CellDesigner/C2/Getting-Started-with-CellDesigner/Bengali
From Script | Spoken-Tutorial
Time | Narration |
00:01 | Getting started with CellDesigner এর টিউটোরিয়ালে আপনাদের স্বাগত। |
00:05 | এখানে আমরা শিখব: CellDesigner সম্পর্কে, CellDesigner এ মেনু এবং টুল বার সম্পর্কে। |
00:13 | সেল ডিজাইনার ওয়ার্কস্পেসে বিভিন্ন ক্ষেত্র সম্পর্কে। |
00:17 | সেল ডিজাইনার কম্পোনেন্ট সম্পর্কে যাতে Species এবং Reactions রয়েছে। |
00:23 | আমরা এও শিখব একটি সাধারণ নেটওয়ার্ক কিভাবে বানায়। |
00:27 | নেটওয়ার্ক সংরক্ষণ করা। |
00:29 | ইমেজ এক্সপোর্ট করা। |
00:30 | নেটওয়ার্ক জুম করা। |
00:33 | সেল ডিজাইনার জিন-রেগুলেটরী এবং বায়োকেমিক্যাল নেটওয়ার্ক আঁকতে একটি প্রসেস ডায়াগ্রাম এডিটর। |
00:40 | প্রসেস ডায়াগ্রাম kitano দ্বারা প্রস্তাবিত হয়েছে, এই ডায়াগ্রাম Systems Biology Markup Language (SBML) দ্বারা সংরক্ষণ করা হয়। |
00:50 | আমি উইন্ডোজ XP এবং সেলডিসাইনার সংস্করণ 4.2 ব্যবহার করছি। সেলডিজার লিনাক্স এবং ম্যাক OS X এও কাজ করে। |
01:00 | CellDesigner খুলতে ডেস্কটপে সেল ডিজাইনারের শর্টকাট আইকনে ডবল ক্লিক করুন। |
01:07 | এটি সেল ডিজাইনার খুলবে, এখন এটি সম্পর্কে শিখি। |
01:12 | Menu বারে আপনি বিভিন্ন মেনু বিকল্প যেমন File, Edit, Component ,View, Database এবং অন্যান্য পাবেন। |
01:24 | Main Menu তে আপনি বিভিন্ন Toolbars দেখবেন। |
01:30 | এখানে এডিটিং, স্পিসিস, রিঅ্যাকশন, কম্পার্টমেন্টের জন্য Toolbars রয়েছে। |
01:38 | আমরা এগোনোর সাথে এর মধ্যে কিছু সম্পর্কে শিখব। |
01:42 | সেল ডিজাইনার ওয়ার্ক স্পেসের বিভিন্ন অংশ সম্পর্কে শিখি। |
01:48 | যেমনকি আপনি দেখেন সেখানে 5 টি ক্ষেত্র রয়েছে। |
01:52 | ডানদিকে Draw ক্ষেত্র রয়েছে। |
01:55 | এটি সেই স্থান যেখানে আমরা নেটওয়ার্ক অঙ্কন করব। |
01:58 | Draw ক্ষেত্রে প্রদর্শিত যে কোনো আকৃতি যেমন- আয়তক্ষেত্র, একটি ওভাল বা একটি লাইন সেগমেন্টকে কম্পোনেন্ট বলে। |
02:08 | species, reactions বা compartment এর জন্য কম্পোনেন্ট একটি সাধারণ শব্দ। |
02:14 | যে কেউ সেলডিসাইনার ওয়েবসাইট www.celldesigner.org থেকে এই সকল সিম্বল এবং তাদের অর্থের সূচী দেখতে পারে। |
02:29 | আমি Documents এ ক্লিক করব। |
02:33 | এখন স্টার্টআপ গাইডে ক্লিক করুন। এটি আরেকটি ট্যাবেও রয়েছে। |
02:40 | আমি সরাসরি পৃষ্ঠা সংখ্যা 82 তে যাবো। |
02:45 | এখানে আপনি বিভিন্ন সিম্বল এবং তাদের অর্থ দেখতে পারেন। |
02:51 | এখন সেল ডিজাইনার উইন্ডোতে ফিরে আসি। |
02:55 | Draw ক্ষেত্রের নীচে List ক্ষেত্র রয়েছে। |
02:59 | এখানে যে কেউ মডেলের কম্পোনেন্ট এবং ফাংশনের তালিকা দেখতে এবং এডিট করতে পারে। |
03:06 | Notes ক্ষেত্রের ব্যবহার কম্পোনেন্টের নোট দেখতে এবং এডিট করতে ব্যবহৃত হয়। |
03:12 | বাম দিকে, Tree ক্ষেত্র রয়েছে যা ট্রি স্ট্রাকচারে থাকা কম্পোনেন্ট সূচীবদ্ধ করে। |
03:21 | এর নীচে Layer ক্ষেত্র রয়েছে যা মডেলের সকল লেয়ার দেখায়। |
03:27 | বর্ডার লাইন টেনে এনে ক্ষেত্রের আকার বদলানো যেতে পারে। |
03:33 | আমি কার্সার বর্ডার লাইনে রাখব। আপনি ডবল হেডেড অ্যারো দেখবেন। ক্ষেত্র বাড়াতে বা কমাতে এটি টানুন। |
03:45 | লিস্ট এবং নোটস ক্ষেত্রে স্থিতি বদলাতে |
03:50 | View বিকল্পে যান. List এ ক্লিক করুন এবং Right চয়ন করুন। |
03:56 | এটি লিস্ট বদলে ডানদিকে আনে। ডাউন হল ডিফল্ট। |
04:00 | এখন স্লাইডে ফিরে যাই। |
04:05 | এটি একটি সরল নেটওয়ার্ক যা আমরা বানাবো। |
04:10 | এই নেটওয়ার্কে প্রোটিন C এর catalysis এ, প্রোটিন A প্রোটিন B এর state transition হয়ে যায়। |
04:21 | এর বদলে প্রোটিন B প্রোটিন D এর state transition হয়ে যায়। |
04:27 | এই transition প্রোটিন E দ্বারা বাধিত হয়। |
04:32 | এখন এই নেটওয়ার্ক বানাই। |
04:34 | আমি CellDesigner উইন্ডোতে ফিরে যাবো। |
04:39 | এখন File এবং তারপর New তে ক্লিক করুন। |
04:43 | New Document নামে একটি ছোট ডায়লগ বাক্স খুলবে। |
04:48 | এটি হল name ফীল্ড। |
04:50 | আমি simple network লিখব। |
04:53 | এখানে আবশ্যকতা অনুযায়ী উচ্চতা এবং প্রস্থ বদলানো যেতে পারে। যদিও আমি ডিফল্ট উচ্চতা এবং প্রস্থ রাখব। |
05:03 | OK তে ক্লিক করুন। আপনি Draw ক্ষেত্রের উপরে বামদিকে থাকা নাম দেখতে পাবেন। |
05:12 | এখন, Edit এ যান এবং Grid snap এবং Grid visible সক্ষম করুন। |
05:21 | ড্র ক্ষেত্রে একটি গ্রিড দেখায়। |
05:25 | Grid snap কম্পোনেন্টগুলিকে গ্রিডের সাথে সঠিকভাবে সারিবদ্ধ করবে। |
05:29 | নেটওয়ার্ক পূর্ণ হলে আপনি Grid visible অচয়নিত করতে পারেন। |
05:34 | কম্পোনেন্ট যোগ করার পূর্বে আপনাকে স্পিসিস এবং রিঅ্যাকশনের কিছু উদাহরণ দেখাই। |
05:42 | প্রথমে আমরা স্পিসিস দেখি। |
05:45 | এখানে দেওয়া সঙ্কেত জেনেরিক প্রোটিন, রিসেপটর, আয়ন চ্যানেল, truncated প্রোটিন, জিন, RNA ইত্যাদি রয়েছে। |
05:58 | এখন রিঅ্যাকশন দেখি, প্রথমে রয়েছে State transition, Heterodimer association, Dissociation, Catalysis, Inhibition ইত্যাদি। |
06:11 | আমরা Species টুলবারে প্রথমে আইকনে ক্লিক করব। এই আইকন প্রোটিনের জন্য। |
06:22 | Draw area যে কোনো স্থানে ক্লিক করুন যেখানে আপনি এই species রাখতে চান। |
06:28 | আমি এটি Draw area এর বামদিকে রাখবো। |
06:33 | একটি ছোট ডায়লগ বাক্স খুলবে এবং species এর নাম জিজ্ঞাসা করবে। |
06:39 | আমি নতুন species এর নাম A রাখবো এবং OK তে ক্লিক করব। |
06:46 | লিস্ট এলাকার পরিবর্তনও দেখুন। |
06:50 | যেমনকি আপনি দেখতে পারেন আমরা Draw area তে একটি নতুন স্পিসিস জুড়েছি। একইভাবে আমি B জুড়ব। |
06:58 | যে কোনো কম্পোনেন্ট এডিট বা সরানোর আগে আপনাদের এটি চয়ন করতে হবে। |
07:03 | কম্পোনেন্ট চয়ন করতে তাতে ক্লিক করুন। নিশ্চিত করুন এটি করার আগে সিলেক্ট আইকন অন হোক। |
07:12 | আমি A এর পাশে B রাখতে চাই। তাই B তে ক্লিক করে এটি চয়ন করুন। |
07:17 | এটি টেনে এনে A এর পাশে রাখুন। |
07:21 | এখন কম্পোনেন্টের আকার বদলানো দেখবো। |
07:24 | আমি A তে ক্লিক করব। আমরা এতে ছোট স্কোয়ার দেখি। |
07:29 | এই আকার বদলাতে হ্যান্ডেল রয়েছে। |
07:32 | আমি এই প্রান্তে কার্সার রেখে টানি। |
07:36 | আমরা দেখি যে A এর আকার বদলে গেছে। |
07:39 | কম্পোনেন্টের আকার বদলানোর আরেকটি উপায় রয়েছে যা পরবর্তী টিউটোরিয়ালে শিখব। |
07:46 | আপনি Ctrl + Z টিপে আগের কাজ পূর্বাবস্থায় নিয়ে যেতে পারেন। |
07:52 | আপনি redo করতে চাইলে Ctrl + Y টিপুন। |
07:54 | আপনি সরাসরি undo এবং redo এর আইকনে ক্লিক করেও এটি করতে পারেন। |
08:03 | এখন reactions যোগ করি। |
08:06 | রিঅ্যাকশন হল দুটি অবজেক্টের ইন্টারেকশন। |
08:09 | এটি একটি State transition রিঅ্যাকশন। |
08:12 | আমি Reaction টুলবারে State transition আইকনে ক্লিক করব। |
08:18 | A এর যে কোনো পাশে এবং তারপর B তে ক্লিক করুন। |
08:23 | এইভাবে, আপনি দেখেন যে রিঅ্যাকশন অ্যারো এখন A এবং B কে জোড়ে। |
08:30 | প্রথমে চয়নিত কম্পোনেন্টকে reactant হিসাবে ধরা হয়। |
08:35 | তাই সর্বদা প্রথমে reactants চয়ন করতে মনে রাখবেন। |
08:39 | ডিফল্ট রিঅ্যাকশন আইডি re1 হিসাবে আসে। |
08:43 | এখন C স্পিসিস জুড়ি এবং প্রথমে স্লাইডে দেখানো অনুযায়ী সঠিক স্থানে রাখি। |
08:54 | আমি Reaction টুলবার থেকে এই আইকন চয়ন করছি। এটি Catalysis এর জন্য। |
09:00 | আমি C এর প্রান্তে এবং State transition রিঅ্যাকশনের square symbol এ ক্লিক করব। |
09:08 | এখন আমি স্পিসিস D জুড়বো এবং এটি B এর পাশে রাখবো। |
09:15 | এখন B থেকে D পর্যন্ত একটি State transition রিঅ্যাকশন জুড়ুন। ডিফল্ট রিঅ্যাকশন id হল re2. |
09:26 | আমি স্পিসিস E জুড়বো এবং পূর্ববর্তী স্লাইডে দেখানো অনুযায়ী যথাযথ স্থানে রাখবো। |
09:35 | এখন Reaction টুলবার থেকে এই আইকন চয়ন করব, যা Inhibition reaction প্রদর্শন করে। |
09:44 | আমি E এর প্রান্তে এবং State transition রিঅ্যাকশনের এই বর্গাকার সিম্বলে ক্লিক করব। এটি দুটি বিন্দু জুড়বে। |
09:54 | এখন একটি সরল নেটওয়ার্ক দেখি। |
09:57 | আপনার কাজটি সংরক্ষণ করুন। |
10:00 | File এ যান. Save as এ ক্লিক করুন। |
10:04 | এটিকে Simple Network নাম দেবো। |
10:06 | এটি আমাদের কাজ .xml ফরম্যাটে সংরক্ষণ করবে। Save এ ক্লিক করুন। |
10:12 | এখন একটি ইমেজ এক্সপোর্ট করা শিখি। এটি করতে, File>Export Image এ যান। |
10:22 | আপনি ইমেজ pdf, png, jpeg ইত্যাদি বিভিন্ন ফরম্যাটে সংরক্ষণ করতে পারেন। |
10:29 | আমি এটি jpeg ইমেজ হিসাবে সংরক্ষণ করব। Save এ ক্লিক করুন। |
10:35 | এখন নেটওয়ার্ক জুম করা দেখি। |
10:38 | আমাদের জুমের 4 টি বিকল্প রয়েছে - জুম ইন, জুম আউট, জুম ফিট, জুম রিসেট। |
10:47 | আমি দুইবার Zoom In আইকনে ক্লিক করব। আমরা ম্যাগ্নিফাইড ইমেজ দেখি। |
10:54 | এখন Zoom Reset এ ক্লিক করব। নেটওয়ার্ক মূল আকারে ফিরে আসে। |
11:02 | Getting started with CellDesigner এর টিউটোরিয়াল এখানেই শেষ হয়। |
11:08 | সংক্ষেপে, আমরা সেল ডিজাইনারে মেনু এবং টুল বার সম্পর্কে শিখেছি। |
11:14 | সেল ডিজাইনারের বিভিন্ন ক্ষেত্র সম্পর্কে। স্পিসিস এবং রিঅ্যাকশন যেমন কম্পোনেন্ট সম্পর্কে। |
11:20 | আমরা স্পিসিস এবং রিঅ্যাকশন কম্পোনেন্ট দ্বারা সরল নেটওয়ার্ক বানানো শিখেছি। |
11:26 | এছাড়া জুম করা, নেটওয়ার্ক সংরক্ষণ করা এবং একটি ইমেজ এক্সপোর্ট করাও শিখেছি। |
11:32 | অনুশীলনী হিসাবে CellDesigner 4.2 এর সাহায্যে একটি নেটওয়ার্ক বানান। |
11:39 | এই নেটওয়ার্কে, ক্যাটালিস্ট প্রোটিন C এর উপস্থিতিতে A এবং B প্রোটিন যুক্ত হয়ে একটি কমপ্লেক্স বানায়। |
11:51 | এই কমপ্লেক্স ক্যাটালিস্ট D এর উপস্থিতিতে ডিগ্রেড হয়ে যায়। |
11:58 | আপনাকে এইরকম একটি নেটওয়ার্ক পেতে হবে। |
12:01 | প্রদত্ত লিঙ্কে উপলব্ধ ভিডিওটি দেখুন, এটি প্রকল্পকে সারসংক্ষেপে দেখায়। ভালো ব্যান্ডউইডথ না থাকলে ভিডিওটি ডাউনলোড করে দেখুন। |
12:13 | স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প দল কর্মশালার আয়োজন করে। অনলাইন পরীক্ষা পাস করলে প্রশংসাপত্র দেয়। অধিক জানতে contact@spoken-tutorial.org তে লিখুন। |
12:28 | স্পোকেন টিউটোরিয়াল প্রকল্প Talk to a Teacher প্রকল্পের অংশবিশেষ। এটি ভারত সরকারের NMEICT, MHRD দ্বারা সমর্থিত। |
12:41 | এই মিশন সম্পর্কে আরো তথ্য এই লিঙ্কে প্রাপ্তিসাধ্য: http://spoken-tutorial.org/NMEICT-Intro |
12:53 | আই আই টী বোম্বে থেকে আমি বিদায় নিচ্ছি। অংশগ্রহনের জন্যে ধন্যবাদ। |