને નાબૂદ કરો.
03:48	planeને ડીલીટ કરો , Structure Measurements ડાયલોગ બોક્સમાં plane ID ઉપર ક્લિક કરો.
03:55	delete બટન ઉપર ક્લિક કરો.
03:58	centroidને દેખાડવા Define centroid ટેબ ઉપર ક્લિક કરો.
04:03	Define centroid ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે.
04:07	સેન્ટરોઇડ બનાવવા સ્ટ્રક્ચર પરના રેસિડ્યુઝ 64 અને 68ને સિલેક્ટ કરો.
04:14	Define Centroid ડાયલોગ બોક્સમાં; સેન્ટરોઈડના નામ તરીકે ટાઈપ કરો centroid1.
04:21	અગાઉ જોયું તે મુજબ , color wellમાંથી એક રંગ સિલેક્ટ કરો.
04:26	color-editorને બંધ કરો.OK બટન ઉપર ક્લિક કરો.
04:31	પસંદ કરેલા એટમ્સ માટેના Centroid પેનલ ઉપર દેખાય છે.
04:36	પસંદગીને નાબૂદ કરો અને centroidને ડીલીટ કરો.
04:42	Structure Measurements ડાયલોગ બોક્સને બંધ કરો.
04:45	સ્ટ્રક્ચરમાં 2D-Labels જેમકે text અને arrows પણ ઉમેરી શકાય છે.
04:52	ટૂલ્સ મેનુમાંથી Utilities વિકલ્પ દ્વારા 2D labels ટૂલ શરુ કરો.
04:59	2D-Labels ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે જેમાં આ ટેબ્સ રહેલ છે : Labels, Arrows અને color key.
05:07	લેબલ (શીર્ષક) ઉમેરવા Labels ટેબ ઉપર ક્લિક કરો.
05:11	મૂળભૂત રીતે ડાયલોગ બોક્સ પાસે નીચે રહેલ use mouse for label placement વિકલ્પ સિલેક્ટ થયેલ હોય છે.
05:20	color well ઉપર ક્લિક કરો , લેબલ માટે એક રંગ સિલેક્ટ કરો. color editorને બંધ કરો.
05:28	પેનલ ઉપર જ્યાં તમે લેબલને મુકવા માંગતા હોવ ત્યાં ક્લિક કરો.
05:32	ડાયલોગ બોક્સ ઉપર X અને Y કોઓર્ડીનેટસ સાથેનું Label id દૃશ્યમાન થાય છે.
05:38	હવે Text ક્ષેત્રમાં લેબલને ટાઈપ કરો.
05:42	ટાઈપ કરો : Green Fluorescent Protein.એન્ટર દબાવો.
05:49	ડાબા માઉસ બટનને ડ્રેગ કરી લેબલને પુનઃસ્થાપિત કરી શકાય છે.
05:56	લેબલને ડીલીટ કરવા , ડાયલોગ બોક્સ ઉપર label idને સિલેક્ટ કરો. delete બટન ઉપર ક્લિક કરો.
06:05	ઍરોઝને ઉમેરવા ડાયલોગ બોક્સમાંના Arrows tab ઉપર ક્લિક કરો.
06:10	ડાયલોગ બોક્સમાં નીચે Arrow weight ક્ષેત્રમાં,
06:15	ઍરોઝની જાડાઈ બદલવા આ આંકને બદલો.
06:19	હું એક પાતળા એરોને બનાવવા ટાઈપ કરીશ 0.5.
06:24	Arrow head સ્ટાઇલ બટન ઉપર ક્લિક કરો. ડ્રોપ-ડાઉન મેનુમાંથી એક વિકલ્પને પસંદ કરો.
06:30	હું પસંદ કરીશ : Pointy.
06:33	પેનલ ઉપર કર્સરને મુકો , માઉસ બટનને ક્લિક કરી પકડી રાખો.
06:39	એરોને વિસ્તારવા ડ્રેગ કરો. હવે માઉસ બતાને છોડીદો.
06:46	એરોને પુનઃદિશામાન કરવા અથવા તેની લંબાઈ બદલવા છેડાને ડ્રેગ કરો.
06:54	એરોને મધ્યમાંથી ડ્રેગ કરી તેને ખસેડો.
06:58	arrow id બાદ આવેલા color well ઉપર ક્લિક કરી એરોનો રંગ બદલો.
07:04	એક રંગ પસંદ કરો. હવે color-editorને બંધ કરો.
07:08	2D-Labels ડાયલોગ બોક્સને બંધ કરો. આ સેશનને File મેનુ દ્વારા બંધ કરો.
07:15	હવે નવું સેશન ખોલો.
07:18	per-model clippingને સમજાવવા; હું ઉદાહરણ તરીકે myoglobinના સ્ટ્રક્ચરનો ઉપયોગ કરીશ.
07:25	કમાંડ ટેક્સ્ટ બોક્સ ઉપર ટાઈપ કરો open 1mbo. એન્ટર દબાવો.
07:32	Tools મેનુમાં નીચે સ્ક્રોલ કરો , Depictionને સિલેક્ટ કરો.
07:37	સબ-મેનુમાંથી , Per-Model clipping ઉપર ક્લિક કરો.
07:42	Per-Model clipping ડાયલોગ બોક્સ ખુલે છે.
07:46	Per-Model Clipping જુદી-જુદી રીતે જુદા-જુદા મોડેલ્સને સાથે જોડવાની પરવાનગી આપે છે.
07:52	તે એક માત્ર પ્લેન હોય છે જે મોડેલના દેખાતા અને અદ્રશ્ય ભાગોને અલગ પાડે છે.
07:59	દરેક મોડેલ માત્ર એક જ Per-Model Clipping પ્લેન ધરાવી શકે છે.
08:04	મોડેલ અને તેની સપાટી બંને અલગ-અલગ મોડેલ્સ તરીકે વર્તે છે.
08:09	પેનલ ઉપર પાછા આવીએ. Per-Model Clipping ડાયલોગ બોક્સમાંનું Model ડ્રોપ-ડાઉન મેનુ વર્તમાનનું મોડેલ બતાવે છે.
08:18	Enable clippingને સિલેક્ટ કરો , તે ક્લિપિંગ પ્લેન્સને સક્રિય કરે છે.
08:25	મોડેલનો દેખાતો ભાગ પ્લેનની પાછળ હોય છે. Enable clippingને અનચેક કરો.
08:33	મોડેલની સપાટી બનાવીએ.Actions મેનુ ઉપર ક્લિક કરો , Surface સુધી નીચે સ્ક્રોલ કરીએ. Show ઉપર ક્લિક કરીએ.
08:43	હવે સ્ટ્રક્ચર એક પોકેટ દેખાડે છે જ્યાં Heme સમૂહ મજબૂત રીતે બંધાયેલું હોય છે.
08:50	ડાયલોગ બોક્સમાં , Model ડ્રોપ-ડાઉન મેનુ , બે મોડેલ્સ દેખાડે છે.મોડલ(1mbo) અને સપાટી સાથેનું મોડેલ.
09:00	સપાટી સાથેનું મોડેલ સિલેક્ટ કરો. Enable clippingને ક્લિક કરો.
09:06	પેનલ ધ્યાનથી જુઓ.
09:10	મોડેલની માત્ર સપાટી જ જોડાયેલી દેખાય છે.
09:14	Use slab mode with thickness ઉપર ક્લિક કરો.
09:18	તે તમને slab thickness પ્રમાણે જ મોડેલનો ભાગ જોવાની પરવાનગી આપે છે.
09:24	slab thicknessને બદલી 0.5 કરો.
09:28	ટેક્સ્ટ બોક્સમાં ટાઈપ કરો 0.5 અને એન્ટર દબાવો. પેનલને ધ્યાનથી જુઓ.
09:37	ડાયલોગ બોક્સમાં , Adjust clipping with mouse ઉપર ક્લિક કરો.
09:43	Translation માટે બટન 2 અને rotation માટે બટન 3ની નિમણુંક કરો.
09:51	Surface capping બટન ઉપર ક્લિક કરો.
09:55	Surface capping ડાયલોગ બોક્સમાં, Cap surfaces at clip planesને સિલેક્ટ કરો.
10:02	Use cap color ઉપર ક્લિક કરો.
10:05	color well માંથી એક રંગ પસંદ કરો.
10:09	color editorને બંધ કરો.cap style તરીકે solidને સિલેક્ટ કરો. ડાયલોગ બોક્સને બંધ કરો.
10:18	Chimera વિન્ડો ઉપર, Actions મેનુ દ્વારા સપાટીની પારદર્શકતાને 20% સુધીની કરો.
10:26	હવે પેનલ ધ્યાનથી જુઓ . slab હવે રંગીત અને પારદર્શક થઇ ગયેલો દેખાય છે.
10:33	માઉસના વચ્ચેના બટનને દબાવીને પકડી રાખો. clipping planeને એક દિશામાં ખસેડવા તેને ડ્રેગ કરો.
10:42	clipping planeની જગ્યા બદલવા, જમણા માઉસ બટનને પકડી રાખી માઉસને ડ્રેગ કરો.
10:50	પેનલને ધ્યાનથી જુઓ , heme સમૂહ ધરાવતું પોકેટ હવે ખુબ સ્પષ્ટ રીતે દેખાય રહ્યું છે.
10:57	ચાલો સારાંશ જોઈએ, આપણે આ ટ્યૂટોરિઅલમાં શીખ્યા કે , કેવી રીતે Axes, Planes અને Centroidsને બતાવવા,
11:05	2D Labels બતાવવા અને Arrows દોરવા.
11:09	મોડેલને Per-Model clipping ટૂલ દ્વારા જોડવું.
11:13	અભ્યાસ માટે , Chymotrypsinનું મોડેલ ખોલો.
11:18	planes દોરો. સ્ટ્રકચરને Per-Model Clipping ટૂલ દ્વારા જોડો.
11:24	આ નીચેની લિંક ઉપરનો વિડીયો સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ પ્રોજેક્ટનો સારાંશ આપે છે જો તમારું બેન્ડવિથ સારું ન હોય તો તમે તેને ડાઉલોડ કરી નિહાળી શકો છો.
11:32	અમે સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ્સ દ્વારા વર્કશોપ્સનું સંચાલન કરીએ છીએ અને સર્ટિફિકેટ્સ પણ આપીએ છીએ. વધુ માહિતી માટે અમને સંપર્ક કરો.
11:39	સ્પોકન ટ્યૂટોરિઅલ પ્રોજેક્ટને NMEICT, MHRD, ભારત સરકાર તરફથી ભંડોળ પૂરું પાડવામાં આવે છે.
11:45	ભાષાંતર કરનાર હું શિવાની ગડા વિદાય લઉં છું. અમારી સાથે જોડાવા આભાર.

Contributors and Content Editors

Jyotisolanki, Shivanigada