Jmol-Application/C3/Structures-from-Database/Oriya

From Script | Spoken-Tutorial
Jump to: navigation, search
Time Narration
00:01 ବନ୍ଧୁଗଣ, Jmol ରେ Structures from Database ଉପରେ ଥିବା ସ୍ପୋକନ୍ ଟ୍ୟୁଟୋରିଆଲକୁ ସ୍ଵାଗତ
00:07 ଏହି ଟ୍ୟୁଟୋରିଆଲରେ, ଆମେ ଶିଖିବା:
00:10 PubChem ଡେଟାବେସରୁ କେମିକାଲ୍ ଷ୍ଟ୍ରକଚରଗୁଡିକୁ Load କରିବା ଏବଂ
00:14 GchemPaintରେ ଅଙ୍କିତ ହୋଇଥିବା 2D structureଗୁଡିକୁ Jmolରେ 3D modelକୁ ରୂପାନ୍ତର କରିବା
00:21 ଏହି ଟ୍ୟୁଟୋରିଆଲକୁ ଅନୁସରଣ କରିବା ପାଇଁ ଆପଣ Jmol Application ସହିତ ପରିଚିତ ଥିବା ଆବଶ୍ୟକ
00:27 ଯଦି ନୁହେଁ ତେବେ ଆମ ୱେବସାଇଟରେ ଉପଲବ୍ଧ ଥିବା ସମ୍ପର୍କୀତ ଟ୍ୟୁଟୋରିଆଲଗୁଡିକୁ ଦେଖନ୍ତୁ
00:33 ଏହି ଟ୍ୟୁଟୋରିଆଲ୍ ରେକର୍ଡ କରିବା ପାଇଁ ମୁଁ ବ୍ୟବହାର କରୁଛି:
00:35 Ubuntu ଅପରେଟିଙ୍ଗ ସିଷ୍ଟମ୍ ଭର୍ସନ୍ 12.04
00:40 Jmol ଭର୍ସନ୍ 12.2.2 ଏବଂ
00:44 Java ଭର୍ସନ୍ 7
00:46 GchemPaint ଭର୍ସନ୍ 0.12.10
00:51 Mozilla Firefox ବ୍ରାଉଜର୍ 22.0
00:56 ମୁଁ ଗୋଟିଏ ନୁତନ Jmol Application ୱିଣ୍ଡୋକୁ ଖୋଲିସାରିଛି
01:00 ଡେଟାବେସରେ ତାଲିକାଭୁକ୍ତ ଥିବା କମ୍ପାଉଣ୍ଡଗୁଡିକର ଷ୍ଟ୍ରକଚରଗୁଡିକୁ load କରିବା ପାଇଁ Jmolର ଗୋଟିଏ ବୈଶିଷ୍ଟ୍ୟ ଅଛି
01:07 ମେନୁ ବାରରେ ଥିବା File ମେନୁରେ Get MOL ନାମକ ଗୋଟିଏ ବିକଳ୍ପ ଅଛି
01:12 ଏହା କେମିକାଲ୍ ଷ୍ଟ୍ରକଚର୍ ଡେଟାବେସ୍, PubChem ରୁ ପରମାଣୁଗୁଡିକୁ ଲୋଡ୍ କରିଥାଏ
01:17 Protein Data Bankରୁ protein ଷ୍ଟ୍ରକଚରଗୁଡିକୁ ଲୋଡ୍ କରିବା ପାଇଁ Get PDB ନାମକ ଅନ୍ୟ ଏକ ବିକଳ୍ପ ମଧ୍ୟ ଅଛି
01:26 ଅନ୍ୟ ଟ୍ୟୁଟୋରିଆଲରେ ଏହି ବୈଶିଷ୍ଟ୍ୟତାକୁ ସମ୍ପୂର୍ଣ୍ଣ ଭାବେ ବର୍ଣ୍ଣନା କରାଯିବ
01:31 ପ୍ୟାନେଲ୍ ଉପରେ ଗୋଟିଏ କେମିକାଲ୍ ଷ୍ଟ୍ରକଚରକୁ load କରିବା ପାଇଁ Get Mol ଉପରେ କ୍ଲିକ୍ କରନ୍ତୁ
01:36 screen ଉପରେ ଗୋଟିଏ Input ଡାଇଲଗ୍ ବକ୍ସ ଖୋଲିଯିବ
01:40 ଡେଟାବେସରେ ତାଲିକାଭୁକ୍ତ ଥିବା ଯେକୌଣସି ପରମାଣୁକୁ ଟେକ୍ସଟ ବକ୍ସରେ ନିମ୍ନଲିଖିତ ଟାଇପ୍ କରି ଲୋଡ୍ କରାଯାଇପାରିବ:
01:48 ସାଧାରଣ ନାମ କିମ୍ବା IUPAC ନେମ୍,
01:51 CAS ସଂଖ୍ୟା,
01:54 CID ସଂଖ୍ୟା,
01:56 InChi identifier କିମ୍ବା
01:58 SMILES identifier
02:01 ଗୋଟିଏ ନିର୍ଦ୍ଦିଷ୍ଟ କେମିକାଲକୁ ଚିହ୍ନଟ କରିବା ପାଇଁ ଥିବା ତଥ୍ୟକୁ ପ୍ରାପ୍ତ କରିବା ସକାଷେ ଦୟାକରି, Pubchem ଡେଟାବେସ୍ ୱେବସାଇଟକୁ ଯା’ନ୍ତୁ
02:09 ସ୍କ୍ରୀନ୍ ଉପରେ phenolକୁ ପ୍ରଦର୍ଶନ କରନ୍ତୁ
02:13 ତେଣୁ Input ଟେକ୍ସଟ ବକ୍ସରେ phenol ଟାଇପ୍ କରନ୍ତୁ
02:16 OK ବଟନ୍ ଉପରେ କ୍ଲିକ୍ କରନ୍ତୁ
02:20 ପ୍ୟାନେଲ୍ ଉପରେ ଫିନଲର ଗୋଟିଏ ଆକାର ପ୍ରଦର୍ଶିତ ହୋଇଛି
02:24 phenolର ପ୍ରଦର୍ଶନକୁ ବିଭିନ୍ନ ରେଣ୍ଡରିଙ୍ଗ ବିକଳ୍ପଗୁଡିକୁ ବ୍ୟବହାର କରି, ରୂପାନ୍ତର କରିପାରିବେ
02:30 ଏହି ବିକଳ୍ପଗୁଡିକ Menu bar ଓ Pop-up ମେନୁରେ ତାଲିକାଭୁକ୍ତ ଅଛନ୍ତି
02:36 ଫିନଲ୍ benzene ringର ବିକଳ୍ପଗୁଡିକୁ ସଂଯୁକ୍ତ କରିପାରିବେ
02:41 ପ୍ରଥମେ, modelରେ ଥିବା ଅଣୁଗୁଡିକୁ ଲେବଲ୍ କରନ୍ତୁ
02:45 Display ମେନୁ ଉପରେ କ୍ଲିକ୍ କରିବା ସହ Labelକୁ ଚୟନ କରନ୍ତୁ. ବିକଳ୍ପ Numberରେ କ୍ଲିକ୍ କରନ୍ତୁ
02:52 ବର୍ତ୍ତମାନ, 4 ନମ୍ବର୍ carbon ସହିତ ସଂଯୁକ୍ତ ଥିବା ଗୋଟିଏ 10 ନମ୍ବର୍ hydrogenକୁ, ଏକ amino group ସହିତ ପ୍ରତିସ୍ଥାପନ କରନ୍ତୁ
03:00 modelkit ମେନୁକୁ ଖୋଲିବା ସହିତ ବିକଳ୍ପଗୁଡିକ ମଧ୍ୟରୁ nitrogenକୁ ଚୟନ କରନ୍ତୁ
03:06 10 ନମ୍ବର୍ hydrogen ଉପରେ କ୍ଲିକ୍ କରନ୍ତୁ
03:09 panel ଉପରେ ଥିବା ଏହା Para-Amino Phenolର ଗୋଟିଏ ପରମାଣୁ ଅଟେ
03:14 ପ୍ରଦର୍ଶନକୁ Sticks displayରେ ପରିବର୍ତ୍ତନ କରନ୍ତୁ
03:18 modelkit ମେନୁକୁ ବାହାର କରନ୍ତୁ
03:21 ପପ୍-ଅପ୍ ମେନୁକୁ ଖୋଲିବା ସହ Style ପର୍ଯ୍ୟନ୍ତ ସ୍କ୍ରୋଲ୍ କରନ୍ତୁ, Schemeକୁ ଚୟନ କରିବା ସହ ବିକଳ୍ପ Sticks ଉପରେ କ୍ଲିକ୍ କରନ୍ତୁ
03:30 ପ୍ୟାନେଲ୍ ଉପରେ ଗୋଟିଏ Para-Amino-phenolର ଆକାର sticksରେ ପ୍ରଦର୍ଶିତ ହୋଇଛି
03:36 ଜଟିଳ ଷ୍ଟ୍ରକଚରଗୁଡିକ ଯେଉଁଗୁଡିକୁ ସୃଷ୍ଟି କରିବା କଷ୍ଟକର ଅଟେ, ପ୍ୟାନେଲରେ ସହଜରେ ଲୋଡ୍ କରାଯାଇପାରିବ
03:42 ଉଦାହରଣସ୍ଵରୂପ: cholesterol
03:45 File ମେନୁ ଉପରେ କ୍ଲିକ୍ କରନ୍ତୁ
03:47 ବିକଳ୍ପ Get Mol ଉପରେ କ୍ଲିକ୍ କରିବା ସହ ଟେକ୍ସଟ ବକ୍ସରେ ଟାଇପ୍ କରନ୍ତୁ: Cholesterol
03:54 OK ବଟନ୍ ଉପରେ କ୍ଲିକ୍ କରନ୍ତୁ
03:57 ପ୍ୟାନେଲ୍ ଉପରେ Cholesterolର ଗୋଟିଏ ପରମାଣୁ ପ୍ରଦର୍ଶିତ ହୋଇଛି
04:02 ପରମାଣୁରେ, double-bond ଓ side-chain ଭଳି ବୈଶିଷ୍ଟ୍ୟଗୁଡିକୁ ହାଇଲାଇଟ୍ କରିପାରିବା
04:08 ଡବଲ୍-ବଣ୍ଡକୁ ହାଇଲାଇଟ୍ କରିବା ପାଇଁ, ପ୍ରଥମେ ଡବଲ୍-ବଣ୍ଡରେ ଥିବା carbon ଅଣୁର ରଙ୍ଗକୁ ପରିବର୍ତ୍ତନ କରନ୍ତୁ
04:15 ଟୂଲ୍ ବାରରେ ଥିବା Select atoms ଆଇକନ୍ ଉପରେ କ୍ଲିକ୍ କରନ୍ତୁ
04:19 ତା’ପରେ ଡବଲ୍-ବଣ୍ଡରେ ସମ୍ପୃକ୍ତ ଥିବା carbon ଅଣୁଗୁଡିକ ଉପରେ କ୍ଲିକ୍ କରନ୍ତୁ
04:24 ଅଣୁଗୁଡିକର ଚାରିପଟେ ଗୋଟିଏ ହଳଦିଆ ରଙ୍ଗର ବଳୟ ଦୃଶ୍ୟମାନ ହେବ
04:28 ପପ୍-ଅପ୍ ମେନୁକୁ ଖୋଲନ୍ତୁ
04:30 Color ପର୍ଯ୍ୟନ୍ତ ସ୍କ୍ରୋଲ୍ କରନ୍ତୁ, Atomsକୁ ଚୟନ କରିବା ସହିତ ବିକଳ୍ପ Orange ଉପରେ କ୍ଲିକ୍ କରନ୍ତୁ
04:37 ବର୍ତ୍ତମାନ ଟୂଲ୍ ବାର ଉପରେ ଥିବା ବିକଳ୍ପ Rotate molecule ଉପରେ କ୍ଲିକ୍ କରନ୍ତୁ
04:42 cholesterol ଆକାରରେ ଥିବା ଡବଲ୍-ବଣ୍ଡ ବର୍ତ୍ତମାନ ଅରେଞ୍ଜ କଲରରେ ଅଛି
04:49 ସେହିପରି, ପାର୍ଶ୍ଵ ଶୃଙ୍ଖଳରେ ଥିବା carbonsକୁ ହାଇଲାଇଟ୍ କରିପାରିବେ
04:54 Pop-up ମେନୁକୁ ବ୍ୟବହାର କରି କଲରକୁ ବାଇଗଣୀରେ ପରିବର୍ତ୍ତନ କରନ୍ତୁ
04:59 ପ୍ୟାନେଲ୍ ଉପରେ, ଜରୁରୀ ଫିଚରଗୁଡିକ ହାଇଲାଇଟ୍ ହେବା ସହିତ ଗୋଟିଏ Cholesterolର ଆକାର ଅଛି
05:06 ଗୋଟିଏ ଆସାଇନମେଣ୍ଟ ଭାବେ-
05:08 Pubchem ଡେଟାବେସରୁ caffeineର ଷ୍ଟ୍ରକଚରକୁ Load କରନ୍ତୁ
05:11 ପରମାଣୁରେ ଥିବା ଗୁରୁତ୍ଵପୂର୍ଣ୍ଣ ଫିଚରଗୁଡିକୁ ହାଇଲାଇଟ୍ କରନ୍ତୁ
05:15 ଡିସ୍ପ୍ଲେକୁ wireframeରେ ରୂପାନ୍ତର କରନ୍ତୁ
05:19 ବର୍ତ୍ତମାନ Jmolର ଅନ୍ୟ ଏକ ଗୁରୁତ୍ଵପୂର୍ଣ୍ଣ ଫିଚର୍ ଆଲୋଚିତ ହେବ
05:24 ଅନ୍ୟ ସଫ୍ଟୱେରରେ ଅଙ୍କା ଯାଇଥିବା ପରମାଣୁର 2D structureକୁ, 3D modelରେ ରୂପାନ୍ତର କରାଯାଇପାରିବ
05:31 ଏଠାରେ, ପ୍ୟାନେଲ୍ ଉପରେ amino acid Alanineର ଗୋଟିଏ ଆକାର ଅଛି
05:36 ଏହି ପରମାଣୁର 2D structure, GChemPaint ନାମକ ଗୋଟିଏ ସଫଟୱେରରେ ଅଙ୍କା ଯାଇଥିଲା
05:42 ଷ୍ଟ୍ରକଚରକୁ ଗୋଟିଏ .mol ଫାଇଲ୍ ଭାବେ ସେଭ୍ କରାଯାଇଥିଲା
05:46 2D କେମିକାଲ୍ ଷ୍ଟ୍ରକଚରଗୁଡିକୁ ଆଙ୍କିବା ପାଇଁ GchemPaint ଗୋଟିଏ Open source software ଅଟେ
05:51 GchemPaint ଉପରେ ଟ୍ୟୁଟୋରିଆଲଗୁଡିକ ନିମ୍ନ ଲିଙ୍କରେ ଅଛି
05:56 ଷ୍ଟ୍ରକଚରଗୁଡିକୁ ଆଙ୍କିବା ଏବଂ .mol ଫର୍ମାଟରେ save କରିବା ପାଇଁ Analysis of Compounds ଟ୍ୟୁଟୋରିଆଲର ସାହାଯ୍ୟ ନିଅନ୍ତୁ
06:05 ଏହି Gchempaintର ଡିସ୍ପ୍ଲେ ଏରିଆ ଉପରେ ପ୍ରଦର୍ଶିତ ହୋଇଥିବା 2D ଅଙ୍କନଗୁଡିକ ହେଲା-
06:10 Amino acid -Alanine
06:12 Nuclioside –Adenosine ଓ
06:14 Saccharide -Alpha-D glucopyranose
06:19 ସେଗୁଡିକୁ ମୁଁ ମୋର Desktop ଉପରେ .mol ଫର୍ମାଟରେ ସେଭ୍ କରିଛି
06:24 ପ୍ରଥମେ ଚାଲନ୍ତୁ Jmol Applicationରେ Alanineର 2D ଷ୍ଟ୍ରକଚରକୁ 3D model ଭାବେ ଦେଖିବା
06:32 ତେଣୁ, ଗୋଟିଏ ନୁତନ Jmol ୱିଣ୍ଡୋକୁ ଖୋଲନ୍ତୁ
06:36 ଟୂଲ୍ ବାର୍ ଉପରେ ଥିବା Open a file ଆଇକନ୍ ଉପରେ କ୍ଲିକ୍ କରନ୍ତୁ
06:40 Desktop ଉପରେ ଥିବା ଫୋଲ୍ଡରକୁ ଚୟନ କରିବା ସହିତ Openରେ କ୍ଲିକ୍ କରନ୍ତୁ. Alanine.mol ଫାଇଲକୁ ଚୟନ କରିବା ସହ Open ବଟନ୍ ଉପରେ କ୍ଲିକ୍ କରନ୍ତୁ
06:51 ସ୍କ୍ରୀନ୍ ଉପରେ Alanineର ଗୋଟିଏ 3D model ଖୋଲିଯିବ
06:55 modelkit ମେନୁକୁ ଖୋଲନ୍ତୁ ଏବଂ ବିକଳ୍ପ fix hydrogens and minimize ଉପରେ କ୍ଲିକ୍ କରନ୍ତୁ
07:03 ଷ୍ଟ୍ରକଚରରେ Hydrogenଗୁଡିକ ସଂଯୁକ୍ତ ହେବା ସହ ଏନର୍ଜୀ ମିନିମାଇଜ୍ ହୋଇଛି
07:08 ଯେକୌଣସି .mol ଫାଇଲରେ କରିବା ଭଳି, ମେନୁ ବାର୍ ଓ Pop-up ମେନୁକୁ ମଧ୍ୟ ବ୍ୟବହାର କରି ପ୍ରଦର୍ଶନକୁ ପରିବର୍ତ୍ତନ କରିପାରିବା
07:15 ଏଠାରେ Adenosine.molର 3D ଆକାର ଅଛି
07:19 ଏବଂ ଏହା Jmol ଦ୍ଵାରା Alpha-D-glucopyranose.molର ଗୋଟିଏ 3D ଆକାର ଅଟେ
07:25 ସଂକ୍ଷିପ୍ତରେ
07:27 ଏହି ଟ୍ୟୁଟୋରିଆଲରେ ଆମେ ଶିଖିଲେ-
07:32 Pubchem ଡେଟାବେସରୁ କେମିଲାଲ୍ ଷ୍ଟ୍ରକଚରଗୁଡିକୁ Load କରିବା
07:34 Phenol ଓ Cholesterolର ପ୍ରଦର୍ଶନକୁ ରୂପାନ୍ତର କରିବା
07:38 GchemPaintରେ ଅଙ୍କା ଯାଇଥିବା 2D ଷ୍ଟ୍ରକଚରଗୁଡିକୁ Jmolରେ 3D ଆକାରରେ ରୂପାନ୍ତର କରିବା
07:44 Alanine, Adenosine ଓ Alpha-D-glucopyranoseର 2D ଷ୍ଟ୍ରକଚରଗୁଡିକୁ 3D ଆକାରରେ ରୂପାନ୍ତର କରିବା
07:53 ଏଠାରେ ଆପଣଙ୍କ ପାଇଁ ଅନ୍ୟ ଏକ ଆସାଇନମେଣ୍ଟ ଅଛି
07:56 GchemPaintରେ ନିମ୍ନ Amino acidଗୁଡିକର 2D ଷ୍ଟ୍ରକଚରଗୁଡିକୁ ଆଙ୍କନ୍ତୁ-
08:01 Cysteine
08:03 Histidine ଓ Phenylalanine
08:06 .mol ଫାଇଲ୍ ଭାବେ ସେଭ୍ କରନ୍ତୁ
08:09 ଫାଇଲଗୁଡିକୁ Jmolରେ ଖୋଲିବା ସହ ପ୍ରଦର୍ଶନକୁ ରୂପାନ୍ତର କରନ୍ତୁ
08:12 ଏହି URLରେ ଉପଲବ୍ଧ ଥିବା ଭିଡିଓକୁ ଦେଖନ୍ତୁ: http://spoken-tutorial.org/What_is_a_Spoken_Tutorial
08:16 ଏହା Spoken Tutorial ପ୍ରୋଜେକ୍ଟକୁ ସାରାଂଶିତ କରେ
08:19 ଯଦି ଆପଣଙ୍କର ଭଲ ବ୍ୟାଣ୍ଡୱିଡଥ୍ ନାହିଁ, ଏହାକୁ ଡାଉନଲୋଡ୍ କରିଦେଖିପାରିବେ
08:23 ସ୍ପୋକନ୍ ଟ୍ୟୁଟୋରିଆଲ୍ ପ୍ରୋଜେକ୍ଟ ଟିମ୍,
08:26 ସ୍ପୋକନ୍ ଟ୍ୟୁଟୋରିଆଲ୍ସ ବ୍ୟବହାର କରି କର୍ମଶାଳାମାନ ଚଲାନ୍ତି
08:29 ଅନଲାଇନ୍ ଟେଷ୍ଟ ପାସ୍ କରୁଥିବା ବ୍ୟକ୍ତିମାନଙ୍କୁ ପ୍ରମାଣପତ୍ର ଦିଅନ୍ତି.
08:33 ଅଧିକ ବିବରଣୀ ପାଇଁ ଦୟାକରି contact@spoken-tutorial.orgକୁ ଲେଖନ୍ତୁ
08:40 ସ୍ପୋକନ୍ ଟ୍ୟୁଟୋରିଆଲ ପ୍ରୋଜେକ୍ଟ, ଟକ୍ ଟୁ ଏ ଟିଚର୍ ପ୍ରୋଜେକ୍ଟର ଏକ ଅଂଶ
08:45 ଏହା ଭାରତ ସରକାରଙ୍କ MHRDର ICT ମାଧ୍ୟମରେ ରାଷ୍ଟ୍ରୀୟ ସାକ୍ଷରତା ମିଶନ୍ ଦ୍ୱାରା ସମର୍ଥିତ
08:52 ଏହି ମିଶନ୍ ଉପରେ ଅଧିକ ବିବରଣୀ ଏହି ଲିଙ୍କରେ ଉପଲବ୍ଧ: http://spoken-tutorial.org/NMEICT-Intro
08:57 ଆଇଆଇଟି ବମ୍ୱେ ତରଫରୁ, ପ୍ରଦୀପ ମହାପାତ୍ରଙ୍କ ସହ ମୁଁ ପ୍ରଭାସ ତ୍ରିପାଠୀ ଆପଣଙ୍କଠାରୁ ବିଦାୟ ନେଉଛି. ଆମ ସହିତ ଜଡ଼ିତ ହୋଇଥିବାରୁ ଧନ୍ୟବାଦ

Contributors and Content Editors

Pradeep