UCSF-Chimera/C2/Picking-and-Selection/Bengali

Time	Narration
00:01	Chimera দ্বারা Picking এবং Selection এর এই টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত।
00:06	এখানে আমরা শিখব পরমাণু এবং residues এর জন্য লেবেল দেখানো।
00:12	Select menu দ্বারা বা Picking দ্বারা পরমাণু এবং residues চয়ন করা।
00:17	residues এর রঙ এবং প্রদর্শন বদলানো।
00:21	পরমাণু যুক্ত করা, মোছা বা বদলানো, বন্ড ঘোরানো।
00:27	ডিসপ্লে উইন্ডোতে একাধিক মডেল খুলুন। মডেল চয়ন করে স্থানান্তর করুন।
00:34	টিউটোরিয়ালটি অনুসরণ করতে আপনার স্নাতক স্তরের Biochemistry সম্পর্কে জানতে হবে।
00:40	বা structural biology জানতে হবে। প্রাসঙ্গিক টিউটোরিয়ালের জন্য, আমাদের ওয়েবসাইটে যান।
00:47	টিউটোরিয়ালটি রেকর্ড করতে ব্যবহার করছি Ubuntu Operating System সংস্করণ 14.04.
00:52	Chimera সংস্করণ 1.10.2
00:57	Mozilla Firefox ব্রাউজার 35.0
01:01	এবং একটি কার্যকর ইন্টারনেট সংযোগ।
01:04	এখানে আমি একটি Chimera উইন্ডো খুলেছি।
01:07	rapid access window তে, এখন ব্যবহৃত ডেটার সূচী থেকে 1zik এ ক্লিক করুন।
01:15	graphics window তে Leucine zipper এর একটি মডেল খোলে।
01:20	কাঠামোর ভিন্ন ভিন্ন উপাদান যেমন: রেসিডিউ, পরমাণু, বন্ড ইত্যাদি Chimera তে উপলব্ধ টুল দ্বারা সংশোধন করা যেতে পারে।
01:31	প্রথম ধাপ হল চয়ন করা।
01:34	চয়ন করার বিভিন্ন উপায় রয়েছে: মেনু বারে Select মেনু ব্যবহার করে।
01:40	graphics উইন্ডো থেকে Picking
01:43	কমান্ড লাইনে কমান্ড লিখে বা Favorites মেনুতে স্থিত Model Panel এবং Sequence বিকল্প চয়ন করে
01:53	chimera উইন্ডোতে ফিরে যান।
01:55	Leucine zipper মোটিফ leucine রেসিডিউয়ের পর্যায়ক্রমিক পুনরাবৃত্তি দ্বারা হয়।
02:02	এখন দেখাই যে এই কাঠামোতে স্থিত leucine কিভাবে লক্ষণীয় করে।
02:08	প্রিসেট মেনু থেকে interactive 2 বিকল্প চয়ন করুন।
02:12	এটি কাঠামোকে পরমাণু ডিসপ্লেতে দেখাবে। Select মেনু থেকে Residue বিকল্প চয়ন করুন।
02:20	সাব-মেনুতে অনেক বিকল্প রয়েছে।
02:23	অ্যামিনো অ্যাসিড ক্যাটাগরী মেনুতে এই অ্যামিনো অ্যাসিড গ্রুপ রয়েছে: aliphatic, aromatic, hydrophobic, polar ইত্যাদি।
02:34	এই কাঠামোতে স্থিত অ্যামিনো অ্যাসিড রেসিডিউয়ের সূচী স্ট্যান্ডার্ড অ্যামিনো অ্যাসিড মেনুতে উপলব্ধ। leucine এ ক্লিক করুন।
02:42	সকল leucine রেসিডিউ এখন লক্ষণীয় হয়।
02:46	actions মেনুতে ক্লিক করুন এবং color চয়ন করুন।
02:49	আমি রঙের সূচী থেকে হলুদ চয়ন করব। সকল leucines এখন হলুদ রঙে দেখায়।
02:57	চয়ন মুছে ফেলতে, Select মেনুতে ক্লিক করুন। তারপর Clear selection বিকল্পে ক্লিক করুন।
03:03	Leucine, hydrophobic হওয়ায় এটি প্রোটিনের hydrophobic কোষে আবদ্ধ।
03:09	Presets বিকল্প দ্বারা প্রদর্শন রিবনসে বদলান। Interactive 1 এ ক্লিক করুন।
03:17	স্ক্রীন থেকে রেসিডিউ চয়ন করতে কার্সার কাঠামোর উপর রাখুন।
03:22	সনাক্তকরণ তথ্য সহ একটি pop-up balloon দেখায়।
03:26	এতে residue এর নাম, নম্বর এবং চেনের মত তথ্য রয়েছে।
03:32	আপনি কার্সার সরালে balloon অদৃশ্য হয়ে যায়।
03:36	কার্সার চেন A এর প্রথম residue তে নিয়ে আসুন, যা হল arginine.
03:41	কীবোর্ডের CTRL কী টিপে ধরে থাকুন এবং মাউসের বাম বোতামে ক্লিক করুন। CTRL কী ছেড়ে দিন।
03:49	রেসিডিউয়ের আউটলাইন লক্ষণীয় হয়। ডিফল্টরূপে চয়ন সবুজ রঙে থাকে।
03:57	আপনি একাধিক চয়ন করতে চাইলে; কীবোর্ডে CTRL এবং Shift উভয় কী টিপে ধরে থাকুন।
04:04	মাউস পেপটাইড চেনের উপর রাখুন। আপনার পছন্দের residues তে ক্লিক করুন।
04:10	কীবোর্ড থেকে CTRL এবং Shift উভয় কী ছেড়ে দিন।
04:14	এখন আপনি সংশোধনের জন্য রেসিডিউ চয়ন করেছেন।
04:18	Actions মেনু থেকে একটি বিকল্প চয়ন করুন। Actions মেনুতে ক্লিক করুন।
04:23	উদাহরণস্বরূপ পরমাণু প্রদর্শন করতে, atoms/bonds চয়ন করুন। Show তে ক্লিক করুন।
04:30	চয়নিত রেসিডিউ এখন পরমাণুর প্রদর্শনে দেখায়। চয়ন মুছে ফেলুন।
04:36	আমরা Picking এর কাঠামোতে স্থিত পরমাণু বা বন্ডে পরিবর্তন করতে পারি।
04:42	কার্সারকে একটি অবজেক্ট যেমন একটি পরমাণু বা বন্ডে রাখুন।
04:47	এটি তার লেবেলের তথ্য একটি atomspec balloon এ দেখাবে।
04:52	পরমাণুর জন্য Atomspec balloon এ এমন তথ্য রয়েছে যেমন: Residue এর নাম, নম্বর, চেইন এবং পরমাণুর নাম।
05:01	পরমাণু চয়ন করতে, কীবোর্ডে CTRL কী টিপে ধরে থাকুন।
05:06	CTRL কী টিপে থাকার সময় সেই পরমাণুতে ক্লিক করুন যা বদলাতে চান।
05:11	পরমাণুটি এখন লক্ষণীয়। পরমাণুতে সংশোধন করতে CTRL কী ধরে রেখে পরমাণুতে ডাবল ক্লিক করুন।
05:20	context menu বিকল্প সহ খোলে।
05:24	Modify-atom বিকল্পে ক্লিক করুন। CTRL কী ছেড়ে দিন।
05:30	Build Structure উইন্ডো খোলে।
05:33	চয়নিত পরমাণু বদলাই যা হল মিথাইল গ্রুপে নাইট্রোজেন।
05:38	Build Structure উইন্ডোতে, ‘element এ carbon, bonds এ 4 এবং Apply বোতামে ক্লিক করুন।
05:49	প্যানেলটি দেখুন।
05:51	মিথাইল গ্রুপ এখন বিদ্যমান কাঠামোতে জুড়ে গেছে। উইন্ডো বন্ধ করুন।
05:57	বন্ড ঘোরানোরও একটি বিকল্প রয়েছে।
06:00	যে বন্ড আপনি ঘোরাতে চান তার উপর কার্সর রাখুন।
06:04	বন্ড সম্পর্কিত তথ্য atomspec balloon এ দেখায়।
06:09	বন্ড চয়ন করতে, কার্সার বন্ডের উপর রাখুন।
06:13	CTRL কী টিপে ধরে থাকুন। বাম মাউস বোতামে ক্লিক করুন।
06:18	চয়নিত বন্ড এখন লক্ষণীয় হয়েছে। CTRL কী টিপে থেকে বন্ডে ডবল ক্লিক করুন।
06:26	কীবোর্ডে CTRL কী ছেড়ে দিন।
06:29	context-menu খোলে। rotate bond বিকল্পে ক্লিক করুন।
06:35	স্ক্রীনে Build Structure ডায়লগ বাক্স দেখায়।
06:39	ডায়ালগ বাক্সে স্থিত রোটেটিং টুলে ক্লিক করুন এবং ঘোরান।
06:46	প্যানেলটি দেখুন। চয়নিত বন্ড এখন ঘুরছে।
06:51	আপনি কাঙ্ক্ষিত কোণে পৌঁছে গেলে ঘোরানো বন্ধ করুন। ডায়ালগ বাক্স বন্ধ করুন।
06:57	চয়ন মুছে ফেলুন। আমরা চেন লক্ষণীয় করতে টুল মেনু থেকে Sequence বিকল্প ব্যবহার করতে পারি।
07:05	টুলস মেনুর নীচে যান এবং Sequence বিকল্পে ক্লিক করুন।
07:10	সাব-মেনু থেকে Sequence চয়ন করুন।
07:13	Show model sequence ডায়লগ বাক্স দেখায়।
07:17	আপনি Chain A চয়ন করতে চাইলে Chain A তে ক্লিক করুন। তারপর show তে ক্লিক করুন।
07:23	স্ক্রীনে অ্যামিনো অ্যাসিড ক্রম সহ আরেকটি ডায়ালগ বাক্স দেখায়।
07:28	amino acid residues একক অক্ষর সমাহার দ্বারা প্রদর্শিত হয়।
07:34	চয়ন করতে ক্রমে ক্লিক করুন।
07:37	প্যানেল লক্ষ্য করুন, Chain A এখন লক্ষণীয় হয়।
07:41	উইন্ডো বন্ধ করতে Quit এ ক্লিক করুন।
07:44	Actions মেনুতে যান, Color এ স্ক্রোল করুন। হলুদ বিকল্পে ক্লিক করুন।
07:50	Chain A এখন হলুদ রঙে দেখায়। চয়ন মুছে ফেলুন।
07:55	আমরা Chimera window তে একাধিক কাঠামো খুলতে পারি।
07:59	দ্বিতীয় কাঠামো খুলতে ফাইল মেনু নীচে স্ক্রোল করুন।
08:03	Fetch by ID তে ক্লিক করুন।
08:06	Fetch structure by ID ডায়ালগ বাক্স খোলে।
08:11	PDB বিকল্প চয়ন করুন। তারপর 4 অক্ষরের PDB code লিখুন। উদাহরণস্বরুপ human insulin এর জন্য 4ex1 লিখুন।
08:23	fetch বোতামে ক্লিক করুন।
08:25	প্যানেলে দুটি প্রোটিন কাঠামো অপরের একে উপরে আসে।
08:29	দুটি ওভারল্যাপিং কাঠামো আলাদা করতে: আমাদের একটি মডেল চয়ন করে প্যানেলে আনতে হবে।
08:36	favorites মেনু দ্বারা Command line খুলুন।
08:39	Command line উইন্ডোর নীচের অংশে দেখায়।
08:43	মডেল জিরো আনচেক করতে ক্লিক করুন, যা leucine zipper দেখায়।
08:48	কার্সারটি insulin কাঠামোতে আনুন: মাউসের মাঝের বোতাম টিপুন।
08:54	তারপর মডেলটি প্যানেলের পছন্দসই স্থানে সরানোর জন্য টানুন। মাউস বোতামে ছেড়ে দিন।
09:01	মডেলটি চয়নপূর্বক স্ক্রীন থেকে সরাতে Favorites মেনু দ্বারা মডেল প্যানেল খুলুন।
09:08	Model Panel ডায়লগ বাক্স দেখায়।
09:11	যে মডেল আপনি সরাতে চান সেই model ID তে ক্লিক করে তা চয়ন করুন।
09:16	উদাহরণস্বরূপ আমি স্ক্রীন থেকে insulin মডেল সরাতে চাই।
09:21	model ID তে ক্লিক করুন। Close বিকল্পে ক্লিক করুন।
09:26	প্যানেলটি দেখুন। insulin এর মডেল এখন স্ক্রীন থেকে সরে গেছে।
09:32	মডেল প্যানেল উইন্ডো বন্ধ করুন।
09:34	আমরা এই টিউটোরিয়ালের শেষে এসেছি।
09:37	আমরা যা শিখেছি তা সংক্ষিপ্তকরণ করি।
09:40	এখানে আমরা পরমাণু এবং residues এর লেবেল করা শিখেছি।
09:46	Select menu দ্বারা বা Picking দ্বারা পরমাণু এবং residues চয়ন করা।
09:51	residues এর রঙ এবং প্রদর্শন বদলানো।
09:55	পরমাণু যোগ করা, মোছা বা বদলানো, বন্ড ঘোরানো।
10:00	ডিসপ্লে উইন্ডোতে একাধিক মডেল খোলা। মডেল চয়ন করা এবং সরানো।
10:06	অনুশীলনীর জন্য chimera উইন্ডোতে human insulin, pdb code 4ex1 এর কাঠামো খুলুন।
10:14	সকল hydrophobic অ্যামিনো অ্যাসিড residues কে নীল রঙ করুন।
10:19	সকল polar residues কে লাল রঙ করুন।
10:23	আপনার সম্পন্ন কাজ নিম্নরূপ হওয়া উচিত।
10:29	নিম্ন লিঙ্কে উপলব্ধ ভিডিওটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে দেখায়। এটি ডাউনলোড করে দেখুন।
10:36	স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল কর্মশালার আয়োজন করে এবং অনলাইন পরীক্ষা পাস করলে প্রশংসাপত্র দেয়। অধিক জানতে আমাদের লিখুন।
10:45	স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প ভারত সরকারের NMEICT, MHRD দ্বারা পরিচালিত। এই মিশনের সম্পর্কে আরো তথ্য এই লিঙ্কে প্রাপ্তিসাধ্য।
10:55	আই আই টী বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। অংশগ্রহনের জন্যে ধন্যবাদ।

Contributors and Content Editors

Satarupadutta